桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

肉苁蓉治疗慢性肾脏病和骨质疏松症的潜在双效成分及作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨肉苁蓉治疗慢性肾脏病合并骨质疏松症(CKD-OP)的潜在双效成分及作用机制。方法 通过多个数据库和文献检索筛选出肉苁蓉的活性成分及其对应靶点与慢性肾脏病(chronic kidney disease，CKD)和骨质疏松症(osteoporosis，OP)疾病相关靶点的交集，于STRING数据库构建PPI网络，经CytoHubba插件筛选核心靶点后在DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析，于Cytoscape构建活性成分-核心靶点-信号通路网络后获得关键成分、关键靶点和关键信号通路，最后在AutoDockTools进行分子对接验证。结果 得到肉苁蓉治疗CKD-OP关键成分3个(槲皮素、β-谷甾醇、红景天苷)，关键靶点6个(TNF、AKT1、MAPK1、JUN、RELA和PTGS2)，关键信号通路3条(TNF 、NF-κB 和Oxytocin 信号通路)。结论 初步揭示肉苁蓉通过“多成分-多靶点-多途径”的特点治疗CKD-OP的潜在分子药理机制，为中药现代化和CKD-OP的治疗提供了理论依据和思路。     

骨质疏松症与银屑病之间的相互关系

目的 探讨骨质疏松症与银屑病之间在分子层面的相互作用关系。方法 将骨质疏松及银屑病输入不同疾病数据库以筛选相关基因，将两组靶点通过Venny分析得到关键靶点，并于STRING平台制作蛋白互作网络以区分出核心靶点，通过DAVID平台进行富集分析。结果 检索到骨质疏松症相关靶点875个，银屑病预测靶点478个，交集出关键靶点93个，以degree≥50筛选出Hub节点中的18个核心靶点，导入DAVID平台获得148项GO生物过程（P<0.05）及44条KEGG信号通路（P<0.05）。银屑病通过TNF、IL-6、IL-10、IL-2、IL-1B等核心靶点作用于炎性肠病信号通路、TNF信号通路等特异性通路发挥协调作用，调控骨代谢，诱发骨质疏松。 结论 两种复杂疾病在分子机制上有着密切联系，银屑病通过大量炎性靶点及通路影响患者骨代谢，诱发骨质疏松。借助各疾病数据库在分子层面进行探讨具有较高的置信度和参考价值，可更深层次探索复杂疾病间的网络样关系并开拓治疗新思路。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别。通过Gene Cards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点。而后使用David软件对青娥丸作用于绝经后骨质疏松症的关键靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析,运用Bio GPS数据库对关键靶点进行器官定位,利用i GEMDOCK软件进行分子对接分析。结果通过网络药理学方法分析青娥丸的4味中药,发现其有效化学成分32个,对应100个作用靶点;通过GO分析,45个关键靶点富集出150个生物学过程、28个细胞组成及38个分子功能;通过KEGG分析得出关键靶点显著富集的信号通路有36条;通过Bio GPS软件进行器官定位分析,发现靶点富集于肺、肝、心、肾和卵巢等5个关键器官;通过分子对接分析发现关键靶点CYP3A4与主要化合物hirsutin_qt有较高结合度。结论青娥丸具有多成分、多靶点的作用特点,并通过参与多种生物过程,调控多条信号通路,调节多个组织器官以干预绝经后骨质疏松症发挥其药理疗效。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点，探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物，通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点，建立药物-疾病靶标交互作用网络，筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点，富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物，筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点，通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能，其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松分子机制研究

目的基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从Gene Crads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、Erb B、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于辨证论治结合网络药理学探析六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症作用机制

目的 基于临床试验结合网络药理学探析六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制。方法 ①将60例肾阴虚证绝经后骨质疏松症患者随机分为治疗组和对照组,两组患者在口服维生素D和钙剂的同时,治疗组口服六味地黄丸、对照组口服雷洛昔芬,治疗6个月后测定并比较两组患者腰椎（L1～4）、右侧股骨颈骨密度值、血清骨钙素(OCN)及血清抗酒石酸酸性磷酸酶-5b（TRAP-5b）水平。②依据TCMSP数据库筛选出六味地黄丸活性成分及其对应的靶点,通过GeneCards、OMIM、Drugbank 3个数据库获取绝经后骨质疏松症相关靶点,将活性成分靶点与绝经后骨质疏松症相关靶点取交集所得靶点即为六味地黄丸治疗绝经后骨质疏松症靶点。采用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分、靶点以及蛋白间的相互作用网络,使用STRING数据库进行PPI网络分析,运用Metascape数据分析平台进行GO生物过程富集以及KEGG通路富集分析。结果 与治疗前比较两组均可提升骨密度,反映骨形成指标的OCN值明显升高,骨吸收指标的TRAP-5b值则明显降低,且治疗组优于对照组（P＜0.05）。而通过网络药理学预测显示六味地黄丸作用于绝经后骨质疏松症的活性成分有36个,位居前三位的活性成分为槲皮素、山奈酚、儿茶素,主要靶点为干扰素调节因子-1（IRF1）、抑瘤素M（OSM）、白介素6（IL-6）。GO富集分析显示,生物过程主要涉及到细胞因子介导的信号通路、细胞凋亡信号通路等;细胞组成主要包括蛋白激酶复合物、质膜蛋白复合物等;分子功能主要包括转录因子结合、核受体活性等。KEGG富集分析获取相关信号通路为JAk-STAT、Wnt及NF-κB信号通路。结论 六味地黄丸可显著增加骨密度、促进骨形成、抑制骨吸收,而其作用机制在于应用槲皮素、山奈酚、儿茶素等活性成分,以IRF1、OSM及IL-6为主要靶点,通过JAk-STAT、Wnt及NF-κB等信号通路发挥改善绝经后骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

生信分析肾阴虚型绝经后骨质疏松症分子机制及熟地黄靶向治疗

目的基于生信数据挖掘探究肾阴虚型绝经后骨质疏松症的病理机制及熟地黄的治疗靶点。方法通过GEO数据库挖掘阴虚型绝经后骨质疏松症患者差异表达基因,运用GeneCards及OMIM数据库预测骨质疏松症相关基因,采用R软件对阴虚靶点与骨质疏松靶点映射匹配。借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建。分子对接预测熟地黄治疗阴虚型骨质疏松症的靶点。采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过分析得到差异表达基因1 272个,骨质疏松症靶点662个,阴虚型骨质疏松症相关靶点45个,主要涉及细胞凋亡调节、雌激素应答、骨骼肌系统发育等生物过程,并由PI3K-Akt、Wnt信号通路、MAPK信号通路、卵巢类固醇生成等信号通路调节。熟地2种有效成分能够作用于核心蛋白IGF1、VEGFA等。结论熟地黄可能靶向IGF1、VEGFA等核心蛋白,通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路调节细胞凋亡及雌激素应答过程,从而实现防治阴虚型骨质疏松症的疗效。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制.方法 运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸...     

通过网络药理学研究白术治疗前列腺癌的作用机制

目的:研究白术治疗前列腺癌的潜在靶点和作用机制.方法:使用公共数据库(TCMSP数据库、Genecard数据库、OMIM数据库、CTD数据库、DigSee数据库),筛选出白术的潜在活性成分及药物治疗疾病的预测靶点、前列腺癌靶点,构建成分-疾病-靶点网络图.通过生物信息学分析,包括构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)...     

基于网络药理学探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制.方法 通过检索中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)对六君安胃方中六味中药的化...