发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒实时荧光RT-PCR检测方法的建立

目的 建立新型发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒的TaqMan探针实时荧光RTPCR检测方法并进行评估,为发热伴血小板减少综合征监测中新型布尼亚病毒感染的排查提供实验室检测依据.方法 利用新型布尼亚病毒S片段基因的特异性序列设计引物和探针,探针5'端标记FAM,3'端标记TAMRA,优化反应体系与反应条件,并对不同浓度含...     

登革病毒的Y型引物四重荧光定量RT-PCR方法的建立与评价

目的:利用Y型引物和荧光定量RT-PCR技术建立一种用于登革病毒(dengus virus, DENV)快速分型的四重荧光定量RT-PCR检测方法。方法:用DENV四种分型体外转录RNA对该方法的灵敏度、特异性进行评价及用临床样本进行验证。结果:DENVⅠ型、Ⅱ型、Ⅲ型和Ⅳ型最低检出限分别为5.01反应/PCR、6.1...     

寨卡病毒、登革病毒、黄热病毒、基孔肯雅病毒微流控荧光定量RT-PCR检测方法的建立及评价

目的 结合微流控与荧光定量RT-PCR技术建立寨卡病毒(Zika virus,ZIKV)、登革病毒(dengue virus,DENV)、黄热病毒(yellow fever virus,YFV)和基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)的快速核酸检测方法,以实现这4种病毒感染的快速诊断。方法 以ZIKV的NS1基因、DENV和YFV的NS5基因以及CHIKV的E1基因作为靶序列设计4组特异性引物探针;用体外转录RNA评价方法的灵敏性;用其他病毒核酸评价方法的特异性;ZIKV、YFV、CHIKV检测方法采用模拟阳性样本,DENV检测方法采用临床患者标本进行验证,并与传统荧光定量RT-PCR检测方法进行比较。结果 ZIKV、DENV、YFV、CHIKV4种方法的最低检出限分别是14.57拷贝/μl、94.27拷贝/μl、8.25拷贝/μl、223.19拷贝/μl;4种检测方法与其他病毒核酸无交叉反应;ZIKV、YFV、CHIKV模拟阳性样本检出率为100%,各浓度检测Ct值的变异系数均在2%左右;20份DENV临床患者标本检出率为100%,与传统荧光定量RT-PCR检...     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒（DV）及DV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达1×103copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.792。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DVRNA载量。     

发热伴血小板减少综合征病例血细胞胞内病毒含量的检测方法研究

目的拟构建发热伴血小板减少综合征(severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS)病例外周血各群白细胞中发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus, SFTSV)感染率的流式细胞检测方法, 为临床评估病例预后, 靶细胞和相关机制研究提供新工具。方法建立检测非洲绿猴肾细胞系(VERO-E6)和人单核白血病细胞系(THP-1)细胞SFTSV感染率的流式方法, 并与定量反转录PCR(qRT-PCR)方法比较验证。应用流式细胞术检测SFTS病例外周血各亚群白细胞胞内SFTSV含量, 并与单细胞测序比较验证, 流式细胞检测结果与病例相关临床数据进行独立样本t检验。结果 qRT-PCR和流式细胞检测结果一致, SFTSV感染后3 d内VERO-E6内病毒含量显著梯度升高, 而THP-1内病毒含量变化不明显。流式细胞技术在部分SFTS病例的B淋巴细胞检测出SFTSV阳性, 与单细胞测序结果一致。结论流式细胞检测胞内SFTSV, 相对于qRT-PCR更适用于混合细胞样...     

4株蚊媒病毒多重RT-PCR快速检测方法的建立

目的建立登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒的多重RT-PCR快速检测方法。方法参照病毒核酸序列设计多重RT-PCR引物,并检索GenBank国际基因序列数据库初步验证其特异性,随后对Mg2＋、dNTP及引物浓度,RT-PCR反应条件进行优化,建立稳定、特异的多重RT-PCR快速检测4株病毒方法 ,并以同属于黄病毒科的登革3型病毒、登革4型病毒及甲病毒属基孔肯亚病毒、辛德毕斯病毒为对照,验证其特异性。结果应用多重RT-PCR反应体系,对引物的相关性实验结果表明引物之间不会因相互干扰而出现假阳性结果 ;采用多重RT-PCR引物对登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒进行扩增,分别获得574、251、879、422 bp片段,与设计相符,而对照病毒组均无非特异性扩增条带。结论实验证明,所建立的多重RT-PCR方法能够快速地检测登革1、2型病毒、黄热病毒及流行性乙型脑炎病毒,为其检测提供了一种方便易行的方法 。     

阿瓦朗病毒和休斯病毒实时荧光RT-PCR检测方法研究

目的建立可以检测阿瓦朗病毒(Avalon virus,AVAV)和休斯病毒(Hughes virus,HUGV)两种内罗病毒的实时荧光定量RT-PCR检测方法,并进行初步的评价。方法收集、整理、比对、分析在公共数据库发布的两种病毒基因组核苷酸序列,确定检测靶标,设计特异性引物、探针,优化检测程序,建立实时荧光定量RT-PCR检测方法。利用体外转录技术制备的模拟样本、其他病毒感染标本、病毒株和正常人血标本比较评价所建方法的检测限、特异性、重复性特征。结果所建实时荧光定量RT-PCR检测方法可有效扩增检测AVAV和HUGA靶标RNA,检测限分别约为20拷贝/μl和70拷贝/μl,检测科萨努尔森林病毒、乙型流感病毒BV和BY型、甲型流感病毒H3N2、黄热病毒、乙型脑炎病毒、克里米亚-刚果出血热病毒、发热伴血小板减少综合征、内罗毕羊病毒和塔西那病毒样本无非特异性扩增,两种内罗病毒相互间无交叉反应,重复性比较分析显示变异系数小于2%。结论本研究建立的检测AVAV和HUGV的实时荧光定量RT-PCR方法,可用于临床样本检测和媒介生物、宿主动物标本筛查,便于病原的快速识别和疾病诊断。     

盖塔病毒TaqMan RT-qPCR检测方法的建立与评价

目的:建立一种灵敏且特异的实时荧光定量RT-PCR方法,用于快速检测盖塔病毒(getah virus, GETV)。方法:从GenBank数据库下载GETV基因序列,使用Clustal X完成序列比对,针对高保守区段设计特异性引物和探针;以GETV核酸为标准品建立标准曲线,分别对检测反应的灵敏度、特异性和稳定性进行评价...     

双重荧光定量RT-PCR快速检测流感病毒H1、H3亚型的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测流感病毒H1、H3亚型的方法。方法根据H1、H3亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立优化反应体系后,将荧光定量RT-PCR的产物采用10倍稀释法,即107～100copies/μl,再次用荧光定量PCR方法检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性。结果 H1和H3亚型流感病毒的检测灵敏度为102copies/μl,扩增效率分别为101.35%和113.28%,标准曲线相关系数大于99%,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增。结论本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H1、H3亚型流感病毒。     

肠道病毒71型实时荧光RT-PCR检测方法的建立及临床评价

目的利用实时荧光RT-PCR技术,并通过系统的分析性能和临床性能评价,建立一种早期快速检测肠道病毒71型（EV71）的方法。方法根据EV71基因组中编码衣壳蛋白VP1基因保守区序列设计一对引物和一条荧光探针,利用实时荧光RT-PCR技术建立了检测EV71的方法,并对扩增产物进行分析,同时进行灵敏度、特异性、精密度评价,在此基础上利用不同标本类型共1104例临床样本对本方法和RT-PCR方法进行对比分析。结果本方法可以特异性的检测EV71,而对种属相近的或引起症状相似的其他病毒均无交叉反应。本方法检测灵敏度达到9.22×102PFU/ml,不同浓度样本的Ct值的变异系数在1.4%～2.9%之间。1104例临床样本的研究显示本方法与RT-PCR方法检测结果的总符合率达到96.74%,阳性样本的检出率要高于RT-PCR方法。结论本方法检测EV71具有灵敏度高、特异性强、精密度高、快速简便的特点,并与RT-PCR方法具有很好的符合率,在手足口病的早期快速诊断和疫情监测方面具有很好的应用前景。     

四例咽拭子检测阳性发热伴血小板减少综合征重症患者的临床特征分析?

通过疑似发热伴血小板减少综合征（ Severe fever with thrombocytopenia syndrome, SFTS）病例咽拭子的新型布尼亚病毒（SFTSV）检出情况,探讨SFTSV通过呼吸道传播的可能性。按照国家卫生部颁发的《发热伴血小板减少综合征防治指南（2010版）》中疑似病例的纳入标准,于2013年5～9月在SFTS高发区河南信阳的监测哨点医院收集72例疑似 SFTS 病例的血清和咽拭子标本,采用实时 RT?PCR 方法和ELISA方法检测SFTSV。结果显示,在72例疑似SFTS病例中,52（72?2％）例检测是SFTSV阳性,其中46例核酸RT?PCR检测阳性,6例血清ELISA检测阳性。在52例SFTSV阳性病例中,4（7?7％）例咽拭子核酸检测SFTSV阳性;在20例SFTSV阴性病例中,咽拭子核酸均未检测到SFTSV。4例咽拭子SFTSV阳性病例均为重症,同时都伴有咳嗽症状,其病毒载量最高可达108 copies／mL。 SFTSV在患者的咽拭子中可以检测到,咽拭子核酸检测SFTSV阳性检出率远低于血清标本,其作为检测SFTSV的可行性值得商榷。咽拭子检测SFTSV阳性患者体内病毒载量高且伴有咳嗽症状,加大了SFTSV通过呼吸道传播的风险。     

实时荧光定量RT-PCR法定量检测手足口病病原体的探讨

目的了解北京市门头沟区手足口病患儿感染病毒的型别,探索用荧光定量RT—PCR法对手足口病患者咽拭子标本中肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A16（CoxA16）型病毒载量进行定量检测的可行性。方法采用实时荧光RT—PCR体外扩增法对81例手足口病患儿咽拭子标本提取的RNA进行检测。结果28例手足口病患者体内CoxA16病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT—PCR法构建的标准曲线显示,样本阈值环数（Ct）值与病毒拷贝数的对数（10g10）之间的相关系数为0．9998,相关性良好。4例手足口病患者咽拭子标本中EV71型病毒载量〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法标准曲线显示,Ct值与病毒拷贝数的对数之间的相关系数为0．9996,相关性较好。结论门头沟区手足口病病原谱以CoxA16型为主,34．6％的手足口病患儿CoxA16型病毒载量〉10^3 copies·ml-1,4．9％的患儿EV71型〉10^3 copies·ml-1。实时荧光定量RT-PCR法对咽拭子标本中CoxA16、EV71核酸定量检测比较简便快速、结果直观、稳定性强,为进一步探讨患者体内病毒载量与临床症状的关系打下了良好的基础。     

基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒全基因组多重PCR测序方法的建立与评价

目的基于二代测序(next generation sequencing, NGS)技术建立一种发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus, SFTSV)基因组的测序方法。方法提取SFTSV阳性血清样本病毒核酸, 利用Primer5.0软件设计SFTSV特异性引物, 构建多重PCR方法对病毒核苷酸序列进行特异性扩增, 利用二代测序仪进行全基因组测序。结果 28份SFTSV阳性血清样本均能进行特异性扩增并获得全序, 覆盖度均超过94%, A型病毒株最多(20株)、其次为B型(4株)、E型(3株)。结论本研究基于多重PCR建立了针对SFTSV的特异性强、质量好的高通量测序方法, 提高了测序效率。     

H9N2禽流感病毒一步法双重荧光RT-PCR检测方法的建立

目的 建立一种可同时检测禽流感病毒H9N2的HA和NA基因一步法双重荧光RT-PCR方法.方法 针对H9N2禽流感病毒的HA和NA基因保守区,设计相应的特异性引物以及探针,优化检测体系及反应条件,建立一步法双重荧光定量RT-PCR方法.对该方法的灵敏度、特异性、稳定性进行验证与评估,并对家禽粪便标本进行应用检测,以单重实时荧光RT-PCR方法作为参照,检测结果不一致的样本采用测序进行验证.结果 该方法特异性强,与H1、H3、H5、H7亚型禽流感病毒、鸡新城疫及鸡传染性支炎病毒均无交叉反应,对HA和NA基因的最低检出限分别可达50拷贝/μL和25拷贝/μL,组间与组内的变异系数在0.20 ～0.79％之间.对82份粪便标本进行检测,H9N2禽流感病毒的阳性率为8.14％ (7/82),与单重实时荧光RT-PCR法检测结果一致.结论 该方法特异性强、灵敏度高、稳定性好,可应用于临床禽流感样本的检测.     

荧光定量PCR用于重组杆状病毒鉴定及病毒滴度检测的研究

目的：建立一种高效、简便的荧光实时定量PCR方法,用于重组杆状病毒鉴定及病毒滴度的检测.方法：利用Bac-to-Bac载体系统在E.coli菌株DH10 Bac中构建重组杆状病毒穿梭质粒（Bacmid）和在昆虫细胞中构建含人IL-18基因的重组杆状病毒,纯化的重组Bacmid作为PCR检测的标准模板,由昆虫细胞中收获的病毒母液用于空斑测定和病毒DNA提取.以10倍梯度稀释的重组Bacmid作为标准模板,进行荧光定量PCR扩增IL18基因片段并绘制标准曲线,然后以提取的重组杆状病毒DNA作为模板,采用同样体系进行实时PCR反应检测.同时,以琼脂糖空斑法测定病毒母液的滴度.结果：成功构建了重组杆状病毒并建立了病毒滴度的实时荧光PCR检测方法.运用标准模板进行的PCR反应显示该方法的线形范围为101～108拷贝,病毒母液的DNA拷贝浓度（vg/ml）值约为空斑检测的滴度pfu/ml值的10倍.结论：荧光定量PCR方法可灵敏快速地鉴定重组杆状病毒,并在较大的线性范围内检测重组杆状病毒滴度,较之空斑法更准确地反映了重组杆状病毒的实际数量.     

荧光定量RT-PCR在流感病毒检测上的应用

目的　探讨实时荧光定量RT PCR检测方法在流行性感冒检测诊断上的意义。方法　收集集体暴发疑似流感、SARS患者的咽拭子标本 16起 2 0 7份和双份血清标本 10 4份 ,应用荧光定量RT PCR检测方法、MDCK细胞培养法和血凝抑制试验进行病原学和血清学检测。结果　 2 0 7份集体暴发疑似流感、SARS患者的咽拭子标本中用荧光定量RT PCR检测 ,阳性 79份。阳性率 38 16 % (79 2 0 7)。MDCK细胞培养 ,16起中有 13起共 14 5份咽拭子有 6 2份标本阳性。阳性率 2 9 95 % (6 2 2 0 7)。两者的阳性率差异有显著意义 (χ2 =8.6 4 ,P <0 0 0 5 )。有 9起 10 4份成功的采集了双份血清 ,经HI试验有 6 4份双份血清与H3N2亚型抗原产生血抑 4倍增长 ,阳性率 6 1 5 4 % (6 4 10 4 )。结论　荧光定量RT PCR方法检测流感病毒能够在 3～ 4h内得出结果、且操作方便、特异性强、灵敏度高。因此我们认为实时荧光定量RT PCR方法 ,可作为一种快速的流感病毒检测诊断方法。     

实时定量RT-PCR的原理及方法

实时定量RT-PCR广泛应用于定量检测mRAN表达水平,为基础研究、分子药物学和生物技术研究提供了一种有力的方法。该法具有易操作、高通量、敏感性高和特异性强的特点,随着新酶、新探针和新仪器的发展而得到快速的发展。本文将对实时定量RT-PCR的定量原理、仪器应用、探针种类的研究进展以及细胞因子mRNA表达水平检测上的应用作一综述。     

实时荧光定量RT-PCR检测胃癌患者外周血hTERT mRNA表达水平

目的:检测胃癌患者外周血中端粒酶催化亚基hTRT mRNA的表达水平,探讨其作为胃癌早诊标志物的可行性.方法:应用实时荧光定量RT-PCR技术检测108例原发性胃癌、100例良性胃溃疡和120例健康献血员血清hTRT mRNA表达水平.结果:胃癌组hTRT mRNA表达水平(13.48±0.83 copies/ml)显...     

HFRS患者汉滩病毒核蛋白特异性CTL克隆的建立及其初步研究

为探讨汉滩病毒核衣壳蛋白 (HTNV NP )诱生的特异性细胞免疫的分子基础 ,为阐明HFRS的发病机制和疫苗的设计提供资料 ,本文分离HFRS患者的PBMC ,建立HTNV NP特异性的CTL克隆 ,同时将克隆有HTNVS基因不同片段的真核表达载体转染患者自身的B淋巴母细胞系 (BLCL ) ,建立CTL靶细胞系 ,并进行细胞杀伤试验。建立的特异性CTL克隆对表达完整NP、NP羧基和氨基端肽段的靶细胞均有比较明显的杀伤效应 ,平均杀伤率分别为 5 0 2 %、 39 0 %和 2 5 8%。表明HTNV NP优势T细胞表位可能主要位于病毒核蛋白的羧基端