CDK2 RNA干扰后HepG2细胞蛋白表达的变化

目的 探讨稳定转染CDK2干扰RNA对人肝癌细胞株HepG2细胞生物活性及细胞核蛋白质的改变.方法 构建稳定转染pGenesil-1-CDK2的HepG2细胞系,MTT法检测细胞增殖、流式细胞术检测细胞周期的改变.通过RT-PCR和双向凝胶电泳-质谱技术-数据库搜索,比较转染前后CDK2 mRNA的表达和细胞核蛋白质的变化.并通过Western blot法对显著差异蛋白进行验证.结果 与空质粒组PHK-siRNA-HepG2细胞和未转染组HepG2细胞相比,pCDK2-siRNA-HepG2组细胞的生长速度减慢(P＜0.01),稳定转染CDK2 RNAi组细胞的CDK2 mRNA表达水平显著下降.通过双向电泳-质谱技术得到4个稳定转染CDK2 siRNA的HepG2细胞不表达的蛋白质,Westem blot法证实双向电泳结果的可信性.结论 CDK2干扰RNA可明显降低HepG2细胞CDK2 mRNA的表达,抑制HepG2细胞的增殖,干扰后的HepG2细胞不表达的蛋白质分别是类核糖体蛋白S12、β-肌动蛋白、锌指蛋白276和伴侣蛋白10相关蛋白.     

恶性胶质瘤细胞SHG-44诱导分化后的差异蛋白质组双向电泳分析

目的用双向电泳分析诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后的差异蛋白质组,为进一步了解这些差异蛋白质的作用打下基础。方法将诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后的总蛋白及其相应的空白对照组细胞总蛋白进行双向电泳分离,重复3次后用PDQuest7.1软件比较分析蛋白质表达差异并获得差异蛋白质的相对分子质量、等电点等信息。结果诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后有23个差异蛋白点,其中21个蛋白点表达下调,2个蛋白点表达上调。结论诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化后大部分蛋白质表达下调,推测诺帝诱导胶质瘤细胞SHG-44分化时蛋白表达以抑制作用为主。     

FTH敲除前列腺癌PC-3细胞株的转录相关蛋白分析

目的 利用本实验室已经建立的铁蛋白重链(ferritin heavy chain,FTH)敲除的前列腺癌PC-3细胞株,分析FTH表达降低引发的细胞内蛋白质变化,探讨FTH对前列腺癌(prostatic cancer,PC)病理生理过程的生物学影响.方法 实验分为3组:空白对照组(未经处理的PC-3细胞),NC组(感染空载体病毒的阴性对照组),LV-sh FTH组(利用sh FTH病毒敲除FTH组).Western blot实验确定FTH敲除效率后,利用质谱分析技术对感染细胞的蛋白表达情况进行检测,所得的质谱分析结果采用t检验进行差异分析(P<0.01,fold change>1.2),所得差异蛋白采用GO分析方法对差异蛋白质进行筛选分类及功能分析.结果 对质谱分析结果中差异表达蛋白质进行GO分析,LV-sh FTH组与NC组相比,生物过程——RNA加工(RNA processing)中涉及的下调表达蛋白质最多共24个,分别为基因RPL8、WDR46、BOP 1、RPL15、NOP56、UTP18、RS23、DDX27、PES1、UTP20、CDKN2A、DIS3、RPL6、RPL19、RPS8、RPL4、NOP58、UTP6、FCF1、DDX49、RCL1、UTP15、BMS1、IMP4所表达的产物.结论 通过质谱分析鉴定出的差异蛋白结果,为后期验证FT H的生物学功能及为临床寻找新的前列腺癌早期诊断肿瘤标志物提供理论依据和基础.     

HCV患者外周血单个核细胞蛋白质表达质谱分析

目的:应用比较蛋白质组学的方法分析丙型肝炎患者外周血单个核细胞蛋白质表达模式的变化及寻找丙型肝炎相关生物标记分子,进一步识别鉴定其差异表达蛋白质,分析其对丙型肝炎慢性化机制的意义.方法:应用固相化pH梯度双向凝胶电泳(2-DE)分离健康者(10)及HCV患者(28)PBMC的总蛋白质,凝胶银染显色后,PDQuest图像分析软件进行比较分析、识别差异表达的蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获得差异蛋白点的肽质指纹图谱,通过SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质.结果:得到两张2-DE图谱,HCV患者及健康者PBMC凝胶的蛋白质点数分别为625及614;初步筛选出HCV患者与健康者存在明显差异的12个蛋白点,经质谱分析,初步鉴定了10种蛋白质.这些差异蛋白质包括病毒蛋白、蛋白质合成与分解、三大代谢相关酶类、细胞结构相关蛋白质以及信号转导相关蛋白质.结论:应用2-DE及MALDI-TOF-MS方法建立了HCV患者PBMC双向凝胶电泳图谱,分离并初步鉴定了10种与HCV感染相关的差异表达的蛋白质,为研究HCV慢性化相关机制提供新的线索.     

用双向凝胶电泳-飞行时间质谱技术分析HBV感染肝组织蛋白质组

目的 比较正常肝组织与HBV感染肝组织中蛋白质表达谱的改变,筛查在HBV致病过程中相关蛋白质分子表达的不同.方法 应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳,对3例正常肝组织(A组),3例HBV感染肝组织(B组,均为组织HBsAg阳性,外周血HBsAg阳性、抗-Hbe阳性、抗-HBc阳性)的蛋白质组表达谱进行差异分析,应用基质辅助激光解吸离子化飞行时间质谱仪对差异蛋白质点进行了鉴定.结果 相同条件下对各组总蛋白样品分别进行3次双向电泳,各组检测到的蛋白点数如下:A组(1125±56)个,B组(1203±42)个.以各组中2-DE效果好、点数多的一块胶作为参考胶,分别进行2组间的匹配分析,筛选出两组之间差异大于或等于2倍的蛋白点40个.应用质谱鉴定出人线粒体醛脱氢酶H链、结合珠蛋白Hp2、抗过氧化物蛋白2等22种蛋白质.结论 HBV感染所致慢性炎症能使肝组织表现出明显的差异性蛋白表达谱.     

缺氧复氧诱导人肾小管上皮细胞蛋白质组表达变化的初步研究

目的:采用将人肾小管上皮细胞置于缺氧环境中然后复氧的方法模拟缺血再灌注(ischemia reper-fusion,IR)所致肾损伤的发生和发展过程,研究IR对人肾小管上皮细胞表达蛋白质组的影响。方法:人肾小管上皮细胞株(HK-2细胞)常规培养,随机分为2组,IR组缺氧培养8h,然后复氧培养24h,对照组常规培养,裂解细胞,提取全细胞蛋白。双向电泳(2-DE)分离,ImageMaster2D Platinum V5.0软件进行差异表达蛋白质组分析,基质辅助激光解吸附离子化飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定蛋白质。结果:通过对2-DE图谱蛋白斑点的匹配及对比分析,与HK-2缺氧复氧诱导的差异表达蛋白斑点为109个;经质谱鉴定的7个差异表达的蛋白斑点包括:核糖体蛋白S2、普通转录因子ⅡH亚基1变体、双链断裂修复蛋白rad-21同源物、富含亮氨酸重复序列蛋白-45、DNA依赖性蛋白激酶、丝/苏氨酸蛋白激酶Chk1和程序性细胞死亡蛋白-4。结论:IR组与对照组的表达蛋白质组相比较存在明显差异;7个与HK-2缺氧复氧诱导表达改变的蛋白质的功能涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞信号转导、抗细胞损伤等,提示IR的发生发展与相应的病理生理过程相关。     

定量蛋白质组学技术构建系统性红斑狼疮疾病的蛋白质组差异表达图谱

目的: 应用定量蛋白质组学技术对系统性红斑狼疮(SLE)病人外周血单个核细胞中的"全组"蛋白进行鉴定和定量分析,获得SLE的蛋白质组差异表达图谱。方法: 利用基于四重相对和绝对定量的等量异位标签结合多维液相色谱-串联质谱分析SLE稳定期和活动期病人以及类风湿关节炎病人和健康人的外周血单个核细胞总蛋白,用肽质量指纹谱经数据库检索鉴定蛋白质,并比较这些蛋白的表达差异。结果: 共鉴定了400多个蛋白质。其中,与健康对照组相比,SLE稳定组和SLE活动组共发现2倍以上表达差异的蛋白质44个,上调的9个,下调的35个;与类风湿关节炎疾病组相比,SLE稳定组和SLE活动组2倍以上表达差异的蛋白共有52个,上调的19个,下调的33个;SLE活动组与SLE稳定组相比,表达上调和下调的蛋白分别为17个和13个。结论: 定量蛋白质组学技术可有效地用于人外周血单个核细胞蛋白鉴定和相对定量;采用该技术获得了SLE病人外周血单个核细胞的蛋白质组差异表达图谱;深入研究这些蛋白的分子机制将有助于进一步阐明SLE的发病机制,为SLE的诊断和治疗提供新途径。     

侵袭性肺曲霉病小鼠肺组织差异表达蛋白的初步分析

目的初步分析侵袭性肺曲霉病(IPA)小鼠肺组织蛋白质的表达变化。方法运用双向电泳(2-DE)技术对正常组、正常感染组和IPA组小鼠肺组织总蛋白质进行分离,获得蛋白质表达谱;应用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱(MALDI-TOF/TOF)结合生物信息学进行蛋白质鉴定。结果初步鉴定出4个蛋白质点分别为过氧化物还原酶(peroxiredoxin-6,Prx6)、黄素还原酶(flavin reductase,FR)、Rho因子鸟苷酸解离抑制蛋白2(rho GDP-dissociation inhibitor 2,RhoGDI2)、肌球蛋白轻链2(myosin regulatory light chain 2,MLC2),它们与氧化还原平衡、信号转导通路、细胞骨架等功能有关。结论鉴定的差异表达蛋白可能与IPA的发病机制有关。     

机械牵张应力刺激成骨细胞的差异蛋白质组学研究

目的应用蛋白质组学方法分析人成骨样细胞Saos-2在牵张应力作用下蛋白质表达的差异,为更全面地阐明成骨细胞对牵张应力的反应机制提供分子基础。方法将Saos-2分为加力组与对照组,采用Flexcell牵张应力加载系统,用12%大小的应力值进行力学刺激24 h后,应用蛋白质双向凝胶电泳分离蛋白样品,质谱技术鉴定差异表达蛋白点,并用生物信息学分析差异蛋白参与的生物学过程和主要功能。结果对照组和加力组分别得到(1031±41)和(928±25)个蛋白质点,质谱鉴定出肽酰脯氨酰异构酶A样3、线粒体ATP合成酶、抗氧化蛋白1、丝切蛋白1、蛋白磷酸酶1、延伸因子2等17个表达增高的差异蛋白质,涉及应激反应、能量代谢、细胞增殖、细胞骨架重建、信号转导及成骨分化等生物学功能。结论成骨细胞在机械牵张应力作用下蛋白表达发生显著变化,这些差异蛋白参与了成骨细胞力学反应机制的不同过程。     

腹主动脉狭窄致大鼠心肌肥大后心肌组织蛋白质组变化的研究

目的探讨腹主动脉狭窄诱导大鼠心肌肥大后心肌组织蛋白质表达谱的变化。方法健康雄性Wistar大鼠12只,随机分为模型组和对照组（均n=6）。模型组行腹主动脉缩窄术,对照组仅分离腹主动脉不行缩窄术。术后4周结束实验并提取左心室组织蛋白质,双向电泳分离心肌组织蛋白质,分析差异显示的蛋白质并选取9个差异显著的蛋白点进行胶内酶切和质谱分析。结果双向电泳可分离（454±13）个蛋白质,点匹配率为（78．7±1．4）％,心肌组织13种蛋白质出现明显差异表达,与对照组比较,模型组4种蛋白质表达上调,9种蛋白质表达下调。质谱分析鉴定出7个蛋白质为：与能量代谢相关的丙酮酸脱氢酶E1和β-烯醇酶、与细胞收缩功能相关的α-肌球蛋白重链和心脏α-肌动蛋白前体、与甲状腺激素代谢相关的甲状腺素结合蛋白等5种蛋白质在模型组表达下调,肌球蛋白轻链和与细胞内源性保护相关的热休克蛋白B6等2种蛋白质在模型组表达上调。结论腹主动脉缩窄致大鼠心肌肥大后,心肌组织蛋白质组变化显著,这些变化涉及与心肌细胞能量代谢、细胞骨架以及心肌收缩等有关的几组蛋白质,提示上述蛋白质组改变可能参与了心肌肥大过程。     

Hes5敲除小鼠室下带细胞分化的蛋白组学研究

目的阐明Hes5通过调节哪些蛋白的表达而抑制神经细胞的分化。方法利用蛋白组学同位素标记相对和绝对定量技术(iTRAQ技术)观察Hes5敲除生后8d小鼠室下带蛋白表达的变化,并用Western blotting技术对表达上调和下调的蛋白进行验证。结果在Hes5敲除生后8d小鼠室下带发现19种蛋白有重要的变化。与对照组野生型小鼠相比,其中10种蛋白的表达是上调的,变化的倍率在1.20~1.32之间。9种蛋白的表达是下调的,变化的倍率在0.77~0.83之间。上调的蛋白主要与促进神经细胞的生长,细胞的迁移,黏附和信号的转导有关,而下调的蛋白主要是抑制细胞的生长和维持细胞骨架的蛋白。Western blotting验证蛋白表达的变化与iTRAQ结果一致。结论Hes5可能通过影响与细胞生长、迁移以及细胞骨架等有关的多种蛋白的表达来影响细胞的分化。     

不同临床类型原发鼻咽癌组织差异表达蛋白

 目的 寻找上行型、下行型和混合型不同临床类型鼻咽癌原发病瘤灶组织中的差异表达蛋白。方法 采用双向凝胶电泳对不同临床类型鼻咽癌患者的鼻咽癌组织和正常人鼻咽组织总蛋白进行分离,对比找出差异表达蛋白质斑点,结合基质辅助激光解吸电离-飞行时间质谱分析技术和数据库信息检索鉴定差异蛋白点。结果 与正常组比较,混合型鼻咽癌组出现31个差异蛋白质点,其中18个表达上调,13个表达下调;从混合型鼻咽癌组选择10个差异蛋白质斑点进行质谱鉴定,成功鉴定出5个,其中表达上调的有热休克固有蛋白、α1抗胰蛋白酶和巨噬细胞帽蛋白;表达下调的有S100A9蛋白和 蛋白4.1。与下行型鼻咽癌组比较,上行型鼻咽癌组出现31个差异表达蛋白点,其中15个表达上调、16个表达下调;从上行型组选择10个差异蛋白质斑点进行质谱鉴定,成功鉴定出6个,其中表达上调的有线粒体顺乌头酸酶、乙醇脱氢酶、Rab GDP解离抑制因子β;表达下调的有NM23-H1、核氯离子通道蛋白27和乙醛脱氢酶X。结论 不同临床类型鼻咽癌患者肿瘤转移相关蛋白、能量代谢蛋白、解毒蛋白与抗肿瘤转移蛋白表达水平存在差异,这些蛋白可作为临床分型标记物。     

Overexpression of mRNAs of TGFbeta-1 and related genes in fibroblasts of Werner syndrome patients

We analyzed mRNAs that were up- or down-regulated in fibroblasts from Werner syndrome (WS) patients compared with those from normal individuals. The mRNAs from normal and WS cells were first screened by differential display, and those mRNAs that were apparently up- or down-regulated were selected except for mRNAs related to extra-cellular matrix (ECM) proteins that are already known to be up-regulated in WS fibroblasts. Then, the expression levels of these mRNAs were semiquantified by northern blot analysis, and six up-regulated and two down-regulated mRNAs were identified in WS cell lines. Among the six up-regulated mRNAs were three mRNAs that coded TGFbeta-1 and two proteins, their expressions of which were increased by TGFbeta-1. These results together with the fact that TGFbeta-1 up-regulates the expression of ECM proteins strongly suggest that TGFbeta-1 has a key role in accelerated cellular senescence of fibroblasts of WS patients.     

shRNA干扰IRS-1基因通过PI3K/AKT通路对人乳头状甲状腺癌细胞TPC-1增殖和转移能力的调控作用

目的：探究下调胰岛素受体底物-1 (IRS-1) 表达对人乳头状甲状腺癌细胞TPC-1增殖和转移能力的作用及作用机制。方法：将细胞分为TPC-1组,sh-scram组和sh-IRS-1组,用shRNA IRS-1 (sh-IRS-1) 转染sh-IRS-1组细胞,shRNA转染sh-IRS-1组细胞,TPC-1组仅加入载体处理,RT-PCR和Western blot检测IRS-1的表达,MTT检测细胞增殖倍数,流式检测细胞凋亡,Transwell和划痕实验检测细胞侵袭、迁移能力,Western blot检测磷酸肌醇3激酶/蛋白激酶 (PI3K/AKT)通路蛋白的表达。结果：与sh-scram组比较,sh-IRS-1组IRS-1的mRNA及蛋白表达水平明显降低;sh-IRS-1转染细胞后3 d和4 d,sh-IRS-1组细胞增殖倍数明显低于sh-scram组,细胞凋亡率明显高于sh-scram组;同时,与sh-scram组比较,sh-IRS-1组细胞侵袭及迁移能力显著降低;此外,sh-IRS-1还能显著降低p-PI3K/PI3K和p-Akt/AKT的比值。结论：干扰IRS-1表达能降低人乳头状甲状腺癌TPC-1细胞生存能力和转移能力,作用机制可能与抑制PI3K/AKT信号通路激活有关。     

Alteration of the proteome profile of the pancreas in diabetic rats induced by streptozotocin

Type 1 diabetes mellitus (T1DM) is receiving increased attention. To obtain a better understanding of the mechanism underlying T1DM, we performed a proteomic study on a rat model induced by streptozotocin. Pancreatic proteins were separated by two-dimensional gel electrophoresis. Eighteen protein spots were differentially expressed (P<0.05) with 2-fold or more increased or decreased intensity in the diabetic rats as compared with controls, of which 11 protein spots were up-regulated and 7 protein spots were down-regulated. These protein spots were successfully identified by liquid chromatography-electrospray ionization tandem mass spectrometry. The 60 kDa heat shock protein, the carbonyl reductase 1 (Cbr1), the hydroxyacyl-CoA dehydrogenase, Δ(3,5),Δ(2,4)-dienoyl-CoA isomerase, the elongation factor 1-δ, the 26S protease regulatory subunit 7 and the transitional endoplasmic reticulum ATPase were up-regulated, while the 78 kDa glucose-regulated protein, peroxiredoxin 4 and plakoglobin were down-regulated. The expression change of Cbr1 which is closely related to diabetic complications was further validated by western blotting. Our results and those of the bioinformatics analysis suggest that oxidative stress, the Wnt pathway, fatty acid degradation and glucose transport may be closely related to T1DM.     

Comparative proteomics analysis of chronic atrophic gastritis: changes of protein expression in chronic atrophic gastritis with out Helicobacter pylori infection

Chronic atrophic gastritis (CAG) is a very common gastritis and one of the major precursor lesions of gastric cancer, one of the most common cancers worldwide. The molecular mechanism underlying CAG is unclear, but its elucidation is essential for the prevention and early detection of gastric cancer and appropriate intervention. A combination of two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry was used in the present study to analyze the differentially expressed proteins. Samples from 21 patients (9 females and 12 males; mean age: 61.8 years) were used. We identified 18 differentially expressed proteins in CAG compared with matched normal mucosa. Eight proteins were up-regulated and 10 down-regulated in CAG when compared with the same amounts of proteins in individually matched normal gastric mucosa. Two novel proteins, proteasome activator subunit 1 (PSME1), which was down-regulated in CAG, and ribosomal protein S12 (RPS12), which was up-regulated in CAG, were further investigated. Their expression was validated by Western blot and RT-PCR in 15 CAG samples matched with normal mucosa. The expression level of RPS12 was significantly higher in CAG than in matched normal gastric mucosa (P < 0.05). In contrast, the expression level of PSME1 in CAG was significantly lower than in matched normal gastric mucosa (P < 0.05). This study clearly demonstrated that there are some changes in protein expression between CAG and normal mucosa. In these changes, down-regulation of PSME1 and up-regulation of RPS12 could be involved in the development of CAG. Thus, the differentially expressed proteins might play important roles in CAG as functional molecules.     

Disease-specific proteins from rheumatoid arthritis patients

Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic inflammatory disease that mainly destroys cartilages or bones at the joints. This inflammatory disorder is initiated by self-attack using own immune system, but the detail of pathological mechanism is unclear. Features of autoantigens leading to autoimmune disease are also under veil although several candidates including type II collagen have been suggested to play a role in pathogenesis. In this report, we tried to identify proteins responding to antibodies purified from RA patients and screen proteins up-regulated or down-regulated in RA using proteomic approach. Fibronectin, semaphorin 7A precursor, growth factor binding protein 7 (GRB7), and immunoglobulin mu chain were specifically associated with antibodies isolated from RA synovial fluids. In addition, some metabolic proteins such as adipocyte fatty acid binding protein, galectin-1 and apolipoprotein A1 precursor were overexpressed in RA synovium. Also, expression of peroxiredoxin 2 was up-regulated in RA. On the contrary, expression of vimentin was severely suppressed in RA synoviocytes. Such findings might give some insights into understanding of pathological mechanism in RA.     

EB病毒LMP1促鼻咽上皮细胞增殖的蛋白分子鉴定

目的： 探讨EB病毒潜伏性膜蛋白 1(LMP1)促鼻咽上皮细胞增殖的分子机制。方法: 采用逆病毒感染的方法,将浓缩的逆病毒RV-pLNSX(空载体)和RV-LMP1分别感染鼻咽上皮细胞NP69,建立NP69-pLNSX与NP69-LMP1稳定表达细胞系,通过绘制细胞生长曲线、平皿克隆形成实验和软琼脂集落形成实验检测LMP1对NP69细胞增殖的影响;运用比较蛋白质组学方法鉴定LMP1在NP69细胞中参与调节的蛋白,并对部分蛋白表达进行验证。结果: (1) LMP1具有促鼻咽上皮细胞NP69增殖的作用(n=3,P<0.05)。(2) 鉴定了22个LMP1参与调节NP69细胞的蛋白(表达上调的蛋白9个,下调的13个),实时荧光定量RT-PCR和Western blotting证实了部分上述蛋白的差异表达。结论: LMP1可能通过参与调节keratin 19和vimentin等蛋白的表达促鼻咽上皮细胞NP69增殖。     

沙棘黄酮类化合物对人乳腺癌细胞生长抑制和凋亡诱导的研究

为研究沙棘籽渣黄酮类化合物(FHR)对人乳腺癌细胞Bcap-37的生长抑制和凋亡的诱导作用,探讨其抗癌作用的机制,本项研究应用CCK-8法检测FHR对Bcap-37的生长抑制效应,流式细胞术(FCM)分析细胞周期及凋亡率,透射电镜观察细胞凋亡的超微结构表征,半定量RT-PCR方法和Westernblot方法检测与细胞周期及凋亡调控相关基因的转录和表达的变化。结果表明,FHR可明显抑制Bcap-37的增殖,并呈剂量依赖性;FCM分析发现在FHR1000μg/ml作用24h后能阻断Bcap-37细胞于G2/M期,并伴有少量的亚G1峰出现;TEM观察Bcap-37细胞经FHR作用后具有典型的凋亡形态学特征;半定量RT-PCR结果显示,经1000μg/mlFHR作用24h后,PCNA、Bcl-2转录水平分别下调为对照组的0.26倍和0.66倍,IGFBP4转录水平上调为对照组的1.13倍。Westernblot结果显示p53蛋白表达显著上调,Bcl-2蛋白表达显著下调。本项研究结果提示FHR可能是通过下调PCNA的转录使细胞的增殖被阻断在G2/M期,并通过p53蛋白上调和Bcl-2蛋白的下调诱导Bcap-37细胞凋亡。