内蒙古炭疽芽胞杆菌多位点串联重复序列分型分析

炭疽芽胞杆菌是引起人和动物炭疽的病原菌,牛、羊等食草动物为主要传染源,人类主要通过接触炭疽病畜毛皮和食肉而感染,也可以通过吸入含有炭疽芽孢的粉尘或气溶胶而感染.我国炭疽自然疫源地分布广泛,炭疽病例时有发生.内蒙古地区是主要的炭疽自然疫源地,每年都有病例发生.炭疽杆菌是一种相对保守的细菌,很多基因分型方法都不能对其分型,Keim等[1]首次将MLVA8方法用于炭疽芽抱杆菌基因分子分型中,其选择6个染色体上VNTR多态性位点和2个质粒上VNTR多态性位点联合建立了MLVA8分析方法,是比较有效的区别不同炭疽芽胞杆菌的方法.     

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。     

2006-2016年贵州省炭疽芽胞杆菌SNR分型分析

目的 对贵州省2006-2016年分离的炭疽芽胞杆菌进行单核苷酸重复序列分型分析(SNR),了解菌株SNR型别特征,为炭疽疫情监测、调查与溯源提供技术手段和科学依据.方法 提取贵州省2006-2016年间不同地区的炭疽芽胞杆菌菌株基因组DNA,应用SNR各位点引物进行PCR扩增,将扩增产物进行毛细管电泳分析获得各位点序...     

2019-2020年宁夏炭疽芽胞杆菌毒力鉴定及基因分型研究

目的 了解宁夏2019-2020年分离的炭疽芽胞杆菌菌株致病力及基因分型特征,为宁夏皮肤炭疽疫情判定与分子溯源提供实验室依据。方法 收集2019-2020年宁夏各地区分离的炭疽芽胞杆菌,对其进行毒力鉴定,并运用MLVA-15和canSNP分型技术进行基因分型研究。结果 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌均为强毒株,MLVA-15分型为同一种群,canSNP分型为A.Br.001/002组。结论 2019-2020年宁夏分离到的炭疽芽胞杆菌致病力较强,且菌株呈现相同的基因分型特征,提示菌株间存在流行病学关联。此研究结果填补了宁夏炭疽芽胞杆菌实验室检测中菌株致病力及基因分型的空白。     

2012-2015年贵州省炭疽芽胞杆菌分离鉴定及MLVA分型分析

目的 了解菌株的分子流行病学特征,为贵州省炭疽疫情的预防控制提供科学依据。方法 对2012-2015年贵州省间不同地区的409份标本(外环境388份、患者19份和牲畜2份)进行炭疽芽胞杆菌分离培养,采用革兰染色镜检、青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽菌落进行鉴定,分析菌株检出情况。运用MLVA-15技术对炭疽芽胞杆菌分离株进行基因分型获得各VNTR位点的扩增长度并计算重复单元的重复数目。结合各VNTR位点重复数目,利用NTsys 2.10e软件对不同地区菌株进行聚类分析。结果 从409份标本中分离出34株炭疽芽胞杆菌,检出率为8.31%。其中341份土壤检出33株,检出率为9.68%;17份患者皮肤病灶渗出液检出1株,检出率为5.88%。2015年分离出炭疽杆菌的阳性率最高,占48.72% (19/39)。MLVA-15分析显示,34株菌株被分为3个MLVA型;聚类分析显示,34株菌株被分为A和B两簇,其中A簇又被进一步分为A1和A2分支。来自相同地区或年份的多数菌株聚类关系相对较近。结论 2012-2015年贵州省间各种疑似炭疽送检标本中,土壤的检出阳性率最高,贵州省炭疽芽胞杆菌菌株具有MLVA型别多样性,型别分布和聚类关系具有明显的地域性。     

江苏省67株结核分支杆菌MLVA分型分析

目的初步探讨江苏省结核分支杆菌的数目可变串联重复序列(VNTR)的分布特征。方法采用多位点串联重复序列(MLVA)分型方法,对从江苏省病人分离的结核分支杆菌的VNTR进行PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics3.0软件分析其VNTR的多态性和聚类分析。结果共选取了15个VNTR位点,对67株结核分支杆菌进行了检测分析,结果显示明显的基因多态性,可分8个基因型(Ⅰ～Ⅶ型),其中较多的一型菌株占32.6%,其他型别菌株数量较接近,没有特别明显的优势型别。结论江苏省结核分支杆菌具有明显的多态性,MLVA分型技术具有稳定、简单、可重复的优点,可用于结核分支杆菌的流行病学调查。     

山东省一起皮肤炭疽疫情来源炭疽芽胞杆菌的分子分型及基因溯源分析

目的 对一起皮肤炭疽暴发疫情来源炭疽芽胞杆菌开展分子分型及基因溯源分析,为炭疽的有效防控提供重要的基础性数据。方法 本研究对2021年山东省曹县一起炭疽疫情样本中分离的8株炭疽芽胞杆菌进行药物敏感性实验、MLVA-15和canSNP分型、全基因组测序(WGS)和SNPs分析。结果 药敏结果显示,所有分离株耐药性一致。8株菌MLVA-15分型为同一基因型,该基因型在国内首次发现,命名为MLVA15-CHN77型;canSNP分型均为A.Br.001/002型。WGS结果分析显示,8株菌具有相同的耐药基因和毒力基因谱。SNPs分析显示,8株暴发菌株聚成一簇。结论 基于全基因组序列的分型和溯源策略,是炭疽芽胞杆菌传统分型方法的必要补充。     

贵州省2006-2011年炭疽芽胞杆菌检出情况与致病性研究

目的了解贵州省2006—2011年炭疽芽胞杆菌感染和分布情况,为贵州省炭疽疫情的预防控制和炭疽病09分子流行病学研究提供科学依据。方法对来自贵州省2006—2011年不同地区09830份疑似炭疽标本（外环境标本667份、患者标本151份和牲畜标本12份）,采用传统的革兰染色镜检、普通营养琼脂平板和血琼脂平板培养基分离培养炭疽芽胞杆菌,运用青霉素抑制试验和噬菌体裂解试验对可疑炭疽芽胞杆菌菌落进行鉴定。采用Real—time PCR技术检测88株经传统细菌学方法鉴定为炭疽芽胞杆菌菌株pX01质粒上的PA基因和pX02质粒上的CAP基因。结果从830份标本中分离出88株炭疽芽胞杆菌,总检出率为10．60％。2007年分离出炭疽杆菌的阳性标本最多,占36．36％;其次为2009年,占29．55％。阳性标本主要分布在黔西南州,其次为毕节地区和黔南州;册亨县、织金县和望谟县为炭疽杆菌检出数较多的监测县。88株炭疽芽胞杆菌CAP基因均为阳性。除2007年2株炭疽菌株PA基因为阴性外,其余86株PA基因均为阳性。结论贵州省炭疽疫源地面积广大,污染严重;检出的88株炭疽芽胞杆菌中97．73％的菌株同时具有两种毒力质粒,具有强致病性;该研究结果对贵州省炭疽疫情的预防控制及分子流行病学研究具有重要意义。     

甘肃省临床分离结核分枝杆菌MLVA分型初步研究

目的随机选取2005-2007年间甘肃省肺科医院临床分离结核分枝杆菌菌株,通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandemrepeats analysis,MLVA)分型,了解甘肃结核分枝杆菌流行菌株基因型情况。方法选择标化的15个VNTR位点,对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用Bio Numerics4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个大基因类型,分别包含13(5.7%)、3(1.3%)、7(3.1%)、1(0.4%)、171(75%)、31(13.6%)、2(0.9%)个株菌;在株水平基因分型上,93(40.8%)株为单菌株基因型;其余菌株基因型分别包含2-10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇。结论甘肃结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,ML-VA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要。甘肃省结核分枝杆菌流行株主要为北京家族基因型菌株。     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MLVA分型研究

目的对部分2000~2005年北京分离株耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行多位点串联重复序列分析(MLVA),为探索易行的分型方法提供依据。方法对49株MRSA进行MLVA分型,并与PFGE分型结果进行比较,观察MLVA方法的分型效率和特征。结果49株MRSA在分析时的MLVA分辨系数为0.820,共产生12种条带类型,C、G、I为主要型别,分别占24.49%(12/49)、18.37%(9/49)和30.61%(15/49)。MLVA方法与PFGE方法cutoff值分别为80%与85%时的符合率为93.87%,cutoff值分别为90%与89%时的符合率有所下降。结论ML-VA方法具有较高的分型效率,与PFGE方法有较好的符合率,该方法在MRSA流行株初筛研究中具有推广价值。     

220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。     

DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究

目的　采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics30软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法。     

多位点可变数量串联重复序列分析在北京家族结核分枝杆菌基因分型中的应用及位点筛选

目的对于北京家族菌株占绝大多数的感染人群,评价多位点可变数量串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）分析（multiple loci VNTR analysis,MLVA）中不同位点组合在结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）基因分型研究中的应用。并以IS6110限制性片段长度多态性（restriction fragment length polymorphism,RFLP）为参照,筛选有效位点。方法分别采用IS6110-RFLP、间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及MLVA不同位点组合对北京海淀区收集的MTB临床分离株进行基因分型研究,比较3种方法及MLVA不同位点组合的分型效果。结果 45株MTB分离株中86.7%为北京家族菌株,Spoligotyping和结核分枝杆菌散在分布重复单位（mycobacterial interpersed repetitive units,MIRU）-12系列的HGI（Hunter-Gaston Index）值分别为0.4313和0.8700,将45株MTB菌株分为10个和23个基因型。VNTR-9系列和IS6110-RFLP的分型结果一致,HGI值较高,为0.9980,将45株MTB菌株分为43个基因型。结论北京家族结核分枝杆菌在北京海淀区呈高水平流行。对于北京地区北京家族菌株占绝大多数的感染人群,VNTR-9系列MLVA是较为简便和高分辨率的分型方法 ,其分辨率能够达到MTB基因分型＂金标准＂IS6110-RFLP水平。     

应用Taq Man荧光PCR定性定量检测炭疽芽孢杆菌

目的　发展一种快速、敏感、特异的检测炭疽芽孢杆菌的方法。方法　应用基于TaqMan荧光探针的实时(real time)PCR技术,针对致病炭疽毒株的两个质粒pXO1、pXO2上的pagA ,cap基因和染色体上的ropB基因设计引物和探针定性、定量检测炭疽芽孢杆菌。构造并应用上述探针的外标对照及pagA的内标对照,采用多重荧光定量PCR技术建立荧光定量方法并发现假阴性;采用UDG抗污染和ROX矫正背景噪音,提高检验能力;用该方法检测炭疽芽孢杆菌疫苗株感染的动物脾脏标本,盲法评价该方法在实际工作的应用。结论　该方法能特异、灵敏、高效地检测炭疽芽孢杆菌,该方法的推广和应用对有效防范炭疽生物恐怖袭击、提高突发事件应对能力、快速诊断具有重要意义。     

粗提抗原检测炭疽血清抗体ELISA方法的初步评价

目的 对使用粗提抗原检测炭疽血清抗体的酶联免疫吸附试验(ELISA)方法进行初步评价.方法 用间接ELISA方法检测人群血清(健康人血清42份、炭疽病人血清42份)特异性抗体,用阳性血清对照绘制标准曲线,按照标准曲线计算出每份血清标本的抗体相对含量,所得结果与重组致死因子(rLF)方法的检测结果进行比较.结果 病人组血清抗体相对含量中位数为1.19,健康人组血清抗体相对含量中位数为0.24,两组比较差异有统计学意义(uc=7.643,P＜0.05).粗提抗原检测与rLF检测结果并不完全对应,但两种方法显示出较高的一致性.结论 粗提抗原检测炭疽血清抗体的方法能区分大部分的病人和健康人,有一定的应用潜力,可用在炭疽疾病监测工作中.     

西藏藏族结核分枝杆菌临床分离株的MIRU-VNTR基因多态性分析与评价

目的 了解西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌24位点MIRU-VNTR的基因多态性及其评价.方法 应用欧盟推荐的24位点MIRU-VNTR分型方法,将本次分型结果与MIRU-VNTRplus数据库进行比对,并应用BioNumerics5.0软件进行聚类分析.结果 577株结核分枝杆菌分为347种基因型,其中299株分为69个基因簇,另278株表现为独特的基因型.MIRU31、Qub11b2、Qub26、Qub4156c、Mtub21、MIRU20和MIRU26七个位点对西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌临床分离株的分辨力较高,另17个位点的分辨力较低,其中MIRU24位点分辨率为0.结论 西藏地区藏族人群中结核分枝杆菌MIRU-VNTR分型具有良好的多态性,且该地区以现代型结核分枝杆菌为流行优势菌.     

Combined profile of the tandem repeats CAG, TA and CA of the androgen and estrogen receptor genes in breast cancer

Purpose Case–control studies have reported inconsistent results concerning the association between polymorphisms in the androgen and estrogen receptor (ER) genes and breast cancer. While several studies investigated the association between the androgen receptor (AR) gene, CAG repeat and breast cancer, for the CA and TA repeats in the ER genes there are considerably fewer studies (one for CA and none for TA).Methods We have investigated the potential link between three tandem repeats (CAG, TA, and CA) in the AR, ERs α and β genes, respectively, and breast cancer. DNA was isolated from 153 invasive breast tumors and 318 controls, and the three tandem repeats were sized by polyacrylamide electrophoresis. Number of repeats in each allele and the total repeats of both alleles were taken as variables for classification into dichotomous groups using the median of each variable in the control group as cut-off point. Relationship between polymorphic tandem repeats and breast cancer was assessed by multivariate logistic regression models.Results Three variables combined, longer CAGsum (≥28), shorter TA (<23) and CA (<23) repeats could constitute a possible genetic profile associated with breast cancer.Conclusions Our results confirm previous reports regarding an association between longer CAG repeats and breast cancer. In addition to that, we found that the combination of long CAG, short TA and CA repeats are strongly associated with breast cancer.This paper was initially submitted with an additional co-author who withdrew the co-authorship during the review process. All listed authors have now signed that they agree with the content of the current paper.     

Detection of chimerism and early engraftment after allogeneic peripheral blood stem cell or bone marrow transplantation by short tandem repeats

Chimerism can be monitored after HLA-matched allogeneic bone marrow transplantation (BMT) or allogeneic peripheral blood stem cell transplantation (PBSCT) by detecting polymorphisms in short tandem repeats (STR). The purpose of our study was to document early complete chimerism in BMT and PBSCT recipients using STR, and to determine whether the initial WBC recovery correlated with the days required to attain complete chimerism. A total of 5 patients (2 PBSCT and 3 BMT) were followed by STR after transplantation. Peripheral blood obtained prior to transplantation was used to determine the 2 most informative STR probes for each donor/recipient pair. STR were amplified by polymerase chain reaction (PCR) with 8 commercial probes, and PCR products were visualized with silver staining. Peripheral blood was evaluated daily post-transplantation for WBC counts and to identify the presence of mixed or full chimerism by STR. The sensitivity of the STR technique varied from 0.05 to 1%, depending on the probe. Full chimerism was documented between day 9 and 14 in PBSCT recipients and on day 14 and 16 in BMT recipients. The initial rise in WBC occurred within 3 days of the onset of full chimerism, indicating that full chimerism is a more sensitive indicator of early engraftment. Periodic recipient monitoring using STR after complete chimerism identifies those patients who revert to mixed chimeras. The STR method may be useful in future studies to determine the significance of early engraftment and the clinical implications of sustained complete chimerism or mixed chimerism. © 1996 Wiley-Liss, Inc.