肽脱甲酰基酶抑制剂LBM-415的研究进展

肽脱甲酰基酶（PDF）作为细菌蛋白质合成过程中的关键酶之一，是一种较理想的抗微生物药物作用靶点。随着PDF晶体结构和作用机制的阐明，PDF抑制剂的研究已经成为近年来抗菌领域研究开发的热点。LBM-415（原名NVP—PDF-713）是一种已经进入临床研究的PDF抑制剂，研究表明其对多种病原菌均有显著的抑制活性。现就其合成方法、药理作用、药动学等方面的研究进行综述。     

肽脱甲酰基酶及其抑制剂的研究进展

细菌的耐药性问题日益严峻,给临床治疗带来极大困难.研发新型抗耐药菌药物,寻找新的靶点成为目前的研究热点.肽脱甲酰基酶(peptide deformylase,PDF)是细菌蛋白质合成过程中的一种关键酶,普遍存在于大多数病原体中,且易于进行体外检测,是一个较理想的靶点.本文简单介绍了PDF的结构、催化机制,系统归纳了近年来PDF抑制剂结构修饰及构效关系方面的研究进展.构效关系研究表明具有较强抑制作用的PDF抑制剂多为拟肽类化合物.在PDF抑制剂的筛选中,其选择性应得到重视.     

新一代广谱抗生素药物筛选靶点肽脱甲酰基酶的研究进展

肽脱甲酰基酶(peptide deformylase，PDF)存在于所有原核生物中，是其生长、代谢、繁殖必不可少的关键酶，但不存在于人类与其他哺乳动物细胞内，因而被视为新一代广谱抗生素药物筛选的理想靶点。现介绍PDF的结构、功能、理化性质以及作为药物筛选靶点的优良特点，此外，还简单介绍该酶与其抑制剂相互作用机制和以该酶为靶点新药研究进展。     

肽脱甲酰基酶抑制剂的构效关系研究进展

肽脱甲酰基酶是细菌蛋白质合成过程中一种关键酶.肽脱甲酰基酶抑制剂通过作用于该酶,影响细菌正常的生长、代谢和繁殖,从而可能成为一类新型抗菌药物.许多拟肽类和非肽类化合物含有与金属离子结合的基团,表现出较高的肽脱甲酰基酶亲和力和较好的抗菌活性.综述该类药物的作用机制、结构修饰和构效关系.     

肽脱甲酰基酶--新型抗菌药物的筛选靶位

由于抗生素存在一定的毒副作用及病原菌不断产生的耐药问题，研发新型抗菌药物十分必要，从基因水平利用新方法寻找新型抗菌药物是目前的研究热点。对于这种方法，靶位的寻找十分重要，肽脱甲酰基酶(PDF)在原核生物蛋白质合成过程中具有十分重要的作用，普遍存在于大多数病原体中，而不存在于人体细胞中，易于在体内外检测，是一个较理想的靶位。本文对其功能、生化特性及其抑制剂的研发进行综述。     

基于结构的肽脱甲酰基酶抑制剂的虚拟筛选及活性研究

目的通过计算机虚拟筛选寻找肽脱甲酰基酶(Peptide deformylase,PDF)的小分子抑制剂。方法从PDB(Protein Data Bank)数据库中获得与肠球菌(Enteroccous faecium)PDF序列相似性最高的肺炎链球菌PDF的X-射线衍射晶体结构,应用Sybyl7.3软件中的Sur?ex-Dock对我室微生物天然产物数据库(Microbial Natural Products Database,MNPD)中约15000个样品进行虚拟筛选;采用高通量荧光检测法和微稀释法分别测定虚拟筛选获得的部分高得分化合物对PDF酶的抑制作用和抗菌活性。结果应用Surflex-Dock虚拟筛选获得得分达5.17及以上的命中化合物651个,经综合分析,挑选出其中5个化合物进行进一步的体外生物学活性研究,结果表明,1个化合物(spergualin)有一定的PDF抑制活性和抗菌活性,其它4个化合物仅有弱活性或无活性。结论发现化合物spergualin具有一定的PDF抑制活性和抗耐药表皮葡萄球菌活性。证实了计算机虚拟筛选与实物筛选相结合可明显提高PDF酶抑制剂的筛选效率。     

以大肠埃希氏菌肽脱甲酰基酶为靶点的高通量筛选模型的建立

本文用PCR法从大肠埃希氏菌K-12中克隆出肽脱甲酰基酶(peptide deformylase，PDF)基因，通过测序确证与文献报道的pdf基因序列完全一致。将pdf连接到原核蛋白表达载体pET-30-a( )上，并转化到大肠埃希氏菌BL21(DE3)菌株中，IPTG诱导表达。过量表达的PDF酶用QSepharoseHP离子交换柱和Superdex75纯化得到高纯度Ni—PDF。应用荧光测试仪Polar Fluostar检测PDF对底物For—Met—Ala—Ser的水解活性，PDF酶的已知抑制剂放线酰胺素(actinonin)为阳性对照，通过优化酶反应条件，建立了以PDF为靶点的高通量药物筛选模型。     

幽门螺杆菌尿素酶B亚单位表位融合肽在大肠杆菌中的表达与纯化

构建霍乱毒素B亚单位(CTB)与幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)尿素酶B亚单位(Ure B)表位的融合肽表达载体pET-CtUBE,在E.coliBL21(DE3)中表达融合肽CtUBE。以霍乱弧菌基因组DNA为模板,PCR扩增CTB编码序列,克隆到表达载体pET-28a,获得新质粒pET-CTB;化学合成Ure B表位编码序列,克隆到pET-CTB获得CtUBE表达载体pET-CtUBE,并转化E.coliBL21(DE3),1 mmol/L IPTG诱导融合肽表达,阴离子交换色谱柱纯化融合肽CtUBE,ELISA分析CtUBE复性结果。结果获得了表达融合肽CtUBE的工程菌,诱导后融合肽表达量占菌体总蛋白34.7%,CtUBE纯化后纯度为95.6%,复性后融合肽可与GM1神经节苷脂和抗Ure B血清结合。实验成功构建了表达Ure B表位融合肽的工程菌,融合肽CtUBE保持了CTB生物活性和反应原性,纯度符合疫苗抗原要求,可以用于抗HP感染的疫苗研制。     

酶免疫法检测粪便中幽门螺杆菌特异性抗原

目的：探讨粪便中幽门螺杆菌（HP）特异性抗原（HpSA）酶免疫测定（EIA）法检测试验对Hp感染的诊断价值。方法：检测96例慢性胃炎及溃疡患者粪便HpSA，并以胃活检标本组织学检测为金标准，评价其诊断及治疗效果的价值。结果：EIA法检测敏感性88．9％，特异性95．2％，准确性91．7％，阳性预测值（PPV）92．6％，阴性预测值（NPV）91．3％，同组织学检测相比，差异无统计学意义（P〉0．05）；治疗有效组HpSA含量较治疗前明显下降（P〈0．01），无效组同治疗前相比差异无统计学意义（P〉0．05）。结论：EIA法检测HpSA具有较高的敏感性和特异性，且取材方便，患者无痛苦。适用于不适于做胃镜检查的患者，并有可能作为治疗监测的指标。     

肽脱甲酰化酶及其抑制剂研究进展

肽脱甲酰化酶是细菌生长过程中蛋白质合成所必需的,但在哺乳动物中并不需要,所以肽脱甲酰化酶已成为令人感兴趣的新的抗菌药物作用靶点.肽脱甲酰化酶抑制剂具有广谱抗菌活性和很好的选择性.现综述了近年来相关文献,介绍肽脱甲酰化酶的性质、功能、晶体结构及其抑制剂构效关系的研究进展.     

幽门螺杆菌黏附素基因（hpaA）的表达及重组蛋白的免疫原性检测

 目的   研究幽门螺杆菌黏附素 A（adhesin A of Helicobacter pylori,HpaA）基因在大肠杆菌中的表达和检测纯化 HpaA 的免疫原性。方法   将hpaA/pET28a表达质粒转入大肠杆菌BL21（RP）株并用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷诱导表达,通过Ni²⁺亲和层析和分子筛层析纯化表达蛋白。用十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳分析表达蛋白的相对分子质量,用蛋白质印迹法对表达蛋白进行特性确认。将纯化HpaA腹腔注射Balb/c小鼠,并检测小鼠的抗体水平。结果   表达蛋白的相对分子质量约为30 000,与HpaA相符。纯化的表达蛋白可与抗HpaA抗体发生特异性反应。腹腔注射HpaA的小鼠与对照小鼠间的血清抗HpaA IgG抗体水平差异存在统计学意义（t=8.367,P<0.01）。结论   HpaA在大肠杆菌BL21（RP）株中得到成功表达,且纯化HpaA具有较好的免疫原性。     

The evolution of peptide deformylase as a target: contribution of biochemistry, genetics and genomics

Although peptide deformylase (PDF, EC 3.5.1.27) was first described in 1968, the instability of enzyme preparations prevented it from being seriously considered as a target until this problem was finally solved in 1998. PDFs essentiality was first demonstrated in Escherichia coli in 1994. Genomic analyses have shown this enzyme to be present in all eubacteria. PDF homologs have also been found in eukaryotes including Homo sapiens. The function and relevance of the human chromosomal homolog to the safety of PDF inhibitors as therapeutic agents is not clear at this stage. Although there is considerable sequence variation between the different bacterial PDFs, there are three strongly conserved motifs that together constitute a critical metal binding site. The observation that PDF is a metalloenzyme has led to the design of inhibitors containing metal chelating pharmacophores. The most potent of these synthetic inhibitors are active against a range of clinically relevant respiratory tract pathogens in vitro and in vivo, including those resistant to current antibiotics. Mutants resistant to PDF inhibitors have been obtained in the laboratory; these resulted from mutations in the genes for transformylase (EC 2.1.2.9) or PDF. The mechanism involved and its frequency were pathogen-dependent. The two most advanced PDF inhibitor leads, which are both reverse hydroxamates, have progressed to phase 1 clinical trials and were well tolerated.     

幽门螺杆菌的耐药分析及对Hp根除的影响

目的探讨幽门螺杆菌(Hp)对常用抗菌药的耐药性及对Hp根除的影响,给临床提供合理用药的科学依据.方法采用用改良布氏活性炭培养基(平板)在微需氧环境中培养幽门螺杆菌,并利用琼脂稀释法行幽门螺杆菌的药敏试验.并用三联疗法对62例消化性溃疡进行Hp根除治疗.结果从112例消化性溃疡患者胃黏膜中培养出Hp 62株,对阿莫西林、四环素、克拉霉素、甲硝唑、替硝唑、呋喃唑酮的耐药率分别为1.61%、3.23%、11.2%、58.1%、3.23%、0%.7d根除治疗对Hp的总根除率为:对甲硝唑及克拉霉素敏感株根除率为91.5%,对甲硝唑耐药株根除率为52%,对克拉霉素耐药株根除率为0(P＞0.05).结论阿莫西林、替硝唑、四环素、呋喃唑酮的耐药率较低;而甲硝唑和克拉霉素耐药率较高.其耐药影响Hp根除.     

云南汉族白族与纳西族人群幽门螺杆菌iceA基因分布特征及其致病性

目的　探讨云南白族、纳西族与汉族幽门螺杆菌 (H pylori)菌株iceAl、iceA2基因型分布特征及 3民族的差异 ,评价该基因与上消化道疾病的关系。方法 (1)选取H pylori相关慢性胃炎和消化性溃疡患者的胃粘膜 ,分离培养H pylori菌株 ;(2 )用PCR方法检测云南白族、纳西族与汉族菌株的iceA1、iceA2基因 ;(3)通过组织病理学观察胃粘膜炎症等级和H pylori定植密度等级。结果 (1) 10 9例H pylori菌株iceA1与iceA2基因的检出率分别为 6 7 0 %与 4 1 3%。其中白族菌株 (31例 )、纳西族菌株 (4 5例 )、汉族菌株 (33例 )iceA1与iceA2基因的检出率分别为 87 1%与 6 1 3% ,4 8 9%与 31 1% ,72 7%与 36 4 % (2 )在云南地区H pylori菌iceA1基因与消化道疾病致病性和组织病理学的关系中 ,仅见云南 10 9例H pylori菌株中iceA1基因在轻度、中度、重度胃粘膜炎症等级中的检出率分别为 76 7% (2 3 30 )、 6 4 4 % (2 9 4 5 )与 85 3% (2 9 34) ,各胃粘膜炎症等级组间检出率有显著性差异 (P <0 0 5 ) ,重度组的检出率高于中组 ;在未观察到、轻度、重度H pylori定植密度患者中的检出率分别为 75 0 % (6 8)、 6 1 8% (2 1 34)、 6 5 5 % (19/ 2 9)、 92 1% (35 38) ,不同程度H pylori定植密度组间检出率有显著性差异 (     

幽门螺杆菌感染胃粘膜癌变过程中基因表达的研究

目的 进一步探讨幽门螺杆菌（Hp）在胃癌发生发展过程中作用的分子 机制。方法 胃镜活检及手术切除组织病理诊断为胃粘膜病变327例,免疫组化法检查抑癌基因与凋亡调节基因蛋白的表达。Hp阳性由CLOtest结合病理染色／∧14C尿素呼吸试验而确定。结果Hp阳性组慢性萎缩性胃炎、肠化或异型增生p16阳性表达率均显著低于Hp阴性组（P＜0．05、P＜0．01）。而Hp阳性组肠化或异型增生bcl－2阳性表达率均显著高于Hp阴性组（P均＜0．05）。p53阳性表达率在Hp阳性及阴性胃癌组之无显著性差别。结论 在胃癌发生的早期即存在较明显的p16基因表达低下bcl－２基因过度表达,并与Hp感染有一定的关系。p53基因过度表达是胃癌发展过程中较晚期事件,下Hp感染无明显相关性。     

幽门螺杆菌毒力因子vacA的多态性与其相关疾病的关系

目的 评估江苏地区幽门螺杆菌(Hp)毒力因子空泡毒素相关基因(vacA)不同基因型(sb/s2,mb/m2,i1/i2,l1/l2)与疾病之间的关系.方法 运用生物信息学方法对132例vacA基因全序列进行分析,取内镜检查患者的胃黏膜组织进行Hp培养及组织病理学检查.提取培养成功的146例细菌的DNA,用PCR及基因测序方法检测vacA基因型.结果 成功检测146例Hp的基因型.定义了2种主要的vacA loop区亚型,K1A2T1(lb)及K1A2S1T1(12).Hp vacA 12基因型与胆汁反流的发生相关(P＜0.05).Hp vacA s、m、i、l等位基因型在慢性胃炎、消化性溃疡及胃癌中的检出率无统计学差异,各种基因型与胃黏膜萎缩或肠化的发生均无明显相关性(P＞0.05).结论 江苏地区vacA Loop可变区基因型主要存在2种亚型,K1A2T1和K1A2S1T1;后者与胆汁反流的发生相关.     

贵阳地区幽门螺杆菌毒力基因型与上消化道疾病的相关性

目的研究贵阳地区幽门螺杆菌(HP)中空泡毒素基因(vacA)和毒素相关基因A(cagA)与上消化道疾病间的关系。方法用特异的16SrRNA PCR进行临床分离HP的菌种鉴定,对经过鉴定的152株HP菌株应用PCR进行vacA及其基因亚型、cagA的检测。结果 152株HP中,cagA和vacA阳性率分别为39.5%和100%,vacA sla-m2组合的基因型明显多于s1a-m1、s1b-m2基因型(76.3%vs.15.8%、5.3%)(P<0.05)。不同vacA亚型与慢性胃炎、消化性溃疡及胃癌间未见明显相关性(P>0.05)。结论贵阳地区的HP以cagA阴性、vacA s1a-m2亚型占优势,不同基因型菌株与胃黏膜病变类型无关。