贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的初步研究

目的 了解贵阳地区GⅡ.4型诺如病毒变异株的组成及其点突变.方法 监测2010年6-11月于贵阳地区哨点医院就诊的急性胃肠炎病例,收集粪便标本,采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(real-time RT-PCR)初步鉴定,随机选取部分GⅡ型诺如病毒阳性标本,采用一步法RT-PCR对其VP1基因区克隆及测序,基因序列与国内外流行的GⅡ.4型诺如病毒进行系统进化及氨基酸位点的突变分析.结果 检测标本426份,有267份(62.68％)GⅡ型诺如病毒阳性,测序获得了9份GⅡ.4型诺如病毒VP1基因组序列,贵州省2010年流行的GⅡ.4型诺如病毒包括2个变异株(GⅡ.42008a和GⅡ.4 2008b新型变异株),亚型组闻的VP1基因的同源性为95.90％ ～ 96.72％,亚型组内同源性为99.45％ ～ 100％,有2个氨基酸位点易发生突变.结论 贵阳地区2010年夏秋季急性胃肠炎以诺如病毒GⅡ型为主,并且变异株具有多样性.     

GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与HBGAs结合模式分析

目的 了解GⅡ.4型诺如病毒不同变异株与受体人组织血型抗原(human histo-blood group antigens,HBGAs)的结合模式及HBGAs在GⅡ.4型诺如病毒进化过程中的角色.方法 利用RT-PCR方法扩增5株不同GⅡ.4型诺如病毒变异株的衣壳蛋白P区序列,在原核系统中表达并纯化P蛋白.通过一组HBGAs表型明确的唾液样本与P蛋白结合,进行唾液HBGAs结合模式分析.同时,将P蛋白与人工合成的HBGAs寡糖进行寡糖结合分析.结果 唾液HBGAs结合模式分析表明,Sakai变异株几乎不结合,其他GⅡ.4变异株的HBGAs结合模式相似,与分泌型唾液(A、B、AB和O型分泌型)结合,与O型非分泌型唾液不结合.95/96US变异株和2006b变异株结合能力较高,其次是Camberwell变异株,Hunter变异株较弱.寡糖结合分析与唾液结合分析结果一致,Sakai变异株不结合,其他毒株与均与分泌型寡糖(Ley和H1)结合,与非分泌型寡糖(Lea和Lex)不结合.95/96US变异株和2006b变异株与寡糖的结合能力较强,其次是Camberwell变异株.结论 绝大多数GⅡ.4型诺如病毒变异株与HBGAs结合模式相同,但结合能力不同,结合能力强的变异株流行范围较广.     

2008-2009年北京地区GⅡ.12型诺如病毒基因特征研究

目的 了解2008-2009年北京地区成人腹泻样本中诺如病毒(Norovirus,NoV)GⅡ.12型毒株的基因特征.方法 用三对引物对11株GⅡ.12型诺如病毒毒株RdRp,、ORF2、ORF3及ORF1/OFF2重叠区分别扩增,PCR产物纯化、克隆、测序,通过DNAStar、MEGA、SimPlot等生物软件进行比对、系统进化分析及重组分析.结果 根据系统进化分析,11株在RdRp区属于GⅡ.g,在ORF2和ORF3区均属于GⅡ.12.SimPlot分析进一步证实了11株均为GⅡ.g/GⅡ.12重组株.结论 北京地区流行的GⅡ.12型诺如病毒与世界其他地区流行的GⅡ.12型诺如病毒毒株均属同一毒株,确定了北京地区GⅡ.12型诺如病毒毒株的基因特征.     

2015—2016年上海地区成人门诊腹泻病例中诺如病毒GⅡ型流行特征

目的 了解2015—2016年上海地区成人门诊急性腹泻病例中诺如病毒(norovirus, NoV)GⅡ型的基因分型及分子流行病学特征。方法 收集上海地区2015年3月至2016年12月912份成人急性腹泻粪便标本,采用一步法定量逆转录PCR方法检测NoV GⅡ型,并扩增开放阅读框1(open reading frame,ORF1)的聚合酶和ORF2衣壳区域进行测序分型。结果 2015年3月至2016年12月912份成人急性腹泻粪便标本NoV GⅡ型阳性检出率为17.76%(162/912),其中2015年NoV GⅡ型阳性率为15.08%(65/431),2016年阳性率为20.17%(97/481),阳性标本中针对ORF1的RdRp区域和ORF2区域5′端均分型的标本为145份,共有10种型别,分别为GⅡ.Pe_GⅡ.4 Sydney 2012(60份)、GⅡ.P17_GⅡ.17(45份)、GⅡ.P16_GⅡ.13(10份)、GⅡ.P12_GⅡ.3(10份)、GⅡ.P7_GⅡ.6(9...     

2008-2014年GⅡ.4诺如病毒抗原表位进化研究

目的 了解新的GⅡ.4变异株相对于旧变异株在遗传和结构上的选择优势,研究近几年湖州市GⅡ.4型诺如病毒的进化替换规律.方法 收集从2008年到2014年湖州市GⅡ.4型诺如病毒13株,进行全长VP1区的序列测定,通过序列比对分析找到关键的变异位点.结果 湖州地区的GⅡ.4型诺如病毒在七年中经历了3次变异,2008年和2009年的诺如病毒与2006b variant聚成一个分支;2010和2011年检测到的病毒与2010 variant聚成一个分支;最近从2012年底一起暴发疫情中检测到的诺如病毒和2013年、2014年检测到的与国际上最新的2012 variant聚成一个分支.在氨基酸水平,我们找到77个信息位点（540个氨基酸中的14.3％）.其中39个位于P2区,N端4个,S区18个,P1区16个.结论 GⅡ.4型诺如病毒是全球范围内严重的病毒性肠胃炎首要原因.在过去的十几年时间里,诺如病毒GⅡ.4型已经引起了四次世界范围的急性胃肠炎流行暴发.新出现的变异株迅速并完全的替换已经正在流行的变异株.     

创新型诺如病毒GⅠ/GⅡ抗原荧光纳米颗粒快速联检试纸条检测效能测评

目的 评估诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原荧光纳米颗粒快速联检试纸条的灵敏度和特异性.方法 以培养的轮状病毒等其他肠道病原体和245例具有胃肠道感染症状患者的粪便为检测标本,分别用诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原荧光纳米颗粒快速联检试纸条和诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原二合一彩色微球法检测试纸条检测.结果 诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原荧光纳米颗粒快速联检试纸条的灵敏度显著高于诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原二合一彩色微球法检测试纸条;对常见的轮状病毒(Wa株)、肠道腺病毒(40型)、肠道病毒柯萨奇病毒(A16)、埃可病毒(30型)和肠道病毒(EV71)无交差反应.结论 诺如病毒GⅠ和GⅡ抗原的荧光纳米颗粒快速联检试纸条灵敏度显著高于彩色微球法快速检测试纸条,特异性良好.     

感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的 研究感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特点.方法 对2008-2010年湖州地区的感染性腹泻疫情标本共119份进行诺如病毒核酸检测,并选取部分阳性扩增产物经序列测定分析诺如病毒的基因型.结果 119份感染性腹泻标本荧光定量PCR检测阳性50份,其中GⅠ型9份,GⅡ型35份,GⅠ和GⅡ混合感染6份.对12份PCR扩增阳性产物进行序列分析显示：5株GⅠ型诺如病毒毒株分属于GⅠ/2和GⅠ/3两种基因型;7株GⅡ型诺如病毒毒株中除1株属于新基因型GⅡb外,其余6株均属于GⅡ/4基因型.结论 诺如病毒是引起湖州地区感染性腹泻疫情最重要的病原菌之一,且湖州地区的诺如病毒存在很高的遗传多样性,同时也存在基因型别的差异.     

GII.P7/GII.14型诺如病毒暴发的分子特征分析

目的 了解江苏地区3起诺如病毒(Norovirus,NoV)暴发疫情中病毒感染情况,并对其分子流行病学特征进行初步研究.方法 收集暴发疫情中患者的肛拭子标本53份,采用实时荧光RT-PCR定性检测NoV,阳性标本利用普通RT-PCR对其聚合酶区(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)及衣壳蛋白区(VP1)片段进行扩增和测序分析.结果 3起NoV暴发疫情中,阳性检出率为56.6%(30/53).对30株阳性标本序列进行分析,其RdRp区与GII.P7的同源性最高(93.86%),VP1区与GII.14的同源性较高(97.13%).初步判断为GII.P7/GII.14重组毒株,SimPlot分析可能的重组位点在核苷酸5009位.对其氨基酸序列进行分析发现在RdRp区和VP1区均出现部分氨基酸突变.结论 3起NoV暴发疫情均由同一重组毒株引起,提示GII.P7/GII.14重组株传染性较强,有可能再次引起暴发,应加强监测防控.     

广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点分析

目的研究广东省暴发性胃肠炎中诺如病毒的分子流行病学特点。方法对2003年至2004年的13起急性胃肠炎患者的粪便和肛拭子标本,采用针对诺如病毒的特异引物和逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术进行检测,再经核苷酸序列测定分析病毒的基因型,同时收集患者相关流行病学资料。结果13起暴发性胃肠炎中有8起是由诺如病毒引起的,时间主要集中在每年的10月至12月,基因分析显示这些病毒都属基因Ⅱ组,但分属3个亚型,6株病毒属GⅡ-4型。结论诺如病毒是广东省暴发性非细菌性胃肠炎的重要病原体之一,具有分布广、流行时间集中在秋冬季的特点。引起暴发的病毒主要为基因Ⅱ组,在现阶段存在优势毒株。     

江苏省苏州及南京地区2010年婴幼儿腹泻中诺如病毒分子流行病学研究

目的 了解江苏地区婴幼儿腹泻患者中诺如病毒的感染情况,明确该地区诺如病毒的主要基因型别和流行病学特征.方法 收集2010年江苏省苏州市婴幼儿医院及南京市婴幼儿医院疑似病毒性腹泻粪便标本498例,采用荧光定量PCR方法检测粪便中诺如病毒RNA及其基因组别,并对部分阳性标本测序以明确基因型.结果 498份粪便标本中,GⅠ组诺如病毒阳性标本为2例,阳性率为0.4％,GⅡ组诺如病毒为190例,阳性率为38％,对本地区部分诺如病毒阳性标本进行测序,2份GⅠ标本中,一株为GⅠ1型,另一株为GⅠ3型;测序的23份GⅡ标本中21株为GⅡ4型,2株为GⅡ3型.结论 诺如病毒是本省婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,以诺如病毒GⅡ4型为主,同时也存在其他型别的感染流行.     

GⅡ.17型诺如病毒人源中和性单链抗体制备及生物特性鉴定

目的:基于一起暴发疫情,构建人源噬菌体单链抗体库,筛选特异性GⅡ.17型诺如病毒(NoV)单链抗体(scFv),并进行表达纯化及鉴定.方法:采集患者粪便或肛拭子样本,RT-PCR检测肠道病毒核酸,PCR扩增NoV衣壳蛋白N/S区和P区序列,Mega 4.0构建系统进化树.采集并分离患者恢复期外周血PBMC,Trizol...     

通用引物高通量测序扩增GⅡ.4 Sydney[P31]型诺如病毒基因组及进化分析

目的:分析2017至2020年我国诺如病毒流行株GⅡ.4 Sydney[P31]基因型的基因组以及变异情况。方法:利用通用引物初步建立GⅡ组诺如病毒基因组扩增方法,扩增GⅡ.4 Sydney[P31]株基因组,并应用高通量测序技术对其基因组测序,对GⅡ.4 Sydney[P31]株进行系统进化分析和关键位点分析。结果:...     

某高校不同地域学员诺如病毒抗体阳性水平的调查研究

目的拟初步了解NVs感染在我国是否普遍存在，以丰富NVs感染的流行病学信息。方法利用酶联免疫吸附试验检测不同省份学员血清中的诺如病毒rNV、rMX和r387特异性IgG抗体水平。结果来自于22个省、直辖市、自治区的学员血清中均检出rNV、rMX和r387IgG抗体。不同地域学员rNV、rMX和r387IgG抗体阳性率，仅rMX抗体阳性率在不同地域间有显著性差异。结论我国在广泛的空间存在NVs的感染．NVs抗体阳性率与不同地区的社会经济及生活卫生条件有关，不同的基因型的NVs可能在我国的分布有所不同。     

广州市一起诺如病毒GII.17变异株引起的医院内感染性腹泻暴发调查

目的调查2016年广州市某医院一起医务人员感染性腹泻暴发病因、传播途径以及危险因素, 为疫情防控提供参考。方法根据病例定义开展病例搜索, 采用描述性及回顾性队列研究的方法分析事件特征及危险因素;采集病例、厨工的粪便/肛拭子及环境拭子, 采用荧光定量RT-PCR方法检测诺如病毒核酸, 阳性标本进行基因序列扩增和测定并进行同源性分析。结果共报告病例158例, 罹患率为5.2%(158/3 010)。回顾性队列研究显示, 诺如病毒检测阳性厨工配餐科室医务人员发病风险是检测阴性厨工配餐科室医务人员的3.5倍(RR=3.52, 95%CI:1.54～8.06);共采集各类标本141份, 阳性率27.0%(38/141), 基因测序结果为GII.17毒株, 病例与食堂送餐阳性人员同源性为100%。结论本起疫情为GII.17毒株感染引起的院内诺如病毒暴发疫情, 疫情在中心手术室医护人员中传播后, 引起食堂配餐人员感染进而通过配餐环节扩散到其他科室。诺如病毒暴发调查时要注意排查厨工的感染情况。     

GII.P16型诺如病毒聚合酶蛋白的原核表达、活性测定和结晶

目的:原核表达GII.P16型诺如病毒RNA依赖RNA聚合酶（RNA-dependent RNA polymerase,RdRp）蛋白,并对其进行生物活性测定和晶体制备。方法:首先通过RT-PCR方法获得GII.P16 RdRp完整基因并将其克隆至携带His-Tag PET28a载体,构建重组表达质粒,然后转化至大肠杆...     

河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的了解河北省卢龙地区2008—2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征。方法收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测轮状病毒抗原,利用多重RT．PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析。结果诺如病毒的检出率为11．3％（37／325）,仅次于轮状病毒的检出率（48．6％）,高于腺病毒（6．5％）和星状病毒（4．3％）,主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GII-4／2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GII-4变异株。结论诺如病毒是引起2008—2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,G114／2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GII-4变异株的流行。     

河北省卢龙地区2008-2009年5岁以下腹泻住院儿童中诺如病毒的检测和分型

目的 了解河北省卢龙地区2008 -2009年5岁以下住院儿童中诺如病毒的分子流行病学特征.方法 收集2008年10月至2009年8月325例5岁以下腹泻住院患儿粪便标本和流行病学资料,采用酶联免疫吸附试验( ELISA)检测轮状病毒抗原,利用多重RT-PCR方法检测诺如病毒,并对部分诺如病毒阳性株进行序列测定和系统进化分析.结果 诺如病毒的检出率为11.3％ (37/325),仅次于轮状病毒的检出率(48.6％),高于腺病毒(6.5％)和星状病毒(4.3％),主要感染2岁以下儿童,季节高峰在11月,系统进化分析表明诺如病毒流行优势株为GⅡ-4/2006b变异株,并发现一株未见报道的新型GⅡ-4变异株.结论 诺如病毒是引起2008 -2009年卢龙地区的急性胃肠炎的重要病原之一,GⅡ-4/2006b变异株仍是流行优势株,要进一步监测新型GⅡ-4变异株的流行.     

2019—2021年深圳地区诺如病毒暴发分子流行特征

目的了解深圳地区2019—2021年诺如病毒暴发分子流行特征。方法收集2019年1月至2021年12月诺如病毒暴发信息及标本, 应用实时荧光反转录聚合酶链式反应样本进行诺如病毒检测, 阳性样本通过RT-PCR扩增、测序和序列分析;对其中3株GII.2[P16]进行基因组扩增和序列分析。结果 2019年1月至2021年12月, 共报告诺如病毒暴发246起, 主要发生在幼儿园(132, 53.66%)和小学(52, 21.14%)。每起暴发发病数范围为3～130, 中位数为8。每年11月至次年3月为诺如病毒暴发的流行高峰。211起暴发分型成功, GI和GII分别检出7种和11种基因型, 78起(36.97%)诺如病毒暴发由GII.2[P16]引起。对GII.2[P16]基因组分析表明, 深圳2020年暴发株仍属于GII.2[P16](2016-2017)亚群, 在非结构蛋白P22(L777S)和3C蛋白酶(A1047V和P1074T)上出现氨基酸变异。结论 GII.2[P16]是2019年1月至2021年12月引起深圳市诺如病毒暴发的流行株, 主要发生在学校和幼儿园, 持续监测和基因组分析...