基于辨证论治结合网络药理学探析六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症作用机制

目的 基于临床试验结合网络药理学探析六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制。方法 ①将60例肾阴虚证绝经后骨质疏松症患者随机分为治疗组和对照组,两组患者在口服维生素D和钙剂的同时,治疗组口服六味地黄丸、对照组口服雷洛昔芬,治疗6个月后测定并比较两组患者腰椎（L1～4）、右侧股骨颈骨密度值、血清骨钙素(OCN)及血清抗酒石酸酸性磷酸酶-5b（TRAP-5b）水平。②依据TCMSP数据库筛选出六味地黄丸活性成分及其对应的靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank 3个数据库获取绝经后骨质疏松症相关靶点,将活性成分靶点与绝经后骨质疏松症相关靶点取交集所得靶点即为六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症靶点。采用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分、靶点以及蛋白间的相互作用网络,使用STRING数据库进行PPI网络分析,运用Metascape数据分析平台进行GO生物过程富集以及KEGG通路富集分析。结果 与治疗前比较两组均可提升骨密度,反映骨形成指标的OCN值明显升高,骨吸收指标的TRAP-5b值则明显降低,且治疗组优于对照组（P＜0.05）。而通过网络药理学预测显示六味地黄丸作用于绝经后骨质疏松症的活性成分有36个,位居前三位的活性成分为槲皮素、山奈酚、儿茶素,主要靶点为干扰素调节因子-1（IRF1）、抑瘤素M（OSM）、白介素6（IL-6）。GO富集分析显示,生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、细胞凋亡信号通路等;细胞组成主要包括蛋白激酶复合物、质膜蛋白复合物等;分子功能主要包括转录因子结合、核受体活性等。KEGG富集分析获取相关信号通路为JAk-STAT、Wnt及NF-κB信号通路。结论 六味地黄丸可显著增加骨密度、促进骨形成、抑制骨吸收,而其作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、儿茶素等活性成分,以IRF1、OSM及IL-6为主要靶点,通过JAk-STAT、Wnt及NF-κB等信号通路发挥改善绝经后骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学探讨六味地黄丸治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:采用网络药理学预测六味地黄丸治疗糖尿病肾病(DN)的作用靶点。方法:检索TCMSP、HIT、Swiss Target Prediction、Drugbank、Dis Ge NET等数据库挖掘六味地黄丸的活性成分、作用靶点和糖尿病肾病相关基因;借助Cytoscape3. 2. 1软件构建中药化合物成分-靶点网络,根据网络拓扑参数获得该网络中较重要的节点;通过STRING数据库构建化合物靶点PPI网络;利用Cytoscape 3. 2. 1中的插件Reactome FI对化合物靶点进行通路富集。结果:六味地黄丸治疗糖尿病肾病的关键节点有:PI3K调节亚基1(PIK3R1),PI3K催化亚基(PIK3CA),丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1),c-Jun氨基端激酶(JUN),丝裂原活化蛋白激酶1和3 (MAPK1、MAPK3),转录因子p65 (RELA),酪氨酸蛋白激酶1 (JAK1),核因子NF-κBp105亚基(NFKB1),白介素4、10和13,血小板活化、信号传导和聚集,胶原蛋白降解,基质金属蛋白酶的活化等。结论:六味地黄丸可能降低肾脏过度的炎症反应和免疫应答、改善血流动力学、促进基质金属蛋白酶活化、降解胶原蛋白积累等多途径、多信号通路共同发挥对于DN的早期治疗作用。     

六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症作用机制

目的 基于临床试验结合网络药理学探析六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制.方法 ①将60例肾阴虚证绝经后骨质疏松症患者随机分为治疗组和对照组,两组患者在口服维生素D和钙剂的同时,治疗组口服六味地黄丸、对照组口服雷洛昔芬,治疗6个月后测定并比较两组患者腰椎(L1～4)、右侧股骨颈骨密度值、血清骨钙素(OCN)及血清抗...     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点.方法 利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别.通过GeneCards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点.而后使用David软件对青...     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生(BPH)的作用机制.方法:查询TCMSP、BATMAN-TCM及ETCM获取通关丸的药物成分,在Swiss Target Prediction对药物成分的ADME进行筛选,并预测筛选后的药物成分的作用靶点;运用DisGeNET、Genecards及OMIM...     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

基于网络药理学与分子对接探讨沉香治疗缺氧性肾损伤的作用机制

目的:基于网络药理学探究沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库筛取沉香活性组分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库获取肾缺氧相关靶点,利用String平台构建PPI网络并挖掘潜在蛋白质功能模块。Metascape平台分析所涉及的生物过程及通路,Cytoscape 3.8.2软件构建“沉香成分—肾脏缺氧靶点—通路”网络,Autodock软件进行分子对接验证。结果:沉香改善肾脏缺氧的核心成分包括槲皮素、β-谷甾醇、6,7-二甲氧基-2-(苯乙基)色酮等,核心靶点有BAX、IL6、AKT1、BCL2、TP53等,对接结果中Affinity小于-5者占93.3%,提示靶点和成分间较好的结合活性。关键靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路以及p53信号通路等20个显著相关通路,涉及细胞凋亡、炎症反应、免疫调节、缺氧及氧化应激等100多个显著相关生物学过程。结论:本研究初步探析了沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制,为沉香在肾脏疾病中的应用提供科学依据。     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学及分子对接探讨桂龙护瘘酊治疗自体动静脉内瘘血管内膜增生的作用机制

目的基于网络药理学方法以及分子对接探讨桂龙护瘘酊(GT)治疗自体动静脉内瘘(AVF)血管内膜增生(IH)的作用机制。方法:本研究基于HERB数据库并查阅相关文献,筛选GT方中药物的活性成分,按Lipinsk五原则筛选有效成分,并使用PubChem数据库获取成分的Smile,再用Swiss TargetPrediction数据库预测成分靶点。利用GeneCards、Pharmgkb、OMIM数据库收集AVF血管内膜增生相关靶点。利用Venn在线网站得到GT-AVF血管内膜增生的交集靶点Venn图。利用String平台构建以药物、活性成分、潜在靶点的PPI网络,利用DAVID数据库中对其进行GO富集分析和KEGG信号通路分析,采用分子对接进行验证。结果:通过网络药理学研究,GT方中共获取到主要活性成分81个、关键成分预测靶点30个,应用PPI网络得到ACE、NOS3等关键交集靶点。富集分析后得到221个GO相关条目、47条相关KEGG信号通路,GO分析结果主要集中在异种生物分解代谢过程、外源性药物分解代谢过程等,KEGG富集分析关键通路是钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路等,关键靶点主要富集在ADRB3,NOS3,ADRB1等。分子对接显示(-)-Limonene、(-)-alpha-Pinene、Tridecnoic acid核心成分与NOS3蛋白(PDB: 1d0c)核心靶点具有非常好的结合构象。结论:本研究采用网络药理学与分子对接技术,为GT治疗AVF血管内膜增生提供了(-)-Limonene、(-)-alpha-Pinene及Tridecnoic acid等多靶点;钙信号通路、神经活性配体-受体相互作用通路的作用特点,主要与调控NOS3蛋白表达水平有关,为后期进一步实验、临床研究提供了理论依据,也是对AVF瘘管处局部外用中药复方防治IH进行的新探索。     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。