基于网络药理学探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法探讨清肺通络方治疗儿童肺炎支原体肺炎（Mycoplasma pneumoniae pneumonia， MPP）的潜在作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform， TCMSP）结合手动文献检索筛选出清肺通络方的活性成分，并通过该平台对清肺通络方活性成分靶点进行预测，并使用蛋白质数据库（The Universal Protein Resource， UniProt）统一规范预测靶点名称；利用人类孟德尔遗传数据库（Online Mendelian Inheritance in Man， OMIM）、药物数据库（DurgBank）、疾病基因数据库（DisGeNET）、人类基因数据库（Gene Cards?：The Human Gene Database，GeneCards）检索儿童MPP的相关靶点；利用Biogenet分别对药物与疾病靶点进行蛋白互作网络（Protein-Protein Interaction Networks， PPI）进行构建，并提取交集网络以获得清肺通络方治疗儿童MPP的核心靶点；利用基因富集分析在线工具（Metascape）对核心靶点进行基因进行基因本体（Gene ontology， GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes， KEGG）通路富集分析。结果 得到药效成分162个、药物靶点276个、儿童MPP靶点589个，最终获得关键靶点120个。清肺通路方主要成分为槲皮素（quercetin）、β-谷固醇（beta-sitosterol）、山奈酚（kaempferol）、常春藤皂苷元（hederagenin）、豆甾醇（Stigmasterol）、异鼠李素（isorhamnetin）、丁子香萜（Mairin）等；核心靶标为微型染色体维持蛋白2（MCM2）、异核核糖核蛋白A1（HNRNPA1）、异核核糖核蛋白K（HNRNPK）、异核核糖核蛋白U（HNRNPU）、雌激素受体1（ESR1）、肿瘤蛋白P53（TP53）、白介素增强子结合因子3（ILF3）等；GO功能富集分析提示清肺通络方通过生物合成、氧化应激、细胞凋亡、转录因子结合等方面发挥作用；KEGG信号通路分析表明主要与癌症中的转录失调通路、细胞凋亡通路、泛素介导的蛋白水解通路、PI3K-Akt信号通路、剪接体通路、MAPK信号通路、Notch信号通路、EB病毒感染、小细胞肺癌通络等相关。结论 清肺通络方通过多成分、多靶点、多途径的作用方式，从细胞凋亡、免疫调节、炎症反应等方面发挥其治疗儿童MPP的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨活血温通方治疗冠心病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探究活血温通方治疗冠心病的作用机制。方法 通过TCMSP平台检索活血温通方药物靶点，通过GeneCards数据库检索冠心病疾病靶点，使用Cytoscape软件绘制“活血温通方-冠心病网络图”，通过STRING数据库绘制蛋白质互作网络图，利用DAVID数据库进行基因富集分析，利用Autodock vina软件进行分子对接。结果 检索得到活血温通方药物靶点158个，疾病靶点3095个。核心成分为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷甾醇、7-甲氧基-2甲基异黄酮、刺芒柄花素、黄芩素等，核心靶点为TP53、IL6、VEGFA、MYC、MAPK1、EGFR等。KEGG通路富集分析得到103个条目，涉及PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心蛋白具有较好的结合能。结论 活血温通方治疗冠心病是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果，其机制可能涉及抑制细胞凋亡、减轻炎症、促进血管新生等方面。     

基于网络药理学探讨丹参-檀香治疗冠心病的作用机制

目的：应用网络药理学相应原理探讨丹参-檀香药对治疗冠心病（CHD）的作用机制。方法：在网络药理学的相应原理基础上,首先分别用“丹参”和“檀香”为关键词,在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中获取其活性成分和相应的靶点蛋白,在数据库检索“冠心病”,筛选出潜在的、可治疗CHD的“丹参-檀香”药对的靶点,然后在DAVID数据库和Matescape数据库中进行GO分析、KEGG的富集分析。结果：通过使用TCMSP进行检索,可得到檀香的有效成分有3个,丹参的有效成分有65个。在韦恩图中,筛选出的CHD与药对共有靶点27个。KEGG和GO富集分析表明丹参-檀香药对改善CHD可能与脂质与动脉粥样硬化途径、流体切应力和动脉粥样硬化途径有关。分子对接结果表明丹参-檀香能够与CHD相关靶点紧密结合。分析表明,丹参-檀香配伍后可能存在针对CHD的协同作用。结论：丹参-檀香药对治疗CHD的过程涉及多种有效成分、靶点和通路,该结果可进一步为研究丹参-檀香药对治疗CHD的作用机制提供相应参考。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗冠心病的作用机制

目的:采用网络药理学方法解析丹参饮治疗冠心病的药理机制。方法:使用中药系统药理学分析平台(TCMSP),检索丹参、檀香、砂仁3味中药的有效成分和作用靶点。使用DisGeNET数据库检索冠心病靶基因。利用Cytoscape软件构建丹参饮化合物-冠心病靶点网络和靶点-通路网络。通过DAVID数据库进行生物功能和信号通路富集分析,预测丹参饮治疗冠心病的作用机制。结果:通过数据库筛选出丹参饮活性成分76个,相应靶基因156个,冠心病靶基因912个,丹参饮治疗冠心病靶点53个,核心作用靶点16个,相互作用节点96个,相互作用关系边838条,涉及生物过程84个,分子功能23个,信号通路11条。结论:丹参饮可能通过多靶点、多信号通路协同治疗冠心病。     

基于网络药理学探讨清金化浊方治疗慢阻肺的作用机制＊

目的 利用网络药理学方法探讨清金化浊方治疗慢阻肺的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology，TCMSP）平台检索组方君臣药物的主要化学成分及作用靶点，通过TTD、CTD、DisGeNET、GeneCards数据库获得慢性阻塞性肺疾病（Chronic Obstructive Pulmonary Disease，COPD）相关靶点，筛选药物与疾病的交集靶点及有效活性成分。利用Cytoscape3.7.2构建药物-化合物-靶点-疾病网络，利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用关系（Protein-Protein Interaction，PPI）网络 拓扑分析图，并分析核心靶点。利用DAVID数据库进行基因功能（Gene Ontology，GO）和基于京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）富集分析，并绘制通路-靶点网络图。基于网络分析结果，纳入2020年1月-2021年1月我科收治的AECOPD患者，采用区组随机法按1：1分为对照组（西医治疗组）、研究组（清金化浊方联合西医治疗组），比较两组患者的IL-6、TNF-α水平。结果 筛选得到164个中药成分靶点，3051个COPD靶点，映射得出药物-疾病交集靶点112个。分析得出清金化浊方治疗COPD主要有槲皮素、β-谷甾醇、山奈酚、豆甾醇、木犀草素等有效活性成分，涉及IL-6、TNF、MAPK3、VEGFA、TP53、PTGS2、MAPK1、PIK3CG等关键靶点。富集于药物反应、一氧化氮生物合成过程的正调控、缺氧反应等生物过程及83条信号通路，其中TNF、HIF-1和PI3K-Akt信号通路在COPD的治疗中最为重要。临床研究显示，两组治疗7天后IL-6、TNF-α均较治疗前下降；治疗后组间比较，研究组低于对照组（P<0.05）。结论 清金化浊方主要以抗炎为核心，兼有调节氧平衡、降低气道黏液高分泌、改善气道重塑、调节免疫功能及血液高凝状态等多方面的作用，为其临床应用提供一定指导价值，亦为进一步开展后续课题研究提供科学依据。     

益气活血方治疗冠心病气虚血瘀证作用机制研究进展

气虚血瘀证是冠心病临床常见证型,治疗多以益气活血化瘀为基本法则,补阳还五汤、八珍汤、芪参益气滴丸等益气活血方是治疗冠心病气虚血瘀证常用方,并有较好的临床疗效。益气活血方对冠心病的治疗具有多层面、多靶点、多环节的优势,且临床组方用药灵活,副作用小。目前对冠心病气虚血瘀证治疗的相关文献研究已较多,但主要聚焦在治疗方法、疗效观察及方药总结几个方面,缺少对方药作用机制的深入研究及归纳总结。为了明确益气活血方作用的靶向性,本文对近10年国内外相关文献进行整理,得出益气活血方治疗冠心病气虚血瘀证的作用机制主要包括以下几点:改善心功能、抗血小板聚集、改善血液流变学、保护血管内皮、减轻炎证反应、调脂稳定斑块、减轻氧化应激、增加冠状动脉血流量等。明确中药的作用靶标,不仅有益于指导临床用药,也有助于推动中医药事业的发展。本文对益气活血方治疗冠心病气虚血瘀证作用机制进行了系统的综述,从中医病证结合与方证对应的特点出发,借助现代药理研究,来阐明益气活血方的作用机制,这将为冠心病气虚血瘀证的治疗及益气活血方机制的深入研究提供一定的参考。加强中药方剂作用机制的研究,可能是未来研究益气活血药治疗冠心病气虚血瘀证的一个重要方向。     

冠心病血瘀证免疫炎症机制研究撷要＊

冠心病（Coronary heart disease，CHD）是动脉粥样硬化导致器官病变的最常见类型，免疫炎症机制在动脉粥样硬化的发生发展过程中发挥着重要的作用。中医认为冠心病属“胸痹心痛”范畴，以血瘀证为主要证候要素，而冠心病血瘀证患者的免疫功能往往易于呈现紊乱状态，以免疫炎症机制为切入点，开展冠心病血瘀证相关研究，是对血瘀证证候内涵的挖掘和拓展，也对充分理解活血化瘀药物的作用具有重要意义。本文概述多组学技术在冠心病血瘀证免疫炎症方面的应用研究成果，梳理冠心病血瘀证中涉及到的免疫炎症相关环节（如免疫细胞、明星标志物、信号通路等），以及活血化瘀中药在调节免疫反应中的具体作用机制等，以概览冠心病血瘀证在免疫炎症方面的实质内涵。     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于网络药理学研究健脾固肠方治疗结肠癌的作用机制＊

目的 基于网络药理学方法研究健脾固肠方治疗结肠癌的作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台、中医综合数据库等，得到健脾固肠方中8味中药的所有化学成分及治疗结肠癌的潜在作用靶点。导入健脾固肠方潜在作用靶点到基因本体数据库（Gene Ontology，GO）中进行富集分析，将采集筛选得到的健脾固肠方潜在作用靶点导入京都基因和基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）中构建信号通路信息。运用CCK8法、Western Blot法、化学发光法对网络药理学结果进行验证。结果 从复方中筛选得到102个潜在活性化合物、481个潜在作用靶点，与疾病共关键信号通路3条。同时通过实验手段验证了，健脾固肠方含药血清和高浓度棕榈酸能够抑制结肠癌细胞SW480的活性，同时能降低PI3K蛋白和AKT蛋白的磷酸化，能降低SW480细胞上清液中的IL-6浓度。结论 本研究筛选了健脾固肠方治疗结肠癌的关键靶点和通路，并用实验初步验证，为健脾固肠方的新药开发提供了科学依据。     

冠心病血瘀证代谢组学研究进展＊

冠心病血瘀证的生物学基础研究是证候客观化研究的热点问题之一，代谢组学技术通过对机体代谢组的识别和量化研究，系统探索机体正常生理下或病理刺激下的动态变化规律，有助于揭示病证结合的生物学基础。本文综述了冠心病代谢组学研究概况，分析了冠心病血瘀证血液与尿液差异代谢产物谱，总结了冠心病血瘀证潜在的诊断代谢标志物，探讨了活血化瘀中药干预冠心病血瘀证的作用机制，以期为未来冠心病血瘀证的生物学基础研究与药物研发提供新的启发。     

冠心病痰瘀互结分子生物学机理研究现

目的：本文从蛋白质组学、基因组学、代谢组学等系统生物学层面,在脂质代谢、炎症反应、血液流变学变化与凝血功能、血管内皮细胞损伤、胰岛素抵抗等7个方面,对冠心病痰瘀互结证的分子生物学机理研究现状进行总结。研究发现,虽然学者们已对冠心病痰瘀互结证分子生物学机理进行了大量研究,由于研究手段的多样化、研究方法的不同、研究层面的差异,单独的某一项或几项指标不能完全阐释冠心病痰瘀互结证的本质。复杂网络正是针对复杂现象或复杂问题发展而来的一种新方法,利用复杂网络学研究冠心病痰瘀互结证所涉及多系统、多层面、多指标,通过复杂网络学的方法,开展全面、系统和深入的研究,可能是全面了解冠心病痰瘀互结证基础生物学的新途径。     

基于网络药理学探讨血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制

目的:分析血府逐瘀汤治疗冠心病的作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索血府逐瘀汤的化学成分和靶基因,利用GeneCards获得与冠心病相关的靶基因,采用Cytoscape 3.7.2绘制中药成分-疾病靶基因网络图,采用String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PP...     

冠心病痰瘀互结证的研究进展探析

冠心病严重威胁人类健康,属于临床常见病、多发病。中医学认为冠心病的重要病理因素是痰浊、血瘀,经过临床研究表明,痰瘀互结作为引发冠心病的重要机制,值得我们进一步深入探讨。本文通过检索近十年相关文献,从动物模型、客观化、临床治疗研究等方面,浅析冠心病痰瘀互结证的研究进展,以期为冠心病中医临床诊疗提供辨证施治依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于文献的冠心病血瘀证相关蛋白互作模块及miRNA-mRNA调控网络构建＊

目的 整合发掘更多冠心病血瘀证的标志基因，研究已知冠心病血瘀证差异基因的生物机理，构建关键蛋白互作模块与miRNA-mRNA调控网络，丰富靶点间的相互作用网络，并分析其核心生物过程与通路。方法 利用中国知网、万方、维普、中国生物医学文献、Embase、PubMed六个数据库获取冠心病血瘀证相关基因文献；按照纳排标准筛选符合要求的文献提取数据，运用Metascape数据库针对全部差异mRNA构建蛋白质间互相作用的网络模块，并对上调mRNA和下调mRNA的通路进行富集和功能注释。利用starBase数据库预测冠心病血瘀证相关miRNA的靶基因，并与文献整合的差异mRNA相互映射，运用OmicShare Tools绘制冠心病血瘀证相关miRNA-mRNA调控网络。结合Webgestalt在线工具，针对miRNA-mRNA调控网络中相关mRNA进行KEGG和GO富集分析。结果 研究纳入冠心病血瘀证相关基因文献15篇，获得113个mRNA（66个上调、47个下调），101个miRNA（55个上调、46个下调）。研究通过蛋白互作网络得到2组关键蛋白：①IL6、EGR1、TP53、JUN、FOS；②CTSL、HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DRB5。构建得到miRNA-mRNA调控网络的关键节点，包括24个miRNA（10个上调、14个下调）和22个mRNA（10个上调、22个下调），其中10个节点与部分纳入文献的研究结果吻合。结论 冠心病血瘀证涉及多种生物功能、多条信号通路，其miRNA-mRNA调控网络机制可能与炎症和免疫反应、凝血功能、细胞分化与凋亡等较为相关。