基于生物信息学的肝细胞癌患者预后风险模型的建立与验证

目的 利用公共数据库构建用于临床治疗肝细胞癌(HCC)的预后风险模型。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和国际癌症基因组联盟(ICGC)下载HCC以及癌旁正常组织的mRNA表达数据及临床信息。在TCGA队列中筛选与总生存期(OS)相关的差异表达基因(DEGs),从中抽取2个或3个mRNAs构成一个组合,对所有组合进行Cox风险比例回归模型构建。通过受试者工作特征(ROC)曲线的曲线下面积(AUC)确定最优基因组合,并进行基于ICGC队列的外部验证;以TCGA队列的风险评分中位值将患者分为高风险组与低风险组,进行基因集富集分析(GSEA),并通过pRRophetic R软件包预测HCC患者使用索拉非尼、丝裂霉素、依托泊苷、阿霉素、紫杉醇和顺铂的相对半抑制浓度(IC₅₀)。结果 该预后风险模型预测TCGA队列的1、3、5年OS的ROC的AUC分别是0.786、0.713、0.699,预测ICGC队列的1、3、4年OS的ROC的AUC分别为0.719、0.709、0.766。GSEA表明高风险组患者细胞周期相关通路被激活,胆汁酸代谢被抑制。索拉非尼在低风险组的IC<...     

H2AFX基因在肺腺癌中的表达及对预后的影响

目的 探索H2A组蛋白家族成员X(H2A histone family, member X,H2AFX)基因在肺腺癌中的表达及对预后的影响。方法 通过挖掘肿瘤基因组图谱数据库,分析H2AFX基因在肺腺癌患者肿瘤组织（497例）和癌旁正常组织（54例）中的表达情况。根据H2AFX在肺腺癌样本中表达水平,将肺腺癌患者划分为高表达、低表达两组,使用logistic回归分析H2AFX与患者的临床病理特征关系。利用Kaplan-Meier法和对数秩检验分析H2AFX表达和肺腺癌患者预后的相关性,使用单因素和多因素Cox回归分析其预后价值。利用基因集富集分析方法分析H2AFX在肺腺癌发生发展中相关的基因通路。结果 H2AFX基因在肺腺癌组织中表达高于正常组织（P<0.001）,且与患者的年龄（P<0.001）、T分期（P=0.007）、N分期（P=0.010）相关,而与M分期、性别无关（P>0.05）。Kaplan-Meier法和对数秩检验分析显示,肺腺癌患者中,H2AFX基因高表达组患者生存率低于低表达组患者（P<0.001）;多因素Cox回归分析结果显示,H2AFX可以...     

基于生物信息学分析CCNB1在肺腺癌组织中的表达及其与预后的关系

目的 评估细胞周期蛋白B1(cyclin B1, CCNB1)基因表达与肺腺癌预后的相关性。方法 使用Oncomine、STRING、人类蛋白质图谱、癌症基因组图谱等数据库以及Kaplan-Meier、Cox回归分析、受试者操作特征(receiver operating characteristic, ROC)曲线、Spearman相关分析等方法来验证CCNB1对肺腺癌患者的影响。结果 CCNB1在肺腺癌组织中高表达,且与肺腺癌患者的T分期(P=0.001)、N分期(P<0.001)、病理分期(P<0.001)以及性别(P=0.008)等临床特征相关。单因素Cox回归分析结果显示CCNB1的表达、T分期、N分期、M分期、病理分期是影响肺腺癌患者总生存率的因素(P<0.05),多因素Cox回归分析显示CCNB1的表达、T分期是肺腺癌患者总生存率的独立危险因素(P<0.05)。Kaplan-Meier分析得出,CCNB1高表达与较短的总生存期[风险比(hazard ratio, HR)=1.60,95%置信区间(confidence interval, CI)(1....     

肺腺癌中关键RNA结合蛋白预后评估模型的构建

目的 基于生物信息学方法,评估肺腺癌中关键RNA结合蛋白的表达及预后作用.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载526例肺腺癌组织、59例正常组织,以及从基因型-组织表达(GTEx)数据库中下载288例正常组织的RNA测序数据,筛选差异表达RNA结合蛋白;单因素和多因素Cox回归分析筛选关键RNA结合蛋白并构建...     

肺腺癌关键基因的生物信息学研究

目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因表达综合数据库获取到三个包含肺腺癌及正常组织样本的数据集(GSE33532、GSE40791、GSE19188),应用R软件的Limma包筛选出DEGs。使用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析,应用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络,并筛选出hub genes,应用生存曲线及GEPIA对hub genes进行校验及分析。结果共筛选出1354个DEGs,构建出的PPI模型共包含817个节点和5557条连线,并选出三个核心模块,及八个hub genes,包括CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB,它们都与较差的肺癌预后相关。结论本研究通过生物信息学分析确定了CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB可能对肺腺癌的发展和预后存在一定影响,可以作为肺腺癌的潜在生物标记物。     

肺腺癌中糖酵解代谢特征预测预后及指导治疗

目的：有氧糖酵解作为肿瘤独特的代谢特征,其作用机制仍未被完全阐明。本研究探索糖酵解代谢在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)及其免疫微环境中的作用,以寻求糖酵解代谢与LUAD预后和免疫治疗效果的关系。方法：从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载LUAD患者的基因表达数据和临床信息,采用单变量、最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)Cox回归分析构建糖酵解代谢相关基因的LUAD预后评估模型。结果：在TCGA队列中,高危评分患者的预后更差,在GEO队列中也证实了此模型的可靠性。利用统计学工具获得的由糖酵解相关基因组成的预后模型和列线图模型为预测预后提供了一种新方法,并在15对LUAD和正常组织中验证了风险标签中的15个基因,它们在LUAD组织中表达异常。此外,风险评分与LUAD免疫微环境相关,经模型评估发现高危评分患者更适合接受免疫治疗。结论：本研究构建了与...     

基于生物信息学分析LOXL2在肺腺癌中的表达及临床意义

目的 基于多数据库探讨LOXL2在肺腺癌中的表达水平差异和临床意义.方法 利用UALCAN分析平台对LOXL2基因在TCGA数据库中的mRNA表达量进行泛癌分析;利用Oncomine和GEPIA数据库对LOXL2基因在肺腺癌中的表达进行荟萃分析;使用K-Mplot对肺腺癌中LOXL2表达量与预后关系进行分析;利用UAL...     

采用生物信息学方法筛选与肺腺癌患者预后相关的LncRNAs

目的采用生物信息学的方法探讨差异表达长链非编码RNA(lncRNAs)与肺腺癌患者预后的关系。方法从国际肿瘤数据库(TCGA)下载肺腺癌组织及癌旁组织的RNA测序数据和患者的临床信息,采用R语言程序包筛选差异表达的lncRNAs。应用Kaplan-Meier生存曲线(Log-Rank检验)及Cox回归模型进行预后分析。结果筛选出差异表达lncRNAs共计168个,其中上调的lncRNAs有128个,下调的lncRNAs有40个。单因素和多因素回归分析结果显示:RP11-490M8.1(P=0.047)、RP11-132A1.4(P=0.049)、DRAIC(P=0.023)、LINC00942(P=0.033)、TMPO-AS1(P=0.006)、Z83851.4(P=0.032)和LINC01133(P=0.035)是肺腺癌患者的独立预后因素。结论该研究筛选出7个lncRNAs,可作为肺腺癌患者预后的独立标志物,为临床医生对肺腺癌患者的预后判断提供帮助。     

PITX1基因在肺腺癌中的表达及临床预后意义

目的:探讨同源域转录因子1(paired like homeodomain 1,PITX1)基因在肺腺癌组织和正常组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后之间的相关性。方法:综合利用肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库和基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中的GSE130779和GSE85841数据集,分析PITX1基因在肺腺癌患者癌组织及癌旁组织中的表达水平,并利用实时荧光定量PCR法在40例肺腺癌患者组织中验证PITX1基因的表达水平。同时利用COX回归分析PITX1基因与肺腺癌患者的总生存期(overall survival,OS)和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)之间的相关性,进而分析其表达水平与肺腺癌患者临床病理特征之间的相关性。结果:基于TCGA和GEO数据库分析结果显示PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达(P<0.01),实时荧光定量PCR结果显示PITX1基因在肺腺癌组织的表达量显著高于癌旁正常组织(P<0.001),其相对表达量分别为1.064±0.077和0.641±0.044。COX回归分析显示PITX1基因的表达水平与肺腺癌患者的TNM分期、淋巴结转移状态和肿瘤大小显著相关(均P<0.05)。同时,上调PITX1的表达水平与肺腺癌患者的OS和RFS呈负相关。结论:PITX1基因在肺腺癌组织中显著高表达,且与肺腺癌患者的预后显著相关。     

3株临床分离产OXA-232碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌的流行病学分析

目的描述临床OXA-232肺炎克雷伯菌(OXA-232-producing Klebsiella pneumoniae,OXA-232Kp)的流行病学特征。方法收集2018年9月—2019年9月江苏5家医院临床分离的碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, CRKP),采用微量肉汤稀释法和Phoenix-M50自动微生物系统进行药敏分析;PCR结合测序检测bla_(OXA-232)基因;脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株同源性;质粒测序分析携带bla_(OXA-232)基因的质粒周围环境。结果筛选出3株OXA-232Kp ST15型, PFGE分析呈克隆性传播,携带6 141 bp ColKP3型质粒,与中国东部研究发现携带bla_(OXA-232)基因的质粒高度同源。结论本文首次调查OXA-232Kp ST15在江苏地区的流行病学特征。携带bla_(OXA-232)的质粒具有高度的同源性,表明该6 141 bp ColE型质粒对OXA-232在江苏地区的流行具有重要作用。     

临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌株的血清荚膜分型及耐药机制

目的分析碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌(CRKP)的荚膜血清型和携带毒力基因的情况,以探究其耐药机制。方法采用Vitek-2Compact全自动微生物鉴定仪对分离菌株进行体外药物敏感试验;利用黏液丝试验筛选高黏液阳性菌株;使用改良Hodge试验及碳青霉烯酶抑制试验(CIM)对碳青霉烯酶表型进行检测;利用PCR法检测常见荚膜基因型、碳青霉烯酶耐药基因、β-内酰胺酶基因、膜孔蛋白基因、毒力基因。结果本研究共分离出CRKP 126株[39.87%(126/316)],CRKP菌株中对头孢菌素类、酶抑制剂类、碳青霉烯类、单环类药物耐药率最高,且耐药率显著高于non-CRKP菌株(P<0.05),替加环素类耐药率最低,与non-CRKP菌株差异无统计学意义(P>0.05);改良Hodge试验阳性106株,CIM试验阳性117株;检测出A类碳青霉烯酶KPC基因最多,共117株;β-内酰胺酶基因TEM基因53株,SHV基因100株,CTX-M基因112株,膜孔蛋白Ompk35基因缺失50株,Ompk36基因缺失94株;126株CRKP中携带4种不同耐药基因的菌株数目最多。结论本研究分离获得的CRKP大部分荚膜血清分型尚不清楚,其主要耐药机制为产生碳青霉烯酶,部分菌株合并有膜孔蛋白基因缺失。     

肺炎克雷伯菌介导碳青霉烯类耐药的基因型检测

目的对临床分离的碳青霉烯类抗生素耐药的肺炎克雷伯菌进行耐药基因型分析。方法采用琼脂稀释法检测菌株最低抑菌浓度(MIC),用聚合酶链反应(PCR)、DNA测序、脉冲场琼脂糖凝胶电泳(PFGE)、等电点聚焦电泳(IEF)和质粒分子杂交等技术对实验菌株进行基因组DNA同源性、介导耐药的基因型、耐药酶pI和耐药基因携带状态等研究。结果12株肺炎克雷伯菌的亚胺培南和美罗培南M IC值分别为16~64μg/m l和8~256μg/m l;对其他被测的β-内酰胺类和喹诺酮类药物广泛耐药,氨基糖苷类耐药型不定。12株菌均扩增出编码碳青霉烯类抗生素耐药的blaKPC-2和编码β-内酰胺酶的blaSHV基因;部分菌株扩增出blaTEM或/和blaCTX-M基因。IEF和分子杂交揭示KPC-2的等电点为6.8,编码基因被携带在一个约56 kb大小的质粒上;PFGE结果显示12株细菌可分为2个克隆型。结论产KPC-2型碳青霉烯酶是本院肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类药物的主要原因,垂直传播以及通过质粒传递耐药基因可能是其在本医院流行的主要方式。     

一例碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌耐药机制研究

目的研究1株碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌A1500的耐药机制。方法采用浓度梯度法（E-test）测定细菌的抗菌药物最低抑菌浓度（MIC）,采用接合实验、聚合酶链反应（PCR）、质粒抽提、探针杂交印迹试验（Southern blot）、等电聚焦电泳及耐药基因克隆测序分析细菌的耐药机制。结果接合实验、质粒电泳和Southern blot结果显示耐药基因位于一个50 kb的可转移质粒上;等电聚焦电泳显示3条β-内酰胺酶条带,等电点（PI）分别为9.0、6.7（KPC-2）、5.4。PCR产物克隆分析比对为blaKPC-2型。结论碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌A1500携带由质粒介导的KPC-2酶。     

一例碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌耐药机制研究

目的研究1株碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌A1500的耐药机制。方法采用浓度梯度法(E-test)测定细菌的抗菌药物最低抑菌浓度(MIC),采用接合实验、聚合酶链反应(PCR)、质粒抽提、探针杂交印迹试验(Southern blot)、等电聚焦电泳及耐药基因克隆测序分析细菌的耐药机制。结果接合实验、质粒电泳和Southern blot结果显示耐药基因位于一个50 kb的可转移质粒上;等电聚焦电泳显示3条β-内酰胺酶条带,等电点(PI)分别为9.0、6.7(KPC-2)、5.4。PCR产物克隆分析比对为blaKPC-2型。结论碳青霉烯类抗菌药物耐药的肺炎克雷伯菌A1500携带由质粒介导的KPC-2酶。     

Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Klebsiella pneumoniae: a review of epidemiological and clinical aspects

Introduction: The indiscriminate use of antibiotics associated with other situations has revealed a considerable increase in outbreaks caused by microorganisms resistant to antimicrobial drugs. Among these is the Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC)-producing Klebsiella pneumoniae.

Areas covered: This review provides an overview of the KPC-producing K. pneumoniae with emphasis on the epidemiological and clinical aspects.

Expert opinion: The KPC-producing K. pneumoniae was first described in the US. Most cases were reported between 2007 and 2009. It is widespread in almost all continents. The presence of severe comorbidities, previous use of fluoroquinolones and broad-spectrum cephalosporin are independent factors for this type of infection. Besides the increasing number of resistant strains that greatly complicates the therapeutic management of patients, the clinical characteristics of infection make the diagnosis difficult, resulting in high morbidity and mortality rates. The spread of KPC-producing K. pneumoniae shows how we are prone to pandemics. Transport systems, the exchange of healthcare professionals, the transfer of patients between hospitals and, mainly, the lack of preventive measures such as hand washing are related to the spread of KPC-producing Klebsiella pneumoniae in virtually all continents.     

儿童检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的影响因素分析

目的 探讨儿童检出耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的影响因素,以进一步指导临床医生对CRKP的感染进行有效预防和治疗.方法 选择深圳市儿童医院2013年1月至2018年12月检出CRKP的住院患儿(病例组)以及同期检出对碳青霉烯类药物敏感的肺炎克雷伯菌(CSKP)感染患儿(对照组)为研究对象,每组60例.比较两组的...     

耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌的耐药机制和同源性研究

目的研究肺炎克雷伯菌对耐碳青霉烯类抗生素的耐药机制和同源性。方法对卫生部中日友好医院从2006年1月至2011年2月临床标本中分离的肺炎克雷伯菌,用V1TEK-Ⅱ全自动微生物分析仪和常规方法进行菌种鉴定和药敏试验,筛选对碳青霉烯类抗生素耐药的肺炎克雷伯菌;用三维试验和改良Hodge试验检测碳青霉烯酶;用PCR扩增碳青霉烯酶基因,并对扩增产物测序,确定其基因型;接合试验研究其传播机制;通过基因外重复回文(REP)-PCR分析其同源性。结果共检测得4株耐碳青霉烯类抗生素肺炎克雷伯菌,其中2株菌对所测试的所有抗菌药物均耐药。1株菌产IMP-4型金属酶;未检测出其他碳青霉烯酶基因。转移接合试验呈阴性;REP-PCR显示4株菌属于3个不同的克隆型。结论该院出现碳青霉烯类抗生素耐药的肺炎克雷伯菌,属于不同克隆型,耐药机制复杂,产IMP-4型金属酶是其对碳青霉烯类抗生素耐药的原因之一。     

新生儿耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性及耐药基因研究

目的研究临床分离自新生儿的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌的耐药性及碳青霉烯酶耐药基因类型。方法收集2013年12月至2015年12月南宁市2家妇幼保健院住院新生儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌8株。使用生物梅里埃公司的VITEK-2Compact全自动细菌鉴定仪对细菌进行鉴定以及菌株最低抑菌浓度(MIC)检测。改良Hodge试验筛选碳青霉烯酶阳性菌株,乙二胺四乙酸(EDTA)纸片增效试验筛选产金属酶菌株。PCR扩增碳青霉烯酶基因(KPC、GES、SME、NMC、IMI、IMP、NDM-1、VIM、SIM),并对PCR阳性产物测序鉴定,测序结果与GenBank数据库进行比对。结果药敏结果显示,8株耐药菌株对大部分临床常用抗菌药物高度耐药,对氟喹诺酮类抗菌药物和氨基糖苷类抗菌药物有较高的敏感性。表型确认试验显示,6株改良Hodge试验阳性,7株EDTA协同试验阳性。8株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌均携带IMP-4碳青霉烯酶基因,未检出KPC、GES、SME、NMC、IMI、NDM-1、VIM、SIM型碳青霉烯酶基因。结论本地区新生儿碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对多种抗菌药物的耐药率较高,新生儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌主要耐药机制是产B类碳青霉烯酶,IMP-4是其主要酶型。     

oqxAB基因在大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中的流行及传播

目的了解大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中oqxAB基因的流行情况和传播。方法收集72株大肠埃希菌和4u株肺炎克雷伯菌。用PCR扩增oqxAB基因,接合试验验证oqxAB是否存在于质粒上。琼脂稀释法测定环丙沙星对含oqxAB基因接合子MIC和防耐药突变浓度（MPC）。结果72株大肠埃希菌oqxA、oqxB和oqxAB基因阳性分别为15株（15／72）、4株（4／72）和7株（7／72）,49株肺炎克雷伯菌分别为4株（4／49）、1株（1／49）和34株（34／49）。大肠埃希菌环丙沙旱敏感和耐药株中oqxAB基因阳性分别为2株（2／16）和5株（5／56）,肺炎克雷伯菌分别为8株（s／14）和26株（26／35）。含与不含oqxAB基因大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌对喹诺酮类抗菌药物敏感率差异无统计学意义。大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌PCR扩增产物序列与GenBank中oqxAB基因登录号AB601773．1和FJ975561．1符合率均为99％。大肠埃希菌质粒接合试验中有4株接合成功,环丙沙星对接合子MIC为0．25～0．5mg／I。,较受体菌提高31～62倍。环丙沙星对接合子MPC为8～16mg／L,较受体菌353高32倍。肺炎克雷伯菌质粒接合没有成功。环丙沙星对肺炎克雷伯菌MIC≤（0.0625mg／L,无沦是否含oqxAB基因,MPC为0．25～0．5mg／L;但MIC为0．25～0．5mg／L时,无沦是否含oqxAid基因,MPC为2～16mg／L。结论oqxcAB基因存在于大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌中,该基因在大肠埃希菌通过质粒传播,oqxAB基因在环丙沙星耐药和敏感株中检出率差异无统计学意义,表明其介导细菌对环丙沙星是低水平耐药。含oqxAB基因的接合子在喹诺酮类压力选择下能产生高水平耐药。肺炎克雷伯菌在环丙沙星压力下产生高水平耐药与oqxAB基因无关,而与其MIC有关。