基于网络药理学和分子对接分析丹参酮Ⅰ治疗心肌损伤的作用机制及实验验证

目的 基于网络药理学和分子对接分析丹参酮Ⅰ治疗心肌损伤的作用机制,并进行实验验证。方法 运用网络药理学选取丹参酮Ⅰ治疗心肌损伤的关键靶点,利用分子对接预测潜在核心蛋白,并进一步探究丹参酮Ⅰ药效作用,验证其作用机制。以300μmol/L H₂O₂作用HL-1细胞建立细胞损伤模型,模型建立后将细胞分为对照组、模型组、卡托普利组及丹参酮Ⅰ 0.1、1、10μmol/L组。给药干预24 h后用CCK-8法和LDH法检测细胞活力,F-actin法检测细胞骨架损伤情况,Elisa法检测细胞损伤后炎症因子表达。最后通过Western blotting验证其对核心蛋白的影响。结果 网络药理学预测显示,丹参酮Ⅰ治疗心肌损伤交集靶点72个。通过PPI网络筛选得到丹参酮Ⅰ对治疗心肌损失的关键治疗靶点7个,即表皮生长因子受体(EGFR)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶14(MAPK14)、蛋白酪氨酸磷酸酶受体C(PTPRC)、基质金属蛋白酶2(MMP2)、血管内皮生长因子受体2(KDR)、沉默调节蛋白1(SIRT1)。分子对接筛选出丹参酮Ⅰ治疗心肌损伤核心靶蛋白主要是PTGS2、MMP2和MAPK14。细胞药效结果显示,丹参酮Ⅰ能显著抑制细胞凋亡率,改善细胞生长状况及细胞损伤情况,调控细胞损伤后炎症因子白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平。Western blotting结果进一步证实丹参酮Ⅰ通过对核心蛋白PTGS2、MMP2、MAPK14的抑制发挥调控作用。结论 丹参酮Ⅰ能有效抑制H₂O₂诱导的HL-1细胞损伤,其机制可能与调控PTGS2、MMP2和MAPK14蛋白的表达有关。     

基于网络药理学探究百部止咳作用的机制及实验验证

目的 利用网络药理学探讨百部发挥止咳作用的活性成分、作用靶点及相关通路,探究百部止咳的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取并筛选百部主要活性成分及其对应的作用靶点,利用Uniprot蛋白质数据库将作用靶点标准化,利用Cytoscape构建百部"成分–靶点"网络;利用GeneCards获取...     

网络药理学联合生物信息学及分子对接探索黄芪甲苷抗肝癌的作用机制

目的 利用网络药理学结合TCGA和GEO数据集以及分子对接系统性探索黄芪甲苷抗肝癌的分子机制。方法 通过CTD、OMIM及PharmMapper数据库预测黄芪甲苷靶点。计算TCGA和GEO数据集差异基因作为肝癌预测靶点并检索CTD和GeneCards数据库作为补充。用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白相互作用（PPI）网络，并筛选核心靶点。“clusterProfiler”R包用来对靶点富集分析。运用AutoDuck和PyMOL软件进行分子对接。结果 共预测到201个黄芪甲苷抗肝癌靶点，主要与老化、氧化应激及脂质代谢有关，且京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路与肝癌密切相关。201个靶点中有9个关键靶点，分子对接发现白细胞介素-6（IL-6）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白蛋白（ALB）与黄芪甲苷有良好结合力。结论 黄芪甲苷通过多靶点和多通路实现抗肝癌作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨三七治疗胃癌前病变的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨三七治疗胃癌前病变机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选三七有效成分和靶点,通过Uniprot数据库将获取的蛋白靶点转换为人类基因靶点,通过SwissTarget Prediction数据库进行成分潜在靶点预测补充。通过GeneCards数据库筛选胃癌前病变疾病相关靶点。筛选出三七治疗胃癌前病变交集靶点利用STRING数据库与Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用David数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用AutoDock vina对三七有效成分(配体)与核心靶点(受体)进行分子对接,利用PyMOL软件将结果进行可视化处理。结果 共收集到三七8种有效成分及三七治疗胃癌前病变的交集靶点128个;三七治疗胃癌前病变的5个最核心靶点分别为信号转导及转录激活蛋白3(STAT3)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、肿瘤蛋白P53(TP53)、蛋白激酶B(Akt1)、90KDA热休克蛋白ΑA1重组蛋白(HSP90AA1),2个核心有效活性成分为槲皮素...     

基于网络药理学研究黄芪治疗膜性肾病的作用机制

目的:通过网络药理学研究方法,探讨中药黄芪治疗膜性肾病的作用机制.方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台得到黄芪的有效成分和靶点,通过GeneCards、DrugBank、TTD、DisGeNET等数据库查找与膜性肾病相关的靶点.利用Cytoscape软件分析黄芪治疗膜性肾病的作用靶点与有效成分之间关系网络,通过DA...     

基于网络药理学探讨苣荬菜治疗脓毒血症的化学成分及其作用机制

目的 基于文献挖掘及网络药理学探究苣荬菜中化学成分治疗脓毒血症的潜在作用机制。方法 以文献中化学成分为研究对象,借助Swiss Target Prediction数据库预测成分的潜在作用靶点;使用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选脓毒血症相关靶点;通过Venny 2.1.0获得苣荬菜成分与脓毒血症的共同靶点;采用Cytoscape软件构建“药物成分-疾病靶点”网络;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络;运用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 获得苣荬菜中化学成分71个,药物作用靶点579个,疾病相关靶点3 437个,交集靶点272个。GO功能富集条目1 366个,包括分子功能（MF）245个,生物过程（BP）1 002个,细胞组成（CC）119个;KEGG信号通路166个。结论 苣荬菜的主要活性成分包括亚油酸、亚麻酸、油酸等,它们可能通过作用于TNF、AKT1、IL-6、IL-1β、TP53等靶点,调节类固醇、鞘脂等各种激素以及表皮因子、趋化因子的表达,产生抗炎作用进而发挥治疗脓毒血症的功效。     

基于网络药理学的气滞胃痛颗粒治疗胃炎作用机制探讨和实验验证

目的 采用网络药理学的方法预测气滞胃痛颗粒治疗胃炎主要活性成分的作用靶点及其作用机制,并采用细胞实验对部分主要靶点进行实验验证。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和网络药理学在线数据库（TCMID）中获得气滞胃痛颗粒组方中药柴胡、白芍、枳壳、香附（炙）、延胡索（炙）、甘草（炙）的化学成分,并在TCMSP和PharmMapper数据库中收集活性成分对应的靶点,在药物靶标数据库（TTD）和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库中搜索与胃炎相关的蛋白和基因,建立胃炎靶点数据库;通过DIP数据库将成分靶点和疾病靶点进行关联,建立化合物-靶点-疾病网络。将气滞胃痛颗粒治疗胃炎的相关靶点输入STRING数据库中构建靶点之间的蛋白质相互作用（PPI）关系;使用DAVID数据库对靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,使用Cytoscape3.5.1软件自带的GlueGO插件进行基因本体论（GO）生物功能注释;通过人类基因和基因表型综合数据库（OMM）筛选炎症相关细胞相关的基因和蛋白靶点,对气滞胃痛颗粒治疗胃炎的靶细胞进行富集。体外细胞实验以巨噬细胞RAW264.7为对象,采用1μg·mL^-1脂多糖（LPS）和0.2μg·mL^-1γ干扰素（IFN-γ）制备细胞模型,以含有最大无毒剂量气滞胃痛颗粒内容物的培养基处理RAW264.7模型细胞,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）法测定各组RAW264.7细胞中环氧合酶2（COX-2）、诱导型一氧化氮合酶（iNOS）、白细胞介素6（IL-6）、肿瘤坏死因子α（TNF-α）mRNA表达。结果 网络药理学预测得到气滞胃痛颗粒治疗胃炎的主要潜在的活性成分25个,重要靶点20个,其中关键靶点包括COX-2、iNOS、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARγ）、丝裂原活化蛋白激酶14（MAPK-14）、表皮生长因子受体（EGFR）等,作用机制可能与调节TNF信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路等与胃炎密切相关的信号通路有关,其药效作用主要表现为对炎症、血管内稳态、免疫、中枢神经及激素调节等生物过程的影响。气滞胃痛颗粒对RAW264.7模型细胞中COX-2、iNOS、IL-6、TNF-α的mRNA表达具有显著抑制作用。结论 气滞胃痛颗粒可能主要通过修复胃黏膜、减轻炎症损伤、消除感染等实现其治疗胃炎作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪甲苷抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪甲苷抗抑郁的潜在作用机制。方法 通过GEO、DrugBank、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库获得抑郁症疾病靶点,检索PharmMapper和SwissTargetPrediction数据库获得黄芪甲苷的预测靶点。使用R软件Venn包获取黄芪甲苷与抑郁症的交集靶点基因,利用STRING网站与Cytoscape软件获得蛋白相互作用（PPI）网络,并通过R软件clusterprofile包对潜在作用靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;使用Autodock Vina 1.1.2软件进行分子对接。结果 黄芪甲苷治疗抑郁症的相关靶点共107个,主要为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体（EGFR）和胱天蛋白酶3(CASP3)。这些核心靶点作用于钙离子信号通路、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)信号通路以及神经活性配体–受体相互作用信号通路等发挥抗抑郁作用,分子对接显示黄芪甲苷能与核心靶点均能较好的结合。结论 黄芪甲苷治疗抑郁症具有多靶点、多通路...     

基于网络药理学的黄瑞香抗胃癌作用机制探讨及实验验证

目的 采用网络药理学方法预测黄瑞香发挥抗胃癌作用的潜在机制,并通过体外细胞实验进行初步验证。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选黄瑞香的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库和PharmMapper数据库筛选获得黄瑞香活性成分的相关靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库检索获得胃癌疾病相关靶点。利用Cytoscape软件构建黄瑞香活性成分-靶点网络;通过STRING、Metascape数据库对成分和胃癌疾病交集靶点进行蛋白质相互作用（PPI）网络和基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用MTT实验考察黄瑞香异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F（broussoflavonol F）、daphnegiravone D、daphgiflavone C体外对胃癌MGC803细胞生长的影响,采用实时荧光定量PCR方法检测这3种异戊烯基黄酮类化合物作用48h后胃癌MGC803细胞表皮生长因子受体（EGFR）、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）和蛋白激酶B（Akt）基因的表达。结果 筛选得到黄瑞香70个活性成分,黄瑞香作用于胃癌的42个相关靶点,其中表皮生长因子受体（EGFR）、鼠肉瘤病毒癌基因同源物B1（BRAF）、Ⅰ类磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基α（PIK3CA）、酪氨酸激酶（MET）以及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等为核心靶点。KEGG富集分析发现黄瑞香作用于胃癌主要富集在癌症、PI3K/Akt以及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等通路中。活性测试结果发现,异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C对胃癌MGC803细胞生长具有较好的抑制作用。同时,与对照组比较,构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C可显著抑制胃癌MGC803细胞EGFR、PI3K和Akt基因的表达（P＜0.05、0.01、0.001）。结论 黄瑞香可能以异戊烯基黄酮为主要的抗胃癌活性成分,以EGFR、BRAF、PIKC3A、MET等蛋白为核心作用靶点,主要经I3K/Akt以及MAPK等相关信号通路发挥治疗胃癌的作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨丹皮酚抑制血管内皮细胞间质转化的作用机制

目的 结合网络药理学与体外实验验证探讨丹皮酚抑制血管内皮细胞间质转化（EndMT）的关键靶点及作用机制。方法 通过PharmMapper、HERB、SymMap、ChEMBL、SwissTargetPredicition数据库获取丹皮酚的作用靶点;从GeneCards数据库中检索与EndMT相关的靶标,将两者进行交集分析与可视化;将交集靶点基因上传至STRING数据库联用Cytoscape3.8.2软件构建蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心靶点基因,并进行基因本体论（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用Autodock Vina软件对丹皮酚与核心靶点基因进行分子对接验证。体外实验将HUVECs细胞分为空白组、模型[转化生长因子β1(TGF-β1)]组、丹皮酚低、中、高剂量组（30、60、120μmol/L）,通过蛋白质印迹法（Western blotting）筛选TGF-β1诱导EndMT最佳浓度并通过酶联免疫吸附测定（ELISA）检测基质金属蛋白酶2(MMP-2)、基质金属蛋白酶9(MMP-9)的蛋白表达量。结果 共筛选出丹皮酚作用靶点414个...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨玫瑰花黄酮治疗2型糖尿病的作用机制

目的 以网络药理学和分子对接技术作为分析方法,探究玫瑰花黄酮类成分在防治糖尿病中的作用机制。方法 采用TCMSP、GeneCards和DisGeNET数据库获取活性成分和疾病靶点,并绘制Venny图;使用Cytoscape 3.9.0软件制作靶标图;String构建PPI蛋白网络;DAVID进行GO和KEGG富集分析;SYBYL-X2.0和PYMOL进行分子对接验证及展示。结果 玫瑰花黄酮11个活性成分通过调控207个糖尿病相关的疾病靶点,产生了667对活性成分-靶点关系,其中山柰酚、槲皮素、芹菜素等成分通过调控Pathway in cancer、AGE-RAGE、PI3K-Akt等通路防治糖尿病;分子对接显示活性成分与糖尿病核心靶点具有较好的结合活性。结论 本研究系统揭示了玫瑰花黄酮防治糖尿病“活性成分-靶点”的复杂关系,为玫瑰花用于治疗2型糖尿病的作用机制提供了理论依据。     

Discussion on the mechanism of Salvia miltiorrhiza in treating pathological scars based on network pharmacology

In the present study, we aimed to explore the mechanism of Salvia miltiorrhiza in the treatment of pathological scars (PS) by network pharmacology. The active ingredients and drug targets of Salvia miltiorrhiza were screened out through TCMSP database, the disease targets of PS in GeneCards database were obtained, and Venn diagram analysis on drug targets and disease targets was performed, and the intersection was used as the target of Salvia miltiorrhiza for the treatment of PS. Cytoscape software was used to construct a drug-ingredient-target-disease network diagram. A protein-protein interaction network was constructed through String website, its key protein modules and hub genes were screened with Cytoscape software, and GO and KEGG enrichment analyses were performed in DAVID database. Fifty-nine active ingredients, 138 drug targets, and 90 targets of Salvia miltiorrhiza for the treatment of PS were screened out. Core ingredients, such as luteolin and tanshinone IIA, were obtained. The hub genes, such as VEGFA, TP53, JUN, STAT3, AKT1, MAPK1, and PTGS2, and signaling pathways, such as HIF-1, TNF, MAPK, PI3K-Akt, and Jak-STAT, were screened out. Salvia miltiorrhiza might improve PS hypoxia, inflammation, and balance of proliferation and apoptosis of fibroblasts by regulating HIF-1, TNF, MAPK, PI3K-Akt, and Jak-STAT signaling pathways. Moreover, it had the characteristics of multiple centers, multiple targets, and multiple pathways.     

基于网络药理学探讨二白膏治疗慢性湿疹的作用机制

目的 基于网络药理学技术探索二白膏治疗慢性湿疹的分子机制。方法 2022年1―5月通过TCMSP数据库及《中国药典（2015版）》筛选二白膏主要活性成分并通过SwissTargetPrediction网站进行靶点预测;同时从OMIM数据库、GeneCards数据库筛选慢性湿疹的相关靶点;成分靶点与疾病靶点映射后使用String网站及Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并采用分子对接技术对潜在活性成分与关键靶点进行匹配;通过DAVID网站进行GO与KEGG分析;Cytoscape3.9.1软件构建药材-成分-靶点-通路网络图。结果 从二白膏中筛选出17个活性成分和97个潜在靶点,其中15个核心靶点18条通路与其治疗慢性湿疹有密切关系。结论 二白膏治疗慢性湿疹具有生物学支撑。不同的蛋白存在协同作用,其中AKT1、SRC和EGFR等靶点起着关键作用。生物过程主要涉及细胞因子受体结合、炎症反应、免疫反应等,并主要富集在PI3K-Akt、JAK-STAT信号通路上,发挥抗炎、抗氧化、调控细胞增殖和凋亡、修复皮肤屏障等作用。     

基于网络药理学方法研究知母治疗2型糖尿病作用机制

目的 使用网络药理学技术探讨知母治疗2型糖尿病（T2DM）作用机制。方法 挖掘中药成分数据库中知母化学成分,获取化学成分的药代动力学参数用于构建药物的化学成分数据库;利用ADME模型筛选潜在活性分子;基于随机森林和支持向量机的方法预测活性分子作用靶点并构建知母化合物-靶点（C-T）网络;从多个人类疾病数据库检索T2DM相关靶点并构建疾病蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,构建知母活性-疾病靶点（C-D）网络;通过富集分析构建知母活性分子作用靶点-通路（CD-M）网络。结果 该研究得到的知母化学成分数据库一共有81个分子,通过ADME模型筛选得到15个活性分子,通过分析化合物作用靶点网络发现知母活性分子作用20个T2DM靶点蛋白,富集分析发现知母活性分子通过调控胰岛素通路、胰岛素抵抗通路、PI3K-Akt信号、NOS3通路、HIF-1通路、能量代谢等途径治疗T2DM。结论 知母可通过多成分、多靶点、多途径的协同作用治疗T2DM。     

基于网络药理学和分子对接技术解读川皮苷改善代谢综合征的作用机制（英文）

采用网络药理学方法探讨川皮苷改善代谢综合征的作用机制。首先利用TCMSP、TCMIP、TCMID、ETCM、HERB、NPASS和NPACT等数据库获取川皮苷作用靶点;在Dis Ge NET、Drug Bank等6个数据库中获取代谢综合征的相关靶点,筛选出与川皮苷作用靶点的共同部分构建PPI网络,并利用R语言对交集靶点进行GO和KEGG通路富集分析;最后对川皮苷和关键疾病靶点进行分子对接验证。结果收集到川皮苷作用靶点105个,代谢综合征相关靶点1975个。上述靶点取交集,获得了60个川皮苷改善代谢综合征的潜在靶点。PPI分析发现,川皮苷改善代谢综合征的关键靶点为TP53、MAPK8、AKT1、GSK3B、HSP90AA1、CTNNB1、JUN、AR、ESR1、CCND1、HRAS、TNF和PPARA。功能富集分析发现,脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路在川皮苷改善代谢综合征过程中发挥重要作用。分子对接结果显示,川皮苷与上述13个核心基因具有很强的亲和力。综上所述,推测川皮苷通过脂质和动脉粥样硬化通路及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路发挥改善代谢综合...     

基于网络药理学研究半夏治疗功能性消化不良的作用机制

目的 探讨半夏治疗功能性消化不良的作用机制.方法 本研究起止2020年1—2月.通过TCMSP数据库检索得到半夏的活性成分和作用靶点,同时借助UniProt、HCBI和PubMed等数据库,得到药物活性成分靶点对应的基因名.利用Gene Cards和OMIM数据库得到功能性消化不良的相关治疗靶点,将其与半夏活性成分靶点取交集后得到药效靶点.将交集靶点通过STRING 11.0数据库进行蛋白质-蛋白质的相互作用网络分析得到潜在的治疗核心蛋白.最后采用KOBAS 3.0平台和DAVID 6.8数据库进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,研究半夏治疗功能性消化不良靶点的作用机制.结果 筛选得出半夏的13个活性成分和74个活性成分靶点基因以及35个交集基因.通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,半夏治疗功能性消化不良可能与B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、RACα丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、半胱氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-9(CASP9)等靶点蛋白相关.GO功能富集分析得到66个GO条目(P<0.05),通过分析我们可以知道半夏治疗功能性消化不良主要与儿茶酚胺结合、内肽酶活性、核受体活性、转录因子活性、凋亡过程中的半胱氨酸型内肽酶活性等功能相关.KEGG信号通路分析得到97条信号通路(P<0.05),通过筛选主要与凋亡-多物种、凋亡-乙型肝炎、大肠癌、肿瘤坏死因子等信号通路相关,我们发现这些通路中均含有B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase)、凋亡基因(Bax)等凋亡因子.结论 半夏可以通过多成分、多靶点、多途径共同发挥对功能性消化不良的治疗作用,其中在对凋亡通路上的其因子表达抑制或者增强,最终达到抑制组织细胞的凋亡将可能是半夏治疗功能性消化不良的重要机制之一.     

基于网络药理学探讨清心滋肾汤治疗围绝经期综合征的作用机制

目的 探讨清心滋肾汤治疗围绝经期综合征（MPS）的作用机制。方法 该研究起止时间为2021年1—6月。运用TCMSP数据库检索清心滋肾汤中各药物的活性成分;通过GeneCards等数据库获取围绝经期综合征疾病靶点,两者取交集后得到清心滋肾汤治疗MPS的预测靶点,接着构建“药物-成分-靶点-疾病”网络以及蛋白互作网络（PPI）和精简核心网络;运用R软件对清心滋肾汤治疗MPS进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组数据库（KEGG）通路富集分析。结果 筛选得到69个主要活性成分,包括木犀草素（Luteolin）、槲皮素（Quercetin）、豆甾醇（Stigmasterol）、谷固醇（Beta-sitosterol）、山柰酚（Kaempferol）、四氢鸭脚木碱（Tetrahydroalstonine）等;54个靶点基因,核心靶点基因包括白细胞介素（IL）-6、IL-1β、雌激素受体-1(ESR1)、人纤溶酶原激活物抑制剂1(SERPINE1)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、补体调节蛋白（CRP）、细胞周期蛋白D1(CCND1)、孕激素受体（PGR）、血红素加氧酶1(H...     

基于网络药理学和分子对接探讨淫羊藿抗肿瘤作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法探讨淫羊藿抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库获取淫羊藿的活性成分以及相对应的靶点,利用Genecards、OMIM数据库获取疾病靶点,绘制药物-疾病韦恩图,获得其共同靶点;利用 Cytoscape 3.8.2 软件构建“淫羊藿活性成分-疾病靶点”网络可视化关系图;利用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2 软件构建蛋白相互作用网络,并进行网络拓扑分析;利用R x64 4.0.5软件,对相关靶点进行GO和KEGG富集分析,了解淫羊藿抗肿瘤可能的生物过程及其通路;最后利用SYBYL 2.0软件分子对接进行半柔性对接反向验证。结果 筛选出淫羊藿活性成分23个,靶点193个;疾病相关靶点8 169个,活性成分与疾病两者共同靶点173个;蛋白互作网络显示TP53、AKT1、JUN、CASP3等靶点基因在淫羊藿抗肿瘤的生物网络中起重要作用;潜在作用靶点涉及2 592条生物学功能、176条通路。分子对接结果显示淫羊藿活性化合物与多个疾病关键靶点具有较高结合能力,对接评分较高的为淫羊藿苷与CASP3靶点蛋白。结论 淫羊藿抗肿瘤具有多靶点和多通路的潜在作用机制,为其进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探究白芍七物汤治疗结直肠癌的作用机制（英文）

基于网络药理学和分子对接技术,探讨白芍七物汤(BSQWD)治疗结直肠癌(CRC)的作用机制。利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选中药的有效成分和靶标,利用Cytoscape软件绘制综合靶标网络图。通过Gene Cards、OMIM、PharmGKB、TTD和DrugBank数据库确定了潜在的CRC靶标。利用Cytoscape整合BSQWD的化学成分、靶标和疾病。通过STRING平台行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析。利用R行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和基因本体(GO)分析,最后利用AutoDock和SYBYL-X2.0进行分子对接。结果表明,7种药材中含有110种化学成分。CRC相关基因共9048个。BSQWD与184个靶基因相关。鉴定到Hub基因,分别为JUN、HSP90AA1、TP53、AKT1、TNF等。富集了2589个GO项目,包括2324个生物学过程、67个细胞组分、198个分子功能。KEGG分析得到179条通路。分子对接结果表明,潜在有效成分cynaropicrin和rivularin与中心基因HSP90AA1和TP53具有良好的结合。本研究表...