福建省HIV-毒株耐药基因变异分析

目的了解福建省I型艾滋病病毒（HIV-1）的耐药基因变异情况。方法选取2005-2012年福建省抗病毒治疗1年以上、病毒载量高于1000拷贝／mL的HIV感染者／艾滋病病人标本,进行基因型耐药性检测。同时收集前期研究中的耐药性检测数据进行对比分析。结果共检测73例病毒学治疗失败病人标本,其中60例（82.19％）成功扩增序列,结合125份未接受抗病毒治疗者的样本,共获得185份样本进行耐药分析。未治疗组和治疗组对蛋白酶抑制剂（PI）的耐药发生率均较低,分别为1.60％（2／125）和8.33％（5／60）;未治疗组对反转录酶抑制剂（RTI）的耐药发生率为4.80％（6／125）;治疗组对RTI耐药发生率较高,为61.67％（37／60）,尤其是对NVP、EFV、3TC和FTC。最常见的耐药突变有M184V、D67N、K70R、K219Q、T215F、G190A、Y181C和K103N。结论福建省HIV-1感染者的总体原发性耐药突变率较低,病毒学治疗失败病人对PI耐药发生率仍处于低水平,但对RTI耐药发生率较高。     

北京地区未经抗病毒治疗的HIV感染者HIV-1毒株耐药基因变异研究北大核心

目的观察北京地区未经抗病毒治疗的艾滋病病毒（HIV）感染者HIV-1毒株耐药基因的变异情况,用于指导临床用药。方法以2014年4-7月北京地区601例未经抗反转录病毒治疗的HIV感染者/艾滋病（AIDS）病人（简称HIV/AIDS病人）为对象。采集病人的静脉血,提取血浆病毒核糖核酸（RNA）,用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因,并进行序列测定和亚型分析。在Stanford University HIV耐药数据库查询,分析是否存在基因型耐药以及耐药种类。结果 601例未经抗反转录病毒治疗的HIV/AIDS病人中,扩增成功的458例,其中男性434例（94.8%）,女性24例（5.2%）;平均年龄33岁（17~77岁）。主要感染亚型依次为CRF01_AE（211例,46.1%）、CRF07_BC（126例,27.5%）、B亚型（106例,23.1%）和C亚型（15例,3.3%）。在扩增成功的病人中,7.4%（34/458）的病人存在原发耐药基因变异,其中7例病人对核苷类反转录酶抑制剂（NRTIs）耐药,16例病人对非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）耐药,8例对蛋白酶抑制剂（PIs）耐药,3例病人同时对NRTIs和NNRTIs耐药。结论北京地区未经治疗的HIV/AIDS病人中,有部分病人存在原发耐药基因变异,极少数病人同时存在对两种主要治疗药物耐药,因此治疗前需要根据耐药检测结果制定用药方案,有助于提高治疗有效率,避免治疗失败。     

黑龙江省2018年新发现HIV-1感染者毒株亚型分子簇及耐药情况

目的 分析黑龙江省HIV-1感染者的毒株亚型构成、分子簇形成和耐药株流行情况.方法 对2018年1-6月期间新诊断的、尚未进行抗病毒治疗的黑龙江省HIV-1感染者,采集血样、提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)/巢式PCR方法扩增HIV-1 pol基因,测序后进行生物信息学分析.结果 获得157例H...     

2008-2013年福建省HIV-1毒株耐药基因变异研究

目的 分析2008-2013年福建HIV-1毒株耐药基因变异情况。方法 收集2008-2013年福建省病毒载量大于1 000 copy/mL艾滋病患者,采用自建HIV-1基因型耐药检测进行耐药检测和分析。结果 共收集226例病毒载量大于1 000 copy/mL样本,平均载量值1.62×10⁵copy/mL;124例样本扩增及测序后获得蛋白酶以及部分反转录酶基因序列,亚型分析显示92例(74.2%)为CRF_01AE亚型,14例(11.3%)为B亚型,C和BC亚型各有7例,另4例为其他亚型。77对反转录酶以及蛋白酶抑制剂有不同程度耐药;对核苷类和非核苷类反转录酶抑制剂的耐药分别有63例(50.8%)和74例(59.7%),对蛋白酶抑制剂耐药9例(7.3%);核苷类反转录酶抑制剂主要耐药突变包括了M184V、M41L、D67N、L70R、T219F、K219Q等,造成对3TC、AZT、D4T等不同程度耐药;非核苷类反转录酶抑制主要耐药突变包括K101E、Y181C、K103N、G190A等,造成对NVP和EFV不同程度耐药。结论 福建省HIV-1感染者总体耐药率较低,但是随着治疗人数增加以及治疗时间延长,对反转录酶抑制剂出现较高程度耐药,仍需加强艾滋病患者耐药检测。     

抗病毒治疗后低病毒血症患者HIV-1基因型耐药特征分析

目的 分析北京佑安医院ART后发生低病毒血症（LLV）的HIV/AIDS患者病毒亚型及耐药特征。方法收集2020年1月至2021年6月期间在北京佑安医院性病艾滋病门诊常规接受ART≥6个月且发生LLV的HIV/AIDS患者随访3个月后的外周静脉血,通过对分离的血浆进行超速离心后提取HIV RNA,利用反转录-巢式荧光定量聚合酶链反应（RT-PCR）技术扩增pol基因区,测序成功后进行基因亚型和耐药突变分析。结果 共筛查了10 693例患者,LLV患者225例,LLV发生率2.1%。纳入研究期间成功留血液样本的患者134例,成功收集73份VL在50～999拷贝/mL的血浆样本。扩增得到51条序列,扩增成功率69.9%。51条序列来自41例患者,CRF01＿AE亚型最常见（43.9%,18/41）,其次为CRF07＿BC亚型（19.5%,8/41）,B亚型（19.5%,8/41）和C亚型（7.3%,3/41）。19例患者发现了耐药突变,整体耐药突变率为46.3%(19/41)。其中,以NNRTIs相关耐药突变为主,占36.6%(15/41),最常见的耐药突变位点为V106I/M和V179D...     

CRF01_AE CRF07_BC和B''''亚型HIV-1 pol基因及耐药特征分析

目的 研究中国部分地区新发现未经抗病毒治疗的艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者的耐药情况,及不同亚型毒株pol基因的多态性对耐药突变产生的影响.方法 选取2005-2006年湖南、云南、四川和新疆4省(自治区,下同)当年确认的部分样本,进行核酸扩增及测序,利用系统进化及重组分析的方法确定亚型;根据美国斯坦福大学HIV-1耐药数据库,分析不同亚型毒株蛋白酶基因和逆转录酶基因的多态性和耐药突变情况;利用荷兰乌得勒支大学Vijver等人使用的一种遗传障碍定量方法,计算并比较不同亚型间耐药突变产生的遗传障碍.结果 共得到84份样本PR基因区(1-99氨基酸)和RT基因区(1-272氨基酸)的序列,亚型分析显示:84份样本中B'亚型13份,01AE重组亚型27份,07BC重组亚型44份,其中18份样本在蛋白酶基因区的第10位和第71位存在次要耐药突变;来自云南省和湖南省的3份样本中,存在逆转录酶抑制剂相关耐药突变,分别是A62V、V179D和G190A.三种亚型在逆转录酶基因区的2个非核苷类抑制剂相关耐药突变位点V106M和V108I的遗传障碍存在差异,有显著的统计学意义(P＜0.001).结论 4个地区未冶疗感染者中耐药发生的水平较低.遗传障碍的比较,CRF01AE、CRF07BC与B'亚型病人经治疗后主要耐药突变的发展模式应基本一致.     

2008-2010年深圳市HIV-1耐药警戒线调查及耐药趋势分析

目的根据世界卫生组织(WHO)推荐的Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)耐药警戒线调查方案,调查分析深圳HIV感染者的病毒株耐药突变情况,并分析耐药株传播水平的3年发展趋势。方法通过连续3年系列横断面调查,于2008年至2010年,每年采集<25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者血浆样本,提取病毒RNA,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 pol区片断,进行序列测定和耐药基因变异分析。结果 2008年检测耐药传播率为0(0/45),2009年检测耐药传播率上升至6.1%(3/49),其中1份对核苷类反转录酶抑制剂耐药(T215S),2份对蛋白酶抑制剂出现耐药(M46L);2010年检测耐药传播率为4.0%(2/50),其中1份对核苷类反转录酶抑制剂耐药(T215S),1份对蛋白酶抑制剂出现耐药(M46I)。所有耐药株均来自经性传播人群,其中,蛋白酶抑制剂耐药株全部来自男男性行为人群。核苷类反转录酶抑制剂耐药株全部属于重组亚型CRF07_BC,而蛋白酶抑制剂耐药毒株全部属于CRF01_AE。结论深圳地区HIV-1耐药已经进入或即将进入中度传播水平,应该为深圳地区发现的HIV感染者提供耐药检测,尤其是针对性传播人群。     

北京地区未经抗病毒治疗的HIV感染者HIV-1毒株耐药基因变异研究

目的观察北京地区未经抗病毒治疗的艾滋病病毒(HIV)感染者HIV-1毒株耐药基因的变异情况,用于指导临床用药。方法以2014年4-7月北京地区601例未经抗反转录病毒治疗的HIV感染者/艾滋病(AIDS)病人(简称HIV/AIDS病人)为对象。采集病人的静脉血,提取血浆病毒核糖核酸(RNA),用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因,并进行序列测定和亚型分析。在Stanford University HIV耐药数据库查询,分析是否存在基因型耐药以及耐药种类。结果 601例未经抗反转录病毒治疗的HIV/AIDS病人中,扩增成功的458例,其中男性434例(94.8%),女性24例(5.2%);平均年龄33岁(17~77岁)。主要感染亚型依次为CRF01_AE(211例,46.1%)、CRF07_BC(126例,27.5%)、B亚型(106例,23.1%)和C亚型(15例,3.3%)。在扩增成功的病人中,7.4%(34/458)的病人存在原发耐药基因变异,其中7例病人对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)耐药,16例病人对非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)耐药,8例对蛋白酶抑制剂(PIs)耐药,3例病人同时对NRTIs和NNRTIs耐药。结论北京地区未经治疗的HIV/AIDS病人中,有部分病人存在原发耐药基因变异,极少数病人同时存在对两种主要治疗药物耐药,因此治疗前需要根据耐药检测结果制定用药方案,有助于提高治疗有效率,避免治疗失败。     

广西柳州16～25岁HIV-1感染者中流行毒株亚型及耐药分析北大核心

目的通过对广西壮族自治区柳州市,2011-2013年艾滋病病毒Ⅰ型（HIV-1）新近感染者毒株基因特征的研究,了解当地HIV毒株流行及耐药毒株发生传播的情况。方法采集当年新确证的、16~25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者的血浆样本,共176份。提取病毒核糖核酸（RNA）,通过扩增HIV-1 pol区片段,进行测序和耐药基因变异分析。结果 3年共获得pol区序列176条,主要以CRF01_AE为主（86.9%,153/176）;其次也发现了少量CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型。共有5例（2.8%,5/176）出现耐药突变,4例为异性性传播,1例为注射吸毒传播,其中1例针对蛋白酶类抑制剂（PI）,3例针对非核苷类抑制剂（NNRTIs）,另有2例针对核苷类抑制剂（NRTIs）发生耐药突变。结论当地主要流行毒株为CRF01_AE,广西柳州HIV-1新近感染者耐药传播目前处于低度传播水平,但仍要进一步加强对新近感染者的耐药监测和病人的治疗管理。     

辽宁省2004-2011年抗病毒治疗人群HIV-1亚型分布及耐药分析

高效抗反转录病毒治疗（High-active antiretro-viral therapy,HAART）艾滋病的效果受多种因素的影响,其中艾滋病病毒（Human immunodeficiencyvirus,HIV）的耐药性是导致HAART失败的主要原因之一。辽宁省自2008年开展HIV病毒载量和基因型耐药检测以来,截至2011年底,累计对389例治疗年以上的病人进行了病毒载量检测,     

HIV-1的耐药基因突变

人免疫缺陷病毒(HIV)耐药,是影响艾滋病抗病毒治疗效果的主要因素。随着抗病毒治疗的发展及新型靶点抗病毒药物的临床应用,已确定了200多个各种类型HIV耐药相关的基因突变,它们对于耐药及病毒的生物学特性产生不同程度的影响。该文对HIV的耐药基因突变,及其对耐药的作用和对复制适应性的影响进行了综述,并分析了今后耐药性研究应关注的重点。     

福建省HIV-1流行毒株基因分型与流行特征分析

目的了解HIV-I流行株在福建省感染人群中的基因亚型分布及流行特征。方法随机抽取福建省2003-2005年发现的70例HIV感染者血样，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得核心蛋白（gag）、包膜蛋白（env）及pol区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸序列进行测定和序列分析。结果选取46份流行病学资料以及不同基因区域序列资料完整的样本进入亚型分析，结果显示目标人群中存在B、C2种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种流行重组型，以及国内未见报道的B／F重组毒株、A1／D重组毒株等，其中以CRF01-AE重组毒株为主，占69．56％。基因亚型的流行特征分析显示，本省感染的HIV患者中以CRF01-AE重组型占多数，可能的新型重组型全部分布于境外感染者中；在性接触传播的感染者（71．74％）中呈现多种亚型分布的特征；随着时间变化福建省HIV感染者的亚型分布发生变化。结论福建省HIV-I亚型分布众多，各亚型在不同感染地分布不平衡，性乱人群中的亚型分布较为复杂，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

干血斑样本用于HIV-1基因型耐药性检测的研究

目的研究干血斑（Dried blood spots,DBS）样本用于人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）耐药性检测的可行性。方法采集受检者外周静脉抗凝血,制备干血斑样本,提取病毒RNA,逆转录套式聚合酶链反应（RT-nestedPCR）扩增HIV pol区基因序列,应用Bioedit软件分析整理后,提交theStanfordsoftware进行耐药序列分析及亚型分析。用Bayer 340bDNA核酸定量分析仪测定血浆病毒载量（VL）。结果血浆VL〉1000拷贝／ml的16例DBS和血浆（PLA）样本,扩增阳性率均为100％;血浆VL〈1000拷贝／ml的8例治疗病人的PLA样本,扩增阳性率为25％（2／8）;而DBS样本扩增阳性率为0（0／8）。DBS和PLA样本用于亚型分析结果-致,11例样本均为AE亚型。耐药性分析结果,除了极个别其它突变位点有差异外,所有的蛋白酶抑制剂主要及次要耐药相关突变,以及核苷类逆转录酶抑制剂（NRTI）耐药突变和非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTI）耐药突变完全相同。7例治疗病人中,对NRTI（6／7）和NNRTI（5／7）耐药率高,而且为多重耐药。结论干血斑作为-种易采集、保存条件低、便于运输的血样本,可以替代静脉采血,用于在-些实验设备条件略差的偏远地区,以及难采血病人的耐药性监测和亚型分析。     

吸毒人群和HIV-1感染者人群DC-SIGN/DC-SIGNR基因多态性分析

目的 研究等位基因DC-SIGN/DC-SIGNR在人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者与HIV-1阴性吸毒人群中的分布,筛选出HIV-1抗性基因.方法 选择深圳市戒毒所HIV抗体阴性戒毒者的样本257份,HIV-1感染者的样本220份.提取外周血基因组DNA,对DC-SIGN/DC-SIGNR颈区基因进行特异性聚合酶链反应(PCR)扩增,PCR扩增产物行琼脂糖凝胶电泳检测和基因序列测定分析.结果 通过统计学分析发现,DGSIGNR颈区中杂合子7/5、7/6和7/7在HIV阴性吸毒者中出现的频率为13.33%、7.50%、49.4%,在HIV-1感染者中出现的频率为11.05%、4.65%、51.74%,两者无明显差异.说明DC-SIGN在吸毒者与HIV-1感染者中的基因型及等位基因的分布无明显差异.结论 深圳市吸毒人群中DC-SIGNR和DC-SIGN基因型分布和等位基因出现频率,与HIV-1感染者无显著性差异,推测DC-SIGNR和DC-SIGN基因多态性对HIV-1易感性无明显影响.     

广西壮族自治区HIV-1耐药警戒线研究

目的通过对广西艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)新近感染者耐药基因变异的研究,了解当地HIV耐药毒株传播的水平。方法通过序贯抽样的方法,采集70例2007年8-10月新确证的、年龄在15～25岁的HIV感染者的全血样本,使用In-house法扩增HIV-1 pol区部分基因片段,并进行耐药基因变异分析。结果得到47条序列,其中有1份在蛋白酶区发生主要耐药突变M46L,可引起对ATV和NFV的低水平耐药性;在反转录酶区存在T69NT突变,仅引起对d4T和DDI的潜在耐药性。根据WHO HIV耐药警戒线监测方法判断,广西HIV耐药株属于低传播水平(<5%)。结论广西HIV新近感染者中已有HIV耐药株的传播,但是目前传播水平还较低,应继续开展HIV耐药毒株传播的监测工作。     

HIV-1型前病毒基因检测芯片的研制及应用

目的研制艾滋病病毒1型(HIV-1)前病毒基因检测芯片，并将其应用到临床样本的检测中。方法合成多对引物，经筛选实验后选出6对适宜的引物用于逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)，扩增HIV基因组gag区(保守区)6个HIV目的基因片段，扩增小鼠GAPDH基因片段作为阳性内参片段，PCR扩增辣椒红素基因片段作为阴性对照片段。将上述片段克隆到pMD18-T载体上，从中选取3个HIV-1目的片段、阳性对照片段和阴性对照片段进行PCR扩增，扩增产物经纯化后点在尼龙膜上，制备成核酸检测芯片。地高辛PCR标记样本核酸与芯片杂交后，用酶联显色，分析结果。结果共检测了98份阳性样本和30个阴性样本，敏感性达93．9％，特异性为100．0％。结论该HIV-1前病毒基因检测芯片成本较低，具有较高的特异性和灵敏度，可以用于HIV-1感染和母婴传播的早期诊断。     

HIV-1耐药突变的研究进展

至2015年止,全球约有1 700万HIV/AIDS病例得到抗逆转录病毒治疗,使HIV-1死亡率和发病率迅速下降。随着抗逆转录病毒治疗向所有感染HIV者全面推进,HIV耐药突变问题对长期治疗也构成了威胁,并对全球2030年消除艾滋病这一重要公共卫生战略产生了负面影响。本综述试图从不同的经济和地理环境出发,从个体和群体水平上阐述了常用的抗逆转录病毒药物的遗传屏障、交互耐药程度、耐药突变的流行病学和耐药管理;同时本文汇总了高、中低两类国家的可传播性耐药(TDR)和获得性耐药(ADR)的流行方式,分析了两类具有重要的公共卫生意义HIV耐药突变问题,即治疗前耐药和暴露前预防性服药的耐药。此外,鉴于有效地对不同类国家的HIV病例的治疗和管理,分别分析了基因型耐药性检测和治疗实践方面的关联,这些内容对我国的艾滋病防治也具有一定的参考作用。     

HIV-1 molecular transmission network among sexually transmitted populations in Liaoning Province,China

Introduction:In recent years, with the development of molecular epidemiology, molecular transmission networks based on evolutionary theory and sequence analysis have been widely used in research on human immunodeficiency virus (HIV)-1 transmission dynamics and precise intervention for high-risk populations. The HIV-1 molecular transmission network is a new method to study the population''s access to the network, the characteristics of clustering, and the characteristics of interconnection in the network. Here, we analyzed the characteristics of the HIV-1 molecular transmission network of sexually transmitted people in Liaoning Province.Methods:A study of HIV-infected persons who were sexually transmitted in Liaoning Province from 2003 to 2019. HIV-1 RNA was extracted, amplified and sequenced, and a phylogenetic tree was constructed to determine the subtype using the well matched pol gene region sequence. The gene distance between sequences was calculated, the threshold was determined, and the molecular transmission network was constructed.Results:109 samples of pol gene region were obtained. The main subtype of HIV-1 was CRF01_AE, followed by B, CRF07_BC, etc. 12.8% of them were resistant to HIV. At the threshold of 0.55 gene distance, 60.6% of them entered the HIV-1 molecular transmission network. Workers, sample source voluntary counseling and testing, other testing, subtype B and drug resistance are the factors influencing the access to HIV-1 molecular transmission network. The subtype of CRF01_AE formed 6 clusters in the molecular transmission network. In the network, the difference of connection degree between different subtypes was statistically significant.Discussion:The three subtypes CRF01_AE, CRF07_BC and B that enter the molecular transmission network do not have interconnections, and they form clusters with each other. It shows that the risk of transmission among the three subtypes is less than the risk of transmission within each subtype. The factors affecting HIV-1 entry into the molecular transmission network were occupation, sample source, genotype and drug resistance. The L33F mutation at the HIV-1 resistance mutation site constitutes the interconnection in the largest transmission cluster in the network. The epidemiological characteristics of HIV-infected persons in each molecular transmission cluster show that 97% of the study subjects come from the same area and have a certain spatial aggregation.Conclusion:Constructing a molecular transmission network and conducting long-term monitoring, while taking targeted measures to block the spread of HIV can achieve precise prevention and control.