2007--2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV（2007年5株、2008年6株）进行了PB2,PBl,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT—PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PBl,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck／Bei／1／94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的1l株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。     

我国鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系分析

目的　通过对 1996～ 2 0 0 1年自我国部分养鸡场分离鉴定的 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因测序 ,了解鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,自收获的尿囊液提取RNA ,通过RT-PCR ,扩增聚合酶PB1基因片段 ,并进行序列测定 ,测序结果采用PHYLIP软件在Internet网上分析处理 ,并用TreeView软件绘制系统进化树。结果　 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因的核苷酸同源性为 97 4 %～ 99 7% ,与三株人源H9N2病毒A/Guangzhou/ 333/ 99、A/HongKong/ 10 73/ 99、A/HongKong/ 10 74 / 99的同源性分别为 90 6 %～ 91 9%、90 4 %～91 5 %、90 2 %～ 91 3%。该 8株鸡源H9N2病毒PB1基因属于相同的进化分支 ,即A/duck/HongKong/Y2 80 / 97-like分支 ,而与该 3株人源株H9N2病毒属于不同的进化分支 ;尚未发现PB1基因属于A/ quail/HongKong/G1/ 97或A/duck/Hong/Y4 39/ 97分支的鸡源分离株。结论　在我国养鸡业流行的H9N2病毒分离株与目前已分离的人源株H9N2病毒其PB1基因属于不同的进化亚分支 ,人源株H9N2病毒PB1基因不是来源于鸡源H9N2病毒。     

黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析北大核心CSCD

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

上海地区H9亚型禽流感病毒HA基因序列分析

目的对分离自上海活禽批发市场的7株H9AIV(2002年1株、2006-2008年每年各2株)进行了HA序列的测定,以阐明这7株毒株HA基因的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT-PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这7个毒株的HA基因,并将其克隆到pMD18-T载体后进行序列测定与同源性分析。结果HI试验表明这7株毒株均属于H9亚型禽流感病毒。核苷酸和其推导的氨基酸序列同源性比较结果表明,这7株毒株HA基因的核苷酸序列同源性为88.6%～99.6%,氨基酸序列同源性为89.1%～99.1%;7株分离株HA基因的裂解位点氨基酸顺序则均为RSSR↓GLF,为低致病性毒株;所有毒株的潜在糖基化位点均有7个;2002年的分离株与2006年早期的分离株在aa226和aa228位分别为Q和G,其余5株分离株在这两个位点分别为L和G。遗传发生关系分析,这7株分离株均属于Ck/Bei/1/94系。结论上海地区7株H9亚型分离株具有相同的起源,且分子特性相似,受疫苗免疫选择压力的影响不大。     

3株H9N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因组序列的测定与分析

目的对3株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因序列的测定与分析。方法根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的全基因序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株H9N2亚型AIV广西地方分离株A/Chick-en/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/00的全基因序列,并对所得序列进行了比较分析。结果同源性分析及遗传进化分析发现,所分离的3个毒株的各基因与A/Chicken/Guangdong/4/00和A/Chicken/Jiangsu/1/00的相应基因的核苷酸序列有着较高的同源性和较近的亲缘关系,可能起源于同一种系。所分离毒株中每个毒株的8个基因,在遗传进化树上的分支不具有统一性,说明此3个毒株可能为不同基因亚系间发生自然重排的产物。氨基酸序列比较发现,A/Chicken/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/003株AIV的na基因核苷酸序列在开放性阅读框架的187～195位均缺失了ACAGAGATA共9个核苷酸,它们所编码的氨基酸为T、E、I。3个分离株的HA蛋白第226位氨基酸均为Gln,证明它们为人类非易感性的H9N2亚型AIV。结论此3株H9N2亚型流感病毒为基因自然重排的产物,其na基因均存在缺失,且从分子水平上证明它们对人类不具有易感性。     

1株H6N6亚型禽流感病毒A/duck/Jiangsu/022/2009的全基因测序及遗传进化分析

目的对2009年分离自华东地区某活禽交易市场的1株国内未见报道的H6N6亚型禽流感病毒进行了全基因序列的测定,以探讨该病毒各基因片段的可能来源。方法通过常规的血清学试验确定病毒HA亚型,经RT-PCR方法扩增出各基因片段,连接到pGEM-Teasy载体上进行序列测定,利用BLAST进行序列的同源性分析,并结合GenBank中已收录的H6N6亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。结果 BLAST结果显示该H6N6病毒的HA基因与近年台湾分离株A/duck/Kingmen/E322/2004(H6N2)的核苷酸一致性最高(94.0%),推导的氨基酸剪切位点序列为P-Q-I-E-T-R-G,是典型低致病性禽流感病毒的特征序列;NA基因与华东地区分离株A/duck/EasternChina/160/2002(H4N6)的亲缘关系最近(核苷酸一致性91.0%);而PB1基因与荷兰2003年间分离的H7N7亚型流感病毒关系密切;PA基因则与1999-2000年间意大利分离的H7N1亚型流感病毒亲缘关系较近;NS1蛋白在第218位提前引入终止密码子致使C末端缺失13个氨基酸。结论国内首次分离到的H6N6亚型禽流感病毒的基因组构成较为复杂,但8个基因片段均属于欧亚系,与分离自北美地区的H6N6病毒的遗传距离较远,分别位于不同的进化分支。     

长沙市首例人感染H9N2禽流感病毒的HA基因序列特征分析

目的对长沙市首例人源H9N2禽流感病毒进行病毒分离与HA基因特征序列分析。方法用细胞培养法在可疑病例标本中分离H9N2禽流感病毒毒株,RT-PCR方法扩增禽流感病毒HA基因全长并测序,对所得结果进行氨基酸同源性与进化树分析。结果分离的毒株命名为A/Hunan/44558/2015,GenBank登录号为KX595338。毒株存在2处新发突变位点,HAT197D、HAD483N,第313位出现与湖南省人源H9N2毒株A/Lengshuitan/11197/2013相同的糖基化位点NCS。与A/Wild Chicken/Shanghai/C1/2014和A/Environment/Hunan/28028/2014的同源性分别为97.9%和97.6%。进化树分析分离的毒株处于Y280分支。结论发现病毒2处新的基因突变位点,与2014年湖南省环境源毒株同源性较高,存在基因交换重组,从分子水平揭示病毒HA基因的进化趋势。     

2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析

目的 对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法 通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果 2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论 广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大, 2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。     

H9亚型禽流感病毒HA基因的克隆与序列分析

目的扩增、克隆H9N2 HA基因,并进行序列分析,为H9N2流感病毒种间及跨种传播机制研究奠定基础。方法设计特异性引物,扩增克隆H9N2亚型禽流感病毒,测序后进行序列分析。结果成功克隆出4株H9N2亚型禽流感病毒,全长均为1.7 kb,ORF为1 683 bp,编码560个氨基酸;联机检索,与参考毒株比对核苷酸和氨基酸同源性均在90%以上。结论成功克隆4株H9N2亚型禽流感病毒,序列分析显示其核苷酸和推导氨基酸与参考毒株高度同源。     

1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据.方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征.结果 A/EN/Guangzho u/13 5 6 5/2018(H6 N2)...     

H9N2亚型禽流感病毒HA基因的原核表达及其免疫反应性分析

目的对禽流感病毒HA基因进行原核表达并对其产物进行免疫反应性分析。方法采用PCR方法扩增禽流感病毒A／Ck／GS／2／99（H9N2）的HA基因（1723bp）；并将该片段克隆至pET-28a（＋）质粒，构建重组质粒pET-HA，用该重组质粒转化E．coliBL21（DE3）感受态细胞，以终浓度0．7mmol／L的IPTG诱导表达7h。结果成功构建了表达载体pET—HA，该载体能高效表达HA蛋白，相对分子质量约62kDa，在约62kDa处出现一条明显的特异性蛋白条带。结论成功表达了禽流感病毒HA蛋白，该蛋白纯化产物能与H9亚型的AIV鸡血清发生特异性反应。     

广西犬源H9N2亚型流感病毒分离株的全基因组测序分析及其对小鼠的致病性实验

目的 对广西犬只尤其是宠物犬中携带H9N2亚型流感病毒进行全基因组序列特征分析以及小鼠的致病性研究,为流感病毒疫情的防控提供科学依据。方法 采用RT-PCR的方法扩增、测序全基因组,DNAStar和MEGA6.0软件分析氨基酸同源性和进化树,通过小鼠感染实验探究其致病性。结果 13株H9N2毒株8个基因节段来源于5个不同谱系的毒株,属于新基因型,氨基酸同源性与广西分离株A/equine/Guangxi/3/2011≥99.0%,6个内部基因与2013年自人流感病毒分离株H7N9亲缘关系密切。毒株HA的裂解位点均为RSSR↓GLF,表明低致病力。氨基酸位点HA226、 NA119、NP375和PB2的701位等有变化,其中HA226位为亮氨酸L,具有与人SAα2,6-Gal结合的特性。BALB/c小鼠感染健康犬只中分离的H9N2病毒未在体内复制,而源自感冒犬只的毒株Ca/GX/8和Ca/GX/10能够在体内复制,临床症状明显但不致死。病毒经小鼠体内传代后致病力增强,推测是PB2的611位和PA623位氨基酸改变导致。结论 从广西各地犬只中获得的13株H9N2亚型流感病毒株经分析发现虽源于禽源,但具备和人源受体特异性结合的能力,且内部基因遗传进化关系复杂,对哺乳动物及人类存在较大威胁,亟需加强防控。     

DG01株H5N1亚型禽流感病毒全基因组序列分析

根据国内外已公布的AIV H5N1亚型全基因组序列设计了8对引物,对H5N1亚型高致病力禽流感病毒毒株A/Duck/Guangdong/DG01/05(简称DG01)毒株进行了全基因组RT-PCR、测序及序列分析。DG01株基因组由PB22 341bp,PB1 2 341bp,PA2 233bp,HA1 779bp,NP 1 565bp,NA1 398 bp,M1 027bp,NS 875 bp 8个节段组成,与往年及同年一些流行株比较分析结果显示,DG01株具有高致病性禽流感病毒基因特征,NA基因及NS1基因均有部分缺失,从基因特点分析属于2005年流行代表株。     

Genomic and Phylogenetic Characterization of Novel,Recombinant H5N2 Avian Influenza Virus Strains Isolated from Vaccinated Chickens with Clinical Symptoms in China

Infection of poultry with diverse lineages of H5N2 avian influenza viruses has been documented for over three decades in different parts of the world, with limited outbreaks caused by this highly pathogenic avian influenza virus. In the present study, three avian H5N2 influenza viruses, A/chicken/Shijiazhuang/1209/2013, A/chicken/Chiping/0321/2014, and A/chicken/Laiwu/0313/2014, were isolated from chickens with clinical symptoms of avian influenza. Complete genomic and phylogenetic analyses demonstrated that all three isolates are novel recombinant viruses with hemagglutinin (HA) and matrix (M) genes derived from H5N1, and remaining genes derived from H9N2-like viruses. The HA cleavage motif in all three strains (PQIEGRRRKR/GL) is characteristic of a highly pathogenic avian influenza virus strain. These results indicate the occurrence of H5N2 recombination and highlight the importance of continued surveillance of the H5N2 subtype virus and reformulation of vaccine strains.     

2014-2015年商洛市流感病毒H3N2亚型血凝素(HA1)基因进化研究

目的分析2014-2015年度商洛市流感监测病毒血凝素(HA)基因变异情况并研究与推荐疫苗的匹配性。方法收集2014-2015年商洛市流感监测平台用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离的H3N2亚型毒株,利用RT-PCR方法扩增分离HA片段,进行核苷酸序列测定,应用clustax2.1软件进行序列比对后,用Mega6.0软件构建系统发育进化树,系统进化树采用Neighboring-joining方法进行分析。结果 2014-2015年度分离的流感H3N2毒株同源性在97.2%~99.9%,与推荐疫苗株A/Texas/50/2012同源性为97.3%~98.5%;将分离毒株的HA1基因氨基酸与疫苗株比较,发现2014年毒株主要抗原决定簇氨基酸变异点有B区Y159F、S198P;2015年主要抗原决定簇氨基酸变异点有A区G142R,B区S159F、S198P。结论2014-2015年度商洛市流感H3N2亚型毒株关键抗原决定簇已经出现改变,A/Texas/50/2012作为疫苗组分已经不是最佳,亟需对我国流感H3N2亚型疫苗组分进行更新,应密切关注流感H3N2基因进化趋势。     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

安徽省人感染H7N9禽流感病毒基因组特征分析

目的 分析安徽省2013年分离的5株人感染H7N9禽流感病毒全基因组特征。方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载具有代表性的H7N9、H7N3、H7N7和H9N2等毒株序列,运用分子生物信息学软件分析病毒全基因组特征。结果 我省流行的H7N9病毒HA基因与A/duck/Fujian/6390/2010(H7N3)相似度最高,NA基因与A/northern shoveler/Hong Kong/MPL133/2010(H2N9)株相似度最高,6个内部基因片段与中国北京、香港、湖南、江苏地区分离的H9N2毒株相似度接近。氨基酸序列比对发现NS1蛋白218~230位氨基酸缺失、M2蛋白的N31S突变、HA蛋白的G186V 、Q226L突变以及NA蛋白69~73位的删除,并且我省人感染H7N9病毒均带有PB2的E627K突变,同时PA-100A、PA-356R、PA-409N这些易感人类的特征氨基酸也在本次流行的H7N9病毒中发现;此外HA蛋白裂解位点仅有1个碱性氨基酸、糖基化位点高度保守以及未发现NA蛋白R294K突变也是我省H7N9病毒主要特征。结论 我省人感染H7N9病毒与中国其他省份流行株高度同源,该病毒获得跨种传播、毒力增强、耐药等能力均与病毒蛋白功能域有关。     

Molecular Characterization and Pathogenesis of H6N6 Low Pathogenic Avian Influenza Viruses Isolated from Mallard Ducks (Anas platyrhynchos) in South Korea

The subtype H6N6 has been identified worldwide following the increasing frequency of avian influenza viruses (AIVs). These AIVs also have the ability to bind to human-like receptors, thereby increasing the risk of animal-human transmission. In September 2019, an H6N6 avian influenza virus—KNU2019-48 (A/Mallard (Anas platyrhynchos)/South Korea/KNU 2019-48/2019(H6N6))—was isolated from Anas platyrhynchos in South Korea. Phylogenetic analysis results revealed that the hemagglutinin (HA) gene of this strain belongs to the Korean lineage, whereas the neuraminidase (NA) and polymerase basic protein 1 (PB1) genes belong to the Chinese lineage. Outstanding internal proteins such as PB2, polymerase acidic protein, nucleoprotein, matrix protein, and non-structural protein belong to the Vietnamese lineage. Additionally, a monobasic amino acid (PRIETR↓GLF) at the HA cleavage site; non-deletion of the stalk region (residue 59–69) in the NA gene; and E627 in the PB2 gene indicate that the KNU2019-48 isolate is a typical low-pathogenic avian influenza (LPAI) virus. The nucleotide sequence similarity analysis of HA revealed that the highest homology (97.18%) of this isolate is to that of A/duck/Jiangxi/01.14 NCJD125-P/2015(H6N6), and the amino acid sequence of NA (97.38%) is closely related to that of A/duck/Fujian/10.11_FZHX1045-C/2016 (H6N6). An in vitro analysis of the KNU2019-48 virus shows a virus titer of not more than 2.8 Log10 TCID ₅₀/mL until 72 h post-infection, whereas in the lungs, the virus is detected at 3 dpi (days post-infection). The isolated KNU2019-48 (H6N6) strain is the first reported AIV in Korea, and the H6 subtype virus has co-circulated in China, Vietnam, and Korea for half a decade. Overall, our study demonstrates that Korean H6N6 strain PB1-S375N, PA-A404S, and S409N mutations are infectious in humans and might contribute to the enhanced pathogenicity of this strain. Therefore, we emphasize the importance of continuous and intensive surveillance of the H6N6 virus not only in Korea but also worldwide.