络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制研究

目的：基于网络药理学的研究方法,探讨络石藤治疗类风湿关节炎（RA）的可能作用机制。方法：以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为指标,通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取络石藤的活性成分、作用靶点,利用uniprot数据库将相应靶点蛋白转换为标准蛋白基因名。在Disgent数据库中检索“Rheumatoid arthritis”,获取RA疾病靶点运。利用韦恩图,得到药物成分和RA共同靶点,上传至Cytoscape 3.9.1构建“络石藤-化合物-靶点-类风湿关节炎”的网络图,并进行蛋白互作网络分析（PPI网络分析）,GO富集和KEGG通路富集分析。结果：获取络石藤9种成分及109个作用靶点,RA疾病2722个相关靶点,络石藤-RA共同靶点57个,GO功能富集分析显示394个生物过程（BP）、41个细胞组成（CC）、70个分子功能（MF）。KEGG通路富集分析显示132条通路。结果：该研究初步揭示了青风藤中以青藤碱为主的6种有效活性成分发挥了抗RA的作用,治疗的关键靶点与AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA、MMP9、PTGS2等有关。...     

基于网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及物质基础

目的 运用网络药理学方法研究大黄牡丹汤治疗阑尾炎的作用机制及分子基础。方法 在TCMSP数据库中,检索大黄牡丹汤中五味中药的主要化学成分,通过TCMSP平台查找及预测中药化合物对应靶点,在genecards数据库中搜索阑尾炎疾病靶点,取二者靶点交集导入Swiss平台获得PPI网络,筛选核心作用靶点并构建大黄牡丹汤-潜在靶点-阑尾炎作用网络。对核心靶点进行基因本体（gene ontology,GO）分子功能及基因组百科全书（kyto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）富集分析。采用DiscoverStiudio软件对活性成分与靶点进行分子对接。结果 筛选得大黄牡丹汤中主要活性成分有11个,该活性成分的有效靶点有166个,阑尾炎疾病709个,取交集得核心靶点66个;GO富集分析显示靶点基因主要涉及RNA聚合酶II启动子的转录正调控、一氧化氮生物合成过程的正调控、平滑肌细胞增殖正调控、蛋白磷酸化正调控等;KEGG富集结果显示大黄牡丹汤可能具有调控FoxO信号通路、鞘脂类信号通路、toll样受体信号通路等功效;结论 大黄牡丹汤可通过调控机体炎症反应、NF-kappa B信号通路、炎症介质对TRP通道,参与促炎症细胞因子的转录调节等治疗阑尾炎。     

青蒿治疗系统性红斑狼疮的网络药理学分析

目的:通过网络药理学方法研究青蒿治疗系统性红斑狼疮(SLE)的潜在作用机制.方法:通过中国传统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选青蒿的有效活性成分和作用靶点,运用Uniprot数据库将药物靶点进行基因名字标准化处理,在GeneCards、OMIM数据库中检索SLE相关靶点,使用R软件绘制Venny图找出青蒿与SLE共同作用靶点,String数据库构建蛋白质互作(PPI)网络,Cytoscape软件中进行PPI网络可视化,构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,并筛选出核心基因,对共同作用靶基因进行GO、KEGG富集分析.结果:筛选得到青蒿的有效活性成分22个,111个青蒿有效成分与SLE共同作用靶基因,30个核心基因.GO功能富集显示青蒿治疗SLE生物学过程和功能主要集中在细胞因子受体结合、细胞因子活性、核受体活性、转录因子活性、受体配体活性、类固醇激素受体等.KEGG通路富集显示,青蒿治疗SLE主要涉及TNF、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化等信号通路.结论:通过构建"药物-活性成分-潜在靶点-疾病"网络,阐释了青蒿多成分、多靶点、多条通路治疗SLE的作用机制,为深入研究青蒿治疗SLE的机制提供一定参考意义.     

基于网络药理学探讨参芪扶正注射液抗宫颈癌的机制

目的 基于网络药理学探讨参芪扶正注射液治疗宫颈癌的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及SwissTargetPrediction、STITCH数据库筛选黄芪、党参中药成分及作用靶点,以GeneCards数据库筛选宫颈癌相关基因靶点,利用Bioinformatics&Evolutionary预测活性成分-宫颈癌共同靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选关键靶点。采用Metascape在线分析对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 参芪扶正注射液筛选出山奈酚、木犀草素、美迪紫檀素等10个主要成分。经PPI拓扑分析共获得30个宫颈癌与成分关键靶点。GO富集分析结果主要涉及各种酶活性的传导、调节、调控以及各种酪氨酸激酶活性。KEGG通路富集得到8条主要通路,宫颈癌的治疗与癌症的中枢碳代谢、Th1和Th2细胞分化、trp通道的炎症介质调节等相关。结论 参芪扶正注射液通过多靶点调控多信号通路治疗宫颈癌,为后期研究抗宫颈癌的分子机制提供了依据。     

基于网络药理学的治伤风颗粒治疗感冒的作用机制探讨

目的应用网络药理学技术探讨治伤风颗粒治疗感冒的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和药物靶点信息数据库(DrugBank)检索治伤风颗粒的化学成分及作用靶点;基于GeneCards数据库检索“感冒”的靶点,取药物与疾病靶点交集,应用Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-疾病”网络。应用STRING数据库建立蛋白质互作(PPI)网络,应用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果通过筛选共得到治伤风颗粒有效成分146种,药物靶点280个,疾病靶点1 418个,提取出两者的共同靶点117个。将药物与靶点导入Cytoscape软件,分析得出槲皮素、山奈酚和木犀草素等为中药中度值较高的活性成分,无水咖啡因为西药中度值最高的活性成分。STRING数据库分析得出IL-6、AKT1、INS、VEGFA、MAPK8等属于感冒的关键靶点。GO分析显示生物过程(BP)、细胞组分(CC)和分子功能(MF)3个方面的富集条目。KEGG通路富集分析筛选得出TNF信号通路、IL-17信号通路等20条信号通路,并绘制了“通路-靶点”关系图。结论基于网络药理学分析筛选出了治伤风颗粒治疗感冒的活性成分、作用靶点和通路,初步得出了其作用机制,为该药的深入研究提供了一定的依据。     

基于网络药理学的清胃散治疗牙周炎的机制研究

目的 利用网络药理学方法探讨清胃散治疗牙周炎的机制。方法 通过数据库和文献检索筛选清胃散的活性成分及靶点、牙周炎相关疾病靶点，利用STRING 数据库构建靶点互作用网络，利用Cytoscape 3.8.1软件构建成分-靶点-疾病网络，利用Bioconductor软件包进行关键靶点的基因本体论（Gene Ontology，GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）通路富集分析。结果 检索得到25个活性成分及其113个关键靶点；GO功能富集分析得到包括DNA结合转录激活因子、RNA聚合酶Ⅱ、细胞因子受体结合、受体配体活性、泛素样蛋白连接酶结合等在内的129个分子功能条目；KEGG 通路富集分析得到，包括晚期糖基化终产物及其受体（advanced glycation end products/receptor for advanced glycation end products, AGE/RAGE）信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、TNF信号通路、IL-17信号通路、凋亡在内的150条信号通路。结论 清胃散治疗牙周炎的机制具有多靶点、多通路的特点，其中与炎症反应、细胞凋亡最为密切。     

基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨黑骨藤追风活络胶囊（HZC）治疗类风湿关节炎（RA）的作用机制。方法 通过ETCM数据库和文献查阅获得复方活性成分,运用Swiss Target Prediction平台进行靶点预测。用GeneCards、DisGeNET、OMIM数据库筛选RA相关靶点,绘制韦恩图获取药物和疾病交集靶点。采用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用Cytoscape3.9.1软件中centiscape2.2插件筛选潜在关键靶点。用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,用Cytoscape3.9.1软件绘制药物-活性成分-靶点-通路网络图。最后选取核心成分与核心靶点进行分子对接。结果 共筛选出32个有效成分,药物与疾病交集靶点91个,主要活性成分为槲皮素、盐酸青藤碱和杠柳苷元,核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、信号转导与转录激活因子3(STAT3)、表皮生长因子受体（EGFR）。作用机制可能与HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路等有关。分子对接显示主要活性成分与关键靶点具有很...     

基于网络药理学分析外用应急软膏治疗寻常型银屑病的机制

目的 探讨网络药理学分析外用应急软膏治疗寻常型银屑病作用机制的价值,为临床提供参考。方法 依托中药药理学平台（TCMSP）筛选外用应急软膏主要药物的活性成分和作用靶点;通过检查人类基因信息数据库（GeneCards）和人类孟德尔遗传研究平台（OMIM）选取疾病作用靶点。以R语言绘制韦恩图;运用STRING平台搭建蛋白互作网络（PPI）;构建药物-化合物-靶点-疾病互作网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集通路分析。结果 获得365个化合物和2 201个靶点,并得到99个靶点与寻常型银屑病密切相关,富集分析得到133个GO功能条目和149条KEGG信号通路。结论 外用应急软膏药物活性成分可通过白细胞介素-6(IL-6)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、蛋白激酶B1(AKT1)等多个靶点调节糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）、肿瘤坏死因子（TNF）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等多条信号通路发挥抑制炎症反应,修复皮肤屏障的作用。     

牛膝-菟丝子药对防治高血压肾损伤网络药理学机制研究

目的：通过使用网络药理学方法探讨怀牛膝-菟丝子药治疗高血压肾损伤的潜在作用机制。方法：使用TCMSP、Uniprot数据库分别获取怀牛膝、菟丝子的活性成分和靶点基因,高血压肾损伤的疾病相关靶点是通过GenenCards、Omim数据库获取。在Venny在线工具中获取药物与疾病的交集基因,使用STRING数据库、Cytoscape3.9.1软件构建蛋白质相互作用网络。通过Metascape数据库和微生信网站获取的数据构建GO和KEGG通路富集分析,建立活性成分-靶点-关键通路网络。结果：在TCMSP数据库中共筛选出怀牛膝、菟丝子符合条件的有24种活性药物成分,活性成分靶点及疾病靶点分别为206、1762个。Venny在线工具中获得了药物和疾病的113个共同基因。PPI网络显示怀牛膝、菟丝子药对发挥重要作用的靶点有：丝裂原活化蛋白激酶1、肿瘤抑制蛋白P53、蛋白激酶B1、肿瘤坏死因子、原癌基因、白细胞介素6等。从GO和KEGG通路富集分析结果中可得到,药物和疾病的交集基因与无机物、氧化应激、化学应激、活性氧、金属离子等分子生物进程关系密切,相关信号通路包括有：癌症的途径、脂质与动脉粥样硬化...     

基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病合并失眠的作用机制

目的 基于网络药理学探讨小柴胡汤治疗胃食管反流病(GERD)合并失眠的潜在作用机制。方法 通过在线数据库筛选小柴胡汤的活性成分、药物靶点以及GERD和失眠的疾病靶点;取药物靶点和疾病靶点的交集,利用STRING数据库分析交集靶点的相互作用;通过Cytoscape软件构建和分析“活性成分-靶点”“药物-活性成分-共同靶点-疾病”、蛋白质相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过BioGPS对核心靶点进行基因定位,结合Cytoscape构建“成分-靶点-通路-器官/组织”网络;使用AutoDockVina进行主要活性成分与核心靶点的分子对接。结果 小柴胡汤治疗GERD合并失眠的主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、黄芩素等多种化合物,关键靶点包括丝氨酸/苏氨酸激酶1(AKT1)、白细胞介素-1B(IL-1B)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白53(TP53)等,与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控、炎症应答、信号转导等生物过程相关,涉及的通路包括癌症途径、AGE-RAGE信号...     

基于网络药理学探讨肝积汤治疗肝癌的分子机制

目的 探讨基于网络药理学的肝积汤活性成分、治疗靶点及分子机制。方法肝积汤的活性成分及作用靶点从TCMSP数据库筛选,肝癌相关靶点从GeneCard数据库获取,运用String数据库对共同靶点做蛋白互作网络分析,GO和KEGG富集分析采用Bioconductor生物信息软件包进行,“成分－靶点－通路”网络图采用Cytoscape制作。结果 从 TCMSP 中获得肝积汤有效活性成分 80种以及249 个药效分子靶点。与检索到的885 个肝癌相关靶点取交集,得到95个共同靶点。蛋白互作网络分析显示有TP53、VEGFA、AKT1等15个核心靶点。GO 功能分析表明,这些靶点主要富集在细胞对化学应激的反应,细胞对氧化应激的反应,对脂多糖反应等；涉及细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶复合物,蛋白络氨酸激酶等,主要涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、泛素样蛋白连接酶结合。KEGG 富集分析结果显示,肝积汤作用靶点富集在相关肝癌发生与发展的通路上,如PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎病毒信号通路、人巨细胞病毒感染信号通路。结论 槲皮素、木犀草素、山柰酚等可能为肝积汤治疗肝癌的关键成分,TP53、VEGFA、AKT1等为核心靶点,PI3K-Akt、乙型肝炎病毒、人巨细胞病毒感染等通路为主要作用的通路。     

基于网络药理学探讨扶正抗癌方治疗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学方法研究扶正抗癌方治疗肝癌的有效成分、作用靶点及可能作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选扶正抗癌方的生物活性成分,并预测其靶点,构建药效分子-靶点网络,进行蛋白相互作用分析,进一步寻找潜在靶点,最后通过KEGG通路、GO富集分析可能的分子机制.结果 从TCMSP中获得...     

基于网络药理学-分子对接技术探讨泽泻 抗炎作用的分子机制

摘要：目的：应用网络药理学方法及分子对接技术，探讨泽泻发挥抗炎作用的活性成分及其对应靶点和相关通路。方法：通过TCMSP筛选出泽泻的活性成分，运用SwissTarget Prediction 数据库预测活性成分相关靶标，同时采用GeneCards数据库得到炎症相关靶点，再将获得的活性成分靶点和炎症靶点导入VENNY2.1得到药物治疗疾病的潜在靶点；再运用STRING数据库、Cytoscape3.7.1软件构建简化后的药物治疗疾病的靶蛋白互作图（PPI）并筛选关键靶点。利用DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析，再用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-通路”图并筛选核心成分与核心靶点。最后运用AutoDock Vina和Pymol将核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：获得10个药物活性成分，得到相关潜在靶点284个，疾病潜在靶点11414个，药物治疗疾病的相关靶点260个，有SRC、HSP90AA1、PIK3CA、MAPK1、AKT1、LCK、FYN、JAK1、PLCG1、JAK1等关键靶点58个；涉及PI3K-Akt信号通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路等133条通路。结论：泽泻发挥抗炎的作用机制可能是一方面通过调控PIK3、AKT、m-TOR等相关蛋白，激活PI3K-Akt信号通路，从而抑制细胞凋亡；另一方面可能通过调控EGFR相关蛋白，介导ErbB信号通路，从而干预炎症细胞生长。本研究基于网络药理学方法和分子对接技术，阐释了泽泻通过多种成分、多靶点、多信号通路发挥抗炎作用与机制，为该药的进一步研究提供了有益参考和科学依据。     

基于网络药理学的桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的机制研究

目的探讨桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的有效活性成分及作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)选取桂枝茯苓丸中各药物的化学成分,筛选活性成分及潜在靶点。通过Gene Cards数据库挖掘宫颈癌的疾病靶点,依据药物靶点与疾病靶点构建桂枝茯苓丸有效成分靶点与疾病靶点的韦恩图、化合物-靶点网络调控图、PPI网络图,同时进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果桂枝茯苓丸中共494个化合物,筛选出85个活性化合物,对应宫颈癌83个靶点,分析数据表明,桂枝茯苓丸治疗宫颈癌的核心有效活性成分依次为槲皮素、β谷甾醇、山奈酚、黄芩苷、红景天苷、豆甾醇、谷甾醇等,其治疗宫颈癌的核心靶点依次为PGR、NCOA2、PTGS1、CHRM1、NR3C2等;依据CS值发现的关键节点涉及IL-6、EGFR、MAPK8、CASP3、VEGF、MYC等;主要涉及反应依次为对酮的反应、类固醇激素的反应、细胞对化学应激的反应等;细胞过程主要涉及的部分依次为膜筏、膜微区、膜区、核染色质等;分子过程主要涉及的反应依次为DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、DNA结合转录激活物活性等;主要涉及关键信号通路依次为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt、MAPK等。结论桂枝茯苓丸可通过多靶点途径发挥治疗宫颈癌的作用,其治疗机制与调控核心相关蛋白、基因及信号通路密切相关,为基础研究提供参考。     

基于网络药理学的黑地黄丸治疗肾性贫血机制探究

目的:基于网络药理学方法探究黑地黄丸治疗肾性贫血的作用机制.方法:运用网络数据库对黑地黄丸成分及肾性贫血靶点进行检索筛选;运用Cytoscape软件,构建中药成分-靶点网络,运用STRING数据库构建黑地黄丸治疗肾性贫血的蛋白互作网络图,进行拓扑分析,找出核心靶点,最后用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行G...     

基于网络药理学分析桃红四物汤治疗股骨头坏死的机制

目的利用网络药理学方法探索桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取桃红四物汤治疗股骨头坏死活性成分与靶点,构建活性成分-靶点互作网络,绘制蛋白互作(PPI)网络并进行分子对接,最后行GO富集和KEGG通路富集分析。结果从桃红四物汤中筛选出活性成分69个,作用于股骨头坏死的主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素;关键靶点为血管内皮生长因子(VEGF)、白细胞介素-6(IL-6)及成骨细胞特异性转录因子2(Runx2)。分子对接服务器分析发现,桃红四物汤的活性成分与关键靶点能够紧密结合。GO富集分析显示,分子功能主要包括转录因子结合、类固醇激素受体活性、蛋白激酶结合等方面。生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、对类固醇激素的反应及细胞凋亡信号通路等生物学过程,细胞组成主要包括核转录因子复合体、蛋白激酶复合体、蛋白质-DNA复合物等。KEGG富集分析获取相关信号通路为VEGF、Janus激酶/信号转导与转录激活子(JAK/STAT)及核转录因子-kappa B(NF-κB)信号通路。结论桃红四物汤治疗股骨头坏死的作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、木犀草素等活性成分,以VEGF、IL-6及Runx2为靶点,通过VEGF、JAK/STAT及NF-κB信号通路参与治疗股骨头坏死。     

基于整合药理学平台预测黄芩-黄连对溃疡性结肠炎的作用靶点

目的:基于网络药理学,预测黄芩-黄连药对治疗溃疡性结肠炎(Ulcerative Colitis, UC)的有效活性成分及其潜在的作用机制。方法:以"黄芩-黄连"药对为检索词,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中按条件查找,逐步筛选出相应活性成分及潜在作用靶点;然后在GeneCards数据库中查找出UC的疾病靶基因;通过软件分析,得出活性成分与靶点之间,以及疾病各靶点蛋白之间的相互关系,并通过GO和KEGG富集分析获得黄芩-黄连药对治疗UC的潜在作用靶点和通路。结果:通过查找有效成分,分析出黄芩-黄连药对中有效活性成分共51个,其中与UC密切相关的靶点共136个;通过GO富集分析得到2 226条与生物过程相关的条目,采用KEGG通路富集分析得到165条潜在信号通路。结论:磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)和AKT蛋白酶b (PI3K-AKT),丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)可能是黄芩-黄连药对治疗UC调控的主要通信号通路,涉及的靶点包括肿瘤蛋白53(TP53)、丝/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、转录因子JUN、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK1)、肿瘤坏死因子(TNF)等,为实验验证该药对治疗UC的作用机制提供了证据。     

甘麦大枣汤治疗产后抑郁的相关靶点/通路预测

目的 通过网络药理学方法探寻甘麦大枣汤治疗产后抑郁的作用靶点,阐明其相关作用机制.方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集甘麦大枣汤的化学成分,并筛选出活性成分及作用靶点.通过GeneCards数据库检索与产后抑郁相关的靶点.利用Venny 2.1软件筛选、收集药物与疾病的共有靶点.将筛选出的药物和疾...     

川芎治疗腰椎间盘退行性病变潜在作用机制的网络药理学分析

目的 基于网络药理学分析川芎治疗腰椎间盘退行性病变(LIDD)的潜在作用机制.方法 通过检索TCMSP数据库、查阅相关文献筛选川芎有效成分,并查询其相对应的靶点.采用GeneCards、OMIM数据库检索LIDD的靶点,将其与川芎预测的靶点进行映射以获得川芎潜在治疗LIDD的交集靶点.采用Cytoscape v3.8....