牙周炎组织中miRNA表达谱差异筛选及功能预测分析

目的 筛选牙周炎患者组织中的差异表达miRNA,探讨其生物学功能以及参与的信号通路。方法 通过对微阵列数据库GSE54710中的158例牙周炎患者和40例健康人的牙龈组织中的基因芯片数据进行生物信息学分析,筛选差异表达miRNA,并预测参与的生物学功能和信号通路。采用SPSS 19.0软件包对数据进行统计学分析。结果 5种miRNAs（hsa-miR-451、hsa-miR-223、hsa-miR-486-5p、hsa-miR-3917、hsa-miR-671-5p）显著上调,4种miRNAs（hsa-miR-203、hsa-miR-210、hsa-miR-1246、hsa-miR-1260 ）显著下调。其中,hsa-miR-1260的靶基因584个,hsa-miR-451的靶基因139个。KEGG通路富集分析显示,hsa -miR-1260靶基因显著富集到TGF-beta等12条信号通路,hsa-miR-451靶基因显著富集到17条信号通路。结论 得到牙周炎组织中miRNAs的表达谱,牙周炎诱导的hsa-miR-1260和hsa-miR-451可能在牙周炎的生理病理学中起到关键作用。     

有吸烟史的口腔白斑病患者microRNA异常表达及癌变相关生物信息学分析

目的 研究有吸烟史的口腔白斑病（oral leukoplakia,OLK）患者病损组织microRNA(miRNA)的异常表达,并对差异miRNAs进行癌变相关生物信息学分析。方法 利用人miRNA OneArray?v5.1微阵列芯片检测吸烟组（n=6）和非吸烟组（n=4）OLK石蜡标本间差异表达的miRNA,并运用生物信息学方法从中筛选出与OLK癌变密切相关的目标miRNA,随后对目标miRNA的靶基因进行基因本体数据库（gene ontology,GO）富集分析和KEGG通路分析以预测其可能的作用机制。结果 吸烟组与非吸烟组OLK组织中共检出174个差异表达的miRNAs(P <0.05),其中,39个miRNAs在吸烟组表达上调（log2(FC)≥0.585）,135个miRNAs表达下调（log2(FC)≤-0.585）。运用生物信息学方法从中筛选出8个与OLK癌变密切相关的目标miRNAs,包括：hsa-miR-6857-5p、hsa-miR-6745、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-363-5p、hsa-miR-6867-3p、hsa-miR-95-3...     

TGF-β1信号通路相关的microRNA在唾液腺腺样囊性癌侵袭转移中的作用

目的 探讨TGF-β1/MAPKs/MMPs信号通路相关的microRNA (miRNA)在唾液腺腺样囊性癌(salivary adenoid cystic carcinoma, SACC)侵袭、转移中的作用。方法：采用 miRNA 芯片检测TGF-β1 刺激腺样囊性癌细胞（SACC-83、SACC-LM）前、后的miRNA表达谱;对 miRNA 表达谱进行差异分析;然后挑选几个显著差异表达的miRNA,采用实时荧光定量PCR（qRT-PCR）进一步加以验证,同时运用miRNA 靶基因预测软件预测其可能调控的靶基因。结果：芯片结果显示,与低转移株SACC-83相比,高转移株SACC-LM中的miRNA上调表达40个,下调表达 101个;经TGF-β1处理后,进一步显著上调的miRNA 1个,下调12个;qRT-PCR 验证结果与 miRNAs 芯片相符。对显著差异表达的miRNAs进行靶基因预测,共筛选出与 TGF-β1/MAPKs/MMPs信号通路相关的5个miRNAs（miR-125a-5p、miR-181d、mir-145-3p、mir-126-3p和mir-320d）,其对应的靶基因有P38(MAPK14)、MMP2、ERK1/2和SMADs。结论：不同转移能力的SACC存在差异表达的 miRNAs;TGF-β1能够影响SACC细胞miRNAs 的表达;miR-125a-5p、miR-34a、mir-145-3p、mir-126-3p和mir-195可能在SACC转移相关信号调节通路TGF-β1/MAPKs/MMPs中起着重要的调控作用。     

高通量测序技术筛选口腔扁平苔藓患者组织中microRNAs的差异表达谱及分析

目的:通过高通量测序筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus, OLP)患者和正常人口腔黏膜组织中差异表达的微小RNA(miRNAs),探讨miRNAs在OLP发病机制中的作用。方法:收集3例就诊于河北医科大学第四医院口腔科的OLP患者病变组织(P组)和3例正常口腔黏膜组织(N组),进行illumina高通量测序,筛选差异表达的miRNAs,利用生物信息学分析对差异最显著的6个miRNA进行靶基因预测和功能富集分析。结果:应用DESeq软件,筛选出两组间差异表达的miRNAs共61个(|log2FoldChange|> 1,P<0.05),其中表达上调的23个,下调的38个。选择上调(miR-449c-5p、miR-663b和miR-196a-5p)和下调(miR-133b、miR-1-3p和miR-133a-3p)最显著的miRNA各3个进行靶基因预测,GO分析显示这些靶基因主要富集在细胞膜区域,可能参与了细胞迁移、分化、代谢和分泌调节等生物过程,KEGG分析显示这些靶基因显著富集在MAPK、Rap1、NF-κB、Ras等信号通路上。结论:OLP和正常口腔黏...     

口腔黏膜白斑基因表达谱中重要致病差异表达基因的筛选及分析

目的：筛选口腔黏膜白斑中重要致病差异表达基因,并对其进行相关生物信息学分析。方法：提取白斑黏膜组织的总RNA,合成单标Cy3荧光标记的cRNA,然后与含有41000个基因/ESTs序列的Agilent全基因表达谱芯片杂交,以Ratio≥2和Ratio≤0.5为阈值来筛选差异表达基因;对差异表达基因行GO（Gene Ontology）功能分类和pathway通路分析;用RT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果：在41000个基因/ESTs序列中,共筛选到892条差异表达基因,其中上调基因623条,下调基因269条。GO分析发现这些差异表达基因主要涉及代谢、细胞结构等12类功能基因;pathway通路分析共得到7条有显著性改变的通路,在667条已知差异表达基因中,有9条基因在以上7条通路上发生富集。对上调基因Cyp2b13和下调基因Tyms行RT-PCR验证结果与芯片结果相符。结论：口腔黏膜白斑的发生主要由Cyp2b13、Tyms、Casp3、Cc15、CXCL12、Cc124、Dhfr、Apoe、Alb基因的异常表达导致Caspase-3激活通路、趋化因子受体粘附活性通路、E2F转录因子对DNA复制调节通路、G1/S期过渡相关调控通路、脂蛋白代谢通路、花生四烯酸代谢通路、细胞色素P450代谢通路的改变,最终导致白斑的发生,因此通过对以上9条基因的靶向调控进而变所涉及的7条通路将成为预防口腔白斑的关键。     

非综合征型唇腭裂DNA甲基化谱的生物信息学分析

目的:针对非综合征型唇腭裂（non-syndrome cleft lip/cleft, NSCL/P）DNA甲基化谱,采用生物信息学技术筛选NSCL/P异常甲基化位点和异常甲基化区域,探讨DNA甲基化与NSCL/P发病机制的关系。方法:从基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）的数据集下载原始数据,纳入67例NSCL/P患者和59例无出生缺陷者的全血甲基化数据。数据分析包括①探针过滤、质控、归一化等数据清洗;②差异甲基化位点和差异甲基化区域等差异甲基化分析;③对差异甲基化区域所在的基因进行基因本体（Gene Ontology,GO）富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG）信号通路富集分析,明确异常DNA甲基化对生物功能学的影响。采用R 3.4.3统计学软件进行数据清洗、筛选差异甲基化位点和差异甲基化区域,采用DAVID 6.8工具对差异甲基化区域进行GO和KEGG富集分析。结果:NSCL/P患者和正常对照者差异显著的甲基化位点共814个（校正P<0.001,|Δβ|>0.125）,其中NSCL/P组与对照组相比,高甲基化位点178个,低甲基化位点636个;差异显著的甲基化区域共386个（P<0.05）,其中高甲基化区域204个,低甲基化区域182个。GO富集分析显示,富集于7个生化过程相关的差异性甲基化基因共38个,富集于3个分子功能相关的差异性甲基化基因共163个,富集于3个细胞成分有关的差异性甲基化基因共114个（P<0.01）。KEGG通路分析显示,9个信号通路出现差异性甲基化基因富集,涉及59个基因（P<0.05）。结论:DNA甲基化异常可能是影响NSCL/P发生、发展的重要表观遗传学机制,为诊断标志物筛选和靶向干预提供了线索。     

口腔扁平苔藓差异表达MicroRNAs的筛选

目的:芯片筛选口腔扁平苔藓(oral lichen planus,OLP)损害黏膜中差异表达的miRNAs。方法:收集白纹型OLP损害黏膜和正常口腔黏膜各2例,抽提总RNA预扩增后运用Taqman低密度芯片(v2.0)测定人类667种miRNAs的表达谱,随后应用实时定量PCR在68例样本中进一步验证miR-27b的表达水平。采用miRNAs生物信息库预测miR-27b所对应的靶基因,对芯片数据进行统计学分析。结果:筛选获得30个OLP相关的miRNAs。相对于正常口腔黏膜,OLP损害黏膜中有18个miRNAs表达下调,12个上调。扩大样本量至68例验证miR-27b表达水平,结果与芯片实验一致。生物信息学分析得出miR-27b的预测靶基因中有10个与OLP发病有关。结论:筛选得到的OLP损害黏膜中差异表达的miRNAs可能与OLP的发生相关。     

miR⁃135b⁃5p在口腔鳞状细胞癌中的表达及相关生物信息学分析

目的探索miR?135b?5p在口腔鳞状细胞癌(oral squamouscellcarcinoma,OSCC)及癌旁组织中的表达及其临床意义,预测miR?135b?5p靶基因并进行相关生物信息学分析。方法通过肿瘤与癌症基因图谱(the CancerGenomeAtlas,TCGA)、基因表达数据库(Gene ExpressionOmnibus,GEO)数据库分析miR?135b?5p在OSCC组织和癌旁组织中的表达并分析其临床意义;临床收集新鲜组织标本,采用实时荧光定量PCR验证不同组织中miR?135b?5p的表达情况。采用生物信息学方法预测miR?135b?5p的靶基因并进行通路富集分析。构建蛋白互作网络筛选关键靶基因。结果OSCC组织中miR?135b?5p表达量较癌旁组织上调,差异有统计学意义(P<0.001);miR?135b?5p表达量对OSCC组织具有良好的诊断效能(AUC=0.960,P<0.001);OSCC组织中miR?135b?5p表达水平与组织病理分级相关(P=0.011);生信分析结果显示,miR?135b?5p的靶基因富集在与肿瘤相关的钙离子、cGMP?PKG、cAMP信号通路中;筛选得到10个关键靶基因:DLG2、ANK3、ERBB4、SCN2B、NBEA、GABRB2、ATP2B2、SNTA1、CACNA1D、SPTBN4。结论miR?135b?5p可作为一种促癌基因参与OSCC的发生发展,并具有成为OSCC诊断标志物及治疗靶点的潜在应用价值。     

牵引力介导MC3T3-E1细胞microRNA的差异表达

目的 探讨周期性牵引力作用下小鼠成骨前体细胞microRNA的表达谱,寻找与TGF-β信号通路相关的差异microRNA。 方法 体外培养MC3T3-E1细胞。以正常培养细胞为对照,应力加载组细胞加载12%拉伸应变力3 h,利用microRNA基因芯片技术初步筛选出牵张应力作用下MC3T3-E1细胞差异表达的microRNA,然后采用实时荧光定量PCR技术对与TGF-β信号通路相关的差异表达microRNAs进行验证,生物信息学预测可能受其调控的靶基因。 结果 与对照组相比,应力加载组有41个microRNAs表达差异（P值均小于0.05且差异倍数均大于1.5倍）,其中20个表达上调,21个表达下调。实时荧光定量PCR结果显示：相比于对照组,应力加载组中miR-132-3p的表达水平升高,与芯片结果一致且存在统计学差异（P<0.05）。经软件分析,miR-132-3p的靶基因可能为Smad2。 结论 周期性牵引力作用下成骨细胞microRNA表达谱发生改变,这些差异表达的microRNAs可能通过影响TGF-β信号通路或其相关信号分子来影响成骨细胞的生物学功能。     

成牙骨质细胞矿化过程中可变剪接事件分析

目的:生物信息学分析成牙骨质细胞矿化过程中可变剪接事件以及差异可变剪接基因富集到的生物学功能和信号通路.方法:小鼠成牙骨质细胞OCCM30矿化诱导0、7和14 d.实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)检测骨钙素(bone gamma-carboxyglutamate protein,Bglap)和成骨细胞特异性转录因子(Osterix,Osx)的相对表达量来验证矿化结果.生物信息学分析可变剪接事件类型.Gene Ontology(GO)和Kyoto Ency-clopedia of Genes and Genomes(KEGG)分别分析差异可变剪接基因可能富集到的生物学功能和信号通路.结果:Bglap和Osx在成牙骨质细胞矿化过程中表达量升高.与0 d相比,在矿化第7天和第14天时分别有1702个和1682个可变剪接事件发生.差异可变剪接基因主要与蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性、肽基赖氨酸修饰、Wnt信号通路和血管内皮生长因子信号通路等有关.结论:成功矿化诱导成牙骨质细胞.通过生信分析确定可变剪接事件以及差异可变剪接基因可能在成牙骨质细胞矿化过程中发挥作用,有望为今后牙骨质再生和牙周再生提供新的研究思路.     

NSCL/P患者中异常表达microRNA与WNT家族的关联性研究

目的:探讨非综合征性唇腭裂患者中microRNA表达谱差异及显著改变microRNA与WNT家族的关联性。方法:采用涵盖当前miRbase数据库中所有人类microRNA的miRCURY^TM探针的基因芯片对4例非综合征性唇腭裂患者的唇腭组织与4例正常新生儿脐带组织所提取的microRNA进行分析研究,并对差异性表达显著的microRNA进行生物信息学分析。结果:共筛选出254个与非综合征性唇腭裂相关的差异表达microRNA:181个在非综合征性唇腭裂组织中表达上调,73个表达下调(P＜0.05)。根据差异倍数与P值大小,选取十个表达差异较大的microRNAs进行生物信息学靶基因预测,结果显示hsa-miR-1260b, hsa-miR-205-5p, hsa-miR-24-3p, hsa-miR-27b-3p和 hsa-miR-720均靶向结合于Wnt5a、Wnt9b、Wnt10a等Wnt家族的信号分子。结论:差异表达较显著的microRNA通过与Wnt家族信号分子靶向结合参与调控唇腭裂的发育过程。     

宁夏地区非综合征型唇腭裂环境因素的研究

目的 探讨宁夏地区非综合征型唇腭裂（NSCL/P）发病相关环境因素。方法 采用病例对照研究方法纳入NSCL/P患者453例,正常新生儿452例。对研究对象进行问卷调查,利用SPSS 16.0统计软件对数据进行卡方检验和Logistic回归分析。结果 NSCL/P患病类型构成比为唇裂︰唇裂合并腭裂︰腭裂=1︰2.02︰1.51。Logistic回归分析显示妊娠期发生异常、妊娠期感染、流产史、孕前孕中服用药物、饮茶、吸烟、饮酒、居住地附近工厂为危险因素（P<0.05）。单胎、早孕反应、食用豆制品食物、水果为保护因素（P<0.05）。结论 加强母亲孕期饮食均衡,避免感染、流产、服用药物以及不良生活习惯对降低NSCL/P的发生具有重要意义。     

非综合征唇裂伴或不伴腭裂对口腔健康相关生活质量的影响

目的 探讨非综合征唇裂伴或不伴腭裂对口腔健康相关生活质量的影响。方法 回顾分析2017年1月—2019年6月山东省菏泽市立医院收治的非综合征唇裂伴或不伴腭裂90例患儿的临床资料,其中唇裂不伴腭裂52例（唇裂不伴腭裂组）,唇裂伴腭裂38例（唇裂伴腭裂组）;选择同期我院口腔科常规口腔检查、口腔健康的40例儿童作为对照组,所有入组者均进行口腔健康检查。应用问卷调查法评估口腔健康对日常生活的影响,采用SPSS 22.0软件包对口腔健康与日常生活质量的相关性进行Spearman相关分析。结果 唇裂不伴腭裂组与唇裂伴腭裂组在龋失补指数（DMFT）、功能牙数目（TH）、咬合牙对、龋齿牙数、LOA≥6 mm牙数间差异具有统计学意义（P<0.05）;唇裂不伴腭裂组与唇裂伴腭裂组的DMFT、TH、咬合牙对、龋齿牙数、LOA≥6 mm牙数均显著高于对照组（P<0.05）;唇裂伴腭裂组OIDP量表各条目得分、OIDP总分显著高于唇裂不伴腭裂组（P<0.05）;唇裂不伴腭裂组OIDP量表各条目得分、OIDP总分显著高于对照组（P<0.05）。采用Spearman法分析临床口腔健康指数与OIDP分数的相关关系,唇裂不伴腭裂组与唇裂伴腭裂组DMFT、MT与根龋牙数、LOA≥6 mm牙数与OIDP分数呈负相关;咬合牙对与OIDP分数呈正相关（P<0.05）。结论 非综合征唇裂伴或不伴腭裂的口腔健康对日常生活质量均有不同程度影响。     

非综合征型唇腭裂与MTHFR基因多态性的相关性研究

目的：研究亚甲基四氢叶酸还原酶（methylenetetrahydrofolate reductase,MTHFR）基因位点C677T和A1298C与中国江苏地区汉族人群非综合征型唇腭裂（（nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P）发生的相关性。方法：采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测法对200例NSCL/P患者和213例健康人进行基因型检测。结果：MTHFR C677T对照组与病例组在基因型分布无统计学差异（P〉0.05）,TT基因型和携带T等位基因儿童罹患NSCL/P的风险分别是CC基因型儿童的1.84倍及1.57倍。进一步分层分析发现TT基因型和CT基因型能分别显著增加儿童唇裂伴或不伴腭裂和单纯性唇裂的发病风险。MTHFR A1298C病例组和对照组在基因型频率和等位基因频率有统计学差异（P〈0.05）,AC基因型和携带C等位基因的儿童罹患NSCL/P的风险分别比AA基因型儿童降低49%及43%。分层分析中,AC基因型和携带C等位基因可降低罹患唇裂伴腭裂及唇裂伴或不伴腭裂的风险。结论：MTHFR C677T可能为中国江苏地区汉族儿童NSCL/P的危险因素,而MTHFR A1298C有可能是NSCL/P发生的保护因素。     

邯郸地区非综合征唇腭裂患儿发生率及其与环境因素和IRF6基因多态性的相关性研究

目的分析邯郸地区非综合征唇腭裂(non-syndromic cleft lip with or without cleft palate,NSCL/P)患儿发生率及其与环境因素和IRF6基因多态性的相关性。方法对2016年3月-2018年4月产科新生儿22460例临床资料进行回顾性分析,统计唇腭裂发生情况。并采用单因素分析和多因素Logistic回归分析影响新生儿发生唇腭裂的影响因素。结果①在22460例新生儿中,NSCL/P有48例,占比2.13‰,其中,单纯性唇裂15例,占比31.25%,腭裂12例,占比25.00%,唇腭裂21例,占比33.33%。;②所有患儿及其父母与健康组基因型频率分布经检验均符合HW平衡,NSCL/P组中单纯性唇裂与唇腭裂rs642961位点的AA基因频率明显高于健康组,数据间差异具有统计学意义(P<0.05);③父亲吸烟、母亲吸烟、母亲被动吸烟、母亲孕期具有疾病史与服药史、未补充维生素与叶酸等环境因素中新生儿NSCL/P的发病率明显增高(P<0.05);④母亲吸烟、母亲被动吸烟、母亲孕期具有疾病史与服药史、未补充维生素与叶酸等环境因素是影响新生...     

中国人群非综合征性唇腭裂患者IRF6基因突变检测

目的 探讨干扰素调节因子6(interferon regulatory factor 6, IRF6) 在非综合征性唇腭裂(non-sydromic cleft lip and/or cleft palate,NSCL/P)患者中的突变情况。方法：收集119例NSCL/P患者及288名健康人对照样本的外周血血样并提取DNA。在IRF6基因的全部外显子分别设计引物,PCR扩增其序列,通过测序找出IRF6基因突变,并将这些突变在对照样本中进行验证。结果：共发现5种在正常人中没有的突变,其中4种是新发现的突变。结论：IRF6基因突变在中国人群中参与了非综合征唇腭裂疾病的发生。     

Identification of susceptibility genes in non-syndromic cleft lip with or without cleft palate using whole-exome sequencing

Background

Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL/P) is among the most common congenital malformations. The etiology of NSCL/P remains poorly characterized owing to its complex genetic heterogeneity. The objective of this study was to identify genetic variants that increase susceptibility to NSCL/P.

Material and Methods

Whole-exome sequencing (WES) was performed in 8 fetuses with NSCL/P in China. Bioinformatics analysis was performed using commercially available software. Variants detected by WES were validated by Sanger sequencing.

Results

By filtering out synonymous variants in exons, we identified average 8575 nonsynonymous single nucleotide variants (SNVs). We subsequently compared the SNVs against public databases including NCBI dbSNP build 135 and 1000 Genomes Project and obtained an average of 203 SNVs. Total 12 reported candidate genes were verified by Sanger sequencing. Sanger sequencing also confirmed 16 novel SNVs shared by two or more samples.

Conclusions

We have found and confirmed 16 susceptibility genes responsible for NSCL/P, which may play important role in the etiology of NSCL/P. The susceptibility genes identified in this study will not only be useful in revealing the etiology of NSCL/P but also in diagnosis and treatment of the patients with NSCL/P. Key words:Non-syndromic cleft lip with or without cleft palate, whole-exome sequencing, sanger sequencing, susceptibility gene, single nucleotide variants (SNVs).     

Familial non-syndromic cleft lip and palate--analysis of the IRF6 gene and clinical phenotypes

The aim of this study was to characterize Swedish families with non-syndromic cleft lip and/or palate (NSCL/P) for mutations or other sequence variants in the interferon regulatory factor 6 (IRF6) gene, as well as to describe their cleft phenotypes and hypodontia. Seventeen Swedish families with at least two family members with NSCL/P were identified and clinically evaluated. Extracted DNA from blood samples was used for IRF6 mutation screening. Exonic fragments of the IRF6 gene were sequenced and chromatograms were inspected. Statistical analysis was undertaken with marker- and haplotype association tests. No disease-associated IRF6 mutation could be determined in the families analyzed. One new and seven known single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected. The A allele of SNP rs861019 in exon 2 and the G allele of SNP rs7552506 in intron 3 showed association with cleft lip and palate (CLP; odds ratios of 3.1 and 5.45, respectively). Hypodontia was observed more commonly in individuals affected with CL/P as compared with family members without a cleft (P < 0.01). The hypodontia most often affected the cleft area, possibly representing a secondary effect. The distribution of cleft phenotypes in 15 of the 17 families with NSCL/P differed from the mixed cleft types seen in Van der Woude syndrome (VWS), in that CLP did not occur together with an isolated cleft palate within the same family. It was concluded that mutations of the IRF6 gene are not a common cause for cleft predisposition in Swedish NSCL/P families.     

VAX1 gene associated non-syndromic cleft lip with or without palate in Western Han Chinese

ObjectiveNon-syndromic cleft lip with or without palate (NSCL/P) is one of the most common human birth defects, it results from multiple genetic and environmental risk factors. Recently, GWA studies identified associations between NSCL/P and two genetic risk loci, rs7078160 and rs4752028, at VAX1.DesignCurrently, we tried to investigate the roles of the two loci among 302 NSCL/P trios (129 non-syndromic cleft lip only (NSCLO) trios and 173 non-syndromic cleft lip and cleft palate (NSCLP) trios) from Western Han Chinese. The two SNPs were genotyped by SNPscan method; Hardy–Weinberg equilibrium test, allelic TDT and parent-of-origin effect were performed by PLINK software, and genotypic TDT and haplotype by FBAT software.ResultsAllelic TDT analysis revealed allele A at rs7078160 was over-transmitted among NSCL/P group (P = 0.0086, OR_transmission = 1.36, 95%CI: 1.08–1.72). Parent-of-origin effect analysis revealed a paternal special over-transmission of allele A at rs708260 in NSCL/P group (P = 0.0079). Haplotype AC of rs7078160-rs4752028 was significant over-transmitted in the NSCL/P group.ConclusionsOur study firstly confirmed that allele A at rs7078160 at VAX1 gene was a risk factor for NSCL/P in Western Han Chinese population.     

No evidence of association between 8q24 and susceptibility to nonsyndromic cleft lip with or without palate in Japanese population

Objective : Recent genome-wide association studies identified susceptibility loci for nonsyndromic cleft lip with or without cleft palate (NSCL±P) on 8q24.21, 10q25.3, 13q31.1, 15q13.3, 17q22, and 18q22 in populations of European origin. The purpose of this study was to determine, using DNA samples, whether 8q24.21 was a susceptibility locus for the development of NSCL±P in Japanese patients. Methods : We used DNA from 167 Japanese NSCL±P patients (45 cleft lip without cleft palate and 122 cleft lip with cleft palate patients) and 190 Japanese unaffected control individuals. We performed an association study using 13 single nucleotide polymorphisms (SNPs) selected on the 8q24.21 locus. Genotyping of each SNP was carried out by direct sequencing of genomic DNA. Additionally, a haplotype block was constructed using the selected SNPs. Results : The 13 selected SNPs were successfully genotyped in 357 individuals. The p values obtained were not low enough to indicate a significant association between the haplotypes and the development of NSCL±P in this population. Conclusions : Our results suggest that the 8q24.21 locus is not associated with susceptibility to NSCL±P in Japanese patients and provide further evidence that ethnicity is a strong factor in determining susceptibility loci, albeit using a limited number of samples. Further studies are needed to identify regions involved in the development of NSCL±P in the Japanese population.