大鼠颅脑损伤基因差异表达及生物信息学研究

目的利用生物信息学找到大鼠颅脑损伤后的差异表达基因信息,为后期研究提供线索。方法在公共基因芯片数据库GEO中找到大鼠颅脑损伤基因芯片数据,并利用其筛选工具找到差异表达基因,随后对其进行生物学分析。结果在大鼠损伤脑组织中共找到190条表达基因,上调159条,下调31条。通过STRING网站筛选到23条关键基因。结论利用生物信息学方法能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,大鼠颅脑损伤后多种基因表达发生改变,为确定其早期诊断标志与新治疗靶位开辟了新的思路。     

大鼠肝纤维化相关基因的生物信息学分析

目的利用生物信息学技术探索大鼠肝纤维化肝窦内皮细胞的关键差异基因及相关信号通路。方法在公共数据库GEO中找到大鼠肝纤维化相关基因芯片数据,利用String、FLink在线工具筛选差异表达基因,对差异表达基因进行相关信号通路分析。结果在大鼠肝纤维化肝窦内皮细胞中共找到62条关键差异表达基因,其中上调39条,下调23条;并筛选出21条相关信号通路。结论利用生物信息学方法能有效的分析基因芯片数据并获取生物内在信息,大鼠肝纤维化时肝窦内皮细胞的多个基因、多条信号通路发生改变,为进一步研究肝纤维化发病机制提供新思路。     

宫颈癌相关基因的筛选及生物信息学分析

目的 从分子水平揭示官颈癌的发病机制,为临床诊疗提供新工具.方法 在公共基因芯片数据库GEO中找到宫颈癌的相关基因芯片数据,使用BRB-ArrayTools软件包对其进行统计学分析,找到官颈癌相关基因;利用Panther在线分析软件对这些基因进行生物学分析.结果 在宫颈癌组织共找到37条差异表达基因,上调23条,下调14条.这些基因的功能大致分为细胞骨架结构、转运载体、细胞信号转导、转录调控、细胞粘附、细胞凋亡等.结论 利用生物信息学的方法 能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息,官颈癌的发生是由于多种基因表达改变所致,为确定宫颈癌的早期诊断标志与新治疗靶位开辟了新的思路.     

鼻咽癌EMT相关基因的筛选及生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法 挖掘鼻咽癌上皮间充质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)发生的潜在分子机制.方法 从公共基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)中寻找并下载鼻咽癌的相关基因芯片数据,并使用Genclip软件对下载的数据进行分析,寻找鼻咽癌公共基因芯片数据中与EMT相关的基因,并用生物信息学方法 对筛选出来的基因作进一步分析.结果 在公共的鼻咽癌芯片数据中找到35个与EMT相关的差异表达基因,这些基因功能大致与细胞组分、细胞粘附、通信、信号转导、分化、运动、迁移以及细胞表面受体相关的信号转导等有关,这些功能往往都被认为与肿瘤的侵袭和转移有关.结论 利用生物信息学的方法 能有效分析基因芯片数据并获取生物内在信息.鼻咽癌EMT是由于多种基因表达改变所致,这为确定鼻咽癌早期转移诊断标志与预后的预示开辟了新的思路.     

乳腺癌他莫昔芬耐药相关基因及通路的筛选

目的:利用美国国家生物技术信息中心基因表达数据库中雌激素受体阳性乳腺癌表达谱芯片进行生物信息学分析,筛选他莫昔芬耐药的关键基因和信号通路。方法:利用基因芯片GSE26459,R软件分析得到差异基因,DAVID 进行Gene Ontology和KEGG富集分析,STRING绘制蛋白作用网络。GSEA富集分析得到耐药相关通路及基因。结合蛋白作用网络筛选目标基因并验证。结果:筛选出差异基因1 516个,上调基因505个,下调基因624个。通路富集分析发现脂肪酸代谢通路、细胞粘附、胰岛素抵抗等信号通路在乳腺癌的他莫昔芬耐药中起重要作用,并在富集通路中筛选出ACSL1等候选目标基因并验证。结论:利用生物信息学有效分析他莫昔芬耐药的基因芯片数据,为他莫昔芬耐药的治疗靶点提供重要依据。     

食管癌基因表达谱及其与细胞分化的相关性研究

目的:研究原发性食管癌基因表达谱,筛选与肿瘤细胞分化相关的基因,旨在寻找或定位食管癌分化相关基因,加深对其癌变分子机制的了解. 方法: 应用基因芯片技术对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析. 结果: 在886条目的基因中有110(12.42%)条至少2次出现差异表达,与肿瘤分化直接相关的基因有16条(1.81%),其中表达上调的9条(1.02%),表达下调的7条(0.79%). 结论: 高通量的基因芯片技术筛选出大量的ESCC相关基因,从中可分析出与肿瘤分化相关的基因. 对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路,并可作为ESCC诊断的指标和治疗的靶点.     

GNG4、TIMP1在结肠癌诊断及预后价值的生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法,筛选可能与结肠癌诊断及预后相关的基因.方法:从基因表达共享数据库(the expression omnbus,GEO)下载结肠癌相关基因芯片GSE37364、GSE41328的cRNA表达谱数据集并筛选差异表达基因(differentially ex-pressed genes,DEGs),分...     

基于生物信息学方法分析乳腺癌新辅助内分泌治疗相关差异基因表达及预后

[目的]利用生物信息学分析方法分析乳腺癌新辅助内分泌治疗前后的差异表达基因,分析其调控网络,评价其预后价值.[方法]在美国基因芯片数据库(gene expression omnibus,GEO)中获取乳腺癌新辅助内分泌治疗前后基因表达数据集,利用在线工具GEO2R筛选差异表达基因(differentially expr...     

基因芯片技术筛选哮喘大鼠差异表达基因的研究

目的 利用基因芯片技术寻找哮喘大鼠与正常大鼠之间差异基因的动态变化,寻找参与哮喘发病的新基因.方法 分别于激发哮喘2、4、8周处死大鼠收集肺泡灌洗液行炎性细胞及嗜酸性粒细胞计数,取肺组织行HE染色、病理图像分析,提取肺组织RNA行基因芯片筛选及实时定量PCR验证.以基因表达倍数值2.0和基因表达倍数值-2.0为阈值来确定差异表达基因,然后用GO及Pathway分析对差异表达基因进行功能分类分析,结果以P ＜0.05为差异显著性标准.结果 从24 358条表达基因谱中,筛选出哮喘大鼠与正常大鼠持续性差异表达2倍以上的基因有13条,其中发现Mal和TPD52L1等新基因参与哮喘疾病过程.结论 Mal、TPD52L1基因在肺组织中异常表达,影响哮喘的病程进展.     

基因芯片筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因的初步研究

目的:应用基因芯片技术进行喉鳞状上皮细胞癌相关基因表达谱差异分析,筛选喉鳞状上皮细胞癌相关基因.方法:从4例喉鳞状上皮细胞癌中相同患者体内取喉鳞状细胞癌组织和癌旁正常组织,应用含有人类全基因组的基因芯片进行分析.结果:在4例喉鳞状上皮细胞癌中共同基因表达显著差异的有349条,其中112条表达上调,237条表达下调.结论:基因芯片能提供大量喉癌相关基因表达谱的信息,分析这些差异表达的基因能够阐明喉鳞状上皮细胞癌复杂的生物学特性与基因表达之间的内在联系,并识别肿瘤的标记物,为进一步研究喉鳞状上皮细胞癌发生、发展相关基因打下基础.