基于网络药理学及分子对接研究参芪扶正注射液抗非小细胞性肺癌的作用机制

目的：运用网络药理学结合分子对接技术研究参芪扶正注射液抗非小细胞肺癌（NSCLC）的活性成分及作用机制,为临床应用提供理论依据。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（ TCMSP）获取参芪扶正注射液的活性成分及靶点,通过美国国立生物技术信息中心（NCBI）数据库获取NSCLC与正常肺组织的差异基因,并采用STRING数据库及Cytoscape构建共同靶点可视化网络图。借助DAVID数据库实现基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG） 富集分析,利用AutoDock Vina和PyMoL进行分子对接以验证。结果：获取参芪扶正注射液活性成分41个,NSCLC差异基因2 861个,共同靶点58个。GO分析显示生物学过程主要涉及对类固醇激素、氧化应激、多种化学物理因素刺激等反应的调节;KEGG富集显示主要通过TNF、Relaxin、IL-17、P13K/AKT、Estrogen等通路发挥抗癌作用。分子对接表明药物主要活性成分与关键靶点结合性较好,从分子层面对参芪扶正注射液的有效性进行了验证。结论：运用网络药理学及分子对接的方法证明参芪扶正注射液通过多成分、多靶点、多通路发挥对NSCLC的治疗作用,并为临床应用提供了理论支持。     

“半枝莲-白花蛇舌草”药对治疗胃癌的网络药理学作用机制分析

目的基于网络药理学,探讨"半枝莲-白花蛇舌草"药对治疗胃癌(GC)的有效活性成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库选取"半枝莲-白花蛇舌草"药对中含有的131个化合物,筛选其活性成分及潜在靶点;通过人类孟德尔遗传数据库、GeneCards数据库挖掘GC疾病靶点;结合化合物及疾病靶点,构建化合物-靶点网络图,并进行GO功能富集及KEGG通路富集分析。结果 "半枝莲-白花蛇舌草"药对中含有34个活性成分,对应GC161个靶点;主要通过调控RNA聚合酶II启动子、胞质、胞外间隙、血管生成、细胞凋亡信号通路等治疗胃癌,主要涉及肿瘤信号通路、蛋白聚糖信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、p53信号通路等。结论 "半枝莲-白花蛇舌草"药对治疗胃癌的作用机制确切,这为临床中医治疗胃癌提供了客观依据,亦可指导"半枝莲-白花蛇舌草"药对治疗胃癌作用机制的实验研究。     

基于网络药理学的四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的:探讨四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的有效活性成分及作用机制。方法:本研究通过TCMSP数据库选取四君子汤中党参、茯苓、白术、甘草含有的491个化合物,筛选其活性成分及潜在靶点;同时,通过GeneCards数据库挖掘慢性萎缩性胃炎疾病靶点;结合化合物及疾病靶点,构建化合物-靶点网络、进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果:四君子汤中含有123个活性成分,对应慢性萎缩性胃炎78个靶点;GO生物过程相关条目36个;KEGG通路14条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer)、TNF信号通路、P53信号通路等。结论:四君子汤主要通过调控细胞炎症、增殖、凋亡、代谢来治疗漫性萎缩性胃炎,这为阐明四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制、开展实验验证提供依据。     

基于网络药理学探讨“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学的方法，筛选“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用靶点，揭示“红花-桃仁”防治冠心病的中医配伍机制。方法 通过查阅文献（PubMed、CNKI）、中药系统药理学数据库（TCMSP）检索“红花-桃仁”的所有化学成分，以ADME参数（OB ≥ 30％和DL ≥ 0.15）及药效活性为标准，筛选“红花-桃仁”的活性化合物，然后通过BATMAN-TCM数据库，筛选活性化合物的作用靶点，建立靶点数据集；使用 Cytoscape3.6.1软件构建“活性化合物-靶点-疾病”复杂网络关系图；运用STRING数据库、生物学信息注释数据库（DAVID）进行蛋白互作关系分析、基因本体（GO）功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析研究其防治冠心病的配伍机制。结果 共检索出255个化合物，其中38个化合物作为活性化合物；共检索出718个作用靶点，通网络拓扑特征评价筛选出10个潜在作用靶点与药对防治冠心病的配伍机制最为密切，利用DAVID数据库对10个潜在作用靶点进行基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析，筛选出66个生物过程和18条信号通路参与“红花-桃仁”药对防治冠心病的作用。而与“红花-桃仁”药对防治冠心病最为密切的信号通路包括肿瘤坏死因子信号通路、疟疾、非洲锥虫病、NOD样受体信号通路等，同时其主要涉及的生物过程包括脂多糖介导的信号通路、序列特异性DNA结合转录因子活性的正调控、蛋白磷酸化的正调控、蛋白激酶B信号转导、一氧化氮生物合成过程的正调控等；其防治冠心病的机制主要是通过上调或下调这些生物过程和信号通路，发挥多成分、多靶点、多途径相须协同增效的生物学效应。结论 网络药理学为揭示“红花-桃仁”防治冠心病的中医配伍机制提供了新的思路和方法，也为“红花-桃仁”药对的深入研究及开发利用提供了现代科学内涵。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄连-葛根药对“异病同治”糖尿病视网膜病变和糖尿病肾病作用机制

目的运用网络药理学方法探究黄连-葛根药对治疗糖尿病视网膜病变(DR)和DN的作用机制。方法应用TCMSP、UniProt数据库检索黄连-葛根活性成分及对应靶点, 应用GeneCards、OMIM数据库检索DR和DN靶点基因, 运用在线工具Venny获得交集靶点, 利用Cytoscape 3.8.2软件构建"成分-靶点"网络, 采用STRING数据库构建PPI网络, 并通过DAVID数据库进行GO功能及KEGG通路富集分析, 并进行分子对接验证。结果获得黄连-葛根药对活性成分18个, 疾病-药物交集靶点74个。GO功能富集分析发现, 交集靶点主要富集于炎症反应及凋亡等生物过程, 涉及到细胞外间隙、质膜、细胞质等细胞组分, 且与蛋白质结合、ATP结合、酶结合等分子功能有关。KEGG通路富集分析发现, 交集靶点可能与TNF信号通路、Toll样受体信号通路、PI3K-Akt信号通路等机制相关。分子对接结果显示, 核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论黄连-葛根可能通过TNF、IL6、TP53等靶点, 调控TNF信号通路、Toll样受体信号通路和PI3K/Akt信号通路, 发挥抑制细胞凋亡、氧...     

基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死的作用机制

目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病作用机制的网络药理学分析及分子对接验证

目的利用网络药理学方法及分子对接技术分析贞芪扶正胶囊辅助治疗艾滋病的分子机制。方法通过TCMSP获取贞芪扶正胶囊组方药物活性成分及作用靶点, 通过GeneCards、OMIM及DrugBank数据库获取艾滋病相关靶点;通过STRING 11.5数据库构建交集靶点PPI网络, 并采用Cytoscape 3.9.1软件进行网络拓扑分析;采用Metascape数据库对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.9.1构建贞芪扶正胶囊成分-靶点-通路网络;利用Autodock Tools软件对核心靶点与活性成分进行分子对接。结果获得贞芪扶正胶囊31个活性成分及180个作用靶点, 确定TNF、IL6、AKT1、IL1B、TP53、VEGFA、RELA、EGFR、CASP3为核心靶点。GO功能富集分析获得生物过程1 436条、细胞组分53条、分子功能117条。KEGG通路富集分析获得167条通路, 与癌症、糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等密切相关。分子对接结果显示, AKT1、TNF等核心靶点与槲皮素、山柰酚、木犀草素等成分有良好的结合活性。...     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学分析白芍药理作用机制

目的:通过网络药理学研究白芍主要有效成分及其药理作用机制,为白芍新药研究和开发提供参考。方法:通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)收集白芍的化学成分信息,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准筛选活性成分,并找出活性成分对应靶点。通过UniProt数据库提取作用靶点基因,运用Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点网络、靶点-疾病网络图,通过蛋白相互作用(PPI)网络筛选出核心靶点,通过生物学信息注释数据库(DAVID)对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:获得山奈酚、儿茶素、芍药苷、β-谷甾醇、苯甲酰芍药苷等18个主要活性成分及与其相关的94个靶点,关键靶点有AKT1、PTGS2、TNF、JUN、VCAM1、CASP3、ICAM1、IL-6、MAPK8、MAPK1等,GO功能富集分析表明关键基因主要参与分子功能正调节、细胞凋亡调控、程序性细胞死亡调控、细胞死亡调控、细胞增殖调控等生物过程;KEGG关键通路包括癌症通路,Toll样受体信号通路,细胞凋亡、神经活性配体-受体相互作用、NOD样受体信号通路,前列腺癌、肌萎缩侧索硬化症(ALS)、小细胞肺癌、Ⅱ型糖尿病等信号通路。结论:该研究初步揭示了白芍药效物质基础及多维药理作用机制,体现了白芍多成分-多靶点-多途径的作用特点,为白芍再开发利用提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎作用机制研究

目的 运用网络药理学方法筛选"土茯苓-金银花"药对治疗类风湿关节炎(RA)的有效成分和作用靶点,探究其主要成分-核心靶点-疾病的复杂网络关系.方法 通过中药系统药理学平台(TCMSP)收集"土茯苓-金银花"药对的活性成分及作用靶点;通过GeneCards及OMIM、Drugbank数据库收集RA的疾病相关基因,构建"核心成分-核心靶点-核心通路"网络并筛选出"土茯苓-金银花"药对治疗RA的核心靶点,然后进一步行蛋白互作网络分析(PPI)、GO生物功能注释、KEGG通路富集分析.结果 ①在TCMSP数据库初步提取土茯苓化学成分75种,金银花化学成分240种,经ADME筛选后共获得土茯苓15种,金银花23种活性成分,包括紫杉酚、槲皮素、山萘酚、香茅醇、豆甾醇等.土茯苓主要成分作用靶点基因252个,金银花主要成分作用靶点基因352个.②在GeneCards数据库、OMIM的两个数据库、Drugbank数据库检索得到671个RA靶点.③土茯苓、金银花与RA的共同靶点基因55个.PPI网络分析发现JUN、AKT1、IL-10、VEGFA、TNF等可能是"土茯苓-金银花"药对治疗RA的关键靶点.④在DAVID数据库提交基因序列,得到富集分析结果KEGG Pathway 96条信号通路,"土茯苓-金银花"药对治疗RA主要参与的信号通路包括TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等.GO富集分析包括生物过程(BP)355条结果,涉及RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、炎症反应、对脂多糖的反应、脂多糖介导的信号通路、平滑肌细胞增殖的正调控、血管生成、细胞对脂多糖的反应、血管新生的正调控、以DNA为模板的转录正调控等;细胞成分(CC)27条结果,分子功能(MF)50条结果,主要涉及酶结合、细胞因子活性、转录因子结合、相同的蛋白质结合、蛋白质结合、序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、蛋白磷酸酶2A结合、转录激活子活性,RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区域序列特异性结合、肿瘤坏死因子受体结合等.结论 "土茯苓-金银花"药对的主要活性成分通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、破骨细胞分化、雌激素信号通路、T细胞受体信号通路等信号通过参与RA发病的炎症反应,从而发挥了缓解RA病情的临床作用.本研究初步探究了"土茯苓-金银花"药对治疗RA的作用靶点和作用通路,为进一步更深入地挖掘其治疗RA的作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制探寻

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。     

基于网络药理学的肾气丸治疗糖尿病作用机制研究

目的运用网络药理学方法筛选肾气丸的活性成分及核心靶标,探讨肾气丸治疗糖尿病的作用机制。方法经中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献查询,筛选肾气丸的活性成分;通过TTD数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选肾气丸活性化合物的作用靶点,建立靶点数据集;通过OMIM数据库和DrugBank数据库筛选糖尿病相关的靶标;PPI数据库构建肾气丸和糖尿病的交互靶标;用Cytoscape软件构建成分-靶点-疾病交互网络图,并通过ClueGO富集分析涉及的靶点基因功能及信号通路;应用Autodock软件进行核心靶标分子对接。结果筛选得到肾气丸100个活性成分,网络分析表明肾气丸活性成分涉及低密度脂蛋白受体相关蛋白6、胰岛素受体底物1、SHC转化蛋白1等靶点58个,靶点与调控基因的转录、细胞凋亡、细胞增殖、胰岛素受体等生物过程相关,通过调节胰岛素抵抗、TNF信号通路、2型糖尿病信号通路、胰岛素信号通路等通路来发挥其抗糖尿病作用。结论肾气丸治疗糖尿病具有多成分-多靶点-多途径的特点,为进一步研究肾气丸治疗糖尿病的作用及分子机制提供了新思路和新方向。     

左金丸抗幽门螺杆菌感染的分子网络调控机制研究

目的基于网络药理学和生物信息学方法探究左金丸抗幽门螺杆菌(Hp)感染的分子网络调控机制。方法通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索左金丸化学成分,筛选并预测其入血活性成分和作用靶点,检索疾病数据库中与Hp感染相关的作用靶点,构建左金丸成分靶点与疾病靶点的交互网络,获得左金丸抗Hp的特征性基因;通过DAVID6.8数据库对上述特征性基因进行GO功能富集和KEGG通路富集分析;利用Cytohubba筛选出左金丸抗Hp感染的关键靶点。结果通过TCMSP筛选、预测得到左金丸32个入血活性成分和197个作用靶点。GO分析共得到199条富集结果,其中生物过程包含炎症反应、RNA信号转录、信号传导等152条,细胞组分包含细胞核、细胞外基质、蛋白复合物等19条,分子功能包含细胞因子活性、DNA结合、ATP结合等28条。KEGG分析结果显示,Jak-STAT信号通路、T细胞受体信号通路、细胞周期信号通路、Wnt信号通路等65条通路与左金丸抗Hp感染密切相关。经Cytohubba筛选得到CXCL8、IL10、IL4、VEGFA、MMP9等10个关键基因。结论左金丸抗Hp感染具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可为其活性成分研究和抗Hp药效及机制研究提供依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的基于网络药理学与分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的主要活性成分、靶标及通路,以期阐述其作用机制。方法通过TCMSP、ETCM、YATCM数据库检索清肺达原颗粒的中药化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物。通过SIB、STITCH数据库查询活性化合物对应的靶标,利用STRING数据库获取蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape 3.6.0对网络进行分析,筛选关键靶标。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和组织富集(tissue enrichment)预测其作用机制。利用AutoDock将化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)蛋白酶结构域复合物(SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2)进行分子对接。结果筛选得到清肺达原颗粒活性化合物251个,对应靶点共1 037个;筛选出关键靶标107个,对应化合物185个,关键靶点涉及ESR1、AR、EGFR、KDR、MMP2等,与ACE2共表达基因52个。GO功能富集分析结果显示清肺达原颗粒主要对细胞表面信号转导、分子功能、磷酸化和转录等生物学过程起调节作用,KEGG通路富集主要涉及趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和Toll样受体信号通路等。组织富集显示关键基因表达部位主要分布在肺及上皮细胞,涉及多种免疫细胞,如T细胞、B细胞、淋巴细胞等。分子对接结果显示与SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2复合物亲和力较好的化合物主要来源于柴胡、党参、知母、甘草,其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物结合力较强,可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分。结论清肺达原颗粒具有多成分、多靶点、多途径的整体调控特点。其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,治疗COVID-19的作用机制可能与调控ACE2共表达的基因、调节炎症和免疫相关的信号通路、影响SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物的稳定有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨参芪五味子胶囊治疗焦虑症的机制

[目的] 通过网络药理学和分子对接技术探讨参芪五味子胶囊治疗焦虑症的作用机制。[方法] 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）预测和筛选参芪五味子胶囊的主要生物活性成分及其靶点,与GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库检索筛选出的焦虑症疾病靶点交集整合;借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;依托Cytoscape软件绘制“药物-成分-靶点”以及“成分-靶点-通路”的网络关系图;采用Autodock分子对接技术将关键靶点与参芪五味子胶囊中关键活性成分进行验证。[结果] 获得成分靶点238个,疾病靶点919个,交集靶点62个,通过CytoNCA插件筛选出19个核心靶点;GO分析表明,主要涉及信号转导、基因表达正调控、同种蛋白结合、细胞外配体门控离子通道活性、苯二氮卓类受体活性等;KEGG分析表明,主要富集通路涵盖AGE-RAGE信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化通路等;分子对接显示,36组关键靶点与活性成分组合结合能均小于-20.92 kJ/mol,证明结合良好。[结论] 参芪五味子胶囊可通过多成分-多靶点-多通路发挥治疗焦虑症的作用,为后续探究参芪五味子胶囊治疗焦虑症提供研究思路。     

基于网络药理学研究补阳还五汤干预缺血性脑卒中神经血管单元的作用机制

目的利用网络药理学方法研究补阳还五汤治疗缺血性脑卒中涉及的重要信号通路和保护神经血管单元的作用机制。方法使用TCMSP、上海有机所中药与化学成分数据库和相关文献获取并筛选补阳还五汤的活性成分及作用靶点;使用DrugBank数据库、药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据库获取缺血性脑卒中靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-治疗靶点网络,分析网络获取关键靶点。使用Metascape数据库对治疗靶点进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。使用AlzData数据库分析治疗靶点的基因表达情况。结果通过网络分析,获得了补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的关键靶点,包括前列腺素内过氧化物合酶2、前列腺素内过氧化物合酶1、毒蕈碱型乙酰胆碱受体M1、β2肾上腺素能受体等;通过富集分析获取了补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的多条关键信号通路,包括PI3K-Akt信号通路、钙信号通路、IL-17信号通路、血小板活化、Apelin信号通路、NF-κB信号通路、AMPK信号通路和花生四烯酸代谢通路等;通过基因表达分析了补阳还五汤对不同组织细胞的作用,发现治疗靶点在内皮细胞、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞、少突胶质细胞前体细胞和神经元中调控多种生物过程、细胞组成和分子功能。结论补阳还五汤治疗缺血性脑卒中具有多成分、多靶点、多通路、联系复杂的特点,在基因的细胞表达层面与神经血管单元密切相关,治疗作用机制包括神经保护、神经发生、抗血栓、促血管再生、胶质细胞调控等。     

基于网络药理学的雷公藤肾毒性机制探讨

目的:通过建立雷公藤活性成分-作用靶点、蛋白相互作用、靶点相应的生物功能和通路网络,以及利用分子对接技术探讨雷公藤肾毒性的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和毒性与基因比较数据库(CTD)筛选出雷公藤有毒候选化合物。用有机小分子生物活性数据Pub Chem数据库,将所有的候选化合物都转化为标准的Canonical SMILES格式,将SMILES格式文件导入Swiss Target Prediction平台,进行靶点预测,将TCMSP中相应化合物的靶点作为补充,用uniprot将蛋白转换为对应的基因名称,与从人类基因组注释数据库(Gene Cards)中寻找到的肾脏相关基因蛋白进行比对,筛选出重合的蛋白作为雷公藤潜在的肾脏毒性靶点。采用Cytoscape软件构建雷公藤毒性候选成分-作用靶点网络。通过String数据库结合Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,用DAVID生物信息资源对靶点生物功能及涉及的通路进行分析,最后用Glide软件对关键蛋白与雷公藤毒性候选成分的结合进行验证。结果:雷公藤中筛选得到30种有毒候选成分,涉及209个肾脏毒性作用靶点,网络分析结果表明雷公藤可通过氨基酸代谢、磷脂代谢、儿茶酚胺类物质代谢,抑制肾脏有机阴离子转运体Oatl,Oat2,Oat3的功能,以及诱导凋亡,并参与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路,JAK/STAT信号通路,血管内皮生长因子(VEGF)信号通路,Toll样受体信号通路,ERBB信号通路,FcεRI信号通路,过氧化物酶体增殖剂激活受体(PPAR)信号通路等对肾脏产生毒性。结论:利用中药多成分-多靶点-多通路的特点,探究了雷公藤肾脏毒性作用机制,为进一步开展雷公藤肾脏毒性作用机制研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的皮肤解毒汤治疗湿疹作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨皮肤解毒汤治疗湿疹作用机制。方法采用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)预测皮肤解毒汤中已知化学成分的作用靶点,用cytoscape软件构建皮肤解毒汤中化合物与其靶点网络,并用DAVID 6.8平台对化合物靶点网络进行基因功能注释分析(GO)和信号通路富集分析(KEGG),揭示皮肤解毒汤治疗湿疹的作用机制。结果 TCMSP平台发现皮肤解毒汤中8个主要化合物作用于133个靶点蛋白,化合物靶点网络解析发现该受体辅激活蛋白2(NCOA2)、一氧化氮合酶(NOS2)、凝血因子Ⅶ(F7)、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)是化合物-靶点网络中的关键节点蛋白,同时靶蛋白基因功能注释分析发现,主要与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、蛋白激酶B信号通路的正向调节、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录负调控、G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性、γ-氨基丁酸A受体活性、细胞外配体门控离子通道活性等生物学过程和分子功能有关。信号通路富集分析显示,大多数基因富集到了神经配体—受体相互作用信号通路、钙离子信号通路等。结论本研究应用网络药理学的方法预测出皮肤解毒汤治疗湿疹的可能作用机制,为其进一步研究提供新的思路与线索。     

基于网络药理学分析"钩藤-白芍"治疗小儿抽动障碍的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨钩藤、白芍治疗小儿抽动障碍(TD)的作用靶点及相关信号通路,以明确其作用机制.方法:在TCMSP数据库中检索钩藤、白芍化学成分并筛选作用靶点,并检索相关文献进行补充;从GENECARD、OMIM、TTD及DrugBank数据库检索与抽动障碍相关的疾病靶点,利用Cytoscape 3.7.0软件构建化合物-靶点网络,并筛选核心网络,进行GO功能和KEGG通路富集分析.结果:共筛选出钩藤治疗TD的化合物30种,与之相对应的作用靶点590个;白芍治疗TD的化合物7种,与之相对应的作用靶点81个.活性成分靶点与抽动障碍疾病靶点的交集基因共37个,交集基因的PPI网络共包含节点37个、边198条,平均节点度值为9.89.GO分析结果显示,上述交集基因的分子功能主要包括G蛋白耦联受体活性、儿茶酚胺结合、神经递质受体活性等,生物过程主要涉及腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号、化学突触传递等,细胞组分主要包括突触膜固有成分、突触后膜等.KEGG分析结果显示,信号通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:本研究初步验证了钩藤-白芍治疗TD的药理学作用机制,为进一步从细胞生物学层面验证其作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:探讨黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库获取黄芪中含有的活性成分及成分所对应的靶点,通过GeneCards数据库挖掘糖尿病肾病疾病靶点,结合化合物及疾病靶点,构建成分-靶点网络图,并针对靶点进行基因本体(GO)富集分析及KEGG通路富集分析。结果:黄芪中含有24个活性成分,对应糖尿病肾病110个靶点,可通过AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、白细胞介素(IL)-17信号通路等调控糖尿病肾病增殖、凋亡、炎症等过程。结论:网络药理学研究表明黄芪可通过多种通路途经发挥作用,可为今后开展黄芪治疗糖尿病肾病相关实验验证提供依据。