严重急性呼吸综合征冠状病毒2检测方法的研究进展

2019年底,严重急性呼吸综合征冠状病毒2感染疫情引起全球关注,已影响180多个国家和地区,2020年3月11日,世界卫生组织(WHO)宣布将新型冠状病毒肺炎列为全球性大流行病.早诊断、早隔离、早治疗可降低病毒传播的风险,因此快速准确的实验室诊断尤为重要.文章就严重急性呼吸综合征冠状病毒2的核酸检测和免疫学检测方法进行...     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2与新型冠状病毒肺炎

目前正在暴发流行的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）,这是近年来继严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERSCoV）之后发现的能够感染人的第7种冠状病毒。SARS-CoV-2系单股正链RNA病毒,传染性强,人群普遍对其缺乏免疫力,疫情目前仍在持续。2020年1月30日（当地时间）,WHO将此次疫情列为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。本文就SARS-CoV-2病原学、致病性及COVID-19的检测诊断、预防控制和临床治疗等领域的进展进行讨论。     

新型冠状病毒肺炎与严重急性呼吸综合征的回顾对比分析

21世纪以来全球曾暴发多种流行性疾病,给世界多个国家的人力、物力、财力造成巨大的损失。本文通过分析国内外文献,对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)与严重急性呼吸综合征(SARS)在流行病学、临床症状和影像学特征方面进行系统分析比较,总结两者在临床表现的异同,为全球医务人员科学做好疫情防控提供参考。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2咽拭子核酸检测法假阴性调查分析

目的 探讨严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）咽拭子核酸检测法的假阴性率,并分析其原因,为稳固我国新型冠状病毒肺炎（COVID-19）防控工作提供参考。方法 对2020年2月19日至3月20日湖北省妇幼保健院光谷院区收治的1 452例COVID-19患者的咽拭子核酸检测结果进行回顾性分析,将出院前检测结果为阳性之前的阴性结果判定为假阴性,统计假阴性患者例数。随访出院患者,筛选出院后再次核酸检测阳性（复阳）的患者,分析出院前病毒核酸检测连续阴性次数和核酸复阳的关系。结果 1 452例COVID-19患者中男592例（40.77%）、女860例（59.23%）。212例（14.60%）咽拭子核酸检测结果曾出现假阴性。共随访到28例（1.93%）出院后复阳患者,连续2次核酸检测阴性的918例患者中有24例（2.61%）复阳,高于连续3次及以上核酸检测阴性患者的复阳率（0.75%,4/534）,差异有统计学意义（χ²=6.21,P=0.012 7）。结论 SARS-CoV-2咽拭子核酸检测法具有一定比例的假阴性,是患者出院后核酸复阳的原因之一。建议出院前由不同检测者进行多次、连续检测,满足连续3次及以上核酸检测阴性的出院标准可以降低复阳率。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2致病免疫学特征及干扰素治疗免疫机制探讨

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)致新型冠状病毒肺炎(COVID-19)发病过程中机体的过度免疫反应与干扰素(IFN)的异常表达有关。查阅相关文献,从SARS-CoV-2的病原学特征、机体抗SARS-CoV-2感染的免疫机制、IFN抗SARS-CoV-2的调控机制、IFN抗SARS-CoV-2的疗效分析及异质性评估等方面,探讨COVID-19免疫病理损害的复杂性以及IFN在COVID-19治疗过程中的免疫异质性,从而为临床合理选择IFN抗SARS-CoV-2的治疗时机和个体化治疗方案提供理论依据。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2假病毒的制备及验证

目的 建立严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）假病毒（SARS-CoV-2 pps）的制备方法。方法 设计、合成序列优化的SARS-CoV-2刺突蛋白（S）基因,构建表达质粒,转染293T细胞,用免疫荧光检测S蛋白的表达;将该质粒与基于慢病毒基因骨架的含增强绿色荧光蛋白（EGFP）报告基因的假病毒包装质粒共转染293T细胞,收集细胞培养上清,感染Vero E6和Huh7细胞,观察细胞内EGFP的表达;将制备的SARS-CoV-2 pps感染Vero E6细胞,检测膜融合抑制剂氯喹和盐酸阿比朵尔、SARS-CoV-2 S1蛋白单克隆抗体及新型冠状病毒肺炎患者恢复期血清对假病毒感染性的影响。结果 构建的SARS-CoV-2 S质粒转染的293T细胞可与S1蛋白单克隆抗体及新型冠状病毒肺炎患者恢复期血清反应。SARS-CoV-2 S质粒与HIV假病毒包装质粒共转染293T细胞的上清加入Vero E6细胞和Huh7细胞36 h和72 h后可分别观察到细胞内表达的EGFP,EGFP阳性的Huh7细胞数量明显多于Vero E6细胞。2种膜融合抑制剂、1株人源S1单克隆抗体及2份新型冠状病毒肺炎患者恢复期血清均可有效抑制SARS-CoV-2 pps对Vero E6细胞的感染（P均<0.01）。结论 成功制备了SARS-CoV-2 pps,其可用于后续抗SARS-CoV-2药物筛选与疫苗评价。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)核酸检测试剂盒临床诊断效能评估

目的: 了解三种严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）核酸检测试剂盒的检测效果及临床诊断效能。方法: 采集40例临床诊断为2019冠状病毒病（COVID-19）和16例非COVID-19住院患者的咽拭子样本。采用湖南圣湘生物科技有限公司（以下简称“圣湘公司”）、硕世生物科技股份有限公司（以下简称“硕世公司”）、深圳华大基因股份有限公司（以下简称“华大基因”）SARS-CoV-2核酸RT-PCR检测试剂盒检测上述样本并分析其敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值。比较一步裂解法和磁珠法、两种不同核酸提取仪（圣湘公司Natch CS S12C全自动核酸提取系统和西安天隆科技有限公司NP968-C核酸提取仪）磁珠法提取咽拭子样本中病毒核酸的效果及其RT-PCR检测结果的阳性符合率、阴性符合率、总符合率及Kappa值。结果: 圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸的敏感度、特异度、阳性预测值、阴性预测值和Kappa值分别为95.00%、87.50%、95.00%、87.50%和0.825,硕世公司试剂盒分别为90.00%、87.50%、94.74%、77.78%和0.747,华大基因试剂盒分别为82.50%、81.25%、91.67%、65.00%和0.593。一步裂解法和磁珠法提取的病毒核酸检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为95.24%、100.00%、96.43%、0.909,但一步裂解法仅耗时25 min,而磁珠法需180 min。两种不同核酸提取仪磁珠法提取的RNA检测结果阳性符合率、阴性符合率、总符合率和Kappa值分别为85.00%、100.00%、89.29%和0.764。结论: 圣湘公司试剂盒检测SARS-CoV-2核酸效果略优于其他两家公司试剂盒。一步裂解法提取咽拭子样本中总RNA具有操作简单、省时和检测结果符合率较高的优点。     

与严重急性呼吸综合征有关的一种新型冠状病毒

背景　严重急性呼吸综合征 (SARS)的世界性暴发与暴露于中国广东省 1例发病的医务人员有关。我们进行了多项研究以确定引起这次发病的病原体。方法　我们收集了 7个国家的患者的临床标本 ,然后利用病毒分离技术、电子显微镜和组织学检查 ,以及分子和血清学分析 ,试图来确定各种可能的病原体。结果　任何一种以前描述过的呼吸系统病原体都与鉴定结果不一致 ,但是一种新型的冠状病毒从符合SARS定义的患者身上分离了出来。我们观察了用患者咽拭子标本接种的VeroE6细胞的细胞病变特征 (图 1) ,电子显微镜检查显示有冠状病毒所特有的超微结构…     

重型新型冠状病毒肺炎患者病毒核酸阳性持续时间的影响因素分析

目的 分析重型新型冠状病毒肺炎（COVID-19）患者病毒核酸阳性持续时间及其影响因素,为了解重型COVID-19患者的病毒清除状态及临床治疗和管理提供依据。方法 回顾性收集2020年2月10日至3月28日在湖北武汉同济医院中法院区住院治疗的41例重型COVID-19患者的临床资料,采集患者口咽部分泌物的病毒核酸检测结果及其临床信息和实验室检查结果。患者从发病到病毒核酸转阴时间定义为病毒核酸阳性持续时间。使用多因素Cox回归分析探讨影响重型COVID-19患者病毒核酸阳性持续时间的因素。结果 41例重型COVID-19患者中男20例（48.8%）、女21例（51.2%）,中位年龄为68.0（58.5,74.0）岁,平均病毒核酸阳性持续时间为（28.98±11.71）d。多因素Cox回归分析提示糖尿病、淋巴细胞绝对值及较大剂量糖皮质激素（激素总量≥300 mg）的使用与病毒核酸阳性持续时间有关（P均<0.05）,而较小剂量糖皮质激素（激素总量<300 mg）的使用与病毒核酸阳性持续时间无关（P>0.05）。结论 重型COVID-19患者病毒核酸持续时间较长;糖尿病、淋巴细胞绝对值降低及较大剂量糖皮质激素（激素总量≥300 mg）的使用是病毒核酸阳性持续时间的独立危险因素。     

严重急性呼吸综合征相关冠状病毒的发现及其研究进程

严重急性呼吸综合征(SARS)暴发流行，引发了一场全球性通力合作、激烈竞争的攻关研究。2003年3月，中国香港及美国、加拿大和德国的科学家相继从SARS患者标本中发现并分离到一种SARS相关冠状病毒(SARS—CoV)，并得到世界卫生组织(WHO)的确认。之后，2003年4、5月间，美国、德国、中国香港、加拿大、荷兰的学者分别将他们对SARS病原体的研究成果发表于Sciece、NEJM、Luncet、Nature等国际权威学术期刊上，先后报告了SARS—CoV全基因组结构、基因组序列分析、SARS—CoV分子模型构建等，为进一步建立SARS诊断、治疗及疫苗研究等奠定了基础。分析这一迅速取得大量成果的研究进程，认真反思、深刻总结，将会使我们有很多收益。     

2例确诊和6例疑似新型冠状病毒肺炎患者创伤后应激症状调查

目的 分析新型冠状病毒肺炎（COVID-19）确诊和疑似患者的心理状况,并探讨其心理干预措施。方法 通过网络在线方式调查收集2例确诊和6例疑似COVID-19患者的资料。采用自编自评式一般情况问卷收集患者的人口学资料,用创伤后应激障碍自评量表5（PCL-5）评估患者创伤后应激症状,用匹兹堡睡眠质量指数量表评价患者的睡眠质量。结果 2例COVID-19确诊患者和6例疑似患者的年龄为17～71岁。女5例,男3例;7例为专科或本科以上学历,1例为高中及以下学历;5例有武汉市居民接触史。2例确诊COVID-19患者中有1例创伤后应激障碍筛查阳性,6例疑似患者中有1例创伤后应激障碍筛查阳性,8例患者侵入症状尤为明显（5例）。疫情对8例患者的睡眠质量均有不同程度的影响,主要表现为夜间易醒或早醒（5例）。PCL-5总分与睡眠质量变化趋势总体一致,PCL-5总分越高睡眠质量越差。结论 COVID-19确诊患者与疑似患者均存在不同程度的睡眠问题及创伤后应激症状,夜间易醒或早醒和侵入症状较明显,需要采取及时、有效的心理干预措施。     

超声在新型冠状病毒肺炎诊疗中的应用

新型冠状病毒肺炎（COVID-19）传播速度快,感染率高,疫情已构成全球大流行。超声设备具有便携、方便消毒、检查模式多样等优点,可应用于COVID-19的辅助诊断、病情监测及治疗评估,为诊治决策的调整提供指导。超声专家还可通过智能化超声装备在4G/5G网络支持下进行超声远程会诊,通过异地操作超声机器人机械臂完成实时扫查,有效缓解隔离区超声医师不足的问题,降低感染风险。目前,超声是唯一能进入隔离区对COVID-19患者进行床旁检查的可视化影像设备。本文分析了超声技术在COVID-19所致肺部损伤及全身多脏器病变检查诊断、病情监测、治疗评估中的应用价值,并就远程超声、超声人工智能等领域的应用前景进行探讨。     

Digestive system manifestations in patients with severe acute respiratory syndrome

Objective To explore digestive system manifestations in patients with severe acute respiratory syndrome (SARS).Method The clinical data of 96 cases with SARS admitted into our hospital from February 6, 2003 to March 28, 2003 were retrospectively analyzed.Results Among the 96 cases, 26 cases (27%) had diarrhea, 17 (18%) had nausea, 6 (6%) had vomiting, 16 (17%) had bellyache, and 8 (8%) had ALT elevation.Conclusions Patients with SARS may have digestive system manifestations; diarrhea is the most common symptom.     

Antiviral activity of cepharanthine against severe acute respiratory syndrome coronavirus in vitro

Severe acute respiratory syndrome (SARS) is the first severe viral epidemic we encountered this century, which once spread in more than thirty countries in 2003. The etiological agent of SARS has been confirmed to be a novel coronavirus,namely SARS coronavirus (SARS-CoV), and the first outbreak of SARS has been successfullycontrolled worldwide,     

Molecular biological analysis of genotyping and phylogeny of severe acute respiratory syndrome associated coronavirus

Background SARS-CoV is the causative agent of severe acute respiratory syndrome (SARS) which has been associated with outbreaks of SARS in Guangdong, Hong Kong and Beijing of China, and other regions worldwide. SARS-CoV from human has shown some variations but its origin is still unknown. The genotyping and phylogeny of SARS-CoV were analyzed and reported in this paper.Methods Full or partial genomes of 44 SARS-CoV strains were collected from GenBank. The genotype, single nucleotide polymorphism and phylogeny of these SARS-CoV strains were analyzed by molecular biological, bioinformatic and epidemiological methods.Results There were 188 point mutations in the 33 virus full genomes with the counts of mutation mounting to 297. Further analysis was carried out among 36 of 188 loci with more than two times of mutation. All the 36 mutation loci occurred in coding sequences and 22 loci were non-synonymous. The gene mutation rates of replicase 1AB, S2 domain of spike glycoprotein and nucleocapsid protein were lower (0.079%-0.103%). There were 4 mutation loci in S1 domain of spike glycoprotein. The gene mutation rate of ORF10 was the highest (3. 333% ) with 4 mutation loci in this small domain(120 bp) and 3 of 4 loci related to deletion mutation. By bioinformatics processing and analysis, the nucleotides at 7 loci of genome (T:T:A:G:T:C:T/C:G:G:A:C:T:C) can classify SARS-CoV into two types. Therefore a novel definition is put forward that according to these 7 loci of mutation, 40 strains of SARS-CoV in GenBank can be grouped into two genotypes, T:T:A:G:T:C:T and C:G:G:A:C:T:C, and named as SARS-CoV Yexin genotype and Xiaohong genotype. The two genotypes can be further divided into some sub-genotypes. These genotypes can also be approved by phylogenetic tree of three levels of 44 loci of mutation, spike glycoprotein gene and complete genome sequence. Compared to various strains among SARS-CoV Yexin genotype and Xiaohong genotype, GD01 strain of Yexin genotype is more closely related to SARS-CoV like-virus from animals.Conclusion The results mentioned above suggest that SARS-CoV is responding to host immunological pressures and experiencing variation which provide clues, information and evidence of molecular bioloav for the clinical patholocly, vaccine developing and epidemic investigation.