基于网络药理学及分子对接探究银杏叶干预糖尿病心肌病的作用机制

目的:使用网络药理学的方法研究银杏叶治疗糖尿病心肌病的机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索银杏叶的主要成分,通过GeneCard、OMIM、Disgenet数据库筛选糖尿病心肌病的潜在靶点,利用韦恩图获取银杏叶与糖尿病心肌病的共同靶点,导入STRING蛋白互作平台建构PPI互作网络图,用Cytoscape软件将互作图进行拓扑学分析,并筛选出核心交集靶点。使用DAVID在线数据库对交集靶点进行GO与KEGG富集分析。最后对筛选得到的部分关键靶点及其对应化合物进行分子对接,进一步验证银杏叶干预糖尿病心肌病的核心作用靶点。结果:银杏叶与糖尿病心肌病共有91个交集靶点,通过拓扑学分析发现蛋白激酶B1（Akt1）、肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、白细胞介素-1β（IL-1β）是银杏叶治疗糖尿病心肌病的核心靶点。KEGG通路富集分析结果显示,银杏叶作用于糖尿病心肌病的通路涉及糖尿病并发症中AGEs-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化、IL-17信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等。结论:银杏叶可能通过作用于Akt1、TNF、IL-6、VEGFA、IL-1β等靶点减轻炎症和氧化应激水平,抑制心肌细胞凋亡。     

基于网络药理学探究黄芪-党参药对治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 基于网络药理学方法探究黄芪-党参药对治疗糖尿病肾病的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台收集黄芪、党参的有效成分及相关作用靶点,使用Cytoscape 3.8.1软件绘制药物有效成分-靶点网络图.将OMIM、DisGeNET、GeneCards数据库平台收集的糖尿病肾病相关靶点与药物作用靶点取交集,...     

基于网络药理学探讨黄芪-紫草药对治疗糖尿病溃疡的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨黄芪-紫草药对治疗糖尿病溃疡的作用机制.方法:使用中药系统药理学平台筛选黄芪-紫草药对的有效成分和作用靶点;通过检索人类基因信息数据库和人类孟德尔遗传研究平台选取糖尿病溃疡的疾病靶点;筛选药物与疾病共同靶点,应用Cytoscape软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病互作网络;使用STRING...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗支气管哮喘的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨黄芪治疗支气管哮喘可能的作用机制.方法 基于中药系统药理学数据库与分析平台获取黄芪活性化学成分及其对应靶点,通过Genecards数据库获取支气管哮喘相关靶点,将黄芪靶点与疾病靶点映射得到黄芪作用于支气管哮喘的潜在靶点.在Cytoscape软件中构建黄芪-化合物-靶点-疾病网络,采用STRI...     

基于网络药理学的淫羊藿治疗糖尿病心肌病的机制研究

目的 研究显示淫羊藿及其有效成分在心血管疾病中有很好的保护作用,但在糖尿病心肌病(DCM)中仍未有研究,因此本研究以网络药理学为基础,从作用机制角度针对DCM受到淫羊藿治疗的影响进行研究。方法 结合研究的需求由TCMSP、PubChem和Swiss Target Prediction数据库获取淫羊藿(yinyanghuo)的主要有效活性成分和靶点信息,基于GeneCards数据库获取糖尿病心肌病(DCM)相关靶点,对靶点网络进行构建时选择Cytoscape 3.8.2工具,同时还应用PPI网络,选择R语言工具进行KEGG与GO富集分析。结果 共获得17种主要有效活性成分和58个淫羊藿与DCM相关靶点,PPI网络中核心基因为AKT1、TNF、VEGFA和TP53等;GO功能富集后富集数目较多的有protein serine/threonine kinase activity、insulin receptor substrate binding、protein kinase C activity、calcium-dependent protein kinase C activity、RNA...     

基于网络药理学探讨黄芪-黄连药对治疗冠心病作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨黄芪-黄连药对治疗冠心病的作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芪-黄连药对的化学成分和作用靶点,通过Cytoscape 3.7.1绘制活性成分-靶点网络图.利用DisGeNET、GeneCards数据库检索冠心病相关靶点,取交集靶点上传至STRING11.0...     

基于网络药理学探讨真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨真武汤治疗糖尿病肾病的作用机制.方法:运用TCMSP数据库获得真武汤中各味中药的活性化学成分,并得到靶点;运用Genecards、OMIM、TTD数据库获得糖尿病肾病的疾病相关靶点;运用Cytoscape3.7.2构建中药-化学成分-疾病靶点网络图;运用String数据库对获得的相应靶点构建...     

基于网络药理学探讨藏红花治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨藏红花治疗糖尿病肾病(diabetic nephropathy,DN)的作用机制.方法 通过TCMSP(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform)数据库获取藏红花的主要成分...     

基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤防治糖尿病周围神经病变作用机制

目的 基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤防治糖尿病周围神经病变（DPN）的作用靶点及分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选黄芪桂枝五物汤组方药物的化学成分,运用SwissTargetPrediction数据库预测成分的潜在作用靶点;通过TTD、DisGeNET、GeneCards数据库获得DPN基因靶标。经韦恩分析得到交集靶点;利用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;运用Cytoscape 3.7.2构建黄芪桂枝五物汤防治DPN的药味-成分-靶点-通路-疾病网络,通过拓扑学分析筛选核心靶点及核心成分,利用DAVID数据库对交集靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析,预测黄芪桂枝五物汤防治DPN的作用机制。结果 获得黄芪桂枝五物汤74个有效成分,包括槲皮素、山柰酚、儿茶素等,得到黄芪桂枝五物汤防治DPN靶点108个,有效成分核心靶点主要有AKT1、MAPK8、AKT2等。KEGG通路富集结果表明,黄芪桂枝五物汤主要作用于缺氧诱导因子信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终产物-AGE...     

基于网络药理学的黄芪抗肺纤维化机制预测与验证研究

目的 通过网络药理学分析和实验验证阐释黄芪抗肺纤维化作用机制.方法 从中药系统药理学数据库和分析平台、中药分子机制的生物信息学分析工具中获取黄芪所有化学成分和对应靶点,从DrugBank和DisGeNET数据库获取肺纤维化疾病相关靶点,两者取交集,获得黄芪治疗肺纤维化潜在作用靶点,采用Cytoscape构建成分-靶点图...     

基于网络药理学及分子对接的黄芪散治疗2型糖尿病机制探讨

【目的】运用网络药理学及分子对接探讨黄芪散治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。【方法】通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）查找黄芪散组方中黄芪、葛根、桑白皮的活性成分和作用靶点,通过GeneCards和OMIM数据库查询与T2DM相关的疾病靶点,通过UniProt数据库查询成分和疾病靶点对应的基因名,利用Cytoscape 3.6.1软件构建黄芪散活性成分-靶点网络、蛋白相互作用（PPI）网络,并通过Merge功能构建疾病-成分-靶点网络,筛选出黄芪散治疗T2DM的核心靶点,最后通过DAVID数据库对核心靶点蛋白进行基因本体论（GO）生物过程分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,并绘制GO和KEGG气泡图进行数据可视化。【结果】研究得到包括槲皮素、山柰酚、刺芒柄花素等在内的38个活性成分和ESR1、JUN、PTGS2、AKT1和MAPK1等75个关键靶点。GO功能富集分析得到113个GO条目（P<0.05）,主要包括蛋白酪氨酸激酶活性、生长因子活性和核受体活性等生物过程,KEGG富集得到157条信号通路（P<0.05）,主要涉及晚期糖...     

菟丝子—黄芪治疗骨质疏松症的网络药理学机制研究

【目的】运用网络药理学方法探讨菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的作用机制。【方法】首先采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)和GeneCards数据库,分别筛选菟丝子、黄芪的中药活性成分,中药靶标及骨质疏松症的疾病靶标,将中药靶标一一映射到疾病靶标,得到中药-疾病靶标并构建中药-成分-疾病-靶标调控网络。其次通过构建中药-疾病靶标的蛋白互作网络和条形图,筛选核心靶标。最后将中药-疾病靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,得出中药-疾病靶标涉及的功能和信号通路。【结果】筛选得到菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的21个有效成分和127个中药-疾病靶标,中药-疾病靶标涉及的GO功能主要包括转录激活活性、转录因子活性、辅因子结合、核受体活性、类固醇激素受体活性、RNA聚合酶Ⅱ转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合、类固醇结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括前列腺癌信号通路、糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)信号通路、动脉粥样硬化信号通路、结直肠癌信号通路、乙肝信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、小细胞肺癌信号通路、内分泌失调信号通路、细胞凋亡信号通路、乳腺癌信号通路等。【结论】运用网络药理学研究方法可预测出菟丝子-黄芪治疗骨质疏松症的主要活性成分、功能活动和信号通路。     

基于网络药理学的黄芪抗心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学研究黄芪抗心力衰竭的作用机制。方法 采用活性成分筛选与靶点预测技术,结合生物信息学手段,预测黄芪抗心力衰竭的潜在作用靶点,并进行信号通路分析,从而探讨其治疗心力衰竭的分子机制。结果 在TCMSP数据中搜索筛选得到20个相应黄芪化学成分,同时利用靶点预测技术共筛选出相关靶点121个。同时在疾病基因数据库检索得到10 962个与心力衰竭发生、发展有关的已知靶点基因,利用string数据库和Cytoscape软件中的网络拓扑分析共筛选获取关键靶点8个。GO富集分析显示,黄芪可通过参与细胞能量代谢、血管内环境变化、神经活性配受体作用、激素活性等10个生物功能的PI3K/AKT、p38丝裂原活化蛋白激酶(p38MAPK)和MAPK/NF-κB等10条关键信号通路发挥抗心力衰竭的作用。结论 中药黄芪抗心力衰竭的作用具有多成分、多靶点、协同作用的特点。     

基于网络药理学和分子对接方法探讨黄芪多糖治疗慢性心力衰竭作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法分析黄芪多糖治疗慢性心力衰竭的分子生物学机制.方法 利用Swisstarget数据库筛选出黄芪多糖活性成分的作用靶点,利用GeneCards数据库筛选慢性心力衰竭疾病作用相关靶点.利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,利用Cytoscape构建蛋白互作网络进行可视化分析,利用Da...     

基于网络药理学探讨黄芪-桂枝药对治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法,探讨黄芪-桂枝药对治疗类风湿关节炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及GeneCards、OMIM等数据库搜索药物、疾病的共同作用靶点,制作韦恩图;利用String数据库、Cytoscape 3.6.1软件构建药物疾病共同靶点蛋白互作网络、药物-成分-疾病...     

基于网络药理学五苓散改善糖尿病肾病作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨五苓散改善糖尿病肾病的作用机制。方法借助TCMSP中药系统药理学分析平台收集五苓散全方5味中药的化合物及有效靶点;利用GeneCards数据库筛选疾病靶点,取交集并绘制维恩图;运用Cytoscape软件构建疾病-药物-活性成分-关键靶点网络;从STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络;进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果获得50个活性化合物,药物靶点29个,疾病靶点2572个,交集靶点21个。PPI网络关键靶点包括CASP3、ESR1、RELA、AR等。GO功能分析主要糖尿病肾病(DN)结合转录激活活性RNA聚合酶II特异性、类固醇激素受体、类固醇结合、核受体活性、转录因子活性直接配体调节的序列特异性DNA结合等相关。通过分析富集的KEGG通路可以发现,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、细胞凋亡、甲型流感可能是本方发挥作用的主要信号通路。结论本研究初步预判五苓散可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到改善糖尿病肾病的效用,有望对中药复方防治糖尿病肾病提供新的证据和研究思路。