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1.
目的?采用网络药理学挖掘覆盆子抗肿瘤主要活性成分的作用靶点,探讨其多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法?通过TCMSP数据库,结合口服生物利用度(OB30%)和类药性(DL0.18)参数,筛选覆盆子的活性成分;登录PharmMapper服务器反向预测,利用Uniprot 数据库进行校正与转化,获得潜在作用靶点;比对CTD数据库筛选并整合得覆盆子抗肿瘤的潜在靶点;通过DAVID v6.8数据库进行GO富集和KEGG通路注释分析;采用Cytoscape 3.6.1软件构建“活性成分-靶点”网络图、“核心成分-核心靶点-核心通路”网络图。结果?经筛选后得到覆盆子7个活性成分,63个潜在靶点,其中26条重要信号通路关联32个核心靶点,聚焦在5个核心成分,即谷甾醇、β-谷甾醇、覆盆子酸、鞣花酸、欧前胡素可能是覆盆子抗肿瘤的主要活性成分,而PI3K-Akt 信号通路、癌症的途径、癌症中的蛋白多糖、原癌基因蛋白信号通路、胰岛素抵抗、Rap1信号通路可能是重要的通路。结论?覆盆子中富含的甾醇类、酚酸类、香豆素类等活性成分可能作用于PPP1CC、SHBG、MAP2K1、MAPK14、RXRB、ABL1、FABP7、SULT2B1、HPGDS等关键靶点,通过抑制肿瘤细胞增殖和分化、诱导肿瘤细胞凋亡,调节糖脂代谢、激素水平、炎症反应等发挥多成分-多靶点-多通路的抗肿瘤作用机制。 相似文献
2.
肿瘤是发病机制复杂、预后较差、发病率和病死率较高的一类疾病。目前临床上多采用手术、化疗、放疗等手段进行治疗。中医药是防治恶性肿瘤的有效手段之一,在产生抗肿瘤效应的同时,还能够有效改善患者的临床症状,减轻放化疗毒副作用,逆转耐药,提高生活质量等。网络药理学作为一门新兴学科,是在系统生物学的基础上,通过构建“药物-靶点-疾病”网络,阐述药物作用于疾病的靶点和通路,与中药防治恶性肿瘤的多成分、多靶点的效应不谋而合,已广泛用于抗肿瘤中药研究;研究显示抗肿瘤中药在抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞自噬和凋亡、抑制肿瘤细胞侵袭和迁移、调节机体免疫功能、抑制肿瘤血管生成以及调节肿瘤微环境等方面起到了重要的作用。因此,本文对网络药理学在防治肿瘤疾病的相关研究进行归纳和总结,以期为中药抗肿瘤的研究提供新的思路和参考。 相似文献
3.
《中国民族民间医药杂志》2019,(22)
目的:运用网络药理学方法研究小半夏汤活性成分、靶点、通路及生物过程,探讨其药效物质及作用机制。方法:通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM分析平台获取小半夏汤活性成分及靶点;采用string数据库构建PPI网络,运用Cytoscape软件进行可视化展示;通过DAVID数据库富集靶点KEGG信号通路;利用BINGO、ClueGO插件进行GO生物过程富集和聚类分析。结果:发现小半夏汤16种活性成分作用于209个靶基因,主要富集在心血管、神经、癌症、炎症等7大类30条KEGG通路;SRC、MAPK1、FOS、JUN、CREB1、ESR1、 BCL2、TNF等43个关键靶基因,主要参与轴突再生、神经元投影再生等神经生物过程。结论:小半夏汤除了化痰散饮、和胃降逆的传统功效外,还可能在炎症、癌症以及心血管和神经系统方面具有药理作用。 相似文献
4.
目的利用网络药理学方法探索半枝莲抗肿瘤的活性成分和分子作用机制。方法采用类药五原则筛选活性成分,经分子对接获得半枝莲活性成分的靶蛋白并于CTD数据库中获得靶点相对应的疾病,运用网络可视化软件,构建分子-靶点-疾病相互作用网络;同时进行蛋白质相互作用分析,通过生物学信息注释库(DAVID)对靶点进行生物代谢通路分析。结果半枝莲中有72个活性成分可与14个以上的肿瘤相关靶蛋白相互作用,半枝莲临泉生物碱D、barbatellarine E、半枝莲碱A等在内的二萜类成分是半枝莲抗肿瘤的主要活性成分。网络分析显示,半枝莲主要活性成分可作用于蛋白酪氨酸磷酸酶1B(PTP1B)、碳酸酐酶2(CA2)、周期蛋白依赖性激酶(CDK2)、视黄酸α受体(RXRA)等关键靶蛋白,参与调控VEGF信号通路、FcεRI信号通路以及Fox O信号通路。结论半枝莲可通过抗炎、抑制肿瘤血管生成等过程发挥多靶点、多通路的协同抗肿瘤作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接研究人参-半夏-白术治疗癫痫病的作用机制。方法:通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)查询人参、半夏、白术的有效成分和靶点。将TCMSP数据库获取的成分2D结构,导入PharmMapper数据库获得所有药物的成分靶点。通过PharmGKB、GeneCard、DrugBank、Therapeutic Target Database四个数据库预测疾病靶点。使用Venny 2.1韦恩图获得药物-疾病交集靶点。使用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图。使用R语言和Cytoscape软件中的CytoNCA APP获取核心靶点。通过R语言结合R Studio软件进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体论(GO)富集分析。使用Cytoscape软件建立“药物-成分-靶点-通路”的网络关系图。使用Autodock Vina 1.1.2将人参、半夏、白术的核心成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得药物核心成分12个,主要为豆甾醇、β-谷甾醇、花生四烯酸酯等。核心靶点24个,主要为白细胞介素(Interleukin,IL)-1β、缺氧诱导因子(... 相似文献
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目的:基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法:借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果:反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论:姜... 相似文献
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目的运用网络药理学筛选文殊兰的主要活性成分及其靶点,探究文殊兰抗肿瘤的潜在作用机制。方法通过TCMID数据库检索文殊兰的化学成分,再经Batman与Swisstargets并结合相关文献筛选出文殊兰的主要活性成分及其潜在靶点,建立靶点数据;通过Gene Cards、NCBI数据库筛选出肿瘤相关靶点;用Cytoscape3.6.3软件构建"文殊兰-成分-肿瘤-靶点"网络可视化关系图;以蛋白互作网络分析数据库,确立文殊兰和肿瘤的蛋白互作网络;利用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)数据库对相关靶点进行富集分析,了解文殊兰抗肿瘤可能的生物过程及其通路;利用分子对接进行半柔性对接反向验证。结果从文殊兰中筛选出15种活性成分,与肿瘤有关的通路有25个,文殊兰抗肿瘤主要作用于INS、GAPDH、VEGFA、EGFR、TNF等靶蛋白,KEGG通路富集结果显示,文殊兰主要作用于prostate cancer、proteoglycans in cancer、microRNAs ... 相似文献
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目的利用反向分子对接技术和网络药理学分析方法,建立臭椿酮抗肿瘤的"化合物-靶标-通路-疾病"网络,并探究其潜在的作用机制。方法借助于Pharm Mapper服务器寻找臭椿酮抗肿瘤的潜在靶蛋白,并通过Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库对获取的靶点进行相关通路分析,进一步利用Cytoscape软件构建臭椿酮的"化合物-靶点-通路-疾病"相互关联网络。结果数据分析结果表明,臭椿酮对人源靶蛋白的102个潜在活性靶点、17条KEGG通路的作用与肿瘤相关。臭椿酮抗肿瘤作用于MAP2K1、PI3KR1、EGFR、GRB2、MDM2、MET等靶蛋白,其中有18、14和11个靶蛋白基因分别富集在肿瘤通路、蛋白多糖肿瘤通路、前列腺癌通路中,有6个靶蛋白基因分别富集在胶质瘤、黑色素瘤、子宫内膜癌、非小细胞肺癌通路中,主要通过细胞因子和细胞因子受体相互作用、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路等起到抗肿瘤的作用。结论臭椿酮有望作为治疗前列腺癌、非小细胞肺癌、胶质瘤、黑色素瘤等多种肿瘤的一个新的潜在药物,该研究为臭椿酮治疗肿瘤的靶标研究、药理活性与临床应用研究提供了理论支撑。 相似文献
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目的 探讨人参虎杖复方对动脉粥样硬化小鼠的干预作用。方法 基于网络药理学方法,利用TCMSP、Gene Cards、David等数据库和Cyto Scape 3.6.1软件依次检索、分析人参虎杖复方作用于动脉粥样硬化潜在有效成分、作用靶点及其GO生物功能、KEGG疾病信号通路,并进行可视化展示。实验验证:采用高脂饲料连续喂养Apo E-/-小鼠2个月制备小鼠动脉粥样硬化模型,造模成功后按随机数字表法分为模型组、人参虎杖复方水煎剂组,每组6只;同时6只同期C57/BL6J小鼠作为对照组。以人参10 g和虎杖12 g折算临床等效剂量制备复方水煎剂连续灌胃12周。采用病理染色、ELISA检测血清白介素1β(IL-1β)含量,观察其对小鼠动脉粥样硬化的干预作用。结果 人参虎杖复方作用于141个动脉粥样硬化靶点,共有120个潜在有效成分作用于28个核心靶点,其中IL-1β、IL-6、AP-1转录因子亚基(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1、3、8、14(MAPK1、MAPK3、MAPK8、MAPK14)、单核细胞趋化因子(MCP-1/CCL2)、表皮生长因子(EGF)及受体(EGFR)可能为人参虎杖... 相似文献
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基于网络药理学探析复方阿胶浆辅助治疗肿瘤的作用机制研究 总被引:1,自引:0,他引:1
近年来,复方阿胶浆在临床上常用于癌症患者的治疗,疗效十分确切,在该文中,首先,通过从中药化学成分数据库和文献收集,建立了复方阿胶浆的化学成分库,然后,采用MetaDrug软件对复方阿胶浆进行靶标预测,获得“成分-靶标”网络,再次,通过与肿瘤的靶标网络进行比对、分析,获得“成分-靶标-肿瘤靶标”异质网络,并通过进一步地基因功能分析和代谢通路分析。结果发现,复方阿胶浆既能直接调节癌症细胞分化、生长、增殖和凋亡,具有直接的抗肿瘤作用,同时通过补血、提高免疫力,对肿瘤具有辅助治疗作用。 相似文献
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目的:基于网络药理学方法研究复方柳菊片抗肺结核的活性成分、靶点,初步探讨其作用机制。方法:通过文献收集、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME数据库,以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18、类药性五规则作为活性化合物的筛选条件,借助TCMSP、Swiss Target Predition数据库得到化合物的作用靶点;借助OMIM、Gene Cards、DisGeNet等数据库得到疾病靶点,取交集,筛选出化合物与疾病共有靶点。采用Cytoscape 3.9.1软件构建可视化的“药物-成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(Protein-protein Interaction,PPI)网络,应用DAVID生物学信息资源对关键靶点进行基因本体论(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。通过AutodockTools及Vina对活性成分与关键靶点进行半柔性分子对接。结果:预测筛选出复方柳菊片抗肺结核22个活性成分、126个作用靶点,PPI网络提示肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细... 相似文献
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目的白屈菜临床用于肿瘤治疗,具有良好的疗效,且毒副作用小。运用网络药理学方法筛选白屈菜有效部位和主要活性成分,构建活性化合物-靶点网络,对其抗肿瘤作用的分子机制进行科学阐释。方法采用ADME计算方法筛选白屈菜活性成分,通过文献挖掘、多个数据库联用检索收集白屈菜活性成分与潜在靶点,并利用Sys DT模型对化合物靶点进行筛选。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络并进行网络拓扑学分析,通过生物学信息注释数据库(DAVID)分析靶点基因功能及信号通路。结果生物碱是白屈菜抗肿瘤主要活性成分,通过ADME方法筛选出21种生物碱类成分,相关靶点168个,肿瘤相关通路60条,整合相关通路绘制了白屈菜抗肿瘤通路。根据网络拓扑学分析结果以及成分修正结果推测,白屈菜红碱、小檗碱和血根碱为白屈菜主要活性成分,作用于PTGS2、SCN5A、F10、NCOA2、CHRM3、AR、TP53、CASP1/3/9、DRD1、MAPT、MAPK1和BLM等关键靶点。结论白屈菜主要通过诱导细胞凋亡和抑制细胞增殖、转移和侵袭等多表型干预的网络模式产生作用,从而发挥抗肿瘤活性,且具有一定的中枢镇痛作用。 相似文献
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目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制。方法:运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点,运用毒性与基因比较数据库(CTD数据库)获取消化不良疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO及KEGG信号通路分析,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因。结果:半夏泻心汤靶点与消化不良疾病的交集基因共147个,功能涉及药物反应、一氧化氮合成、血管收缩、神经激素受体等方面,KEGG信号通路分析结果显示交集基因富集于与神经系统密切相关的神经活性配体-受体互作通路、胆碱能、5-羟色胺能、多巴胺能突触,及与胃肠动力密切相关的钙信号、cAMP信号、cGMP-PKG信号通路。筛选得DRD2、ADRA2C、ADRA2A、CXCL8、CHRM4、OPRM1、OPRD1、PTGER3、ADRA2B、DRD4、CHRM2共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与神经递质和受体、胃肠动力和感觉密切相关。结论:半夏泻心汤治疗消化不良是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节神经递质、... 相似文献
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目的 运用网络药理学方法探讨人参三七药对抗动脉粥样硬化(AS)的分子机制.方法 计算机检索TCMSP数据库,获得人参三七药对的化合物成分和对应的靶点,利用Uniprot数据库将靶点信息进行基因标准化处理;检索GeneCards数据库获得AS疾病靶点;利用Venny2.1.0获得两者交集靶点,将交集靶点导入STRING数... 相似文献
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目的:运用网络药理学的方法筛选滋阴化痰方的主要有效成分,预测其有效成分的抗肿瘤相关靶点;探讨其通过"多成分-多靶点-多通路"效应模型治疗肿瘤的机制。方法:通过中药化学成分数据库及文献,检索滋阴化痰方的化学成分,并依据TCMSP数据库的口服生物利用度(oral bioavailability,OB)和类药性指数(drug likeindex,DL)筛选出主要有效活性成分。借助DRAR-CPI分子对接服务器得到有效活性成分的潜在作用靶点,其后检索Drug Bank和TTD数据库,收集肿瘤相关靶点并与之匹配,得到滋阴化痰方有效活性成分抗肿瘤的相关靶点。利用Cytoscape软件构建滋阴化痰方的有效活性成分-靶点网络图,分析其网络拓扑结构,并通过DAVID数据库对该方所涵盖的肿瘤相关靶点进行生物学功能和KEGG通路进行分析。结果:本研究共筛选出滋阴化痰方有效成分25种,肿瘤相关靶点92个,其中PDPK1,G3P,DHB1,AURKA,PPAP,S10A9和NQO1为滋阴化痰方主要抗肿瘤靶点。并发现该方可能通过调节细胞增殖、细胞迁移、细胞凋亡、磷酸化、信号转导等生物学过程,Fox O,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt),Erb B,Rap1,丝裂原活化蛋白激酶(MAPK),大鼠肉瘤(Ras),免疫球蛋白E-Fc受体Ⅰ(Fc ERⅠ)等信号通路发挥抗肿瘤作用。结论:该研究初步验证了滋阴化痰方发挥抗肿瘤效应的主要靶点和相关通路,为进一步实验研究揭示其作用机制奠定了基础。 相似文献
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目的:通过网络药理学探究复方菝葜(FFBQ)治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在作用机制。方法:从《中华人民共和国药典》、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中国知网、PubChem中收集归纳FFBQ中8味药材的成分、归经及靶标信息;以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为条件筛选FFBQ的潜在活性成分及靶标;通过OMIM、GeneCards、DisGeNET疾病数据库查询NSCLC相关靶标。利用STRING平台构建成分-疾病靶标的蛋白-蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.1软件实现归经、药材-活性成分-靶标等多层次复杂网络关系的可视化。对经网络筛选获得的关键靶标,在DAVID平台进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并通过分子对接模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果:肺经和肝经为FFBQ治疗NSCLC的主要病位。筛选到FFBQ的99个潜在活性成分,可作用于63个与NSCLC共享的交集靶标,并通过MAPK、PI3K-Akt和JAK-STAT等信号通路参与细胞周期调控、信号转导、细胞增殖调控等,发挥治疗NS... 相似文献
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目的利用网络药理学技术研究复方苁蓉益智胶囊(CCYC)治疗阿尔茨海默病(AD)的潜在作用机制。方法利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库、TCMID数据库、化学专业数据库查找复方苁蓉益智胶囊中5味中药的化学成分并进行活性成分筛选;利用SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的作用靶点,搜索GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库结合文献查找获取阿尔茨海默病的疾病靶点。取活性成分靶点和阿尔茨海默病疾病靶点的交集,得到复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的潜在靶点。利用String数据库构建蛋白质-蛋白质互作网络。采用Metascape平台进行靶点GO富集分析和KEGG富集分析,通过Cytoscape3.7.1软件构建"单味药-关键成分-靶点-通路"网络并进行分析。结果肉苁蓉含有最多的关键成分,荷叶有最多的潜在靶点。APP、MAPK1、MAPK3、ESR2、ESR1、EGFR、DRD2、ACHE可能是复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的重要靶点,涉及的主要通路和过程主要包括神经递质受体活性、神经递质水平调控、多巴胺能突触、胆碱能突触等。结论肉苁蓉和荷叶在复方苁蓉益智胶囊复方中占主要地位,复方苁蓉益智胶囊治疗阿尔茨海默病的机制可能是减少Aβ的产生及tau蛋白形成、调节雌激素受体及表皮生长因子受体、调控多巴胺能及胆碱能系统。 相似文献
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目的:基于网络药理学和分子对接技术探究半夏治疗肺癌的关键作用靶点。方法:在TCMSP数据库中检索半夏的活性成分和靶点,以“lung cancer”为关键词在DisGeNET数据库检索,物种为“Homo sapiens”,检索出肺癌的相关基因,构建靶标蛋白互作(PPI)网络。分别在Metascape平台和HIPLOT数据库平台对核心靶点进行分析,将物种设置为人,进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,并用AutoDock Tools进行分子对接验证。结果:通过TCMSP数据库,检索到半夏活性化合物13种,潜在基因97个靶点。半夏治疗肺癌潜在作用靶点39个,主要有TP53、AKT1、HIF-1α和VEGFA等。按照P <0.05进行筛选,GO功能富集分析涉及对氧化应激、活性氧、缺氧反应等生物过程,细胞组分及分子功能主要涉及蛋白激酶调节活性、激酶调节活性、蛋白磷酸酶2A结合、过氧化物酶活性、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物和蛋白激酶复合物等。KEGG信号通路富集分析,按照P <0.05进行筛选,主要涉及癌症通路、肿瘤蛋白多糖、PI3K/Akt信号通路、癌症的MicroRNAs... 相似文献
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目的:采用网络药理学方法,研究探讨叶下珠的药理作用机制。方法:通过文献挖掘、TCMSP和BATMAN-TCM等数据库收集筛选叶下珠中化学成分和对应靶点,运用Cytoscape 3.7.2和STRING数据库构建化合物-靶点网络和PPI网络,筛选叶下珠发挥治疗作用关键成分及靶点。在DisGenet、DrugBank、OMIM等数据库中收集叶下珠候选靶点对应的疾病,构建候选靶点-疾病网络,通过DAVID对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,构建叶下珠关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络,预测探讨叶下珠治疗相关疾病的作用机制。结果:共收集叶下珠化合物356个,筛选154个活性化合物及651个靶标蛋白,PPI网络分析共得到36个候选靶点,对应82个化合物。关键成分有鞣花酸、柯里拉京等10个化合物,获得PTGS2、HSP90AA1、CASP3、ESR1、TNF和AKT1等10个关键靶点,对应结肠肿瘤、再灌注损伤、炎症、脑缺血和腺癌等17种疾病。GO、KEGG和关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络分析结果显示,其主要通过调控癌症信号通路、免疫炎症相关通路及细胞增殖凋亡信号通路等,发挥抗肿瘤、抗... 相似文献