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1.
目的采用多种生物预测软件分析铜绿假单胞菌YfiB蛋白及其编码基因结构和生物学功能。方法由NCBI数据库获取YfiB蛋白的基因组信息,经ORF Finger软件预测基因ORF区;ProtParam、SOSUI、ExPASy-ProtScale、SignalP 4.1 Server和TargetP-2.0 Server软件分析YfiB蛋白理化性质、亲疏水性和信号肽;TMHMM Server v.2.0、NetPhos 3.1 Server、BLAST软件对跨膜区域、磷酸化位点和保守结构域分析;采用SOPMA、COILS、SWISS-MODEL、ABCpred、SYFPEITHI和STRING预测软件分析YfiB蛋白结构、抗原表位及相互作用蛋白。结果 YfiB基因序列长507 bp,存在3个开放阅读框架,编码168个氨基酸。YfiB蛋白分子式为C_(802)H_(1311)N_(241)O_(245)S_5,相对分子质量为18.41×10~3,脂族指数92.38,PI为7.89,为不稳定亲水性蛋白。含有1个信号肽,14个磷酸化修饰位点,无跨膜区域。二级结构中占比较高的是无规则卷曲和α-螺旋,分别为42.26%和33.93%。预测YfiB蛋白含有8个B细胞表位、12个限制性CTL表位和6个限制性Th表位,10种蛋白可能与其相互作用。结论生物信息学方法预测YfiB蛋白存在多个B、T细胞表位,可为铜绿假单胞菌YfiBNR信号系统促进相关生物膜形成的功能机制研究提供参考。  相似文献   

2.
目的获得口蹄疫病毒O/Ind2001株VP1蛋白的抗原信息。方法采用生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及其T、B淋巴细胞优势抗原表位。从GenBank中获取蛋白基因信息,通过DNAStar生物学软件、SOMPA预测蛋白质的二级结构及其理化性质;通过Phyre的同源建模服务器预测蛋白质三级结构;通过ABCpred、SYFPEITHI、IDBE等工具联合预测蛋白的T、B淋巴细胞的优势抗原表位。结果该蛋白由213个氨基酸组成,原子组成为Cm/H1674 N298 O310S4,pl值为9.32,不稳定系数为21.89,亲水系数一0.327,为稳定性亲水蛋白。其二级结构主要成分为无规则卷曲,约占47.42%,预测含有多个T、B淋巴细胞抗原表位。结论生物信息学方法预测口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位,可为其表位疫苗的研究提供参考。  相似文献   

3.
目的采用生物信息学方法分析阪崎克罗诺杆菌(Cronobacter sakazakii)OmpX蛋白的结构和功能。方法利用NCBI数据库查询阪崎克罗诺杆菌OmpX基因的基因序列(GenID:29458415),采用protparam软件分析OmpX蛋白的理化性质,利用SOPMA软件预测OmpX蛋白的二级结构,采用KolaskarTongaokar法预测B细胞抗原表位,运用SYFPEITHI预测T细胞抗原表位。结果阪崎克罗诺杆菌OmpX基因核酸序列长度为513 bp,其编码的蛋白由170个氨基酸组成,分子式为C_(810)H_(1220)N_(214)O_(258)S_5,相对分子质量为18.24 418×10~3,理论等电点为4.84;该蛋白质含有5个亲水性较高区域,1个跨膜区,100%存在于外膜上,可能为一种特异性外膜受体蛋白;该蛋白含有1个信号肽,25个磷酸化位点,5个免疫抗原簇,4个优势B细胞表位,5个HLA-A*0201限制性CTL细胞表位,6个HLA-DRB1*0401限制性Th细胞表位;二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角和无规则卷曲结构的含量分别为17.65%、28.24%、5.88%和48.24%。结论阪崎克罗诺杆菌OmpX蛋白含有多个抗原表位,具有良好的免疫原性,可作为潜在抗原用于阪崎克罗诺杆菌疫苗的研制。  相似文献   

4.
目的用生物信息学方法分析刚地弓形虫抑制蛋白(T.gondii profilin,TgPRF)的主要特性与抗原表位,筛选该蛋白的T/B细胞联合抗原表位。方法利用NCBI上的ORF finder、ProtParam、SignalP、TMHMM、MotifScan、WoLF PSORT、PSORTⅡ、SOPMA、Bcepred、SYFPEITHI、NetCTL等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner和DNAMAN等生物信息学软件,分析并预测TgPRF蛋白的开放阅读框、理化性质、信号肽、跨膜区、翻译后修饰位点、亚细胞定位、二级结构、表面可及性、可塑性、亲(疏)水性及T/B细胞抗原表位。结果 TgPRF基因的开放式阅读框为492个碱基的核苷酸序列。TgPRF蛋白由163个氨基酸组成,相对分子质量为17 555.2,分子式为C_(764)H~(1160)N_(204)O_(258)S_7,等电点为4.40,有4个表面可及性参数≥1.9的区域、5个亲水性参数得分≥1.9的区域、3个柔韧性参数得分≥2的区域、10个翻译后修饰位点、8个潜在B细胞抗原表位和3个T/B细胞联合表位。结论 TgPRF蛋白有多个优势抗原表位,为后续弓形虫免疫保护性的研究提供理论指导。  相似文献   

5.
目的对刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶2B(TgCDPK2B)进行生物信息学分析,预测其免疫原性及其功能。方法利用生物信息学在线预测软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM、SignalP-4.1、Targetp1.1Server、SOPMA、MotifScan、SWISS-MODEL、SYFPEITHI等分析预测TgCDPK2B蛋白的理化性质、可溶性、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、二级结构、蛋白翻译后修饰位点,以及三级结构、可溶性、柔韧性、表面可及性、B细胞和T细胞抗原表位等。结果 CDPK2B蛋白含有604个氨基酸,分子式为C2965H4633N823O890S23,相对分子质量(Mr)为66.78676×103,理论等电点为6.40,不稳定指数为31.70,脂溶性指数为77.43,平均疏水性系数为-0.440 562,属于亲水性蛋白。TgCDPK2B蛋白无信号肽和跨膜区,在该蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规则卷曲所占比例分别为38.58%、15.4%、11.42%和34.60%;TgCDPK2B蛋白含有11个亲水性和11个柔韧性参数2.0的区域,28个表面可及性1.9的区域,8个暴露表面得分2.3的区域。TgCDPK2B蛋白共有4种翻译后修饰位点,33个B细胞抗原表位,13个CTL细胞抗原表位,34个Th细胞抗原表位。结论生物信息学预测TgCDPK2B为可溶性蛋白,含有多个B、T细胞抗原表位,可作为弓形虫疫苗抗原候选。  相似文献   

6.
目的通过生物信息学在线程序及软件分析弓形虫动力蛋白轻链8a(TgDLC8a),预测其结构、免疫原性及抗原性。方法利用生物信息学在线软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM Server v.2.0、SignalP-5.0、TargetP1.1、Coils、SOPMA、NetPhos 3.1Server、SWISS-MODEL、SYFPEITHI及DNAMAN软件、DNAStar软件等分析预测TgDLC8a蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、可溶性、柔韧性、表面可及性、二级结构、蛋白翻译后修饰位点、三级结构及B细胞和T细胞抗原表位。结果 TgDLC8a蛋白含有138个氨基酸,分子式为C723H1128N192O195S11,相对分子质量为15.928 74×10~3,理论等电点为8.69,半衰期为30h,不稳定系数为37.09,脂溶性指数为88.33,总平均亲水性系数为0.025,属于疏水性蛋白;该蛋白有跨膜结构域,无信号肽切割位点,亚细胞定位预测可能是分泌蛋白;二级结构中α螺旋和β折叠分别占41.30%和23.91%,β转角和无规则卷曲分别占5.80%和28.99%;三级结构以二聚体的形式存在。该蛋白含有7个磷酸化修饰位点,其中4个丝氨酸磷酸化位点,2个苏氨酸磷酸化位点,1个酪氨酸磷酸化位点;含有7个B细胞抗原表位,7个CTL细胞抗原表位,11个Th细胞抗原表位。结论生物信息学预测TgDLC8a蛋白具有多个潜在的B细胞抗原表位及CTL细胞和Th细胞抗原表位,具有免疫原性和抗原性,可作为为抗弓形虫病疫苗候选蛋白。  相似文献   

7.
目的 利用生物信息学方法对艰难梭菌TPI蛋白的结构和功能进行分析并预测其优势B细胞以及T细胞抗原表位。方法 在NCBI数据库获取TPI蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam软件分析蛋白的理化性质;通过Signal 6.0 Sercer和TMHMM 2.0 Sercer软件预测蛋白的信号肽及跨膜区;采用SOMPA和SWISS-MODEL软件分析蛋白的二级结构和三级结构;利用软件ABCpred、IEDB和SYFPEITHI预测TPI蛋白的优势T、B细胞表位。结果 TPI蛋白由247个氨基酸组成,理论pI值5.05;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白;不含信号肽序列及跨膜结构域;蛋白的二级结构中α螺旋占52.63%,延伸链占15.38%,β-转角占7.69%,无规卷曲占24.29%;预测该蛋白含有多个优势B细胞及T细胞表位。结论 通过生物学信息的方法预测艰难梭菌TPI蛋白含有多个潜在的B细胞及T细胞抗原表位,为艰难梭菌感染的血清学诊断和亚单位疫苗的研制提供了理论基础。  相似文献   

8.
目的获得口蹄疫病毒O/Ind2001株VP1蛋白的抗原信息。方法采用生物信息学方法预测VP1蛋白二级结构及其T、B淋巴细胞优势抗原表位。从GenBank中获取蛋白基因信息,通过DNAStar生物学软件、SOMPA预测蛋白质的二级结构及其理化性质;通过Phyre的同源建模服务器预测蛋白质三级结构;通过ABCpred、SYFPEITHI、IDBE等工具联合预测蛋白的T、B淋巴细胞的优势抗原表位。结果该蛋白由213个氨基酸组成,原子组成为C_(1048)H_(1674)N_(298)O_(310)S_4,pI值为9.32,不稳定系数为21.89,亲水系数-0.327,为稳定性亲水蛋白。其二级结构主要成分为无规则卷曲,约占47.42%,预测含有多个T、B淋巴细胞抗原表位。结论生物信息学方法预测口蹄疫O型Ind-2001毒株VP1蛋白为稳定性蛋白,含有T、B淋巴细胞抗原表位,可为其表位疫苗的研究提供参考。  相似文献   

9.
目的预测结核分枝杆菌Rv3407的抗原表位。方法利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3407氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv3407蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,潜在的B细胞抗原表位较少,可能位于11-26、28-43、50-61、66-74、76-99位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较多,可能位于2-12、22-26、34-37、40-44、56-60、75-79、86-93位氨基酸残基或其附近。结论结核分枝杆菌Rv3407是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,B细胞抗原表位略少,预测结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与应用奠定了基础。  相似文献   

10.
目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。  相似文献   

11.
目的 克隆羊口疮病毒020基因,构建其重组真核表达质粒并转染HeLa细胞,分析020基因编码E3L蛋白的亚细胞定位,分析该蛋白生物信息学特征。方法 提取羊口疮病毒基因组,PCR扩增020基因并构建重组真核表达质粒,转染HeLa细胞,采用Western blot检测其在该细胞中的表达,免疫荧光法检测该蛋白的亚细胞定位。利用DNAstar软件分析不同毒株ORFV E3L氨基酸序列特点及其遗传演化关系;利用SOMPA软件分析其二级结构;利用SignalP4.0软件预测信号肽;利用TMHMM2.0软件预测跨膜结构;利用NetPhos 3.1预测磷酸化位点;利用NetNGlyc-1.0预测糖基化位点;应用IDEB和SYFPEITHI预测ORFV E3L蛋白的抗原表位。结果 成功克隆得到ORFV 020基因,全长549 bp,编码183个氨基酸;亚细胞定位显示该蛋白定位于细胞核和细胞质。生物信息学分析ORFV E3L蛋白α螺旋约占40.44%、β折叠约占5.46%、延伸链约占16.94%、无规则卷曲约占37.16%;该蛋白无信号肽和跨膜结构,可能存在15个磷酸化位点,7个N-糖基化位点,5个B细胞线性表位,2个CTL表位,3个Th细胞表位,3个B细胞和CTL联合表位,3个B细胞和Th细胞联合表位。结论 ORFV E3L蛋白定位于细胞核和细胞质,含有多个抗原表位,可能具有免疫原性。该蛋白高度保守,具有成为优势保护性抗原的潜力。为进一步揭示ORFV E3L蛋白的功能奠定基础,为ORFV诊断方法的建立及疫苗的研制提供了理论依据。  相似文献   

12.
目的应用相关软件和在线网络分析Em95的蛋白二级结构,预测B细胞表位和T细胞表位的联合表位。方法采用DNAStar软件和在线网络IEDB、SYFPEITHI及Propred等对Em95的B细胞表位和T细胞表位进行预测,寻找B细胞和T细胞表位共同的区域。结果 Em95存在潜在的抗原表位,其中B细胞表位区域为10-19、43-48、52-59、78-82、92-100和110-115;分值高的T细胞表位区域为32-40、51-60、82-98、108-116和126-138。B细胞和T细胞共同的表位区域为52-59、92-98和110-115。结论运用生物信息学方法确定Em95的3个T-B细胞联合表位存在于5个T细胞抗原表位和6个B细胞抗原表位中存在区域,对进一步研究Em95的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要意义。  相似文献   

13.
目的运用生物信息学方法分析鸟分枝杆菌PPE25-MAV蛋白的结构与功能。方法从NCBI数据库获取MAV2928基因编码蛋白氨基酸序列;使用protParam和PortScale工具分析该基因编码PPE25-MAV蛋白的理化性质以及亲疏水性;分别运用SignaIP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0和PSORT Prediction工具预测PPE25-MAV蛋白的信号肽、跨膜区、亚细胞定位;采用NetPhos 3.1 Servera预测磷酸化位点,采用NCBI-Conserved domains分析蛋白的保守域结构;采用SPOMA软件在线分析PPE25MAV蛋白二级结构,使用SWISS-MODEL建立三级结构模型。运用ABCpred软件和IEDB预测蛋白的B细胞抗原表位。结果MAV2928基因全长为1266 bp,编码蛋白PPE25-MAV含有421个氨基酸,为不稳定疏水蛋白,脂肪系数为72.66,无信号肽及跨膜区,定位于细胞质中。该蛋白含有52个磷酸位点,有1个保守域结构属于PPE超家族蛋白;二级结构以无规则卷曲为主,结构较松散。预测该蛋白含有7个B细胞优势抗原表位和24个Th细胞表位。结论PPE25-MAV蛋白含有多个磷酸化位点,参与细胞信号的转导,含有7个优势B细胞抗原表位,为该蛋白作为候选疫苗抗原提供了理论基础。  相似文献   

14.
目的应用生物信息学软件分析及预测结核分枝杆菌Rv3841基因编码蛋白BfrB的结构与功能。方法从NCBI数据库中获取Rv3841基因及其编码序列;利用ProtParam及ProtScale预测BfrB蛋白的理化性质及亲疏水性;应用SignalP 4.0及TMHMM分析BfrB蛋白的信号肽及跨膜区;应用SOPMA及SWISS MODEL工具分析蛋白的二级结构,建立三级结构模型;利用Bepired1.0、ABCpred及SYFPEITHI、NetMHCIIpan预测蛋白的细胞表位,寻找最佳B细胞与T细胞抗原表位。结果 Rv3841编码的BfrB蛋白具有181个氨基酸残基,平均疏水系数为-0.277,为亲水性蛋白。BfrB蛋白无信号肽序列及跨膜区域,二级结构中α螺旋约占65.19%,β折叠6.63%,β折角4.97%,无规则卷曲23.2%。预测的B细胞、CTL细胞及Th细胞抗原表位分别为7、9、11个。结论生物信息学方法预测BfrB蛋白为亲水性蛋白,具有潜在的B、T细胞抗原表位,可作为研发新的结核病疫苗靶标。  相似文献   

15.
目的寻找EM18抗原表位。方法用逆转录PCR方法从多房棘球蚴的RNA扩增EM18基因片段,运用各软件对EM18的二级结构和表面特性、亲水性、理化性质、可及性、免疫原性和可塑性等方面进行分析,预测其抗原表位。经3DLigandsite服务器结构预测其编码的蛋白质的3D结构。结果 EM18存在潜在的抗原表位,B细胞表位区域:28-43、49-55、59-64、69-79、85-91、99-111、119-129、135-144。结论运用生物信息学方法确定EM18存在8个抗原表位,对进一步研究EM18的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要的意义。  相似文献   

16.
目的 用生物信息学方法分析刚地弓形虫苹果酸脱氢酶(TgMDH)基因编码蛋白的结构与抗原表位,预测该蛋白的免疫原性。方法 利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、SOSUI、TMPRED、HNN、MotifScan和NCBI上的ORF finder、SignalP、Bcepred等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner和DNAMAN等生物信息学软件,分析并预测TgMDH蛋白的开放阅读框、理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、表面可及性、可塑性、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过CPHmodels程序预测该蛋白的三维空间结构。结果 TgMDH蛋白由316个氨基酸组成,分子式为C1498H2454N402O440S20,分子质量单位为33 777.5,等电点为6.01,波长280 nm时的吸光度(A)值为0.364,半衰期为30 h,有9个表面可及性参数≥1.9的区域、4个亲水性参数得分≥1.9的区域、7个柔韧性参数得分≥2的区域、14个翻译后修饰位点和14个潜在抗原表位,为可溶性表达蛋白。结论 TgMDH基因编码蛋白为可溶性蛋白,有多个抗原表位,具有免疫原性,可作为弓形虫病疫苗候选抗原。  相似文献   

17.
目的应用软件和在线网络分析Eg95的蛋白二级结构,预测B细胞表位和T细胞表位,为确定和筛选优势表位,研制安全、高效的表位疫苗奠定基础。方法采用DNAStar软件和在线网站IEDB、SYFPEITHI等对Eg95的B细胞表位和T细胞表位进行预测。结果 Eg95存在潜在的抗原表位,B细胞表位区域:16-38,41-48,50-67,68-90,92-100,103-113,120-132。分值高的T细胞表位区域:6-14,14-22,48-56,4-12,98-106,142-150,146-154。结论运用生物信息学方法确定Eg95存在7个抗原表位,对进一步研究Eg95的抗原性和研发优势表位疫苗具有重要的意义。  相似文献   

18.
目的 预测结核分枝杆菌Rv3134c的抗原表位,了解其免疫学特性。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv3134c氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、表面可能性、柔韧性等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位,最后BLAST分析其与人类抗原表位的同源性。结果 Rv3134c蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有较多潜在的B细胞抗原表位,可能位于1-7、30-37、65-81、89-100、111-120、138-148、184-195、209-216、233-238位氨基酸残基或其附近,这些区域基本上含有β转角结构,亲水性、表面可能性和柔韧性指数都较高。该蛋白潜在的T细胞抗原表位较少,可能位于62-76、89-97、185-195、203-213、219-231、248-255位氨基酸残基或其附近。BLAST分析结果显示,其与人类抗原表位的同源性很低。结论 结核分枝杆菌Rv3134c是一个即含有较多B细胞抗原表位又含有较多T细胞抗原表位的蛋白抗原,实验结果为该蛋白抗原表位的进一步研究与合成肽疫苗奠定了基础。  相似文献   

19.
目的 通过生物信息技术预测分析Omp2b蛋白的优势B细胞表位和T细胞表位,筛选T-B联合抗原表位,探讨其免疫原性和激发免疫应答的特点,为开发有效的布鲁氏菌疫苗奠定基础.方法 1)利用生物信息学软件ProtParam,SOMPA,SWISS-MODEL,Rasmol,DNAStar,SYFPEITHI和IEDB来分析Om...  相似文献   

20.
 目的 预测结核分枝杆菌Rv1419蛋白的抗原表位。方法 利用DNAStar软件包中Protean软件对Rv1419氨基酸序列进行分析,采用包括二级结构、亲水性、抗原性、可及性、柔韧性、电荷分布等多参数预测其二级结构及T细胞和B细胞抗原表位。结果 Rv1419蛋白具有丰富的二级结构和多处抗原指数较高的区段,含有少数潜在的B细胞抗原肽表位(可能在67~70、72~82、142~154、131~137位氨基酸残基或其附近),这些表位抗原性较好,都含有β转角和无规则卷曲结构,呈现在表面的可能性和柔韧性都较大。该蛋白含有较多潜在的T细胞抗原肽表位(可能在5~15、18~22、29~32、43~55、58~62、64~68、86~97、99~109、110~114、117~123、126~128、136~140位氨基酸残基或其附近)。结论 结核分枝杆菌Rv1419蛋白是一个T细胞抗原表位占优势的蛋白抗原,也存在B细胞抗原表位,本研究结果为该蛋白抗原表位的进一步研究、应用奠定了基础。  相似文献   

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