新等位基因HLA-B*9526的确认和序列分析

目的 鉴定中国人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*9526,并进行核苷酸序列分析.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现1个反应格局异常的等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出反应格局异常的DNA样本,经过克隆测序得到两个等位基因,分型结果一个为B*5403,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*1507基因序列相比在第3外显子区域中425位碱基发生A→G突变,导致142位编码氨基酸由酪氨酸变成半胱氨酸.结论 一个新的HLA-B等位基因被确认,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9526.     

HLA新等位基因B*5618的序列分析

目的识别确认中国汉族人群中的HLA新等位基因。方法采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法、聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-sequence specific primer,PCR-SSP)方法以及基因测序分型(sequence-based typing,SBT)技术,发现1个与HLA-B*5610等位基因相近的未知等位基因。以基因特异性引物单独扩增B*56基因并对第2、3、4外显子进行双向测序,序列经BLAST验证并分析该基因与B*5610基因的核苷酸序列差异。结果该基因为新的等位基因,其序列已被GenBank接受(编号为EF016753)。新等位基因与最接近的B*5610相比,在第3外显子上有4个核苷酸的不同,即第379位C→G(密码子127CTG→GTG,氨基酸127Leu→Val);第412位A→G(密码子138AAC→GAC,氨基酸138Asn→Asp);第419位T→C、第420位A→C(密码子140TTA→TCC,氨基酸140Leu→Ser)。结论该等位基因为新的HLA-B等位基因,2006年9月已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5618。     

HLA新等位基因B*5827核苷酸序列的分析

目的 确认人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因B*5827并分析其核苷酸序列.方法 用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针对1份HLA分型反应异常的血样进行基因分型,并用基因克隆测序技术正反向测定DNA序列.结果 测序结果显示HLA-B位点有1个与已知HLA等位基因序列均不同的新等位基因,该等位基因与HLA-B*5820序列同源性最高.但在第3外显子存在8个碱基的差异,分别为nt 290(G＞C)、nt 346(T＞A)、nt 390(A＞C)、nt 404(G＞C)、nt 413(C＞G)、nt 471(A＞G)、nt 486(A＞G)和nt 487(C＞A).碱基的不同导致了氨基酸不同nt 97(ser＞arg)、nt115(phe＞tyr)、nt 130(ser＞arg)、nt 157(thr＞ala)和nt 162(thr＞glu),其中nt 404和nt 413是同义突变.结论 该等位基因为HLA新等位基因,基因序列已提交至GenBank数据库,提交号为GU071234,于2010年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5827.

Abstract：

Objective To investigate the molecular basis for a novel human leukocyte antigen(HLA)allele B * 5827. Methods DNA from the proband was analyzed by polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide (PCR-SSO) typing. The amplified product was sequenced bidirectionally. Results Abnormal HLA-B locus was observed and its nucleotide sequence was different from the known HLA-B allele sequences, with highest homology to HLA-B * 5820 allele. It differs from HLA-B * 5820 by 8 nucleotide substitutions in exon 3, i. e. , nt 290 (G＞C), nt 346 (T＞A), nt 390 (A＞C), nt 404 (G＞C),nt 413 (C＞G), nt 471 (A＞G), nt 486 (A＞G) and nt 487 (C＞A), resulting in an amino acid change from ser＞arg at nt 97, phe＞tyr at nt 115, ser＞arg at nt 130, thr＞ala at nt 157 and thr＞glu at nt 162.Nucleotide differences of nt 404(G＞C) and nt 413(C＞G) did not change amino acid. Conclusion The sequences of the novel allele have been submitted to GenBank (access No. GU071234). A novel HLA class Ⅰ allele B * 5827 has been officially assigned by the WHO HLA Nomenclature Committee in Jan 2010.     

新等位基因HLA-B*54∶26的序列鉴定

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigens,HLA)B位点新等位基因.方法 应用双链直接测序分型技术进行中华骨髓库供者常规HLA分型,发现一例HLA-B位点无全相配结果,采用等位基因分离DNA测序分型方法进行新等位基因序列鉴定.结果 确定一个等位基因为B*15∶05∶01,另一个为HLA-B*54组的一个新基因序列,与同源性最高的HLA-B* 54∶01∶01相比,559、560位碱基AC→GA,密码子163 ACG→GAG,编码氨基酸T→E.结论 鉴定为一个HLA-B新等位基因,2012年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*54∶26,GenBank注册号为JN209963.     

HLA新等位基因B*46:30序列分析及其编码MHC蛋白分子结构预测与表型鉴定北大核心CSCD

目的:鉴定分析HLA新等位基因B*46:30序列,对其MHC蛋白分子三级结构及氨基酸残基改变对蛋白结构的可能影响进行模拟分析,并对其血清学表型进行鉴定。方法:应用Luminex SSOP流式、PCR-SBT及单等位基因特异性测序对HLA序列进行序列鉴定。应用SWISS-MODEL及RCSB PDB分析软件,对HLA序列蛋白分子三维结构进行模拟分析。HistoCheck、FATCAT对比分析蛋白分子间差异。使用Terasaki分型板进行血清型表型鉴定。结果:相较于B*46:01,新等位基因B*46:30第559、560位发生C->G、T->A替代。MHC分子结构预测分析表明,B*46:30第163位氨基酸残基由疏水性脂肪族亮氨酸Leu→B*46:30带负电荷的酸性谷氨酸Glu,R值为32。该氨基酸变异位置位于α2结构域构成抗原多肽结合凹槽侧壁的α螺旋顶端,总差异值DSS Score=1.32,均方根偏差RMSD=0.59?,血清型表型检测为B46强阳性。结论:HLA新等位基因序列被WHO HLA命名委员会正式命名为B*46:30,分析预测此编码氨基酸残基改变将可能影响其抗原多肽结合功能,并影响其与TCR及抗体的结合特性,血清型表型鉴定为B46。     

新等位基因人类白细胞抗原B*4609的发现和确认

目的 鉴定一个人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*4609.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现反应格局异常的可疑新等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出1个样本HLA-B位点反应格局异常,DNA测序分型结果一个为B*151101,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*460101基因序列相比,在第3外显子区域中527位碱基发生A→T突变,导致176位编码氨基酸由谷氨酸(GAG)变成缬氨酸(GTG).结论 样本中含有HLA-B新等位基因序列.该序列申报后,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4609.     

HLA-B新的等位基因B*5136的确认和分析

目的研究HLA-B新的等位基因B＊5136的分子机理。方法先证者为浙江省脐带血造血干细胞捐献者。盐析法抽提样本DNA，常规PCR反应扩增先证者HLA-B基因第2～4外显子的编码序列，PCR产物经TOPO试剂盒克隆转染到质粒载体中，分离其两个等位基因，对所得的克隆用第2、3、4外显子引物进行双向测序分析。结果先证者HLA-B基因经TOPO克隆后得到两个等位基因，一个为HLA-B＊4601，另一个经BLAST HLA验证为新的等位基因，其序列已递交GenBank（AY601729，AY610730，AY601731）。新的等位基因与最接近的B＊5108等位基因比较，在第3外显子上有4个核苷酸的差异：第527位T→A，导致第177位氨基酸Val→Glu；第583位C→T，导致第195位氨基酸His→Tyr；在第559位C→A和第560位T→C，导致第187位氨基酸Leu→Thr。结论该脐血捐献者的HLA-B为新的等位基因，被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA→B＊5136。     

新等位基因HLA-B*40:96的确认及家系遗传

目的 鉴定一个中国汉族人群中发现的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因,调查该基因的家系遗传情况.方法 应用Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1例HLA-B位点反应格局异常,采用DNA测序分型技术进行新等位基因鉴定并对该基因的先证者进行家系调查.结果 DNA序列确定为一个新HLA-B等位基因序列,与同源性最高的HLA-B* 40:06:01相比,在第2外显子有7个碱基不同,分别是302位G→A、309位G→C、311位A→C、313位C→G、314位T→C、317位G→T、319位G→C,并导致相应密码子编码的氨基酸发生了改变,密码子101位由丝氨酸(Ser)→天冬氨酸(Asn)、104位由天冬氨酸(Asn)→苏氨酸(Thr)、105位由亮氨酸(Leu)→丙氨酸(Ala)、106位由精氨酸(Arg)→亮氨酸(Leu)、107位由甘氨酸(Gly)→精氨酸(Arg).家系分析表明该新基因来自先证者父亲.结论 鉴定了一个HLA-B新等位基因,2009年2月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 40:96.     

人类白细胞抗原新等位基因DRB1*1219的确认及其序列分析

目的 鉴定分析1个白血病患者家庭HLA-DRB1位点1个新等位基因.方法 应用PCR-序列特异性引物及Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相关的未知基因.应用DNA测序技术进行鉴定分析并与已知序列比对分析.结果 先证者DRB1位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的DRB1*120201相比,第2外显子第341位核苷酸碱基发生了C→T,结果导致相应85位密码子编码的丙氨酸变为缬氨酸.结论 测序表明被测样本含有1个HLA-DRB1新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1219(序列号EJ374889).

Abstract：

Objective To identify a novel HLA DRB1 allele in a Chinese leukemia family. Methods A new HLA-DRB1 allele was initially detected by polymerase chain reaction-sequence specific primer and unusual reaction pattern by Luminex RSSO, then DNA sequencing was performed to identify the sequence of the novel allele. Results The DNA sequencing revealed the presence of the new allele which differs from the closest macthing HLA- DRB1 * 120201 by a single nucleotide substitution at position (341 C→T in exon 2),resulting in an amino acid change from Ala to Val at coden 85. Conclusion A novel allele was confirmed by DNA sequencing and has been designated HLA-DRB1 * 1219 by the WHO Nomenclature Committee.     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

A novel HLA-B*46 allele, B*4609, identified by sequence-based typing in a Chinese donor

A novel human leukocyte antigen-B allele, B*4609, has been identified. The B*4609 allele has one nucleotide change from the closest matching allele B*460101 resulting in an amino acid change from E (GAG) to V (GTG) at codon 176.     

Identification of a novel HLA-B*56 allele, B*5618 and an extension of B*2736 by sequence-based typing

We report the identification of a novel human leukocyte antigen (HLA)-B*56 allele, B*5618 and an extension of B*2736 that were found during routine high-resolution sequence-based typing in Chinese Han individual. The B*5618 allele has 4nt changes from B*5610 in exon 3, The B*2736 allele has 10nt changes from B*270401 in exons 3-4.     

DNA测序鉴定新等位基因HLA-DRB1*1609

目的 鉴定HLA新等位基因DRB1＊1609。方法 应用分子克隆和DNA测序的技术测定HLA新等位基因的核苷酸序列，进行HLA等位基因序列比对分析和新等位基因的血清学分型及家系分析。结果 新等位基因DRB1第二外显子（exon2，Ex2）序列与所有已知的HLA等位基因序列均不相同，与同源性最高的HLA-DRB1＊160101相比，第127位碱基由A→T，引起相应编码第47位氨基酸由酪氨酸Tyr（Y）→苯丙氨酸Phe（F）。血清学分型表明抗原特异性为DR16。家系分析提示该志愿者DRB1＊1609等位基因遗传自母亲。结论 DNA测序表明被测标本含有HLA-DRB1新等位基因，被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1＊1609。     

Identification of a novel HLA-B*40 allele, HLA-B*4071, by sequence-based typing

HLA-B*4071 allele shows six nucleotides difference from B*4005 allele in exon 3 at nucleotides 419A>T, 420C>A, 463C>A, 477C>G, 486G>C and 527A>T, resulting in three amino acid changes Tyr116Leu, Arg131Ser and Glu152Val.     

Identification of a novel HLA-Cw*070206 allele

The novel HLA-Cw*070206 allele differs from the closest allele Cw*07020101 by single nucleotide change at genomic DNA nt 877 C>T (codon 143 ACC > ACT) in exon 3.     

A novel HLA-B*15 allele, B*9534, identified by sequence-based typing in the Chinese population

We report here the identification of a novel human leukocyte antigen-B*9534 allele that was detected by polymerase chain reaction sequence-based typing.