基于网络药理学及分子对接探讨八珍汤抗疲劳的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨八珍汤抗疲劳的药理机制,为八珍汤抗疲劳的临床应用提供理论依据。方法：筛选八珍汤药物的活性成分及靶点,查找疲劳相关基因,确定八珍汤抗疲劳靶点,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将预测靶点最多的活性成分与蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中节点最大的靶点进行分子对接。结果：共筛选出143个有效活性成分,作用于133个疲劳靶点,八珍汤抗疲劳的核心基因主要有白细胞介素-1β(IL-1β)、趋化因子8(CXCL8)等47个。中药-疾病靶点涉及的GO功能分析中,生物过程主要集中在对无机物的反应、脂多糖的反应、炎症反应等;分子功能主要集中在激酶结合、DNA结合转录因子结合、蛋白质结构域特异性结合等;细胞组分主要集中在膜筏、细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶全酶复合物、囊腔等。KEGG通路富集分析主要富集在包括癌症通路、糖尿病并发症晚期糖基化终产物及其受体信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、甘草酮a和β谷甾醇与核心靶点结合性较好,结合能均<0 kcal/mol。结论：八珍汤抗疲劳的机制...     

基于网络药理学方法探讨八珍汤治疗ITP的作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，探索八珍汤治疗原发免疫性血小板减少症（Primary immune thrombocytopenia， ITP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台（TCMSP）、Drugbank数据库和文献检索方式获得八珍汤8味中药的化学成分和作用靶点，以口服吸收利用度和药物相似性等条件进行筛选。通过OMIM数据库、TTD数据库、GAD数据库和GeneCards数据库查找ITP的相关靶点。进而利用Cytoscape 3.7.1软件构建化学成分-靶点网络、疾病-靶点网络、成分靶点和疾病靶点交集网络，通过Cytoscape软件中ClueGO插件和DAVID在线分析工具对八珍汤治疗ITP的相关靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路分析，探讨八珍汤治疗ITP的作用机制。结果 共筛选得到159个八珍汤化学成分和146个靶点；获得306个ITP相关靶点；得到21个八珍汤治疗ITP的作用靶点；显著富集到114个生物过程条目和34条KEGG生物通路。结论 八珍汤主要通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、VEGF信号通路和T细胞受体信号通路等发挥治疗ITP的作用，其中TNF信号通路可能是其关键机制。     

基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的机制

目的基于网络药理学探讨白芍治疗贫血的作用机制。方法通过TCMSP数据库找出白芍主要化学成分,查阅文献进行补充,筛选出候选药效成分,采用Swiss TargetPrediction和Stitch预测与药效成分相关的生物大分子,收集DrugBank上已有的靶点,并利用GeneCards等数据库获取与贫血相关的靶标,筛选出两者之间的共有靶点,选择关键靶点进行GO富集及KEGG分析,分子对接验证网络分析结果。结果白芍主要化学成分有85种,筛选后获得核心靶点14个,TNF、MAKP8、IL?6等可能为关键靶点;生物功能43个,涉及生物合成与代谢、细胞增殖与凋亡、信号通路正/负调节等;通路10个,糖尿病AGE?RAGE信号通路、IL?17信号通路、TNF信号通路等可能为关键通路,百日咳、乙型肝炎等疾病也可能间接影响贫血的过程;分子对接表明白芍多数成分与核心靶点具有较好的对接能力,说明预测结果具有一定的可靠性。结论本研究初步探讨白芍治疗贫血的潜在活性成分和可能的作用机制,可为深入考察其药效物质基础和作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学麻黄治疗肺炎的作用机制研究

目的基于网络药理学分析麻黄治疗肺炎的作用机制。方法使用TCMSP数据库收集麻黄的活性成分及靶点,通过uniprot网站筛选基因名称。使用Genecards及OMIM数据库筛选肺炎相关基因并与麻黄靶基因取交集。使用string网站构建蛋白互网络(PPI网络),并使用Cytoscape软件构建"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络,最后使用RGUI软件中CludterProfiler包进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果筛选麻黄靶点及靶基因得到21个成分的234个靶基因名称,与肺炎相关基因取交集后得到101个公共靶基因。"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络中degree值超过10的基因有PTGS1、NCOA2,麻黄成分有quercetin、kaempferol、luteolin、naringenin、beta-sitosterol、Stigmasterol。PPI网络中degree值50以上的有白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK8)、Myc原癌基因蛋白(MYC)。GO富集和KEGG富集发现麻黄-肺炎体系中生物过程参与最多,且细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路是主要参与的信号通路。结论麻黄-肺炎体系存在着多分子、多靶点、多通路的作用机制。麻黄可能是通过调控IL-6、细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路等干预体内多种生物过程的方式治疗肺炎。     

基于网络药理学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制

目的：基于网络药理学和生物信息学探讨八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的作用机制。方法：收集 中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 中八珍汤组方药物的有效成分及其靶点，从TCGA 数据库下载食 管癌患者的转录组数据和临床信息，根据ESTIMATE 算法计算食管癌样本的基质评分、免疫评分、综合评 分，筛选食管癌肿瘤微环境预后相关基因，将这些基因作为重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点。最后将中药靶 点和疾病靶点取并集，获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的相关靶点，并通过Cytoscape 3.9.1 构建“中药-成 分-靶点”网络。基于STRING 11.5 数据库及Cytoscape 3.9.1 软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI） 网络并 通过Cytoscape 3.9.1 的插件CytoHubba 筛选核心基因，运用DAVID 数据库对中药与疾病共有靶点进行基因本 体（GO） 富集分析以及京都基因与基因组百科全书（KEGG） 通路分析，并对药物有效成分和核心基因进行分 子对接验证。结果：获得八珍汤重塑食管癌肿瘤微环境的31 个相关基因，根据MCC 算法筛选得到前5 个较为 重要的基因：ICAM1、CCL2、CXCL10、STAT1、VCAM1。GO 功能、KEGG 通路富集分析结果显示，中药-疾 病共有靶点基因主要富集于趋化因子信号通路、TNF 信号通路、NF-κB 信号通路等。分子对接结果显示，八 珍汤药物主要有效成分和核心靶点蛋白有良好的结合力。结论：八珍汤可能通过靶向ICAM1、CCL2、 CXCL10、STAT1、VCAM1 等关键基因调控趋化因子、TNF、NF-κB 等信号通路重塑食管癌肿瘤微环境，从而 影响食管癌细胞生长、侵袭转移、血管生成、化学耐药等。     

基于网络药理学的叶下珠作用机制分析

目的:采用网络药理学方法,研究探讨叶下珠的药理作用机制。方法:通过文献挖掘、TCMSP和BATMAN-TCM等数据库收集筛选叶下珠中化学成分和对应靶点,运用Cytoscape 3.7.2和STRING数据库构建化合物-靶点网络和PPI网络,筛选叶下珠发挥治疗作用关键成分及靶点。在DisGenet、DrugBank、OMIM等数据库中收集叶下珠候选靶点对应的疾病,构建候选靶点-疾病网络,通过DAVID对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,构建叶下珠关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络,预测探讨叶下珠治疗相关疾病的作用机制。结果:共收集叶下珠化合物356个,筛选154个活性化合物及651个靶标蛋白,PPI网络分析共得到36个候选靶点,对应82个化合物。关键成分有鞣花酸、柯里拉京等10个化合物,获得PTGS2、HSP90AA1、CASP3、ESR1、TNF和AKT1等10个关键靶点,对应结肠肿瘤、再灌注损伤、炎症、脑缺血和腺癌等17种疾病。GO、KEGG和关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络分析结果显示,其主要通过调控癌症信号通路、免疫炎症相关通路及细胞增殖凋亡信号通路等,发挥抗肿瘤、抗...     

基于网络药理学探讨白果治疗哮喘作用机制

目的 基于网络药理学探讨白果治疗哮喘作用机制.方法 基于TCMSP数据库获取白果化学成分及其对应靶点,基于OMIM、Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点,利用Venny2.1绘制白果靶点与哮喘疾病靶点的韦恩图,利用Cytoscape3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI...     

基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制

目的 基于网络药理学探讨温胆汤治疗哮喘作用机制.方法 基于TCMSP数据库获取温胆汤中主要药物的化学成分及其对应靶点,基于OMIM、Gene Cards数据库获取哮喘相关靶点,利用Cytoscape3.6.1软件构建中药-靶点网络及应用STRING平台构建蛋白相互作用网络(PPI),应用R语言软件对关键靶点进行GO富集...     

基于网络药理学探究大黄治疗脑水肿作用机制

目的 基于网络药理学方法探究大黄对脑水肿的治疗作用及其机制。方法 运用中药系统药理学分析平台数据库（TCMSP）获取大黄活性成分及作用靶点,在Uniprot数据库寻找大黄靶基因,并与GeneCards、OMIM及TTD等数据库筛选得到的脑水肿疾病靶点,通过建立药物靶基因与疾病靶点venn图寻找共有基因靶点;运用Bisogent对共有基因靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络分析,运用拓扑方法分析关键靶点及药物-成分-靶点网络中的关键成分。通过Metascape对共有基因靶点进行GO分析及KEGG分析,构建靶点-疾病-通路关联图,揭示高频药物治疗脑水肿的潜在作用机制。结果 通过TCMSP获得大黄30种活性成分,113个靶点;脑水肿疾病靶点1 691个,二者共同靶点共45个,其中较为关键的活性成分包括2-羟基丙酸、芦荟大黄素、β-谷甾醇、L-羟基丁酸、泽兰黄醇等;关键靶点包括HSP90AA1、APP、ESR1、CUL3、HSP90AB1、XPO1、EGFR等。涉及的传导途径主要包括癌症蛋白多糖通路、雌激素信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等。结论 研究表明大黄治疗脑水肿的作用机制可能与抑...     

基于网络药理学的安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的基于网络药理学探讨安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用机制。方法通过中医药整合药理学研究平台构建安肠愈疡汤的潜在靶标与UC疾病靶标之间的相互作用网络。基于GO数据库和KEGG通路数据库进行基因功能和通路富集,采用Cytoscape3.6.1软件构建靶标-信号通路网络、药物活性成分-靶标网络,采用荧光实时定量PCR对网络药理学主要分析结果进行验证。结果分析结果表明,安肠愈疡汤靶点主要关联UC炎症因子及免疫调控,糖类、脂质和氨基酸代谢,能量代谢,神经-内分泌系统调节等;体外实验提示,安肠愈疡汤参与调控GCK、CROT介导的糖脂代谢,GNB1介导的炎症通路,以及ATP1A1、COX7C介导的能量代谢、氧化磷酸化、线粒体电子呼吸链传递等通路。结论安肠愈疡汤治疗UC具有多成分、多靶点的特点,可为进一步研究其作用机制提供依据。     

基于网络药理学探讨半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制。方法:运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点,运用毒性与基因比较数据库(CTD数据库)获取消化不良疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO及KEGG信号通路分析,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因。结果:半夏泻心汤靶点与消化不良疾病的交集基因共147个,功能涉及药物反应、一氧化氮合成、血管收缩、神经激素受体等方面,KEGG信号通路分析结果显示交集基因富集于与神经系统密切相关的神经活性配体-受体互作通路、胆碱能、5-羟色胺能、多巴胺能突触,及与胃肠动力密切相关的钙信号、cAMP信号、cGMP-PKG信号通路。筛选得DRD2、ADRA2C、ADRA2A、CXCL8、CHRM4、OPRM1、OPRD1、PTGER3、ADRA2B、DRD4、CHRM2共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与神经递质和受体、胃肠动力和感觉密切相关。结论:半夏泻心汤治疗消化不良是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节神经递质、...     

基于网络药理学方法探索达原饮治疗发热作用机制

目的运用网络药理学方法对达原饮进行分析,探索达原饮治疗发热的相关靶点与通路,明确其作用机制与潜在治疗疾病,为后续研究提供指导。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索达原饮各组成药物的主要化学成分及作用靶点,参考类药五原则并结合口服生物利用度对成分靶点数据进行筛选,通过String数据库检索筛选后的靶点,得到达原饮作用靶点基因,在CTD数据库中检索发热(fever)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到达原饮治疗发热相关靶点;在String数据库中检索达原饮治疗发热相关靶点,得到达原饮治疗发热相关通路;利用Cytoscape3.7.0软件对通路进行模块化分析,选择分值最高者,在WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit中进行可视化分析。结果得到达原饮治疗发热相关靶点432个,相关通路75条,其中特异性疾病相关通路21条,非特异性疾病相关通路54条。结论达原饮治疗发热的作用机制涉及以代谢为中心的多种途径,可能通过多靶点复杂通路的共同干预起效。本研究就达原饮对于癌性发热的治疗补充了数据支持,并推测达原饮治疗神经退行性疾病具有可能性。     

八珍汤加减治疗系统性红斑狼疮（稳定期）贫血临床观察

目的探讨中药汤剂对系统性红斑狼疮（SLE）合并贫血的影响。方法以八珍汤加减为主治疗22例稳定期SLE患者，并着重观察其非特异炎症指标、活动指数、红细胞和血红蛋白等。结果SLE患者治疗前后红细胞、血红蛋白差异显著。结论八珍汤加减能改善稳定期SLE的红细胞数。     

基于网络药理学和分子对接的泽泻汤治疗高脂血症作用机制研究

目的 基于网络药理学及分子对接技术,构建泽泻汤治疗高脂血症的成分-通路-靶点网络,探讨其潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）并结合文献,筛选泽泻汤的活性成分;借助TCMSP和PharmMapper数据库筛选泽泻汤活性成分的作用靶点,并建立活性成分靶点库;利用OMIM、TTD、DrugBank、PharmGKB和GeneCards数据库获取高脂血症的相关靶点,并建立疾病靶点库;运用STRING数据库和Cytoscape软件构建成分靶点与疾病靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选得到核心靶点;采用DAVID数据库和OmicsBean平台分别对核心靶点进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和基因本体（GO）功能分析;最后通过Discovery Studio软件验证泽泻汤中活性成分与髓过氧化物酶（MPO）、基质金属蛋白酶9（MMP9）、凝血因子Ⅱ（F2）、过氧化物酶增殖物激活受体a（PPARA）和哺乳动物雷帕霉素靶蛋白（mTOR）5个靶点的结合活性。结果 共挖掘到泽泻汤中16个活性成分及369个潜在成分靶点,与284个高脂血症相关靶点相互映射,并通过PPI网络分析筛选得到16个核心靶点,包括MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等,推测这些靶点可能为泽泻汤治疗高脂血症的核心靶点。同时,分子对接结果显示,泽泻汤中所含的泽泻醇类、大黄素和白术三醇与高脂血症的核心靶点有较强的结合能力。KEGG富集分析发现与高脂血症相关的主要调控通路涉及缺氧诱导因子-1（HIF-1）、胰岛素抵抗、胰岛素信号等。结论 泽泻汤的活性成分可能通过作用于MPO、MMP9、F2、PPARA和mTOR等多个高脂血症相关靶点,调节HIF-1、胰岛素抵抗、胰岛素信号通路,从而发挥治疗高脂血症的作用,为后续研究泽泻汤治疗高脂血症的分子机制提供了思路。     

基于网络药理学探讨国医大师张磊运脾汤治疗高脂血症的分子机制＊

目的 基于网络药理学探讨运脾汤治疗高脂血症的分子作用机制。方法 通过TCMSP、Pharm Mapper、GeneCards、DisGeNET等多个数据库检索，预测并收集运脾汤的有效化学成分和对应的靶蛋白以及高脂血症的相关疾病基因，筛选关键靶点，对关键靶点及相关有效化学成分做分子对接验证，利用DAVID数据库的富集分析功能，得到运脾汤的有效化学成分干预高脂血症的过程中涉及的相关功能和通路，并构建“中药材-有效化学成分-靶点-通路”综合网络。结果 运脾汤干预高脂血症的核心成分为木犀草素、槲皮素、山奈酚、柚皮素等；核心靶点PPARG、NOS3、EGFR、APOB和ESR1，分子对接验证，大部分靶点与化合物有结合活性较好；DAVID富集分析，运脾汤可能通过细胞内外刺激、脂多糖反应和调节凋亡等生物过程和HIF-1信号通路、AGE-RAGE信号通路、胰岛素信号通路、TNF信号通路等途径干预高脂血症。结论 本研究初步预测了运脾汤干预高脂血症的多成分、多靶点、多通路的作用机制，为进一步实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学探讨桂枝汤解热作用机制及药效物质基础

目的:基于网络药理学探讨桂枝汤解热作用的机制及药效物质基础;方法:利用Chem Draw绘制预测桂枝汤中化合物的结构,使用Swiss Target Prediction数据库搜索以上成分对应的靶点。使用Ingenuity Pathway Analysis(IPA)软件,寻找发热相关的基因。使用IPA软件分析桂枝汤中成分、发热相应靶点共同的通路。利用Cytoscape建立成分-靶点-通路网络,寻找主要药效成分。结果:建立了桂枝汤中主要成分与其靶点的网络图。使用IPA软件发现桂枝汤发热作用与以下6个通路相关:G蛋白偶联的受体信号,环磷腺苷(c AMP)介导的信号传导,Gαs信号,Gαi信号,腺苷酸活化水蛋白激酶(AMPK)信号,褪黑激素降解通路。桂枝汤中芍药苷代谢物Ⅰ,环磷酸腺苷与解热作用相关。结论:基于网络药理学探讨了桂枝汤解热作用的相关通路,预测了桂枝汤入血成分中芍药苷代谢物Ⅰ,环磷酸腺苷可能与解热作用相关。研究结果主要基于化学预测,还需要进一步实验验证。     

基于网络药理学和分子对接的当归六黄汤治疗围绝经期综合征作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗围绝经期综合征（PMS）的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和UniProt数据库检索当归六黄汤的活性成分和相应的靶点。基于GeneCards、DrugBank、OMIM数据库获取与PMS相关的靶点,并得到当归六黄汤与PMS的交集靶点。构建当归六黄汤活性成分-交集靶点相互作用网络。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,筛选核心靶点。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集。通过Discovery Studio 2016进行分子对接,确定关键活性成分与核心靶点相互作用的分子基础。结果 共获取当归六黄汤112个活性成分,经筛选得到5个关键活性成分,分别为槲皮素、豆甾醇、β-谷甾醇、山柰酚、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇,主要发挥抗炎和雌激素样作用。获取当归六黄汤与PMS的交集靶点52个,经筛选得到5个核心靶点,分别是白细胞介素-6（IL-6）、前列腺素G/H合酶2（PTGS2）、雌激素受体1（ESR1）、IL-1B和糖皮质激素受体基因亚科3 C组成员1（NR3C1）,主要参与炎症反应和激素调节。KEGG富集分析显示,当归六黄汤治疗PMS主要通过化学致癌-受体激活、脂质和动脉粥样硬化、癌症、神经活性配体-受体相互作用、流体剪切应力和动脉粥样硬化、5-羟色胺能突触、雌激素信号通路、突触小泡循环、腺苷酸依赖的蛋白激酶（AMPK）信号通路等发挥作用。分子对接结果验证了当归六黄汤的关键活性成分可以与核心靶点蛋白形成稳定的对接模型。结论 基于网络药理学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗PMS的关键活性成分、核心靶点和主要信号通路,为当归六黄汤治疗PMS提供了参考。     

基于网络药理学探究“黄芪-当归”治疗慢性再生障碍性贫血的作用机制

目的:基于网络药理学理念,探讨“黄芪-当归”治疗慢性再生障碍性贫血(CAA)的作用机制。方法:利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)与Pubchem数据库获取黄芪、当归的活性成分及其平面结构图与结构式,通过SwissTargetPrediction服务器和人类基因数据库(GeneCards)获取该药对治疗CAA的成分-疾病靶标及其Uniprot ID。根据成分-疾病靶标与活性成分的作用关系,筛选出有效成分,根据成分-疾病靶标之间的相互作用关系筛选出5个核心靶标,并利用systemsDock在线工具进行分子对接验证。通过DAVID6.8在线工具进行成分-疾病靶标的基因本体论(GO)分析与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出黄芪-当归活性成分共20个,可作用于144个靶标,主要是调控PI3K-Akt信号通路和VEGF信号通路。结论:“黄芪-当归”可能是通过改善造血微环境、促进红细胞生成、增加血管新生等多方面调节造血功能治疗CAA。