胸苷酸合成酶在上皮性卵巢癌中表达的相关生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法分析探讨胸苷酸合成酶(TYMS)基因在上皮性卵巢癌(EOC)中的表达、生物学功能和通路。方法 使用Oncomine数据库分析TYMS在EOC和正常卵巢样本中的表达,cBioPortal数据库用于挖掘TYMS在EOC中的相关基因,并通过STRING数据库构建PPI网络,DAVID用于进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果 与正常卵巢组织相比,TYMS在EOC中呈现高表达(P<0.05)。DAVID富集分析表明,TYMS高表达与调节有丝分裂细胞G1/S期转化,细胞周期、嘧啶代谢、DNA复制和碱基切除修复通路有关。其次,TYMS上游调控基因E2F3是G1/S期增殖调控的关键因子。结论 TYMS在EOC中表达显著增高,其生物学功能和通路主要与细胞周期、DNA合成和修复有关。E2F3可能通过与TYMS结合调控其表达,调节细胞周期进展。     

新疆维吾尔族宫颈癌全基因组表达谱分析及与宫颈癌相关的信号通路的筛选

目的:探讨宫颈癌分子机制和特定标记物及与宫颈癌相关的信号通路,能有效地预防和治疗宫颈癌并改善预后。方法:本研究采用人寡核苷酸芯片筛选维吾尔族宫颈癌与正常宫颈差异表达基因,并进行基因本体论分析及KEGG信号通路分析。结果:与正常宫颈相比,共筛选到新疆维吾尔族宫颈癌中差异表达基因2 758个,其中上调基因1326个,下调基因1432个,分属不同的通路。结论:宫颈癌的发生需要多基因的参与,m TOR信号通路、Hedgehog信号通路和Toll样受体信号通路与宫颈癌发生有关。     

hsa-miR-487b的靶基因预测及生物信息学分析

目的 对hsa-miR-487b进行靶基因的预测及功能分析,为进一步研究其功能提供线索.方法 应用Pubmed和Google检索hsa-miR-487b相关文献,选择miRanda和TargetScan两种方法预测其靶基因,取其交集,合并已经实验证实的靶基因作为进一步生物信息学分析的基因集合,对此基因集合进行功能富集分析(GO分析)和Pathway分析.结果 hsa-miR-487b序列在各物种间高度保守;其预测靶基因富集于细胞增殖、转录调控、细胞内信号传导、膜转运、染色体的结构及修饰、基因表达调控、酪氨酸激酶活性等共16个生物学过程和功能上(P＜0.05),富集于ErbB信号通路、MAPK信号通路、Fc epsilon RI信号通路、癌症信号通路等7个通路,以及甲状腺癌、膀胱癌、子宫内膜癌、结直肠癌、急、慢性白血病这些疾病通路中(P＜0.10).结论 hsa-miR-487b可能参与肿瘤发生及预后的生物学过程,为进一步实验性研究提供了线索.     

扶正祛瘀中药调控子宫肌瘤模型大鼠p53信号通路基因表达谱的研究

目的:分析扶正祛瘀中药对子宫肌瘤p53信号通路基因表达谱的调控作用。方法:建立子宫肌瘤动物模型,选用功能分类PCR p53信号通路基因芯片,从模型组、扶正祛瘀组大鼠子宫肌瘤组织中进行样品的RNA抽提及纯化,采用紫外吸收测定法及变性琼脂糖凝胶电泳进行RNA质量检测并合成cDNA,最后进行实时定量PCR。结果:采用PCR p53信号通路基因芯片共检测89条基因,扶正祛瘀组与模型组比较,30.3%(共27条)基因表达发生明显变化,其中26条基因表达量明显下降(Fold Down-Regulation-2),1条基因表达量上升(Fold Up-Regulation2)。按功能将其进行大体分类,涉及到细胞凋亡、细胞周期、细胞生长增殖和分化、DNA修复等多方面。结论:扶正祛瘀中药对子宫肌瘤p53信号通路的细胞凋亡、细胞周期、细胞生长增殖和分化、DNA修复等相关基因均有调节作用,说明细胞内外的信号通路介导了子宫肌瘤的发病过程。     

宫颈癌细胞株HeLa与正常宫颈细胞株Ect1/E6E7的微小RNA表达谱的差异

目的探讨宫颈癌细胞株HeLa与正常宫颈细胞株Ect1/E6E7中微小RNA(miRNA)分子表达谱的差异。方法选取HeLa细胞和Ect1/E6E7细胞各3个样本分别作为实验组和对照组,采用miRNA芯片筛选两者之间差异表达的miRNA,样品间表达变化标准以上/下调4倍作为阈值范围,并运用miRWalk软件预测差异表达miRNA可能调控的靶基因,并对这些靶基因进行信号通路的富集分析。结果在HeLa细胞中,上调超过4倍差异表达miRNA分子7个,下调超过4倍差异表达miRNA分子16个(P0.01)。生物信息学分析发现hsa-miR-126-3p的靶基因在肿瘤通路、凋亡通路以及Wnt信号通路上出现聚集;而hsa-miR-25-5p的靶基因肿瘤通路和钙离子信号通路出现聚集;且hsa-miR-205-5p靶基因在TGF-β信号通路和EGFR信号通路出现聚集。结论宫颈癌细胞HeLa与正常宫颈细胞Ect1/E6E7之间存在差异表达miRNA分子,他们可能参与宫颈癌的发生发展机制。     

XRCC1、XPD、XRCC3、CCND1基因多态性与职业慢性苯中毒发病工龄的关联

目的探讨DNA损伤修复基因XRCC1、XPD、XRCC3基因和细胞周期调控基因CCND1的多态性与慢性苯中毒发病工龄的关系。方法以确诊的80名慢性苯中毒患者作为研究对象,应用PCR—RFLP分析技术,检测DNA损伤修复基因XRCC1（C26304T、G27466A、G28152A、G36189A位点）、XPD（C22541A、C23591T、A35931C位点）、XRCC3（C18067T位点）和细胞周期调控CCND1基因G870A位点的多态性,比较不同基因型Kaplan—Meier生存曲线,评价慢性苯中毒发病工龄与XRCC1、XPD、XRCC3和CCND1基因多态性的关联。结果携带XRCC127466G／G基因型的个体发生慢性苯中毒的发病工龄比携带27466G／A＋A／A变异基因型的个体长6．9年;携带CCND1870G／G基因型的个体比G／A＋A／A基因型个体的发病工龄短6．2年。结论XRCC1和CCND1基因多态性可能影响慢性职业性苯中毒的发病工龄。     

脂肪细胞分化相关miRNA-hsa-miR-378生物信息学分析

【目的】 利用各种生物信息学工具分析hsa-miR-378转录调控、靶基因功能,以期为研究hsa-miR-378在人脂肪细胞分化过程中的功能与调控机制提供线索。 【方法】 应用UCSC Genome Browser、Promoter scan等在线工具,分析hsa-miR-378在基因组上下游10 kb 以内的CpG 岛分布情况、转录起始位置(TSS)、转录因子结合位置(TFBS)等;选择TargetScan、PicTar、MiRanda三种计算方法预测hsa-miR-378的靶基因,取三个预测结果的交集,并合并DIANA LAB-TarBase 6.0数据库的已验证靶标,对所得靶基因集分别进行GO注释描述、GO富集分析和pathway富集分析。 【结果】 hsa-miR-378可能具有独立的启动子,可能受C/EBPβ转录因子的调控;其预测靶基因集合富集于转录调控、蛋白质修饰、细胞分化等生物学过程和功能(P<0.01);并显著富集于TGF-β信号通路、Wnt信号通路等4个信号通路,以及甲状腺癌、系统性红斑狼疮等8个疾病通路中 (P<0.05)。 【结论】 通过对hsa-miR-378转录调控元件、靶基因的分析,为hsa-miR-378在人脂肪细胞中的功能与调控机制研究提供了线索和理论依据。     

生物信息学分析miRNA-152在非酒精性脂肪肝病中的可能作用

【目的】 总结miR-152已有研究结果,并预测其可能参与的生物学过程,为本研究小组深入研究miR-152在非酒精性脂肪肝病(nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)形成和相关的调控机制奠定基础。 【方法】 PubMed检索miR-152相关文献,生物信息学预测miR-152的靶基因,并对其进行功能富集分析和信号通路富集分析。 【结果】 miR-152已在多个类型肿瘤、先兆子痫等疾病中有报道,但尚无参与脂肪肝的研究,分析结果显示miR-152靶基因功能集中于器官发育、细胞分化、代谢等多种分子功能和生物学过程;信号通路主要富集于多种肿瘤和细胞骨架蛋白、脂肪细胞因子、胰岛素信号及wnt信号通路中。 【结论】 miR-152在非酒精性脂肪肝病中尚未见报道,其预测的靶基因集合富集于多个生物学过程,为研究miR-152在非酒精性脂肪肝病中的作用提供了研究思路。     

早期妊娠丢失蜕膜组织中与血管重塑相关的miRNAs表达谱分析

目的:通过对子宫内膜蜕膜化中与血管重塑相关的miRNAs表达谱的芯片筛查及相关靶基因预测,为早期妊娠丢失的发病机制研究奠定基础。方法:利用miRNA array芯片检测早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的差异表达miRNAs,确定与血管重塑相关的miRNAs表达谱,进而应用miRWalk2.0数据库通过生物信息学方法预测差异表达miRNAs的相关靶基因,最后应用DAVID数据库对相关靶基因进行功能富集分析(GOanalysis)及靶基因信号转导通路富集分析(KEGG Pathway analysis)。结果:早期妊娠丢失患者蜕膜组织中差异表达的miRNAs共70条,上调表达miRNAs 32条,下调表达miRNAs 38条。其中差异倍数最高(≥2.0)的2个上调miRNA为miR-125a-5p和miR-29c-3p,预测相关靶基因为血管内皮生长因子A(VEGFA)。靶基因集合功能富集于正调控RNA代谢过程、血管发育、脉管系统发育、正调控内皮细胞增殖、缺氧反应、血管生成等分子过程;KEGG通路分析涉及哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mTOR)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等信号通路。结论:miR-125a-5p和miR-29c-3p在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中上调表达,可能通过对靶基因VEGFA的调控,影响子宫内膜蜕膜化血管重塑的过程,参与流产发生。     

头颈部鳞状细胞癌差异表达基因的生物信息学分析

目的:采用生物信息学技术挖掘头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)差异表达基因(DEGs)和信号通路,为HNSCC的治疗寻找新的治疗靶点。方法:从基因表达综合(GEO)数据库下载基因芯片数据集GSE6631,利用GEO2R筛选DEGs。采用注释、可视化和整合发现数据库(DAVID)对DEGs进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过蛋白质相互作用的String数据库和Cytoscape软件构建DEGs对应的蛋白质相互作用网络,并从网络中筛选出核心基因。利用基因表达谱分析(GEPIA)网络服务器在线分析关键基因(Hub基因),制作箱线图比较核心基因在HNSCC肿瘤和正常组织的表达量及错误发现率(FDR),验证具有显著表达的核心基因。结果:共筛选出150个表达差异明显的基因,其中包括85个上调基因,65个下调基因。以P<0.05为筛选条件,上调基因富集到52个生物学过程及7条富集通路;下调基因富集到37个生物学过程及3条富集通路。所有DEGs共有49个生物学过程呈显著性富集(t=-0.033,P<0.05,FDR<0.05),6条富集通路呈显著性(FDR<0.05)。共计63个DEGs及322条互作关系的蛋白质相互作用网络,并选出degree值排名前10的DEGs作为核心表达基因,其在HNSCC组织中均为高表达。结论:采用生物信息学方法能有效分析HNSCC与正常组织DEGs,筛选出的10个DEGs,均为HNSCC发病过程中具有显著意义的生物标记物。     

早期妊娠丢失蜕膜组织中与血管重塑相关的miRNAs表达谱分析

目的：通过对子宫内膜蜕膜化中与血管重塑相关的miRNAs表达谱的芯片筛查及相关靶基因预测，为早期妊娠丢失的发病机制研究奠定基础。方法：利用miRNA array芯片检测早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的差异表达miRNAs，确定与血管重塑相关的miRNAs表达谱，进而应用miRWalk2.0数据库通过生物信息学方法预测差异表达miRNAs的相关靶基因，最后应用DAVID数据库对相关靶基因进行功能富集分析（GO-analysis）及靶基因信号转导通路富集分析（KEGG Pathway analysis）。结果：早期妊娠丢失患者蜕膜组织中差异表达的miRNAs共70条，上调表达miRNAs 32条，下调表达miRNAs 38条。其中差异倍数最高（≥2.0）的2个上调miRNA为miR-125a-5p和miR-29c-3p，预测相关靶基因为血管内皮生长因子A（VEGFA）。靶基因集合功能富集于正调控RNA代谢过程、血管发育、脉管系统发育、正调控内皮细胞增殖、缺氧反应、血管生成等分子过程；KEGG通路分析涉及哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。结论：miR-125a-5p和miR-29c-3p在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中上调表达，可能通过对靶基因VEGFA的调控，影响子宫内膜蜕膜化血管重塑的过程，参与流产发生。     

黄曲霉毒素B 1诱导肝细胞损伤中miRNAs差异表达及其靶基因和转录调控因子分析

目的 通过分析黄曲霉毒素B 1诱导肝细胞损伤中miRNAs的差异表达情况，预测其靶基因和转录调控因子并构建三者间的网络调控图，探讨差异表达miRNAs可能发挥的生物学作用。方法 体外建立肝细胞AFB l暴露模型，通过高通量测序和生物信息学分析差异表达miRNAs及其靶基因与转录调控因子间的关系。结果 本研究得到60个差异表达的miRNAs（28个上调、32个下调），其靶基因KEGG富集后最主要的通路是cAMP信号通路，通过RT-qPCR验证得到5个低表达和3个高表达miRNAs，并将miRNAs靶基因、靶基因互作蛋白、miRNAs转录因子构建TF-miRNA-gene网络图。结论 本研究中差异表达miRNAs在AFB 1致肝细胞损伤中可能通过调控cAMP信号通路影响细胞代谢及表达、诱导细胞的增殖和凋亡，而miRNAs与靶基因和转录调控因子间的确切作用机制尚需进一步研究。     

P27、Skp2与肿瘤

肿瘤的发生是正常细胞染色体严重损伤的复杂过程，包括抑癌基因的失活，原癌基因的不正常激活，DNA转录表达失控，DNA损伤等。不论何种原因造成的细胞转化其最终表现均为细胞周期调控机制紊乱，分化受阻导致肿瘤发生。细胞周期受细胞周期蛋白（cyclin）、细胞周期蛋白依赖性激酶（CDK）以及其抑制剂（CKI）的共同调控。P27是一种新发现的CKI，P27的活性改变影响细胞周期过程，进而影响细胞的增殖。细胞S期激酶相关蛋白2（Skp2），     

DNA修复和转录相关基因差异表达在普通型间质性肺炎发病中的作用

[目的]探讨DNA修复和转录相关基因差异表达在普通型间质性肺炎发病中的作用。[方法]取2例普通型间质性肺炎患者肺组织，并以正常肺组织作对照。应用基因芯片技术测定其基因差异表达。[结果]DNA损伤修复相关基因（如RAD23A）明显下调，而转录因子相关基因（如C-MAF）明显上调。[结论]DNA修复和转录相关基因差异表达参与了肺组织损伤修复失衡的发生，与UIP的发病可能有关。     

基于生物信息学的hsa-miR-32靶基因预测与功能分析

目的 利用生物信息学方法,预测hsa-miR-32的靶基因并分析其功能,为深入研究其生物学功能提供指导和思路。方法 利用miRBase数据库获取并分析不同物种的miR-32序列特征;从公共GEO（gene expression omnibus,GEO）数据库中下载不同疾病相关的microRNA表达谱芯片数据,通过miRGator v3.0在线工具和Qlucore Omics Explorer 3.0软件分析hsa-miR-32在不同疾病组织中表达情况;并用PicTar、DIANA-microT-CDS 7.0、PITA及miRanda等方法预测hsa-miR-32靶基因,对获得的靶基因集合分别进行功能富集分析（gene ontology analysis）和生物通路富集分析（pathway enrichment analysis）。结果 miR-32在不同物种间高度保守。与癌旁正常组织相比,hsa-miR-32在子宫癌、结直肠癌、胰腺癌、前列腺癌、乳腺癌等多种癌组织中表达异常（均有P<0.05）。包括已被证实的靶基因,共得到168个候选基因,这些靶基因主要参与调控基因表达、细胞增殖、信号转导、细胞死亡等生物学过程（均有P<0.05）,涉及小细胞肺癌、前列腺癌、胶质瘤、黑素瘤等疾病相关通路,以及p53等肿瘤相关信号通路和细胞周期等信号转导通路（均有P<0.05）。结论 hsa-miR-32功能广泛,与癌症的发生、发展密切相关。     

宫颈癌高危型HPV感染的影响因素与ERK1/2信号通路关键因子

目的 分析宫颈癌高危型人乳头状瘤病毒(hrHPV)感染的影响因素与细胞外信号调节激酶1/2(ERK1/2)信号通路关键因子。方法 选择2015年3月-2021年3月于湖北省妇幼保健院和襄阳市中心医院进行宫颈hrHPV DNA筛查检查且同时进行宫颈活检的191例患者，收集患者宫颈上皮内瘤变组织标本90份(宫颈上皮内瘤变组)和宫颈癌组织标本101份(宫颈癌组),另收集同期于医院进行子宫全切术的慢性宫颈炎组织标本60份(慢性宫颈炎组),采用第二代杂交捕获法(HC-Ⅱ)检测患者hrHPV感染情况，采用免疫组化法检测ERK1/2信号通路关键因子蛋白表达情况。结果 宫颈癌组hrHPV感染阳性率高于宫颈上皮内瘤变组和慢性宫颈炎组(P<0.05);宫颈癌组p-ERK1/2、p-c-Fos阳性率高于宫颈上皮内瘤变组和慢性宫颈炎组(P<0.05),p-c-Fun阳性率高于慢性宫颈炎组(P<0.05);低分化、Ⅱ+Ⅲ期以及有淋巴结转移宫颈癌患者组织中p-ERK1/2、p-c-Fos和p-c-Fun阳性率高于中高分化、Ⅰ期以及无淋巴结转移患者(P<0.05);多因素Logistic回归...     

维甲酸诱导小鼠神经管畸形胚脑中H2BK120ub1的全基因组状态变化

目的 利用染色质免疫共沉淀测序技术 (ChIP-seq ) 分析E10.5 d正常小鼠胚脑组织与维甲酸(RA)诱导神经管缺陷(NTDs)小鼠胚脑组织H2BK120单泛素化(H2BK120ub1)修饰的全基因图谱,以期发现H2BK120ub1修饰与神经管发育通路基因表达的关系,为NTDs的诊断及治疗提供生物学靶点及依据。方法 孕鼠分为随机对照组和 RA诱导的NTDs组,利用ChIP-seq 技术对获得的H2BK120ub1特异结合DNA片段进行序列鉴定,获取比对Reads,进行全基因组的Peak分析、基因注释(GO)以及功能富集分析peak相关基因的生物学功能。结果 E10.5 d正常小鼠脑组织和RA诱导神经管畸形小鼠脑组织两组间有306 个基因有显著的H2BK120ub1差异,根据GO富集的基因个数进行统计:在cellular component中前三位为别为Cell(82个基因), Cell part(82个基因),Organelle part(52个基因);在biological process中前三位为别为celluar process(68个基因),metabolic process(47个基因),biological regulation(40个基因);KEGG通路分析的结果主要富集于刺猬因子(HH) 信号通路、TGF-beta信号通路、Wnt信号通路等参与调控神经管发育的关键信号通路,有显著统计学意义(P<0.05)。结论 H2BK120ub1修饰的差异可作为NTDs的一个潜在的诊断及治疗靶点。     

荧蒽暴露致小鼠肺损伤及肺组织转录组分析

目的 本研究旨在评估苯并［b］荧蒽（Benzo［b］ fluoranthene, BbF）暴露导致小鼠肺组织的损伤,并运用转录组学（RNA-Seq）技术探讨潜在的相关基因及信号通路。 方法 对C57BL/6J 雄性小鼠采用非暴露式气管滴注不同剂量苯并［b］荧蒽14天,牺牲小鼠后提取肺组织进行H&E病理检测,提取肺组织总RNA制备cDNA文库,采用Illumina二代高通量测序平台检测小鼠肺组织差异表达基因,并进行GO富集分析和KEGG富集分析。 结果 H&E染色结果显示,与对照组比较,苯并［b］荧蒽暴露组表现为急、慢性炎症细胞浸润、泡沫细胞及组织细胞增生,残存肺泡腔可见炎性坏死物,并且随着暴露剂量增加炎性细胞浸润程度增强。转录组学分析共筛选到188个表达差异显著的基因,不同剂量苯并［b］荧蒽暴露组关键基因表达不相同,提示不同基因在肺部损伤中可能发挥着不同生物学功能。韦恩图显示有25个差异基因在不同剂量苯并［b］荧蒽暴露导致的肺损伤中共表达,Chil1、Retnla、Lcn2、Ccl6、Mmp12等基因可能参与了肺损伤的调控过程。GO富集分析显示差异表达基因主要与炎症和免疫反应相关。KEGG富集分析显示IL-17信号通路富集到的差异表达基因最多;随着暴露剂量增加,KEGG富集通路从细胞因子、炎症相关信号通路发展为疾病相关信号通路。 结论 苯并［b］荧蒽暴露会造成小鼠肺组织损伤和炎症反应,进而引起炎症、免疫及肺部疾病相关基因差异表达及信号通路的变化。     

BRCA1基因在细胞增殖、凋亡和DNA损伤修复中的作用

人乳腺癌易感基因BRCA1是一种抑癌基因 ,在正常乳腺上皮细胞核内起重要的转录调控作用。BRCA1能从多个水平、多层次上通过多条信号转导途径抑制细胞增殖、细胞生长 ,阻滞细胞周期于G2 M期 ,诱导细胞凋亡 ,促进细胞终末分化 ,是一个重要的细胞周期负调控子。BRCA1也是DNA损伤修复结合蛋白 ,能通过多条信号转导途径激活DNA损伤修复的调控点 ,参与DNA损伤修复 ,维持基因组的完整。其突变和低表达是诱发乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌的主要原因之一。     

胎儿DNA短片段富集分析法辨别无创产前检测中母体来源的假阳性病例分析

目的:比较胎儿DNA短片段富集分析法在无创产前检测(NIPT)中辨别母体来源的假阳性病例的临床应用价值。方法:选取13例母体染色体异常引起的NIPT假阳性标本和8例胎盘染色体异常引起的NIPT假阳性标本。用半导体基因测序技术测序后,分别用胎儿DNA全片段分析法(M方法)和DNA短片段富集分析法(L方法)分析测序数据,分别获得染色体Z值和相应的染色体位置-剂量分布曲线。结果:在母体来源的假阳性样本中,L方法与M方法比较阳性信号缩小,表现为Z值绝对值变小,在染色体位置-剂量分布曲线上更接近基线0。而胎盘来源样本阳性信号则相反。结论:在NIPT中,DNA短片段富集分析法能辨别母体来源的假阳性信号,且不增加额外实验成本,具有临床应用价值。