基于分子对接和网络药理学探讨肾复康治疗IgA肾病的潜在机制

目的:采用分子对接与网络药理学的方法,探讨肾复康治疗IgA肾病(IgAN)的有效成分及作用靶点.方法:本研究通过TCMSP数据库获得肾复康的化学成分,并利用GEO数据库收集IgAN相关靶基因.利用STRING数据库建立药物和疾病的共有蛋白相互作用网络.通过GO和KEGG途径富集分析,进一步探讨肾复康的IgAN机制和治疗...     

基于网络药理学和分子对接技术探究左卡尼汀治疗附睾炎的作用机制

目的:基于网络药理学及实验研究探究左卡尼汀治疗附睾炎的潜在作用机制。方法:通过多个数据库联用检索出附睾炎与左卡尼汀相关的靶蛋白,在Venny软件获得两者的共同靶点。应用STRING数据库获得蛋白-蛋白之间的相互关系。利用Cytoscape软件进行可视化,拓扑分析后筛选出关键靶点。使用DAVID数据库进行GO与KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina进行分子对接。结果:共获得药物靶点130个,疾病靶点2 151个,共同靶点47个。PPI网络分析得到左卡尼汀治疗附睾炎的核心靶点包括AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B和GSR等。KEGG通路分析提示代谢途径、脂质与动脉粥样硬化、癌症途径、流体剪切应力与动脉粥样硬化、麻疹、化学致癌物质-活性氧物质、嘌呤代谢、P13K-Akt等信号通路可能与左卡尼汀治疗附睾炎的机制有关。结论:本研究通过网络药理学揭示了左卡尼汀可能作用于AKT1、HSP90AA1、ALB、CASP3、GSK3B、GSR等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对附睾炎的治疗效果。     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨徐福松教授水陆二仙丹治疗早泄的作用机制

目的:基于网络药理学分析水陆二仙丹治疗早泄的潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库查询水陆二仙丹的核心药物芡实、金樱子的主要化学成分;设定口服生物利用度、类药性为筛选参数,寻找活性成分;通过DisGeNET、GeneCards、OMIM和TTD等数据库查找早泄相关疾病靶点;利用网站Venny2.1.0构建韦恩图筛选药...     

基于网络药理学与分子对接探讨沉香治疗缺氧性肾损伤的作用机制

目的:基于网络药理学探究沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库筛取沉香活性组分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库获取肾缺氧相关靶点,利用String平台构建PPI网络并挖掘潜在蛋白质功能模块。Metascape平台分析所涉及的生物过程及通路,Cytoscape 3.8.2软件构建“沉香成分—肾脏缺氧靶点—通路”网络,Autodock软件进行分子对接验证。结果:沉香改善肾脏缺氧的核心成分包括槲皮素、β-谷甾醇、6,7-二甲氧基-2-(苯乙基)色酮等,核心靶点有BAX、IL6、AKT1、BCL2、TP53等,对接结果中Affinity小于-5者占93.3%,提示靶点和成分间较好的结合活性。关键靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路以及p53信号通路等20个显著相关通路,涉及细胞凋亡、炎症反应、免疫调节、缺氧及氧化应激等100多个显著相关生物学过程。结论:本研究初步探析了沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制,为沉香在肾脏疾病中的应用提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接挖掘黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的：运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法：通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果：筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路：参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨丹参酮ⅡA治疗肺栓塞（PE）的分子机制,揭示其相关生物学靶点和信号通路。方法 通过网络数据库获得PE和丹参酮ⅡA的相关靶点,取交集后获得交叉靶点。利用STRING数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,之后应用Cytoscape软件及其插件获得丹参酮ⅡA抗PE的核心靶点。利用R语言对核心靶点进行基因本位（GO）功能、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,分别探索其生物学功能和主要信号途径。运用Cytoscape软件构建可视化网络图,通过分子对接验证丹参酮ⅡA与核心靶点之间的相互作用。结果 经筛选共获得131个丹参酮ⅡA治疗PE的交叉靶点,应用CytoHubba插件筛选得到位居前10位的核心靶点基因,分别是类固醇受体辅助活化因子（SRC）、蛋白酪氨酸磷酸酶非受体型11(PTPN11)、雌激素受体1(ESR1)、信号转导及转录激活因子1(STAT1)、TP53、AP-1转录因子亚单位（JUN）、蛋白激酶B1(PKB1,又称AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、热休克蛋白90AA1(HSP90AA1)、丝裂原活化蛋白激酶14(M...     

基于网络药理学探索仙鹤草治疗肺癌的分子机制

目的 仙鹤草在临床上被广泛应用于治疗肺癌,但其作用机制及靶点尚不明确。本文基于网络药理学的研究思路和细胞实验以初步验证仙鹤草治疗肺癌的作用机制。方法 利用Swiss Target Prediction数据库对仙鹤草的靶点进行预测,从DisGeNET中找到肺癌的致病靶点,药物和疾病的靶点相互映射,得到仙鹤草治疗肺癌的潜在靶点。使用Cytoscape 3.9.1构建“仙鹤草-成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）。使用OmicShare平台对交集靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析,通过Autodock Vina软件进行分子对接。从上述分析结果中筛选出富集通路及关键靶点进行细胞实验。通过CCK-8法观察不同浓度仙鹤草水提取物对肺癌A549细胞生长的抑制作用,通过Western blot法观察其对关键靶点蛋白表达的影响。结果 分析结果提示共获得20个活性成分以及96个潜在治疗肺癌的靶点,其中5个核心靶点分别是AKT1、SRC、EGFR、CCND1、ESR1。潜在治疗的靶点主要富集在PI3K/AKT及FOXO等信号通路。...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生(BPH)的作用机制.方法:查询TCMSP、BATMAN-TCM及ETCM获取通关丸的药物成分,在Swiss Target Prediction对药物成分的ADME进行筛选,并预测筛选后的药物成分的作用靶点;运用DisGeNET、Genecards及OMIM...     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点.方法 利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别.通过GeneCards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点.而后使用David软件对青...     

基于网络药理学和分子对接探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接的方法探讨张氏腰痛方治疗腰椎间盘退变（LIDD）的分子生物学机制。方法：通过检索数据库,筛选张氏腰痛方的活性成分和作用靶点,以及LIDD的相关基因。通过R软件筛选张氏腰痛方治疗LIDD的共同靶基因,构建“药物-成分-靶点-疾病”网络以及共同靶基因的蛋白质相互作用网络,同时挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。关键靶基因进行GO功能富集分析与KEEG通路富集分析,以揭示这些靶基因的潜在生物学功能和通路。结果：共筛选出202个有效成分和164个共同靶基因,包括10个核心靶基因。富集分析结果表明,张氏腰痛方治疗LIDD的靶点主要作用于晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、细胞凋亡和低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等。这些生物过程主要参与炎症反应、氧化应激和细胞凋亡的调控。分子对接结果显示,张氏腰痛方治疗LIDD的主要活性成分divaricatol、槲皮素、O-乙酰基哥伦比亚苷元、紫堇灵、黄芪紫檀烷苷与核心靶点TNF、AKT1、白细胞介素-6、TP53、血管内皮生长因子A具有良好的结合能力。结论：本研究初步证实了张氏...     

基于网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病作用机制

目的:应用网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病的药物作用机制。方法:通过TCMSP现有数据库查询肾康栓的活性成分及靶点,在GeneCards数据库查询糖尿病肾病的靶点,制作韦恩图得到二者共同靶点。利用Cytoscape3.9.1软件制作药物-活性成分-靶点-疾病网络,在String平台得到PPI网络并进行拓扑分析,利用Metascape平台做GO和KEGG富集分析。结果:肾康栓活性成分117个,活性成分靶点226个,糖尿病肾病靶点1 191个,二者交集靶点108个,918条成分与靶点相互作用。JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1为肾康栓治疗糖尿病肾病关键靶点,AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤信号通路等为重要通路。结论:肾康栓在多成分、多靶点、多通路的机制上治疗糖尿病肾病,为后续研究奠定理论基础。     

基于网络药理学研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病的机制

目的:基于网络药理学研究冬虫夏草治疗糖尿病肾病(DKD)的潜在作用靶点及机制.方法:通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank、GAD等数据库查找冬虫夏草治疗DKD相关的靶点.利用Cytoscape软件构建冬虫夏草作用靶点与有效成分之间的关系网络,通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEG...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接技术探讨聚精丸治疗精索静脉曲张性男性不育的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN数据库检索聚精丸中药成分并获取成分对应的靶点;在“GeneCards”“DISGENET”“OMIM”“HPO”数据库检索“varicocele”、“male infertility”,获得精索静脉曲张性男性不育的潜在靶点;利用jvenn工具绘制韦恩图,获得中药靶点与疾病靶点的交集靶点;筛选出与交集靶点相对应的成分及中药,在Cytoscape3.8.2构建中药-活性成分-靶点网络图;应用STRING平台构建病药交集靶点的蛋白-蛋白相互作用网络(PPI);将病药交集靶点导入DAVID数据库进行GO富集分析并进行基于KEGG的通路富集分析;再将病药交集靶点上传至KEGG数据库,选择与本课题最为相关的通路,使用mapper工具构建KEGG通路图;进一步使用FDR值排名前15的通路与其相关靶点、成分绘制核心成分-靶点-通路图;最后,利用AutoDock及PyMol软件对核心基因的蛋白受体和小分子配体进行分子对接验证及结果的可视化分析。结果:共筛选出聚精丸207种成分和1...     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

基于网络药理学联合分子对接研究六磨汤治疗肿瘤性肠梗阻的作用机制

目的:采用网络药理学联合分子对接的方法,筛选出六磨汤的主要活性化合物,预测六磨汤治疗肿瘤性肠梗阻的潜在作用靶点及信号通路,以探讨其治疗肿瘤性肠梗阻的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库和相关文献记载检索六磨汤中6味药的化学成分和作用靶点;通过GeneCards数据库、OMIM数据库、DrugBank数据库及Phar...     

基于GEO数据库的IgA肾病基因的筛选和生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析鉴定IgA肾病的生物标志物,旨在阐明IgA肾病疾病进展的可能分子机制.方法 从GEO数据库下载包含IgA肾病患者和健康对照的微阵列数据集GSE104948、GSE93798和GSE37460数据集,并使用limma R包进行分析,以获得差异表达基因.然后进行GO分析和KEGG通路富集分析,运用S...     

基于网络药理学及生物信息学研究骨碎补-淫羊藿治疗骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学和生物信息学探讨"骨碎补-淫羊藿"治疗骨质疏松的分子机制,为骨质疏松治疗提供新的靶点.方法 通过TCMSP数据库筛选"骨碎补-淫羊藿"的活性成分,联合UniProt数据库预测其调控靶点,并根据GEO数据库预测治疗骨质疏松的靶点.借助R语言获取治疗骨质疏松的有效靶点,并构建"药物-成分-靶点-通路"网...