基于网络药理学和分子对接探讨活血温通方治疗冠心病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探究活血温通方治疗冠心病的作用机制。方法 通过TCMSP平台检索活血温通方药物靶点，通过GeneCards数据库检索冠心病疾病靶点，使用Cytoscape软件绘制“活血温通方-冠心病网络图”，通过STRING数据库绘制蛋白质互作网络图，利用DAVID数据库进行基因富集分析，利用Autodock vina软件进行分子对接。结果 检索得到活血温通方药物靶点158个，疾病靶点3095个。核心成分为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷甾醇、7-甲氧基-2甲基异黄酮、刺芒柄花素、黄芩素等，核心靶点为TP53、IL6、VEGFA、MYC、MAPK1、EGFR等。KEGG通路富集分析得到103个条目，涉及PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心蛋白具有较好的结合能。结论 活血温通方治疗冠心病是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果，其机制可能涉及抑制细胞凋亡、减轻炎症、促进血管新生等方面。     

基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法，对枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制进行研究。方法 收集枳实薤白桂枝汤中5味药的有效化合物，预测这些化合物对冠心病的作用靶点，对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络图构建、基因本体（gene ontology，GO）富集分析和KEGG通路注释分析，将这些化合物与靶点进行分子对接。结果 枳实薤白桂枝汤共收集到51个有效化合物，作用于31个冠心病相关靶点，PPI网络图显示ALB、ACE、REN、F2、NOS3、MAPK1、MMP9、MMP2、PPARG、SELE为10个联系最多的靶点，联系最密切的3组靶点为凝血组、斑块稳定组、其他保护组。GO富集分析显示出76个生物过程、26个分子功能、14个细胞成分，通路注释分析显示出19条通路，155组分子对接结果显示91组具有较好的结合活性。结论 枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点，可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素保护8个方面发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学及分子对接研究苦参治疗慢性乙型肝炎的作用机制＊

目的 本研究通过网络药理学及分子对接方法研究苦参治疗慢性乙型肝炎的物质基础与分子机制。方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选苦参有效化学成分及靶点基因。检索GeneCards数据库及OMIM数据库获取慢性乙型肝炎（CHB）相关靶点基因。采用Cytoscape3.7.2构建苦参治疗CHB的“相关活性成分-潜在作用靶点”网络并进行拓扑结构分析，利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析，构建PPI网络，通过R 3.6.2进行基因富集分析。依据AutoDock vina将关键活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得苦参治疗CHB的相关活性成分23个，潜在作用靶点97个。网络分析结果提示苦参可能通过作用于IL-6、ESR1、AR、RELA、PPARG和CASP3 6个核心靶点及相关通路以达到治疗CHB的目的。分子对接预测结果提示关键活性成分与核心靶点稳定结合。结论 本研究初步揭示了苦参治疗慢性乙型肝炎多成分、多靶点、多通路的作用机制，为苦参的临床开发提供基础。     

基于网络药理学与分子对接技术的石菖蒲治疗癫痫作用机制研究＊

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究石菖蒲抗癫痫的有效成分及作用机制。方法 运用中药系统药理数据库及分析平台检索石菖蒲有效成分及主要靶点，通过GeneCards数据库收集癫痫疾病的相关潜在作用靶点，运用Cytoscape.3.7.1和 String绘制石菖蒲-癫痫靶点互作关系图，运用Metascape数据库进行GO和KEGG信号通路富集分析。运用AutoDock Vina 1.1.2软件对石菖蒲主要有效成分与癫痫相关靶标进行分子对接验证；通过构建戊四唑诱导的癫痫模型初步评价石菖蒲提取物及潜在有效成分的抗癫痫作用。结果 由 TCMSP 筛选得到4个有效成分及76个主要靶点。癫痫疾病以“Score”大于1.5分进行筛选得到3685个靶标。GO富集分析得到BP条目10个，细胞CC条目9个，MF条目10个（P<0.01），主要涉及核受体活性、离子通道活性、激素结合、神经递质受体活性、蛋白激酶活性、钙调蛋白结合等。KEGG 富集得到14条通路，主要涉及c型凝集素受体信号通路、雌激素信号通路、Ca²⁺信号通路、逆行内源性大麻素信号通路等。分子对接结果显示，桉脂素、山奈酚和8-异戊烯基山奈酚与癫痫关键靶标GABRA2、PPARG等具有良好的结合活性。动物实验结果表明，石菖蒲水提取物及主要潜在有效成分桉脂素和山奈酚在PTZ致小鼠癫痫模型上显示出较好的抗癫痫活性。结论 本研究通过动物实验验证了石菖蒲提取物和潜在有效成分的抗癫痫活性，并且运用网络药理学和分子对接技术探讨了其抗癫痫作用机制，发现石菖蒲可通过多个成分如桉脂素、山奈酚、8-异戊烯基山奈酚，多靶点如GABA_A、PPARG等，多条通路如雌激素信号通路、钙信号通路对机体产生协调效应从而抑制癫痫的发作。该研究提示石菖蒲治疗癫痫具有多成分、多靶点、多通路特点，为石菖蒲的进一步研究提供数据支撑。     

基于网络药理学和分子对接探讨新香冲剂治疗流感的作用机制＊

目的 该研究通过网络药理学和分子对接技术探讨新香冲剂治疗流感的作用机制。方法 首先，基于SymMap、PubChem、FAF-Drugs4、TargetNet等网站工具，筛选新香冲剂中的活性成分，预测其靶点。通过GEO数据库获得人类流感疾病靶点。利用Cytosacpe3.6.0软件构建中药-成分、成分-靶点、药物-疾病蛋白相互作用(Protein-Protein Interaction,PPI)网络，对网络进行拓扑结构分析，筛选出关键化合物和关键靶点。提取核心子网络，利用DAVID6.8在线工具对核心子网络的靶点做基因本体(Gene Ontology,GO)分析和京东基因百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。利用分子对接方法分析关键化合物和关键靶点的相互作用关系。结果 成分-靶点网络分析得到9种重要的活性化合物，关键化合物为芹菜素(Apigenin)。药物、疾病网络的共同靶点基质金属蛋白酶9(Matrix Metalloproteinase-9,MMP9)是关键靶点。GO分析显示核心子网络与抗炎、调节免疫等多个生物学过程相关。KEGG富集分析得到甲型流感疾病通路。分子对接显示，芹菜素与MMP9可通过氢键结合形成稳定的构象。结论 新香冲剂通过抗病毒、抗炎、调节免疫等机制治疗流感，调控宿主细胞MMP9的表达是其发挥作用的途径之一，以上结论有待进一步开展实验验证。     

基于网络药理学和分子对接探讨钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的作用机制＊

目的通过网络药理学和分子对接探究钩藤-全蝎药对治疗支气管哮喘的药理作用机制。方法通过TCMSP、TCMIP数据库搜集钩藤、全蝎的活性成分及其作用靶点,并使用Cytoscape软件进行可视化分析成分-靶点网。通过OMIM、GeneCards数据库搜集支气管哮喘的疾病靶点,整合钩藤-全蝎药对与支气管哮喘的共有靶点。利用String平台构建对共有靶点互作PPI网络,并进行GO和KEGG富集分析,通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路网络模型。最后通过Autodock分子对接进行验证。结果经过筛选发现钩藤-全蝎药对37个活性化合物和234个药物靶点,与哮喘6010个靶点取交集得到35个共有靶点。钩藤-全蝎包含槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等重要活性成分;根据PPI网络分析,核心网络连接度高的潜在治疗靶点有IL6、CASP3、ECFR、ESR1、MAPK8等;根据KEGG富集分析结果显示,钩藤-全蝎药对主要通过PI3 K-Akt信号通路、TNF信号通路,HIF-1信号通路、M APK信号通路、NF-κB信号通路等来治疗哮喘;钩藤-全蝎药对活性成分与核心靶点的分子对接结果均显示出较好的结合活性。结论钩藤-全蝎药对治疗哮喘呈现出多成分、多靶点、多通路的特点,其核心成分槲皮素、山奈酚、育亨宾碱、β-谷甾醇等可能通过CASP3、MAPK8、ESR1、IL6、ECFR等靶点调节多条通路发挥抗炎、调节免疫、抗氧化应激、改善气道重塑等作用,从而对哮喘达到有效的治疗。     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于网络药理学探讨青钱柳调节血糖的作用机制＊

目的 通过网络药理学及分子对接的方法探讨青钱柳调节血糖的潜在作用机制。方法 通过文献对青钱柳进行化学成分搜集，利用Swiss ADME平台进行活性成分筛选，借助Swiss Target Prediction数据库进行作用靶点进预测，运用Cytoscape 3.8构建药物成分-靶点网络；检索Genecards，OMIM以及Disgenet数据库获取血糖靶点；通过韦恩图，得到青钱柳调节血糖靶点；使用String平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络；使用metascape数据平台进行基因分类（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。构建青钱柳调节血糖活性成分-共同靶点-信号通路网络。同时进行分子对接验证。建立实验性Ⅱ型糖尿病大鼠模型，检测大鼠空腹血糖（FBG）、空腹胰岛素（FIns）、糖化血红蛋白（HbA1c）水平，及大鼠胰脏组织ESR2、PTPN1的表达。结果 通过文献搜集筛选获得青钱柳39个活性成分，导入Swiss Target Prediction平台获得509个相关靶点。检索数据库获得血糖相关靶点1618个。二者取交集即为青钱柳调节血糖作用靶点134个，经PPI结果筛选得治疗靶点24个。GO富集分析共得主要条目中生物过程20条，细胞组成7条，分子功能10条。KEGG 通路分析共得到核心信号通路8条。将8条通路涉及靶点与药物成分-靶点网络merge取交集后可得核心靶点18个，靶点连接的核心治疗成分29个。分子对接结果表明山奈酚、咖啡酸、槲皮素等核心成分与血糖调节相关蛋白及作用靶点具有较强的结合活性，可能具备相应的调节效果。青钱柳多糖能明显降低实验性Ⅱ型糖尿病大鼠模型FBG、FIns、HbA1c水平，提高大鼠胰脏组织ESR2、PTPN1的表达。结论 青钱柳可能是通过调节雌激素受体2型（ESR2）、酪氨酸蛋白磷激酶1型（PTPN1）、基质金属蛋白酶2型（MMP2）、金属蛋白酶2型（MMP9）、糖酶合酶激酶3B（GSK3B）、胰岛素样生长因子1受体（IGF1R）等靶点，在体内参与神经信号传导，发挥相关蛋白质合成，细胞间信号传递等功能来调节血糖。     

基于分子对接和网络药理学研究人参治疗冠心病的作用机制

目的 基于分子对接和网络药理学探讨人参治疗冠心病的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP),以化合物口服药物生物利用度(oralbioavail-ability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)为标准,筛选出人参的化合物以及治疗冠心病的作用靶点.通过String平台构建人参的靶点蛋白相...     

基于网络药理学及分子对接的败酱草治疗炎性肠病机制研究＊

目的 基于网络药理学与分子对接的方法研究败酱草（Patrinia scabiosaefolia Fisch）治疗炎性肠病（Inflammatory bowel disease，IBD）作用机制。方法 败酱草活性成分来源于TCMSP数据，同时结合PharmMapper数据库获得成分靶点。基于CooLGeN、NCBI、Genecards数据库来获取炎性肠病相关靶点，使用jvenn在线分析工具获得交集靶点。采用Cytoscape3.6.1分析软件与结合STRING数据库对交集靶点进行PPI蛋白互作网络分析，使用ClueGO插件进行GO、KEGG富集分析，同时将度值前5靶点进行分子对接。结果 败酱草治疗炎性肠病潜在活性成分16个，交集靶点有82个，主要涉及了细胞迁移、脂多糖反应、炎症反应等44种生物学功能，NF-κB、IL-17、TNF等33条信号通路与炎性肠病的相关。分子对接显示，败酱草的活性成分与靶点均有较好的结合，蒙花苷、灰绿曲霉酰胺、西托糖苷、黄草乌碱丙、异荭草素与阳性对照药柳氮磺砒啶的打分值大小比较接近。结论 本研究初步发现败酱草中治疗炎性肠病的潜在活性成分，为其深入研究或药物开发提供理论参考依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨蒙药三味檀香汤治疗缺血性心脏病的作用机制＊

目的 基于网络药理学与分子对接技术研究蒙药三味檀香汤治疗缺血性心脏病的作用机制，并分析关键活性成分在缺血性心脏关键靶点中的分子调控机制。方法 通过TCMSP数据库获取三味檀香汤的活性成分及其作用靶点，与Gene Cards等数据库获取的疾病靶点取交集，筛选出三味檀香汤对缺血性心脏病的治疗作用靶点，利用Cytoscape软件对“三味檀香汤-缺血性心脏病”的“活性成分-作用靶点”网络进行可视化处理；再利用String数据库构建蛋白互作网络，并筛选出关键靶点，然后在关键活性成分和关键靶点间进行分子对接验证；同时通过DAVID数据库对关键靶点进行GO和KEGG通路富集分析。最后探讨“关键活性成分-关键靶点-信号通路”间的关系。结果 ①得到活性成分20个，治疗靶点175个；②槲皮素、木犀草素、柚皮素、山柰酚、异鼠李素为三味檀香汤的关键活性成分；③MAPK3、MAPK1、JUN、RELA、AKT1为蛋白互作网络中的关键靶点；④关键活性成分和关键靶点间具有良好的结合活性；⑤DAVID富集分析主要涵盖细胞对活性氧的反应、细胞对氧化应激的反应、老化等生物学过程，涉及B细胞受体、AGE-RAGE及Toll样受体等信号通路。⑥三味檀香汤通过多个靶点、多种信号通路治疗缺血性心脏病。结论 本文研究采用网络药理学分析了三味檀香汤治疗缺血性心脏病的潜在作用机制，可为进一步研究其药效物质基础及作用靶点提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探究黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎作用机制＊

目的 采用网络药理学方法，并结合分子对接技术探讨黄连、厚朴配伍治疗溃疡性结肠炎的潜在作用机制。方法 采用TCMSP、OMIM及DisGeNET数据库，筛选黄连、厚朴的主要活性成分、作用靶点及溃疡性结肠炎的作用靶点，并采用Cytoscape 3.7.1软件，构建“药物-活性化学物质-疾病-作用靶点”网络图，借助String数据库平台构建靶点蛋白互作网络。通过DAVID数据库对关键靶点进行GO功能富集以及KEGG信号通路富集分析，并通过Discovery Studio软件对药物活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证，进一步采用TNBS诱导UC大鼠模型观察血清以及结肠组织中细胞因子的表达，对网络药理学预测结果进行实验验证。结果 黄连共筛选潜在活性成分的作用靶点179个，厚朴共筛选潜在活性成分的作用靶点53个，疾病作用靶点有851个，获得共同基因71个，黄连配伍厚朴及疾病共同的作用靶点8个，分别为NOS2、SLC6A4、CHEK1、PPARG、PTGS1、PTGS2、ESR1、HSP90AA1。GO和KEGG富集分析综合结果显示黄连、厚朴配伍调控溃疡性结肠炎可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）、缺氧诱导因子1（HIF-1）等信号通路有关。分子对接结果表明，小檗碱、厚朴酚和和厚朴酚与溃疡性结肠炎的NOS2、PTGS2、HSP90AA1等靶点对接吻合度较好。实验验证结果显示，与模型组相比，黄连厚朴配伍组血清TNF-α含量显著下降（P < 0.01）、TGF-β含量显著升高（P < 0.01），同时，其结肠组织中COX2蛋白表达阳性细胞数量明显下降。结论 本研究初步揭示了黄连配伍厚朴多成分、多靶点、多途径治疗溃疡性结肠炎的潜在机制，为进一步机制研究指明了方面，为溃疡性结肠炎临床干预提供了新的可能。     

基于网络药理学及分子对接技术研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 研究人参-陈皮配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法 从TCMSP数据库中获取人参、陈皮的活性成分和潜在靶点，疾病靶点利用DrugBank、TTD、GeneCards数据库获取。“药物-化合物-靶点”互作网络可视化由Cytoscape3.6.1软件完成。通过绘制韦恩图得到人参、陈皮和COPD的共有靶点，运用Cytoscape平台获取共有靶点相互作用关系。通过DAVID数据库对共有靶点进行GO、KEGG富集分析。活性成分和关键靶点的分子对接由autodock vina实现，并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果 从人参和陈皮中共筛选得到27个活性成分，800个疾病靶点，药物和疾病共有靶点70个。GO功能富集分析得到GO条目213个（P<0.01），KEGG通路富集筛选得到99条信号通路（P<0.01）。分子对接结果显示，甾醇类成分和黄酮类成分与关键靶点有较高的结合性。体外抗炎活性验证结果表明，川陈皮素、山奈酚、柚皮素、人参皂苷rh2能够减少炎症因子的分泌。结论 人参-陈皮配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果。     

基于网络药理学和分子对接技术探究槐花散治疗溃疡性结肠炎的作用机制＊

目的 该研究采用网络药理学和分子对接的研究方法结合体内实验探讨槐花散治疗溃疡性结肠炎（ulcerative colitis， UC）的主要化合物和靶点，并分析其作用机制。方法 利用多个数据库筛选药物活性成分、药物靶点和UC疾病基因，并进行拓扑分析，构建“化合物-药物靶点-疾病基因”关系网络。利用DAVID在线分析工具对候选靶点进行基因本体（Gene ontology， GO）功能和生物通路（KEGG）富集分析。通过SYBYL X2.0软件进行分子对接，获取总评分、共识评分和结合位点。利用硫酸葡聚糖钠盐（dextran sodium sulfate，DSS）建立UC小鼠模型，槐花散干预后，评估疾病活动指数和结肠病理，RT-qPCR检测白介素6（IL-6）、白介素17（IL-17）mRNA表达水平，Western Blot检测IL-6、IL-17蛋白表达水平。结果 槐花散中有20个化合物对应375个靶点对121个UC疾病基因产生影响。对72个关键靶点作GO功能分析筛选得303个GO条目，其中生物过程相关的条目223条，细胞组成相关的条目25条，分子功能相关的条目55条。KEGG富集分析筛选得到88条通路。分子对接结果显示关键靶点与对应的化合物有较好的结合活性。体内实验显示，槐花散可以改善UC小鼠DAI评分，下调IL-6、IL-17的表达，减轻结肠组织病理损伤。结论 槐花散治疗UC具有多成分、多靶点、多通路的特点，为槐花散治疗UC的进一步研究提供了理论依据。