Association of interleukin-6 gene polymorphisms with bone mineral density in Mexican women

BACKGROUND: The interleukin-6 gene (IL-6) stimulates osteoclast development; therefore, it has been implicated in osteoporosis. In this study, the association of osteoporosis with three IL-6 gene markers (a CA dinucleotide repeat and two single nucleotide polymorphisms [SNPs]: G-174C and G-572C) was tested in the Mexican population. METHODS: Population sample was comprised of 70 osteoporotic women, 70 non-osteoporotic women, and 500 subjects from the general population who were genotyped for the IL-6 markers. SNPs were analyzed by real-time PCR using the 5' exonuclease assay, whereas the CA dinucleotide polymorphism was evaluated by PCR and capillary electrophoresis. The allele-phenotype relationship was analyzed with the statistical method STRAT that considered population stratification and the results were adjusted with potential confounders for osteoporosis by a longitudinal multivariate model. RESULTS: We found that the C allele of the G-174C SNP and the A3 allele of the CA polymorphism are associated with increased bone mineral density (BMD) (p<0.0001), whereas the G-572C SNP is not (p=0.19). In concordance, subjects heterozygous for the A3 allele have higher BMD and T score average values (90.75% and -0.87, respectively) than those who did not present any A3 allele (81.4% and -1.45, respectively). Likewise, subjects with the CC genotype of the G-174 SNP have higher BMD (96.5%) and T score average value (-0.33) than those bearing the CG or GG genotype (lumbar BMD, 88.5 and 79.98%, respectively; T score: -1.07 and -1.75, respectively). CONCLUSIONS: The CA repeat and the G-174C SNP of the IL-6 gene may become useful markers for osteoporosis in the Mexican population.     

Endoglin基因多态性与脑卒中的相关性

目的 探讨中国人群中Endoglin基因单核苷酸多态性和插入/缺失多态性与脑卒中之间的相关性.方法 采用多中心大规模病例-对照关联研究.(1)入选来自7个临床中心的1414例病例(其中脑梗死629例、脑出血376例、腔隙性脑梗死409例)与1376例对照,采用聚合酶链式反应和限制性片段长度多态性方法分析Endoglin基因C1096G多态性在病例组和对照组的频率分布,并分析其与脑卒中的关系;(2)采用聚合酶链式反应和聚丙烯酰氨凝胶电泳的方法分析Endoglin基因第7内含子5'TCCCCC3'插入/缺失多态性.结果 (1)Endoglin基因1096位点G等位基因在病例组和对照组的频率分别为13.5%和13.3%,两组间差异无统计学意义(x2=0.827,P=0.363).基因型频率分布差异亦无统计学意义.(2)中国人群中存在Endoglin基因第7内含子插入/缺失多态性,该多态性的频率仅为0.003.结论 中国人群中Endoglin基因1096碱基处G/G等位基因多态性和第7内含子5'TCCCCC3'的插入/缺失多态性不是脑卒中的影响因子.     

广东汉族人群CD40基因多态性与Graves病的相关性

目的 探讨CD40基因5' 非翻译区(5'uTR)-1位点的C/T单核苷酸多态性(SNP)与广东汉族人群Graves病(GD)的易感相关性.方法 采用病例一对照研究方法 ,对119例内分泌科门诊和住院GD患者和103例正常对照者进行研究.应用聚合酶链反应一限制性内切酶片段长度多态性(PCR-RFLP)技术测定CD40基因5'UTR_1位点的C/T单核苷酸多态性,计算基因型及等位基因频率.结果 CD40基因5'UTR_1位点的基因型频率在GD组和对照组中的分布差异有显著性(x2=14.152,P=0.010),GD组的CC基因型频率明显高于对照组(47.9% vs 24.3%,OR值=2.870,95%CI为1.612-5.105,P=0.000),TT 基因型频率明显低于对照组(16.0%vs 29.1%,OR值=0.462,95%CI为0.242-0.885,P=0.018),GD组的C等位基因频率明显高于对照组(66.0%vs 47.6%,OR值=2.136,95%CI为1.456～3.133,P=0.004).结论 CD40基因5'UTR_ 1位点的C等位基因多态性可能与广东地区汉族Graves病发病相关.     

人原发性肝癌胰岛素样生长因子2和H19基因印迹研究

目的 研究人原发性肝癌中胰岛素样生长因子2(insulin-like growth factor Ⅱ,IGF2)和H19基因的印迹状态,为进一步研究印迹调控机制打下基础.方法 采用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)筛选IGF2和H19基因杂合标本,并用逆转录PCR-RFLP检测杂合标本IGF2和H19基因的印迹状态.结论 正常人肝组织中,IGF2呈双等位基因表达,H19呈单等位基因表达;47.1%(8/17)的肝癌标本中检测到IGF2基因的印迹获得,45.5%(5/10)的肝癌标本中检测到H19基因的印迹丢失;IGF2和H19的印迹改变没有相关性.结论 IGF2和H19的印迹异常与肝癌有关,成人肝组织中IGF2与H19的印迹调控可能相对独立.     

中国人群中肾上腺素α2A受体基因SNP的分布及其对基因表达的影响

目的：在中国人群肾上腺素α2A受体(α2A-AR)基因中搜寻单核苷酸多态性(SNP)并研究其对基因表达的影响。方法：对α2A-AR基因进行序列分析，搜寻SNP。从全血中提取基因组DNA，扩增包含G／C多态性位点的239bpDNA片段。利用PCR-RFLP方法对中国北方人群α2A-AR基因-1296bp位点SNP进行基因分型。利用凝胶阻滞方法研究含G／C的390bp DNA片段与细胞核提取物的结合。结果：在中国北方人群α2A-AR基因中共发现2处SNP。-1296位SNP等位基因G、C频率分别为0．61和0．39，基因型GC,，C,C，CC频率分别为0．34，0．54，0．13。EMSA结果表明，细胞核提取物与-1296bp为C的DNA片段可特异性结合。结论：中国北方人群啦α2A-AR基因中存在2处SNP，调控区(-1296位)SNP等位基因为C的DNA片段可与特异性蛋白质结合，可能通过这一机制影响基因表达。     

IL-10基因多态性与冠状动脉疾病相关性研究

目的 探讨白细胞介素-10(IL-10)基因启动子区-1082位点多态性与冠状动脉疾病(CAD)相关性及其对血清IL-10水平的影响.方法 采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析法(PCR-RFLP)检测50例CAD患者、60例健康对照者基因组DNA IL-10基因启动子区域-1082位点的基因多态性,并进行相关性分析.用双抗体夹心ELISA法测定血清IL-10水平.结果 CAD组血清IL-10水平显著低于健康对照组(P＜0.05).CAD组和健康对照组IL-10-1082A/G基因型和等位基因频率比较,差异有显著性意义.等位基因频率的相对风险分析显示,A等位基因携带者患CAD的相对风险是G等位基因的2.827倍.携带A等位基因的CAD患者血清IL-10水平显著低于非携带者.结论 IL-10基因启动子-1082位点多态性影响血清IL-10水平并可能与CAD的临床发展过程相关,其中A等位基因可能是CAD发病的遗传易感基因.     

中国汉族人群2型糖尿病30个候选基因相关性分析

目的鉴定中国汉族人群2型糖尿病易感基因。方法对30个候选基因进行单核苷酸多态性(SNP)的发现、基因分型,并进行单倍型构建。对群体资料的SNP和单倍型数据进行病例-对照研究,并在77个trio家系中进行传递不平衡检验(TDT)。应用报告基因法对1个阳性SNP位点rs5210的基因表达调控作用进行分析。结果KCNJ11基因的几个SNP位点与中国汉族人群2型糖尿病相关,其中rs5219的等位基因频率,rs5210、rs2285676和rs5219的基因型频率,以及由rs5219和rs5215构成的单倍型GA的频率,在病例组和对照组间差异具有显著性(P<0·05),单倍型GA的TDT检验也具有统计学差异(P<0·05)。报告基因分析显示rs5210两个等位基因的基因表达调控作用差异具有显著性(P<0·05)。结论KCNJ11基因是中国汉族人群2型糖尿病易感基因之一。     

钙蛋白酶10基因多态性与汉族人2型糖尿病遗传易感性的相关性研究

目的:探讨钙蛋白酶基因(Calpain-10,CAPN-10)单核苷酸多态性SNP43、SNP19与2型糖尿病(T2DM)遗传易感性的关系。方法:采用随机病例-对照研究(Case-Control)设计,从2型糖尿病患者外周血有核细胞中提取基因组DNA,用聚合酶链反应(PCR)、限制性片断长度多态(RFLP)等分子遗传学方法,在随机抽取的100例2型糖尿病患者和97例无糖尿病家族史的健康对照中检测多态性候选基因;通过Case-Control比较,统计分析这些基因多态性在2型糖尿病人群和正常人群中的分布特点及这些基因多态性与安徽省铜陵地区人群中2型糖尿病的关联性。结果:①同对照组相比,SNP43的G等位基因频率在2型糖尿病人群中显著升高(82.0%vs72.2%,P<0.05).GG基因型频率(73.0%)也显著高于对照组(55.6%)。G等位基因和GG基因型在两组中差异具有统计学意义(P<0.05)。②SNP19基因频率在上述两组中的频率分布无显著差异,但是其等位基因频率在两组中频率分布却呈显著性差异(P<0.05)。结论:①Calpain-10基因SNP43位点G等位基因直接或间接与汉族人2型糖尿病的遗传易感性相关。②未发现CAPN-10基因SNP19多态性与2型糖尿病遗传易感性相关,但是SNP19等位基因Allele1和Allele2却显示可能直接或间接决定2型糖尿病的遗传易感性。     

BRD7基因在急性白血病细胞中的表达及SNP分析

目的:探讨BRD7基因在急性白血病(AL)患者骨髓单个核细胞(BMNCs)中的表达水平及单核苷酸多态性(SNP)分布.方法:采用半定量RT-PCR方法检测52例AL患者及30例非恶性血液病对照的BMNCs BRD7基因的表达水平,并应用单链构象多态性加直接测序法检测BRD7基因点突变或SNP,分析BRD7基因与AL的相关性.结果:在52例AL患者和30例对照组患者中均存在BRD7基因表达.急性淋巴细胞白血病(ALL)患者和急性非淋巴细胞白血病(ANLL)患者BRD7 mRNA的相对表达量均高于对照组(P＝0.001;P＝0.037).BRD7基因编码区(447～844 bp)存在3个cSNPs,即C657A,C495T和A737G,其中C495T和A737G偶联发生.C657A多态性的基因频率在AL组和对照中差异无统计学意义.两个偶联的SNPs等位基因频率及基因型频率在AL组和对照中差异存在统计学意义(P＜0.01);但在AL组中3种基因型之间BRD7 mRNA的表达差异无统计学意义(P＞0.05).结论:BRD7基因在急性白血病患者细胞中表达上调.BRD7基因编码区(447～844 bp)2个偶联SNPs (C495T和A737G)与AL存在相关性,可能是AL的遗传易感因子之一.     

宁夏回族人群脂联素水平及基因单核苷酸多态性与冠心病相关性研究

目的探讨宁夏回族人群血浆脂联素(APN)水平及其单核苷酸基因多态性(SNP45T/G和SNP276G/T)两个位点与冠心病(CHD)之间的关系。方法将193例回族研究对象根据造影结果和临床资料分为2组:CHD组95例和正常对照组98例;应用酶联免疫吸附法及聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,检测回族正常对照组及CHD组血浆APN水平及APN2个位点基因多态性。结果回族CHD组APN水平降低;回族CHD组SNP+45TG+GG基因型和G等位基因的分布频率明显高于正常对照组,回族CHD组SNP+276TG+TT基因型和T等位基因的分布频率明显高于正常组,差异均有统计学意义(P<0.05)。回族SNP+45TG+GG基因型血浆APN水平低于TT基因型者,回族SNP+276TT+TG基因型APN水平低于GG基因型,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论回族CHD组APN水平降低;回族CHD组SNP+45TG+GG基因型和G等位基因的分布频率明显高于正常对照组;回族CHD组SNP+276TG+TT基因型和T等位基因的分布频率高于正常组。     

PLUNC基因编码区单核苷酸多态位点G14595T与鼻咽癌的相关研究

目的检查腭、肺及鼻咽上皮克隆（PLUNC）基因编码区单核苷酸多态（SNP）位点G14595T与广东地区鼻咽癌易感性有无明显关联。方法用直接测序的方法检测基因编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区,确定SNP位置和类型。用聚合酶链式反应一限制性酶切片段长度多态性（PER-RFLP）结合测序方法对编码区多态性位点G14595T在广东地区239例鼻咽癌患者和286例对照人群中进行相关性分析。结果通过测序共获取9个SNP;其中8个SNP位点之间均呈高度连锁不平衡;3个SNP位点可以作为htSNP;编码区多态位点G14595T在239例鼻咽癌患者和286例对照人群中等位基因型频率差别很小。结论PLUNC基因编码区多态位点G14595T在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,这说明该位点与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。     

抑癌基因DCC在肺癌中的表达及杂合性丢失

为探讨结肠癌制失基因与肺癌发病的关系，利用半定量的逆转录聚合酶链反应结合Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交分析了７例肺癌患者癌组织及正常肺组织中ＤＣＣ基因ｍＲＮＡ的表达，发现４例肿瘤组织中ＤＣＣ基因表达明显低于对照肺组织。     

基因组印记与基因组印记病

基因组印记(又称遗传印记)是指基因根据亲代的不同而有不同的表达。印记基因的存在能导致细胞中两个等位基因的一个表达而另一个不表达。基因组印记是一正常过程,此现象在一些低等动物和植物中已发现多年。印记的基因只占人类基因组中的少数,可能不超过5%,但在胎儿的生长和行为发育中起着至关重要的作用。基因组印记病主要表现为过度生长、生长迟缓、智力障碍、行为异常。目前在肿瘤的研究中认为印记缺失是引起肿瘤最常见的遗传学因素之一。本文就基因组印记及基因组印记病进行综述。     

人醇脱氢酶ADH1B*2等位基因的克隆与序列分析

目的克隆人醇脱氢酶ADH1B*2等位基因,并对克隆序列进行序列分析。方法用RT-PCR法获得ADH1B基因的cDNA,然后用双酶切得到目的基因并定向克隆到pUC19载体上。经蓝白筛选后,用限制性酶谱和DNA测序以及BLAST比对分析鉴定,并用SNPBLAST比对分析和查询dbSNP数据库,分析所克隆序列的单核苷酸多态性。结果证实所克隆序列为ADH1B*2等位基因。提示ADH1B*2等位基因有2个位点存在单核苷酸多态性。结论成功克隆了ADH1B*2等位基因,并进行了SNP分析。     

2型糖尿病家系脂联素基因多态性研究

目的:研究脂联素(adiponectin)APM1基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与2型糖尿病的关联性.方法:应用聚合酶链反应-限制性内切酶片段长度多态性技术,选择3个APM1基因SPNs位点:-11377C＞G、 45T＞G和 276G＞T,对75个2型糖尿病家系(337例)进行基因分型,并以Genehunter软件分析单个SNP在家系中传递不平衡(transmission-disequilibrium,TDT)情况和多个SNPs所构成的单倍型传递情况,同时进行人体测量学、血糖、血脂等临床参数的检测.结果:(1)经TDT分析,未发现APM1基因SNPs单个位点在2型糖尿病患病子代中优势传递;(2)所检测的3个SNPs所构成的单倍型在患病子代中未见优势传递;(3)对-11377C＞G位点不同基因型生理、生化指标分析:在糖代谢异常组,GG基因型体质量指数(BMI)、腰围(WC)明显高于CC基因型(P=0.032,P=0.030);G等位基因携带者HDL-C水平低于CC基因型(P=0.006),而空腹胰岛素(FINS)水平高于CC基因型(P=0.011);在家系正常对照组,G等位基因携带者FINS水平明显低于CC基因型(P=0.021);(4)对 45T＞G多态性的分析:在糖代谢异常组,GG基因型BMI明显高于TT基因型(P=0.036),而FINS水平明显低于TT基因型(P=0.014);(5)对 276G＞T多态性的研究:在家系正常组,T等位基因携带者的BMI明显低于GG基因型(P=0.043).结论:未发现APM1基因3个多态性位点与2型糖尿病存在相关性.但APM1基因对胰岛B细胞功能、肥胖可能有一定影响.     

CRP基因rs1205位点单核苷酸多态性与支原体肺炎发病风险及严重程度相关性

正肺炎支原体是一种附着于纤毛上皮细胞并在呼吸道黏膜中破坏它们的微生物,可引发各种严重程度的疾病,从轻度上呼吸道感染到严重的非典型肺炎[1]。在肺炎支原体感染的免疫应答过程中,遗传多态性的作用不容忽视,特定基因可能影响肺炎支原体的易感性[2-3]。遗传多态性与肺炎支原体感染之间的关系越来越受到公众的关注。CRP是机体在急性感染时由炎症刺激所产生的一种能够加强机体吞噬作用的蛋白,CRP蛋白水平与感染引起炎症反应强度有关[4-5]。rs1205位点是位于CRP基因3’非翻译区(UTR)的一个单核苷酸多态性(SNP)位点,该位点突     

5-羟色胺转运体基因rs9863857与抑郁症及其临床特征的相关性研究

目的 探讨中国汉族人群5-羟色胺转运体基因 (5-HTT )rs9863857多态性与抑郁症及临床特征的相关性.方法 运用聚合酶链反应扩增及单核苷酸多态性的分子生物学技术,对符合抑郁症诊断标准的82个先证者及其父母组成的核心家系,测定5-羟色胺转运体基因rs9863857分型,进行抑郁症的5-羟色胺转运体基因rs9863857多态性的关联性分析.根据抑郁症患者汉密尔顿抑郁量表评分,分析该多态性与抑郁症临床特征的相关性.结果 rs9863857等位基因与抑郁症相关联(χ2=4.63,P<0.05),其中等位基因A是保护因素(Z=-2.142),G为危险因素(Z=2.142).症状学分析显示抑郁情绪与5-HTT基因多态性有关,具有等位基因A及其纯合子的患者抑郁情绪得分显著较低,其中A/A、A/G、G/G基因型评分分别为(2.3±0.6)分、(2.9±0.7)分、(3.8±0.9)分(F=3.23,P<0.05).HAMD量表评分比较中,等位基因A抑郁情绪项目的得分[(2.8±0.7)分]明显较等位基因G低[(3.5±1.2)分,t=2.513,P<0.05].结论 5-HTT基因rs9863857与抑郁症相关联,A/A纯合子可能是抑郁症的保护因子.     

中国人群中HIV-1辅助受体CCR5基因新突变位点及CCR5-894C缺失基因多态性分析

目的：研究中国人群HIV-1辅助受体CCR5基因编码区新的单核苷酸多态性（SNP）位点;分析CCR5-894C缺失等位基因在中国普通人群和HIV-1高危人群中的分布特点和相关意义。方法：针对CCR5编码区用2对引物进行PCR扩增,设计测序引物对45例汉族人样本进行PCR产物直接测序,用DNAstar分析测序结果,寻找SNP位点。采用错配PCR-RFLP法对中国汉族、蒙族、藏族普通人群,性传播疾病和静脉吸毒高危人群及HIV-1携带者,共627份样品进行了CCR5-894C缺失等位基因分型。结果：在45例汉族人CCR5基因编码区共发现6个SNP位点,4个（184A→G、503G→T、668G→A、99G→T）引起氨基酸改变,两个无义突变;此外还发现1个单碱基缺失（894C缺失）,引起移码突变和提前终止。其中184A→G、503G→T、999G→T三个中国汉族人所特有的SNP位点为首次发现,它们的等位基因频率分别为1.11％,21.1%和10.0％;其中503G→T分布明显不符合Hardy-Weinberg平衡。汉、藏、蒙等民族的普通人群CCR5-894C缺失等位基因频率为1.11％,0.53%和0.在汉族HIV-1性传播、静脉吸毒传播的高危人群中,HIV-1阳性个体和阴性个体间CCR5-89C缺失等位基因频率差异无显著意义,与汉族普通人群比较差异也无显著意义。结论：中国人CCR5基因的SNP位点有自己的特点,共发现4个引起氨基酸改变的SNP位点（其中3个为首次发现）,1个引起移码突变的单碱基缺失。汉族人群中存在CCR5-894C缺失突变,但突变频率很低。这些SNP和缺失突变对于HIV-1感染和艾滋病病程的影响值得进一步研究。     

转化生长因子β1基因rs2317130单核苷酸多态性与结核病易感性的关联分析

目的 探究转化生长因子β1（transforming growth factor β1, TGF -β1）基因单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism, SNP）与结核病易感性的关系,为结核病的诊断和治疗提供更多的参考依据。方法 通过病例-对照（case-control）研究方法,以深圳市第三人民医院1 533例确诊的活动性结核病患者作为病例组（男980例,女553例）,选取同期在该院体检的1 445例人员作为健康对照组。通过飞行时间质谱仪（TOF-MS）检测TGF-β1基因6个SNP位点rs2317130、rs17516265、rs8110090、rs3087453、rs2278422、rs1800469基因型,通过比较两组间SNP等位基因频率差异,初步筛选出与结核病易感性相关联的SNP位点。用结核分枝杆菌标准株H37Rv刺激不同基因型的健康人外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear cell, PBMCs）,ELISA检测上清中TGF-β1含量,进一步验证TGF-β1基因SNP位点与结核易感性的关系。结果 在6个SNP位点中发现仅 rs2317130 C>T 位点等位基因频率在活动性结核组和对照组中差异有统计学（P<0.05）,结核病患者rs2317130 C>T位点C等位基因频率显著增高（OR=1.14;95%CI=1.03~1.26;P<0.01）,其他5个SNP等位基因频率在两组之间差异无统计学意义（P>0.05）。此外,ELISA实验结果表明,rs2317130 SNP位点CC纯合子基因型的患者TGF-β1表达量显著高于其他基因型（CT杂合子和TT纯合子基因型）,TGF-β1表达量上调可加速结核病发展,进一步证实rs2317130位点C等位基因为结核易感基因。结论 TGF-β1基因rs2317130 C>T位点与结核易感性相关,其C等位基因为结核易感基因,即携带C等位基因人群患结核风险升高。