肝片吸虫鞘脂激活蛋白样蛋白2（FhSAP-2）的原核表达及分离纯化

目的 建立肝片吸虫鞘脂激活蛋白样蛋白2（FhSAP-2）原核表达系统.方法用生物信息学软件OptimumTM Codon优化密码子适应指数（CAI）、最优密码子频率（FOP）及GC含量以获得适合大肠杆菌BL-21表达的FhSAP-2基因序列,并克隆到原核表达载体pET22b和pET28a中,经IPTG诱导其表达并经亲和层析及离子交换色谱纯化后获得目的 蛋白.结果 OptimumTM Codon获得优化后的FhSAP-2序列,经测序及酶切鉴定结果表明重组质粒pET22b-FhSAP-2、pET28a-FhSAP-2构建成功,进一步实验结果表明FhSAP-2在pET28a中包涵体部位表达,可溶部位不表达;在pET22b中可溶部位表达量低,包涵体部位无表达.继而经Ni-NTA柱亲和纯化及离子交换色谱纯化获得电泳纯的FhSAP-2蛋白.结论成功建立FhSAP-2的原核表达系统.     

艰难梭菌毒素A羧基端基因原核表达载体的构建及生物信息学分析

目的构建表达艰难梭菌毒素A羧基末端受体结合区功能基因的原核表达载体。方法PCR扩增艰难梭菌毒素A羧基末端受体结合区功能基因（CDTAR），并将其克隆到表达载体pET-22b（＋），重组质粒转化到大肠杆菌BL21（DE3），重组载体经EcoRⅠ，XhoⅠ双酶切鉴定及测序进行分析，并以生物信息学软件分析其生物活性。结果构建了含CDTAR的重组质粒pET—CDTAR，生物信息学分析示该序列具有良好的抗原性及疏水性。结论艰难梭菌毒素A羧基末端受体结合区功能基因原核表达载体的构建为艰难梭菌疫苗的研究奠定了基础。     

幽门螺杆菌OMP25基因的克隆、测序及生物信息学分析

目的克隆幽门螺杆菌(helicobacter pylori,Hp)外膜蛋白25(OMP25)基因,并对其进行测序及生物信息学分析。方法利用PCR技术扩增OMP25基因,并将其定向插入pET-22b( )载体中,以DNA自动分析仪进行序列测定,并以生物信息学软件分析其生物学特性。结果成功克隆了幽门螺杆菌OMP25基因,经测序表明其序列与Gene Bank公布的一致。DNAstar软件预测其蛋白质的相对分子量(Mr)约为72.4 kD,并显示出良好的抗原性。结论本研究获得了序列正确的OMP25基因,为其重组表达及其相关研究奠定了良好基础。     

靶向克隆法构建pET15b-VP3原核表达载体

目的探索利用PCR产物靶向克隆法构建能够表达凋亡素的pET15b-VP3原核表达载体。方法以PGEX-6P-1/TAT-VP3质粒为模板,PCR扩增VP3基因的366bp片段,应用靶向克隆酶,将VP3基因插入到线性pET15b,得到重组表达载体pET15b-VP3,经过筛选,挑选出阳性克隆进行XhoⅠ和BamHⅠ双酶切,图谱分析和重组质粒核苷酸序列分析以鉴定所构建的原核表达载体。结果 PCR产物经过电泳鉴定可见366bp特征性的VP3片段,重组质粒经双酶切电泳获得了一个大小为366bp的VP3片段,重组质粒测序证实VP3cDNA编码区成功地插入了pET15b,且其序列与GeneBank中VP3cDNA序列完全一致。结论靶向克隆法可快速,高效地构建pET15b-VP3原核表达载体,为进一步研究VP3药用价值奠定了基础。     

鼻咽癌人源抗独特型基因工程抗体的原核表达及鉴定

目的构建鼻咽癌人源抗独特型单链抗体原核表达载体，对其产物做初步鉴定，为鼻咽癌疫苗制备奠定基础。方法采用分子克隆技术，PCR扩增G22ScFv基因，并将其克隆到原核表达载体pET25b（＋）上，将重组子转化大肠杆菌BL21（DE3），经IPTG诱导表达后，表达的蛋白经His—tag纯化试剂盒纯化后复性。SDS—PAGE及Western blot分析融合蛋白。结果构建的原核表达载体pET25b（＋）－G22经测序检测，序列正确。在大肠杆菌中G22ScFv以包涵体形式获高效表达，SDS－PAGE及Western blot鉴定表达的目的蛋白Mr为25kD，同时证实载体构建及表达均正确。目的蛋白经试剂盒纯化后电泳分析纯度达95％以上。结论利用基因重组技术，在原核细胞中表达出重组G22ScFv并得到纯化，为研究鼻咽癌疫苗打下了基础。     

泡球蚴18基因的克隆、原核表达质粒的构建及其初步表达的研究

目的：克隆、分析泡球蚴18(Em18)抗原基因,构建pET41a-Em18原核表达质粒．并初步诱导表达Em18重组蛋白。方法：DNAman软件设计引物．RT-PCR法克隆Em18 cDNA并构建pMD18-T／Em18质粒，测序确定序列，利用DNAman和BLAST软件．对其进行基因序列分析。构建pET41a-Em18原核表达质粒，测序鉴定插入序列正确性。IPTG初步诱导和表达rEm18-GST重组蛋白。SDS-PAGE电泳检测。结果：测序结果显示Em18抗原基因长度为486bp，编码161个氨基酸。BLAST比对分析表明为一新序列并被GenBank收录(AY513691)。构建的pET41a-Em18原核表达质粒．经IPTG诱导后．SDS-PAGE检测表明rEm18-GST重组蛋白得到成功表达，在相对分子量为50KDa处有表达条带。结论：成功克隆并构建了pET41a-Em18原核表达质粒．初步诱导表达出rEm18-GST重组蛋白，为新一代包虫病诊断试剂盒的研制莫定基础。     

人源性MIF cDNA的克隆及其原核高效表达的研究

目的克隆人MIF cDNA并构建其高效原核表达载体,表达和纯化得到高纯度的可溶性hMIF蛋白.方法经RT-PCR从人乳腺癌细胞株MDA-MB453中扩增到hMIF cDNA,并克隆到原核表达载体pET11b中.测序验证后将其转入大肠杆菌BL21中表达,最后经离子交换和疏水层析法纯化hMIF蛋白.结果克隆到的hMIF cDNA与Genebank已发表的序列完全一致,纯化得到的产物经Western blotting鉴定证实为hMIF蛋白.结论应用基因重组技术成功构建了pET11b/hMIF重组质粒,在大肠杆菌中实现了高效表达;纯化到高纯度的可溶性hMIF蛋白,为治疗性抗hMIF抗体的研究创造了条件.     

一种广州管圆线虫新基因——胶原蛋白全长cDNA的克隆和鉴定

目的克隆和鉴定广州管圆线虫(Angiostrongyluscantonensis)新基因——胶原蛋白(collagen,COL)全长cDNA序列。方法根据表达序列标签(expressionsequencetag,EST)中部分序列和文库载体序列设计引物,采用PCR技术从广州管圆线虫幼虫的cDNA文库中分段扩增cDNA序列,用DNAMAN软件拼接分段扩增的序列以得到全长cDNA序列;利用多种生物信息学软件对cDNA全长序列进行同源性搜索与结构分析。根据cDNA全长序列,设计新的引物从文库中扩出包含胶原蛋白全长开放阅读框(openreadingframe,ORF)的cDNA片段,PCR产物纯化后克隆到pMD18-T载体上并测序。重组T载体经双酶切后切下的新基因AcCOL亚克隆到原核表达质粒pET32a( )中。结果克隆一个广州管圆线虫新基因全长cDNA序列;序列比对、蛋白结构域搜索及结构分析结果显示,该新基因所编码的是一种胶原蛋白。构建的新基因重组质粒经双酶切后证明含有与目的片段长度相符的插入片段。结论克隆并鉴定了广州管圆线虫新胶原蛋白编码基因全长,成功构建了该基因的原核表达重组质粒pET32a( )-AcCOL。     

一种新型双重靶向性抗乳腺癌融合蛋白原核表达质粒的构建

目的：利用基因重组技术,构建Del1-9-G129R-T3双重靶向性抗乳腺癌融合蛋白的原核表达质粒。方法：以质粒pET22b-G129R-G129R为模板,PCR扩增两端带有NdeI和BamHI识别序列的目的基因Del1-9-G129R-hPRL。根据T3的碱基序列,采用重叠延伸PCR技术人工设计合成三段引物,扩增两端带有BamHI和XhoI识别序列的T3目的基因片段。将纯化的Del1-9-G129R-hPRL、T3作为模板,利用前者的上游引物和后者的下游引物,PCR扩增带有NdeI和XhoI识别序列的融合基因Del1-9-G129R-T3,克隆到T载体,双酶切后插入pET22b（＋）多克隆位点,构建原核表达载体pET22b-Del1-9-G129R-T3。经DNA测序正确后,将重组表达质粒转化原核表达菌BL21（DE3）。结果：质粒测序显示重组融合蛋白基因序列除两处同义突变外与GenBank中记载的碱基序列完全一致。结论：成功构建了融合蛋白Del1-9-G129R-T3基因原核表达质粒。     

新基因ZNFD的克隆及其多克隆抗体的制备

目的:PCR扩增得到新基因ZNFD(Znf domain containing protein),构建pET32a-ZNFD原核表达载体,诱导蛋白表达及制备多克隆抗体。方法:通过PCR的方法克隆新基因ZNFD,选取部分抗原免疫原性较高的部分ORF序列,克隆到原核表达载体pET32a上,利用大肠杆菌Rosetta-gami(DE3)表达系统表达ZNFD融合蛋白。纯化目的蛋白免疫家兔,制备多克隆抗体。通过琼脂糖双向扩散实验和Western blot鉴定其效价和特异性。结果:经测序鉴定已成功克隆ZNFD基因。通过构建原核表达载体pET32a-ZNFD,在大肠杆菌Rosetta-gami(DE3)中使用IPTG诱导表达,得到相对分子质量约为45 kD的融合蛋白。纯化蛋白免疫家兔,制备的多克隆抗体具有较强的免疫特异性。结论:得到纯化的ZNFD蛋白,制备的多克隆抗体达到了一定的效价,且具有高特异性,为进一步研究ZNFD的功能奠定了实验基础。     

肝螺杆菌脂多糖提取及纯化方法的建立

目的 建立肝螺杆菌脂多糖(LPS)提取与纯化方法.方法 采用脂多糖提取试剂盒提取肝螺杆菌LPS,并用DNase I和RNase酶除去DNA和RNA,纯化LPS.三次测定LPS中糖、蛋白质及核酸的含量,并用SDS-PAGE电泳银染方法分析LPS纯度.结果 肝螺杆菌为形态细小、Giemsa's染色阴性的不规则螺旋型杆菌.纯化的LPS平均产率为0.202％,平均蛋白质含量为0.365 g/L,平均核酸含量为0.413 mg/L,三者结果的稳定性好,批间比较差异无统计学意义(P＞0.05).SDS-PAGE电泳结果显示,LPS提取物与标准品比较,主要条带清晰,位置相同.结论 建立了一种有效提取肝螺杆菌LPS的方法,该方法简便可行、提取物纯度高,核酸及蛋白质含量低,值得推广应用.     

我国首株肝螺杆菌的分离培养与鉴定

目的 肝螺杆菌是定植在动物的肝胆及肠道能引起增殖性肝炎,肝癌,盲结肠炎的非胃螺杆菌,关于该菌我国还未见报道.本实验室试图分离培养肝螺杆菌(H.hepaticus).方法 BALB/c小鼠肠粘膜匀浆空肠弯曲菌血琼脂培养基微需氧条件下培养5～7 d.结果 本实验室从BALB/c小鼠肠道中微需氧条件下成功分离出了国内第一株H.hepaticus,并通过形态学,生化反应,细菌基因测序分析鉴定证实,这对开展国内在非胃内螺杆菌研究上有重要的意义.关键字:螺杆菌,肝;分离;鉴定     

幽门螺杆菌Cag致病岛hp0540基因的克隆表达及其多克隆抗体的制备

目的：构建幽门螺杆菌（Helicobacter pylori,Hp）Cag致病岛（Cag—pathogenicity island,Cag—PAI）编码的hp0540基因的原核表达系统,并制备其多克隆抗体。方法：应用PCR技术从Hp11637基因组DNA中扩增hp0540基因片段,克隆至pMD18-2T载体后,进行序列测定,并对其序列进行生物信息学分析;构建pET-28a—hp0540原核表达载体,转化表达宿主菌BL21DE3;经IPTG诱导表达后,SDS—PAGE法鉴定目的蛋白的表达,并以Ni^2＋-NTA柱分离纯化目的蛋白;将纯化蛋白免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体并测定抗体效价。结果：成功克隆了hp0540基因,全长1086bp,编码361个氨基酸,与基因库公布的其他坳菌株基因序列的核苷酸同源性为98％。工程菌诱导后SDS—PAGE显示新生表达蛋白带,相对分子质量约为39000,经Ni^2＋NTA柱纯化后可获得重组蛋白,重组蛋白免疫新西兰大白兔后获得效价为1：160000的多克隆抗体。结论：成功构建了hp0540基因的原核表达系统并制备了其多克隆抗体,为研究该基因的功能奠定了基础。     

幽门螺杆菌儿童分离株中性粒细胞激活蛋白克隆及表达序列

目的：从幽门螺杆菌临床儿童分离株GZCH1基因组扩增中性粒细胞激活蛋白（NAP）基因,克隆入T载体,并亚克隆入表达载体pGEX-4T-1,进行测序及基因比对分析,为幽门螺杆菌疫苗研制奠定基础.方法：根据GenBank中幽门螺杆菌NAP序列,设计一对特异性引物扩增幽门螺杆菌临床儿童分离株NAP全长基因,与T载体连接,转化大肠杆菌DH5α,提取质粒进行酶切、测序鉴定,经EcoR Ⅰ、Not Ⅰ双酶切后与做相应酶切的pGEX-4T-1连接,转化大肠杆菌BL21,提取质粒进行双酶切鉴定,IPTG诱导重组蛋白表达,并对基因进行测序及比对分析.结果：以幽门螺杆菌儿童分离株GZCH1为模板,成功扩增了NAP基因,基因大小为435 bp,重组pGEX-4T-1-NAP双酶切鉴定可见目的片段,测序结果显示NAP在正确读框中,序列比对分析显示其与幽门螺杆菌J99株氨基酸一致性达99.2％,IPTG诱导后,pGEX4T-1-NAP/BL21在相应分子量（42.8 kD）可见融合蛋白的表达.幽门螺杆菌儿童分离株GZCH1 NAP序列已登录GenBank（登录号：GU301881）.结论：从幽门螺杆菌临床儿童分离株GZCH1中成功克隆了NAP基因,并获得重组蛋白的表达,为NAP幽门螺杆菌疫苗研制奠定了良好的基础.     

CagA基因阳性Hp培养滤液对人胃粘膜上皮细胞系DNA损伤作用

目的 研究 CagA阳性幽门螺杆菌（Hp）培养滤液对人胃粘膜上皮细胞（GES－1）DNA的损伤作用。方法 制备Hp培养滤液,PCR鉴定CagA基因。采用单细胞微凝胶电泳观察Hp（CagA＋）培养滤液对GES－1细胞DNA的损伤作用。结果 Hp（CagA＋）培养滤流可使GES－1细胞形成彗星现象。结论 Hp（CagA＋）培养滤液可以导致GES－1细胞的DNA损伤。DNA损伤可能是CagA诱导GES－1细胞恶性转化的机制之一。     

猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

胃十二指肠疾病患者感染幽门螺杆菌的cagA基因和血清CagA抗体状况

目的 :探讨幽门螺杆菌cagA基因和血清CagA抗体与胃十二指肠疾病的关系。方法 :用聚合酶链反应方法测定 62株由慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌患者感染HpcagA基因 ;用酶免疫方法测定同一患者血清CagA抗体。结果 :HpcagA基因阳性率为 5 6.45 %。慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌患者感染HpcagA基因阳性率分别为 5 5 .5 6%、5 4.17%和 63 .64 % ,三种疾病患者之间感染Hp的cagA基因阳性率无显著差异 (P >0 .0 5 ) ;慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌患者血清CagA抗体阳性率分别为 70 .3 7%、79.17%和 40 .0 0 % ,血清CagA抗体总阳性率为 68.85 %。慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌患者之间血清CagA抗体阳性率无显著差异 (P >0 .0 5 )。结论 :HpcagA基因和血清CagA抗体与Hp感染个体发生的不同类型胃十二指肠疾病之间无关联     

疾病相关基因单核苷酸多态性初筛的生物信息学策略及实验验证

目的 以筛选宫颈癌相关IL-18基因SNP位点为例,探讨筛选疾病相关SNP位点的生物信息学策略,并以实验验证.方法 使用SNPper软件从公共数据库dbSNP获得IL-18调控区和编码区的SNPs数据,使用PARSESNP软件进行筛选和分析编码区SNPs是否对基因表达产物产生影响;使用转录因子结合部位预测软件分析调控区SNPs是否对基因转录表达水平产生影响.然后通过病例-对照研究,使用直接测序法验证生物信息学方法结果的有效性.结果 生物信息学策略分析得到3个SNP位点(rs1946518、rs360719和rs187238),预测这些位点可能影响IL-18的转录表达水平,从而影响机体对肿瘤的抵抗作用.病例对照研究直接测序法分析,rs1946518和rs360719与宫颈癌相关;rs187238与宫颈癌无关联.结论 生物信息学策略分析疾病相关SNP位点,虽然存在假阳性等缺点,但仍然廉价可行,可以为疾病与基因关联性研究提供很有价值的信息.     

幽门螺杆菌hp0521基因编码蛋白的生物信息学分析

［摘要］目的: 对4株幽门螺杆菌(Helicobacter pylori, Hp)中hp0521基因编码的细胞毒素相关基因2(cytotoxin associated gene 2,Cag2)蛋白从生物信息学角度进行基本理化性质、信号肽及功能的预测分析。方法: 用PCR技术克隆测序获得4株Hp菌株的hp0521基因序列,生物信息学工具分析其编码Cag2蛋白的基本理化性质、有无信号肽及蛋白指纹图谱。 结果： 成功克隆测序4株Hp菌株的hp0521基因序列,提交基因库后获得相应登录号;hp0521基因编码的Cag2蛋白氨基酸数目和相对分子质量大小不同,理论等电点偏碱性,为稳定亲水性蛋白,不存在信号肽;Cag2蛋白指纹图谱分析存在DNA拓扑异构酶Ⅰ、IL 3细胞因子、抗增殖蛋白BTG1家族、介导细胞壁延伸的蛋白、卤酸脱卤酶/环氧水解酶、调节染色体凝集功能RCC1家族等蛋白标签。结论： Hp中hp0521基因编码的Cag2蛋白可能介导细胞壁延伸和调节染色体凝集,参与致病信号通路的传导,可能具有DNA拓扑异构酶Ⅰ、卤酸脱卤酶/环氧水解酶等相应酶活性。     

人食管癌组织存在螺杆菌16S rRNA基因

目的检测人类食管癌组织是否有螺杆菌基因，以初步探讨螺杆菌的感染是否与人类食管癌的发生发展相关。方法收集食管癌患者的手术切除标本34例，采用聚合酶链反应（PCR）扩增螺杆菌16SrDNA，阳性者再扩增幽门螺杆菌（Hp）的特异基因glmM。随机选2例阳性标本的PCR产物进行分子克隆、测序、序列分析和近缘细菌遗传进化树比较。对阳性标本进行针对幽门螺杆菌菌体蛋白的免疫组化染色。结果32．3％（11／34）的食管癌组织中发现有螺杆菌16SrRNA基因存在。2例测序及同源性比较和分析显示，食管癌组织中螺杆菌序列与Hp的16SrDNA序列有99％同源性。进化树显示2例食管癌组织中螺杆菌序列与Hp的进化距离最近。所有的阳性标本均扩增出Hp特异基因glmM。免疫组织化学染色显示阳性标本的幽门螺杆菌的蛋白表达主要位于细胞质和间质。结论人类食管癌组织中检测出螺杆菌特异基因和Hp特异性DNA，提示食管癌组织存在螺杆菌慢性感染，可能与人类食管癌的发生有关。