基于网络药理学探讨芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制探讨

目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子（TNF）等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。     

柚皮素缓解高糖对雪旺细胞损伤的作用机制分析

目的 分析柚皮素缓解高糖对雪旺细胞损伤的作用机制。方法 使用Bockes改良法从新生3 d的Wistar乳鼠的坐骨神经组织内分离纯化雪旺细胞,将其随机分为5组,A组细胞使用DMEM培养基培养72 h,B组细胞使用含5.6 mmol/L葡萄糖的DMEM培养基培养72 h,C组细胞使用含5.6 mmol/L葡萄糖和20μmol/L柚皮素的DMEM培养基培养72 h,D组细胞使用含5.6 mmol/L葡萄糖和40μmol/L柚皮素的DMEM培养基培养72 h,E组细胞使用含5.6mmol/L葡萄糖和80μmol/L柚皮素的DMEM培养基培养72 h。对各组细胞培养不同时间的细胞活力和细胞凋亡率、培养72 h后培养液内炎症因子和氧化应激指标水平、培养72 h后NF-κB相关蛋白表达及其mRNA水平进行比较。结果与A组相比,B组、C组、D组、E组细胞培养24、48、72 h的吸光度（A）值均降低;与B组相比,C组、D组、E组细胞24、48、72 h的A值均升高;且随着柚皮素剂量的升高细胞24、48、72 h的A值升高,差异均有统计学意义（P <0.05）。与A组相比,B组、C组、D组、E组...     

甘麦大枣汤治疗产后抑郁的相关靶点/通路预测

目的 通过网络药理学方法探寻甘麦大枣汤治疗产后抑郁的作用靶点,阐明其相关作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集甘麦大枣汤的化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点.通过GeneCards数据库检索与产后抑郁相关的靶点.利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾...     

金鸡胶囊治疗盆腔炎的活性成分和作用机制预测

目的：运用网络药理学和分子对接技术预测金鸡胶囊治疗盆腔炎（pelvic inflammatory disease,PID）的潜在活性成分,并阐明其作用机制。方法：通过数据库和文献检索搜集金鸡胶囊中6味中药材的化学成分、作用靶点及疾病靶点;运用MCC算法对交集靶蛋白进行筛选得到核心靶蛋白;运用ClueGo和Metescape数据库对核心靶蛋白进行基因富集分析;通过构建“金鸡胶囊活性成分-核心靶点-关键通路图”反推测出关键活性成分和核心靶蛋白进行分子对接。结果：共收集到712种活性成分,化学成分作用靶点与盆腔炎疾病交集靶点有89个,其中化学成分14-去氧-12-甲氧基穿心莲内酯、穿心莲黄酮、甘草查尔酮A、远志酮I、千层纸素A和靶蛋白EGFR、PIK3CA、ESR1、AKT1、MTOR、MAPK1作为关键活性物质和核心靶点。分子对接表明,关键活性成分和核心作用靶点结合状况良好,结合自由能-9.65～-5.56Kcal/mol。结论：金鸡胶囊通过作用多靶点,多条通路治疗盆腔炎疾病。其中化合物14-去氧-12-甲氧基穿心莲内酯和甘草查尔酮A与靶蛋白ESR1、ATK1具有稳定的结合口袋,能够形成稳...     

基于网络药理学及分子对接研究黄连温胆汤治疗缺血性脑梗死作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法预测黄连温胆汤治疗缺血性脑梗死的潜在机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)等数据库资料,并查阅文献获取黄连温胆汤的成分与靶点,导入Cytoscape 3.7.2软件创建中药-活性成分-靶点-疾病网络。借助在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因综合数据库(GeneCards)、治疗目标数据库(TTD)、DisGeNET和药物靶标数据库(DrugBank)等数据在线平台获取疾病相对应的靶点,基于STRING线上平台构建黄连温胆汤与缺血性脑梗死重合的蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络图。运用DAVID数据库对共同靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后,利用PyMOL及Auto Dock等软件进行分子对接。结果 获得黄连温胆汤活性成分167种,包括豆甾醇和β-谷甾醇等,相对应的作用靶标322个;缺血性脑梗死疾病靶点2 529个,如肿瘤坏死因子(TNF)及细胞肿瘤抗原p53(TP53)等;药物与疾病交集靶点167个;GO富集分析共得到407条基因功能信息,KEGG富集分析发现133条通路,包括TNF信号通...     

基于网络药理学及实验验证探讨补肾定眩汤治疗高血压的作用机制

目的 基于网络药理学及实验验证探讨补肾定眩汤治疗高血压的作用效果及机制。方法 从TCMSP数据库筛选补肾定眩汤活性化合物及作用靶点,在Uniprot数据库转化为基因靶点,通过Cytoscape 3.6.1构建化合物-靶点网络。在OMIM、DisGeNET、TTD数据库及文献报道收集高血压的治疗靶点。将化合物-靶点网络与疾病-靶点融合,筛选补肾定眩汤治疗高血压的潜在核心靶点。利用STRING平台,获得核心靶点PPI网络。通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG富集分析;基于自发性高血压大鼠模型,验证补肾定眩汤改善高血压的作用效果,并验证网络药理学预测的潜在调控机制。结果 筛选出补肾定眩汤的活性化合物23个,潜在核心靶点16个,包括ECE1、AGT、BMPR2、HIF1A、ACE2、TGFB1等,可通过调节流体剪切应力与动脉粥样硬化、HIF-1信号通路、TGF-β信号通路、松弛素信号通路、肾素-血管紧张素系统、血管平滑肌收缩、肾素分泌、醛固酮的合成和分泌等机制改善高血压;动物实验表明补肾定眩汤可显著降低自发性高血压大鼠的收缩压(SBP)、舒张压(DBP)及平均动脉压(MAP)水平...     

NF-κB信号通路在宫颈癌中的研究进展

宫颈癌是危害女性健康的第二大恶性肿瘤,化疗在宫颈癌治疗中占据重要位置,但是肿瘤耐药性和肿瘤负荷增加最终导致化疗效果不佳。研究发现,肿瘤放化疗中NF-κB活化可能是肿瘤有效治疗的障碍,以NF-κB为分子标靶探讨其活性调控对肿瘤增殖与凋亡及化疗敏感性的影响是近年研究热点。本文就其在宫颈癌中的研究进展作一综述。     

络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：基于网络药理学的研究方法,探讨络石藤治疗类风湿关节炎（RA）的可能作用机制。方法：以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为指标,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取络石藤的活性成分、作用靶点,利用uniprot数据库将相应靶点蛋白转换为标准蛋白基因名。在Disgent数据库中检索“Rheumatoid arthritis”,获取RA疾病靶点运。利用韦恩图,得到药物成分和RA共同靶点,上传至Cytoscape 3.9.1构建“络石藤-化合物-靶点-类风湿关节炎”的网络图,并进行蛋白互作网络分析（PPI网络分析）,GO富集和KEGG通路富集分析。结果：获取络石藤9种成分及109个作用靶点,RA疾病2722个相关靶点,络石藤-RA共同靶点57个,GO功能富集分析显示394个生物过程（BP）、41个细胞组成（CC）、70个分子功能（MF）。KEGG通路富集分析显示132条通路。结果：该研究初步揭示了青风藤中以青藤碱为主的6种有效活性成分发挥了抗RA的作用,治疗的关键靶点与AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA、MMP9、PTGS2等有关。...     

基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病合并失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病(GERD)合并失眠的潜在作用机制。方法 通过在线数据库筛选小柴胡汤的活性成分、药物靶点以及GERD和失眠的疾病靶点;取药物靶点和疾病靶点的交集,利用STRING数据库分析交集靶点的相互作用;通过Cytoscape软件构建和分析“活性成分-靶点”“药物-活性成分-共同靶点-疾病”、蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过BioGPS对核心靶点进行基因定位,结合Cytoscape构建“成分-靶点-通路-器官/组织”网络;使用AutoDockVina进行主要活性成分与核心靶点的分子对接。结果 小柴胡汤治疗GERD合并失眠的主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、黄芩素等多种化合物,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、白细胞介素-1B(IL-1B)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白53(TP53)等,与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症应答、信号转导等生物过程相关,涉及的通路包括癌症途径、AGE-RAGE信号...     

基于网络药理和分子对接探究山柰酚治疗抵抗性前列腺癌的机制

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术分析山奈酚治疗去势抵抗性前列腺癌(CRPC)的靶点,并探讨其相关分子机制。方法:从DisGeNET数据库中检索CRPC的靶点,同时,从药物靶点数据库Swiss Target Prediction数据库获取山奈酚治疗靶点,通过韦恩图工具获取靶点交集作为山奈酚抗CRPC的核心靶点,通过R studio中的“clusterProfiler”包对核心靶点进行GO和KEGG通路富集分析,预测山奈酚治疗CRPC的生物学过程和关键信号通路。结果:挖掘了山奈酚治疗CRPC的29个核心靶点：ESR1、SRC、EGFR、AKT1、PTGS2、CYP19A1、MMP9、ABCG2、ESR2、IGF1R等,主要通过调控内分泌抵抗通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药性、蛋白聚糖在癌症、PI3K-Akt信号通路、雌激素信号通路等信号通路。结论:本研究预测了山奈酚治疗CRPC的核心靶点、生物学过程以及关键信号通路,将有助于山奈酚在去势抵抗性前列腺癌治疗中的临床应用。     

白鲜皮“异病同治”皮炎、湿疹和银屑病的作用机制预测

目的 通过网络药理学和分子对接技术分析白鲜皮“异病同治”皮炎、湿疹、银屑病的分子靶点及其相关作用机理。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索并筛选白鲜皮的主要活性成分,并运用STP数据库预测有效成分的作用靶点。借助TTD、OMIM、DrugBank、GeneCards、DisGeNET数据库获取治疗皮炎、湿疹、银屑病的有关靶点,借助Venny软件获取皮炎、湿疹、银屑病的相同靶点以及与白鲜皮有效成分作用靶点的交集靶点。利用Cytoscape绘制网络图,STRING数据库构建白鲜皮治疗皮炎、湿疹、银屑病的相同靶基因的蛋白互作网络图。运用Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并运用R语言进行可视化处理。通过Discovery Studio 2019 Client、AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接和可视化。结果 经筛选白鲜皮有效成分15个,与皮炎、湿疹、银屑病相同靶点的交集靶点共64个。白鲜皮活性成分治疗皮炎、湿疹、银屑病的核心靶点依次为肿瘤坏死因子(TNF)、Toll样受体4(TLR4)...     

基于网络药理学探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨定喘汤治疗支气管哮喘的作用机制.方法 利用TCMSP筛选定喘汤药物的有效活性成分,并通过GeneCards等数据库进行检索获得支气管哮喘相关的疾病靶点.采用DAVID v.6.8数据库进行GO富集分析及KEGG通路富集分析.结果 经数据库分析,定喘汤与支气管哮喘的共同靶基因为286个.GO-...     

洗腿又方治疗骨关节炎的网络药理学研究

目的 通过生物信息学、网络药理学和分子对接探讨洗腿又方治疗骨关节炎的药理学机制。方法 从基因表达综合数据库(GEO)中获取骨关节炎滑膜的差异表达基因,使用TCMSP、HERB、TCMID等数据库搜集洗腿又方的活性成分及其作用靶点,并与疾病靶点取交集。通过STRING数据库及Cytoscape3.8.2软件对交集靶点进行蛋白互作和富集分析,最终将关键活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 获得骨关节炎滑膜的差异表达基因2072个,洗腿又方的活性成分20种,其治疗骨关节炎的靶点30个,进一步通过蛋白互作筛选获得HIF1A、CASP8、RAF1等关键靶点,富集分析发现洗腿又方主要通过干预细胞周期、炎症和内分泌等信号通路治疗骨关节炎,分子对接结果显示,关键有效成分芹黄素、槲皮素分别与关键靶点HIF1A、CASP8有良好的对接活性。结论 本研究探讨了洗腿又方治疗骨关节炎的可能活性成分、靶点及作用通路,为其应用于骨关节炎的治疗提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨附子配伍甘草治疗慢性心力衰竭的作用机制

目的：基于网络药理学阐明附子甘草配伍对慢性心力衰竭的作用机制。方法：通过数据库 TCMSP、TCM、STITCH 以及 OMIM、 GeneCard 从附子甘草配伍的化学成分、成分靶点以及疾病靶点分别进行检索。再对相关疾病靶点和药物潜在靶点进行分析,制作韦恩图,筛选出共同交集。分别在 David 数据库和 Bioconductor 数据库中对合并所得的候选靶点进行 GO 富集分析和 KEGG 通路注释分析。结果：本研究共筛选出附子甘草配伍中 81 个化合物,对应的成分靶点 169 个。同时通过对慢性心力衰竭的检索得到 8668 个对应靶点,通过制作韦恩图了解到附子甘草配伍药对的潜在靶点与慢性心力衰竭的潜在靶点共有 154 个交集,5 条相关的信号通路。结论：附子甘草配伍治疗慢性心力衰竭的作用机制可能与调节 AKT、 MAPK 等相关信号通路有关,其中 AKT 是其主要信号通路。且附子甘草配伍的治疗慢性心力衰竭作用与细胞凋亡、IL-6、TNF 等细胞因子的表达密切相关,表示细胞凋亡、IL-6、TNF 可能是附子甘草配伍治疗慢性心力衰竭的重要作用靶点。     

基于转录组测序探索腺苷脱氨酶1对宫颈癌细胞的调控机制

目的 使用RNA-seq技术分析腺苷脱氨酶1(ADAR1)在宫颈癌Hela细胞株中对基因表达的调控情况,并为揭示ADAR1在宫颈癌发生和进展中的作用提供理论依据。方法 对正常和ADAR1敲低的Hela细胞株进行RNA-seq测序,筛选出差异表达基因。通过KEGG Pathway、GO cellular和GSEA富集分析,分析ADAR1在Hela细胞株中参与的相关信号通路和生物学过程。结果 差异表达基因主要富集在免疫和炎症相关信号通路（如TNF-α/NF-κB、NIK/NF-κB、Jak/Stat-IL-6）、Hippo信号通路、TGF-β等信号通路上,参与了干扰素应答、细胞氨基酸代谢调控、蛋白质泛素化/去泛素化、病毒转录等生物过程;对NF-κB信号通路的相关基因进行深入分析后发现,ADAR1敲低后,NF-κB1和TRAF5的mRNA表达水平明显升高（P <0.05）。结论 ADAR1可能通过调控NF-κB信号通路相关因子的表达,进而调控宫颈癌的发生和发展。     

感觉神经肽P物质对成纤维细胞核因子-κB激活作用的信号机制研究

目的：研究感觉神经肽P物质(SP)对肉芽组织成纤维细胞核因子-κB(NF-κB)的激活作用的信号机制，探讨SP在创伤修复中的作用。方法：采用甲醛注射的方法造成Wistar大鼠局部无菌性炎症反应，提取肉芽组织进行成纤维细胞原代培养；采用凝胶迁移阻滞实验(EMSA)的方法，检测SP对肉芽组织成纤维细胞NF-κB的激活作用，观察NK-1受体，Ca^2 ，PKC以及氧自由基等在NF-κB活化中的作用，并采用抗体超迁移的方法观察NF-κB的亚基组成。结果:SP可有效激活NF-κB，这一作用可被NK-1受体阻断剂、拮抗剂以及抗氧化剂阻断且呈显著的剂量依赖性，而与PKC无关；活化的NF-κB是由p50和p65亚基组成的。结论：SP可有效激活肉芽组织成纤维细胞NF-κB，这一作用是通过NK-1受体介导，并与氧自由基、Ca^2 的激活有关，而与PKC无关。     

姜黄素通过p38 MAPK/NF-κB信号通路对膝关节骨性关节炎的作用机制分析

目的 分析姜黄素通过p38-丝裂原活化的磷酸激酶(p38MAPK)/核因子 κB(NF-κB)信号通路对膝关节骨性关节炎的作用机制.方法 采用前瞻性研究,随机抽样法选取2018年1月至2019年12月期间在邯郸市中心医院进行全膝关节置换术的35例膝关节骨性关节炎患者作为研究对象,取截掉的股骨髁和胫骨平台的软骨组织,将其...     

锌指蛋白A20调节炎症信号的作用与机制研究进展

炎症是具有血管系统的活体组织对损伤因子的防御性反应,炎症信号起始于模式识别受体(PRR)与病原生物表面的病原体相关分子(PAMP)相互识别和作用,继而启动免疫应答,在机体抵抗外来感染的过程中发挥着关键作用[1].