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1.
目的运用网络药理学的方法探讨青风藤治疗类风湿关节炎的分子机制。方法通过TCMSP平台筛选青风藤活性成分及作用靶点;在GeneCards和OMIM数据库中获取类风湿关节炎靶基因。通过R语言对基因进行匹配运算并绘制韦恩图;在String平台生成成分-蛋白互作网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R3.5.1软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果共筛选出6个活性成分和23个潜在作用靶点;GO功能富集显示,青风藤可以影响炎症因子的细胞信号转导等生物学过程。KEGG通路富集分析显示,青风藤可以通过调控P53等凋亡相关通路发挥抗类风湿关节炎的作用。结论青风藤可能通过作用于CASP3、JUN、OPRD1等关键靶点调控P53等信号通路,从而调控炎症细胞凋亡进而发挥治疗类风湿关节炎的作用。  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊(HZC)治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法 通过ETCM数据库和文献查阅获得复方活性成分,运用Swiss Target Prediction平台进行靶点预测。用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库筛选RA相关靶点,绘制韦恩图获取药物和疾病交集靶点。采用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape3.9.1软件中centiscape2.2插件筛选潜在关键靶点。用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Cytoscape3.9.1软件绘制药物-活性成分-靶点-通路网络图。最后选取核心成分与核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出32个有效成分,药物与疾病交集靶点91个,主要活性成分为槲皮素、盐酸青藤碱和杠柳苷元,核心靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体(EGFR)。作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路等有关。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有很...  相似文献   

3.
目的:探讨坤泰胶囊治疗卵巢早衰的主要活性成分、核心靶点、相关通路等药理学作用机制。方法:用TCMSP与BATMAN-TCM两大数据库获取药物成分及对应靶点,在Uniprot数据库中进行靶点蛋白名称的标准化处理;用GeneCards与OMIM两大数据库获取疾病靶点;用Venny 2.1.0平台获得药物与疾病的交集靶点;用Cytoscape3.8.0对“药物-活性成分-相关靶点”与“蛋白与蛋白相互作用(PPI)”进行可视化展示;用DAVID数据库获得GO富集分析及KEGG通路分析相关数据,用Bioinformatics平台进行可视化展示;最后,用Autodock tools与Autodock Vina两大软件对核心药物活性成分与核心靶点进行分子对接验证,使用Pymol软件对对接结果进行可视化展示。结果:最终得到坤泰胶囊的药物成分80个、潜在靶点蛋白219个,卵巢早衰相关靶点2497个;GO富集分析共得到1012个条目,KEGG通路分析共检索到169条通路;分子对接结果表明,主要药物活性成分能与核心靶点蛋白稳定的结合。结论:坤泰胶囊通过槲皮素、β-谷固醇、山萘酚等药物成分作用于TP53、AK...  相似文献   

4.
目的:基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌活性成分、靶点及分子机制。方法:从TCMSP数据库筛选肝积汤的活性成分及作用靶点,从GeneCard数据库获取肝癌相关靶点,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,采用Bioconductor生物信息软件包进行GO和KEGG富集分析,采用Cytoscape制作“成分-靶点-通路”网络图。结果:从TCMSP中获得肝积汤有效活性成分80种,药效分子靶点249个。与检索到的885个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、血管内皮细胞生长因子A(VEGFA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶-1(AKT1)等15个核心靶点。GO功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应、细胞对氧化应激的反应、对脂多糖反应等;涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物、蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt...  相似文献   

5.
目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分-靶点-通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等;涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。  相似文献   

6.
目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨附子汤治疗颈椎病潜在分子机制。方法:通过检索TCMSP数据库获得每味中药的化学活性成分及作用靶点,通过检索GeneCard、OMIM、DisGeNet等数据库获得颈椎病的相关治疗靶点;通过Venny平台获得核心作用靶点,再利用Metascape对核心作用靶点进行GO功能富集分析,利用KEGG Mapper进行KEGG通路分析,其次借助STRING数据库并结合Cytoscape软件构建附子汤治疗颈椎病的“药物-活性成分-疾病作用靶点”及作用靶点网络与蛋白互作关系。最后检索PDB及PubChem数据库获得小分子和蛋白质结构,利用Autodock Vina软件及PyMOL进行分子对接验证。结果:筛选出药物潜在活性成分38个,药物潜在作用靶点109个,潜在疾病治病靶点976个。其中主要的核心作用靶点是16个。GO功能富集分析获得283个条目,KEGG分析主要涉及NF-κB信号通路、TNF信号通路等55个通路。分子对接提示Fumarine、Stigmasterol、Frutinone A、Beta-sitosterol等与PTGS1、PTGS2靶点具有较强亲...  相似文献   

7.
目的 利用网络药理学方法探讨清胃散治疗牙周炎的机制。方法 通过数据库和文献检索筛选清胃散的活性成分及靶点、牙周炎相关疾病靶点,利用STRING 数据库构建靶点互作用网络,利用Cytoscape 3.8.1软件构建成分-靶点-疾病网络,利用Bioconductor软件包进行关键靶点的基因本体论(Gene Ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果 检索得到25个活性成分及其113个关键靶点;GO功能富集分析得到包括DNA结合转录激活因子、RNA聚合酶Ⅱ、细胞因子受体结合、受体配体活性、泛素样蛋白连接酶结合等在内的129个分子功能条目;KEGG 通路富集分析得到,包括晚期糖基化终产物及其受体(advanced glycation end products/receptor for advanced glycation end products, AGE/RAGE)信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、TNF信号通路、IL-17信号通路、凋亡在内的150条信号通路。结论 清胃散治疗牙周炎的机制具有多靶点、多通路的特点,其中与炎症反应、细胞凋亡最为密切。  相似文献   

8.
目的:采用整合药理学平台分析“独活-桑寄生”治疗膝骨性关节炎(KOA)的作用机制。方法:通过药理学数据库查找出“独活-桑寄生”药对的活性成分及作用靶点,并从数据库平台查找出KOA的疾病靶点,利用软件分析出药对和疾病的交集靶点及其相应的活性成分,构建药物-成分-KOA网络图。基于交集靶点构建蛋白互作网络(PPI),应用平台及软件进行GO和KEGG富集分析,并采用分子对接技术进行验证。结果:筛选出“独活-桑寄生”有效成分11个,作用靶点151个,KOA靶点2 261个,分析得到药物-疾病的交集靶点94个,根据度值排名靠前的为TNF、ILB、AKT1、TP53、MMP9、CASP3等;通过GO分析发现,涉及的范围包括脂多糖、细菌源性分子反应、氧化应激等;KEGG富集分析表明主要涉及AGE-RAGE、TNF和IL-17等信号通路。结论:“独活-桑寄生”药对KOA的治疗作用可能主要通过调节IL6、VEGFA、CCL2等靶点,涉及的通路主要为AGE-RAGE、TNF、IL-17、NF-κB等。  相似文献   

9.
目的:应用网络药理学方法探究益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合的潜在药效作用机制。方法:在TCMSP数据库中获取益气化瘀补肾方的主要化学成分,通过String数据库获取药物作用靶点并在Genecards数据库、OMIM数据库及TTD数据库中获取骨延迟愈合的疾病靶点后使用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-靶点网络,使用拓扑学分析此网络获得核心活性成分,使用String数据库绘制靶点蛋白交互作用网络,使用拓扑学分析此网络获得核心靶点,采取Bioconductor数据库对潜在作用靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析,探讨潜在作用靶点可能具有的生物学功能及通路。结果:从益气化瘀补肾方中筛选出251个活性成分,核心成分56个,治疗延迟愈合的靶点84个,核心靶点24个;GO分析结果显示生物过程1980个、细胞组分60个和分子功能128个,KEGG分析结果显示信号通路133条。结论:本研究初步证实益气化瘀补肾方治疗骨延迟愈合具有多成分、多靶点的特点,为进一步阐释其药理作用机制奠定了理论基础。  相似文献   

10.
目的:运用网络药理学和分子对接研究丹参-莪术治疗癌性厌食(cancer-related anorexia,CA)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库、Uniprot数据库、PharmMapper数据库并结合相关文献筛选出靶点基因,并运用Genecards数据库、OMIM数据库对CA的对应靶点进行获取筛选。使用String数据库构建疾病与药物的交集靶点的蛋白互作网络,并将结果导入cytoscape3.8.2软件进行可视化分析。再将从String数据库得出的交集基因通过Metascape数据库进行GO富集分析和KEGG富集通路分析。采用Autodock软件进行分子对接,并利用pymol软件进行可视化处理。结果:共得到丹参靶点126个、莪术靶点54个,共同靶点25个,CA靶点1893个,疾病与药物交集靶点14个。蛋白互作结果显示MAPK1、ESR1为核心靶点。GO富集分析中生物学过程主要涉及细胞对有机环状化合物的反应、类固醇激素介导的信号通路、类固醇激素反应等;KEGG富集通路主要涉及Estrogen signaling pathway、TNF signaling pathway等。分子对...  相似文献   

11.
目的:通过使用网络药理学方法探讨怀牛膝-菟丝子药治疗高血压肾损伤的潜在作用机制。方法:使用TCMSP、Uniprot数据库分别获取怀牛膝、菟丝子的活性成分和靶点基因,高血压肾损伤的疾病相关靶点是通过GenenCards、Omim数据库获取。在Venny在线工具中获取药物与疾病的交集基因,使用STRING数据库、Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络。通过Metascape数据库和微生信网站获取的数据构建GO和KEGG通路富集分析,建立活性成分-靶点-关键通路网络。结果:在TCMSP数据库中共筛选出怀牛膝、菟丝子符合条件的有24种活性药物成分,活性成分靶点及疾病靶点分别为206、1762个。Venny在线工具中获得了药物和疾病的113个共同基因。PPI网络显示怀牛膝、菟丝子药对发挥重要作用的靶点有:丝裂原活化蛋白激酶1、肿瘤抑制蛋白P53、蛋白激酶B1、肿瘤坏死因子、原癌基因、白细胞介素6等。从GO和KEGG通路富集分析结果中可得到,药物和疾病的交集基因与无机物、氧化应激、化学应激、活性氧、金属离子等分子生物进程关系密切,相关信号通路包括有:癌症的途径、脂质与动脉粥样硬化...  相似文献   

12.
目的:通过网络药理学方法探讨抗病毒颗粒治疗甲型流感的潜在作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库平台(TCMSP)检索抗病毒颗粒中9种药物的有效化合物和作用靶点。利用GeneCards、DisgeNet、TTD和DrugBank数据库获取甲型流感相关靶点,找到抗病毒颗粒治疗甲型流感的潜在作用靶点。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG富集分析。利用STRING和Cytoscape构建中药有效成分-靶点-通路-疾病药理网络并进行可视化展示;进一步构建甲型流感小鼠模型,观察抗病毒颗粒对肺组织病理和小鼠血清白细胞介素-2(IL-2)、IL-10、IL-1β、IL-6水平的影响。结果:筛选得到抗病毒颗粒活性成分74种,作用靶点260个,甲型流感相关靶点1 379个,其中包括IL-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)、IL-10等药物与疾病共同关键靶点30个;获得GO生物过程366条(P<0.05)和KEGG富集信号通路136条,涉及IL-17信号通路、TNF信号通路、Th17信号通路等。体内实验发现,阳性药组(奥司他韦)和抗病毒颗粒组均可显著缓解甲型流感小鼠肺组织损伤程度,能够升高IL-2、IL-10表达水平,抑制IL-1β、IL-6的表达。结论:抗病毒颗粒可以抑制甲型流感小鼠机体过激的免疫炎症反应,其作用机制可能与调控IL-17、TNF、Th17等信号通路有关。  相似文献   

13.
目的 采用网络药理学探究芍药甘草汤治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库、文献挖掘整理芍药甘草汤化学成分;利用GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库收集CAG的相关靶点;利用Venn图筛选交集靶点,由Cytoscape软件构建“活性成分-疾病靶点”网络,由String数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Metascape数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;利用AutoDock软件进行分子对接。结果 筛选出芍药甘草汤有效活性成分103个,与CAG相关靶点76个,重要活性成分包括槲皮素、山奈酚、柚皮素、甘草查尔酮A,核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤抑制因子p53(TP53)、肿瘤坏死因子(TNF)等,KEGG通路主要富集于白细胞介素-17(IL-17)、TNF、缺氧诱导因子1(HIF-1)等通路。分子对接结果显示化合物与关键靶点有较好的结合能力。结论 芍药甘草汤可通过多成分、多靶点、多通路发挥对CAG的治疗作用。  相似文献   

14.
目的:基于网络药理学和分子对接分析丹栀逍遥散治疗失眠障碍的相关成分、靶点及通路,探讨其作用机制.方法:检索TCMSP数据库,获取丹栀逍遥散中各药物的活性成分及其靶点,在UniProt数据库中规范靶点名;在GeneCards、OMIM、TTD3个数据库中检索失眠障碍相关基因,筛选复方与疾病的交集靶点,将其导入String数据库,导出蛋白互作关系,并使用CytoscapeV3.8.0构建疾病-药物-成分-靶点网络和核心蛋白互作网络;利用Metascape平台分别对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将核心成分与核心靶点进行分子对接验证.结果:共获得丹栀逍遥散活性成分102种,对应靶点147个,与失眠障碍交集靶点52个,其中核心成分12种,核心靶点7个;GO富集分析共得762条结果,其中主要涉及神经递质水平调节、肾上腺素受体活性以及突触膜的组成部分等;KEGG通路富集分析共获得61条通路,主要涉及:神经活性配体-受体相互作用通路;分子对接结果显示核心靶点与核心成分均能形成稳定结合.结论:初步获得丹栀逍遥散治疗失眠障碍的关键成分、关键靶点和关键通路,为临床使用和进一步研究提供参考.  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学,探讨半夏泻心汤治疗化疗性肠黏膜炎(CIM)的潜在分子作用机制,为其临床应用及研发提供参考。方法:采用TCMSP数据库检索获取半夏泻心汤的有效活性成分及其潜在的作用靶点,运用GeneCards、OMIM、TTD、Drugbank数据库检索CIM相关靶点,将两者取交集,获得半夏泻心汤治疗CIM的潜在靶点,通过CytoScape 3.6.1软件绘制“半夏泻心汤-活性成分-CIM靶点”网络图,利用STRING 11.0数据库构建交集靶点的蛋白互作网络图,筛选出网络中的关键蛋白。利用DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析。最后,利用PDB平台将半夏泻心汤关键化学成分与核心靶点进行分子对接。结果:筛选共获得275种活性成分,99个半夏泻心汤治疗CIM靶点,富集分析后得到564个GO相关条目,115条相关信号通路。分子对接结果证明,半夏泻心汤主要活性成分与核心靶点EGFR、TNF、IL6具有较好的亲和力。结论:半夏泻心汤可能通过TNF、EGFR、IL6作用靶点发挥治疗CIM的作用,山奈酚、槲皮素、黄芩素可能是其发挥作用的主要活性成分。  相似文献   

16.
目的 探讨网络药理学分析外用应急软膏治疗寻常型银屑病作用机制的价值,为临床提供参考。方法 依托中药药理学平台(TCMSP)筛选外用应急软膏主要药物的活性成分和作用靶点;通过检查人类基因信息数据库(GeneCards)和人类孟德尔遗传研究平台(OMIM)选取疾病作用靶点。以R语言绘制韦恩图;运用STRING平台搭建蛋白互作网络(PPI);构建药物-化合物-靶点-疾病互作网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集通路分析。结果 获得365个化合物和2 201个靶点,并得到99个靶点与寻常型银屑病密切相关,富集分析得到133个GO功能条目和149条KEGG信号通路。结论 外用应急软膏药物活性成分可通过白细胞介素-6(IL-6)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、蛋白激酶B1(AKT1)等多个靶点调节糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)等多条信号通路发挥抑制炎症反应,修复皮肤屏障的作用。  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学探讨止痛消炎膏治疗慢性湿疹的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)、PubChem数据库筛选止痛消炎膏的潜在活性成分[口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18]。采取SwissTargetPrediction数据库预测其作用靶点,与DisGeNET数据库、GeneCards数据库、治疗靶点数据库(TTD)获得慢性湿疹疾病靶点相映射,得到止痛消炎膏治疗慢性湿疹的潜在靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建止痛消炎膏-活性成分-靶点网络图,构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并在R软件中使用Bioconductor生物信息软件包对止痛消炎膏的作用靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果 止痛消炎膏中有186个潜在活性成分,将止痛消炎膏与湿疹作用靶点相匹配,两者取交集后获得药物-疾病共同靶点115个;番泻叶甙、白当归醚、白当归脑、大黄酸、大黄苷、迷迭香酸等可能是止痛消炎膏治疗慢性湿疹的主要活性成分,其作用于TNF、IL-6、AKT1、CXCL8、IL-2、STAT3等靶点,...  相似文献   

18.
目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...  相似文献   

19.
目的 基于网络药理学探讨参芪扶正注射液治疗宫颈癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction、STITCH数据库筛选黄芪、党参中药成分及作用靶点,以GeneCards数据库筛选宫颈癌相关基因靶点,利用Bioinformatics&Evolutionary预测活性成分-宫颈癌共同靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键靶点。采用Metascape在线分析对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 参芪扶正注射液筛选出山奈酚、木犀草素、美迪紫檀素等10个主要成分。经PPI拓扑分析共获得30个宫颈癌与成分关键靶点。GO富集分析结果主要涉及各种酶活性的传导、调节、调控以及各种酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集得到8条主要通路,宫颈癌的治疗与癌症的中枢碳代谢、Th1和Th2细胞分化、trp通道的炎症介质调节等相关。结论 参芪扶正注射液通过多靶点调控多信号通路治疗宫颈癌,为后期研究抗宫颈癌的分子机制提供了依据。  相似文献   

20.
目的:基于网络药理学筛选参竹心康方主要活性化合物,预测参竹心康方在对于慢性心力衰竭治疗中的潜在作用靶点及信号通路,对其作用机制进行研究。方法:主要利用TCMSP平台并结合ETCM数据库检索参竹心康方各中药的化学成分及活性成分作用靶点;通过DisGeNET、DrugBank、OMIM、GeneCards数据库获取慢性心力衰竭的主要靶点;运用Cytoscape软件系统构建“药物-活性成分-靶点”网络及PPI网络,筛选核心靶点。采用Metascape数据平台对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到参竹心康方有效成分158个、药物靶点1688个、慢性心衰靶点1913个,最终获得参竹心康方作用于慢性心衰的关键靶点206个,KEGG通路204条。结论:参竹心康发治疗慢性心衰主要成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、黄芩苷、异鼠李素,关键靶点为AKT1、VEGFA、IL6、TNF、TP53,关键通路涉及PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、cGMP-PKG信号通路等。  相似文献   

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