多个单核苷酸多态性位点与食管癌和胃癌患病风险的相关性分析

目的 探讨多个单核苷酸多态性与食管癌和胃癌的关系,寻找在中国河南省汉族人群中食管癌和胃癌的共同遗传风险位点.方法 选择河南省肿瘤医院收治的食管癌患者500例,胃癌患者和健康体检者各600例,挑选了7个单核苷酸多态性(SNP)位点,采用Sequenom MassARRAY SNP基因分型技术进行基因分型.通过无条件逻辑回归计算相对优势比(OR)及其95％的置信区间(95％CI).结果 在等位基因模型下,有2个SNP位点与食管癌的患病风险相关,分别是rs4785204(OR=1.43,95％CI:1.12～1.85,P=0.01)和rs4924935位点(OR=o.76,95％CI:0.61～0.99,P=0.04).有4个SNP位点与胃癌的患病风险相关,分别是rs13361707(OR=1.23,95％CI.1.13～1.56,P=0.00)、rs4779584(OR=1.25,95％CI.1.11～1.58,P=0.04)、rs4785204(OR=1.24,95％CI:1.03～1.49,P=0.03)和rs4924935位点(OR=0.76,95％CI:0.60～0.99,P=0.04).在遗传模型分析中,发现有4个位点与食管癌的患病风险明显相关(P＜0.05),分别是rs6687758、rs401681、rs4785204和rs4924935位点;有3个位点与胃癌的患病风险相关(P＜0.05),分别是rs13361707、rs4779584和rs4785204位点.结论 中国河南省汉族人群中多个SNP位点与食管癌和胃癌的遗传易感性有关联,rs4785204和rs4924935位点的遗传变异可能同时在食管癌和胃癌的发生、发展中起到重要作用.     

SOCS1基因单核苷酸多态性与凉山彝族人群肺结核发生风险的关联性研究

目的 研究SOCS1基因的2个标签单核苷酸多态性位点(tag single nucleotidepolymorphisms,Tag SNP) rs243327、rs33932899与凉山彝族人群肺结核发生风险的遗传关联性.方法 2015年3月至2016年6月在凉山彝族自治州共采集188例彝族肺结核患者(肺结核组)和229例彝族健康人(健康对照组)全血样本.运用直接测序法对rs243327、rs33932899进行基因分型,应用哈-温平衡检验所选样本的群体代表性,采用卡方检验比较肺结核组和健康对照组之间基因型和等位基因频率分布的差异,评价SOCS1基因SNP与肺结核发生风险的关联性.结果 rs243327、rs33932899在肺结核组和健康对照组中的基因型分布均符合哈-温平衡.在rs243327位点处肺结核组CC基因型频率显著高于健康对照组(CC vs CT:OR=1.611,95％ CI=1.058-2.453,P=0.026;CC vs CT+TT:OR=1.651,95％CI=1.107-2.461,P=0.014),提示rs243327位点CC基因型可能增加凉山彝族人群肺结核的发生风险,可能是凉山彝族人群肺结核的易感基因型;C等位基因频率亦显著高于健康对照组(CysT:OR=1.516,95％CI=1.089-2.109,P=0.013),提示C等位基因可能是凉山彝族人群肺结核的易感等位基因.在rs33932899位点处基因型和等位基因分布在肺结核组和健康对照组之间均无统计学差异(GG vs CG:OR=1.148,95％CI=0.762-1.731,P=0.436;GG vs CC:OR =2.184,95％CI=0.874-5.454,P=0.088;GG/CG +CC:OR=1.229,95％CI=0.875-1.928,P=0.193;GvsC:OR=1.290,95％CI=0.932-1.785,P=0.124),提示rs33932899位点可能与凉山彝族人群肺结核的发生风险无相关性.结论 SOCS1基因单核苷酸多态性可能与凉山彝族人群肺结核的发生发展存在遗传关联.     

TAB2基因多态性与中国西南汉族人群隐睾症易感性的相关性研究

  目的  初步探讨TAB2（transforming growth factor-beta activated kinase 1 binding protein 2）基因与中国西南地区汉族人群隐睾症发病的相关性。  方法  选取西南地区259名隐睾患者和355名成年男性健康对照,采用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性分析方法,对TAB2基因的3个标签单核苷酸多态性位点（tag single nucleotide polymorphism, tag SNP）rs237028、rs521845、rs652921进行基因分型,并采用卡方检验分析3个tag SNP位点与隐睾症发病的关系。  结果  本实验的3个tag SNP位点基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,限制性酶切实验分型结果与Sanger测序结果一致。TAB2 rs237028位点的G等位基因在隐睾组中的频率高于对照组（30.9% vs. 25.6%,P=0.04,OR=1.31,95%CI:1.01～1.70）,在显性遗传模型中AG/GG基因型携带者罹患隐睾症的风险升高（P=0.006,OR=1.57,95%CI:1.14～2.17）。在隐睾组中rs652921位点的TC/CC基因型频率高于对照组,差异有统计学意义（75.3% vs. 67.0%,P=0.03;OR=1.50,95%CI:1.05～2.14）。未观察到rs521845与中国人群隐睾遗传易感性的相关性。  结论  TAB2基因rs237028的AG/GG基因型和rs652921的TC/CC基因型可能与中国西南地区汉族人群罹患隐睾症的风险性增加相关。     

FGF10基因rs399501位点与中国汉族人群高度近视相关性

目的探讨FGF10基因rs399501位点与中国汉族人群高度近视的相关性。方法选择442例高度近视病人和551例视力正常的健康者(均为中国汉族)作为研究对象,应用单碱基延伸法(SNaPshot技术)对其rs399501位点进行基因分型,分析rs399501位点基因型及等位基因频率与高度近视的关系。结果高度近视组和对照组基因型均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。FGF10基因rs399501位点基因型GG、等位基因G与中国汉族人群高度近视高度相关(OR=3.05、1.35,P<0.05)。结论 FGF10基因可能参与了高度近视发生发展。     

重庆地区汉族人群FGF23基因多态性与冠心病的相关性分析

目的 探索重庆地区汉族人群中成纤维细胞生长因子23(FGF23)基因多态性同冠心病发病的相关性.方法 筛选2014年5月至2015年3月在我科接受冠脉造影检查的重庆汉族人群431例,其中冠心病(CHD)组231例与对照组200例.提取血液DNA样本后采用Sequenom Massarray 系统对于rs7955866、rs13312756、rs3812822这3个FGF23基因TagSNP位点进行基因分型,对其等位基因、基因型及单体型的组间分布进行统计学分析.结果 CHD组rs7955866 A等位基因和rs3812822 C等位基因频率明显高于对照组(P ＜0.001),两位点组间基因型分布也存在明显差异(P＜0.01).单因素Logistic回归分析示rs7955866 GA基因型携带者患病风险为GG基因型的2.146倍,具有统计学意义(P=0.01,OR=2.146,95％ CI[1.393 ～3.306]),rs3812822 CT基因型与TT基因型携带者患病风险亦具有统计学差异(P=0.01,OR=2.010,95％CI[1.327 ～3.046]).多因素非条件Logistic回归分析调整性别、年龄、BMI、吸烟饮酒史、高血压病史、高胆固醇血症等混杂因素后,结果显示rs7955866及rs3812822位点均与CHD发病独立相关(P＜0.001,OR=2.478,95％ CI[1.613 ～3.806];P ＜0.001,OR=2.123,95％CI[1.439 ～3.132]).单体型rs7955866-rs1 3312756-rs3812822统计学分析结果显示,单体型ACC具有增加冠心病患病风险的作用(P＜0.001; OR=2.074,95％ CI[1.391～3.091]).结论 重庆汉族人群FGF23基因多态性及与冠心病患病风险相关.     

miRNA基因单核苷酸多态性与非小细胞肺癌易感性的关联研究

目的 探讨微小RNA(microRNA,miRNA)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)发生风险的关系.方法 通过生物信息学方法筛选出13个位于miRNA基因序列上的潜在功能性的SNPs位点.采用病例-对照研究设计,纳入新发NSCLC患者626例,对照为736例同期门诊体检人群.提取研究对象外周血细胞基因组DNA,采用SNPscanTM对筛选的13个SNPs位点进行基因分型,多因素Logistic回归分析SNPs与肺癌发生风险的关联性和关联强度.结果 发现3个SNPs,即rs62085660(位于miRNA AC145343.1)、rs11597888(位于miRNA AL391839.1)和rs16867808(位于miRNA AL021918.2)与NSCLC发生风险显著相关,但此种关联只限于特定的亚组人群.rs62085660 (C/G)位点与肺鳞癌的发生风险相关(加性模型,校正OR =0.79,95％CI=0.62 ～ 1.00,P=0.049;显性模型,校正OR=0.72,95％ CI =0.53 ～0.98,P=0.035).rs11597888(G/A)和rs16867808 (T/C)位点只在吸烟人群中与肺癌易感性相关(rs11597888:显性模型,校正OR=1.42,95％CI=1.03 ～ 1.96,P=0.033;rs16867808:加性模型,校正OR =0.58,95％ CI=0.40 ～0.84,P=0.004,显性模型,校正OR =0.53,95％ CI =0.35～0.81,P=0.004).结论 rs62085660位点与肺鳞癌发生风险相关,rs11597888位点和rs16867808位点与吸烟相关性肺癌发生风险相关.     

ERAP1基因与山东汉族人群强直性脊柱炎的相关性

目的利用基于群体的病例对照关联分析方法,探讨ERAP1基因是否为北方汉族人群的易感基因。方法从山东省立医院收集了311例临床确诊的强直性脊柱炎病例及320例正常对照资料,利用Taqman探针法对ERAP1基因内的两个单核苷酸多态性位点rs7711564和rs27434分型,利用PLINK软件行Hardy-Weinberg遗传平衡检验、等位基因及基因型频率分布分析。样本统计学效能采用CaTS软件计算。结果两个位点在病例组及对照组中均达到遗传平衡,其中rs7711564位点罕见等位基因频率在病例组及对照组分别为0.430 9和0.489 1(OR=1.26,P=0.04),rs27434位点罕见等位基因频率在病例组和对照组分别为0.483 9与0.421 9(OR=0.78,P=0.03)。结论 ERAP1基因内的遗传变异与北方汉族人群强直性脊柱炎相关,进一步证实了该基因是强直性脊柱炎的易感基因。     

RORα基因rs782931、rs11639084和rs7172342位点多态性与四川汉族人群精神分裂症的关联性研究

目的 探讨RORα基因单核苷酸多态性与四川汉族人群精神分裂症(schizophrenia,SCZ)发病风险的关联性.方法 采用限制性片段长度多态性聚合酶链反应技术,对143例四川汉族SCZ患者(病例组)和284例正常人群(正常对照组)进行RORα基因3个SNPs位点(rs11639084、rs782931和rs7172342)的基因分型试验.结果 与正常对照组相比,病例组rs11639084位点CT基因型频率和rs782931位点GG基因型频率比较,差异有统计学意义(rs11639084 CTvsTT:95％CI=2.31～6.63;rs782931GGvsAA:95％CI=0.01～0.56).未发现rs7172342与SCZ发病间存在关联.结论 RORα基因多态性可能与SCZ的发病相关,但该结论有待多中心、大样本试验进一步证实.     

TLR5基因多态性与幽门螺旋杆菌感染的关联性

目的：采用标记单核苷酸多态性（Tag?single nucleotide polymorphism,Tag?SNP）途径,探讨TLR5基因多态性与幽门螺旋杆菌感染的关联性。方法：在281例研究样本中,采用TaqMan法对4个Tag?SNP进行基因分型;使用Haploview软件构建单体型,同时运用非条件性Logistic回归计算比值比（odds ratios,OR）及其95%可信区间（confidence intervals,CI）,评估各等位基因、基因型及单体型与幽门螺旋杆菌感染的关系。结果：包头地区汉族人群中TLR5 rs17163737与幽门螺旋杆菌感染相关联,相对于携带等位基因G的人群,携带等位基因T的人群幽门螺旋杆菌感染的风险可提高1.578倍（T vs.G：OR=1.578,95% CI=1.069~2.330）;与携带GG基因型的人群比较,TT基因型携带者幽门螺旋杆菌感染的风险增高（TT vs. GG：OR=3.336,95% CI=1.024~9.244）;其余SNP位点均与幽门螺旋杆菌感染无关联（P＞0.05）。同时,TLR5基因rs34270714?rs5744174?rs851139?rs17163737之间存在强连锁不平衡,构成单体型区域;单体型分析结果显示各单体型与幽门螺旋杆菌感染没有关联（P＞0.05）。结论：TLR5 rs17163737基因多态性可能在幽门螺旋杆菌感染中发挥了一定作用。     

云南汉族人群C2orf91基因rs6740960位点多态性与非综合征性唇腭裂的相关性

目的探讨云南汉族人群C2orf91基因rs6740960位点单核苷酸多态性(SNP)与非综合征性唇腭裂(NSCL/P)的相关性。方法病例组非综合征性唇腭裂胎儿148例,对照组正常新生儿180例。采用sanger测序技术对病例组和对照组的C2orf91基因rs6740960位点多态性进行检测;首先对rs6740960位点等位基因和基因型频率分布来进行Hardy-Weinberg平衡检验,然后运用Pearsonχ2检验法对两组的等位基因和基因型分别相比较。结果病例组和对照组等位基因和基因型分布与Hardy-Weinberg平衡定律相一致(P> 0.5);C2orf91基因rs6740960位点等位基因频率在两组之间比较没有统计学差异(P=0.778 5);两组基因型频率经χ2检验均无显著性差异(P=0.8368)。结论在云南汉族人群中C2orf91基因rs6740960位点单核苷酸多态性与非综合征性唇腭裂的发生无相关性。