蒙药安神补心六味丸抗抑郁作用网络药理学机制研究北大核心CSCD

目的应用网络药理学、分子对接技术、体外实验技术,预测以及验证蒙药安神补心六味丸的抗抑郁药理作用机制。方法TCMSP数据库及文献挖掘获取安神补心六味丸的活性成分,SwissTargetPrediction预测成分相关靶点信息,Cytoscape构建药材-成分-靶点网络。通过GeneCards、Drugbank、OMIM等数据库检索抑郁症靶点。STRING数据库获取蛋白相互作用关系网络信息。DAVID数据库进行GO生物过程富集分析和KEGG信号通路富集分析。Autodock vina软件进行分子对接验证。BV2小胶质细胞建立体外损伤模型,CCK-8法检测细胞活力,qPCR法检测相关核心靶点mRNA表达量。结果筛选出安神补心六味丸活性成分34个,涉及140个潜在作用靶点,筛选核心靶点59个,共涉及99条信号通路;分子对接结果显示桦木酸、豆甾醇、β-谷固醇、槲皮素等10种活性成分与AKT1、APP、ALB、MAPK3、VEGFA、MAPK1靶点均拥有良好的结合能力。体外实验结果表明,经给药后,BV2细胞活力较模型组明显上升。安神补心六味丸可调节各核心靶点mRNA的表达。结论安神补心六味丸可能主要通过羟色胺突触等信号通路以及相关核心靶点来发挥抗抑郁作用。     

基于网络药理学和分子对接八味沉香丸治疗先天性心脏病的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探究八味沉香丸治疗先天性心脏病(Congenital heart disease,CHD)的潜在分子机制。方法 应用TCMSP数据库及文献收集八味沉香丸活性成分及潜在作用靶点。利用Uniprot数据库功能将靶蛋白名转换为基因名。通过Genecards和OMIM数据库检索先天性心脏病相关的疾病基因。对八味沉香丸药物靶点和CHD相关基因取交集,使用Cytoscape构建“化合物-靶点-通路”网络。将交集靶点导入DAVID数据库,进行GO功能、KEGG通路富集分析。最终,对筛选出的蛋白与八味三香散活性成分进行分子对接。结果 分析表明与八味沉香丸治疗先天性心脏病相关的59个潜在活性成分作用于与CHD有关的204个靶点和135条通路。与CHD直接相关的信号通路涉及乙型肝炎、PI3K-Akt、HTLV-I感染、癌症中的蛋白聚糖、甲型流感、HIF-1信号通路等。分子对接结果 显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论 运用网络药理学和分子对接的方法 ,初步验证了八味沉香丸治疗先天性心脏病的药理作用机制,为后续深入探讨奠定了良好的基础     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗视网膜静脉阻塞的分子机制

目的：探讨三七治疗视网膜静脉阻塞（RVO）的分子作用机制。方法：采用TCMSP数据库及文献补充获得三七的有效成分,并在Swiss Target Prediction收集其作用靶点;使用GeneCards等5个数据库检索RVO疾病靶点,并将三七成分靶点与RVO疾病靶点进行映射;利用STRING、Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图,筛选出核心靶基因,对其进行GO和KEGG富集分析。最后,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接验证。结果：筛选出三七有效成分10种,涉及354种蛋白。RVO的疾病靶点有181个,其中9个是三七治疗RVO的潜在靶点。“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络中,核心作用靶点包括VEGFA、EGFR等;通过GO及KEGG富集分析,筛选出参与RVO主要生物学过程28种,相关信号通路18条。三七治疗RVO潜在的分子机制与纤溶等生物学过程密切相关。关键信号通路包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果提示,三七主要活性成分DFV、Panaxydol等与VEGFA、EGFR等关键靶点有着较好的结合活性。结论：三七的多成...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子作用机制

目的 通过网络药理学分析和分子对接技术来探讨桂枝茯苓丸治疗子宫肌瘤的分子靶点和机制。方法 通过TCMSP平台筛选桂枝茯苓丸的有效成分及相关靶点,从GEO数据库中获得子宫肌瘤疾病差异基因,并通过Perl软件获取差异基因;交叉基因经过构建蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;将筛选出的关键活性成分和靶基因利用AutoDock软件进行分子对接,选择最佳结合靶标进行分子对接。结果 共筛选出92个活性化合物,其中活性成分槲皮素、山柰酚、黄芩苷、豆甾醇、β谷甾醇被确定为关联靶标最高的活性成分,获得交叉基因41个,其中PTGS2、PGR、NR3C2、GRIA2等为关联活性成分数量最多的靶标基因。通过拓扑分析,发现30个强关联蛋白,有11个靶点为中药的核心预测靶点。细胞组分（CC）共富集17个条目,分子功能（MF）共富集32个条目,生物过程（BP）共富集501个条目;KEGG通路富集共富集52个条信号通路,主要为基因在流体剪切应力与动脉粥样硬化、化学致癌–受体激活、脂质与动脉粥样硬化等通路。分子对接结果表明,桂枝茯苓丸的关键成分具有与目的基...     

基于网络药理学和分子对接探讨蒙药珍宝丸治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨蒙药珍宝丸治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法 对珍宝丸中的有效活性成分及其对应靶点进行筛选,并运用DisGeNET、CTD以及GeneCards数据库,对缺血性脑卒中相关靶点进行搜集。将所获得的数据进行VENN分析,获得疾病与成分的交集靶点,然后将交集靶点通过Cytoscape软件进行拓扑分析及蛋白质互作（PPI）网络图绘制。通过DAVID网站对京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库及基因本体（GO）数据库进行基因通路的富集分析。最后通过Auto Dock软件进行分子对接验证。结果 筛选出珍宝丸中活性成分283种,搜集缺血性脑卒中靶点22 029个,相互交集的靶点113个。GO富集分析发现其主要富集在细胞因子活性、细胞对缺氧的反应等方面。KEGG分析发现涉及白细胞介素（IL）-17信号传导途径、脂质和动脉硬化等多条通路。分子对接结果中,能够紧密结合的占比61%,证明珍宝丸成分与缺血性脑卒中疾病关联密切。结论 珍宝丸可能通过参与调控MAPK/PPARG/VEGF/mTOR等信号通路,缓解缺血部位细胞凋亡,调控局部炎症反应,改善氧化应激,最终治疗缺血性脑...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络（PPI）;使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果：筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程（BP）,75条细胞组分（CC）,140条分子功能（MF）;KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...     

基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨紫苏子—杏仁药对治疗咳嗽变异性哮喘(CVA)的潜在分子作用靶点及机制。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)数据库对紫苏子—杏仁药对的有效活性成分进行筛选,并采用SwissTargetPrediction网站进行靶点预测。采用GeneCards数据库检索CVA相关靶点,借助Venny 2.1.0获取交集靶点,对交集靶点分别运用Cytoscape 3.9.1软件和STRING数据库构建主要活性成分—潜在治疗靶基因网络图和PPI蛋白互作网络,并筛选出关键有效活性成分和核心靶蛋白,通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路的富集分析。结果 筛选出紫苏子—杏仁药对有效成分19个,与CVA相关靶点224个,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、SRC、MAPK3、EGFR、JUN、PTGS2、HSP90AA1、ESR1。GO功能富集分析显示分子功能165个、细胞组分79个、生物过程630个。KEGG通路富集分析显示得到信号通路155条,主要涉及cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路、癌症通路、化学致癌—受体激活通路、神经活性配体—受体相...     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学和实验验证探讨养血清脑丸治疗偏头痛的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接的方法探究养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用机制并对其进行实验验证。方法 利用TCMSP和Swiss Target Prediction数据库筛选养血清脑丸的活性成分和作用靶点,从NCBI GENE、OMIM、CTD、DisGeNET数据库获取与偏头痛密切相关的靶点,将其与养血清脑丸靶点取交集后获得养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用靶点;利用STRING数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,结合Cytoscape 3.6.0软件筛选关键靶点;采用DAVID数据库对养血清脑丸治疗偏头痛的潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并采用Cytoscape 3.6.0软件构建“养血清脑丸–组方中药–活性成分–偏头痛–靶点–通路”网络和筛选关键成分,使用AutoDock软件对关键成分与关键靶点进行分子对接。采用硝酸甘油诱导的偏头痛大鼠模型,对网络药理学研究结果中的部分关键靶点进行实验验证。结果 筛选获得养血清脑丸活性成分140个、作用靶点279个,其中与偏头痛治疗相关的靶点53个;通过网络分析,筛选获得白细胞介素-6（IL-6）、溶质载体家族6成员4（SLC6A4）、肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、内皮型一氧化氮合酶（NOS3）等靶点、异紫堇杷明碱、槲皮素、斯氏紫堇碱、球紫堇碱、山柰酚等成分可能是养血清脑丸治疗偏头痛的关键靶点和关键成分,分子对接结果表明关键成分和关键靶点间具有较好的结合活性;KEGG通路富集结果表明养血清脑丸可能通过神经活性配体受体相互作用、5-羟色胺能突触、钙信号通路、cAMP信号通路及肿瘤坏死因子信号通路等途径发挥治疗偏头痛的作用。动物实验结果表明,养血清脑丸能抑制偏头痛大鼠血清中一氧化氮（NO）、IL-6、TNF-α及脑组织中VEGF表达的升高,促进脑组织5-羟色胺（5-HT）水平的升高和5-羟色胺受体1B（5-HT1B）蛋白的表达,抑制SLC6A4和CGRP的表达,对硝酸甘油型大鼠偏头痛症状有明显的改善作用。结论 明确了养血清脑丸治疗偏头痛的潜在成分、靶点和通路,其作用机制可能与升高5-HT水平和5-HT1B蛋白表达、抑制SLC6A4和降钙素基因相关肽（CGRP）表达有关,为深入开展其作用机制的研究提供了科学依据和参考。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于基因表达综合数据库和网络药理学探讨香参丸治疗溃疡性结肠炎的分子机制

目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎( UC)的分子机制。方法 2023年 1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合( GEO)数据库筛选 UC相关靶点,将香参丸与 UC的交集靶点信息上传至 STRING并通过 Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用( PPI)网络。使用 Metascape数据库进行 KEGG与 GO通路富集分析并预测香参丸作用 UC的相关通路,并绘制“中药 -成分 -疾病 -靶点 -通路”网络,利用 Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分 136个、靶点 243个, UC相关靶点 1 750个,香参丸与 UC交集靶点 37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如 NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及 ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为 .5.598 6 kCal/mol。KEGG与 GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善 UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过 TNF信号通路、 Toll样受体信号通路、 HIF-1信号通路以及 MAPK信号通路等作用于 NOS2、PPARG、IL1B、 MMP2等关键靶点。     

基于网络药理学的砂仁抗溃疡性结肠炎机制研究

应用网络药理学方法预测砂仁抗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的活性成分和作用机制。首先通过体内动物实验验证中药砂仁的抗UC活性,动物福利和实验过程均遵循中国医学科学院药物研究所实验动物伦理委员会的规定。进一步应用TCMSP、PubChem数据库及文献调研获取砂仁的活性成分,采用SwissTargetPrediction、GeneCards和TTD数据库预测活性成分抗UC的潜在作用靶点。使用String数据库构建蛋白互作关系网络;Cytoscape软件将成分-作用靶点网络可视化并进行拓扑学分析; Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析; Sybyl-X软件将砂仁关键活性成分与部分核心靶蛋白进行分子对接。筛选共获得12种活性成分、189个砂仁抗UC靶点,富集分析后得到227个GO相关条目、168条相关信号通路。分子对接结果证明,砂仁主要活性成分与JAK受体家族具有较好的亲和力,体内验证结果表明砂仁能调控JAK/STAT信号通路。以上结果证明,砂仁及其提取物可能通过JAK/STAT信号通路发挥抗UC作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨心可舒片治疗高血压的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究心可舒片治疗高血压的作用机制。方法 利用TCMSP、HERB、ETCM数据库和Swiss Target Prediction平台检索心可舒片的活性成分及作用靶点;通过OMIM、Gene Cards、TTD和DrugBank数据库获取高血压的相关靶点。筛选出药物与疾病的交集靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库分别构建“中药–活性成分–靶点–疾病”及蛋白相互作用(PPI)网络并筛选出关键活性成分和核心靶点。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用AutoDockTools软件进行分子对接验证。结果 共获得心可舒片活性成分147个,药物与疾病的交集靶点262个。心可舒片治疗高血压的关键活性成分为丹参醇A、香紫苏醇、三裂鼠尾草素等;核心靶点为原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、肿瘤坏死因子(TNF)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等。GO富集分析涉及238个生物学过程,41个细胞组分,81个分子功能。KEGG富集分析涉及131条信号通路,包括钙信号通路、神经...     

虎杖治疗肺动脉高压作用机制的网络药理学研究

目的 探讨虎杖药材治疗肺动脉高压（PAH）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）和PubMed检索虎杖活性成分,构建活性成分库。通过TCMSP获取活性成分的潜在靶点,利用Uniprot数据库获取潜在靶基因。利用人类基因数据库（GeneCards）和人类孟德尔遗传数据库（OMIM）筛选PAH致病靶点与活性成分靶点基因,构建“药物-活性成分-疾病靶点”可视化网络。将潜在靶点导入String数据库,构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络;利用DAVID数据库将潜在靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。将节点度值排名前7的活性成分与排名前6的核心靶点利用AutoDock Tools和PyMOL软件进行分子对接和可视化分析。结果 筛选出活性成分39个,对应靶基因323个,与PAH共同靶点138个。经PPI网络分析,其中关键靶点涉及AKT1,VEGFA,TNF等;GO功能富集分析主要涉及低氧反应、炎性反应、血管再生等功能;KEGG通路富集分析主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、炎性反应等信号通路;分子对接结果表明,虎杖药材活性成...     

藏药榜嘎抗流感的网络药理学分析

目的 通过网络药理学分析,探讨榜嘎抗流感病毒及抗炎的活性成分与作用机制。方法 从中国知网及Pubmed数据库收集整理榜嘎中1985年1月1日至2021年5月31日分离鉴定的化合物,通过SIB数据库根据ADME参数筛选出具有生物活性的成分。利用SwissTarget Prediction平台预测活性成分的作用靶点。在OMIM及GeneCards数据库中查找流感病毒及炎症的靶点,运用Venny2.1.0工具获取榜嘎与流感病毒及榜嘎与炎症靶点的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape3.6.0软件构建成分-疾病-关键靶点网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果 筛选得到活性成分73个,核心化合物17个,作用靶点841个,榜嘎与流感病毒交集靶点94个,与炎症交集靶点142个。GO功能分析得到榜嘎抗流感病毒生物过程181个,分子功能42个,细胞组成25个;KEGG富集分析获得榜嘎抗流感病毒信号通路84条,主要涉及TNF、丙型肝炎和癌症信号通路。GO功能分析得到榜嘎抗炎生物过程232个、分子功能52个、细胞组...     

基于网络药理学探讨葛花治疗心肌缺血的潜在机制

目的 探讨葛花治疗心肌缺血（MI）的潜在机制。方法 在TCMSP数据库检索葛花的活性成分和靶点,使用Cytoscape构建葛花-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET、GeneCards、OMIM数据库筛选MI的靶点。通过制作葛花靶点和MI靶点的韦恩图得到共同靶点,在STRING数据库中对其进行网络构建,然后将其可视化。使用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,将其可视化取KEGG富集分析的前20条信号通路,构建信号通路与靶点之间的网络图。选择前5个活性成分及其对应的前10个靶点进行分子对接。结果 葛花的活性成分16个,成分靶点142个,MI的靶点2327个,取交集后共得到葛花治疗MI的靶点51个,其中核心靶点是INS、EDN1和IL10等,GO富集分析确定了171个与之发生发展密切相关的生物过程,KEGG富集分析确定了38条信号通路,GO和KEGG富集分析提示葛花主要通过补体和凝血级联反应通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化途径、MAPK等信号通路发挥作用。分子对接表明葛花的活性成分与其相应靶点具有良好的结合力。结论 本研究通过网络药理学初步揭示葛花多成分、多靶点、多通路治疗M...     

基于网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析探讨化橘红防治动脉型肺动脉高压的分子作用机制

目的 采用网络药理学结合GEO数据库多芯片联合分析及分子对接的方法研究化橘红防治动脉型肺动脉高压的潜在分子作用机制。方法 利用TCMSP、ETCM、Swiss Target Prediction和PharmMapper等数据库结合文献报道,获取化橘红活性成分的作用靶点。通过GEO数据库多芯片联合分析获得动脉型肺动脉高压的差异表达基因,联合GeneCard、DisGeNET和DiGSeE等数据库筛选出动脉型肺动脉高压的潜在疾病基因。对疾病基因和活性成分靶点取交集,以Cytoscape 3.7.2软件构建化橘红活性成分–靶点的可视化网络。基于String数据库,构建化橘红防治动脉型肺动脉高压靶点的蛋白互作（PPI）网络,分析筛选出核心靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,构建化橘红活性成分–靶点–信号通路网络。将化橘红主要活性成分与网络拓扑分析后所得到的排名前10的核心靶点进行分子对接,Autodock Vina预测其分子结合自由能及Pymol作分子对接可视化图。结果 筛选出活性成分15个,得到可作用于动脉型肺动脉高压的靶点150个,...     

基于网络药理学探讨新止骨增生丸治疗膝骨关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法探索新止骨增生丸治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选新止骨增生丸的活性成分及其作用靶点;利用GeneCards、OMIM和DisGeNet数据库检索KOA疾病的相关靶点;通过Venny 2.1.0在线平台对新止骨增生丸的活性成分作用靶点与KOA疾病相关靶点映射取交集,得到新止骨增生丸治疗KOA的关键靶点(共同靶点);将共同靶点导入String平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,并将结果导入Cytoscape 3.7.1软件进行拓扑分析,提取核心靶点;运用注释、可视化和集成发现(DAVID)数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.1软件构建“活性成分-关键靶点-通路”网络。结果 共获得活性成分54个,对应靶点262个,疾病靶点2459个,共同靶点142个,经过蛋白互作及拓扑分析,得到核心靶点13个, GO功能富集分析得到821个生物过程(BP), 94个细胞组分(CC), 139个分子功能(MF)和167条通路...