叉生分析在复杂疾病基因-基因、基因-环境交互作用研究中的应用

目的 探讨叉生分析在复杂疾病基因-基因、基因-环境交互作用研究中的应用及其意义.方法 应用叉生分析对病例对照研究的糖尿病数据进行基因-基因、基因-环境交互作用分析结果 交互作用的分析依赖于对相加或相乘模型的选择.本文中相加模型与相乘模型的交互作用结果均具有统计学意义,根据交互作用模型选择原则,本文结果适合应用相加模型进行解释.基于相加模型的ENPP1基因K121Q（rs1044498）与饮酒交互作用具有统计学意义（OR=4.01,S=17.22,AP=0.71,P〈0.05）,与家族史交互作用也具有统计学意义（OR=5.14,S=7.43,AP=0.69,P〈0.05）;174G/C与572C/G两基因交互作用具有统计学意义（OR=5.12,S=5.40,AP=0.65,P〈0.05）结论 叉生分析不仅可以分析基因-环境的交互作用,同样可以分析基因-基因的交互作用.而且叉生分析结果简单明了,通过SAS、R等统计软件都可实现叉生分析的分析过程和假设检验过程.并且可以非常直观地呈现绝大部分的流行病学中基本单元的信息,可为我们判断交互作用提供基本的理论依据因此叉生分析在复杂疾病的基因-基因、基因-环境交互作用研究中具有广阔的应用前景.     

叉生分析在基因-环境因素交互作用中应用

目的 应用叉生分析法分析先天性心脏病(CHD)基因与环境因素的交互作用,为CHD的病因研究提供新的分析方法.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,对2012年7月-2013年10月在山东省4家医院胸外科住院的137例CHD患儿及同期住院的132例无CHD及其他畸形的其他疾病患儿母亲进行问卷调查,并采集患儿空腹外周静脉血进行DNA提取和基因检测;应用叉生分析方法分析CHD致病基因(MTHFRC677T位点突变)与环境因素(孕期患病情况)的交互作用.结果 病例组和对照组患儿CC、CT、TT基因型分别占20.44%和36.36%、38.69%和40.91%、40.87%和22.73%,C、T等位基因分别占39.78%和57.58%、60.22%和42.42%,2组患儿全基因型、等位基因频率比较,差异均有统计意义(P< 0.010);叉生分析显示,CHD致病MTHFR基因C677T位点突变与环境因素(孕期患病情况)基于相加模型的交互作用差异有统计学意义(U=2.060,P=0.020),各评价指标:SI=4.85,AP=70%,AP^*=79%,RERI=5.64;基于相乘模型交互作用差异无统计学意义(P >0.05).结论 MTHFR基因C677T位点突变与孕期患病对CHD具有相加交互作用.     

病例对照方法在基因环境交互作用研究中的应用

现代流行病学研究越来越重视基因与环境交互作用，要研究基因环境交互作用，需要有基因型、表现型（患病与否）与环境暴露信息，由于基因型测定需要有尖端技术、设备，而且耗资巨大，不是首选方法，人们往往首先采用替代性方法对研究对象进行基因型分类。病例对照研究是流...     

弹性匹配策略在分析基因与环境交互作用中的应用

以HER-2原癌基因Ile655Val多态性、吸烟与乳腺癌之间的关联研究为例,运用大样本近似原理计算检验效能,并通过逐步提高对照组中匹配因素的比例,探索弹性匹配策略在环境与基因交互作用分析中的应用价值及其效能计算方法 .HER-2基因多态和吸烟交互作用的检验效能在非匹配的病例对照研究中为30%,应用传统的频数匹配则提高为56%,进一步增加对照组的吸烟率,则能获得更高的效能值(power=74%).结论 :与非匹配或频数匹配的病例对照研究相比,应用弹性匹配的病例对照研究,能够显著增加环境与基因交互作用的检验效能和研究效率,此匹配策略尤其适用于人群中环境暴露率较低、环境暴露与基因易感性呈负向关联或匹配对照例数较少等情况.在研究设计时可充分权衡检验效能的提高与匹配成本的增加,从而选择最佳的匹配策略.     

分析固定因素和伴时变量交互作用的三种方法比较

目的本文将介绍分析固定因素和伴时变量交互作用的三种方法 :时间序列方法、单纯病例研究法和病例交叉法,并通过模拟研究比较其优劣。方法计算机模拟吸烟和非吸烟人群的日死亡人数时间序列,用三种不同方法分析每日大气可吸入颗粒物(PM10)浓度和吸烟对死亡影响的交互作用,比较各方法的检验效能和误差。结果时间序列方法与单纯病例研究法的检验效能和误差相一致,而病例交叉法的检验效能略低,误差略高于其他两种方法。结论三种方法都是分析固定因素和伴时变量交互作用的有效工具。时间序列方法与单纯病例研究法的表现略佳。     

应用多因子降维法分析基因-基因交互作用

目的介绍在遗传流行病学病例对照研究中,应用多因子降维法（MDR）分析基因-基因交互作用.方法简述MDR的基本步骤、原理及其特点,并结合研究实例说明在病例对照研究中如何应用软件进行MDR分析.结果相对于传统的统计学方法,MDR是一种无参数、无遗传模式的分析交互作用的方法,理论和实例研究均表明其分析交互作用具有较好的效能,目前已成功应用于散发性乳腺癌、心房颤动和原发性高血压等疾病的研究.结论 MDR能够应用于病例对照研究进行基因-基因交互作用的分析,且具有较传统的统计学分析方法无法比拟的优势.     

5种基因与某些环境因素在肺癌发生中交互作用的单纯病例研究

[目的]研究环境暴露因素与基因多态性对肺癌发生危险性的影响。[方法]对227例原发性肺癌病人进行单纯病例研究,应用Logistic回归对CYP1A1、mEH、NAT2、NQO1、XRCC3基因多态性与多种环境危险因素之间的交互作用进行了分析。[结果]吸烟指数超过20包年者携带CYP1A1至少一个MspⅠ突变等位基因的基因型的频率高于不吸烟者(OR=1.55,95%CI=1.15~2.09;ORadj=1.39,95%CIadj=0.94~2.07)。NAT2慢代谢基因型与烹饪时厨房充满油烟味存在一定交互作用(OR=1.96,95%CI=0.95~4.07;ORadj=2.15,95%CIadj=1.01~4.57)。未发现其它代谢酶和修复酶基因与环境因素之间存在明显交互作用。[结论]携带CYP1A1MspⅠ易感基因型同时吸烟指数超过20包年,NAT2慢代谢基因型同时长期油烟暴露可能增加肺癌发生的危险性。今后应加大样本含量,进行多基因与环境因素之间的联合作用分析。     

多因子降维法分析基因-基因交互作用的应用进展

多因子降维法（multifactor dimensionality reduction，MDR）是近年来发展的一种分析交互作用的新方法，“因子”即交互作用研究中的变量（如基因型或环境因素），“维”是指研究的多因子组合中的因子数（如基因型数目）；该方法以疾病易感性分类（高危、低危）的方式建模，将研究中的多个因子看作一个多因子组合（基因型组合），     

乙醇代谢酶类基因多态性及环境暴露 在结直肠癌发生中交互作用的 单纯病例研究

目的研究环境因素与乙醇脱氢酶lB(ADHlB)rsl229984、乙醛脱氢酶2(ALDH2) rs671、细胞色素P4502E1(CYP2E1)rsl329149交互及基因一基因之间交互在结直肠癌发生中的作 用,分析该3个基因位点对结直肠癌发展的影响。方法采用单纯病例研究调查472例结直肠癌 患者环境暴露情况和病理分期,用SequenomMassARRAY系统检测ADHlB(rsl229984)、ALDH2 (rs671)、CYP2E1(rsl329149)的基因型,应用非条件logistic回归分析ADHlB、ALDH2、CYP2E1基 因多态性与环境因素及基因一基因之间的交互作用,采用?c2检验及非条件logistic回归评估 rsl229984、rs671、rsl329149与结直肠癌转移风险的关系。结果 体重指数(BMI)与ADHlB rsl229984在结直肠癌发生中存在相乘交互作用(OR=1．720,95％C1：1．038。2．848,0‰=1．785, 95％CI：1．061～3．002);曾经或现在吸烟与ADHlB(rSl229984)的基因多态性在结直肠癌发生中存 在交互作用,经调整性别、年龄和饮酒后,该交互作用消失(OR=O．597,95％CI：0．387～0．921, OR．o=O．922,95％CI：0．509—1．669);rsl229984、rs671、rsl329149与结直肠癌的转移风险无关。 结论超重(BMI≥25 kg/m2)且携带ADHlB rsl229984 G易感等位基因可能增加结直肠癌发生的 危险性,rsl229984、rs671、rsl329149与结直肠癌的转移无关。     

基因-环境交互作用研究方法:无对照病例研究

从目前的观点来看 ,可以认为很少有疾病是纯粹由遗传或者环境因素决定的 ,基因 环境交互作用在许多疾病 ,特别是常见的慢性疾病或者是所谓的“复杂性状疾病”(ｃｏｍｐｌｅｘ ｔｒａｉｔｄｉｓｅａｓｅｓ)的发病中 ,具有非常重要的意义[1 ] 。基因 环境交互作用可以理解为遗传因素对环境因素易感性的影响[2 ] 。对于基因 环境交互作用的深入研究 ,有助于了解人群易感性差异的原因 ,进而可以对环境与疾病、基因与疾病的关系有更深入的认识。目前许多对复杂性状疾病病因的遗传流行病学研究得到非常不一致的结论[3] ,没有考虑到基因 环境交…     

肾素基因MboI多态性与环境因素交互作用对原发性高血压的影响

目的 探讨肾素基因MboI多态性与环境因素交互作用对原发性高血压的影响。方法 采用病例对照研究,高血压病例（1 533例）来源于黑龙江省兰西县农村现场调查,对照（1 557例）来自于同一现场调查的非高血压患者。肾素基因MboI的多态性的检测,主要采用聚合酶链式反应的限制性片段长度多态性（olymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLPP）的方法。为确定基因分型的准确性,随机抽取10%样本的PCR产物进行直接测序。结果 肾素基因MboI多态性与性别、高血压家族史以及高密度脂蛋白（high density lipoprotein,HDL）之间存在正相乘模型交互作用,OR_i（odd rate of interaction）分别为1.36,1.12,1.03;与年龄、腰围（abdomen circumference,AC）、体质指数（body mass index,BMI）以及甘油三酯（triglyceride,TG）之间存在负相乘模型交互作用,OR_i分别为0.82,0.47,0.46,0.70。结论 男性、有高血压家族史、HDL升高,伴有MboI位点的突变时,均增加高血压的发病风险;年龄、腰围、BMI以及TG水平升高,伴有MboI位点的突变时,均降低高血压的发病风险。     

试论个案研究方法在卫生政策分析中的应用

个案研究是社会科学中常见的研究复杂社会系统的方法之一,对于研究卫生政策过程有着很强的适用性。本文在回顾相关方法学与个案研究文献的基础上,从个案研究的特点、类别、设计与实施等方面初步介绍了个案研究方法的总体思路和手段,并结合卫生政策过程的特点,从研究设计、个案选择、研究推广等方面,初步探讨了个案研究方法在卫生政策研究中的应用。     

组蛋白去乙酰化酶基因多态性和环境因素对2型糖尿病的影响

目的探讨组蛋白去乙酰化酶(histone deacetylase,HDACs)的3个单核苷酸多态性位点与2型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)的关联,以及各位点与环境间交互作用对T2DM易感性的影响,为T2DM预防和治疗提供依据。方法2017年在广州市花都区17个行政村和2个社区居委中随机抽取10个村做基线调查后选取T2DM者为病例组,以同性别、年龄相差不超过5岁和来源于同一行政村为条件,1∶1个体匹配方法匹配对照组。采用条件Logistic回归分析模型分析基因和环境及其交互作用对T2DM的影响。结果共调查499名病例,平均年龄(61.53±13.08)岁,男性占37.88%;499名对照的平均年龄(61.48±13.09)岁,男性占37.88%。甘油三酯(triglyceride,TG)异常(OR=2.410,95%CI:1.755~3.310,P<0.001)和总胆固醇(total cholesterol,TC)异常(OR=1.436,95%CI:1.046~1.972,P=0.025)是T2DM的危险因素。rs72792338 TT+TC基因型携带(OR=0.526,95%CI:0.349~0.793,P=0.002)是T2DM的保护因素。结论甘油三酯和总胆固醇异常是T2DM的危险因素,rs72792338 TT和TC基因型携带是T2DM的保护因素,未发现HDACs基因与环境对T2DM的影响存在交互作用。     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关联研究

目的 探讨XPD基因751、312位点单核苷酸多态性和环境因素的交互作用与肝细胞癌的关系.方法 采用以医院为基础的病例对照研究方法,运用TaqMan MGB荧光定昔实时PCR分析方法对病例组300例肝细胞癌患者和对照组312例非肿瘤患者进行XPD基因751和312位点的基因型分析.以非条件logistic回归模型分析比较各基因型在两组中分布频率的差异,以及基因多态性和环境因素的交互作用.结果 XPD基因751位点3种基因型AA、AC、CC在病例组和对照组中的分布差异无统计学意义(P>0.05),与携带XPD751野生纯合子AA基因型者比较,携带XPD751AC或CC基因型者患肝细胞癌风险无显著增加(P>0.05).XPD基因312位点3种基因型GG、GA、AA在病例组和对照组中的分布差异有统计学意义(P<0.01).与携带XPD312野生纯合子GG基因型者比较,携带XPD312 AA基因型个体罹患HCC的风险是携带XPD312 GG基因型的2.67倍(OR=2.67,95%CI:0.431～16.537),但差异无统计学意义;携带至少一个XPD312A等位基因的个体罹患肝细胞癌的风险是GG基因型的2.62倍(95%CI:1.626～4.222),且差异有统计学意义.交互作用分析结果表明XPD基因751位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与吸烟、XPD基因312位点多态性与HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交瓦作用,交互作用的OR值分别为4.291、5.341、7.348.结论 DNA修复基因XPD312A等位基因可能是广西南部地区人群肝细胞癌的危险等位基因,XPD基因多态性与吸烟、HBsAg阳性之间在肝细胞癌发生中存在交互作用,能增加罹患肝细胞癌的风险.