基于网络药理学及分子对接探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化的机制

目的]利用网络药理学及分子对接技术探讨当归补血汤治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。 [方法]借助TCMSP数据库获得当归补血汤的活性成分,使用Swiss Target Prediction平台预测其潜在作用靶点。应用GeneCards及DisGeNET数据库筛选As靶点,并将活性成分预测靶点与疾病靶点取交集获得关键交集靶点。采用STRING平台构建交集靶点PPI互作网络,Cytoscape软件网络拓扑分析筛选潜在关键靶点。再次使用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点,并找到核心活性成分。通过Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,最后通过分子对接,进一步明确其发挥治疗效用的成分与靶点作用机制。 [结果]筛选当归补血汤活性成分共19个,预测靶点204个,疾病靶点5 213个,筛选得到治疗As的交集靶点176个,排名前5位的核心靶点为Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6。GO和KEGG富集分析主要指向氧化应激反应、转录调节复合物等功能,参与的信号转导主要包括FoxO信号通路、JAK-STAT信号通路、IL-17信号通路等。分子对接结果显示5个活性成分及5个重要核心靶点对接结合能均小于－5 kJ/mol,提示其受体蛋白与配体小分子之间结合稳定,数值越低,结合稳定性越高,且结合能排名前5位的包含β谷固醇与槲皮素两种活性成分,其中活性成分β谷固醇与TNF结合能最低,为－10.52 kJ/mol,说明β谷固醇与槲皮素两种中药有效成分可能在治疗动脉粥样硬化性疾病中起重要作用。 [结论]当归补血汤中槲皮素、β谷固醇等核心活性成分可能通过作用于Akt1、JUN、TP53、TNF、IL-6等核心靶点,调节炎症反应、脂质代谢和其他相关通路,从而发挥治疗As的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨复元活血通脉汤防治冠心病的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术,探究复元活血通脉汤防治冠心病(CHD)的作用机制.方法 检索中医药整合药理学研究平台V2.0(TCMIP)和BATMAN-TCM数据库获得复元活血通脉汤的活性成分及作用靶点,检索Gene-Cards数据库和OMIM数据库获得CHD相关靶点,利用Perl软件将中药靶点与疾病靶点一一映射...     

基于网络药理学与分子对接研究四逆散治疗肝癌的作用机制

目的联合网络药理学-分子对接研究四逆散治疗肝癌的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取四逆散的化合物及靶标,通过Uniprot获取对应的基因Symbol;从人类基因数据库获取肝癌的疾病基因,并筛选出与四逆散靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制"中药-化合物-治疗靶标"网络图;运用STRING构建蛋白质相互作用(PPI)网络、R studio软件对治疗靶标进行GO和KEGG富集分析,并对结果进行可视化;选择靶点数目最多的活性成分作为配体,PPI网络中度值(Degree)最大的靶点作为受体,预测受体-配体复合物结构与相互结合的氨基酸残基。结果研究筛选得到四逆散治疗肝癌核心靶标91个,相关活性成分141种,其中槲皮素、山柰酚等为四逆散治疗肝癌的主要活性成分; TP53、HSP90AA1等是治疗主要作用靶标; GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1007条,主要涉及抗氧化反应、蛋白丝氨酸-苏氨酸激酶活性调控、细胞应激反应等多个生物过程,KEGG富集分析共获得102条,主要调控乙型肝炎通路、PI3K-Akt信号通路以防治肝癌,分子对接结果验证槲皮素-TP53的VAL147、CYS220、GLU221、PRO222等晶体结构域的协同抗癌效应。结论本研究揭示了四逆散作用于多靶点、多信号通路治疗肝癌的作用机制,为生物实验提供理论基础。     

基于网络药理学与分子对接探讨失笑散治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨失笑散治疗冠心病的作用机制。方法:收集TCMSP及BATMAN-TCM、HERB数据库,分别检索蒲黄和五灵脂的化学成分及靶点,运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-活性成分-潜在靶点网络图。通过GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选冠心病相关的靶点。利用Venny图获取疾病-药物交集靶点,并将其上传至STRING数据库,进一步通过Cytoscape 3.9.0软件绘制核心蛋白-蛋白互作(PPI)网络图。采用Metascape平台对交集靶点进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。利用AutoDockTools-1.5.7软件对核心成分与核心靶点进行分子对接,采用PyMOL软件进行可视化。结果:经筛选后获得失笑散核心成分为槲皮素、山柰酚、异鼠李素等;核心靶点包括蛋白激酶B(AKT1)、细胞肿瘤抗原p53(p53)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)等。KEGG通路富集的主要通路为环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。分子对接验证显示：多数核心成分与核心靶点具有...     

基于网络药理学和分子对接探讨酸枣仁汤“异病同治”阿尔茨海默病和睡眠障碍的作用机制

目的 探讨酸枣仁汤“异病同治”阿尔茨海默病(AD)和睡眠障碍(SD)的共性药效物质基础及作用机制。方法 通过TCMSP中草药系统药理学平台和人类基因(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET、美国国家生物技术信息中心(NCBI)、Drugbank数据库检索酸枣仁汤的化学成分、靶点和AD、SD疾病的靶点;利用Cytoscape3.7.2软件、String数据库、R4.1.3软件、Autodock Vina1.2.2软件和Auto Dock Tools1.5.6软件构建药物-活性成分-共有靶点-疾病网络关系图、蛋白相互作用(PPI)网络模型、基因本体论(GO)功能、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集和分子对接。结果 经筛选后从酸枣仁汤中得到108种活性成分、220个作用靶点;关键活性成分为7-甲氧基-2-甲基异黄酮、柚皮素、豆甾醇等;酸枣仁汤治疗AD和SD的重要靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt)1、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素(IL)-1β、血管内皮生长因子(VEGF)A等;其主要参与的通路有缺氧诱导因子(HIF)-1、TNF、IL-17信...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的应用网络药理学及分子对接技术探讨五苓散治疗慢性心力衰竭(CHF)的作用机制。方法在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索五苓散主要成分及对应靶点;检索GeneCards、TTD、DrugBank、DisGeNET数据库,筛选CHF相关靶点;取疾病与药物交集靶点,构建韦恩图;应用Cytoscape 3.8.0软件建立五苓散药物-活性成分-靶点网络及药物成分-交集靶点网络,获得关键化合物;应用STRING平台构建交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)的网络图,分析网络图得到关键靶点;应用Metascape数据库对交集基因进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取主要靶点蛋白及关键化合物,应用CB-Dock平台进行分子对接验证。结果通过口服生物利用度(OB)及生物活性分子类药性(DL)筛选得到五苓散共有46个活性成分,共涉及63个作用靶点,与CHF重合的靶点有36个,得到谷甾醇、3β-乙酰氧基-白术酮、二氢槲皮素等10个关键化合物,NOS3、CASP3、PTGS2等10个关键靶点。GO分析得到与循环系统、细胞膜成分及蛋白质相关的注释条目。KEGG通路富集通路主要包括AGE-RAGE信号通路、细胞凋亡、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,五苓散关键化合物与新型利尿剂托伐普坦,与治疗靶点均具有良好结合活性。结论五苓散包括多个活性成分,作用于多个靶点,通过抑制细胞凋亡、氧化应激、心肌重构、炎症通路等多种机制作用于CHF,体现了中药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点。     

基于网络药理学和分子对接探究余甘子治疗肝细胞癌的分子机制

目的:基于网络药理学及分子对接虚拟预测方法,探究余甘子治疗肝细胞癌的潜在分子机制。方法:通过公共数据库获取余甘子的有效活性成分及作用靶点,并筛选肝细胞癌相关靶点,构建“活性成分-靶点”关系图与PPI网络,进行GO分析和KEGG、Reactome通路富集,采用分子对接评价活性成分与核心靶点的结合活性。结果:共获得19个有效活性成分和12个重要靶点。通过GO分析获得了1794个细胞生物过程,而KEGG和Reactome富集分析分别涉及315和391个相关通路。结论:余甘子的主要有效活性成分为鞣花酸、木犀草素、槲皮素和山奈酚,可能作用于AKT1、MMP9、SRC、ESR1、PPARG和AR等关键靶点,调控内分泌抵抗、癌症中的蛋白多糖、癌症通路、受体酪氨酸激酶信号、白细胞介素信号通路、生长因子受体和第二信使信号转导、PI3K/AKT信号通路等以治疗肝癌。除了直接的肿瘤相关信号通路,间接的炎症、代谢通路在抑制肝癌进展中发挥了重要作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化的作用机制

[目的]运用网络药理学与分子对接技术探究三棱-莪术药对治疗动脉粥样硬化(As)的作用机制。[方法]通过TCMSP、Swiss Target Prediction、STRING数据库和Cytoscape软件发现并探究相关治疗靶点的作用关系,通过Omicshare平台进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,运用DockThor平台进行分子对接。[结果]研究结果发现158个相关治疗靶点,其中丝氨酸/苏氨酸激酶1、SRC原癌基因、肿瘤坏死因子、丝裂原激活蛋白激酶3、白细胞介素6等49个靶点为核心靶点。GO富集分析发现三棱-莪术药对可以在多方面影响As的发生发展。KEGG通路富集分析发现,三棱-莪术药对可能通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路来发挥治疗As的作用。分子对接显示靶点TNF与常春藤皂苷元的结合活性最高。[结论]三棱-莪术药对治疗As的作用机制复杂,主要通过C型凝集素受体信号通路、癌症通路等多条代谢通路发挥作用。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨益母草干预高血压的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨益母草干预高血压的作用机制。方法 在TCMSP网站中筛选益母草的有效化合物,在SwissTarget、TargetNet网站中检索化合物的基因靶点;在GeneCards、OMIM中检索高血压的相关基因靶点。应用Metascape网站将益母草与高血压共同靶点基因进行富集分析,并用AutoDock Vina软件将核心靶点与关键化合物进行分子对接。结果 益母草的核心成分主要有异鼠李素、山奈酚、益母草碱等12种,共筛选出血管紧张素转化酶、蛋白酪氨酸性磷酸酶、羟基类固醇脱氢酶1等29个交集靶点。这些靶点通过C21-类固醇激素生物合成、钙信号通路、肾素-血管紧张素系统等通路发挥调节高血压的作用。结论 益母草主要通过调控C21-类固醇激素生物合成、醛固酮合成与分泌系统、钙离子通路等发挥对高血压的调节作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的三七总皂苷治疗糖尿病足作用机制分析

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨三七总皂苷治疗糖尿病足的潜在靶点及作用机制。方法通过本草组鉴数据库、PharmMapper平台收集三七总皂苷主要活性成分及其相关靶点,在GeneCards数据库和比较毒理基因组学数据库收集糖尿病足相关靶点,获得药物与疾病的共同靶点。将共同靶点导入STRING平台,构建蛋白质相互作用（PPI）网络,经拓扑分析确定核心靶点。用R软件对共同靶点进行基因本体论（GO）和京都百科全书基因和基因组（KEGG）富集分析。采用Cytoscape软件绘制成分—靶点—通路网络,拓扑分析筛选PNS治疗糖尿病足的核心成分与核心靶点。采用AutoDock Vina软件对核心靶点和药物进行分子对接模拟,验证网络药理学预测的结果。结果 PNS的主要入血活性成分为三七皂苷R1、人参皂苷Rb1、人参皂苷Rd、人参皂苷Re和人参皂苷Rg1。共筛选得到PNS和糖尿病足的共同靶点56个,涉及多个生物过程和多条通路,包括伤口修复、对脂多糖的反应、对氧化应激的反应、平滑肌细胞增殖的调节、细胞间黏附的调节、神经元死亡调节、上皮细胞迁移等过程和糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样...     

基于网络药理学与分子对接探讨藤梨根治疗胃癌的作用机制

目的 通过数据库挖掘藤梨根治疗胃癌的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选药物活性成分及作用靶点,结合Gene Cards、OMIM、PharmGKB、DrugBank以及TTD数据库中的胃癌相关靶点,构建“药物-化合物-交集靶点”网络,并对交集靶点进行蛋白网络互作(PPI)运算及功能分析以进一步得出藤梨根治疗胃癌的核心基因。最后使用Autodock软件对藤梨根活性成分及核心基因进行分子对接。结果 经分析发现,藤梨根有效化合物共6个,对应靶点468个;胃癌靶点12117个,与藤梨根中5个化合物取得交集靶点共148个,其中核心基因13个。GO功能分析结果示,生物过程涉及细胞对化学应激的反应、金属离子响应、脂多糖反应等,KEGG富集分析主要涉及PI3K-AKT信号通路、炎症相关信号通路(TNF、IL17A)、肿瘤相关信号通路等。分子对接结果显示藤梨根其主要活性成分与核心靶点结合能均<-5 kcal/mol,能够自发结合,其中具有较强结合活性(结合能≤-7 kcal/mol)成分靶点占82.8%以上。结论 藤梨根的活性成分可能主要通过调控PI3K-Akt、TNF等信号通路,作用于AK...     

基于网络药理学探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗COPD的作用机制

目的 利用网络药理学方法及分子对接技术探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的相关作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中获取瓜蒌薤白半夏汤的主要化学成分及对应靶点,在人类基因数据库(GeneCards)、药物银行(DrugBank)及人类孟德尔遗传数据库(OMIM)中获取COPD的治疗靶点;获取交集基因后,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点网络关系图;利用蛋白质相互作用数据库(STRING)建立蛋白互作网络(PPI),并利用Cytoscape软件中CytoNCA插件进行拓扑分析筛选核心靶点;利用R语言软件进行基因本体论(GO)生物学功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并绘制条形图;最后通过Autodock软件进行活性成分和核心靶点分子对接验证。结果 瓜蒌薤白半夏汤共筛选出30个活性成分和411个潜在靶点,共获得COPD潜在治疗靶点2 366个,二者交集靶点共139个;PPI核心网络计算出丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)3、MAPK1、JUN、TP53、FOS、雌激素受体α(ESR1)等14个核心靶点;GO富集分析生物学...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制。方法检索中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库中各中药化合物,并将化合物的靶蛋白信息导入UniProt网站进行基因名转换。将整合的数据导入Cytoscape 3.5.1软件,构建“中药-化合物-靶点”可视化网络图。登录DisGeNET、GeneCards、DrugBank、OMIM、GAD、TTD数据库对冠心病基因靶点进行检索,并将疾病与药物的交集靶点录入STRING网站构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,对节点信息进行分析与计算后筛选得到核心靶点。将靶点基因导入Metascape网站进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,同时对通路进行预测。运用AutoDock 4.2、PyMOL 2.3.2软件对核心靶点进行分子对接验证。结果共筛选出瓜蒌薤白半夏汤包含的32种化合物,度值较高的是β-谷甾醇、豆甾醇、柚皮素等。通过Cytoscape 3.5.1软件构建的PPI网络包含98个节点、1318条边,核心靶点为前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚基a(PIK3CA)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。通过GO及KEGG富集筛选出与冠心病相关的磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等10条核心通路,并采用分子对接方法对结果进行了验证。结论柚皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、松柏苷、槲皮素可能是瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病发挥关键作用的化合物,可能通过作用于PTGS2、PIK3CA、MMP2、VEGFA等靶点对肾素-血管紧张素系统(RAS)、RAS相关蛋白-A(Rap1)、血管内皮生长因子(VEGF)等通路进行调控,而PI3K-Akt可能是瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的核心通路。     

基于网络药理学与分子对接探讨羟氯喹治疗干燥综合征的分子机制

目的 基于网络药理学方法,探究羟氯喹治疗干燥综合征的分子作用机制.方法 通过构建"活性成分?作用靶标?疾病"可视化交互网络及蛋白互作网络(PPI),分析相关蛋白的互作关系;对核心靶点进行KEGG通路及基因本体(GO)生物过程富集分析,对药物活性成分与疾病靶点进行分子对接验证.结果 筛选得到羟氯喹活性成分279个,干燥综...     

基于网络药理学和分子对接研究钩藤治疗动脉粥样硬化的有效成分和作用机制

[目的]基于网络药理学和分子对接研究钩藤治疗动脉粥样硬化的有效成分、靶点及通路。[方法]利用TCMSP数据库并结合筛选条件,确定钩藤的主要有效成分和有效成分相应的靶点,构建有效成分-靶点网络;利用GeneCards、DisGeNET、OMIM及TTD数据库确定动脉粥样硬化的疾病靶点,获取药物靶点与疾病靶点的交集,并对交集靶点进行PPI网络分析、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape 3.9.0软件中的“Analyze Network”工具,构建有效成分-靶点-通路网络,筛选出核心成分、核心靶点、核心通路,并对核心成分与核心靶点之间的亲和力进行分子对接验证。[结果]筛选出33种有效成分,其中一种有效成分没有相应的靶点,筛选出1 608个疾病靶点和115个药物与疾病的交集靶点。PPI分析得到的主要靶点为AKT1、TNF、IL-6、IL-1β、TP53、JUN、CASP3、MMP9、PTGS2等。GO生物功能富集分析获得生物过程条目22个、细胞成分条目57个、分子功能条目100个。KEGG通路富集分析筛选出20条信号通路,主要为脂质和动脉粥样硬化、MAPK、癌症信...     

基于网络药理学和分子对接探讨红景天干预血脂异常的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨红景天干预血脂异常的作用机制,为新药研发提供参考。方法:通过中药系统药理分析平台(TCMSP)挖掘红景天药物活性组分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、治疗靶标数据库(TTD)、GeneCards数据库、DrugBank数据库获得高脂血症相关靶点,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。借助Metascape平台分析其主要的生物学过程与代谢通路,并进行富集分析。利用Cytoscape构建红景天成分-高脂血症靶点-通路网络图,对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证。结果:红景天干预高脂血症的核心活性成分为山柰酚、芦丁、紫丁香苷等,核心靶点包括蛋白激酶B1(AKT1)、RELA、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)8、MAPK10、肿瘤坏死因子(TNF)等。分子对接结果显示,芦丁与AKT1、芦丁与RELA、山柰酚与RELA具有较好的结合活性。结论:红景天干预高脂血症具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,可能通过抗炎及调节细胞增殖、分化与凋亡等方式干预高脂血症的发生发展。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四妙勇安汤治疗冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学技术平台(TCMSP)筛选四妙勇安汤的药物有效活性成分及作用靶点,应用全球蛋白质资源(UniProt)数据库对基因标准化处理。通过GeneCards数据库和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索冠心病的有关靶点,将药物有效活性成分靶点与冠心病的相关靶点进行映射,取交集即为四妙勇安汤治疗冠心病的潜在靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建四妙勇安汤治疗冠心病的“药物-成分-疾病-靶点”网络图,运用生物分子功能注释系统(STRING)数据库及Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络图,并筛选核心靶点。利用DAVID数据库对得到的交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用AutoDock及PyMOL等软件进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共得到四妙勇安汤治疗冠心病的活性成分127个、相关靶点137个、交集靶点120个。四妙勇安汤治疗冠心病的生物过程涉及对缺氧的反应、一氧化氮生物合成过程的...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨三参通脉合剂治疗冠心病的主要化合物成分及复杂作用机制。方法:通过HERB数据库、SwissADME平台检索并筛选三参通脉合剂的潜在活性化合物,通过SwissTargetPrediction平台预测作用靶点。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET、DrugBank及TTD数据库检索并筛选冠心病相关靶点。取药物预测靶点与疾病相关靶点的交集,将交集靶点导入Cytoscape 3.9.1构建“中药-成分-靶点”网络;导入STRING 11.5数据库构建靶点蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并通过Cytoscape 3.9.1、CytoNCA插件进行拓扑分析。通过Metascape数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用AutoDock Tools 1.5.7、AutoDock Vina 1.1.2等进行分子对接分析。结果:共筛选得到三参通脉合剂365个活性成分,可能作用于320个冠心病相关靶点。根据“中药-成分-靶点”网络、PPI网络及相关文献筛选5个关键靶点与11个主要活性成分进行分...     

基于网络药理学及分子对接探讨灵芝的免疫调节机制

［摘要］　目的　通过网络药理学及分子对接探讨灵芝调控免疫功能的作用机制。方法　通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索和筛选灵芝有效成分,使用Swiss Target Prediction数据库预测其潜在作用靶点。从GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB、TDD数据库中获取免疫调控相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用String平台构建蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白。利用R软件进行GO富集分析和KEGG通路分析。通过分子对接技术进行活性成分和核心靶点的分子对接验证。结果　共获取灵芝活性成分43个,作用靶点499个,免疫相关靶点12 454个,药物与疾病的交集靶点483个。KEGG通路分析显示交集基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路、蛋白多糖与癌症等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要参与脂质代谢过程的调节、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白有较好的结合活性。结论　研究构建的灵芝“成分-靶点-通路-疾病”网络,一定程度上揭示了灵芝多成分、多靶点的复杂作用机制,为灵芝的临床应用和产品开发提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探究大黄-三七-蒲黄治疗脑出血的作用机制

目的:在活血化瘀理论指导下,运用网络药理学及分子对接方法研究大黄-三七-蒲黄治疗ICH的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、UniPort数据库获取大黄-三七-蒲黄活性成分及靶点蛋白,利用GEO数据库获得GSE24265芯片基因表达谱,运用R软件筛选ICH疾病差异基因,并获取药物与ICH交集靶点。运用Cytoscape软件与STRING数据库获得与靶点相关有效成分及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R Cluster Profiler对交集基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。使用Cytoscape软件构建“药物有效成分-靶基因-KEGG网络”,获得药物核心成分及作用靶点。运用GSEA进一步富集核心靶点作用途径。运用Autodock软件分子对接以验证核心成分、靶点的结合活性。结果:筛选获得大黄-三七-蒲黄治疗ICH的核心成分为槲皮素、人参皂苷Rh2、芦荟大黄素等;核心靶点为白细胞介素1β(IL-1β)、白细胞介素6(IL-6)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、趋化因子配体2(CCL2)。核心靶点共同富集于NOD样受...