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1.
目的通过网络药理学方法探讨补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎的作用机理。方法运用中药系统药理学成分分析平台(BAT-MAN)数据库获取补肾强督治偻方的作用靶标基因,于CTD数据库中获取强直性脊柱炎疾病相对应的靶标基因,将两者取交集后获取疾病-药物蛋白靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后在CTD数据库中获取关键基因于强直性脊柱炎的疾病治疗作用。结果补肾强督治偻方靶标基因与强直性脊柱炎疾病靶标基因的交集基因有705个。GO分析结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的生物功能主要包括基因表达的阳性调控、炎症反应、细胞增殖阳性调控等;信号通路富集结果显示,补肾强督治偻方-强直性脊柱炎交集靶基因的网络主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等。获得关键基因23个,都与痛症、炎症性疾病及关节炎性疾病相关。结论补肾强督治偻方治疗强直性脊柱炎是多靶点、多通路、多选择的复杂机制过程,其机制多与抗炎和镇痛相关。 相似文献
2.
《辽宁中医杂志》2019,(12)
目的:通过网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病的物质基础及作用机制。方法:利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库筛选板蓝根活性化合物及其靶标基因;运用Dis Ge NET数据库获取银屑病相关靶向基因,将两者去交集后获得疾病-药物蛋白靶基因;使用String数据库疾病-药物蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;接着,通过Systems Dock网站,将核心基因进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证;最后,借助DAVID在线工具进行核心基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到板蓝根26个活性化合物,2381个板蓝根靶标基因,691个银屑病靶标基因及124个药物-疾病交集靶基因;在此基础上挖掘出AKT1等20个核心基因,其富集在HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等15条核心通路上。结论:板蓝根通过多成分、多靶点、多通路治疗银屑病,其可能是通过HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等发挥对银屑病的治疗作用。 相似文献
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目的:通过网络药理学方法探讨阳和化岩汤治疗乳腺癌的作用机理。方法:运用中药成分数据库TCMID、中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP、知网CNKI获取阳和化岩汤的药物主要成分及作用靶标基因,于DRUGBANK数据库中获取乳腺癌疾病相对应的靶标基因,获取两者相交集靶基因,运用网络可视化软件STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出重要的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。最后利用Cytoscape软件构建阳和化岩汤治疗乳腺癌的"化合物—靶点—通路"网络图。结果:阳和化岩汤靶标基因与乳腺癌疾病靶标基因的交集基因有524个。GO分析结果显示,生物功能包括细胞表面受体连接的信号转导,G蛋白偶联受体蛋白信号通路,细胞内信号级联,第二信使介导的信号,调节细胞增殖维持稳态等,交集靶基因的细胞功能主要在于作用于细胞膜、细胞质及细胞外间隙等。交集靶基因的分子功能主要是相同蛋白结合、肽结合、蛋白质二聚化活性、趋化因子受体结合等。信号通路富集结果显示,阳和化岩汤与乳腺癌交集靶基因的网络主要涉及细胞因子—细胞因子受体相互作用、趋化因子信号通路、PI3K/Akt信号通路、T细胞受体信号通路、VEGF信号通路、Erb B信号通路等。结论:阳和化岩汤治疗乳腺癌是多靶点、多通路共同作用的过程,其机制多与调节肿瘤细胞增殖与凋亡通路相关。 相似文献
4.
目的:采用网络药理学-分子对接预测杜仲叶防治骨质疏松症的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction分析平台对杜仲叶活性成分及作用靶点进行筛选,使用GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)对骨质疏松症的对应靶标进行筛选,将中药靶基因与疾病靶基因相交集,将交集靶点导入Cytoscape软件构建成分靶点网络,使用STRING分析平台及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选核心靶点。对中药-疾病共同靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路,最后运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果:筛选后得到杜仲叶治疗防治骨质疏松症的有效成分7个,杜仲叶-骨质疏松症共同靶标231个,并推断其作用机制可能与动脉粥样硬化信号通路的下游核因子κB信号通路,MAPK信号通路、TNF、PI3K-AKT、IL-17及HIF-1信号通路等有关,且MAPK1、STAT... 相似文献
5.
目的:运用计算机网络药理学技术预测加味桃核承气汤治疗糖尿病肾病的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治糖尿病肾病的基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台Bioinformatics Analysis Toolfor Molecular mech ANism of TCM(BATMAN-TCM)数据库获取加味桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从Comparative Toxicogenomics Database(CTD)数据库收集糖尿病肾病的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用Cytoscape软件BiNGO插件和ClueGO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于KEGG通路富集分析的可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于糖尿病肾病的疾病治疗作用。结果:加味桃核承气汤的621个化合物中有581个靶点与糖尿病肾病相互关联。其中NOS3,OAT,NT5C2,ACACB,AGXT,PDE3B等关键基因主要通过调控神经组织的传递、胆碱能突触通路、钙离子通道、代谢通路、嘌呤代谢通路、血管紧张素-神经突触通路、环磷酸腺苷信号通路以及环磷酸鸟苷/环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(cGMP/PKG)信号通路等路径,在质膜、突触后膜、线粒体等分子反应中发挥作用。结论:网络药理学方法科学预测加味桃核承气汤防治糖尿病肾病的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对糖尿病肾病的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、氧化磷酸化及介导嘌呤代谢等机制相关。 相似文献
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目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。 相似文献
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目的:运用网络药理学技术分析加味桃核承气汤治疗糖尿病胃轻瘫的作用靶点和相关信号通路,进一步分析其防治糖尿病胃轻瘫的理论基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台(bioinformatics analysis tool for molecular mechanism of TCM,BATMAN-TCM)数据库获取加味桃核承气汤的化学成分及作用靶标基因,从comparative toxicogenomics database(CTD)数据库收集糖尿病胃轻瘫的靶标基因,将两者取交集后得到加味桃核承气汤--糖尿病胃轻瘫靶基因交集,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并将结果进行网络可视化展示,通过Cytospace软件Clue GO,Clue Pedia插件进行加味桃核承气汤--糖尿病胃轻瘫靶基因交集的基因本体论(gene ontology,GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将结果进行可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取交集基因于糖尿病胃轻瘫的疾病治疗作用。结果:加味桃核承气汤的621个靶点基因中有25个靶点与糖尿病胃轻瘫相互关联,该方可能通过影响MLNR,SST,PTGS1,HRH2,HTR3A,HTR4,HTR7,NOS3基因表达,改善胃肠激素水平,影响血清素与其受体结合,活化腺苷酸环化酶(adenylate cyclase,AC),诱导环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,c AMP),蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)表达,从而激活AC/c AMP/PKA信号通路,并调节Ca2+/K+通道的开放,控制离子平衡,继而促进胃平滑肌适应,收缩胃平滑肌以调节胃容量,同时改善胃酸分泌,保护胃黏膜,不排除改善血管收缩功能、血流动力学的可能。结论:网络药理学方法科学分析加味桃核承气汤通过多方面防治糖尿病胃轻瘫的作用机制,阐释其中医药多靶点、多通路防治糖尿病胃轻瘫的治疗优势,为加味桃核承气汤后续的实验研究提供研究方向和理论参考。 相似文献
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目的:运用网络药理学和细胞实验验证方法研究心脉康片治疗动脉粥样硬化心血管病的潜在药理学作用机制.方法:使用BATMAN-TCM数据库检索心脉康片的组成药物并筛选得到药物活性成分与潜在作用靶标;在GeneCards,人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)检索与动脉粥样硬化相关的疾病靶标;取药物与疾病靶标交集映射获得治疗靶标... 相似文献
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目的:运用网络药理学与生物信息学方法挖掘四神丸治疗溃疡性结肠炎的作用靶点和相关信号通路,探究该方治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法:通过检索中医药百科全书数据库(ETCM)获取四神丸有效的活性成分及预测靶基因,从基因表达集(GEO)芯片数据库及基因疾病关联数据库(Dis Ge NET),人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM),药物靶标数据库(Drug Bank),比较毒物基因组数据库(CTD),遗传药理学与药物基因组学数据库(Pharm GKB)疾病数据库收集溃疡性结肠炎的疾病靶基因,将两者取交集得到药物-疾病蛋白靶基因,并通过Cytoscape软件将结果进行网络化展示,通过网络拓扑算法筛选出作用的关键靶基因,运用基因本体富集分析软件工具包(GOEAST)与注释、可视化和集成发现数据库(DAVID)在线工具对关键靶基因进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,结合相关文献分析四神丸防治溃疡性结肠炎的作用机制。结果:四神丸所含草药的活性成分182个,预测靶标611个;通过疾病数据库检索与溃疡性结肠炎发生发展相关的已知疾病靶标914个;四神丸主要作用于溃疡性结肠炎的类固醇激素介导信号通路、外源代谢过程,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、脂质代谢过程、细胞氧化剂解毒、信号转导等生物学功能,参与花生四烯酸、药物代谢-细胞色素P450,细胞色素P450对异种生物、化学致癌等关键信号通路。结论:四神丸治疗溃疡性结肠炎具有多靶点、多途径、多层次的特性,其所作用的多条信号通路均存在直接或间接关联性,参与脂质蛋白代谢、药物代谢及抗癌机制等方面,并通过对机体的消化系统、循环系统、免疫系统等多系统综合干预而发挥药效,因此与多因素所诱导的溃疡性结肠炎发病的综合效应机制相吻合。 相似文献
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目的采用网络药理学的方法对六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的分子作用机制进行研究。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),收集六味调更汤的活性成分,搜寻潜在靶点,借助STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),使用Cytoscape 3.6.0软件筛选出关键靶点。用DAVID平台对关键靶基因进行GO生物过程富集,分析靶点的KEGG信号通路及相关的疾病富集。利用NCBI平台查找疾病靶标,最后使用Cytoscape 3.6.0软件对成分靶标和疾病靶标进行网络拓扑学分析。结果研究得到齐敦果酸、beta-谷甾醇、檞皮素等206个主要活性成分,其中活性成分度值较高的为β-谷甾醇、山奈酚及槲皮素等39个关键靶标,其与733个更年期Ⅱ型糖尿病靶标交集后得23个交集靶标。通过基因功能富集平台DAVID分析信号通路,得到雌激素信号转导通路(Estrogen signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等关键通路。结论六味调更汤中的活性成分主要通过CASP8、ESR1、Akt1等靶标作用于PI3K-Akt信号通路和雌激素信号转导通路达到对更年期Ⅱ型糖尿病的治疗作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接探讨苍耳子散化裁方治疗鼻窦炎的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选出方剂的药物成分及其对应的成分靶标,将UniProt数据库筛选的相关药物靶标和GeneCards、CTD数据库筛选的鼻窦炎疾病靶标取交集;运用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络;采用Metascape平台对靶标进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-成分-靶标网络图,最后使用Autodock软件对关键靶标及化合物进行分子对接,选择最佳的结合靶标。结果:筛选出相关活性成分57个,成分靶标与疾病靶标相交得出217个靶标。其主要活性成分为槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、β-谷甾醇(Beta-Sitosterol)、金合欢素(Acacetin)、柚皮素(Naringenin)、... 相似文献
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目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应... 相似文献
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目的:运用网络药理学的研究方法探讨三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对三子养亲汤中药物的化学成分、作用靶标进行检索与筛选;利用GeneCards数据库对COPD的相关靶标进行检索与筛选;取药物与疾病的交集靶点,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建多层次网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并对其进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:筛选后得出22个三子养亲汤有效成分和231个作用靶点。COPD相关基因中Relevance score大于3的基因有5 737个,药物与疾病的共有靶点有115个。PPI网络分析得出,三子养亲汤治疗COPD与AKT1、MAPK1、IL6、JUN、CASP3等基因有关。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析得到GO条目170个、KEGG通路162条。KEGG通路富集分析得出三子养亲汤治疗COPD主要通过包括Lipid and atherosclerosis和PI3K-AKT signaling pathway等通路进行调控。结论:本研究从网络药理学的方向,系统地阐述了三子养亲汤通过药物的多成分、多靶点特点对慢性阻塞性肺疾病产生作用机制,为三子养亲汤治疗慢性阻塞性肺疾病的进一步研究提供了基础。 相似文献
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目的基于网络药理学方法,探讨乌梅治疗哮喘的作用机制。方法运用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)检索乌梅的活性成分和靶标蛋白。运用治疗靶点数据库(TTD)检索哮喘的靶标蛋白。通过Cytoscape软件对二者的靶标蛋白进行交集,得到交集靶标蛋白并在Unitprot数据库查询交集靶标蛋白的基因名称。将交集靶标蛋白输入STRING数据库中构建蛋白相互作用网络。使用DAVID在线分析工具对交集靶标蛋白基因进行GO富集及KEGG通路富集分析。结果从乌梅中筛选出8种活性成分,涉及哮喘的靶标有14个。其治疗机制可能与神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路、脂肪细胞脂解的调控、cAMP信号通路、利什曼病、胆碱能突触、TNF信号通路、弓形虫病有关。结论乌梅治疗哮喘涉及多种黄酮类、甾醇类化合物,可能与肾上腺素受体、肿瘤坏死因子、趋化因子、白三烯等有关,并涉及神经活性配体-受体相互作用、钙信号通路等通路。 相似文献
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目的 利用网络药理学研究黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用机制。方法 首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、中药靶标、肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标,将肌少症疾病靶标和骨质疏松症疾病靶标取交集,得到肌少-骨质疏松症疾病靶标。将中药靶标与肌少-骨质疏松症疾病靶标取交集,得到中药-疾病靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶标基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果 筛选得到黄芪治疗肌少-骨质疏松症的20个活性成分和10个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与催乳素信号通路、内分泌失调信号通路、雌激素信号通路、乳腺癌信号通路、类风湿性关节炎信号通路、Toll样受体信号通路、胰岛素抵抗信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等有关。结论 基于网络药理学探讨了黄芪治疗肌少-骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药单体开发提供了理论依据。 相似文献
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目的:运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果:检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19... 相似文献
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目的 运用网络药理学研究方法筛选中药复方内异止痛方主要有效成分,并预测复方有效成分治疗子宫内膜异位症(EMs)的相关靶点,初步探讨“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗EMs的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索中药复方内异止痛方药物化学成分,根据生物利用度(OB)和类药性(DL)2个药动学参数筛选复方中有效活性成分及对应靶点;将关键词“EMs形成”录入Genecard数据库(www.genecards.org)和OMIM数据库(www.omim.org)收集疾病相关基因,并将药物与疾病靶基因取交集,利用Cytoscape构建化合物-靶点-疾病网络。将上述所获得的交集基因信息导入在线STRING软件(http://string-db.org)数据库中,利用插件CentiScape得出核心基因,进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 内异止痛方中满足生物活性的候选化学成分有221个,搜集到与疾病相关基因1388个,药物与疾病交集基因有61个。常春藤皂甙、反式性腺酸、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、芍药甙、丁子香酚... 相似文献