基于TCGA数据库分析PODNL1基因在肾透明细胞癌中的表达及临床价值

目的 探讨Podocan样1(PODNL1)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达和临床价值.方法 从TCGA数据库下载KIRC患者的PODNL1基因转录本测序数据和临床资料;利用WilCox检验分析比较PODNL1基因在KIRC组织和正常组织样本中的表达;Kaplan-Meier方法分析PODNL1的表达与KIRC患...     

基于TCGA 数据库的肺腺癌自噬基因预后模型的建立与应用

摘要 ：目的 利用 TCGA 数据库建立预测肺腺癌预后的自噬相关基因预后模型。 方法 通过 R 语言软件筛选出 TCGA 数据库中肺腺癌样本及癌旁样本中差异表达的自噬基因,探讨其潜在功能。R（v 3.6.1）筛选预后相关的自噬基因（ATG）,计算各样本的风险值（RS）并构建预后模型,进一步探讨RS与生存关系。同时验证ATG与对临床信息的相关性。结果 共筛选出 9个表达差异ATG（RAC1、SQSTM1、CD46、NRG3、IKBKB、VMP1、WIPI1、FKBP1B、IKBKB）。Kaplan-Meier 生存分析证实,高RS的LUAD患者总体生存率明显缩短 （p<0.05）。Cox 回归分析显示RS是肺腺癌患者独立预后因素（p<0.05）。结论 RS可用于预测肺腺癌细胞癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。     

基于TCGA数据库的肝细胞癌自噬相关基因预后风险模型的建立

目的 基于自噬相关基因(ATGs)构建肝细胞癌病人预后风险模型.方法 TCGA数据库下载374例肝细胞癌及50例正常肝组织的转录组数据和临床信息,首先筛选出差异表达基因(DEGs),然后从中筛选出差异表达的ATGs(DEATGs),最终利用单因素Cox回归分析、LASSO回归分析以及多因素Cox回归分析构建预后风险模型...     

CENPW基因在肾透明细胞癌中的表达特征及预后评估价值

目的 分析着丝粒蛋白W(CENPW)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达特征及预后评估价值。方法从TCGA数据库获取KIRC患者的CENPW基因表达转录本测序数据和临床资料;使用Wilcoxon rank sum检验和Wilcoxon signed rank检验分析CENPW基因在KIRC正常组织和肿瘤组织中的表达;运用Kaplan-Meier方法分析CENPW基因的表达与KIRC患者总体生存率关系;通过Kruskal-Wallis检验和Wilcoxon rank sum检验分析CENPW基因表达与KIRC患者临床病理参数的关系;采用COX回归分析CENPW基因表达水平在KIRC预后中的价值;RT-qPCR检测CENPW基因mRNA在KIRC细胞系和正常肾上皮细胞系表达差异。结果 与正常肾组织相比,CENPW基因在KIRC组织中高表达(P<0.001);在KIRC组织中CENPW基因高表达组的总体生存率明显低于低表达组(P<0.001),且其表达水平与肿瘤分级、临床分期、病理T分期、病理N分期、病理M分期均显著相关(P<0.001);COX回归分析提示CENPW基因...     

m5C甲基化相关基因预测肾透明细胞癌的预后

目的：利用肿瘤基因组图谱(the Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中的数据,构建m5C甲基化相关基因组成的生存预后模型,分析与肾透明细胞癌生存有关的独立预后影响因素以预测肾透明细胞癌患者的预后。方法：从TCGA数据库下载肾透明细胞癌患者资料,从已发表的文献中获取m5C甲基化相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的表达差异。对这些基因进行共识聚类分析以揭示m5C甲基化相关基因与肾透明细胞癌预后之间的关系。通过单变量Cox分析和Lasso?Cox回归分析构建出生存预后模型并分析与肾透明细胞癌相关的预后影响因素,GO和KEGG富集分析进一步探索生物功能和潜在的信号通路。通过qRT?PCR验证m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌细胞系及组织和正常肾细胞系及组织之间的差异表达。 结果：m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间存在差异性表达。共识聚类分析结果显示亚群1的肾透明细胞癌患者预后优于亚群2。构建的生存预后模型将肾透明细胞癌分为高风险组和低风险组,单变量和多变量Cox分析显示分级和分期可能是肾透明细胞癌的独立预后因素,而GO和KEGG分析显示m5C?RNA甲基化修饰可影响肾透明细胞癌的进展。 此外,qRT?PCR实验也证实m5C甲基化相关基因在肾透明细胞癌肿瘤组和正常组之间表达存在差异。结论：本文构建的m5C 甲基化相关基因的生存预后模型可以预测肾透明细胞癌患者的预后。     

基于TCGA数据库的肾透明细胞癌miRNA预后模型的构建及蛋白互作网络分析

目的：通过微小RNA(microRNA,miRNA)预后模型筛选肾癌高危人群并进行早期干预治疗,以提高患者的生存率。方法：基于癌症基因图谱（The Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库,通过风险生存曲线、受试者工作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线及生存状态图对模型进行评价并对风险评分进行独立预后分析,筛选肾透明细胞癌预后相关的miRNA,建立预后风险模型。结果：(1)从TCGA数据库初步筛选3 613个差异性表达的m RNA和49个差异表达的miRNA。(2)通过单、多因素Cox回归分析筛选出3个与预后相关的miRNA构建风险预后模型,并且Train组、Test组和所有样品的高低风险组存在明显生存差异;3组样本1、3、5年生存分析的ROC曲线下面积均接近或大于0.70,风险评分可以作为独立预后因子。(3)在GO富集分析中,主要富集在肾单位的发育、突触后密度及离子跨膜转运蛋白活性等;而在KEGG富集分析中,主要参与其他类型的O-聚糖生物合成、N-聚糖生物合成等通路。结论：基于TCGA数据库构建的3个miRNA风险预...     

基于铁死亡相关基因构建头颈部鳞状细胞癌的预后预测模型并验证

目的 构建基于铁死亡相关基因(ferroptosis-related genes, FRGs)的头颈部鳞状细胞癌(head and neck squamous cell carcinoma, HNSCC)预后预测模型并验证。方法 从TCGA和GEO数据库下载HNSCC RNA-seq数据及相关临床数据,分别作为训练队列和验证队列。从FerrDb网站提取共259个FRGs。利用单因素COX回归分析在训练队列中筛选与HNSCC患者预后有关的FRGs(P<0.01)。利用Lasso COX回归分析构建预后预测模型,并根据风险评分公式计算各临床样本的风险系数,然后使用Kaplan-Meier生存曲线和时间依赖性受试者操作特征(time-dependent receiver operating characteristic, time ROC)曲线评估该模型效能。同理,验证该模型在验证队列中的可行性和可重复性。最后采用单因素及多因素COX回归分析对该预后预测模型进行独立预后分析。结果 训练队列中与HNSCC患者预后显著相关的FRGs共有12个,在此基础之上利用Lasso COX回归算法构建...     

基于TCGA数据库的食管鳞癌代谢相关基因预后风险模型的建立

目的：探索影响食管鳞状细胞癌(ESCC)患者预后的代谢相关基因,构建ESCC患者的预后风险模型。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载食管癌的转录组数据和临床病例资料。从转录组数据中提取出代谢相关基因的数据,筛选ESCC组织和正常组织中差异表达的代谢基因。运用单因素COX分析、Lasso回归分析、多因素COX分析构建预后风险模型,并用受试者工作特征(ROC)曲线评估代谢相关基因预后模型的预测能力,并对高低风险组进行GSEA分析。结果：肿瘤组和对照组共存在280个差异表达的代谢相关基因,其中乙醛脱氢酶1A1(ALDH1A1)、黑酸1,2-二加氧酶(HGD)以及DNA引物酶多肽1(PRIM1)与ESCC的预后相关。Kaplan-Meier分析显示,相较于低风险组,高风险组的总体生存期降低(P<0.01)。ROC曲线分析及多因素COX回归分析表明,该预后模型具有良好的预测效能[曲线下面积(AUC)=0.741],可以作为一个独立的预后因素(HR=11.66,P<0.001)。结论：基于代谢相关基因构建的预后风险模型可以作为ESCC患者的预后因素,为寻找新的食管癌治疗靶点提供...     

LINC00460在肾透明细胞癌中的表达及其临床意义

目的：探讨LINC00460在人ccRCC中表达的临床意义。方法：通过TCGA数据库下载611例人 ccRCC的转录组数据以及相应的患者的临床信息,然后提取LINC00460在人ccRCC中的表达谱数据。分析 LINC00460在人ccRCC以及癌旁组织中的表达,并进一步分析其与患者的临床病理学参数及预后的相关性。 结果：ccRCC组织中LINC00460表达水平均较癌旁组织明显升高,差异有统计学意义（ P ＜0.05）。结合患 者临床病理学相关参数分析显示,LINC00460高表达与更高的病理学分期（I/II期vs.III/IV期, OR =2.82, 95% CI =1.96～4.07, P ＜0.001）、T分期（T1/2vs.T3/4, OR =2.65,95% CI =1.84～3.84, P ＜0.001）、N分期 （N0vs.N1, OR =7.80,95% CI =2.12～50.40, P =0.007）、M分期（M0vs.M1, OR =3.22,95% CI =1.91～5.61,P ＜0.001）和组织学分级（G1/2vs.G3/4, OR =2.08,95% CI =1.46～2.95, P ＜0.001）相关。Cox回归分析 显示,LINC00460是影响患者总生存预后的独立因素（ HR =1.05,95% CI =1.01～1.10, P =0.010）。结论：人 ccRCC组织中LINC00460的表达水平较癌旁组织明显升高,其高表达与患者的总生存预后更差相关,因此, LINC00460可能是预测肾癌患者预后的生物标志物。     

基于数据库分析CCR基因对肾透明细胞癌预后的预测价值

目的 利用信息库资料探讨趋化因子受体家族对肾透明细胞癌(ccRCC)预后的预测价值。方法 下载并分析癌症基因组图谱(TCGA)的基因表达数据,筛选CC趋化因子受体(CCR)亚基因家族在正常组织与ccRCC组织中的差异表达基因。采用COX回归分析构建预后模型并进行相关功能学分析。结果 从TCGA数据库下载包括539例ccRCC组织和72例正常组织的基因转录组数据,筛选出11个差异表达的CCR家族基因。通过多因素Cox回归分析得到2个(CCR3与CCR10)与ccRCC预后相关的CCR基因,并以此构建预后模型。根据模型风险评分的中位值将训练集样本分为高风险组(n=184)与低风险组(n=197)。Kaplan-Meier生存分析结果显示,低风险组总生存率高于高风险组,差异有统计学意义(P<0.001)。结论 本研究构建的CCR基因预后模型可较好地评估ccRCC患者的预后并指导其个体化治疗。     

基于TCGA数据库的胰腺癌临床预后风险模型的构建与药物筛选

目的：基于基于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库构建胰腺癌预后风险模型和筛选候选药物。方法：通过TCGA数据库下载胰腺癌转录组和临床数据，通过R软件进行加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)、预后风险模型的构建、差异分析、Kaplan-Meier法生存分析、风险分析和临床相关性分析。通过受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve，ROC曲线)的曲线下面积(area under curve，AUC)和多因素cox回归分析判断模型准确性和独立性，最后运用CMAP平台进行胰腺癌药物的筛选。结果：下载得到胰腺癌转录组数据182例和临床数据185例，数据合并交集后纳入病例样本177例。WGCNA分析筛选模块基因为“MEgreen（P=0.04<0.05）”；通过单因素cox回归分析得到28个预后相关免疫基因和70个预后相关的lncRNA，进一步用Lasso回归和多因素cox回归分析进行预后风险模型构建。模型评价显示该模型可区分高低风险组的患者，高风险的患者较低风险预后较差（P<0.05）。训练组和验证组ROC曲线下面积（AUC）显示该模型具有一定的准确性。多因素cox回归分析显示风险得分可作为胰腺癌独立预后因子（P<0.05）。临床相关性分析显示年龄、性别、Grade、Stage、M和N期等临床性状在高低风险组之间无明显差异（P>0.05），T期在高低风险组之间具有明显差异（P=0.0215<0.05）。利用CMAP平台筛选出前5抑制胰腺癌高风险基因表达的药物中，HDAC抑制剂2种，FLT3抑制剂、种VEGFR抑制剂与细菌细胞壁合成抑制剂各1种。结论：根据TCGA患者生存数据和表达谱，结合基因库获得胰腺癌预后相关免疫基因和lncRNA构建的预后风险模型能作为胰腺癌预后判断的新指标。     

基于定量影像学生物标志物构建肾透明细胞癌术前精准分级预测模型的可行性

目的：探讨利用CT影像组学技术筛选定量影像学生物标志物进而构建肾透明细胞癌术前WHO/ISUP分级精准预测模型的可行性。方法：回顾性收集2010年1月至2019年10月在丽水市中心医院经手术病理证实且病理分级明确的肾透明细胞癌（ccRCC）患者72例,其中高分化组（I+II级）52例,低分化组（III+IV级）20例。收集入组患者的术前皮髓期CT图像进行影像组学分析筛选影像学生物标志物进而训练预测模型。首先利用ITK-SNAP软件在皮髓期图像手动逐层勾画靶病灶（最大病灶）边缘融合成全病灶三维感兴趣区（VOI）,随后利用A.K软件提取纹理参数,并基于R语言筛选特征性纹理参数作为影像学生物标志物,进一步基于上述纹理参数计算各个患者的Rad-score,最终构建ccRCC精准分级预测模型。结果：本研究共提取出396 个纹理特征,并利用Lasso降维联合10倍交叉验证法筛选出了皮髓期CT图像的5个特征性纹理参数作为预测生物标志物,分别为均方根、峰度、相关性、熵、惯性,并计算得到了各个患者相对应的Rad-score。基于Radscore构建ccRCC术前分级预测模型,其曲线下面积为0.891（95%CI =0.797～0.952）,敏感度和特异度分别为84.6%和85.3%。结论：基于皮髓期CT图像的影像组学技术构建的术前ccRCC精准分级预测模型具有较高的准确度、特异度和敏感度,利用该方法进行分级预判是可行的。     

基于癌症基因组图谱数据库结直肠癌免疫细胞浸润预测模型的建立

目的: 研究结直肠癌组织的免疫细胞浸润与临床预后之间的相关性。方法: 从癌症基因组图谱(the can-cer genome atlas,TCGA)中提取结直肠癌数据,基于反卷积算法(CIBERSORT)分析评估结直肠癌组织中22种肿瘤浸润性免疫细胞(tumor-infiltrating immune cells,TIICs)的浸润模式,以确定不同TIICs表达程度与5年生存率之间的关联。使用条形图展示结直肠癌样本中TIICs比例,绘制矩阵图分析不同TIICs之间的相关性。结果: 共从 TCGA数据库中提取了473例结直肠癌组织和41个正常对照组织,对比分析表明,结直肠癌组织中各种TIICs比例存在差异。在研究的细胞亚群中,结直肠癌组织中M0、M1和M2巨噬细胞和单核细胞的比例相对较高,而B细胞和中性粒细胞的比例相对较低。TIICs的比例与患者的TNM分期及临床分级显著相关:静息NK细胞、CD8⁺T细胞、浆细胞与T期相关,活化树突状细胞与N期相关,嗜酸性粒细胞、M1巨噬细胞及活化肥大细胞与M期相关,M1巨噬细胞和单核细胞与临床分级相关。生存分析结果显示,活化的树突状细胞与结直肠癌患者的5年生存率呈正相关,幼稚CD4⁺T细胞与5年生存率呈负相关。结论: 分析结直肠癌患者肿瘤组织TIICs亚群比例具有潜在的临床预后价值,可通过其识别可能从化疗中受益的患者,并预测新药的可能靶点。     

染色质调节因子相关的lncRNA肾透明细胞癌预后模型的构建和验证

目的 构建染色质调节因子（CR）相关长链非编码RNA（lncRNA）的肾透明细胞癌（ccRCC）预后模型,提高ccRCC的预后管理。 方法 从TCGA数据库下载ccRCC的转录组数据和临床数据,并通过“caret”R包将ccRCC样本以7∶3的比例分为训练集（166例）和验证集（71例）。基于“DESeq2”R包筛选出差异表达的CR及相关的lncRNA。构建CR与lncRNA的共表达网络,并筛选出相关系数|rs|＞0.3且P＜0.05的差异lncRNA。利用单因素Cox、Lasso和多因素逐步Cox回归分析,构建CR相关的lncRNA预后模型。计算训练集和验证集样本的风险评分,根据风险评分的中位数将ccRCC患者分为高、低风险组。K-M曲线和受试者操作特征（ROC）曲线评价模型,单因素和多因素Cox回归分析评估风险评分的独立预测性能。“DynNom”和“shiny”R包开发在线预测工具。单样本基因集富集分析探索风险评分与免疫微环境及免疫检查点的关系。 结果 本研究最终纳入237个肿瘤样本和72个癌旁正常组织样本,鉴定了1 025个CR相关的lncRNA,最终筛选得到7个CR相关lncRNA（DUXAP8、AC026462.3、LINC01460、AL592494.1、AL353804.2、AC012462.1、AC009518.1）构建预后模型,并将其开发成在线工具（https://xzlmodelshiny.shinyapps.io/DynNomapp/）。高危组患者的生存率低于低危组（P＜0.05）,ROC曲线表明模型预测效能较好,单因素分析和多因素分析中风险评分的HR值分别为4.058（95%CI：2.530~6.508,P＜0.001）和3.096（95%CI：1.887~5.080,P＜0.001）。高风险组MDSC和Tregs细胞等免疫抑制细胞的浸润比例高于低风险组,趋化因子、免疫检查点及副炎症等通路的富集水平高于低风险组（P＜0.05）。此外,风险评分与免疫检查点TNFRSF25和TNFSF14呈正相关（r＞0.3,P＜0.05）。 结论 本研究构建的CR相关的lncRNA风险模型可独立有效地预测ccRCC患者的预后。     

基于SEER数据库的胰腺胶样癌生存预测模型的构建与验证

目的：明确影响胰腺胶样癌（colloid carcinoma,CC）患者预后的危险因素,构建临床预后模型,对患者生存预后进行评估。方法：选取美国国家癌症研究所监测、流行病学和最终结果（Surveillance,Epidemiology,and End Results,SEER）数据库中510例患者,将其分为训练集和验证集,并根据训练集的临床变量构建预后模型,以预测CC患者在1、3、5年的癌症特异性生存率的概率值,而后用验证集验证训练集筛选出的变量及校准预测模型。结果：利用SEER数据库筛选CC患者预后的影响因素,包括肿瘤分级、检出淋巴结数量、是否手术、T分期、是否转移,并根据以上影响因素构建了临床预后模型。受试者特征曲线及曲线下面积值表明本预测模型具有较高的准确性。校正曲线显示模型预测的生存率与实际生存率相近。结论：本研究构建出CC患者的临床预后模型,并利用此模型对患者的生存预后进行了有效评估,填补了这种罕见肿瘤预后研究的空白,为临床医生评估CC患者预后提供了一项有力依据。     

基于TCGA数据库分析HPRT1在口腔鳞状细胞癌中的表达及意义

目的:探讨次黄嘌呤磷酸核糖基转移酶1(HPRT1)在口腔鳞状细胞癌(OSCC)中的表达及功能.方法:下载TCGA数据库中的OSCC转录样本(n=394),包括癌症组织(n=362)及正常组织(n=32),以及381例临床数据.分析HPRT1的表达与OSCC预后的关系.利用基因集富集分析探讨HPRT1在OSCC中可能的作...     

利用TCGA数据库分析MED19基因在肝癌中的表达及临床意义

目的：探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。方法：基于TCGA数据库收集相关数据,挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。比较MED19在免疫分型中的表达差异,并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。通过Kaplan-Meier法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)并且筛选差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨MED19的表达对其他基因集的影响。利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。结果：在肿瘤组织中MED19的表达增加(W=1 422,P<0.001),且MED19表达量与临床分期(stageⅡvs. stage I:W=5 828,P<0.01,stageⅢvs. stage I,W=5707,P<0.01)、病理分级(G3 vs. G1:W=2 656,P<0.05)和T分期(T2 vs. T1:W=6 485,P<0.01,T3 vs. T1:W=5 75...     

肾透明细胞癌患者预后危险因素分析

目的 探讨术前纤维蛋白原和血小板计数在预测肾透明细胞癌患者(CCRCC)预后中的价值.方法 回顾性分析我院2005年1月至2015年1月行手术治疗的300例非转移性CCRCC患者的临床资料.应用Kaplan-Meier法和Log-rank检验进行单因素生存分析,比较患者临床病理特征与肿瘤特异性生存(CSS)和无复发生存...