应用基因芯片筛查维吾尔族妇女子宫颈癌相关基因

目的 探讨新疆维吾尔族妇女子宫颈鳞癌相关基因群的表达和功能。方法 应用含有2048条人类全长基因的cDNA表达谱基因芯片,对3例临床切除的宫颈癌及自身正常宫颈组织标本的基因表达谱进行分析。结果 在3例宫颈鳞癌组织中有共同差异表达的基因64条,其中表达量减少(下调)的基因11条,表达量增加(上调)的基因53条。结论 应用基因芯片技术可以快速、高通量的筛查出维吾尔族妇女宫颈鳞癌的相关基因。     

基因表达谱芯片在宫颈癌相关基因筛选中的应用研究

目的探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究宫颈癌分子病理学变化中的应用价值.方法应用含有9 184条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对3例临床切除的宫颈癌及正常宫颈标本的基因表达谱进行分析.结果在3例宫颈癌和正常宫颈组织中均有差异表达的基因24条,其中在宫颈癌组织中上调基因12条,下调基因12条.结论运用本基因表达谱芯片对基因表达谱进行分析,能够有效筛查出新的宫颈癌相关基因.     

维吾尔族宫颈癌基因组差异表达基因的层次聚类分析

目的:了解新疆维吾尔族宫颈癌患者基因表达谱的改变,探索新疆维吾尔族宫颈癌差异表达基因与其生物学特性的内在联系和规律。方法:收集我院2006年12月至2007年5月手术切除标本,分为A组(南疆维族妇女宫颈鳞状细胞癌标本7例)、B组(非宫颈病变宫颈手术标本4例),用21522个基因的Oligo芯片,经洗片、扫描、软件处理后,分析宫颈癌和正常宫颈标本之间基因表达谱的差异,同时通过数据处理,对本次实验与先前实验差异基因数据(C组)进行层次聚类分析。结果:宫颈癌组与正常宫颈组相比,差异表达基因1159条,以先前差异基因数据为基础,在检测数据中找到对应40条表达基因,显著差异表达基因17条,其中上调基因14条,下调基因3条。通过数据聚类分析,直观展示类内部个体在特征上有相似性。结论:通过两次实验集中找到了南疆维族妇女宫颈鳞癌极少部分差异表达基因,为进一步分析差异表达基因提供了实验依据。     

宫颈癌细胞系及宫颈组织PTEN基因启动子区甲基化状态的检测与分析

目的:探讨宫颈癌细胞系及宫颈组织中PTEN基因启动子甲基化状态对其表达的影响。方法:选取体外培养的4种宫颈癌细胞系HeLa、Caski、C-33A、HT-3,以及18例宫颈癌组织和8例宫颈正常组织为研究对象。应用重亚硫酸盐测序PCR(bisulfite genomic sequencing PCR,BSP)联合TA克隆测序检测PTEN基因启动子甲基化状态;采用去甲基化药物5-氮杂-2'-脱氧胞苷(5-Aza-dC)处理体外培养的4种宫颈癌细胞系,RT-PCR法检测处理前后PTEN基因mRNA转录表达的差异,并与本课题组前期5-Aza-dC作用前后4种细胞系表达谱芯片PTEN基因的差异进行比较分析。结果:4种宫颈癌细胞系、宫颈癌组织及正常宫颈组织中PTEN基因启动子区均呈低甲基化状态;且宫颈癌组织与正常宫颈组织PTEN基因启动子甲基化水平无显著差异(T=34.5,P=0.720)。表达谱芯片中4种细胞系PTEN基因差异倍数均0.5且2。RT-PCR显示,5-Aza-dC处理前后4种细胞系中PTEN mRNA表达无显著差异(HeLa:t=0.384,P=0.738;Caski:t=0.073,P=0.949;C-33A:t=0.097,P=0.931;HT-3:t=0.073,P=0.542)。结论:宫颈癌组织及宫颈癌细胞系中未发现PTEN基因启动子区CpG岛的高甲基化,PTEN基因表达的差异与该基因启动子区甲基化无显著相关性。     

CIITA、LGMN、CTSB和GILT基因在子宫颈癌免疫逃逸中的作用

目的通过检测抗原呈递过程中CIITA、LGMN、CTSB、GILT基因表达模式的变化,探讨抗原呈递过程在宫颈癌免疫逃逸机制中的作用。方法收集子宫颈鳞癌、子宫颈上皮内瘤变(CIN)2和正常宫颈组织石蜡包埋标本各7例。采用QuantiGene2.0Reagent System定量检测CⅡTA、LGMN、CTSB和GILT基因的表达,cluster3.0聚类分析其基因表达模式特征。结果 CⅡTA、GILT基因在宫颈癌和CIN组织中呈较高表达,正常宫颈中呈较低表达;LGMN基因在宫颈癌和CIN组织中呈较低表达,而在正常宫颈中表达稍高;CTSB基因表达变异较大,在异常组织中表达可上调或下降,而正常组织中表达中等。结论四个基因可显示免疫系统抗原呈递的特征,可能区分CIN和宫颈鳞癌,有助宫颈癌的预诊,但由于例数少,有待进一步验证。     

宫颈癌介入治疗前后敏感相关基因的表达谱研究

目的研究表达谱芯片筛选子宫颈癌介入治疗前后的差异表达基因,探究宫颈癌介入治疗的分子机制。方法取3例治疗有效的宫颈癌治疗前后的组织标本,采用基因表达谱芯片筛查差异表达基因,利用MAS软件挖掘差异表达基因的功能通路。结果介入治疗后和治疗前癌组织相比有209条基因表达上调,922条下降。功能分析示涉及细胞DNA修复、有丝分裂、BRCA1、BRCA2和ATR基因相关通路、乏氧相关因子等。结论表达谱芯片可用来快速高通量筛查可能与介入化疗栓塞敏感性相关的差异表达基因。     

细胞质胸苷激酶在维吾尔族妇女宫颈癌的表达及临床意义

目的:探讨细胞质胸苷激酶(TK1)在宫颈鳞癌的表达及其临床意义。方法:制备40例维吾尔族妇女子宫颈癌及正常宫颈组织中总RNA,用RT-PCR方法分析TK1基因mRNA的表达水平,用免疫组化(SP)法检测其相应蛋白表达。结果:(1)维吾尔族妇女宫颈癌组织中TK1 mRNA及蛋白阳性检出率分别为67.5%及60.5%,对照组宫颈组织中检出率为26.7%及8.3%。宫颈癌组织中TK1 mRNA及蛋白阳性表达明显高于对照组的宫颈组织(P0.05);(2)在宫颈癌组织中TK1 mRNA及蛋白表达:不同临床分期及分化程度之间无显著差异(P0.05),但是,有淋巴结转移患者组织中阳性表达明显高于无淋巴结转移者,肿瘤直径≥4cm患者阳性表达明显高于肿瘤直径4cm的患者(P0.05)。结论:TK1在维吾尔族妇女宫颈鳞癌中高表达,对宫颈癌的诊断有重要的参考价值,TK1高表达可能与宫颈癌的进展及预后有关。     

子宫颈癌组织中水通道蛋白8和bcl-2蛋白的表达及其相关性

目的 探讨水通道蛋白(AQP)8、bcl-2蛋白在宫颈癌组织中的表达及其相关性.方法 采用免疫组化Envision二步法检测AQP8和bcl-2蛋白在74例宫颈癌(其中鳞癌46例、腺癌28例)、34例宫颈上皮内瘤变(CIN)和15例正常宫颈组织中的表达情况,并分析两者的相关性.结果 AQP8和bcl-2蛋白主要在CIN异型细胞和宫颈癌细胞的细胞质内表达,AQP8蛋白在宫颈鳞癌、腺癌、CIN和正常宫颈组织中的阳性表达率分别为98%、61%、71%和53%,鳞癌高于腺癌、CIN和正常宫颈组织,差异有统计学意义(P＜0.01);腺癌与CIN、正常宫颈组织比较,CIN与正常宫颈组织比较,差异均无统计学意义(P＞0.05).bcl-2蛋白在宫颈鳞癌、腺癌、CIN和正常宫颈组织中的阳性表达率分别为74%、71%、53%和20%,鳞癌与腺癌组织比较,差异无统计学意义(P＞0.05);鳞癌、腺癌高于CIN、正常宫颈组织,CIN也高于正常宫颈组织,差异均有统计学意义(P＜0.01).AQP8和bcl-2蛋白在宫颈癌组织中的表达呈明显正相关(rs=0.463,P=0.000).结论 AQP8和bcl-2蛋白在宫颈癌组织中的表达呈明显正相关,AQP8蛋白表达上调可能与宫颈癌的发生、发展有一定的关系.     

应用基因芯片技术筛查葡萄胎相关基因的研究

目的 探讨应用基因表达谱芯片技术,筛选葡萄胎发病及恶性转化相关基因的有效性。方法 应用含4096条基因的cDNA表达谱基因芯片,对2例完全性葡萄胎组织和与葡萄胎孕周接近的2例正常绒毛组织进行基因表达谱分析,比较两种组织中差异表达的基因。结果 2例葡萄胎及2例正常绒毛组织中均有差异表达的基因89条,占所检基因总数的2．2％。与正常绒毛组织比较,葡萄胎组织中基因表达显著增强(上调)的有24条,表达显著降低(下调)的有65条。基因生物学信息分析显示,RASA1、转化生长因子βⅡ型受体、BTG2等与细胞生长抑制有关的基因,在葡萄胎组织中显著下调;而与组织细胞增生和恶性转化及肿瘤转移有关的基因,如胸腺嘧啶核苷激酶1、核苷酸还原酶小亚单位、葡萄糖转运蛋白3、细胞周期蛋白B等基因在葡萄胎组织中显著上调。结论 基因表达谱芯片技术是一种高效的筛查与葡萄胎发病相关基因的有效方法。     

环氧合酶-2、bcl-2蛋白在宫颈鳞癌组织中的表达及意义

目的:探讨宫颈鳞癌组织中环氧合酶(COX-2)、bcl-2蛋白的表达及其与宫颈癌临床分期、病理分级、淋巴转移的关系。方法:采用免疫组化法对40例宫颈癌组织中COX-2和bcl-2蛋白的表达进行检测分析,以10例正常宫颈组织作为对照。结果:COX-2和bcl-2蛋白在正常宫颈组织中阳性表达率均为0(0/10)。COX-2在宫颈原位癌、Ⅰ~Ⅱ期及Ⅲ期的阳性表达率分别为50.0%、54.5%和66.7%,宫颈鳞癌及正常宫颈组织组之间比较差异有显著性(P<0.05),宫颈原位癌、宫颈鳞癌Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期间差异无显著性(P>0.05)。COX-2在Ⅰ~Ⅱ期宫颈鳞癌表达与淋巴结转移有关(P<0.05)。bcl-2在宫颈原位癌、宫颈鳞癌Ⅰ~Ⅱ期、Ⅲ期癌细胞胞浆中未着色,但在癌间质有不同程度染色。bcl-2在宫颈癌及正常宫颈组织组之间差异有显著性(P<0.05)。宫颈原位癌、宫颈癌Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期间差异无显著性(P>0.05)。bcl-2与癌细胞分化程度及淋巴结转移无关(P>0.05)。COX-2与bcl-2在宫颈鳞癌组织中表达无相关性(P>0.05)。结论:COX-2和bcl-2蛋白在正常宫颈组织中均不表达。COX-2在宫颈鳞癌中的表达与临床分期和病理分级无关,与淋巴结转移有关。二者在宫颈癌中的表达无相关性。检测宫颈鳞癌组织中COX-2的表达有利于早期诊断及估计宫颈癌患者的预后。     

应用基因芯片技术筛查卵巢癌相关基因

目的 探讨卵巢癌组织中相关基因的差异表达。方法 应用含有512条人类基因的cDNA芯片,检测卵巢癌组织和正常组织中相关差异表达的基因。结果 共筛查与卵巢癌相关的差异表达的基因37条,其中14条基因表达增加(上调),23条基因表达减少(下调)。结论 应用基因芯片技术,可筛查出新的卵巢癌相关基因。     

应用基因芯片技术检测子宫肌瘤的基因表达谱

目的：研究人子宫肌瘤与子宫肌组织差异表达基因，寻找子宫肌瘤相关基因，以进一步阐明子宫肌瘤的发病机理。方法：以包含2048条cDNA基因表达谱芯片研究一组子宫肌瘤组织与子宫肌组织样本的基因表达谱。结果：在4例子宫肌瘤与子宫肌组织中三三比较共筛选出差异表达基因16条，主要涉及细胞信号和传递蛋白，蛋白翻译合成类基因。4组样本共同表达的差异基因有1条，属于蛋白翻译合成类基因。结论：基因表达谱芯片能有效地筛选子宫肌瘤相关基因，具有快速、高通量、高敏度等特点。     

Characterization of differentially expressed genes in ovarian cancer by cDNA microarrays

The molecular events leading to the development and progression of ovarian carcinoma are not completely understood. We performed a large-scale survey for the identification of differentially expressed genes between ovarian carcinoma and normal ovarian tissue by using cDNA microarray analysis. We utilized 512 member human novel putative oncogene and tumor suppressor gene cDNA microarrays to study the differences in gene expression between ovarian carcinoma and normal ovarian tissues. Some differentially expressed genes have been further confirmed by immunohistochemical analysis. A total of 39 differentially expressed genes were identified, of which 16 and 23 were specifically expressed in ovarian cancer and normal ovarian tissue, respectively. The comparison of average signal of differentially expressed genes exhibited at least a twofold difference in expression. The differentially expressed genes may be related to the carcinogenesis and progression of the malignant growth. The use of cDNA microarrays allows simultaneous monitor of the expression of many genes, thereby it speeds up the identification of differentially expressed genes. It is essential for further exploration of the mechanisms of the disease.     

Identification of chromosomal alterations important in the development of cervical intraepithelial neoplasia and invasive carcinoma using alignment of DNA microarray data

OBJECTIVE: To use microarray data to reveal regions of potential chromosomal loss or gain important in cervical intraepithelial neoplasia (CIN) and invasive cervical cancer by identifying mRNA expression biases in contiguous chromosomal regions. METHODS: Data from three RNA expression microarray experiments were used: one primary experiment using cDNA arrays profiling gene expression in cervical epithelium from viral cytopathic effect to invasive cancer, one experiment using Affymetrix arrays profiling gene expression in invasive cancerous cervical epithelium, and one experiment using Affymetrix arrays profiling gene expression in CIN cervical biopsy specimens. Gene expression was aligned along chromosomes to reveal regions of significant chromosomal imbalance. Regions showing significant gain or loss and verified in more than one experiment are presented here. RT-PCR was performed to validate expression of one gene in a region. RESULTS: Gain of 3q was detected from the CIN II (P=0.018), CIN III (P=0.005), and invasive cancer (P=0.0002) cDNA arrays, and gain of 12q was detected from the CIN (P=0.05) and invasive cancer (P=0.05) Affymetrix arrays. Loss of 6p was detected from the CIN III (P=0.004) cDNA arrays and invasive cancer (P=0.05) Affymetrix arrays. Loss of 4q was detected from the invasive cancer (P=0.04) cDNA arrays and invasive cancer (P=0.05) Affymetrix arrays. RAN, located in the region of gain on 12q24.3, was overexpressed in CIN and invasive cancer. CONCLUSIONS: Alignment of microarray expression data by chromosomes can be used to estimate regions of potential chromosomal aberration and identify differentially expressed genes important in the development of CIN and invasive cancer.     

卵巢癌相关基因筛选的初步研究

目的 通过研究人卵巢癌组织和正常卵巢组织中差异表达的基因，筛选出卵巢癌相关基因以用于早期诊断和治疗。方法 以cDNA基因表达谱芯片分析研究卵巢组织样本和正常卵巢组织的基因表达谱，计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 共筛选出差异表达的基因1785条，表达上调基因有40条，下调基因138条，有显著表达差异的基因54条，涉及到11大类基因。结论 卵巢癌同其它恶性肿瘤一样，是多种基因结构和功能改变的结果，有关卵巢癌特异性相关基因及其作用尚有待进一步研究。     

Expression and transcriptional profiling of the LKB1 tumor suppressor in cervical cancer cells

Objectives

To characterize the biological activities of LKB1, examine LKB1 protein expression and identify LKB1-regulated genes that may serve as therapeutic targets in cervical cancer.

Methods

Proliferation of cervical cancer HeLa cells expressing LKB1 was examined. LKB1 expression in normal cervical tissues and cervical cancers was assessed by immunohistochemistry. Gene expression profiles of cervical cancer HeLa cells stably expressing LKB1 were analyzed by microarray. Differentially expressed genes were analyzed using Gene Ontology (GO) terms and the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) PATHWAY database. Quantitative RT-PCR was used to validate the microarray data. The expression of lipid phosphatase inositol polyphosphate 4-phosphatase type II (INPP4B) was confirmed by western blotting.

Results

Expression of LKB1 inhibited HeLa cell proliferation, activated AMPK and was lost in more than 50% of cervical carcinomas. More than 200 genes were differentially expressed between HeLa cells with and without LKB1. Bioinformatics analysis with GO annotation indicated that LKB1 plays a role in receiving diverse stimuli and converting them into molecular signals. KEGG PATHWAY analysis showed that 8 pathways were significantly regulated. These include arginine and proline metabolism and inositol phosphate metabolism. The differential expression of 7 randomly selected genes was confirmed by quantitative RT-PCR. Furthermore, the steady-state level of INPP4B protein was up-regulated in LKB1-overexpressing cells.

Conclusions

This study establishes LKB1 as an important tumor suppressor in cervical cancer and sheds light on a novel signaling pathway regulated by LKB1.     

不同期别子宫内膜癌组织中差异表达基因的层次聚类分析

目的探讨对不同期别子宫内膜癌组织中的差异表达基因进行层次聚类分析的意义。方法利用基因芯片技术分析32例不同期别子宫内膜癌组织中的差异表达基因,并对其基因表达谱进行层次聚类分析。结果根据国际妇产科联盟（FIGO）手术病理分期的不同对所有样本进行分组,分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期组4组,筛选出与肿瘤转移相关的差异表达基因12个。根据这12个差异表达基因对32例内膜癌进行层次聚类分析,其结果与手术病理分期的符合率为66％。结论基因芯片技术可以发现与子宫内膜癌转移相关的差异表达基因,基因表达谱层次聚类分析可以在术前帮助判断高危型子宫内膜癌。