分子分型方法在结核病流行病学研究中的应用

结核杆菌基因分型是近年来结核病（TB）研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括证实可疑的TB爆发、研究TB传播动力学、证实或发现实验室交叉污染、区分复燃与外源性再感染、研究耐药菌株的传播等方面.本文就分子分型技术在TB流行病学中的应用进行综述.     

低频限制性位点聚合酶链反应在细菌分型中的应用

细菌分型是流行病学研究的一个重要手段,对控制感染至关重要.细菌分型的方法有多种,其中,低频限制性位点聚合酶链反应是近年新建立的一种科学有效的分型方法,本文就其分型原理、过程及在细菌分型中的应用进行综述.     

用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法检测幽门螺杆菌的分子流行病学研究

本研究应用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性(PCR RFLP)法对来自不同临床标本的幽门螺杆菌 (Hp)进行分析 ,通过聚类分析进行基因分型 ,并在此基础上探讨不同基因型别的Hp与不同疾病的关系。1.材料与方法 :(1)菌株来源与培养 :5 0株Hp菌株分离自消化道疾病行胃镜检查的患者标本 (男 30例 ,女 2 0例 ) ;2 5株来自消化道溃疡患者 ,2 5株来自其他胃病患者 ,Hp菌株用布氏肉汤培养基、在 37℃恒温、微需氧条件下培养 3～ 4天 ,观察细菌形态 ,进行菌株鉴定 ,然后传代 ,- 80℃保存。(2 )DNA制备 :收集纯培养 3～ 4天的Hp于 5 0 0 μlTE(pH…     

分子分型方法在结核病流行病学研究中的应用

结核杆菌基因分型是近年来结核病(TB)研究的热点,已广泛应用于TB流行病学研究的各个领域,包括证实可疑的TB爆发、研究TB传播动力学、证实或发现实验室交叉污染、区分复燃与外源性再感染、研究耐药菌株的传播等方面。本文就分子分型技术在TB流行病学中的应用进行综述。     

MIRU基因分型技术在结核病分子流行病学中的研究进展

<正>结核病是严重危害人类健康的传染病,全球有近30%的人口感染结核分枝杆菌。结核病具有潜伏感染的特点,传统的流行病学方法不能有效地揭示其传播规律。随着分子生物学研究的发展,分子生物学与流行病学相结合的分子流行病学应运而生,广     

巢式多重聚合酶链反应在腺病毒检测及分型中的应用

目的建立一种快速、敏感、特异的腺病毒检测及分型方法。方法根据编码腺病毒六邻体基因的核苷酸序列设计一对外引物（即通用引物），扩增产物为1278bp；再分别设计针对腺病毒六邻体基因3、7、11和21型特异性序列的4对内引物，扩增产物分别为502、311、880和237bp。应用多重巢式聚合酶链反应（nest—PCR）技术将这4对引物用于同一聚合酶链反应管中，根据扩增产物在琼脂糖凝胶电泳上的大小，即可鉴别所测毒株的型别。结果3、7、11和21型腺病毒标准株和分离株分别产生预期的特异性扩增片段，与其他常见的呼吸道病毒等无交叉反应。118份经病毒分离和／或间接免疫荧光法确定为腺病毒阳性的急性呼吸道感染患儿临床标本中，腺病毒3型占64．4％（76／118），7型占31．4％（37／118），11型占2．5％（3／118），未检测到21型；2份病毒分离和间接免疫荧光均为腺病毒阳性的标本中，用该方法未能鉴定出型别，可能是3、7、11、21型以外的腺病毒，占1．7％（2／118）。33份经病毒分离和／或间接免疫荧光法均未检测到腺病毒的标本中，有3份为PCR阳性（包括1份7型，2份3型）。结论该方法鉴别3、7、11、21型腺病毒具有快速、简便、特异等特点，适用于腺病毒型别鉴定，可以为急性呼吸道感染的临床或群体公共卫生事件提供病原学诊断依据。     

PCR技术用于尘肺合并结核分子流行病学研究

本工作研究了灵敏度极高的聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术在结核杆菌基因诊断中的可靠性，以及尘肺者中结核杆菌感染率，经动物标本ＰＣＲ检测与尸体病理解剖结果对照研究，结核杆菌ＰＣＲ诊断技术特异性可达１００％，敏感性约６２．５％，准确度为８２．４％，９７例尘肺患者痰标本ＰＣＲ检测，发现结核杆菌感染率为２４．７％。     

空间流行病学与分子流行病学结合分析在结核病研究中的应用进展

空间流行病学和分子流行病学方法在结核病研究中已广泛使用,但二者均具有各自的局限性,而二者的结合则为结核病研究提供了新的思路和方法。文中所有引用文章均来自中国知网、万方数据知识服务平台、PubMed和Web of Science四个数据库。空间流行病学和分子流行病结合的方法在国外的结核病研究中已广泛使用,在确定区域地方性的流行菌株基因型、结核病传播方式及危险因素分析、耐药结核病、结核病防控措施等方面均具有重要意义,值得国内该领域的研究学者和疾病防控工作者进行借鉴和学习。     

低频限制性位点聚合酶链反应在细菌分型中的应用

细菌分型是流行病学研究的一个重要手段,对控制感染至关重要。细菌分型的方法有多种,其中,低频限制性位点聚合酶链反应是近年新建立的一种科学有效的分型方法,本文就其分型原理、过程及在细菌分型中的应用进行综述。     

全基因组测序技术在结核病分子流行病学中的应用进展

结核病给全球带来了严重的疾病负担,防控结核病具有重要意义.结核病分子流行病学将结核分枝杆菌分型技术与流行病学资料相整合,在研究结核病的传播和流行特点中起到了极其重要的作用.全基因组测序能够构建生物体基因组的完整DNA序列,具有高分辨率、高通量、结果精确等优势,在结核病分子流行病学研究中非常有吸引力和发展潜力.比较全基因...     

上海市2000-2002年91株结核分枝杆菌分子流行病学分析

目的探讨上海地区结核病分子流行病学特点。方法对从上海市疾病预防控制中心菌株库中随机抽取的2000—2002年各50株耐药和敏感菌株进行间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和分枝杆菌散在分布重复单位（MIRU）基因型分型，并结合流行病学资料进行分析。结果抽样菌株中，具有特异Spoligotyping指纹图谱的北京基因型菌株在上海地区分布达89％（81／91）。未接种过卡介苗（BCG）的患者中北京基因型菌株占88．5％（54／61），接种过BCG的患者中北京基因型菌株占90％（27／30），差异无统计学意义。北京基因型菌株耐药率为45．7％（37181），低于非北京基因型菌株的耐药率60．0％（6／10），差异无统计学意义。MIRU成簇菌株占所有菌株的62．6％（57／91）。结论北京基因型菌株在上海地区有广泛分布，北京基因型菌株与BCG接种和耐药无关，结核病患者中有部分是由于近期传播而引起的。     

用IS6110限制性片段长度多态性方法分析中国南方部队结核分支杆菌DNA指纹特征

目的：分析南方部队结核病患者和当地患者中结核分支杆菌分离株DNA指纹特征，探讨南方部队结核病的分子流行病学特征。方法：用限制性内切酶PvuⅡ消化结核分支杆菌DNA，后用琼脂糖凝胶电泳，再用Southern免疫转印，用[α^32P]-dCTP标记的DNA IS6110序列中的245bp片段作探针，进行杂交后得到限制性片段长度多态性图谱，结合一般流行病学资料加以分析比较。结果：共检测185株结核分支杆菌分离株。检测菌株的IS6110拷贝数范围为1～22。部队患者和当地患者的IS6110拷贝数分布差异无显著姓。部队患者结核菌分离株的IS6110拷贝数主要集中在6～20个，当地分离株主要集中在7～20个；全部菌株指纹特征分成8个组，部队分离株和当地分离株均主要集中在Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3个组里。耐药菌株指纹特征在各组中的分布与敏感菌株差异有显著性；患者是否接种卡介苗在各组中的分布差异无显著性。结论：南方部队患者与当地患者结核菌分离株在遗传关系上较接近，在基因水平上相关程度较强。提示部队结核病的发生与当地结核分支杆菌菌株的传播密切相关。     

北京、广东、宁夏三地结核分支杆菌DNA指纹的应用研究

目的 分析“北京家族”结核分支杆菌,从分子流行病学角度探讨北京、广东及宁夏三地结核分支杆菌的分布特征。方法 采用Gel compare4．1软件对来自三地的206株结核分支杆菌的插入序列IS6110 DNA指纹图谱进行数字化,经互联网与世界结核分支杆菌DNA指纹库进行相似性比较;同时应用该软件对上述菌株行聚类分析;构建标准的结核分支杆菌Spoligotyping(间隔区寡核苷酸分型法)DNA指纹方法;用χ^2检验比较不同组别肺结核病人临床分离菌株成簇率的差别,同时计算相对危险度(OR)。结果 206株结核分支杆菌的IS6110 DNA指纹图谱与DNA指纹图谱库相比较,未发现相同者。56．8％(117／206)的结核分支杆菌IS6110 DNA指纹相似值在1．00—0．65之间,且它们的Spo1igotyping指纹图谱均与“北京家族”结核分支杆菌相一致;分组统计显示：男性组与女性组、年龄≥42岁组与＜42岁组成簇率之间差异有显著性(P＜0．05),OR值为男性4．43,95％CI：0．94—28．76;＜42岁为5．06,95％CI：1．00—34．34。其他各组之间差异无显著统计学意义(P＞0．05)。结论 “北京家族”结核分支杆菌在三地呈较高水平的流行;结核分支杆菌在男性和＜42岁人群中的传播频率较女性和≥42岁人群为高,且男性和＜42岁可能是三地结核病近期传播的危险因素。利用结核分支杆菌的DNA指纹图谱和互联网技术,可以实现结核分支杆菌传染源全球范围的追踪。     

我国西部贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学初步研究

目的 分析结核分枝杆菌临床分离株的基因型特征,估计结核分枝杆菌近期在人群中传播的情况。方法 在肺结核报告发病率高的4个县级结核病门诊收集临床分离结核菌株的相关信息,应用RD105缺失基因和MIRU-VNTR基因分型技术分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果 273株结核菌株中49.1%的菌株属于北京基因型,15 MIRU-VNTR位点组合进行分析,273株结核菌株共被分为262种不同的基因型,其中独特型251株,占91.9%,其余22株（8.1%）菌株属于11个不同的基因型,菌株成簇率为8.1%。结论 15位点组合用于本次分子流行病学研究,能准确反映贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学特征,贵州省4个县结核分枝杆菌菌株呈现较高的多态性,其中8.1%的患者是由于近期本地区传播造成。     

山东地区结核分枝杆菌临床菌株基因型特征研究

目的 探讨山东地区结核分枝杆菌临床分离菌株的基因型特征,评估不同基因型分布对于耐药结核菌近期传播的影响.方法 在山东地区选取13个结核病防治机构作为监测哨点收集临床分离菌株和相关信息,应用分枝杆菌散在重复单位(MIRU)技术分析结核分枝杆菌DNA多态性.结果 1年的研究期内共获得558株结核分枝杆菌,对12个MIRU位点进行检测共产生143个基因型,其中成簇基因型66个,成簇率86.2%.74.6%的菌株属于北京家族,177个(31.7%)菌株属于山东基因型.耐多药菌株的近期感染估计值明显低于敏感菌株.结论 山东地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,山东基因型菌株在人群中具有较强的传播能力.     

结核分枝杆菌的优化PCR检测方法的研究

〔目的〕的建立了检测结核分枝杆菌的高灵敏度和高特异性PCR扩增体系。[方法]以国内结核病人常见病原菌-结核分枝杆菌、牛分枝杆菌特异性抗原Pab编码基因上的419bp段作为扩增靶序列,扩增引物序列为5’-ACC、ACC、GAG、CGG、TTC、CCC、TGA-3’、5’-GAT、CTG、CCG、GTC、GTC、CCA、GGT-3’。〔结果〕变性温度选择69℃-70℃。PCR扩增体系的成份经优化,选择引物浓度为0.30μmol/L,dNTP浓度为150μmol/L,MgC12浓度为3.5mmol/L。〔结果〕该体系对11株标准菌株和12株临床分离菌株提纯的染色体进行扩增,其中卡介苗、结核分枝杆菌、牛分枝杆菌的扩增为阳性,其他分枝杆菌为阴性。〔结论〕以提纯的染色体DNA作模板,该体系可检出5fg结核杆菌染色体DNA,相当于一个结核分枝杆菌。     

Molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis, Buenos Aires, Argentina

To analyze the molecular epidemiology of Mycobacterium tuberculosis strains at a hospital in Buenos Aires, Argentina, and mutations related to multidrug-resistant and extensively drug-resistant tuberculosis, we conducted a prospective case-control study. Our findings reinforce the value of incorporating already standardized molecular methods for rapidly detecting resistance.     

三种不同的DNA分型技术在158株结核杆菌研究中的应用

目的评价IS6110限制性片段长度多态性(RFLP)、间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及分枝杆菌散在重复单位(MIRU)三种分型方法在结核病流行病学研究中的应用。方法对158株结核分枝杆菌临床分离株应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行鉴定。结果应用三种分型方法产生的类型数分别为118、20和105个。IS6110RFLP的分辨率大于Spoligotyping,MIRU的分辨能力与IS6110RFLP接近。在MIRU的12个区中,重复区4、10、26、40具有较高的多态性。广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义(P<0.05),广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论应用IS6110RFLP、Spoligotyping及MIRU三种分型方法进行结核病流行病学研究具有重要意义且非常有效,可以发现中国不同地区菌株的不同特点。     

实时荧光PCR方法检测结核分枝杆菌mRNA的研究

目的建立检测结核分枝杆菌mRNA表达水平的实时荧光PCR反应体系,快速鉴定结核分枝杆菌。方法设计合成结核分枝杆菌mRNA相应引物和探针,探针标记以JOE为报告基团,BHQ1为猝灭基团。优化反应条件,建立结核分枝杆菌mRNA的实时荧光PCR检测方法。通过检测22份肺结核患者痰液、10份健康无症状人群痰液、结核分枝杆菌标准菌株和偶然分枝杆菌菌株培养菌落,检验方法的特异性、重复性和灵敏度。结果肺结核患者痰液检测均出现典型扩增曲线,CT均值31.35,标准差4.31。健康无症状人群痰液及偶然分枝杆菌未出现扩展曲线。对痰液标本及稀释RNA重复检测的变异系数在2.54%以下,检测CT值与痰涂片抗酸染色分枝杆菌的数量呈良好相关性。结论建立了一种快速实时检测结核分枝杆菌mRNA基因的荧光PCR方法,具有良好的敏感性和特异性。     

石蜡包埋组织中结核杆菌DNA不同提取方法比较

目的探讨结核患者石蜡包埋组织中简易有效的结核杆菌DNA提取方法并进行验证。方法 20份4%甲醛固定石蜡包埋的肺或淋巴结结核组织标本,分别以氯化钠盐析法、酚-氯仿抽提法、一步法、试剂盒法提取其DNA,并通过琼脂糖凝胶电泳、聚合酶链反应(PCR)及膜芯片法分析所提取DNA的质量。结果氯化钠盐析法提取的DNA〔(19.338±6.270)μg〕和一步法提取的DNA〔(20.050±5.591)μg〕最多(P<0.001),一步法的A260/A280比值(1.044±0.137)明显低于其他3种方法(P<0.001);电泳结果显示4种提取方法均得到了基因组DNA;PCR与膜芯片验证显示除一步法外其余3种方法提取的DNA中均检测到结核杆菌DNA。结论氯化钠盐析法提取石蜡包埋组织结核杆菌DNA具有高效简便的特点,是较为理想的方法。