SARS-CoV-2 Nsp16蛋白分子特征及其对男性生殖功能潜在影响

目的  COVID-19可能并发生殖功能损伤的问题已引起关注。本研究分析SARS-CoV-2 Nsp16蛋白遗传特征、分子结构与生物功能,探讨病毒侵入睾丸组织后Nsp16对生殖细胞的潜在影响,为该病发病机制和治疗策略研究奠定基础。方法  应用生物信息技术和国际生物数据库,分析nsp16基因变异性、Nsp16空间结构与功能及对生殖细胞的潜在影响,并利用DrugBank数据库筛选可靶向结合Nsp16的药物。结果  基于3种30株冠状病毒的nsp16序列构建了进化树;SARS-CoV-2毒株间nsp16基因保守性为99%;Nsp16属于亲水蛋白,在体外细胞的半衰期(half-life)是1.9 h;Nsp16具有甲基转移酶活性,具有调节精子和睾丸间质细胞基因和功能蛋白甲基化潜能;Nsp16具有线性B细胞和CTL细胞抗原表位,可能通过激发免疫反应损伤睾丸组织;从DrugBank数据库筛选出2种可靶向结合Nsp16的抑制性药物。结论  SARS-CoV-2 Nsp16是基因高度保守的功能蛋白;病毒经血管紧张素转换酶2(angiotensin-converting enzyme 2, ACE2)受体侵入睾丸组织后,Nsp16可能通过促进宿主细胞基因和蛋白甲基化机制,影响生殖细胞生长发育。该研究首次报道靶向结合Nsp16的化疗药物,对COVID-19及相关男性生殖系统疾病的防治研究具有重要参考价值。     

SARS冠状病毒S基因序列及细胞抗原表位预测

目的 比较SARS冠状病毒各分离株S基因序列及氨基酸序列之间的差异，预测SARS-CoV的S蛋白的抗原表位。方法 利用Lasergene软件包中的EditSeq从21株SARS冠状病毒分离株截取S基因序列并翻译成氨基酸序列，然后用ClustalX软件对截取序列进行比较分析，确定基准株，最后用Protean软件对基准株进行抗原表位预测。结果 在21株分离株的S基因中有8株核苷酸序列、13株氨基酸序列没有发生点突变；预测出78个可能性抗原表位。结论 SARS-CoV的S蛋白相当保守，只发生个别点突变，可能性抗原表位多，且在其中的14个区域中可能性最显著。     

靶向新型冠状病毒棘突蛋白中独特B细胞抗原表位小鼠单克隆抗体的制备与应用

目的制备靶向SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的小鼠单克隆抗体, 并用于蛋白质免疫印迹、ELISA和免疫荧光检测(IFA)等多种方法。方法利用传统的杂交瘤单克隆抗体技术, 用间接ELISA法筛选和有限稀释法亚克隆获得稳定的阳性单克隆杂交瘤细胞株并鉴定其亚型。选取其中1株6H8体外培养后注射于SCID裸鼠腹腔产生腹水, 用蛋白A层析柱进行亲合纯化。将纯化抗体用于蛋白质免疫印迹、ELISA和IFA检测SARS-CoV-2棘突蛋白。结果共获得5株单克隆杂交瘤细胞系, 均为IgG2亚型。纯化的小鼠单克隆抗体6H8用于蛋白质免疫印迹仅特异性地识别重组表达的SARS-CoV-2棘突蛋白S1;用于ELISA能检测重组表达的SARS-CoV-2棘突蛋白的NTD区, 实验孔吸光度值为3.824;用于IFA可特异性识别瞬间表达于HEK293细胞内的SARS-CoV-2棘突蛋白, 而对瞬间表达于293T细胞内的SARS-CoV棘突蛋白则无交叉反应。结论成功制备了一株靶向SARS-CoV-2棘突蛋白中独特B细胞抗原表位的小鼠单克隆抗体, 为SARS-CoV-2抗原检测提供了有效工具。     

汉坦病毒G2糖蛋白多表位抗原基因的设计与构建

目的构建汉坦病毒SEO型代表株L99G2蛋白的多表位抗原基因(mea)。方法通过生物信息学软件对L99株G2蛋白氨基酸序列进行综合分析及预测,优选B细胞表位,引入GPG间隔序列串联表位,设计mea,然后应用重叠PCR法构建mea,并将其克隆到原核表达质粒pET32a(+)。结果优选出5个B细胞表位,设计并成功构建mea,PCR定向克隆获得pET32a-mea重组表达质粒。结论首次构建了汉坦病毒G2糖蛋白mea及其原核表达系统E.coliBL21/pET32a-mea,为其表达及免疫学应用奠定基础。     

4种血清型登革病毒NS1蛋白序列及B细胞抗原表位特异性分析

目的比较4种血清型登革病毒NS1蛋白型特异性抗原表位基因序列及氨基酸序列之间的差异,为利用基因差异进行血清学分型及疫苗研究提供新的线索。方法利用DNAstar数据包中的Editseq程序,从20株登革病毒分离株的全基因组序列中将NS1基因型特异性抗原表位序列截取出来,再用ClustalX软件进行多序列比对,进行同源性分析,找出型内最为保守的抗原表位序列。并将比对结果在120株登革病毒序列中进一步验证。结果 NS1蛋白36～45和71～85位氨基酸为型特异性抗原表位,高度保守,型内完全相同,型间不同。结论 NS1蛋白36～45位氨基酸可以作为登革病毒血清分型和研制亚单位疫苗的靶标。     

2株新型冠状病毒全基因测序及插入和终止突变分析

目的 分析2株新型冠状病毒基因进化变异情况及分子特征。方法 利用二代测序技术,对2份新型冠状病毒核酸检测阳性样本进行全基因组测序。利用生物信息学软件对基因序列进行分析。结果 获得长度分别为29 826 bp和29 837 bp的两条新型冠状病毒全基因序列,与Wuhan-Hu-1株基因序列同源性分别为99.96%和99.97%。两条序列的N蛋白均发生S194L变异,N蛋白S194磷酸化位点和N192潜在糖基化位点消失。其中序列1的3 647～3 648 bp之间插入了CCCAC序列,导致非结构蛋白3(NSP3)发生移码突变,即编码一种新的无跨膜结构、含有完整泛素样结构域的NSP3Δ蛋白。序列2发生了C27978T突变,导致开放读码框8(ORF8)发生终止突变,即编码1个新的仅含28个氨基酸的截短型ORF8蛋白。结论 新型冠状病毒进化变异方式复杂多样,插入突变和终止突变可能改变相关蛋白的结构和性质,应加大新型冠状病毒的病原学监测力度。     

旋毛虫53kDa ES抗原蛋白二级结构及B细胞表位预测

目的　分析旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白二级结构及B细胞表位。方法　应用生物信息分析软件DNASTAR和Anthep ro5 .0 ,按照Kyte -Doolittle氨基酸亲水性标准对旋毛虫 5 3kDaES抗原的亲水性基序、二级结构及B细胞表位进行分析预测。结果　在旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白中 ,第 1 9- 2 5、4 0 - 5 1、6 1 - 6 7、99- 1 0 5、1 1 1 - 1 1 9、1 2 6 - 1 34、1 37- 1 5 2、1 79- 1 85、1 91 - 2 0 0、2 1 9- 2 38、2 6 1 - 2 6 7、2 81 - 2 95、31 2 - 32 3、331 - 343、36 7- 372、2 90 - 393位氨基酸残基具有较强的抗原性 ,第 1 9- 2 5、4 0 - 5 1、6 1 -6 7、99- 1 0 5、1 1 1 - 1 1 9、1 2 6 - 1 34、1 37- 1 5 2、1 79- 1 85、1 91 - 2 0 0、2 1 9- 2 38、2 6 1 - 2 6 7、2 81 - 2 95、31 2 - 32 3、331 - 343、36 7- 372、390- 393位氨基酸残基可能是B细胞的表位。结论　对旋毛虫 5 3kDaES抗原蛋白和B细胞表位的分析为研制旋毛虫病新的诊断抗原奠定了基础     

小麦过敏原Tri a Bd 27k蛋白抗原表位预测及三维结构模拟

目的 通过生物信息学方法了解小麦过敏原Tri a Bd 27k的结构特征,为小麦变态反应性疾病的诊断和预防提供依据.方法 在Uniprot数据库中获得Tri a Bd 27k蛋白序列,通过DNAStar预测B细胞抗原表位,NetMHCⅡ和Syfpeithi预测T细胞抗原表位;使用Swiss-Model软件预测其三维结构并用Ramachandran进行稳定性评估.在Uniport 数据库搜索Tria Bd 27k的同源蛋白,应用Clustalx 1.83及Mega 3.1构建同源进化树.结果 小麦过敏原Tri a Bd 27k的B/T细胞共同抗原表位优势区域为34-42、102-117,Ramachandran软件预测结果显示小麦Tri a Bd 27k蛋白的空间构象稳定.结论 通过对小麦过敏原Tria Bd 27k进行生物信息学分析获得了该过敏原优势区域及三维结构模型,为进一步了解和掌握小麦过敏原Tri a Bd 27k的结构功能打下理论基础.     

2例新型冠状病毒肺炎疑似病例诊断及解除隔离标准探讨

新型冠状病毒肺炎从2019年12月首次发现以来迅速蔓延至全国,由于缺乏有效的初筛工具且核酸检验能力不足,疫情初期需要依靠临床症状、肺部CT和血常规等检查筛查出疑似病例,然后再进行核酸检测验证。临床工作中发现部分患者高度疑似但反复核酸检测均为阴性,依据国家诊疗方案可以解除隔离,但仍然存在假阴性可能;由于不同标本病毒载体含量存在差异,对检验结果有一定的影响,因此对解除隔离时取样标本应合理选择,尽量减少漏诊,避免假阴性患者流入社会,同时对解除隔离患者的后续管理和卫生宣教也值得关注。     

人乳腺癌融合蛋白疫苗HSP65-HER2的表达、纯化及活性检测

目的:在大肠杆菌中表达、并纯化获得高纯度的融合蛋白疫苗HSP65-HER2。方法:经过酶切和序列分析后,将pET-28a-HSP65-HER2重组质粒转化Ecoli(BL21)中,经IPTG诱导产生6-his tag-HSP65-HER2融合蛋白,并通过Ni Sepharose 4B和Superdex G-25纯化。以纯化的重组融合蛋白免疫小鼠,取脾细胞经体外诱导后,采用CTL活性检测其活性。结果:成功的表达、纯化获得了高纯度的HSP65-HER2融合蛋白,CTL活性检测结果表明具有生物学活性。结论:获得了高纯度的HSP65-HER2融合蛋白,并证明其具有免疫学活性,为进一步研究其生物学活性奠定了基础。     

抗体依赖的增强作用在传染性疾病中的研究新进展

抗体依赖的增强作用（ADE）是指某些病毒特异性抗体（一般多为非中和抗体）与病毒结合后,通过其Fc段与某些表面表达FcR的细胞结合从而介导病毒内吞和复制,增强病毒感染的过程。本文概述了ADE在呼吸道合胞病毒、登革病毒、流感病毒等几种传染性疾病中的相关研究发现,借鉴ADE在几种病毒传染性疾病中发生的情况,探讨新型冠状病毒肺...     

Antibody Responses 8 Months after Asymptomatic or Mild SARS-CoV-2 Infection

Waning humoral immunity in coronavirus disease patients has raised concern over usefulness of serologic testing. We investigated antibody responses of 58 persons 8 months after asymptomatic or mildly symptomatic infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. For 3 of 4 immunoassays used, seropositivity rates were high (69.0%–91.4%).     

Differential Tropism of SARS-CoV and SARS-CoV-2 in Bat Cells

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 did not replicate efficiently in 13 bat cell lines, whereas severe acute respiratory syndrome coronavirus replicated efficiently in kidney cells of its ancestral host, the Rhinolophus sinicus bat, suggesting different evolutionary origins. Structural modeling showed that RBD/RsACE2 binding may contribute to the differential cellular tropism.     

311例SARS患者康复后一年内血清IgG抗体变化分析

目的了解严重急性呼吸综合征(SARS)患者康复后一年内血清中SARS冠状病毒(SARS-CoV)特异性抗体IgG的产生水平及动态变化。方法SARS患者康复后,每隔2-4周抽取IgG抗体阳性的SARS康复期患者血液,经病毒灭活后分离血清,用酶联免疫吸附试验检测SARS-CoV特异性抗体IgG;利用Stata 7.0统计学软件对各月份的检测结果进行分析。结果各康复期患者的各次检测结果均为阳性,出院后约35天时抗体平均水平最高。一年内,IgG抗体平均水平呈逐渐下降趋势,下降幅度约为35.8%。结论SARS康复期患者康复后短期内具有较高水平的IgG抗体,但随着康复时间的推移,该抗体呈逐渐下降趋势。提示应对该抗体进行长期监测,直至该抗体消失。     

Impact of a Nationwide Lockdown on SARS-CoV-2 Transmissibility,Italy

On March 11, 2020, Italy imposed a national lockdown to curtail the spread of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2. We estimate that, 14 days after lockdown, the net reproduction number had dropped below 1 and remained stable at »0.76 (95% CI 0.67–0.85) in all regions for >3 of the following weeks.     

Lack of Susceptibility to SARS-CoV-2 and MERS-CoV in Poultry

We challenged chickens, turkeys, ducks, quail, and geese with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 or Middle East respiratory syndrome coronavirus. We observed no disease and detected no virus replication and no serum antibodies. We concluded that poultry are unlikely to serve a role in maintenance of either virus.     

接种灭活疫苗后的境外输入性新冠肺炎患者临床特征

  目的  了解新冠病毒疫苗突破感染者感染特征及其预后情况,为新冠肺炎疫情防控提供参考。  方法  选择 2020年12月10日 — 2021年7月7日由成都市入境的38例中国籍新型冠状病毒（新冠病毒）感染者为研究对象,将其中14例有国产新冠病毒灭活疫苗接种史且基因分型明确的感染者作为疫苗突破感染组,将其中24例无新冠病毒疫苗接种史的感染者作为自然感染组,比较2组感染者确诊时核酸Ct值,IgM、IgG以及总抗体滴度等感染特征,入院时首次淋巴细胞计数,CD3⁺、CD4⁺、CD8⁺计数等临床指标及核酸转阴时间、住院时长等预后情况方面差异。  结果   确诊时,疫苗突破感染组感染者新冠病毒核酸N基因Ct值（26.8 ± 4.1）、ORF1ab基因Ct值（29.4 ± 4.5）均明显高于自然感染组（22.4 ± 7.4）、（24.8 ± 6.9）（t = 2.376、2.228,均P < 0.05）,IgM、IgG、总抗体滴度P₅₀（P₂₅,P₇₅）分别为0.9（0.3,11.6）、4.5（1.7,7.6）、31.9（4.6,916.4）,也均明显高于自然感染组0.040（0.027,0.096）、0.006（0.003,0.052）、0.015（0.010,0.038）（均P < 0.05）。疫苗突破感染组入院时首次淋巴细胞计数,CD3⁺CD4⁺计数、CD3⁺CD8⁺计数、CD3⁺计数等指标均明显高于自然感染组（均P < 0.05）;嗜酸性细胞数、中性粒细胞百分比均低于自然感染组（均P < 0.05）。2组感染者从确诊时核酸阳性至核酸转阴间隔时间及住院时长差异均无统计学意义（t = 1.106、1.889,均P > 0.05）,但疫苗突破感染组住院时长 < 20 d的比例明显高于自然感染组（P < 0.05）。  结论   接种新冠病毒疫苗有助于降低疫苗突破感染者体内的病毒载量,可增强感染者机体T细胞免疫反应,对感染者预后产生积极影响。     

SARS-CoV-2 Wastewater Surveillance for Public Health Action

Wastewater surveillance for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has garnered extensive public attention during the coronavirus disease pandemic as a proposed complement to existing disease surveillance systems. Over the past year, methods for detection and quantification of SARS-CoV-2 viral RNA in untreated sewage have advanced, and concentrations in wastewater have been shown to correlate with trends in reported cases. Despite the promise of wastewater surveillance, for these measurements to translate into useful public health tools, bridging the communication and knowledge gaps between researchers and public health responders is needed. We describe the key uses, barriers, and applicability of SARS-CoV-2 wastewater surveillance for supporting public health decisions and actions, including establishing ethics consideration for monitoring. Although wastewater surveillance to assess community infections is not a new idea, the coronavirus disease pandemic might be the initiating event to make this emerging public health tool a sustainable nationwide surveillance system, provided that these barriers are addressed.