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相似文献
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1.
目的基于生物信息学方法筛选急性髓系白血病(AML)发生、发展及预后相关的关键基因, 并对其所涉及的功能进行分析。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载AML患者芯片表达谱GSE84881数据集, 包含19例AML样本和4例正常组织样本。利用GEO在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因。利用DAVID在线网站对差异表达基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;使用STRING在线数据库对差异表达基因进行蛋白质互作网络(PPI)分析, 并利用Cytoscape软件筛选得到关键基因;利用加权基因共表达网络分析工具(WGCNA)构建共表达网络得到中心基因。利用联川生物云平台构建韦恩图, 将PPI中的关键基因和中心基因进行交叉, 获得真正的关键基因。从GEO数据库下载并分析人体组织的转录组测序(RNA-seq)数据集GSE2191和GSE90062, 验证筛选出来的关键基因。利用GEPIA数据库中的数据, 采用Kaplan-Meier法分析关键基因对AML总生存(OS)的影响。结果 GSE84881数据集中共识别出247个差异表达基因, 包括112个上调基因和135...  相似文献   

2.
目的探讨INHBA在结直肠癌中的表达及其与微卫星状态、临床病理特征之间的关系。方法基于基因表达综合(GEO)数据库及基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库进行生物信息学分析, 选定结直肠癌差异表达预后相关目标基因。收集2016年1月至2022年6月于锦州医科大学附属第三医院行手术治疗的107例结直肠癌患者蜡块组织, 制备组织芯片, 采用免疫组织化学法检测结直肠癌组织中微卫星状态[错配修复(MMR)蛋白MLH1、MSH2、MSH6、PMS2均为阳性表达为错配修复完整(pMMR), 代表微卫星低度不稳定或微卫星稳定;若其中任何一个指标为阴性, 则判定为错配修复缺陷(dMMR), 代表微卫星高度不稳定]和INHBA的表达情况。回顾性分析患者临床病理资料, 分析INHBA与微卫星状态及临床病理特征之间的关系。结果从GEO数据库筛选出结直肠癌3个数据集:GSE110223(13个癌组织、13个癌旁组织)、GSE110224(17个癌组织、17个癌旁组织)、GSE113513(14个癌组织、14个癌旁组织), 筛选出癌组织和癌旁组织间差异表达上调和下调的前50个基因, 经韦恩图分析3个数据集的交集...  相似文献   

3.
目的筛选成骨型骨肉瘤与正常成骨细胞的差异表达基因, 寻找成骨型骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获得正常成骨细胞和骨肉瘤组织的基因表达数据集GSE33382, 采用R语言的limma包筛选正常成骨细胞和成骨型骨肉瘤的差异表达基因, 对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用String数据库构建蛋白交互网络, 应用Cytoscape软件的分子复合物检测(MCODE)插件筛选互作网络中的网络模块, 应用Cytoscape软件中的BiNGO模块对MCODE筛选得到的前3个主要模块所包含的差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析。采用MCC算法筛选蛋白互作网络中前10个关键基因。从GEO数据库获得骨肉瘤的基因表达和生存数据集GSE39055, 采用Kaplan-Meier法进行生存分析。选取2005年1月至2015年12月福建医科大学附属第一医院收治的48例成骨型骨肉瘤患者的资料进行验证, 采用免疫组化法测定骨肉瘤组织中STC2蛋白的表达, 结合患者的临床资料进行生存分析。结果从GSE33382数据集...  相似文献   

4.
目的:探讨hsa_circ_0087378在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达及其对ESCC患者临床病理指标及预后的影响。方法:通过GEO数据库筛选ESCC组织及相应癌旁组织中差异表达的circRNA,采用qPCR法在10例ESCC组织及相应癌旁组织中进行验证。选取河北医科大学第四医院2015年10月至2016年4月收治的90例ESCC患者癌组织及配对癌旁组织标本,通过FISH法检测hsa_circ_0087378的表达,分析其表达与ESCC患者临床病理指标及预后的关系。结果:GEO数据库及qPCR分析结果显示,hsa_circ_0087378在ESCC组织中表达最明显。FISH结果显示,90例癌旁组织中21例hsa_circ_0087378呈高表达,高表达率为23.3%;90例ESCC组织中有65例hsa_circ_0087378呈高表达,高表达率为72.2%,癌组织中表达明显高于癌旁组织(P<0.05)。hsa_circ_0087378在ESCC组织中的高表达与患者的临床分期和淋巴结转移有关联(P<0.05),hsa_circ_0087378高表达组ESCC患者的5...  相似文献   

5.
目的:应用生物信息学方法挖掘食管鳞状细胞癌(ESCC)的相关基因,探讨其发病机制,为ESCC诊断和靶向治疗提供依据。方法:从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库下载基因芯片数据集GSE100942和GSE17351,利用其分析工具GEO2R筛选ESCC的差异表达基因(DEGs)。运用数据库DAVID进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape软件和STRING数据库构建相互作用网络和关键基因模块,挖掘ESCC靶基因。进一步通过ONCOMINE和UCSC数据库的临床组织样本证实靶基因与ESCC的关系。结果:共筛选出80个DEGs,富集分析显示差异基因在细胞分裂、胶原纤维组织、有丝分裂胞质分裂、纺锤体、中间体等方面存在显著富集。共挖掘出11个ESCC靶基因,经证实均在临床ESCC组织样本中存在显著高表达。其中NUSAP1、KIF20A、DEPDC1、TTK、CCNB1、NCAPG、AURKA这7个靶基因尚未在ESCC中有研究。结论:通过生物信息学挖掘出的与ESCC相关的7个新靶基因,可能是未来研究ESCC发病机制、临床诊断和治疗的重要靶点。  相似文献   

6.
目的基于高通量测序数据分析食管鳞状细胞癌(ESCC)特异性差异表达的circRNA。方法选取空军军医大学唐都医院2018年3月至2019年3月病理确诊为ESCC的6例患者为研究对象, 其中3例为Ⅰ期ESCC, 3例为Ⅲ期ESCC。采用高通量测序技术对患者的癌组织和癌旁组织的circRNA表达情况进行差异性分析, 对差异表达的基因进行GO富集分析、KEGG富集分析和维恩分析, 利用Cytoscape软件构建circRNA-miRNA-mRNA网络。对癌组织中差异表达最显著的基因进行细胞学和组织学验证, 并分析circRNA与患者临床病理特征的关系。结果在3例Ⅰ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出553个差异表达的circRNA, 其中在癌组织中上调的有413个, 下调的有140个;在3例Ⅲ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出425个差异表达的circRNA, 其中在癌组织中上调的有276个, 下调的有149个。GO富集分析显示, Ⅰ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主基因主要富集在有丝分裂G2/M转变等细胞周期相关的生物学过程, Ⅲ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主...  相似文献   

7.
目的:通过生物信息学方法挖掘非小细胞肺癌(NSCLC)基因表达谱芯片数据,筛选并验证与NSCLC发生和预后相关的关键基因。方法:从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中下载芯片数据(GSE101929和GSE27262)。采用GEO2R在线工具筛选癌组织和癌旁组织中的差异表达基因(DEGs);采用DAVID在线工具对差异表达基因进行GO和KEGG信号通路分析并用Cytoscape和FunRich软件进行可视化;采用GEPIA在线工具对差异表达基因进行验证和预后分析。结果:共筛选出1816个差异表达基因,其中上调基因数651个,下调基因数1165个。上调基因主要富集在“基质金属肽酶活性”,下调基因主要富集在“受体活性”等分子功能。KEGG信号通路分析显示上调基因主要富集在“有丝分裂前中期”等信号通路,而下调基因主要富集在“上皮-间质转化”信号通路。蛋白-蛋白交互作用(PPI)分析显示,上调基因中的前五位为TOP2A、CDK1、CCNB1、CCNA2和KIF11,而下调基因中的前五位为IL6、FGF2、LRRK2、EDN1和IL1B。总生存率分析显示,KIF11低表达与NSCLC预后呈负相关。结论:本研究鉴定出了与NSCLC相关的关键基因,有望作为NSCLC患者潜在治疗靶点或预后判断相关的生物标志。  相似文献   

8.
目的 探讨S100A16在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达及其对ESCC细胞迁移、侵袭能力的影响。方法 利用生物信息学分析S100A16在ESCC中的表达趋势及生存情况,利用免疫组化进一步验证S100A16在ESCC患者癌组织中的表达,构建S100A16-overexpression和S100A16-siRNA细胞模型,采用细胞划痕实验及细胞侵袭实验观察S100A16对TE12细胞迁移能力及侵袭能力的影响。结果 GEO数据库中分析ESCC GSE26886芯片,发现S100A16在ESCC中表达上调;而在TCGA和GTEx数据库中分析发现,S100A16在ESCC中表达下调。利用基因表达谱动态分析(GEPIA)在线分析网站进行生存分析,结果显示S100A16对食管癌患者的总生存期及无病生存期均无显著影响(P>0.05)。S100A16在ESCC癌组织中的低表达率和高表达率分别为65.0%(52/80)、35.0%(28/80),S100A16在癌旁组织中的低表达率和高表达率分别为40.0%(32/80)、60.0%(48/80);S100A16在ESCC癌组织中低表达,与癌...  相似文献   

9.
乙酰肝素酶在食管鳞状细胞癌组织中的表达与意义   总被引:10,自引:1,他引:10  
目的探讨乙酰肝素酶在食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中的表达及其与ESCC临床病理特征间的关系。方法应用RT-PCR和免疫组化方法检测55例ESCC术后组织标本及相应癌旁组织中乙酰肝素酶的表达,分析乙酰肝素酶表达与ESCC临床病理特征的关系。结果ESCC组织中存在乙酰肝素酶基因的表达,并定位于肿瘤细胞质和(或)细胞膜中。55例ESCC组织中有40例乙酰肝素酶基因mRNA表达阳性(40/55,72.7%),癌旁组织有19例表达阳性(19/55,34.5%),两组间差异有显著性(P<0.01)。免疫组化染色ESCC组织中乙酰肝素酶阳性率63.6%(35/55),癌旁组织阳性率21.8%(12/55),两组间差异有显著性(P<0.01)。乙酰肝素酶基因mRNA和蛋白质的检测均显示有淋巴结转移的癌组织乙酰肝素酶表达高于无淋巴结转移组,TNM分期Ⅲ~Ⅳa的癌组织表达高于Ⅰ~Ⅱ组,均有统计学意义。结论ESCC组织乙酰肝素酶基因及蛋白表达高于正常组织,并且与ESCC的转移和进展有密切关系。  相似文献   

10.
目的基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌关键基因, 识别可能的微RNA(miRNA)-mRNA作用轴, 探讨相关基因在肾透明细胞癌组织和细胞中的表达。方法选取基因表达综合(GEO)数据库基因表达谱GSE40435、GSE71302数据集, 肾透明细胞癌TCGA-KIRC数据集来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库。采用R软件筛选差异表达的mRNA和miRNA, 并对mRNA进行功能富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质互作分析。采用Oncomir数据库筛选预后相关的差异表达miRNA。采用TargetScan和miRDB靶基因预测工具筛选miRNA可能调控的靶基因。收集2021年6月至12月山西医科大学第一医院收治的34例肾透明细胞癌患者的组织样本及临床资料, 并选择正常肾细胞株293T和肾透明细胞癌细胞株786O。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测基因的相对表达量;蛋白质印迹法、免疫组织化学染色法检测目的蛋白的表达水平;双荧光素酶报告基因实验验证基因间的靶向关系。结果差异分析筛选得到1 351个差异表达mRNA和50个差异表达miRNA。功能富集分析提示肾透明细...  相似文献   

11.
目的 探讨食管鳞状细胞癌(ESCC)组织中碳水化合物反应元件结合蛋白(ChREBP)的表达及其与预后的关系。方法 采用免疫组织化学法检测2009年1月至2010年12月90例ESCC组织及对应癌旁组织中ChREBP的表达水平,分析ChREBP在ESCC及癌旁组织中的表达差异;同时进一步分析ChREBP表达与ESCC临床病理特征及预后的关系。结果 ESCC组织的免疫组化评分中位数为1.90(1.50,2.10),癌旁组织为0.50(0.21,0.90),差异有统计学意义(P=0.000)。ESCC组织中ChREBP的低表达率为20.7%(18/87),低于癌旁组织的89.3%(75/84);ESCC组织中ChREBP的中表达率为67.8%(59/87),高于癌旁组织的10.7%(9/84);ESCC组织中ChREBP的高表达率为11.5%(10/87),而癌旁组织中无ChREBP高表达。ESCC组织中ChREBP的中、高表达率显著高于癌旁组织(P<0.001)。ESCC组织中ChREBP表达与组织分化程度和淋巴结转移有关(P<0.05),低分化、合并淋巴结转移的癌组织中ChR...  相似文献   

12.
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结肠癌中的表达情况。方法 从公共数据平台Gene Expression Omnibus(GEO)下载结肠癌外显子芯片数据集GSE31737,包含40对结肠癌及癌旁组织。对外显子芯片探针进行重排,筛选出在基因水平特异性匹配lncRNA的探针。用Affymetrix Power Tools分析获得lncRNA表达谱,用LIMMA分析在结肠癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA。结果 共有136 053个探针特异性匹配9294个lncRNA,约包含了Ensembl数据库中76%的lncRNA。分析GSE31737发现,与癌旁组织相比,结肠癌组织中共有87个lncRNA差异表达,其中50个高表达,37个低表达。结肠癌与癌旁组织表达值倍数变化>1.5倍的基因共37个。结论 lncRNA表达在结肠癌组织中发生明显变化,有可能成为结肠癌的分子诊断和基因治疗的新靶点。  相似文献   

13.
目的:通过生物信息学方法筛选能预测食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)对新辅助放化疗(neoadjuvant chemoradiotherapy,NCRT)具有敏感性的生物标志物。方法:利用GEO数据库中的数据集GSE45670,采用多种生物信息学方法,包括蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)分析和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选出与食管鳞癌放化疗敏感性相关的生物标志物。同时,收集2017年至2021年期间在四川省肿瘤医院诊断为ESCC的26例患者的活检样本,采用免疫组化方法进行生物标志物的初步验证;通过Kaplan-Meier法利用TCGA数据库中ESCC相关数据分析生物标志物与ESCC预后相关性。结果:筛选出350个DEGs,与WGCNA中紫色模块的159个基因进行交叉获取了重叠的5个基因(AKR...  相似文献   

14.
目的 食管癌是全球常见的的恶性肿瘤,新疆为发病率较高的地区之一.本研究旨在完善新疆汉族食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)基因表达谱,进一步了解ESCC的发生、发展机制,提供与ESCC的预防、诊断及治疗相关的新的生物标志.方法 收集2014-11-03-2015-09-25新疆石河子大学医学院第一附属医院兵团内镜中心6例汉族中分化ESCC患者的癌组织和癌旁正常组织(距癌组织>5 cm).利用基因芯片技术检测新疆汉族ESCC的差异表达基因.结果 共筛选出汉族ESCC差异表达的mRNAs 335个,其中有138个表达上调的mRNAs和197个表达下调的mRNAs,差异倍数(fold change,FC)≥2且P<0.01,这些基因涉及多种生物学功能及通路.结论 利用基因芯片技术基于人类全基因谱筛选了新疆汉族ESCC差异表达基因,完善了新疆汉族ESCC基因谱,为ESCC的诊断及预后的进一步研究打下基础.  相似文献   

15.
目的 通过生物信息学方法分析食管鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织之间的差异表达基因及关键基因。方法 自基因表达综合(GEO)数据库下载的基因芯片数据集GSE38129、GSE17351、GSE92396中筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织之间的差异基因,通过DAVID数据库对差异基因行功能富集分析,通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库对差异基因进行相关通路分析,通过Cytoscape构建蛋白-蛋白互作网络并从中找出关键基因,应用UALCAN数据库对关键基因进行表达分析。结果 本研究共筛选出食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织中共同表达差异且差异有统计学意义的基因250个。差异基因主要作为细胞组件(CC)中的细胞-细胞黏附连接、细胞外环境等参与生物学途径(BP)中的核糖核酸聚合酶Ⅰ启动子转录的正调控、氧化还原反应、细胞黏附等作用,参与的分子功能(MF)有蛋白质结合、钙离子结合、细胞间黏附等功能。后从250个基因中筛选出13个关键基因,13个基因在食管鳞状细胞癌组织与正常食管组织中的表达情况比较,差异均有统计学意义(P﹤0.05)。结论 通过生物信息学的方法对差异基因和关键基因进行分析,探寻...  相似文献   

16.
目的:应用激光显微切割(laser capture microdissection,LCM)结合蛋白组学技术筛查肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)组织及其癌旁组织的差异表达蛋白,分析二甲基精氨酸二甲胺水解酶1(dimethylarginine dimethylaminohydrolase1,DDAH-1)在肝细胞癌表达的变化。方法:选取2003-2006年间东方肝胆外科医院原发性肝细胞癌患者的手术切除标本40例。利用LCM技术分离捕获肝癌组织及癌旁组织的肝实质细胞,应用二维凝胶电泳技术(two dimensional gel electrophoresis,2-DE)筛选全部标本共同差异表达频率>80%、差异强度>3倍的蛋白质点;应用电喷雾串联质谱(electrospray ionisation tandem mass spectrometry,ESI-MS/MS)及基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)对差异蛋白点进行质谱鉴定分析;采用Western blotting及免疫组化对差异蛋白DDAH-1进行检测。结果:2-DE筛查获得在肝癌及癌旁组织差异表达的蛋白质点共20个,通过质谱鉴定获得12个蛋白质,其中5个在肝癌组织表达上调,7个下调;这12个蛋白质与细胞代谢、增殖、分化及信号调控相关,其中的DDAH-1是参与调控一氧化氮相关通路的重要酶。Western blotting检测显示,20例标本中16例DDAH-1表达明显升高;免疫组化检测证实,10例标本DDAH-1全部呈强阳性表达。结论:肝细胞癌组织细胞中筛查到12个差异表达蛋白质,其中的DDAH-1在肝癌组织中表达上调,其有可能在肝癌发生、发展过程中起重要作用。  相似文献   

17.
目的基于单细胞RNA测序(scRNA-seq)生物信息学分析的预后相关的差异表达基因构建膀胱癌预后风险模型并验证。方法从基因表达综合(GEO)数据库中下载膀胱癌scRNA-seq数据集GSE135337、GSE129845, 数据更新时间分别为2022年、2019年;下载常规转录组数据集GSE13507(数据更新时间为2020年)中165例膀胱癌样本的表达谱及其生存信息。从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载414例膀胱癌样本和19例癌旁样本的表达谱数据及405例膀胱癌患者的临床信息。采用R 4.1.2软件对GEO数据库中的10例膀胱癌单细胞样本进行质量控制及降维聚类并对其进行细胞注释;采用CellChat分析GEO数据库中单细胞数据的细胞间通信。采用单因素Cox比例风险模型分析筛选与膀胱癌预后相关的差异表达基因, 并使用LASSO-Cox回归分析构建预后风险模型, 计算风险评分。根据中位风险评分, 以TCGA数据集中膀胱癌患者为训练集, 将患者分为低风险组和高风险组;采用GEO数据库GSE13507数据集为验证集进行验证, 通过Kaplan-Meier分析比较训练集、验证集低风险组...  相似文献   

18.
目的:探讨Hh信号通路关键因子Gli1在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的表达及临床意义,并分析其与预后的关系.方法:食管鳞状细胞癌组织及癌旁正常食管组织各88例,采用免疫组织化学法检测Gli1的表达,另用Western-blot方法检测其中30例ESCC的Gli1的表达,Pearson卡方检验分析Gli1表达与临床病理特征之间的关系.单因素Kaplan-Meier法分析Gli1表达与预后的关系.Cox比例风险回归评估Gli1表达与预后的关系.结果:食管鳞状细胞癌组织中Gli1的表达在蛋白水平明显高于食管正常鳞状上皮,Gli1在ESCC中免疫组化阳性表达率为71.59% (63/88),Gli1在癌旁正常食管鳞状上皮中免疫组化阳性表达率为6.82% (6/88),差异有统计学意义(P<0.05).Western blot法证实Gli1蛋白在ESCC组织中表达上调,与癌旁正常食管组织中的表达比较,差异有统计学意义(P <0.001).Gli1高表达与肿瘤病理分期及淋巴结转移密切相关(P<0.05).单因素分析Kaplan-Meier法提示Gli1阳性表达组与阴性表达组生存率之间的差别有统计学意义(Log-rank test,P=0.005).结论:食管鳞状细胞癌中Gli1的表达比较普遍,与ESCC的预后密切相关,可作为预测转移潜能和预后判断的有价值的指标.  相似文献   

19.
目的:利用生物信息学对卵巢浆液性癌的差异表达基因进行筛选及分析,探索浆液性卵巢癌的潜在治疗靶点。方法:从GEO数据库下载卵巢癌数据集GSE10971、GSE54388、GSE14407,用GEO2R筛选差异表达基因,DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,String数据库构建蛋白互作网络,同时利用Cytoscape获取关键基因,GEPIA数据库分析关键基因的表达情况,UCSC Xena对关键基因进行分层聚类分析,并通过cBioPortal分析关键基因的共表达网络。结果:筛选获得114个差异表达基因,包括41个下调基因及73个上调基因。主要涉及调整细胞周期、有丝分裂、染色体分离等细胞学过程,富集于细胞周期、p53信号通路、细胞衰老等信号通路。从差异表达基因筛选出49个关键基因,在卵巢癌中均呈高表达,其中21个基因的表达与卵巢癌分期相关,BIRC5基因的表达与卵巢癌患者的总生存期相关。结论:利用生物信息学对卵巢浆液性癌差异表达基因功能及信号通路的相关研究,为改善卵巢浆液性癌的预后提供了治疗靶点。  相似文献   

20.
目的 从分子层面分析乳腺浸润性导管癌(IDC)的差异表达基因(DEGs),识别潜在致病基因和分子机制.方法 分析来自美国国立生物技术信息中心(NCBI)的公共基因芯片数据库(GEO)的微阵列数据集(GSE29044).GEO2R工具筛选出IDC与正常乳腺组织间DEGs.利用DAVID在线数据库对DEGs进行相关基因功能...  相似文献   

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