干燥综合征患者细胞因子途径、Jak-Stat信号途径以及神经激活受体配体途径相关基因表达的初步分析

目的分析干燥综合征患者的细胞因子途径、Jak—Star信号途径及神经激活受体配体途径相关基因的表达情况并分析意义。方法取3例干燥综合征患者及3例健康对照者的外周血单个核细胞,提取总RNA反转录至cDNA后,分别用Cy5及Cy3荧光标记干燥综合征组及对照组的cDNA样品,与寡核苷酸基因芯片杂交。采用图像分析软件提取芯片图像数据,以CyS／Cy3的比值（SAM软件）寻找差异表达基因,并进一步用分子功能注释软件（MAS系统）进行处理。结果干燥综合征患者细胞因子途径、Jak—Star信号途径及神经激活受体配体作用途径相关基因的差异表达有统计学意义（P〈0．05）。以上途径中基因PF4、GZMA表达下调,基因IL-2RA、IL-10表达上调。结论干燥综合征的发病可能是多基因调控异常所致,细胞因子途径、Jak—Stat信号途径及神经激活受体配体途径的差异表达基因可能为研究该病的发病机制及新的治疗靶向提供了重要依据。     

肾细胞癌组织中Notch信号途径蛋白表达水平的检测及其意义

目的：检测人肾细胞癌（RCC）组织中Notch信号途径相关蛋白的表达水平，探讨Notch信号途径分子与人RCC发生发展的关系。方法：手术方法获得6例经病理检查诊断为RCC组织标本，采用Western blotting法检测RCC组织和癌旁组织中Notch信号通路受体、配体蛋白表达水平。结果：与癌旁组织比较，RCC组织中Notch信号的受体Notch-1以及配体Jagged-1的表达水平均明显降低(P<0.05），受体Notch-2及配体Jagged-2表达水平均明显升高(P<0.05）。结论：RCC中Notch信号途径蛋白表达水平发生了明显的变化，Notch信号途径可能参与了RCC的发生发展过程。     

长期使用地西泮对神经活性配体受体相互作用信号通路的影响

研究长期使用地西泮对小鼠神经活性配体受体相互作用信号通路的影响。通过长期且逐量递增的方式给小鼠连续灌胃地西泮60d,提取小鼠全脑总mRNA,进行小鼠全基因组芯片检测,运用生物信息学方法筛选出差异表达基因,并通过《京都基因与基因组百科全书》（KEGG）的基因功能通路数据库分析神经活性配体受体相互作用信号通路的变化。结果发现,与正常组比较,地西泮组的神经活性配体受体相互作用信号通路上的16个基因表达发生了显著性变化,其中表达上调的基因有9个,表达下调的有7个。实验结果表明,长期使用地西泮对神经活性配体受体相互作用信号通路具有显著的影响,可能和长期使用地西泮导致机体所产生的不良反应密切相关。     

E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响

目的：了解E2F-1过表达对胃癌细胞中癌基因和抑癌基因表达的影响,探讨E2F—1影响胃癌细胞侵袭能力的作用机制。方法：从胃癌细胞MGC-803和MGC803／E2F-1中提取总RNA,纯化mRNA,逆转录将Cy3和Cy5两种荧光素标记到两组逆转录合成的第一链cDNA。与22K人类基因组寡核苷酸芯片进行杂交,采用LuxScan 10K／A双通道激光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,应用LuxScan3．0图像分析软件对图像处理分析,筛选出差异基因。结果：在21522条基因中,MGC-803／E2F-1和MGC-803细胞差异表达的癌基因和抑癌基因有39条,其中上调基因19条（49%）,下调基因20条（51%）。结论：过表达E2F-1在胃癌细胞MGC803中影响了众多癌基因和抑癌基因的表达变化,表明胃癌侵袭能力的变化是多基因相互作用,多种信号传导途径相互影响的结果。     

TLRs途径在日本血吸虫病肝虫卵肉芽肿形成中的作用

本文探讨TLRs信号途径是否为日本血吸虫抗原分子的模式识别受体,参与血吸虫病肝虫卵肉芽肿的炎症病变。采用日本血吸虫抗原分子刺激小鼠腹腔巨噬细胞,ELISA及Western blot分别检测细胞因子和NF-κB的变化状况。构建日本血吸虫病肝虫卵肉芽肿的小鼠模型,小鼠肝组织中TLR2、TLR4蛋白及mRNA的变化情况分别使用 FCM和Real-time PCR检测。经抗原分子刺激后巨噬细胞分泌IL-1β、TNF-α和IL-6显著增高,与PBS组比较差异显著(P<0.01)。IκB蛋白表达水平在刺激30 min后显著降低。Balb/c小鼠感染日本血吸虫后TLR2、TLR4蛋白及其mRNA含量以及IL-1β、TNF-α、IL-6、ALT与AST含量均显著性升高,与未感染组比较变化显著(P<0.05)。表明TLRs信号途径可能是日本血吸虫抗原分子的模式识别受体,并被其激活;而且TLRs信号途径在血吸虫病肝虫卵肉芽肿的形成中发挥重要作用。     

原发性肾病综合征的分子肖像

目的比较原发性肾病综合征患儿和健康儿童外周血单个核细胞基因表达谱的差异，筛选原发性肾病综合征相关基因，绘制原发性肾病综合征的分子肖像，系统阐明原发性肾病综合征发生的分子机制。方法分离6例原发性肾病综合征患儿和6例与之匹配的健康儿童的外周血单个核细胞，用TRIzol一步法提取外周血单个核细胞的总RNA，再用逆转录-PCR法以Cy5和Cy3分别标记原发性肾病综合征患儿和健康儿童的mRNA而成为cDNA探针。将两种探针混合后与点有8096条基因的芯片杂交。经严格洗涤后用GenePix4000B扫描仪扫描杂交信号，用GenePix Pro 3．0软件分析扫描结果。结果8096条被检基因中共有418条在PNS患儿和健康儿童的PBMC中存在差异表达，其中128条基因在PNS患儿的PBMC中表达升高，290条基因表达降低，102条基因在本研究的6对PNS患儿和健康儿童配伍对照中均存在差异表达。这102条基因根据功能可分为10类：免疫相关基因、细胞骨架相关基因、信号转录相关基因、细胞周期及增殖凋亡相关基因、癌基因和抑癌基因、基因复制和表达相关基因、离子通道和转运蛋白相关基因、受体相关基因、代谢相关基因及其它功能尚不清楚的基因。结论原发性肾病综合征的发生、发展是许多相互作用的基因共同作用的结果。     

CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理研究

目的:利用基因表达谱芯片技术筛选CDX2高表达的胃癌MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞中差异表达的基因,探讨CDX2高表达促进胃癌细胞凋亡的分子机理.方法:Trizol一步法提取高表达CDX2的MGC803/CDX2细胞和对照组MGC803/EV细胞的总RNA,并纯化mRNA,反转录合成荧光分子(Cy3/Cy5)标记的cDNA探针,与22 k基因表达谱芯片进行杂交;采用LuxScan 3.0图像分析软件对芯片图像进行分析,把图像信号转化为数字信号,最后以差异为>2倍或<0.5倍的标准来确定差异表达基因.结果:在23 238个基因中筛选出与细胞凋亡有关的差异性表达基因15条,其中8条基因表达上调和7条基因表达下调.结论:CDX2基因过表达促进胃癌细胞凋亡可能与这15条差异表达基因关系密切.     

高通量基因芯片初步筛选ITP脾和正常脾巨噬细胞的差异表达基因

目的研究免疫性血小板减少性紫癜(ITP)患者脾和正常脾巨噬细胞的差异表达基因。方法提取9例ITP患者及9例正常人脾巨噬细胞的总RNA,反转录制备含荧光分子Cy5标记的cDNA探针,与含有30968点cDNA的表达谱芯片杂交后扫描荧光强度,筛选出差异表达的基因并进行分析。结果基因芯片共筛选出1545个差异表达基因,其中上调基因718个,下调基因827个。差异表达基因涉及免疫反应、细胞黏附及受体调节、细胞信号转导、细胞骨架和运动代谢、细胞凋亡、酶调活性等方面。差异表达基因生物路径涉及Toll样受体信号通路,Fcγ受体介导吞噬通路,促分裂原活化蛋白激酶信号通路、细胞内吞通路等。结论基因芯片筛选ITP患者脾巨噬细胞的差异表达基因是有效的。差异表达基因可能为ITP发病机制的研究提供新证据和治疗靶标。     

JAKs-STATs信号传导途径的研究现状

细胞因子的生物学功能主要是通过“ＪＡＫｓ -ＳＴＡＴｓ”或“Ｒａｓ-ＭＡＰＫ”信号传导途径实现。自从在干扰素对培养细胞基因转录诱导研究中发现ＪＡＫｓ -ＳＴＡＴｓ细胞因子信号传导途径以来 ,它一致成为当前细胞因子研究领域的热点。细胞因子受体信号传导的ＪＡＫｓ -ＳＴＡＴｓ途径大致如下 :细胞因子与其受体结合诱导受体聚集 ,引起与之相联系的一个或多个胞浆酪氨酸激酶的ＪＡＫ家族成员活化 ,激活的ＪＡＫｓ进一步使通过ＳＨ2区域与受体相联系的ＳＴＡＴ家族的一个或多个成员的酪氨酸残基磷酸化 ,后者同源或异源集聚 ,核转位 ,与…     

体外循环前后不同组织细胞因子的差异表达

目的应用基因芯片技术探讨外周血单个核细胞（PBMC）及心房组织细胞因子的差异表达基因,探讨不同组织对体外循环（CPB）的反应。方法CPB开始、CPB结束即刻抽取患者动脉血,密度梯度离心法分离PBMC; 取CPB开始及CPB结束即刻的右房组织。用BD Atlas^TM cDNA Expression Arrays表达谱基因芯片对比CPB前及CPB后二者间细胞因子的差异表达。结果CPB前PBMC及心房间细胞因子基因表达差异明显者有IL-6、IL-13、Wnt5a、促肾上腺皮质激素释放激素Ⅰ型受体、卵泡刺激素受体和盘状结构域受体2。CPB后二者的基因表达谱均发生变化,差异明显者变为IL-6、IL-13、α-干扰素诱导蛋白（IFI616）、钙结合蛋白S100A9（钙颗粒素B）、胎盘生长因子和Wnt5a。结论CPB前PBMC与心房组织的细胞因子基因表达谱不同,CPB刺激后基因表达谱发生变化,但变化不一致,使差异表达基因发生变化。     

丝氨酸526位点在MEKK3介导的IL-1信号途径中的作用

目的：确定MEKK3分子中介导IL-1信号途径的关键性氨基酸。方法：对哺乳动物MEKK3活性环526位点的丝氨酸进行人工诱变后，用瞬时转染的方法分别将526A基因单独及与TRAF6基因同时导入GES-1细胞中；用免疫印迹、NF-κB荧光素酶报告基因测定及免疫沉淀实验检测了526A突变体的表达水平、对IL-1及TRAF6介导的NF-κB基因的表达及MEKK3与TRAF6相互作用的影响。结果：通过与野生型MEKK3的对比，观察到526A不但阻断了IL-1及TRAF6介导的依赖于MEKK3的NF-κB基因的激活，同时阻断了TRAF6与MEKK3的相互作用。结论：526位点的丝氨酸在MEKK3介导的IL-1信号途径中起关键性的作用。是不可缺少的关键性氨基酸。     

瘦素通过JAK/STAT途径对IL-1β诱导的软骨细胞增殖和炎性反应的影响

目的 探讨瘦素通过JAK/STAT途径对IL-1β诱导的软骨细胞增殖和炎性反应的影响及机制研究。方法 提取SD大鼠的软骨细胞并进行鉴定;CCK-8筛选瘦素最佳浓度;集落形成实验检测细胞增殖能力;ELISA检测炎性细胞因子(IL-6、IL-8、TNF-α)的表达;Western blot法检测JAK/STAT途径相关蛋白的表达。结果 瘦素的最佳作用浓度为10、20、40ng/ml;瘦素呈剂量依赖性使IL-1β刺激诱导的软骨细胞的增殖能力增强(P<0.05),且抑制了由IL-1β刺激诱导的软骨细胞中炎性细胞因子的上调(P均<0.05)。此外,瘦素抑制IL-1β刺激诱导JAK/STAT途径的激活,JAK和STAT3蛋白的磷酸化水平降低(P均<0.05)。结论 瘦素通过抑制JAK/STAT途径的激活,从而提高软骨细胞的增殖能力,抑制炎性反应,从而对骨关节炎具有潜在的治疗作用。     

应用生物信息学技术筛选结直肠腺瘤相关基因

目的应用生物信息学技术筛选结直肠腺瘤与正常结直肠黏膜组织的差异表达基因,寻找其中的关键基因并分析分子机制。方法公共数据库GeneExpressionOmnibus（GEO）下载基因芯片GSE8671,通过R语言软件筛选出差异表达基因,进一步对差异表达基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路分析,并通过构建蛋白质-蛋白质相互作用网络筛选出关键基因。结果共筛选出381个差异表达基因,其中结直肠腺瘤中上调的基因248个,下调的基因133个。GO功能富集分析显示差异表达基因主要与趋化因子激活、趋化因子受体结合、激素激活和生长因子激活有关,KEGG信号通路分析表明差异表达基因与趋化因子信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、细胞因子与受体相互作用和药物代谢有关。通过蛋白质-蛋白质相互作用网络共筛选出IL-8、CXCL1、CXCL12、CXCL13、CXCL11、CXCL2、CCL19、CCL20、PPBP、PF-4等10个关键基因。结论应用生物信息学技术分析筛选结直肠腺瘤基因有助于进一步探讨结直肠腺瘤和腺癌发病的分子机制,为两者的早期诊治提供理论依据。     

骨性关节炎滑膜核心基因筛选和生物信息学分析

目的 使用生物信息学方法分析骨性关节炎滑膜组织差异表达基因,并探索潜在诊断和治疗靶点。方法 从GEO数据库下载GSE55235、GSE55457、GSE55584,整合3个数据集使用在线工具Network-Analyst筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs),使用R软件分析DEGs基因本体论和KEGG信号通路,通过STRING、Cyto-scape工具构建PPI调控网络、筛选核心基因,再使用R软件绘制受试者工作特征曲线。结果 得到327个DEGs主要参与含胶原的细胞外基质、转录因子复合物的组成;白细胞迁移、皮质类固醇反应等生物过程;发挥信号蛋白受体激活、细胞因子激活、趋化因子激活等分子功能;富集于破骨细胞分化,轴突引导、IL-17、TNF等KEGG信号通路。5个核心基因TLR7、TLR3表达上调,CXCL8、IL-6、VEGFA表达下调,且受试者工作特征曲线下面积(area under curve, AUC)均＞0.7。结论 5个核心基因可能是OA滑膜标志物,同时DEGs参与的生物学功能和信号通路可能为OA分子机制研究提供生物信息学依据。     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

应用基因芯片研究环孢素对大鼠肝脏基因表达的影响

目的研究环孢素对大鼠肝脏基因表达谱的影响。方法大鼠予以环孢素灌胃1次,摘取肝脏提取总RNA。用Cy3和Cy5 两种荧光物质分别标记阴性对照组和环孢素组肝组织cDNA,制备成探针与表达谱芯片进行杂交,获得的荧光信号图象用计算机扫描后进行数据分析,计算每点的Cy5和Cy3信号强度比值。结果在被检测的4096个基因中,环孢素组差异表达基因50个,占芯片基因总数 1．22％,其中表达上调的基因17个,表达下调的基因33个。结论环孢素的免疫抑制、抗肿瘤作用以及与其他药物的相互作用可能与一系列代谢相关基因的表达变化有关。     

IL-6在人胃癌细胞株AGS中生物学效应及其信号传导途径

目的探讨白细胞介素6(IL-6)在人胃腺癌细胞株AGS中产生生物学效应的信号传导途径.方法通过MTT法检测IL-6刺激AGS细胞后对其生长增殖的影响;采用电泳迁移变动试验(EMSA)和Western blot观察IL-6刺激前后AGS细胞中IL-6相关转录因子Stat3和参与IL-6信号传导功能的蛋白激酶Jak1的诱导活化状态,并确定该细胞中的IL-6信号传导通路;通过免疫细胞化学染色确定磷酸化Stat3在AGS细胞内的定位.结果IL-6可显著促进AGS细胞的增殖;转录因子Stat3和蛋白激酶Jak1都能在AGS细胞中被IL-6诱导激活,且Stat3的活性与IL-6的刺激呈一定的剂量和时间依赖性;磷酸化Stat3的染色定位于AGS细胞核.结论JAK/STAT信号传导途径的活化介导了IL-6对AGS细胞增殖的促进功能.     

基因芯片在筛选食管鳞癌相关基因中的应用

目的研究人食管鳞状细胞癌与癌旁正常组织的基因表达谱,通过对比基因表达的差异,寻找与人食管鳞癌发展相关的基因。方法提取人食管鳞癌与正常食管鳞状上皮的mRNA,逆转录成cDNA,并用Cy3-dUTP标记正常食管组织,用Cy5-dUTP标记食管鳞癌组织,制成探针,与基因芯片进行杂交,经扫描仪扫描后,对获取的信号数据进行软件分析、对比。筛选出差异表达的基因。结果在4例新鲜标本的芯片杂交检测中,共发现4329条基因发生差异表达,其中2293条上调,2036条下调,将这些基因按GO（gene ontology）分子功能（function term）进行分类,发现与细胞分化、成熟,分子定位、连接,信号传导,酶活性调节,以及基因转录、翻译调节有关的基因最多。结论①食管鳞癌的发生发展与多条基因的异常表达有关。②应用基因芯片技术可以对食管鳞癌的基因表达谱进行分析,以筛选食管鳞癌相关基因。     

As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的应用基因芯片研究三氧化二砷(As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化.方法提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA,纯化为mRNA后再反转录为cDNA.cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后,cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记,与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交.结果杂交结果经扫描和软件分析,发现了11个差异表达的基因片段,其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关.结论我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化.     

As2O3处理前后K562细胞基因表达变化的基因芯片检测

目的 应用基因芯片研究三氧化二砷（As2O3)处理前后K562细胞基因表达的变化。方法 提取As2O3处理前后K562细胞的总RNA，纯化为mRNA后再反转录为cDNA。cDNA经限制性内切酶Sau3AI切割后，cDNA片段分别用Cy3和Cy5标记，与自制的包含348个基因片段的胎盘库芯片杂交。结果 杂交结果经扫描和软件分析。发现了11个差异表达的基因片段，其中有3个基因片段与细胞凋亡密切相关。结论 我们构建的胎盘库基因芯片可以成功地用于研究药物作用前后基因表达的变化。