40株非结核分枝杆菌菌种鉴定及其耐药情况分析

目的：对40株非结核分枝杆菌（ NTM）进行菌种鉴定,并观察其耐药情况。方法收集来源于肺结核患者痰标本的40株NTM,经Bactec MGIT960系统培养,应用基因芯片分型,采用绝对浓度法对其进行10种抗结核药物敏感性测试。结果40株NTM中,胞内分枝杆菌20株,龟分枝杆菌9株,堪萨斯分枝杆菌4株,戈登分枝杆菌3株,偶然分枝杆菌2株,浅黄分枝杆菌、土分枝杆菌各1株;其中,同时合并结核分枝杆菌复合群感染者3例,分别为龟分支杆菌2例、土分枝杆菌1例。 NTM对抗结核药物的总体耐药率100％。其中对10种所测试药物全部耐药9株,以龟分枝杆菌为主（占77．8％）;NTM对乙胺丁醇的敏感率为62．5％,高于其他药物（P均＜0．05）。结论40株NTM中胞内分枝杆菌比例最高,其次为龟分枝杆菌、堪萨斯和戈登分枝杆菌;NTM耐药情况严重,对乙胺丁醇敏感性较高。     

杭州地区流行非结核分枝杆菌鉴定、易感因素和耐药性分析

目的了解近年杭州地区非结核分枝杆菌(NTM)感染、优势菌种及其耐药性。方法采用PNB/TCH生长试验对1 972例患者分枝杆菌阳性培养物标本中NTM进行初步鉴定。采用分枝杆菌分子线性探针法和16SrRNA基因PCR产物测序鉴定NTM菌种。分析性别和年龄对NTM易感性的影响。采用浓度比例法检测NTM分离菌株对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、乙胺丁醇(EMB)、氧氟沙星(OFX)、卡那霉素(KM)的敏感性。结果 9.8%(193/1 972)分枝杆菌阳性培养物标本PNB/TCH生长试验结果阳性。分子线性探针法和16SrRNA基因PCR产物测序结果显示,193例PNB/TCH生长试验阳性标本中,66.3%为单一NTM、18.1%为2种分枝杆菌、8.3%为结核分枝杆菌、7.3%为非分枝杆菌属细菌感染。173株NTM(单一感染128株+混合感染45株)中,胞内分枝杆菌占57.8%,其次为脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、龟分枝杆菌和鸟分枝杆菌(12.1%、9.8%、9.8%和5.8%)。35例分枝杆菌混合感染标本中,28.5%和20.0%分别为胞内分枝杆菌或龟分枝杆菌与结核分枝杆菌混合感染。NTM感染者男性多于女性(1.67∶1),50岁以上人群感染率(80.4%)高于50岁以下人群(P0.01),肺部感染比例(95.1%)远高于其他部位(P0.01)。NTM分离株对INH耐药率为100%,对其他5种抗结核药物的耐药率也高达70.3%~90.6%。结论胞内分枝杆菌是杭州地区近年优势流行的NTM菌种,NTM主要引起肺部感染且中老年人易感,NTM临床菌株对常用抗结核药物有很高的耐药性。     

40例堪萨斯分枝杆菌肺病的临床特征及药敏特点分析

目的分析堪萨斯分枝杆菌肺病的临床特征及药敏特点。方法回顾分析2016年1月至2021年2月期间本院确诊的非结核分枝杆菌(NTM)肺病患者的临床资料;将NTM肺病分为堪萨斯分枝杆菌肺病组和非堪萨斯NTM肺病组,对两组的临床特征进行比较。结果164例NTM肺病的菌种分布为胞内分枝杆菌(64.0%)、堪萨斯分枝杆菌(24.4%)、其它少见NTM(11.6%)。堪萨斯分枝杆菌肺病高发年龄为20~49岁,男性多见,主要症状为咳嗽咳痰、咯血、胸痛、胸闷、发热。堪萨斯分枝杆菌肺病病灶多累及单叶、上叶;主要表现为空洞、结节、索条影、斑片及实变等;空洞以薄壁空洞为主。堪萨斯组IGRAs的阳性率为55.0%,明显高于非堪萨斯组的11.3%(P<0.01)。堪萨斯分枝杆菌对常用的抗分枝杆菌药物的耐药率分别为利福平5.0%、异烟肼82.5%、乙胺丁醇30.0%、阿米卡星42.5%、氧氟沙星22.5%。结论堪萨斯分枝杆菌为NTM肺病的常见分离菌株之一。堪萨斯分枝杆菌肺病多见于中青年男性;肺部病灶上叶多见,形态多样,空洞常见;利福平耐药率较低,异烟肼耐药率较高。     

2017年绍兴地区106株非结核分枝杆菌菌种鉴定结果分析

目的 分析绍兴地区非结核分枝杆菌(NTM)的流行情况,为NTM诊疗提供科学依据。方法 对绍兴地区2017年临床分离的972株分枝杆菌,采用结核分枝杆菌抗原检测胶体金法进行结核分枝杆菌复合群和NTM的初步菌种鉴定,结果106株为NTM,占分枝杆菌培养阳性菌株的10.91%(106/972),对初步鉴定为NTM的菌株应用 DNA微阵列芯片法进行NTM菌种鉴定。结果 106株NTM菌株经DNA微阵列芯片法鉴定,共有14个菌种,其中菌株数量前3位的菌种为:胞内分枝杆菌[55株(51.89%)]、鸟分枝杆菌[19株(17.92%)]、堪萨斯分枝杆菌[13株(12.26%)]。其余分别为:龟-脓肿分枝杆菌[4株(3.77%)]、瘰疬分枝杆菌[3株(2.83%)]、戈登分枝杆菌[3株(2.83%)]、土分枝杆菌[2株(1.89%)]、其他[7株(6.60%)]。结论 2017 年绍兴地区NTM 临床分离率占分枝杆菌培养阳性菌株的10.91%;NTM种类多,以胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌为主要流行菌种。     

129株非结核分枝杆菌采用两种分子检测技术行菌种鉴定的结果分析

目的 分析北京地区3个单位非结核分枝杆菌 (NTM)临床分离株采用芯片杂交法(简称“芯片法”)和16S rRNA基因测序(简称“基因测序”)进行菌种鉴定的结果,为临床分枝杆菌病的快速准确诊断提供科学依据。方法 用芯片法和基因测序进行北京地区3个单位129株NTM临床分离株的菌种鉴定,实验操作者之间采用双盲法,对两种鉴定方法的结果进行比较和评价。结果 129株NTM菌株中,有107株进行分枝杆菌基因测序,其中59株为胞内分枝杆菌(55.1%);29株为堪萨斯分枝杆菌(27.1%);5株为龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌(4.7%);3株为鸟分枝杆菌(2.8%);2株为偶发分枝杆菌(1.9%);2株为戈登分枝杆菌(1.9%);1株为蟾蜍分枝杆菌(0.9%);1株为草分枝杆菌(0.9%);1株为瘰疬分枝杆菌(0.9%);4株为其他NTM(3.7%)。有116株进行芯片法分枝杆菌菌种鉴定,且有96株同时进行芯片法和基因测序法检测,两种方法进行菌种鉴定的符合率为88.5%(85/96)。基因测序发现有3株外来菌株,分别为明尼苏达分枝杆菌、熊本分枝杆菌、提门分枝杆菌(M.temen)。结论 北京3家机构NTM菌种以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟分枝杆菌/脓肿分枝杆菌为主。用芯片法和基因测序对NTM临床分离株进行菌种鉴定的一致率较高。     

河南省363株非结核分枝杆菌分离鉴定及耐药分析

目的 了解河南省结核病患者中非结核分枝杆菌(NTM)分布情况及其耐药性,为其临床诊治提供支持。方法采用传统PNB/TCH生长试验对分枝杆菌培养阳性标本初步鉴定。用探针熔解曲线法和PCR产物测序鉴定NTM菌种,采用比例法检测分离菌株的抗结核药物敏感性。结果 从PNB/TCH生长试验结果阳性的404株菌株中,鉴定出NTM菌株363株,其中357株为单一感染,6株为混合感染。363株菌株中,胞内分枝杆菌273株(74.93%),堪萨斯分枝杆菌34株(9.37%),脓肿分枝杆菌21株(5.79%),鸟分枝杆菌11株(3.03%),其他25株(6.89%)。其中南阳、洛阳、平顶山、濮阳、开封、许昌、郑州、周口和驻马店等地市胞内分枝杆菌比例都高于50%;安阳、鹤壁和商丘等地市堪萨斯分枝杆菌比例较高。河南省NTM总分离率为3.93%。18个地市中鹤壁市NTM分离率最高为11.20%,其次为南阳10.23%;分离率最低的为周口1.11%,其次为商丘1.21%,差异有统计学意义(χ²=135.604,P<0.001)。结论 河南省NTM分离以胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、脓肿...     

43株甘肃临床分离非结核分枝杆菌分类鉴定

目的了解甘肃当前临床流行的非结核分枝杆菌(NTM)的病原谱特点及其主要NTM种类,为指导临床诊疗、有效防治NTM肺病提供参考依据。方法收集2012年~2014年来源于甘肃省不同地区的875株临床分离分枝杆菌菌株,经PNB/TCH方法初步鉴定为疑似NTM菌株,采用16SrRNA基因测序技术进行菌种鉴定。结果 875株分枝杆菌临床分离菌株中分离出疑似NTM菌株46株。经16SrRNA基因序列分析鉴定,43株为NTM,3株为诺卡氏菌。43株NTM菌株分别为胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌、塞内加尔分枝杆菌、鸟分枝杆菌、戈登氏分枝杆菌、楚尔盖分枝杆菌、罕见分枝杆菌、偶然分枝杆菌和脓肿分枝杆菌。其中,胞内分枝杆菌有31株,占总NTM菌株数的72.09%。结论甘肃省非结核分枝杆菌群以胞内分枝杆菌为主,应用16SrRNA基因序列分析鉴定方法能准确鉴定出NTM菌种,为临床诊治提供依据。     

胞内分枝杆菌临床分离株亚种组成及体外耐药性分析

目的 分析深圳地区胞内分枝杆菌临床分离株的亚种组成及其耐药谱,为治疗胞内分枝杆菌肺病提供科学依据。方法 选取中国疾病预防控制中心国家结核病参比实验室保存且初步鉴定为胞内分枝杆菌的临床分离株,共计97株。菌株均分离自深圳市第三人民医院2018年收集的疑似肺结核和非结核分枝杆菌(NTM)肺病患者的呼吸道标本。采用PCR及基因测序鉴定胞内分枝杆菌临床分离株亚种,使用Sensititre^? SLOWMYCO药敏板测定菌株对13种药品(克拉霉素、阿米卡星、莫西沙星、利奈唑胺、利福平、利福布汀、乙胺丁醇、链霉素、多西环素、环丙沙星、异烟肼、乙硫异烟胺及复方磺胺甲噁唑)的药物敏感性情况。结果 97株胞内分枝杆菌临床分离株以亚种胞内分枝杆菌最多[63.92%(62/97)],其次为奇美拉分枝杆菌[18.56%(18/97)]和副胞内分枝杆菌[17.53%(17/97)]。药物敏感性试验显示,胞内分枝杆菌的MIC₅₀和MIC₉₀值最低的是利福布汀(0.5和8μg/ml),最高的是链霉素(32和64μg/ml);亚种胞内分枝杆菌和副胞内分枝杆菌的MIC₉₀均为2μg/ml,而奇美拉分枝杆菌则高达64μg/ml。胞内分枝杆菌临床分离株对克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、链霉素、阿米卡星、利奈唑胺和莫西沙星总的耐药率分别为9.28%(9/97)、44.33%(43/97)、42.27%(41/97)、15.46%(15/97)、36.08%(35/97)、11.34%(11/97)、38.14%(37/97)和46.39%(45/97);奇美拉分枝杆菌对克拉霉素的耐药率[27.78%(5/18)]明显高于亚种胞内分枝杆菌[4.84%(3/62)],差异有统计学意义(χ²=8.156, P=0.012)。结论 深圳地区胞内分枝杆菌以亚种胞内分枝杆菌为主,对各药品的敏感性有差异,且各亚种对同一药品的敏感性也不同,建议临床治疗前应鉴定至亚种并行药物敏感性试验,以实现个性化治疗。     

2016-2021年唐山地区非结核分枝杆菌流行及耐药情况分析

目的 分析唐山地区非结核分枝杆菌(non tuberculosis mycobacterium,NTM)流行及耐药情况,为NTM病的预防及治疗提供依据。方法 收集2016年1月至2021年12月唐山地区NTM人群分离率及药物敏感试验结果,通过趋势检验分析NTM分离率、分析相应菌种构成比及耐药性的趋势变化。结果 从2487例疑似结核病患者痰标本中分离到NTM菌株390株,分离率为15.68%,各年份NTM分离率依次为13.89%、14.12%、14.36%、17.44%、15.69%、18.37%,NTM中前3位的优势菌种为胞内分枝杆菌(62.31%)、堪萨斯分枝杆菌(18.72%)、脓肿分枝杆菌(9.49%)。单一抗NTM药物的耐药率顺位为亚胺西司(IC)(80.3%)>多西环素(DOX)(55.49%)>米诺环素(MNO)(43.35%)>磺胺甲唑(SMZ)(28.32%)>头孢西丁(FOX)(24.86%)>妥布霉素(TOB)(17.92%)>乙胺丁醇(EMB)(14.45%)>利福平(RFP)(10.98%)>阿奇霉素(AZM)(9...     

2006～2015年上海市公共卫生临床中心艾滋病患者的分枝杆菌培养阳性结果分析

目的 分析2006年～2015年上海市公共卫生临床中心病原培养分枝杆菌阳性的艾滋病患者结核分枝杆菌（MTB）与非结核分枝杆菌（NTM）的构成及耐药情况。方法 收集2006年1月～2015年12月入住我院且存在临床相应感染症状并具有分枝杆菌培养阳性结果的艾滋病患者816例,收集其年龄、性别等一般资料、耐药检测和NTM分型结果并进行分析。结果 816例分枝杆菌感染患者中男679例,女137例,中位年龄40岁。MTB感染患者364例（44.6%）,NTM感染患者377例（46.2%）。判定为MTB感染且有耐药检测资料患者共275例,对链霉素及异烟肼的耐药率均为24.0%（66例）,对乙胺丁醇的耐药率为17.1%（47例）,对利福平的耐药率为16.7%（46例）;耐多药结核病为42例（15.3%）。判定为NTM感染且有耐药检测资料患者共124例,对异烟肼的耐药率为91.1%（113例）,对链霉素的耐药率为83.9%（104例）,对利福平的耐药率为47.6%（59例）,对乙胺丁醇的耐药率38.7%（48例）。共102例NTM患者有分型资料,其中鸟-胞内分枝杆菌33例（32.3%）,戈登分枝杆菌29例（28.4%）,堪萨斯分枝杆菌25例（24.5%）。结论 对于分枝杆菌培养结果阳性的艾滋病患者,NTM比例明显高于普通人群,治疗上需根据药物敏感试验结果适当调整用药。     

美罗培南对非结核分枝杆菌的体外抑菌效果评价

目的 评价美罗培南(meropenem,MEM)对非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacteria,NTM)的体外抑菌效果。方法 收集首都医科大学附属北京胸科医院2015年1月至2016年12月分离的NTM临床分离株,共计207株。采用微孔板Alamar Blue 法测定MEM对纳入的207株NTM临床分离株的体外抑菌效果。同时,评价其对46种NTM标准株[30株快生长分枝杆菌(rapidly growing mycobacterium,RGM)和16株慢生长分枝杆菌(slowly growing mycobacterium, SGM)]的体外抑菌情况。结果 在30株RGM标准菌株中,26.7%(8/30)的菌种对MEM耐药。MEM对偶发和脓肿分枝杆菌临床分离株的耐药率分别为33.3%(11/33)和82.5%(33/40)。在16株SGM标准株, 56.3%(9/16)的菌株对MEM耐药。在SGM 临床分离株中,MEM对戈登分枝杆菌、胞内分枝杆菌、鸟分枝杆菌和堪萨斯分枝杆菌的耐药率分别依次为20.0%(2/10)、63.9%(23/36)、72.7%(16/22)和95.6%(43/45)。结论 MEM对于大多数RGM菌种和部分SGM菌种都显示出一定的体外抑菌活性,其中对偶发分枝杆菌和戈登分枝杆菌则显示出相对较好的体外抑菌活性。     

结核病专科非结核分枝杆菌肺病菌种分布及病例特点研究

目的 研究309医院结核病研究所接收的肺病病人中非结核分枝杆菌(NTM)肺病的菌种分布及病例特点,为临床诊断提供思路。方法 收集309医院结核病研究所临床实验室2014年9月至2018年3月非结核分枝杆菌阳性报告,根据2012年版中华医学会《非结核分枝杆菌病诊断与治疗专家共识》建立确诊NTM肺病组,研究NTM肺病组中NTM的分布特点;根据NTM肺病组病例的年龄、性别、地域和发病时限建立配对肺结核组,研究两组病人基础状态的差别。结果 NTM阳性108例,分离率为4.66%。确诊NTM肺病72例,分离率为3.10%,90%病例来自华北和东北地区。包括胞内分枝杆菌(33/72, 45.8%),龟/脓肿分枝杆菌(27/72, 37.5%),鸟分枝杆菌(7/72, 9.7%),堪萨斯分枝杆菌(3/72, 4.2%),蟾蜍分枝杆菌(2/72, 2.8%)。NTM肺病患者明确诊断用时平均27.8±30.8个月;平均年龄64.1±18.0岁;男女比例1.88∶1;>80岁组全部为男性,11/13为龟/脓肿分枝杆菌肺病;NTM肺病患者的基础性呼吸系统慢性疾病发生率高于肺结核病患者,差异有统计学意义(χ²=4.141,P=0.042);女性NTM肺病的基础性支气管扩张发生率显著高于男性NTM肺病患者(χ²=10.277,P=0.006)。龟/脓肿分枝杆菌肺病平均年龄75.2±14.8岁,胞内NTM肺病患者平均年龄59.9±17.0岁,这两种肺病的年龄分布差异有统计学意义(χ²=14.832,P=0.011)。结论 华北东北地区主要的NTM肺病致病菌是胞内分枝杆菌和龟/脓肿分枝杆菌;40岁之后NTM肺病发病率随年龄增多;80岁之后以龟/脓肿分枝杆菌为主;女性NTM肺病发病年龄相对小,基础性支气管扩张是女性NTM肺病的易感因素;NTM肺病明确诊断用时长,分枝杆菌核酸检验可以显著提高诊断效率。     

2012—2017年湖南省非结核分枝杆菌感染的特征分析

目的 分析湖南省2012—2017年非结核分枝杆菌(NTM)的感染趋势、分布特征、流行状况,为湖南省NTM感染的防治提供参考依据。方法 收集2012—2017年来自湖南省14个地级市、在湖南省胸科医院经BACTEC MGIT 960 法确诊为分枝杆菌感染的患者15576例,其中男性11126例,女性4450例。分离出分枝杆菌菌株15576株(每例患者1株)。采用MPB64蛋白免疫胶体金法、对硝基苯甲酸(PNB)生长试验进行结核分枝杆菌复合群(MTBC)与NTM的初步鉴别,应用16S rRNA、Hsp65测序法对初步鉴定为NTM的菌株进行菌种鉴定,并对NTM感染者的相关临床资料进行分析。结果 2012—2017年NTM检出率为10.17%(1584/15576);男性NTM感染者占62.06%(983/1584),女性占37.94%(601/1584);年龄分布中,40~岁的中老年患者最多,占39.02%(618/1584);职业分布以农民为主,占66.67%(1056/1584)。2016年NTM菌种分布达24种,位列前4者分别为:胞内分枝杆菌[25.23%(84/333)]、脓肿分枝杆菌[24.62%(82/333)]、戈登分枝杆菌[18.62%(62/333)]、鸟分枝杆菌[16.82%(56/333)];2017年NTM菌种分布达21种,位列前4者分别为:胞内分枝杆菌[27.15%(104/383)]、脓肿分枝杆菌[22.46%(86/383)]、戈登分枝杆菌[21.15%(81/383)],鸟分枝杆菌[17.49%(67/383)]。结论 2012—2017年湖南省NTM检出率处于较高水平,感染人群以男性、中老年、农民为主,以致病NTM菌居多。     

66例非结核分支杆菌肺病的临床分析

目的　了解非结核分支杆菌 (NTM)肺病的临床特征。方法 对 1998—2002年 4年间广州地区 4129例分支杆菌培养阳性的病例中,经菌型鉴定而确诊为NTM肺病的资料完整的 66例病例进行分析。结果 66例NTM肺病中,快速生长型感染的有 40例,其中脓肿分支杆菌 29例,龟分支杆菌 7例,耻垢分支杆菌 3例和偶然分支杆菌 1例;慢速生长型感染的有 26例,其中鸟分支杆菌 18例,胞内分支杆菌 6例,蟾分支杆菌和海分枝杆菌各 1例。分枝杆菌混合感染的有 10例;新发现病例16例,病程在 1～10年的有 31例,11～25年 11例,30年以上的有 8例;主要症状依次为咳嗽、咳白粘痰、咯血和发热;X线胸片示两侧受累者达 69.7%,右侧 21.2%,左侧仅有 4.5%,无病灶者占4.5%;出现胸腔积液的有 7例;NTM对抗结核药物呈现高度的原始耐受性,但对喹诺酮类、大环内脂类和氨基糖甙类的耐药率相对较低。结论 NTM肺病的临床特征无特异性,病程长,常规的抗结核治疗效果差。     

福建省非结核分枝杆菌菌种分布及其流行病学特征初步研究

目的 了解福建省非结核分枝杆菌菌种分布及流行病学特征,为福建省制定非结核分枝杆菌病防治策略提供科学依据。方法 收集2016—2018年福建省11个结核病耐药监测点190例疑似非结核分枝杆菌病的菌株标本采用荧光PCR熔解曲线法进行菌种鉴定。应用Excel 2016与SPSS 24.0软件对数据进行整理与分析,采取非参数检验分析不同特征患者感染的非结核分枝杆菌菌种分布特征,应用卡方检验比较胞内分枝杆菌与非胞内非结核分枝杆菌病患者间特征差异性,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 共检出161例非结核分枝杆菌感染者,其中除8例未鉴定出具体感染的菌种外,153例由8种菌种感染。主要以胞内分枝杆菌(60.9%,98/161)和脓肿分枝杆菌(19.9%,32/161)为主。感染非结核分枝杆菌患者平均年龄(57.3±13.0)岁,以男性(70.2%,113/161)、本地户籍(87.0%,140/161)、农民工(72.7%,117/161)、汉族(97.5%,157/161),以及沿海城市(77.6%,125/161)为主。感染胞内分枝杆菌和非胞内非结核分枝杆菌患者占比最高的均是45~60岁年龄组[分别为63.3%(62/98)和57.2%(36/63)];性别均以男性居多[分别为71.4%(70/98)和68.3%(43/63)];职业均以农民工居多[分别为76.5%(75/98)和66.7%(42/63)];户籍均以本地居多[分别为88.8%(87/98)和84.1%(53/63)];现住址均以沿海居多[分别为74.5%(73/98)和82.5%(52/63)];胞内分枝杆菌与非胞内非结核分枝杆菌比较,差异均无统计学意义(χ ²值分别为4.202、0.185、1,879、0.731、1.431,P值均>0.05)。感染胞内分枝杆菌患者与非胞内非结核分枝杆菌患者中汉族所占比率分别为100.0%(98/98)和93.7%(59/63),差异有统计学意义 (χ ²=4.029,P<0.05)。结论 福建省非结核分枝杆菌感染患者主要以汉族、本地户籍、男性、中老年人、农民工居多;菌种分布以胞内分枝杆菌为主,其次为脓肿分枝杆菌;除民族外,胞内分枝杆菌与非胞内非结核分枝杆菌感染者社会人口学特征差异无统计学意义。     

扩增子测序技术检测石蜡包埋组织标本耐药结核基因的研究

目的 用基于多重PCR (multiplex PCR,mPCR)扩增子的二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术(mPCR-NGS)检测MTB的耐药基因突变,并评估其检测石蜡包埋组织标本诊断耐药结核病的临床应用价值.方法 选取北京市昌平区结核病防治所2013年4月至2015年10月常规进行了利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、卷曲霉素、卡那霉素、阿米卡星和氧氟沙星比例法检测且具有药敏试验结果的50株MTB临床分离株,包括42株耐药MTB和8株敏感MTB菌株.参考耐药基因数据库及相关文献,针对以上8种抗结核药物主要耐药基因及常见位点设计耐药基因组合,建立有效的检测方案.收集首都医科大学附属北京胸科医院病理科2017年11月至2018年9月耐药结核病患者55例的石蜡包埋组织标本,探针熔解曲线法检测结果为利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类至少存在一种耐药相关基因突变.首先对已知表型药敏试验结果的MTB临床分离株进行mPCR-NGS检测,验证该方法检测纯菌样本的有效性,再进一步检测结核病患者石蜡包埋组织标本进行临床验证.主要评价指标为敏感度和特异度以及一致性.结果 以比例法为金标准,mPCR-NGS检测利福平、异烟肼、链霉素和乙胺丁醇的敏感度分别为95% (38/40)、93%(27/29)、93% (27/29)和72%(13/18),特异度分别为100%(10/10)、95% (20/21)、100%(21/21)和94%(30/32);二线注射类药物卷曲霉素、卡那霉素和阿米卡星敏感度均为100% (2/2,3/3,3/3),特异度分别为98%(47/48)、100%(33/33)和100%(47/47);氧氟沙星的敏感度为70%(7/10),特异度为100%(40/40).总符合率为94%,一致性检验Kappa值为0.87.纳入的55例石蜡包埋组织标本经探针熔解曲线法检测,28例利福平耐药,37例异烟肼耐药,13例乙胺丁醇耐药,17例氟喹诺酮类耐药.mPCR-NGS与探针熔解曲线法比较,利福平、异烟肼、乙胺丁醇和氟喹诺酮类的敏感度分别为100%(28/28)、95%(35/37)、100%(13/13)和100%(17/17);特异度均为100%(27/27,18/18,42/42,38/38).两种方法总符合率为99%,一致性检验Kappa值为0.98.结论 mPCR-NGS检测MTB临床分离株及结核病患者石蜡包埋组织标本耐药基因突变的敏感度、特异度和符合率较高,有望成为耐药结核病准确、快速的分子病理诊断新技术.     

高通量二代测序技术在耐药结核病诊断中的应用

目的 探索新一代高通量二代测序(next-generation sequencing,NGS)技术在耐药结核病诊断中的应用价值。方法 搜集2016—2017年甘肃省结核病耐药基线调查150株临床分离株,排除非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacteria,NTM)菌株2株,进行比例法药物敏感性试验(简称“药敏试验”)及结核分枝杆菌耐药相关基因(包括katG、inhA、embB、rpoB、rpsL、rrs、gyrA和gyrB)的NGS技术检测,剔除测序失败的13株,最后纳入分析菌株135株。以比例法药敏试验结果为参考标准评价二代测序在耐药结核病中的检测效能。 结果 以药敏试验结果为参考标准,NGS技术检测异烟肼、乙胺丁醇、利福平、链霉素、氧氟沙星耐药的敏感度分别为:88.75%(71/80)、85.71%(18/21)、84.72%(61/72)、73.91%(51/69)、68.97%(20/29),特异度分别为100.00%(55/55)、86.84%(99/114)、96.83%(61/63)、 96.97%(64/66)、99.06%(105/106),Kappa值分别为0.87、0.59、0.81、0.71、0.76。异烟肼耐药基因突变主要在katG 315位点上,突变频率为97.18%(69/71);乙胺丁醇耐药基因突变主要在embB 306位点上,突变频率为88.89%(16/18);利福平耐药基因突变主要在耐药决定区,突变频率为93.65%(59/63);链霉素耐药基因突变主要在rpsL 43位点上,突变频率为79.25%(42/53);氧氟沙星耐药基因突变主要在gyrA 94位点上,突变频率为76.19%(16/21)。结论 抗结核药物相关耐药基因NGS利福平、异烟肼、氧氟沙星耐药检测效能较好,能够满足临床结核病诊断需要。乙胺丁醇、链霉素已知耐药位点NGS耐药检测效能一般,需要对其耐药机制进行进一步的研究。