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基于网络药理学的“金银花-连翘”药对作用机制分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:探讨"金银花-连翘"药对的功效物质基础和配伍机制。方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与金银花及连翘相关的所有化学成分,并寻找与其相关的潜在靶点,采用网络药理学的方法对金银花-连翘的功效物质和配伍机制进行研究。结果:通过口服利用度(OB),类药性(DL)条件筛选得出16个候选活性分子,相应靶点64个,相关疾病166种。其中度值较高的候选化合物分子分别是荷包牡丹碱(37),松脂素单甲基醚(30)等;度值较高的靶点蛋白为SLC6A3,DPP4,AR,NOS2,PTGS2等;度值较高的相关疾病依次是非特异性癌症、阿尔茨海默症、乳癌、痛症、心血管病、炎症等。结论:本研究结果初步验证了金银花-连翘药对的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。 相似文献
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目的:通过网络药理学探讨抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用靶点及信号通路,并阐述其作用机制.方法:运用TCMSP、TCMID及BATMAN-TCM数据库筛选抗病毒颗粒中中药的主要化学成分及作用靶点,通过UniProt和PubMed等数据库查询靶点对应的基因,使用DisGeNET数据库获取呼吸道感染相关靶点基因,运用Cytoscape 3.7.2软件构建药材-化合物-靶点(基因)-疾病网络,采用STRING数据库创建蛋白相互作用核心网络(PPI),再通过DAVID数据库进行GO和KEGG分析.结果:抗病毒颗粒中有槲皮素、木犀草素、汉黄芩素、山柰酚等89个活性成分,作用在PTGS2、TNF、AKT1、NOS2、IL-6等靶点蛋白上,通过肿瘤坏死因子(TNF)、核转录因子κB(NF-κB)、低氧诱导因子1(HIF-1)等信号通路发挥抗病毒的治疗作用.结论:抗病毒颗粒治疗呼吸道感染的作用机制可能与其活性化合物通过多靶点、多通路发挥抗病毒、抗炎、免疫调节等作用有关,这为进一步探讨其作用的物质基础以及作用机制提供了参考. 相似文献
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目的 运用网络药理学方法探究金银花治疗动脉粥样硬化的分子作用机制。方法 通过多个数据库查找并筛选金银花的活性成分、作用靶点和动脉粥样硬化基因。通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络。运用R4.0.4软件进行GO功能分析及KEGG通路分析。结果 筛选出17个活性成分,196个靶标蛋白,2419个疾病基因,129个药物-疾病交集基因。GO功能富集分析得到GO条目2584个,包括生物过程2328个,分子功能172个和细胞组分84个。KEGG通路富集筛选得到信号通路162条,主要涉及血脂和动脉粥样硬化、流体剪切应力和动脉粥样硬化等。结论 金银花可能主要通过β-胡萝卜素、木樨草素、山柰酚和槲皮素等多种活性成分作用于JUN、RELA、IL1B、IL6和MAPK1等基因,直接调控血脂和动脉粥样硬化以及流体剪切应力和动脉粥样硬化通路起到抗动脉粥样硬化作用。 相似文献
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目的 利用网络药理学对黄芩-黄连药对抗流感的作用机制进行分析.方法 利用TCMSP、Swiss和GeneCards数据库筛选黄芩、黄连的有效活性成分,并预测药物和疾病的靶点信息.在Cytoscape软件中构建"药物-成分-疾病-靶点"相互作用网络和蛋白相互作用网络图,并使用R软件对黄芩-黄连药对的作用靶点进行GO与KE... 相似文献
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黄芩-金银花药对治疗新型冠状病毒肺炎潜在作用机制的网络药理学研究 总被引:2,自引:0,他引:2
目的:基于网络药理学探讨黄芩-金银花药对与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)关联关系及潜在作用机制。方法:利用TCMSP和STRING数据库平台过滤黄芩-金银花的有效化合物及对应作用靶点;运用Cytoscape 3.7.0统计软件建立并分析黄芩-金银花有效化合物-作用靶点网络;利用STRING数据库平台和Cytoscape 3.7.0统计软件建立并分析黄芩-金银花有效化合物作用靶点PPI网络;利用Bioconductor对作用靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果:黄芩-金银花59个有效化合物通过171条通路作用于202个靶点发挥其中医临床功效及潜在的COVID-19治疗作用。结论:黄芩-金银花所含的活性化合物可能通过抗病毒、抗炎等和肺、肝及心血管保护等作用,对COVID-19引发的肺损伤、肝损伤、心血管疾病和炎性反应具有潜在的预防与治疗作用,研究结果可为中医药治疗新冠肺炎提供一定的理论基础与科学依据。 相似文献
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目的:通过网络药理学方法研究黄芩治疗艾滋病的作用机制。方法:在线检索黄芩的化学成分、作用靶点及艾滋病的疾病基因,建立蛋白互作网络。通过在线DAVID进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,明确黄芩治疗艾滋病的生物学过程及信号通路。结果:收集到黄芩36个高效化合物、110靶点,与艾滋病的1 781个疾病靶点进行基因映射,得到48个映射基因;构建蛋白互作网络,得到4个关键的化合物:金合欢素、汉黄芩素、三羟黄酮、β-谷甾醇,3个关键靶点:Bax、Bcl2、CASP8。GO功能分析显示,艾滋病的基因功能主要是炎症应答、细胞质、染色质结合等方面。KEGG信号通路富集分析得到肿瘤信号通路、p53信号通路、PI3K-AKT信号通路等条目。结论:通过网络药理学分析,中药黄芩可能通过其所含金合欢素、汉黄芩素、三羟黄酮、β-谷甾醇,作用于肿瘤信号通路、p53信号通路、PI3K-AKT信号通路的Bax、Bcl2、CASP8靶点,调控炎症应答、细胞质、染色质结合等达到治疗艾滋病的作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学原理探讨药对金银花-连翘干预痤疮的分子通路及作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索金银花、连翘化学成分、作用靶点;通过GeneCards数据库获取痤疮差异性靶点基因,预测中药中痤疮相关的作用靶点;通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,构建“中药-成分-关键靶标-主要通路”的可视化网络图。运用DAVID数据库对筛选出的靶点基因进行基因富集分析,从而获得基因本体论(GO)生物功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路注释结果,进而探究中药干预痤疮的分子作用机制。结果:药对金银花-连翘干预痤疮共预测得到活性成分29个,涉及核心靶点基因97个、GO生物功能103个、KEGG信号通路119个。结论:药对金银花-连翘主要活性成分通过多靶点、多通路干预痤疮,主要涉及核受体的活性、转录因子活性等功能,以及白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路和磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-丝氨酸... 相似文献
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目的:基于网络药理学的研究思路及方法探索中药金银花治疗痤疮的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选金银花活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库进行检索得到与痤疮有关的靶点基因,通过Venny 2.1.0得到药物与疾病的共同靶点。借用Cytoscape 3.9.0绘制金银花活性成分-相关靶点网络图,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,将药物-疾病共同靶点通过Metascape数据库分别进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共筛选得出槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚以及β-谷甾醇等23个活性成分,药物靶点211个,痤疮相关靶基因612个,主要涉及主要涉及肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白蛋白(Albumin,ALB)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、IL-1β、基质金属蛋白酶9(Matrix Metallopeptidase 9,MMP9)等43... 相似文献
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目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础. 相似文献
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目的:采用网络药理学的分析方法研究赤芍-牡丹皮经典药对治疗中风的分子作用机制。方法:基于中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)、药物与疾病数据库(Drug Bank)、赤芍-牡丹皮的疾病与化学成分靶点网络则分别由治疗靶标数据库(TTD)建立,而它的药效成分与靶点网络主要运用Cytoscape 3.7.0软件构建而成,并同时进行了网络拓补分析; 至于核心靶点对基因本体(GO)的功能富集则主要运用DAVID数据库完成,同时也对百科全书KEGG(基因组)通路的功能富集进行了研究。结果:网络拓补分析结果表明,最核心的药效成分可能为槲皮素、山奈酚、鞣花酸、黄芩苷,最核心的GO功能有活性氧代谢过程、脂多糖、核受体活性、细胞因子受体结合、细胞膜微区、囊腔作用等; 最核心的作用通路有VERF通路、Toll样受体通路、肿瘤坏死因子(TNF)通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶b(P13K-Akt)通路等。结论:本文基于网络药理学方法对赤芍-牡丹皮药对干预中风的作用机制进行了分析发现,赤芍-牡丹皮药对可能是通过VERF通路、Toll样受体通路、TNF通路、IL-17信号通路、P13K-Akt等通路协同作用发挥治疗缓解中风功效,上述预测结果可为赤芍-牡丹皮药对在中风治疗的药理作用研究及临床应用提供一定的理论依据。 相似文献
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目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点。通过UniProt数据库检索靶点基因名。检索GeneCards数据库,筛选甲状腺结节相关的基因靶点。将药物与疾病的交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析、基因本体论(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选后得到黄药子13个活性成分,包含β-谷甾醇、山柰酚、薯蓣皂苷元、槲皮素等化合物。124个疾病交集靶点,核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、基质金属蛋白酶1(Matrix Metallopeptidase 1,MMP1)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、转录因子活化蛋白-1(Jun Proto-Oncogene,JUN)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等。筛选出包含晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation... 相似文献
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目的 基于网络药理学方法 研究抗感方治疗冠状病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)的作用机制.方法 借助TCMSP数据库筛选出抗感方活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出冠状病毒 、RSV的疾病靶点.利用Cytoscape软件 、STRING数据库分别构建"药物-成分-靶点-疾病"的相互作用和潜在靶点PPI网... 相似文献
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目的:基于网络药理学探究茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的作用机制。方法:通过药物数据库筛选出茵陈-栀子的有效化学成分及靶点,并预测和筛选茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化疾病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点的网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体论(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出茵陈的化合物36个,有效靶点481个;栀子的化合物101个,有效靶点798个;通过筛选得到茵陈-栀子药对与乙型肝炎肝硬化的交集靶点254个。蛋白质-蛋白质相互作用网络发现丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)等可能是茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的关键靶点。GO注释分析涉及对激素的反应、对异种刺激的反应、膜筏、受体复合物、蛋白激酶活性、激酶结合等信号通路。KEGG通路... 相似文献
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目的探讨黄芩-黄连药对治疗2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄芩、黄连的化学成分和作用靶点,通过OMIM、TTD、Drugbank、Digsee等多个数据库查询与T2DM相关的基因。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络、蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,最后通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究其作用机制。结果化合物-靶点网络包含42个化合物和相应靶点213个,关键靶点涉及PTGS2、PTGS1、HSP90AA1、HSP90AB1、NOS2等。PPI核心网络包含15个蛋白,关键蛋白涉及TNF、IL6、INSR等。GO功能富集分析得到GO条目108个(P0.05),其中生物过程(BP)条目87个,分子功能(CC)条目9个,细胞组成(MF)条目12个。KEGG通路富集筛选得到24条信号通路(P0.05),涉及胰岛素抵抗通路、T2DM通路、胰岛素信号传递通路等。结论黄芩-黄连中的活性成分主要通过DPP4、PPARG、IL6、PPARD、TNF等靶点调节炎症细胞因子、作用于胰岛素受体协同治疗T2DM。 相似文献
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目的 基于网络药理学方法探究大黄对脑水肿的治疗作用及其机制。方法 运用中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)获取大黄活性成分及作用靶点,在Uniprot数据库寻找大黄靶基因,并与GeneCards、OMIM及TTD等数据库筛选得到的脑水肿疾病靶点,通过建立药物靶基因与疾病靶点venn图寻找共有基因靶点;运用Bisogent对共有基因靶点进行蛋白相互作用(PPI)网络分析,运用拓扑方法分析关键靶点及药物-成分-靶点网络中的关键成分。通过Metascape对共有基因靶点进行GO分析及KEGG分析,构建靶点-疾病-通路关联图,揭示高频药物治疗脑水肿的潜在作用机制。结果 通过TCMSP获得大黄30种活性成分,113个靶点;脑水肿疾病靶点1 691个,二者共同靶点共45个,其中较为关键的活性成分包括2-羟基丙酸、芦荟大黄素、β-谷甾醇、L-羟基丁酸、泽兰黄醇等;关键靶点包括HSP90AA1、APP、ESR1、CUL3、HSP90AB1、XPO1、EGFR等。涉及的传导途径主要包括癌症蛋白多糖通路、雌激素信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等。结论 研究表明大黄治疗脑水肿的作用机制可能与抑... 相似文献
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目的 采用网络药理学的方法探讨黄芩苷治疗转移性乳腺癌的作用机制。方法 运用中药系统药理学分析平台(TCMSP)搜索获取黄芩苷的药代动力学(ADME)等数据,用Pharmmapper数据库预测黄芩苷的作用靶点;运用GeneCards数据库搜索获取转移性乳腺癌疾病靶点;运用Venny 2.1.0在线工具,获取黄芩苷与转移性乳腺癌的共同靶点,再用String数据库构建互作网络(PPI网络)并分析,获取核心靶点;最后运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,获得生物学过程及核心作用通路。结果 获取黄芩苷的作用靶点399个,转移性乳腺癌的疾病靶点3 188个,药物和疾病共同靶点206个;String数据库PPI网络分析得到核心靶点62个,包含MAPK1、AKT1、PIK3R1、HSP90AA1、SRC、Bcl-2等;GO富集分析得到134个生物过程(BP)、51个分子功能(MF)、24个细胞成分(CC),主要涉及信号转导、凋亡过程的负调控、炎症反应、蛋白磷酸化、细胞增殖、细胞迁移、MAPK级联、血管生成等生物学进程;KEGG通路分析得到信号通路88条,包括癌症的途径、PI3K/Akt信号通... 相似文献
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目的采用网络药理学方法探究杜仲治疗高血压的作用机制。方法利用TCMSP数据库,对影响杜仲吸收、分布、代谢和排泄行为的活性成分进行筛选,并运用Uniport数据库预测作用靶点,利用GeneCards数据库获取高血压作用靶点;采用Cytoscape3.6.1软件将药物作用靶点和疾病靶点进行映射,运用STRING11.0数据库构建映射靶点蛋白互作网络;最后利用R软件进行GO功能富集分析和KEGG通路分析。结果通过对杜仲活性成分、作用靶点查找与筛选,获得杜仲有脂醇二葡萄糖苷、槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、β-谷甾醇等27个主要活性成分,作用靶点181个,并绘制出杜仲的活性成分-作用靶点网络图;用GeneCards数据库获取高血压相关靶点703个,经在线工具分析,获取75个杜仲的活性成分与高血压共同作用靶点;GO和KEGG富集分析提示:杜仲参与多种生物学过程调控,其可能通过抑制cAMP活性和钙离子内部流量、调节NO和肾素-血管紧张素系统,舒张血管并增加冠脉流量来发挥降压活性。结论杜仲可通过多成分协同作用,实现多通路、多靶点的降血压作用。 相似文献
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目的 运用网络药理学的方法探讨蒺藜治疗银屑病的分子作用机制。方法 采用TCMSP数据库筛选蒺藜的有效成分,并收集其相应的作用靶点;使用GeneCards、OMIM数据库筛选与银屑病相关的基因靶点,并用在线韦恩图平台将蒺藜作用靶点与银屑病基因取交集,获得蒺藜治疗银屑病的靶标基因;利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络和Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-有效成分-靶基因-疾病”相互作用网络,筛选出核心作用靶基因,然后对潜在治疗靶点进行基因GO的富集分析和KEGG的代谢通路富集分析。结果 筛选出蒺藜的有效成分12种。银屑病的靶点有3 866个,其中41个是蒺藜治疗银屑病的核心靶点。“蒺藜-有效成分-靶基因-银屑病”相互作用网络中,其核心作用靶基因包括PTGS2、AKT1、JUN、CASP3、AHR、MAPK8、ESR1和HMOX1;经过GO及KEGG通路分析,共筛选出与银屑病有关的信号通路197条。结论 蒺藜治疗银屑病的主要活性成分为异鼠李素、山柰酚、蒺藜皂苷,其潜在作用机制是止痒、抗炎、修复皮肤屏障、调控细胞的凋亡与增殖过程以及对体内免疫反应的调节作用。 相似文献
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目的:利用网络药理学探究马齿苋活性成分缓解结肠炎的作用机制。方法:基于TCMSP数据库获得其活性成分和对应靶标,利用STRING进行靶标间互作分析并筛选核心靶标,经KEGG富集分析得到马齿苋治疗疾病的相关信号通路。基于Drugbank数据库获取结肠炎的相关疾病靶标,与马齿苋成分靶标进行映射,得到马齿苋治疗结肠炎的作用机制。结果:共筛选获得马齿苋活性成分花生四烯酸、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素、异甜菜素、槲皮素等10个,其对应靶标共187个,核心靶标共62个,经KEGG富集分析发现核心靶标与癌症、病毒感染、炎症性肠炎和免疫调节相关通路密切相关,并通过ABCC4、ABCG2、ACAT1、ALB、ALOX5、CYP3A4、IFNG、IKKA、MPO、NOS2、NQO1、NR1I2、PPARG、PTGS1、PTGS2、TNF、XDH起到治疗结肠炎的作用。结论:马齿苋可通过抗炎、抗氧化和调节细胞增殖与凋亡发挥多靶点、多通路缓解结肠炎的作用。 相似文献