基于网络药理学探讨桃仁-红花药对在类风湿性关节炎中的作用

目的采用网络药理学研究方法,明确"桃仁-红花"对类风湿性关节炎的药理机制。方法采用TCMSP数据库筛选"桃仁-红花"活性成分、利用TTD和DrugBank数据对类风湿性关节炎潜在靶点进行预测、利用ClueGo对所搜集到的靶点进行KEGG信号通路富集分析和Biological Process生物过程富集分析,得到"桃仁-红花"药对与类风湿性关节炎相关基因构成的分子网络及信号通路。结果共筛选出桃仁-红花药对具有潜在靶点的活性成分31个,筛选出与之相对应的作用靶点274个,分析得到相关通路共26条。发现"桃仁-红花"药对能通过作用于多个靶点,如类视黄醇X受体alpha(RXRA)、前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2)、前列素内环氧化物合成酶1(PTGS1)、B淋巴细胞瘤-2基因(BCL2)、重组大肠杆菌碳酸酐酶-2(CA2)等靶点,从而参与肿瘤坏死因子介导信号通路的调控、超氧代谢过程、类前列素代谢过程、脂肪酸代谢正向调节、内皮细胞分化调控、前列腺素生物合成过程、活性氮代谢过程等疾病相关通路,缓解及控制类风湿性关节炎。结论桃仁-红花药对通过22个成分作用于31个靶点,调控26个通路,对类风湿性关节炎发挥改善症状、控制病情等作用。     

基于网络药理学探讨五苓散治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:采用网络药理学的方法,对五苓散(WLS)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制进行研究探讨。方法:通过在中药系统药理学数据库(TCMSP)平台对五苓散进行活性成分筛选、在Drag Bank数据库进行靶点预测,应用Cytoscape3. 2. 1软件构建成分-靶点网络;在TTD,Drug Bank及Dis Genet数据库中进行检索,获取疾病靶点;构建韦恩图,得到五苓散治疗RA的作用靶点;并进行基因本体(GO)功能注释和东京基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;构建五苓散中药-成分-靶点-信号通路网络,使用Network Analyzer进行网络特征分析。结果:研究显示共挖掘到五苓散中52种成分及297个潜在靶点,RA疾病1 845个相关靶点,得到五苓散-疾病共同靶点49个,共同作用靶点主要富集于322个生物过程和31条信号通路上。结论:五苓散可能是通过调节前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2),转化生长因子-β1(TGF-β1),半胱氨酸天冬氨酸蛋白水解酶-3(Caspase-3),转录因子p65(RELA),孕激素受体(PGR)等靶点,调控癌症相关通路,肿瘤坏死因子(TNF)信号通路,白细胞介素17(IL-17)信号通路,核转录因子-κB(NF-κB)信号通路,Th17细胞分化等通路,从而抑制炎症反应、调节免疫功能及调控细胞凋亡来治疗类风湿关节炎。     

柴胡疏肝散治疗卒中后抑郁的网络药理学研究

目的用计算机网络药理学技术分析柴胡疏肝散治疗卒中后抑郁的有效成分,并预测其作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中获取柴胡疏肝散的化学成分和靶点,同时利用OMIM、TTD和Pharm Gkb数据库获取治疗卒中和抑郁的共有靶标。采用Excel筛选分子和靶标,Cytoscape软件建立柴胡疏肝散的中药成分-靶点网络图,通过生物学信息注释数据库(DAVID)对基因功能及代谢通路进行分析。结果从数据库筛选出柴胡疏肝散122个中药成分与卒中后抑郁的42个靶蛋白相互作用,其中雌激素受体(ESR1)、前列素内环氧化物合成酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3β)、SLC6A4和白三烯A4水解酶(LTA4H)为柴胡疏肝散治疗卒中后抑郁的作用靶点,主要涉及花生四烯酸代谢通路、5-羟色胺能突触通路、催乳素信号通路和甲状腺激素信号通路,通过调节炎症应答、突触合成、雌激素应答、记忆、生物合成、药物反应和昼夜节律从而治疗卒中后抑郁。结论通过网络药理学研究揭示了柴胡疏肝散治疗卒中后抑郁的可能机制,为进一步阐明其作用靶点奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接分析探讨消炎退热合剂干预新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:运用网络药理学和分子对接法分析消炎退热合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Pubchem数据库检索消炎退热合剂中大青叶、蒲公英、紫花地丁、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.7.2构建化合物-靶点(基因)网络,采用R软件包(3.6.2)的Cluster profiler包对交集靶点进行GO (Gene Ontology)生物信息学富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制,采用ChemOffice软件将筛选出的18个核心化学成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:化合物-靶点网络包含4种药材,117个化合物和相应靶点498个,与疾病靶点144个交集后,筛选出关键的核心化合物18个,对应的疾病靶点27个,关键靶点涉及肾上腺素能受体β2抗体(ADRB2)、前列腺素过氧化物合酶1(PTGS1)、凝血酶原(F2)、肿瘤坏死因子(TNF)、肾素(REN)及血管紧张素转化酶(ACE2)等。GO功能分析得到GO条目910个(P0.05)。其中生物过程(BP)条目867个,细胞组成(CC)条目6个,分子功能(MF)条目37个。KEGG通路富集筛选到10条信号通路(P0.05),主要涉及cAMP信号通路、病毒蛋白与细胞因子受体间相互作用、肿瘤坏死因子信号通路、细胞因子相互作用受体通路、肾素-血管紧张素系统等。分子对接结果显示靛蓝、β-谷甾醇、γ-谷甾醇、十八碳二烯酸、亚油酸甲酯及高丽槐素6个核心化合物与ACE2结合力和临床推荐用药氯喹的相近。结论:消炎退热合剂中的活性化合物靛蓝、β-谷甾醇、γ-谷甾醇、十八碳二烯酸、亚油酸甲酯及高丽槐素可能通过与ACE2结合,且可能通过作用于ADRB2、PTGS1、F2、TNF、REN等靶点调节多条信号通路,通过以上结果预测该复方对COVID-19具有潜在的干预作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨青风藤干预膝骨关节炎的作用机制

目的：应用网络药理学与分子对接技术探讨青风藤治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制。方法：从TCMSP数据库中提取青风藤的化学成分，获得药物靶点及疾病相关基因，筛选交集靶点，获得青风藤治疗KOA的作用靶点。对交集靶点及相关信号通路利用数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过分子对接平台进行分子对接。结果：获得青风藤化合物主要化学成分6种、疾病基因643个、药物与疾病交集靶点11个。网络分析结果显示，青风藤通过调控肿瘤信号通路、糖尿病并发症中的糖基化终末产及其受体信号通路(AGE-RAGE)、细胞凋亡信号通路、肿瘤抑制蛋白p53信号通路(p53)、血清素突触信号通路等作用于前列腺素G/H合酶1(PTGS1)、前列腺素-内过氧化物酶合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、转化生长因子β-1前蛋白(TGFB1)、胱天蛋白酶3(CASP3)等关键靶点，通过干预细胞凋亡、抑制炎症等发挥治疗KOA的作用。分子对接结果显示，青风藤核心成分β-谷甾醇(beta-sitosterol)、青藤碱(Sinome...     

基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分...     

基于网络药理学的知柏地黄丸治疗性早熟机制研究

目的:采用网络药理学方法研究知柏地黄丸治疗性早熟的关键靶点和潜在分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以吸收、分布、代谢和排泄(ADME)参数筛选活性化合物,并预测活性成分靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取性早熟相关靶点,两者相互映射得到交集靶点;采用Cytoscape 3.3.0软件构建成分-靶点网络;采用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络;采用R软件进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:共获得知柏地黄丸中与性早熟相关的潜在活性成分63个[槲皮素、山柰素、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素、(S)-氢化小檗碱等],潜在靶点70个[前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、PTGS1、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)、孕酮受体(PGR)、雄激素受体(AR)等],主要涉及信号通路7条,包括色氨酸代谢、类固醇激素生物合成信号通路等。结论:知柏地黄丸通过多成分、多靶点、多途径综合调控性早熟。     

基于气相色谱-质谱联用结合网络药理学探究竹叶椒挥发油抗炎镇痛的作用机制

目的探究竹叶椒Zanthoxylum armatum挥发油抗炎、镇痛的活性成分及作用机制。方法采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)定性表征竹叶花椒挥发油成分,并借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)、Pub Chem、Swiss Target Prediction和Uniprot数据库收集活性成分对应靶点。通过GisGeNET及OMIM数据库筛选炎性反应和疼痛的相关靶点,采用Cytoscape软件构建"成分-靶点-疾病"网络。借助STRING及BioGPS数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络并分析靶点组织分布,运用DAVID数据库对靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)功能及京都基因及基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。采用分子对接法验证竹叶花椒挥发油主要活性成分与核心靶点的相互作用。结果从竹叶椒挥发油中鉴定成分44个,预测得到其潜在抗炎、镇痛靶点78个,关键靶点涉及前列腺素内过氧化物合成酶2(prostaglandin-endoperoxidesynthase2,PTGS2)、毒蕈碱型乙酰胆碱受体亚型3(muscarinic acetylcholine receptor M3,CHRM3)、过氧化物酶体增殖物激活受体α(peroxisome proliferator activated receptorα,PPARA)、大麻素受体2(cannabinoid receptor 2,CNR2)等。GO分析结果表明筛选得到的靶点主要涉及RNA聚合酶II启动子转录的正调控、质膜及酶结合等生物学过程。KEGG通路富集分析得到60条信号通路,涉及神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触及胰岛素抵抗等相关通路。分子对接结果显示竹叶椒挥发油中芝麻素、胆甾烯基豆蔻酸酯和(-)-β-花柏烯等活性成分与核心靶点具有较好的亲和能力。结论竹叶椒挥发油中多种活性成分能够作用于PTGS2、CHRM3、PPARA等靶点,并通过多通路发挥抗炎、镇痛作用。     

龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎可能的分子机制及生物学过程

目的：利用网络药理学探索龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和BATMAN-TCM数据库挖掘龙胆泻肝汤的有效成分和作用靶点,利用CTD数据库筛选疾病靶点。将药物与疾病的交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,运用Cytoscape 3.7.2构建“疾病-药物-靶点-基因”四维网络,借助DAVID数据库对靶点进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最终使用Auto Dock进行分子对接验证。结果：从龙胆泻肝汤中筛选出有效成分195个、作用靶点328个,其中与特应性皮炎疾病密切相关的靶点79个。经筛选,GO功能富集分析得到条目295个,KEGG通路富集分析得到信号通路86条。分子对接结果显示复方活性成分与核心靶点结合程度较好。结论：龙胆泻肝汤治疗特应性皮炎主要通过槲皮素、山柰酚、豆甾醇等活性化合物作用于白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、前列素内环氧化物合成酶2(Prostaglandin-endoperoxide Synthase 2,PTGS2)、丝裂原激活蛋白激酶（Mito...     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学预测大蓟治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究中药大蓟治疗高血压的潜在作用机制。方法：利用TCMSP数据库收集大蓟的所有化学成分及作用靶点,通过Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶点”核心网络,利用CluGO插件对关键靶点进行GO功能和通路富集分析并构建“靶点-信号通路”网络,利用Merge功能进一步构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果：筛选得到11种药效成分和29个关键靶点,GO功能富集分析涉及21项生物过程和6项分子功能相关条目,KEGG通路富集分析发现13条信号通路。结论：大蓟可能通过油酸、豆甾醇、刺五加苷等药效成分,作用于PTGS2、PTGS1、NCOA2、CHRM3、ADRβ2、CHRM1等关键靶点,参与调控精氨酸和脯氨酸代谢、脂肪细胞中的脂肪分解、钙信号通路等发挥抗高血压效应。     

基于网络药理学和分子对接法探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索达原饮中槟榔、厚朴、草果、知母、白芍、黄芩、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点267个,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AA1、ESR1、AR、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目421个,细胞组成(CC)条目38个,分子功能(MF)条目63个。KEGG通路富集筛选得到25条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论达原饮中的活性化合物可能通过与血管紧张素转换酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路,从而有可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分

目的以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制。肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果成分-靶点网络得到269个节点,4204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等。GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecularfunction,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36k J/mol)、去甲脱水淫羊藿黄素(-25.94 kJ/mol)作用于SARS-CoV-2 3CL水解酶的分子对接结合能最低。结论肺毒清的活性化合物通过作用于JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等靶点,与ACE2结合,调节多条信号通路,对COVID-19有潜在治疗作用。     

凤香洗液中“丁香-苦参”配伍干预子宫内膜癌的活性成分及作用机制预测分析

目的:基于网络药理学研究凤香洗液中“丁香-苦参”配伍治疗子宫内膜癌(EC)的作用机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP)对丁香-苦参的活性成分进行检索和筛选,通过Gene Cards数据库、OMIM数据库筛选EC相关靶点,构建活性成分-靶点网络图。将筛选到的靶点利用String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,最后构建活性成分-靶点-信号通路网络图。结果:共筛选到31个潜在活性分子,690个中药成分靶点,1627个EC相关靶点,药物-疾病的共同靶点146个,共同靶点以多种方式参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、凋亡过程的负调控等595个生物过程,并参与癌症通路、PI3K/Akt信号通路、乙肝通路、癌症蛋白聚糖信号通路等115条信号通路。结论:丁香-苦参通过作用于PTGS2、Akt1、PTGS1、RELA、PRSS1、MAPK1等靶点调控癌症、PI3K/Akt、乙肝、癌症蛋白聚糖等信号通路,从而发挥干预EC的作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨藿香防治新型冠状病毒肺炎的分子机制

目的采用网络药理学与分子对接方法研究藿香防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法运用TCMSP数据库获得藿香有效成分及作用靶点;从OMIM、Pharm GKB、Gene Cards、TTD数据库收集疾病靶点,利用Cytoscape软件构建"中药-成分-靶点"网络;将所有靶点输入STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对核心靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析。将主要化合物分别与2019-nCoV冠状病毒3CL水解酶和关键靶点进行分子对接。结果筛选出藿香有效化学成分16个,藿香防治COVID-19的关键靶点为TNF、IL6、GAPDH、CXCL8、PTPRC、MAPK3、IFNG、CCL2、CASP3、PTGS2,主要通过Toll、NOD、RIG-I样受体信号通路,MAPK信号通路,T细胞受体信号通路,朊病毒性疾病等途径发挥作用。分子对接结果显示藿香中槲皮素、芫花素、槲皮素-7-O-β-D-葡糖苷等化合物与2019-nCoV 3CL水解酶的结合能较低。结论明确了藿香防治COVID-19的物质基础与分子机制,为中药对抗COVID-19提供了理论支撑和科学借鉴。     

以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2）为受体挖掘治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）潜在中药及单体成分

目的以血管紧张素转换酶Ⅱ(ACE2)为受体探讨中药及单体成分治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索作用于ACE2受体的中药及单体成分。通过UniProt、GeneCards等数据库查询中药单体成分作用靶点对应的基因名,进而运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果葛根素-靶点网络中靶点54个,关键靶点涉及AKT1、VEGFA、TNF等。GO功能富集分析得到GO条目554个(P0.05),其中生物过程(BP)条目486个,细胞组成(CC)条目26个,分子功能(MF)条目42个。KEGG通路富集筛选得到162条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、肾素-血管紧张素系统通路等。分子对接结果显示葛根素与ACE2和新型冠状病毒(SARS-CoV-2)水解酶的亲和力与推荐用药相近。结论葛根素与ACE2结合作用于AGTR1、NOS3、HIF1A等靶点调节多条信号通路,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接的感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的：基于网络药理学探索感冒清热颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的药效物质基础及其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索感冒清热颗粒中各味中药的化学成分及其作用靶点;在GeneCards数据库检索得到新型冠状病毒肺炎相关靶点;上述二者取交集,导入Cytoscape 3.7.2软件中进行处理,得到关键成分及关键靶标;再将交集靶点导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;利用DAVID数据库及R语言对交集靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后以感冒清热颗粒“有效成分-靶点”网络中筛选出的12个关键化合物为配体,以血管紧张转化酶2(ACE2)和SARS-CoV-2 3CL pro水解酶为目的受体,进行分子对接。结果：筛选出复方中化学成分共152个,相关靶点293个,其中与COVID-19共同作用的靶标有59个,与之对应有效成分共86个。核心靶点包括PTGS2、PTGS1、DPP4、F10、NOS2、TP53、TNF,关键成分包括β-胡萝卜素、槲皮素、芦丁、山柰酚、柚皮素、金合欢素、芦荟大黄素、葛根素、异鼠李素、芒柄花黄素、二氢血根碱和β-谷甾醇。应用GO富集分析得到42个GO条目,应用KEGG富集分析得到48条相关通路,其中包含细胞凋亡通路、癌症通路等。分子对接研究显示感冒清热颗粒中关键化学成分与3CL pro和ACE2的结合作用良好,甚至优于部分临床使用的药物。结论：感冒清热颗粒能通过槲皮素、芦丁、山柰酚、金合欢素和柚皮素等成分,调控细胞凋亡通路、癌症通路等,调节PTGS2、PTGS1、DPP4等蛋白的表达,来调控机体细胞生长凋亡、免疫炎症反应治疗COVID-19;同时感冒清热颗粒中的关键成分可能会通过作用于3CL pro及ACE2,来阻断新冠病毒入侵和增殖。     

基于网络药理学研究升陷汤治疗心力衰竭的作用机制

目的基于网络药理学研究升陷汤治疗心力衰竭的作用机制。方法以化合物的口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)TCM Database、OMIM和Genecards数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)筛选并预测升陷汤的活性成分及治疗心力衰竭的作用靶标。借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,运用Cytoscape软件绘制疾病靶点PPI网络,进一步进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,初步构建升陷汤活性成分-心力衰竭作用靶点网络。结果从升陷汤中共筛选出76个活性成分,197个与心力衰竭相关的作用靶点,包括蛋白激酶(AKT1)、白介素(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。经GO和KEGG通路富集分析显示,升陷汤参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、辅酶因子结合、细胞因子结合、酰胺结合、细胞因子活性、类固醇激素受体活性、氧化还原还原酶活性、G蛋白偶联胺受体活性以及炎症反应等多种生物途径,并且抑制肾素血管紧张素系统激活,具有抗氧化能力;参与调控PI3K-Akt(磷脂酰肌醇3羟激酶-蛋白激酶)信号通路、IL-17信号通路、低氧诱导因子(HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。结论升陷汤活性成分能通过多个靶点、多条通路发挥治疗心力衰竭的作用,可能是通过参与调节AKT1、VEGFA基因,干预PI3K-Akt信号通路来实现的。     

基于网络药理学的连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及机制探讨

目的探寻连花清瘟方抗冠状病毒的物质基础及作用机制,为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的中医药治疗提供参考。方法借助TCMSP、Batman、Swiss Target Prediction等数据库检索连花清瘟方中药味的化学成分和作用靶点。通过Gene Cards筛选出冠状病毒的疾病靶点。使用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"网络和潜在靶点的相互作用关系,通过富集分析预测作用机制,并将连花清瘟方的主要活性成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接验证。结果挖掘出连花清瘟方中100种活性成分、636个药物靶点,冠状病毒347个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点67个,关键靶点涉及PTGS2、IL6、CASP3、MAPK1、EGFR、ACE2等。GO富集分析共得到条目1 946个,主要涉及T细胞活化、病毒受体、炎症反应等。KEGG通路富集筛选出166条信号通路,包括肾素-血管紧张素系统、Toll样受体信号通路、JAK-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、TNF信号通路等。分子对接结果显示山柰酚、槲皮素、木犀草素与Mpro有较好的结合能力;甘草次酸、豆甾醇、靛蓝与ACE2有较好的结合能力。结论连花清瘟方可通过多成分、多靶点、多通路作用于冠状病毒,其主要成分与Mpro、ACE2有较好的结合能力,从而可能对COVID-19有治疗作用。     

基于网络药理学探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的物质基础及作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨巴戟天抗风湿的物质基础及作用机制。方法:通过中药系统药理学平台(TCMSP)获取巴戟天有效成分及其作用靶点,通过GeneCards平台获取类风湿性关节炎疾病作用靶点;利用Uniprot在线平台对靶点名称进行校正,取有效成分靶点与疾病交集靶点交集,并通过String在线平台生成蛋白互作(PPI)图;运用R语言程序包对靶点基因进行基因本体论(GO)生物过程和KEGG信号通路富集分析;通过Cytoscape3.7.1软件为巴戟天有效成分、靶点及信号通路绘制网络互作图。结果:获得巴戟天潜在有效成分(DL≥0.18)共62个,其中可能的关键成分为2-羟基-3-甲基蒽醌、1-甲氧基-2-羟基蒽醌、洋商陆素A、美商陆酚A、大黄素甲醚、茜草素-1-甲醚、1-羟基-2-甲氧基蒽醌;巴戟天有效成分对应靶点37个,类风湿性关节炎疾病作用靶点(gifts≥10)3949个,两者交集靶点22个;PPI网络中关键靶点为NR3C1、PTGS2、CASP3、ACHE、SLC6A4、DRD2、PGR、OPRM1;GO功能分析主要集中在以类固醇激素受体活性、G蛋白偶连的胺受体活性、核受体活性、配体激活转录因子活性、儿茶酚胺结合、药物结合、类固醇结合、神经递质受体活性等生物功能,KEGG通路18条,可能主要通过调控神经活性配体-受体相互作用信号通路发挥作用。结论:研究初步探讨了巴戟天治疗类风湿关节炎的潜在化学成分、作用靶点和信号通路,为下一步深入研究其药效物质基础及效应机制提供依据。