基于网络药理学及数据挖掘探讨中药调节铁死亡的用药规律研究

目的 探讨中药干预铁死亡的物质基础及用药规律。方法 通过整合人类基因数据库（Genecard）、基因组百科全书数据库（KEGG）获取铁死亡的作用靶点,以类药性≥ 0.18为条件,在中药系统药理学技术平台中筛选出可作用于靶点的化合物及中药,并构建靶点-化合物、化合物-中药、靶点-化合物-中药网络。借助在线分子对接平台（Systems Dock Web Site）将度值前4的靶点与候选化合物进行分子对接,以验证预测结果及进一步挖掘潜在的化合物靶点组合。通过查询各中药的性味归经等信息,对中药进行规律分析。结果 共获得65个铁死亡的作用靶点,15个可匹配到候选化合物的靶点,收集到35个候选化合物,301味中药;分子对接结果显示,化合物-靶点网络中涉及的药物靶点结合活性较佳,并挖掘出与度值前4靶点相关的潜在新组合72个,其中3个对接得分高于化合物-靶点网络已有组合。频数统计结果显示,可干预铁死亡的中药药味以苦、辛为主,药性以寒居多,主要归肝、肺二经。结论 本研究较系统地探讨了中药干预铁死亡的物质基础,总结了铁死亡相关中药的一般规律,为今后的中西医结合临床及开发铁死亡干预药物提供了思路。     

基于分子网络研究四逆散抗抑郁症作用的潜在生物学机制

目的 基于分子网络研究四逆散治疗抑郁症的潜在生物学机制。方法 借助于中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库筛选四逆散的活性成分,筛选条件为口服利用率、药物相似性和血脑屏障透过率,并挖掘四逆散活性成分靶点和抑郁症的治疗靶点。利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,对应相应成分定义为四逆散抗抑郁的有效成分。利用String在线数据库进行交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络的预测,并利用DAVID数据库进行交集靶点KEGG信号通路的富集分析。最后使用Cytoscape 3.6软件进行活性成分-靶点网络及有效成分-靶点-信号通路的构建和拓扑分析。结果 筛选出了四逆散107个有效成分和28个重要的抗抑郁症靶点。四逆散抗抑郁症的重要靶点显著富集于神经活性配体-受体相互作用、5-羟色胺能突触、多巴胺能突触、逆行内源性大麻素信号传导、钙信号通路等10个信号通路中。结论 本研究从分子网络的角度初步揭示了四逆散治疗抑郁症的潜在作用机制,其主要的生物学机制可能与以神经活性配体-受体相互作用为中心的信号通路有关。     

胶艾汤活性成分治疗子宫疾病的网络药理学研究

目的 采用网络药理学研究方法探究胶艾汤的药理作用机制。方法 依托中药系统药理学分析平台（TCMSP），检索胶艾汤7味中药的活性成分和基因靶点。采用Cytoscape构建化合物-靶点网络、化合物靶点-疾病靶点和靶点-通路网络，根据在线STRING数据库构建蛋白质相互作用网络，研究胶艾汤药理机制。结果 通过筛选获得64个化合物，化合物-疾病相应关键靶点32个。蛋白质相互作用网络包含20个靶点，关键靶点涉及Ptgs2、F2、Tnf、Il6、F3等。基因本体条目61个，其中生物过程相关的条目34个，细胞组成相关条目20个，分子功能相关的条目7个。KEGG通路富集分析通路4条。结论 本研究初步验证了胶艾汤的基本药理作用及其机制，为进一步探究其药理作用奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术分析少腹逐瘀汤治疗盆腔炎的作用机制及功效成分含量测定

目的 基于网络药理学和分子对接技术分析少腹逐瘀汤治疗盆腔炎潜在的分子作用机制，并利用HPLC-DAD建立功效物质基础含量的测定方法。方法 根据网络数据平台对少腹逐瘀汤的各味中药成分进行收集和筛选，获得了218种活性成分，得到了199个药物成分的靶点，建立“中药-药物成分-靶点”交互作用网络，筛选出关键功效物质基础。同时查找到2558个盆腔炎相关的治疗靶点，取交集后得97个少腹逐瘀汤和盆腔炎的作用靶点，建立蛋白交互作用网络，筛选出70个核心蛋白，其中包括SRC，MAPK1和HSP90AA1。通过Metascape数据库对交集靶点进行富集分析。采用AutoDock Tools，Pymol等软件对以上过程所得结果进行分析和验证。此外，还对功效成分建立含量测定方法完成对少腹逐瘀汤中功效成分的含量测定。结果 少腹逐瘀汤与盆腔炎的共同生物学过程包括激素的响应、激酶活性的调节等；作用通路主要为癌症通路、脂质代谢与动脉粥样硬化通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接的结果显示功效成分能与核心蛋白稳定的结合，并通过相关的残基进行对接，发生相互作用。结论 该研究为少腹逐瘀汤治疗盆腔炎的作用机制提供了思路，建立的功效成分含量测定方法准确、稳定，为临床应用中质量控制环节提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制

目的 应用网络药理学研究杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 、中药综合数据库（TCMID）、药物成分靶标数据库（HIT）获取杞贞滋阴合剂的化学成分，从蛋白质-化学相互作用网络数据库（STITCH）中收集候选化合物的相关靶点。利用 GeneCards和DisGeNet数据库对性腺功能减退症的疾病基因进行映射，获得杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的潜在靶点。通过蛋白互作平台数据库（STRING）构建作用靶点之间的互作关系（PPI），将其导入 Cytoscap 软件构建 PPI 网络图。最后，通过对靶点基因进行GO、KEGG富集分析和分子对接，分析杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。结果 共获得148种疾病与药物交集化合物、96个疾病与药物交集靶点、1085个疾病靶点；其中，与疾病相关的成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等；通过GO富集分析共得到生物过程（BP）1792条、细胞组成（CC）31条、分子功能（MF）79条；通过KEGG富集分析得到FOXO通路、前列腺癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1通路等；通过分子对接显示，LEP与山柰酚的结合力最好也最稳定。结论 杞贞滋阴合剂的活性成分可能是通过改善胰岛素抵抗和Leydig细胞睾酮合成酶表达来发挥治疗性腺功能减退症的作用。     

基于数据挖掘技术研究中医治疗腔隙性脑梗死的组方配伍规律

目的 采用数据挖掘技术全面总结中医治疗腔隙性脑梗死的用药规律。方法 通过收集中国知网、维普中文期刊服务平台、万方数据库、中国生物医学文献服务系统建库至2020年5月31日发表的中医治疗腔隙性脑梗死的相关文献，采用中医传承辅助平台（TCMISS V 2.5）统计用药频次及性味归经、常用药对及药物组合，采用关联规则、改进的互信息法、复杂系统熵聚类分析对药物关联规则及核心药物组合进行分析，采用无监督的熵层次聚类进行新处方分析。结果 共筛选出符合条件的方剂231首，涉及中药242味，使用频次较高中药有川芎、丹参、黄芪、地龙等41味，其四气主要集中在温、寒、平，五味主要集中在甘（淡）、苦、辛，归经主要集中在肝、脾、肺经；挖掘共得到高频药物组合48个，出现频次前6位的组合是川芎-黄芪、川芎-地龙、川芎-当归、丹参-地龙、黄芪-地龙及川芎-丹参；演化共得到核心药物组合16组，潜在新处方8个。结论 中医治疗腔隙性脑梗死的整体治则以补气化瘀通络为主。     

四妙勇安汤“异病同治”脱疽、糖尿病和冠心病的网络药理学作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨四妙勇安汤对脱疽、糖尿病和冠心病“异病同治”的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库检索四妙勇安汤中4味中药相关的所有化合物和作用靶点,运用UniProt数据库进行标准化,并用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-化合物-靶点”作用网络;通过GeneCards和NCBI数据库获取脱疽、糖尿病和冠心病的相关基因,并与药物作用靶点取交集,利用Cytoscape 3.7.2,构建四妙勇安汤与3病（脱疽、糖尿病、冠心病）的靶点关联网络。通过STRING数据库构建共有靶点的PPI网络;应用BioGPS获取其在器官组织的分布信息,绘制关键共有靶点的人体定位图谱。基于Bioconductor,进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果 根据口服生物利用度≥ 30%和类药性≥ 0.18,筛选得四妙勇安汤活性化合物,共计120个,并预测到205个潜在靶点;获得脱疽疾病靶点946个,糖尿病疾病靶点14 957个,冠心病疾病靶点7 567个,将其映射到药物作用靶点,获得79个共有靶点。BioGPS显示关键共有靶点主要分布在垂体、心脏、视网膜、肾上腺皮质、骨骼肌中;GO功能富集分析得到条目93个（P<0.01）,KEGG通路富集分析筛选得到147条信号通路（P<0.01）。糖尿病并发症AGE-RAGE信号通路、动脉粥样硬化与流体剪切应力、IL-17信号通路、TNF信号通路、Th17细胞分化、Toll样受体信号通路等排序靠前,主要与免疫炎症、细胞凋亡相关。结论 四妙勇安汤“异病同治”脱疽、糖尿病和冠心病的主要机制涉及免疫调节、炎症反应以及细胞凋亡相关信号通路,为进一步实验验证、潜在药理学机制及临床拓展应用提供参考依据。     

基于网络药理学和分子对接的半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制探讨

目的 运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）获取半夏泻心汤化合物及靶标,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶标输入Uniprot获取靶标对应的基因Symbol;从人类基因数据库（Gene Card：The Human GeneDatabase）获取CAG疾病基因,并筛选出与半夏泻心汤靶标基因的交集基因;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“疾病-中药-化合物-交集靶标（基因）”网络图、STRING构建蛋白互作（PPI）网络、利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证。G：Profiler数据分析平台进行GO富集以及KEGG通路富集分析。结果 通过设置OB和DL值筛选得到半夏泻心汤化合物189种,在获得交集基因80个后,剔除不含交集基因（靶标）的化学成分后,最终筛得化合物148种,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目1 188条,其中分子功能59条、生物过程1 086条、细胞组成43条,KEGG富集分析共获得97条。槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱等为半夏泻心汤的主要活性成分,STAT3、TNF、AKT1、HSP90AA1、TP53等为主要作用靶标。分子对接结果显示,筛选的化合物和核心靶点HSP90AA1、潜在靶点EGFR之间均能较好的结合,涉及氮化合物的代谢、氧化反应、细胞凋亡等生物过程,调控PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、胃癌通路、幽门螺旋杆菌感染的上皮细胞通路。结论 半夏泻心汤的主要活性成分有槲皮素、黄芩素、汉黄芩素、小檗碱,通过多靶点多通路发挥治疗慢性萎缩性胃炎作用。     

基于网络药理学及分子对接技术的复方丹参滴丸治疗心绞痛潜在分子机制探讨

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法 通过中药系统网络药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析及基因本体论（gene ontology,GO）注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用（PPI）网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论 运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。     

橘红痰咳液联合复方甲氧那明治疗感染后咳嗽的疗效观察

目的 运用网络药理学研究芍药甘草汤治疗乙型病毒性肝炎所致肝损伤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取芍药甘草汤的化合物及靶点,以口服生物利用度（OB）≥30%和类药（DL）≥0.18为阈值进行化合物筛选,将靶点输入Uniprot获取靶点对应的基因Symbol;从TTD、OMIM等数据库获取乙型病毒性肝炎的相关靶点并筛选出与芍药甘草汤靶点基因的交集基因;运用Cytoscape3.8.0软件绘制活性成分-靶点、疾病-中药-化合物-交集靶点（基因）网络图;运用String构建蛋白相互作用网络,再用R语言的Bioconductor安装包,进行GO富集及KEGG通路富集分析,并联合主要化合物、交集基因与通路分析结果,绘制成分-靶点-通路网络图;用Vina软件对筛选出来的结果进行分子对接。结果 筛选得到芍药甘草汤有效成分105种、有效成分靶点214个;筛选得到乙型病毒性肝炎疾病靶点5 984个,药物-疾病交集基因198个;经蛋白互作网络及拓扑结构分析得到21个核心靶点,121条相互作用关系;槲皮素、山柰酚、柚皮素等为芍药甘草汤的主要活性成分,PPARA、RB1、TP53、MAPK3、AKT1、STAT3、JUN等为主要作用靶点。GO富集分析显示靶点所在的细胞组分主要为薄膜筏、膜微域、膜区域;生物学过程主要富集在有对金属离子的响应、对脂多糖的反应;分子功能主要为核受体活性、转录因子活性。KEGG富集发现膜区由糖基化终末产物介导的AGE-RAGE通路、乙型肝炎通路等为主要通路。进一步筛选核心靶点及化合物成分进行分子对接显示MAPK3、AKT1、STAT3、JUN作为核心靶点可与槲皮素、山柰酚、柚皮素稳定对接。结论 通过网络药理学及分子对接的方法,找到了芍药甘草汤治疗慢性乙型病毒性肝炎肝损伤可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学探讨蒙药苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用机制

目的 运用网络药理学探讨苏龙嘎-4颗粒的多成分、多靶点、多途径的抗腹泻作用机制。方法 通过TCMSP平台、BATMAN-TCM数据库及文献检索收集苏龙嘎-4颗粒中4味中药的全部化学成分和作用靶点，同时利用GeneCards数据库和OMIM数据库获取腹泻的已知治疗靶点。构建韦恩图，得到苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的作用靶点。采用Cytoscape 3.7.1软件，将活性成分与潜在靶点构建“药物-成分-靶点”网络；通过String 10.0数据库建立PPI网络，并获得核心靶点。采用R软件对交集基因进行GO功能分析和KEGG通路分析。结果 根据数据库检索，结合所制定的筛选标准，得到苏龙嘎-4颗粒34个活性成分和110个靶点，其中74个靶点为苏龙嘎-4颗粒抗腹泻的潜在靶点。GO生物学过程分析得出87个条目，KEGG通路分析得出117条通路，主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、凋亡通路等。推测苏龙嘎-4颗粒可能通过抗炎、影响细胞凋亡、修复肠粘膜损伤而起到抗腹泻的作用。结论 苏龙嘎-4颗粒的活性成分主要通过CASP-3、EGFR、IL-6、VEGFA、MAPK8等靶点抑制炎症因子的产生阻断炎症反应、影响细胞凋亡的同时对肠粘膜损伤的进行修复，最终发挥抗腹泻的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病的分子作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨三黄糖肾康治疗2型糖尿病（T2DM）的分子作用机制。方法 利用TCMSP、SymMap、TCMID和TCM Databases@Taiwan数据库采集三黄糖肾康的有效成分,通过检索文献来补充水蛭的有效成分,在上述数据库及Swiss Target Prediction数据平台获取对应的靶点。借助GeneCards、OMIM、TTD数据库获取T2DM相关靶点。将药物–疾病共同靶点利用String 11.5和Cytoscape 3.9.0构建蛋白互作网络（PPI）图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。利用Autodock tools 1.5.7将PPI网络图前3位靶点和对应的有效成分进行分子对接。结果 三黄糖肾康治疗T2DM的有效成分有63个,159个潜在靶点,通过筛选得到STAT3、INS、AKT1等54个核心靶点,槲皮素、小檗碱、木犀草素、大黄酸等58个关键成分。核心靶点主要涉及HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等115条通路。STAT3与大黄酸、AKT1与槲皮素和木犀草素、INS与小檗碱分子对接良好。结论 三黄糖肾康可通过多个靶点、多条通路对2型糖尿病发挥调控作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨生姜治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎（RA）的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分，利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名，经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图；在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”，获取RA疾病靶点，制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点，并进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论（GO）功能富集及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点，RA疾病4 836个相关靶点，生姜与RA共同靶点26个，PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2（PTGS2）、转录因子AP-1（JUN）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3），GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应，并涉及多条信号通路，这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。     

巴戟天治疗抑郁症在整合药理学下的作用机制探索

目的 运用中药整合药理学计算平台（TCMIP），探索巴戟天治疗抑郁症的作用机制。方法 借助TCMIP，检索巴戟天所含的化学成分信息；通过网络药理学平台，以"节点连接度"的2倍中位数为卡值，选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点；在此基础上，计算"节点连接度""节点紧密度"和"节点介度"等3个拓扑结构特征值，筛选出巴戟天治疗抑郁症的核心靶标；基于基因本体数据库（GO）和KEGG通路数据库，确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路，再进一步构建"中药-成分-靶标-通路"多维关系网络。结果 测得巴戟天所含活性成分19个，主要包括蒽醌类、多糖类、环烯醚萜苷类及其他成分；筛选出巴戟天治疗抑郁症的3个核心靶标，包括5-羟色胺受体2A、2B、2C（HTR2A、HTR2B、HTR2c）；结合富集计算，预测巴戟天治疗抑郁症可能与氧化磷酸化、能量代谢、钙信号通路、心肌收缩、内分泌系统、循环系统、神经系统、感觉系统、细胞通讯等通路有关。结论 借助TCMIP，发现巴戟天对抑郁症的干预作用可能与氧化磷酸化、能量代谢、钙信号通路、内分泌系统、循环系统、神经系统、感觉系统、细胞通讯等通路有关。     

基于网络药理学和分子对接技术的热毒宁注射液抗SARS、MERS和COVID-19的潜在共性作用机制与活性成分研究

目的 采用网络药理学与分子对接技术探讨热毒宁注射液抗严重急性呼吸综合征（SARS）、中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在共性作用机制与活性成分。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）数据库检索热毒宁注射液中青蒿、金银花、栀子的主要化学成分及其作用靶点。运用UniProt数据库查询相关靶点对应的基因，通过Cytoscape 3.8.2构建中药材-化合物-靶点（基因）网络；在GeneCards数据库中搜集“COVID-19”“SARS”和“MERS”相关靶点，通过Venny 2.1.0数据库映射筛选出3种冠状病毒感染疾病的共有靶点；将SARS、MERS和COVID-19的共有靶点与热毒宁注射液化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；将共同靶点导入STRING数据库获取数据后，使用Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的网络图；利用R语言进行基因本体论（GO）生物学功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，绘制柱状图及气泡图进行可视化分析，并构建成分-靶点-通路网络图；选取成分-靶点-通路网络中关键化合物与重要靶点蛋白及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）进行分子对接。结果 热毒宁注射液筛选得到31个活性化合物中，207个相应作用靶点；SARS相关靶点2 453个，MERS相关靶点805个，COVID-19相关靶点2 571个，3种疾病共有靶点786个，与热毒宁注射液的共同靶点11个，分别为HSPA5、CRP、MAPK1、HMOX1、TGFB1、HSP90AA1、TP53、DPP4、CXCL10、PLAT、PRKACA。GO功能富集分析得到生物进程（BP） 995个，分子功能（MF） 71种，细胞组分（CC）31种。KEGG通路富集分析筛选得到99条信号通路（P＜0.05），主要涉及前列腺癌、流体剪切应力和动脉粥样硬化、肝细胞癌、癌症中的蛋白多糖、脂质与动脉粥样硬化、人类T细胞白血病病毒1型感染、MAPK信号通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液中槲皮素、木犀草素、山柰酚3种核心活性黄酮类化合物与关键靶点MAPK1、PRKACA、HSP90AA1具有很好的亲和力，并且3种活性化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2结合能较推荐化学药小。结论 热毒宁注射液对SARS、MERS和COVID-19 3种疾病具有潜在共性作用，该作用可能与活性化合物槲皮素、木犀草素、山柰酚等作用于MAPK1、PRKACA、HSP90AA1等靶点，调节多种信号通路发挥抑制炎症风暴、调节免疫功能、抗病毒等作用有关。     

基于网络药理学探讨柴芍六君子汤防治化疗所致恶心呕吐的作用机制

目的:采用网络药理学方法,探讨柴芍六君子汤防治化疗所致恶心呕吐可能的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台,检索柴芍六君子汤组成药物柴胡、白芍、党参、茯苓、白术、陈皮、半夏和甘草的化学成分和潜在靶点,选择口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18作为化学成分筛选条件;在GeneCards数据库检索化疗所致恶心呕吐的疾病靶点;利用Cytoscape 3.6.0软件绘制“柴芍六君子汤-化学成分-靶点-化疗所致恶心呕吐”网络;使用STRING 11.0在线软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并挖掘核心靶点;采用David Bioinformatics Resources数据库对该方活性成分潜在靶点网络中的蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:GO功能富集分析提示,柴芍六君子汤广泛参与了机体代谢、炎症等生物过程。KEGG生物通路富集分析显示,柴芍六君子汤参与的信号通路均与炎症相关,疾病通路主要与病毒感染、多种恶性肿瘤密切相关。结论:本研究从网络药理学角度预测了疏肝健脾法的代表方剂柴芍六君子汤疏肝行气、健脾和胃防治化疗所致恶心呕吐可能的信号通路,为后续机制研究奠定了一定的基础。     

基于网络药理学探讨柴芍六君子汤防治化疗所致恶心呕吐的作用机制

目的:采用网络药理学方法,探讨柴芍六君子汤防治化疗所致恶心呕吐可能的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台,检索柴芍六君子汤组成药物柴胡、白芍、党参、茯苓、白术、陈皮、半夏和甘草的化学成分和潜在靶点,选择口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18作为化学成分筛选条件;在GeneCards数据库检索化疗所致恶心呕吐的疾病靶点;利用Cytoscape 3.6.0软件绘制“柴芍六君子汤-化学成分-靶点-化疗所致恶心呕吐”网络;使用STRING 11.0在线软件构建蛋白质-蛋白质相互作用网络并挖掘核心靶点;采用David Bioinformatics Resources数据库对该方活性成分潜在靶点网络中的蛋白进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:GO功能富集分析提示,柴芍六君子汤广泛参与了机体代谢、炎症等生物过程。KEGG生物通路富集分析显示,柴芍六君子汤参与的信号通路均与炎症相关,疾病通路主要与病毒感染、多种恶性肿瘤密切相关。结论:本研究从网络药理学角度预测了疏肝健脾法的代表方剂柴芍六君子汤疏肝行气、健脾和胃防治化疗所致恶心呕吐可能的信号通路,为后续机制研究奠定了一定的基础。     

基于网络药理学与分子对接的化肝煎对失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病“异病同治”作用机制探讨

目的 以中医“异病同治”理论为依据，采用网络药理学与分子对接方法探讨化肝煎“异病同治”失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点及可能作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等中药化合物数据库结合文献挖掘获取化肝煎的化学成分和作用靶点；结合GeneCards、OMIM、PharmGKB、DRUGBANK、TTD数据库获取化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病的作用靶点。采用Cytoscape软件绘制化肝煎中药-成分-靶点网络，利用Venny软件得出相关交集基因。基于Cytoscape软件绘制化肝煎-成分-靶点可视化网络图，借助STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用（PPI）网络，分析获得核心作用靶点。采用Metascape平台工具对其进行基因本体论（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用AutodockTools软件对化肝煎主要活性成分与疾病作用靶点进行分子对接。结果 筛选得到化肝煎化学成分56个，疾病靶点：失眠438个，慢性萎缩性胃炎868个，胃食管反流病4 252个，以及20个药物成分和疾病共同靶点。PPI网络中关键蛋白排名靠前的靶点为IL6、NCF1、PTGS2、CRP、MPO、PPARG、TNF等。获得GO富集分析结果排名靠前的有452种生物过程（BP）、19种分子功能（MF）、6种细胞组分（CC），KEGG信号通路主要有6条信号通路。分子对接结果显示关键成分与对应靶点具有较好的结合活性。结论 化肝煎治疗失眠、慢性萎缩性胃炎和胃食管反流病可能涉及TNF、IL6、PTGS2、PPARG、CRP等为代表的核心靶点，其实现异病同治的作用可能与脂质信号通路调控炎症、细胞因子反应等有关。     

Pharmacokinetic study of Tangwang Mingmu granule for the management of diabetic retinopathy based on network pharmacology

ContextTangwang Mingmu granule (TWMM), a traditional Chinese medicine, has been widely used in the treatment of diabetic retinopathy (DR), the most common microvascular complication in diabetes mellitus.ObjectiveTo establish a method to select target compounds from herbs for a pharmacokinetic study using network pharmacology, which could be applied in clinical settings.Materials and methodsFirst, UPLC/Q Exactive Q-Orbitrap and GCMS 2010 were used to determine the non-volatile and volatile ingredients of TWMM. Based on the identified compounds, network pharmacology was used to screen the key compounds and targets of TWMM in the treatment of DR. Based on the compound-target-pathway network and identification of components emigrant into blood, the potential compound markers in vivo were chosen. Then, Sprague-Dawley (SD) rats were administrated of TWMM at a 9.6 g/kg dose to investigating pharmacokinetic parameters using the UPLC-QQQ-MS.ResultsNinety and forty-five compounds were identified by UPLC-MS and GC-MS, respectively. Based on the network pharmacology, nine compounds with a degree value above 15 were screened and implied that these compounds are the most active in DR treatment. Moreover, criteria of degree value greater than 7 were applied, and PTGS2, NOS2, AKT1, ESR1, TNF, and MAPK14 were inferred as the core targets in treating DR. After identification of components absorbed into blood, luteolin and formononetin were selected and used to investigate the pharmacokinetic parameters of TWMM after its oral administration.ConclusionsThe reported strategy provides a method that combines ingredient profiling, network pharmacology, and pharmacokinetics to determine luteolin and formononetin as the pharmacokinetic markers of TWMM. This strategy provides a clinically relevant methodology that allows for the screening of pharmacokinetic markers in Chinese medicines.     

当归六黄汤质量标志物的发现及其作用机制解析研究

目的：基于中药质量标志物（Q-marker）“五原则”和网络药理学，为当归六黄汤的质量控制研究提供参考，并为其临床应用提供科学依据。方法：根据Q-marker“五原则”对当归六黄汤的质量标志物进行筛选，再利用中药系统药理学数据库（TCMSP）、ChEMBL与Swiss Target Prediction平台获取功效标志物的潜在作用靶点，构建当归六黄汤质量标志物的蛋白互作网络。利用拓扑、GO、KEGG富集分析构建“关键靶点-信号通路-生物过程”网络，进而阐释当归六黄汤质量标志物的作用机制。结果：根据“五原则”和网络药理学综合分析，筛选阿魏酸、黄芪甲苷、梓醇、汉黄芩素、地黄苷D、黄芩苷、黄柏碱、汉黄芩苷、小檗碱作为当归六黄汤的质量标志物，这些标志物可能通过作用于MAPK、雌激素、PI3K-Akt等通路从而调节MAPK级联、基因表达、一氧化氮生物合成过程抑制炎症。结论：本研究初步探究当归六黄汤的质量标志物及其作用机制，为当归六黄汤的机制研究和临床应用提供更有利的科学依据与理论基础。