安徽省汉坦病毒的基因序列分析

目的了解安徽省汉坦病毒(HV)型别及分子特征,为防治提供科学依据。方法将汉坦病毒抗原阳性的鼠肺及急性期病人血清标本接种Vero细胞,分离汉坦病毒。阳性培养物提取病毒总RNA,应用RT-PCR扩增病毒S片段,产物经测序拼接获得S片段全基因序列,用DNAStar、MEGA 4.1等生物软件进行核苷酸序列分析,构建基因序列系统进化树,确定病毒型别。结果免疫荧光检测,513鼠肺标本21份阳性,分离6株病毒;4份急性期病人血清分离1株病毒。选择3株病毒进行S片段基因测序,测定序列与汉坦病毒HTN、SEO、SNV型毒株比较,表明两株为HTN型,一株为SEO型,序列相似性达98.4%以上。结论安徽省流行的HV为HTN型和SEO型,以HTN型为主,未发生较大变异。     

江西省1株汉滩型汉坦病毒的分离与鉴定

目的 了解江西省啮齿动物携带的肾综合征出血热汉坦病毒的基因型别。方法 采用Vero-E6细胞对8份免疫荧光汉坦病毒抗原阳性鼠肺标本进行病毒分离,采用直接免疫荧光法和RT-PCR方法对培养物进行鉴定,对分离株部分M基因进行序列测定和分析。结果 1份标本培养后经直接免疫荧光试验检测到汉坦病毒特异性免疫荧光颗粒,培养物能在Vero-E6细胞中稳定传代,毒株命名为AYW89-15。毒株核酸经汉坦病毒M基因特异性分型引物进行RT-PCR检测,获得汉滩型汉坦病毒(Hantaan virus, HTNV)预期大小的目的片段;通过序列分析发现,分离株与HTNV参考株核苷酸同源性为83.1%～94.7%,氨基酸同源性为95.0%～99.0%,与汉城型等其他型别汉坦病毒核苷酸和氨基酸同源性均低于75%。进化树分析表明AYW89-15位于HTNV所在的枝系。 结论 新分离株AYW89-15为HTNV。     

湖南省啮齿动物携带汉坦病毒的分子流行病学研究

目的研究湖南省啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别。方法采用IFA法检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性标本中HV的部分S和M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果在湖南省HV流行的地区共捕获啮齿动物344只,其中6份标本HV抗原阳性,病毒携带率为1.74%。对扩增出的部分S与M片段的核苷酸序列分析表明,5份标本中的病毒为汉城型HV(SEOV),1份为汉滩型HV(HTNV)。用S(620～990 nt)与M片段G2区(2001～2301 nt)核苷酸序列所构建的系统进化树显示,湘乡褐家鼠、黄胸鼠及黄毛鼠携带的病毒均为SEOV的S4亚型;宁远褐家鼠携带的病毒为SEOV的一个新亚型;石门小家鼠携带的病毒为HTNV的H4亚型。结论湖南省为混合型HV疫区,以汉城病毒为主,并具有宿主多样性。     

褐家鼠携带2株汉坦病毒的遗传特征分析

目的 分析来自内蒙古自治区呼和浩特市和河南省杞县两地褐家鼠标本中的汉坦病毒(HV)遗传特征,研究其与已知HV及疫苗株之间的关系.方法 提取病毒总RNA,用反转录-聚合酶链式反应法扩增阳性标本中HV的全M、S基因片段,测序后进行序列特征和系统发生分析.结果 成功扩增出2株HV(NM133株和Q12株)的全M、S基因片段,并测定序列.2株病毒的S基因片段核苷酸序列全长分别为1770nt和1772 nt,均仅有1个开放读码框(ORF),编码429个氨基酸,M基因片段核苷酸序列全长均为3654 nt,编码1133个氨基酸.2株HV与绝大部分已知的汉城病毒(SEOV)具有很高的同源性;但与汉滩病毒(HTNV)等其他型HV同源性较低.2株病毒的核蛋白、糖蛋白氨基酸序列与疫苗株Z37具有一致的二级结构.另外,在用全S和M基因片段核苷酸序列所构建的系统进化树中,2株病毒被分在SEOV的Ⅰ亚型,与Hb8610、R22、HB55、L99以及K24-e7的亲缘关系最近.结论 2株病毒为SEOV的Ⅰ亚型,与包括疫苗株Z37在内的已知SEOV具有很高的同源性和一致的二级结构,提示当前的疫苗能有效预防SEOV引起的肾综合征出血热.     

浙江省天台县2011－2018年汉坦病毒基因型别和进化变异研究

目的 研究2011－2018年肾综合征出血热（HFRS）国家监测点浙江省天台县汉坦病毒（HV）的基因型别和进化变异情况，了解天台县HV分子流行病学特点。方法 将天台县2011－2018年HV抗原阳性的鼠肺标本超声后提取核酸，利用HV型特异性引物，应用巢式PCR对部分M片段进行扩增分型和序列测定，将天台县2011－2018年的HV序列与国内外其他已知的HV序列进行比较，以明确该地区的基因型别，分析病毒的进化变异情况。结果 HV抗原阳性的67份鼠肺标本经型特异性引物巢式PCR扩增后31份标本为阳性，其中30份为汉滩病毒（HTNV）、1份为汉城病毒（SEOV），31份PCR阳性鼠肺均来自黑线姬鼠。31份巢式PCR阳性产物的部分M片段核苷酸序列有30株分布在HTNV单元群，1株分布在SEOV单元群。HTNV单元群中的天台T2018-130株与天台其余29株及国内外其他株同源性为84.8%～87.9%，差异较大，天台其余29株亲缘关系较近； SEOV发生群中的T2016-31株来自黑线姬鼠的鼠肺标本，与SEOV天台以往分离株ZT71株、ZT10株和浙江温州分离株Z37株在系统发生树上分布于同一或临近分支。结论 浙江省天台县HV流行的主要型别HTNV基因表现出明显的地理聚集现象，但也存在着基因差异较大的变异株T2018-130株；同时从病毒基因序列分析证实SEOV T2016-31株存在于黑线姬鼠中，可能意味着在SEOV进化过程中病毒在宿主间发生了“溢出”现象。     

汉坦病毒在锦州市啮齿动物中的携带率及基因序列分析

目的研究锦州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)的感染情况及基因分型。方法采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;阳性样品扩增汉坦病毒M片段并测序;构建系统发生树进行系统发生分析及分型。结果 2011—2013年在锦州市出血热疫区,对捕获的977只鼠进行HV抗原检测。共检出HV抗原阳性鼠肺样品43份,病毒携带率为4. 40%。依据病毒分类及命名原则将43份样品分为7个毒株,每个毒株随机选取1份HV抗原阳性样品,对部分M片段进行扩增并测定序列。分析表明7株病毒与汉城病毒(SEOV)有较高的相似性,为95. 6%～100%,而与汉滩型病毒(HTNV)相似性仅为70. 2%～71. 4%,表明7份鼠肺均携带SEOV。结论锦州地区HV优势毒株为SEO型,其主要传染源是褐家鼠,系统进化树显示分离到7株SEO起源相同,均为S3亚型,并有明显的地区聚集性,变异较小,基因型别较为稳定。     

浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒的分子流行病学研究

目的 研究浙江省温州市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别,为该地区肾综合征出血热(HFRS)的预防控制提供科学依据.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用RT-PCR法扩增阳性样品中HV的部分S片段及部分M片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果在温州市HFRS疫区共捕获啮齿动物96只,在6份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只褐家鼠,1只黄胸鼠与1只黄毛鼠,病毒携带率为6.3%.用汉城病毒(SEOV)特异引物从其中5份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999nt)及部分M片段(2001～2301nt)并测定序列.对扩增出的部分S及M片段的核苷酸序列分析发现,5株病毒与现有的SEOV有高同源性,均为汉城型HV.但在用部分S片段及部分M片段核苷酸序列所构建的系统进化树上,5株病毒的聚集模式不同.结论温州市的褐家鼠、黄胸鼠、黄毛鼠均携带汉城型HV,并可能发生基因片段的重排.     

辽宁省汉滩型汉坦病毒基因特征及分布研究

目的探讨辽宁省汉滩型汉坦病毒(HTNV)的基因特征及其分布情况。方法在辽宁省肾综合征出血热(HFRS)主要流行地区收集鼠肺和HFRS患者标本,采用间接免疫荧光法检测鼠肺中HV抗原,以RTPCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,将HTNV的阳性产物测序,并进行同源性比对和系统发生分析。结果辽宁省HFRS疫区HTNV主要为黑线姬鼠所携带;从鼠肺标本中扩增出M片段4份,患者标本中扩增出M片段5份,S片段1份;M片段的核苷酸同源性分析表明,辽宁株与Bao14、CJAp267等株同源性最高,为95%～97%,与HTNV原型株76-118同源性为87.4%～89.0%;系统发生分析显示辽宁株均分布于同一支内,与Bao14、CJAp267等株构成一个独立的支系,同属于H4亚型;TL2S基因片段与YaluRiver13核苷酸同源性最高(97.1%),与HTNV原型株76-118同源性为91.2%;推导的S片段氨基酸同源性,TL2与Bao14、CJAp93同源性较高,为93.0%～96.2%,与其他代表株同源性多在74.1%～81.6%;而且基于S片段的系统发生分析提示与M片段的分型结果基本一致,与Bao14、CJAp93等株位于同一分支内,为H4亚型。结论目前辽宁省流行的HTNV主要为H4基因亚型,基因亚型的分布相对比较单一。     

2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型和基因亚型分析

目的 了解2012 - 2015年江西省啮齿动物间流行的汉坦病毒基因型别和基因亚型。方法 选取江西省肾综合征出血热疫情发生地区捕鼠,收集鼠肺标本,采用直接免疫荧光法检测鼠肺中汉坦病毒抗原,提取阳性鼠肺标本核酸,设计并采用特异性引物分别对病毒的S、M、L 3个基因进行RT - PCR扩增,对扩增产物测序和分析。结果 共捕鼠2 235只,其中汉坦病毒阳性的86只,阳性率3.85%,流行的HV基因型为汉滩型(Hantaan orthohantavirus,HTNV)和汉城型（Seoul orthohantavirus,SEOV）。江西省HTNV之间S、M、L 3个基因核苷酸的同源性为93.4%～100%,与国内外HTNV参考株3个基因核苷酸的同源性为77.3%～88.0%,在3个基因系统进化树上均呈独立分支;M基因系统进化分析发现江西省SEOV分布在S3、S4亚型分支以及1个独立的进化分支,该独立分支的9株SEOV与国内外SEOV M基因核苷酸同源性仅为84.3%～88.7%。结论 江西省啮齿动物流行的HV为HTNV和SEOV 2种基因型别,其中HTNV为新的基因亚型,SEOV存在3个基因亚型:S3、S4和1个新的基因亚型。     

宁夏汉坦病毒分离株M基因片段的序列分析

目的比较它们与已知汉坦病毒的同源性和亲缘关系。方法用RT－PCR扩增了宁夏汉坦病毒分离株的M基因330hP片段,通过PGEM－T载体质粒将基因片段克隆进入大肠杆菌JM109,并进行核苷酸序列的测定;与其它汉坦病毒核苷酸序列的同源性比较。结果NX－143株病毒与HTN型毒株核着酸序列的同源性在79．4％～82．4％之间,与其它血清型毒株的同源性为57．6％～71．5％。表明NX－143属于HTN型病毒。结论NX－143属于HTN病毒新的基因亚型,国内可能同时存在多种亚型的HTN型病毒。     

浙江省龙泉市汉坦病毒宿主动物自然感染状况研究

目的 调查浙江省龙泉市肾综合征出血热(HFRS)疫源地小动物中汉坦病毒(HV)的自然感染情况及其流行的基因型.方法 用鼠笼在龙泉市查田镇、小梅镇、小梅镇黄南村捕鼠.捕获的小动物进行分类鉴定并解剖取肺脏,用间接免疫荧光法(IFA)检测肺组织中HV抗原,用RT-PCR对HV抗原阳性的样本扩增部分S片段核苷酸序列并测序,构建系统发生树进行基因分型.结果 共捕获小动物319只,其中野外312只,室内7只.黑线姬鼠和东方田鼠为野外优势鼠种.肺组织标本中共检测到9份抗原阳性,带病毒率为4.97%,用部分S片段(620～999nt)的核苷酸序列构建系统发生树,结果表明均为汉滩病毒(HTNV),并与Z251分离株的亲缘关系最近.结论 龙泉市野外主要存在以黑线姬鼠为宿主的HTNV感染,且携带率较高.

Abstract：

Objective To investigate the situation of the natural infection of hantaviruses (HV) in small mammals and to provide evidence for the control and prevention of hemorrhagic fever with renal syndrome (HFRS) in Longquan area,Zhejiang province. Methods Small mammals were captured by night trap, and lung tissue samples were collected and stored in liquid nitrogen. HV antigens were detected by indirect immuno-fluorescence assay (IFA). The partial S genome segment sequences were amplified by RT-PCR. DNAStar program was used for editing and comparing the sequences. Phylogeny was analyzed through PAUP*4.0 software. Results 319 small animals were collected in Longquan, and 9 hantavirus antigen-positive samples were identified. The positive rate of hantavirus in Apodemus agrarius was 4.97% . Phylogenetic tree constructed by partial S segment (620-999 nt) showed that the 9 strains carried by A agrarius from Longquan all belonged to HTNV,and had a closer evolutionary relationship with isolate Z251 from Zhejiang province. Conclusion Our results indicated that the main host was A. agrarius and the infection rate of HTNV was high in Longquan area.     

北京市城区鼠间汉坦病毒感染的流行病学研究

目的了解北京城区中心地带鼠间汉坦病毒（Hv）感染状况及其病毒型别差异。方法选取北京城区某方圆约1km两街区之内的食物资源丰富、场所隐蔽的中、小餐饮行业、蔬菜集贸市场及周边垃圾堆、卫生死角等生态环境，从2003年12月至2004年11月每月连续采用夹夜法捕鼠，计算鼠密度和鼠种构成。应用间接ELISA法检测鼠血清IgG抗体；针对汉坦病毒M基因部分片段设计汉城型汉坦病毒（SEOV）特异性引物，应用RT-PCR法检测宿主动物携带HV情况，阳性标本直接测序。利用Excel和SPSS软件分析宿主动物HV感染的动态特征。最后用DNASTAR软件对获得序列进行比较分析。结果共捕获啮齿动物229只，平均鼠密度6．41％（229／3570），褐家鼠和小家鼠分别为餐饮业、农贸市场生境的优势鼠种。褐家鼠血清抗体阳性率3．51％（6／171），带病毒率为0．58％（1／171）；小家鼠血清抗体阳性率为6．90％（4／58），带病毒率为172％（1／58）。病毒检出率以11、12月最高，抗体水平冬春季（1、4月）最高，与春季人群肾综合征出血热（HFRS）流行季节基本一致。2份扩增阳性标本（分别来源于小家鼠和褐家鼠）均为SEOV，差异为5．40％，系统发育分析显示他们位于2个不同的较小分支，但均位于Z37支系。结论北京城区2种主要的HV宿主在一些鼠害重点行业密度仍较高，虽然HV基础感染率不高，但持续存在，为春季人群HFRS发病高峰的重要影响因素。来自2个不同宿主的HV基因有一定的差异。小家鼠的传播作用有所加强，应予重视。     

浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒分子流行病学研究

目的 研究浙江省慈溪市啮齿动物中汉坦病毒(HV)流行情况及病毒型别.方法 采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原;用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法扩增阳性样品中HV的部分S片段;构建系统发生树进行系统发生分析及分型.结果 在慈溪市肾综合征出血热(HFRS)疫点共捕获啮齿动物243只,在7份鼠肺样品中检测到HV抗原,其中4只为褐家鼠,3只为黄胸鼠,病毒携带率为2.88%.用汉城型病毒(SEOV)特异性引物从6份HV抗原阳性样品中扩增出部分S片段(620～999 nt)并测定了序列.对扩增出的部分S片段核苷酸序列分析表明,6株病毒与现有的SEOV有最高的同源性,均为SEOV.用部分S片段核苷酸序列所构建的系统进化树显示,6株病毒构成两个单元支,其中由褐家鼠携带的3株病毒与BjHD01株病毒的亲缘关系最近,分在同一分支,由黄胸鼠携带的3株病毒构成另一分支,与L99、R22及Hb8610株的亲缘关系较近.结论 慈溪市的褐家鼠与黄胸鼠分别携带一种不同亚型的SEOV,表现出SEOV在同一地区的遗传多样性,并支持宿主与汉坦病毒共进化的理论.     

2007年浙江省鼠类感染汉坦病毒监测及病毒分离

目的了解浙江省鼠类自然感染汉坦病毒（HV）情况和病毒型别,为肾综合征出血热（HFRS）防治提供科学依据。方法采集鼠类肺组织和血清标本,用间接免疫荧光试验检测鼠血清IgG抗体,直接免疫荧光试验检测鼠肺Hv抗原。HV抗原阳性鼠肺接种Vero—E6细胞分离病毒,用HV单克隆荧光抗体鉴定分离株的型别。结果共捕获鼠形动物1129只,其中黑线姬鼠为优势种,鼠肺HV抗原阳性率为3．0％,鼠血标本IgG抗体阳性57份,阳性率8．0％。分离到6株汉滩（HTN）型病毒,其中来自黑线姬鼠5株,褐家鼠1株。结论浙江省存在以黑线姬鼠为主要传染源的HFRS疫源地,HV主要流行型别为HTN型。