HBV转染肝癌细胞系基因表达谱改变的研究

目的 利用寡核苷酸芯片筛选HBV感染应答基因,探讨HBV感染分子致病机制.方法 选用Agilent Human 1A Oligo基因芯片进行乙型肝炎基因表达改变的研究,用Cy3标记实验细胞(HepG2.2.15细胞),Cy5标记对照组细胞(HepG2细胞),比较HepG2.2.15细胞与HepG2细胞之间的基因表达谱差异;用适时定量PCR(RQ-PCR)对部分差异基因进行验证.结果 通过杂交、扫描、统计学分析,根据P Value LogRatio值及gProcessed signal/rProcessed signal值从近20 000个基因中共筛选出差异表达基因744个,其中423个基因表达上调,321个基因表达下调.用RQ-PCR技术对其中4个相关基因胰岛素样生长因子2(IGF2)、甲胎蛋白(AFP)、干扰素同源序列结合蛋白(ICSBP)、核糖核苷酸还原酶缩多氨酸M1(RRM1)的表达差异进行了验证,与表达谱的结果基本保持一致.结论 通过验证,表达谱芯片的杂交结果真实可靠,为下一步继续进行差异表达基因的研究、了解HBV的致病机制打下了基础.     

复方中药益气苓对SHR免疫相关基因表达的调节作用

目的 研究益气苓对自发性高血压大鼠(SHR)免疫相关基因表达的影响.方法 10只SHR随机分为实验组和对照组(n=5),实验组以复方中药加普通饲料(1:9)喂饲6月,对照组仅以等量普通饲料喂饲6月.6月后取SHR心肌组织提取总RNA,利用基因芯片杂交技术对两组SHR心肌组织的免疫相关基因表达谱进行分析,筛选表达差异基因;Real-time PCR法对差异表达基因进行验证.结果 实验组筛选出32个上调免疫相关基因,包括白细胞介素6受体、白细胞介素6信号转导因子、趋化因子、抗原呈递分子、抗体受体、热休克蛋白(Hap)等;下调基因未见免疫相关.Real-time PCR法对其中2个上调基因(Hap 105和Hsp 90)的检测结果与芯片杂交法的分析结果相符.结论 益气苓对SHR心肌组织部分免疫相关基因具有上调作用.提示该复方中药可能参与SHR免疫相关基因的调控.     

复方中药益气苓对SHR免疫相关基因表达的调节作用

目的 研究益气苓对自发性高血压大鼠(SHR)免疫相关基因表达的影响.方法 10只SHR随机分为实验组和对照组(n=5),实验组以复方中药加普通饲料(1:9)喂饲6月,对照组仅以等量普通饲料喂饲6月.6月后取SHR心肌组织提取总RNA,利用基因芯片杂交技术对两组SHR心肌组织的免疫相关基因表达谱进行分析,筛选表达差异基因;Real-time PCR法对差异表达基因进行验证.结果 实验组筛选出32个上调免疫相关基因,包括白细胞介素6受体、白细胞介素6信号转导因子、趋化因子、抗原呈递分子、抗体受体、热休克蛋白(Hap)等;下调基因未见免疫相关.Real-time PCR法对其中2个上调基因(Hap 105和Hsp 90)的检测结果与芯片杂交法的分析结果相符.结论 益气苓对SHR心肌组织部分免疫相关基因具有上调作用.提示该复方中药可能参与SHR免疫相关基因的调控.     

子痫前期患者胎盘组织中环状RNA差异表达的生物信息学分析

目的 分析子痫前期患者胎盘组织中环状RNA(circRNA)的表达,为子痫前期分子机制的进一步研究提供生物信息学依据.方法 从GEO数据库下载子痫前期患者和正常对照孕妇胎盘组织的circRNA芯片数据集,通过生物信息学分析,筛选差异表达基因(DEGs),联合分析差异基因,并预测潜在结合的微RNA(miRNA).结果 联...     

基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

EBVaGC肿瘤差异表达的基因表达谱芯片筛选

目的应用全基因组表达谱芯片技术,分析EB病毒(EBV)阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异,筛选EBV相关胃癌(EBVaGC)相关基因。方法采用TRIzol一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系(GT38、PT、SNU-719)和3种EBV阴性胃癌细胞系(SGC7901、HGC-27、MKN-45)总RNA并纯化,逆转录合成cDNA,利用荧光染料(Cy3)标记aaUTP,转录合成标记的cRNA,与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交,扫描荧光信号图像,对芯片原始数据扣除本底和归一化处理,利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因,采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析,明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数>2.0或<0.5,且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因,应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示,EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异,其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证,结果有3条基因表达上调,3条基因表达下调,表达趋势与芯片结果一致。结论 EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异,提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达,分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制,为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。     

应用表达谱芯片研究胶质母细胞瘤相关基因的表达及功能

目的:应用基因表达谱芯片筛选研究人脑胶质母细胞瘤发生,发展中相关基因的表达及生物信息分析功能.方法:采用含13 939条基因(设置173个对照点)的BioStarH140S型表达谱芯片;用改良的"一步法"抽提2例正常脑及6例胶质母细胞瘤组织总RNA,制备杂交探针;杂交芯片后用ScanArray4000扫描芯片荧光信号,提取正常脑及胶质母细胞瘤组织差异基因;对差异基因进行生物信息分析,初步分类及Northern杂交研究.结果:按照差异显著标准,在胶质母细胞瘤中共有198条(1.42%)基因表达差异显著,其中77条(0.55%)表达上调,121条(0.87%)表达下调,55条新基因尚未在GenBank登录;生物信息分析发现肿瘤相关基因与细胞信号和传递蛋白、代谢、蛋白翻译合成、细胞骨架和运动、免疫、原癌基因和抑癌基因、细胞周期、细胞凋亡等9类基因密切相关;Northern杂交结果与表达谱芯片一致.结论:基因表达谱芯片可低成本、高通量、高效率筛选胶质瘤相关基因,并为基因群功能研究提供了方向;本研究结果有助于揭示胶质母细胞瘤分子机制,为指导肿瘤的临床诊断、治疗和预后判断提供依据.     

Hedgehog及Wnt信号通路交互作用与宫颈癌发生的关系

目的探讨宫颈癌发生的可能机制。方法对2例宫颈癌、2例癌旁组织及1例正常宫颈组织进行人全基因组芯片检测,使用RT-PCR方法验证芯片结果,并分析其中主要的信号传导通路及关键基因、转录因子。结果通过对芯片差异基因筛选及信号通路分析,发现FORKHEAD转录因子家族为差异基因重要调控因子。癌旁组织与正常组织比较中Hedgehog信号通路激活（=0.018,包含7个差异基因）;癌组织和正常组织比较Wnt信号通路出现激活（=0.032,包含7个差异基因）。宫颈癌患者Hedgehog通路中Gli-1表达下调;Wnt信号通路抑制基因SFRP-1基因表达静默,Fra-1基因表达上调。结论Wnt和Hedgehog信号通路差异性激活及两者的信号交互在宫颈癌发生过程中起着重要作用。     

基于RNA高通量测序研究右美托咪定对人神经母细胞瘤细胞基因表达的影响

目的 分析右美托咪定对人神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞表达谱差异的影响,探讨右美托咪定在脑保护中的潜在机制。方法 培养SH-SY5Y细胞,分为实验组(T组,生物学重复n=3)和对照组(C组,生物学重复n=3)。实验组用右美托咪定刺激48 h,对照组相同条件下用DMSO处理。使用Trizol提取RNA,在Illumina Novaseq平台进行RNA测序。采用Limma分析实验组与对照组的差异基因,并对差异基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 T组与C组相比,共有211个差异表达基因(上调105个,下调106个)。其中FGF1、GNG13、P2RY4在实验组和对照组中表达差异明显,差异倍数分别为2.23、2.00和6.56。GO富集分析示差异基因主要富集于磷脂酶C活化的G蛋白偶联受体信号通路、蛋白激酶B信号的调控、BMP信号通路。KEGG通路富集分析示差异基因主要富集于白细胞跨内皮迁移。结论 FGF1、GNG13、P2RY4等基因可能参与右美托咪定对脑的保护作用。右美托咪定可能主要通过炎症机制参与对中枢神经系统的保护。     

转染人附睾蛋白4基因对人卵巢癌细胞基因表达的影响

目的探讨转染人附睾蛋白4 (HE4)基因对卵巢癌细胞ES-2基因表达的影响。方法构建HE4高表达及空质粒对照组细胞系,通过基因芯片探寻存在差异表达的基因,并对其进行基因本体(GO)注释和富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并对芯片结果进行验证。结果有639个基因发生了差异表达,其中上调基因283个,下调基因356,实时PCR及免疫组化方法对差异表达基因FOXA2和SERPIND1进行了RNA和蛋白水平的验证,结果与芯片结果相一致。GO富集分析发现差异基因在生物过程中,参与了生物高聚物代谢、程序性细胞死亡及凋亡等,KEGG通路分析发现这些基因与MAPK、性激素生物合成、癌症、细胞周期和p53信号等有关。结论与HE4相关的基因表达谱序列的变化可以为HE4在卵巢癌中功能及作用通路等分子机制的研究提供理论基础。     

子痫前期及正常妊娠孕妇胎盘组织中PTEN的表达

目的研究PTEN在子痫前期胎盘组织及正常妊娠胎盘组织中的表达,探讨其与子痫前期发病的关系。方法运用免疫组织化学检测PTEN在胎盘组织中的定位,通过免疫印迹法检测PTEN蛋白表达的水平。结果PTEN蛋白的阳性主要表达于血管内皮细胞包浆中,呈棕黄色,PTEN蛋白在正常孕妇血管内皮细胞中表达高于子痫前期孕妇血管内皮细胞中表达;重度子痫前期患者PTEN蛋白数值显著低于轻度子痫前期患者,子痫前期组患者PTEN蛋白量显著低于正常对照组,F=2．71,差异有统计学意义（P〈0．05）。结论PTEN蛋白表达在子痫前期胎盘组织中低于正常妊娠胎盘组织,提示PTEN在重度子痫前期的发病机制中可能发挥了作用。     

被动吸烟诱导的胎儿生长受限大鼠胎盘血管结构异常及其机制

目的研究被动吸烟诱导的胎儿生长受限(fetal growth retardation,FGR)大鼠胎盘血管结构的异常及其分子机制。方法采用被动吸烟法建立大鼠FGR模型,将12只孕鼠随机分为正常组(n=6)和FGR组(n=6),每只孕鼠取3个胎盘检测(即每组n=18)。运用凝集素标记血管内皮细胞以观察胎盘血管形态,体视学方法分析胎盘血管密度,实时荧光PCR检测胎盘血管因子VEGF-A、VEGFR1、VEGFR2、Tie2、Angpt1、Angpt2mRNA的表达,免疫组化及Westernblot检测VEGF-A、VEGFR2、Tie2、Angpt2蛋白的表达。结果 FGR组胎盘胎儿血管总体积为(45±21)mm3,显著小于正常组(70±19)mm3(P<0.05)。FGR组胎盘血液交换屏障厚度为(5.839±0.205)μm显著高于正常组(1.967±0.543)μm(P<0.05)。FGR组胎盘血管体积密度为(0.100±0.450)(0.032～0.158),正常组胎盘血管体积密度为(0.113±0.018)(0.086～0.135),两组间差异无统计学意义。与正常组相比,FGR组的VEGF-A mRNA表达显著下降(P<0.05),其它因子的mRNA表达较正常组微升高,但差异无统计学意义。FGR组的VEGF-A、VEGFR2、Tie2、An-gpt2蛋白表达有增加趋势,但差异无统计学意义。结论被动吸烟可使胎盘血管总体积显著减少、胎盘血液交换屏障厚度显著增加,导致胎盘营养交换功能不足,从而引发胎儿生长受限。但部分被动吸烟所诱导的FGR胎盘血管密度发生代偿性增加,以致FGR胎盘血管密度及血管因子mRNA、蛋白表达的改变不显著。     

人类巨细胞病毒感染对血管平滑肌细胞脂代谢相关基因表达的影响

目的研究人类巨细胞病毒感染对体外培养血管平滑肌细胞脂代谢相关基因表达的影响,探讨该病毒致动脉粥样硬化(As)的机制。方法以1 MOI人类巨细胞病毒感染体外培养的血管平滑肌细胞,利用基因表达谱芯片技术检测细胞脂代谢相关基因的表达变化。结果人类巨细胞病毒感染血管平滑肌细胞后,细胞内与脂代谢有关的基因表达出现明显的异常,其中表达上调的基因主要有低密度脂蛋白受体相关蛋白10、11、12、极低密度脂蛋白受体、B型清道夫受体、HMG-CoA合成酶、HMG-CoA还原酶、酰基辅酶A∶胆固醇酰基转移酶及脂肪酶合成酶等基因;表达下调的主要有载脂蛋白A1、载脂蛋白M和载脂蛋白H等基因。结论人类巨细胞病毒感染可能通过改变血管平滑肌细胞脂代谢相关基因的表达而参与As的发病过程。     

体外受精-胚胎移植对早期胎盘黏着斑激酶信号通路的影响

目的:研究辅助生殖中体外受精-胚胎移植(in vitro fertilization and embryo transfer,IVF-ET)技术对早期胎盘滋养层细胞黏着斑激酶(focal adhension kinase,FAK)信号通路基因表达的影响,探讨IVF-ET技术对早期胎盘发育和功能的影响。方法:收集IVF-ET来源的于7~8周经超声引导下减胎获得的胎盘绒毛组织作为研究组,对照组采用自然妊娠双胎7~8周人工流产术中获得的胎盘绒毛组织。利用美国Affymetrix HG-U133 Plus 2.0基因芯片对两组胎盘绒毛组织进行芯片杂交分析,实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证其中8个差异表达基因,选取差异表达基因进行无监督聚类分析和生物信息学分析。结果:获得4例IVF-ET减胎绒毛组织和4例自然妊娠人工流产绒毛组织进行基因芯片检测。与自然妊娠组相比,IVF-ET组FAK信号通路中有32个基因差异表达,差异表达倍数≥2,其中12个基因上调,20个基因下调。经qRT-PCR验证,IVF-ET与自然妊娠早期胎盘绒毛中的8个FAK信号通路基因表达确实存在差异,与基因芯片检测结果一致。FAK信号通路基因定位显示,IVF-ET来源胎盘绒毛组织FAK信号通路上游基因表达受到影响,胎盘滋养层细胞通过基因表达代偿维持FAK信号通路功能基本正常。结论:IVF-ET来源和自然妊娠来源的早期胎盘FAK信号通路存在基因表达差异,差异表达基因涉及多种FAK信号通路关键功能,影响IVF-ET胎盘绒毛早期发育和功能,同时胎盘滋养层细胞通过改变相关基因表达来代偿IVF-ET技术本身的干扰,以维持FAK信号通路正常功能,满足胎盘绒毛和胎儿发育需要。     

靶向上调ID4基因表达药物的生物信息学预测和初步验证

目的 筛选具有靶向上调ID4基因表达的药物.方法 钓取ID4基因5'侧翼区3000 bp非编码DNA序列和mRNA序列中的开放阅读框(ORF);利用启动子分析软件在人类转录因子数据库中搜索可能存在的顺式结构;利用基因表达数据库分析影响ID4基因表达的相关药物,并做药物调控人类基因表达谱的相似性分析.将筛选出的活性药物与急性淋巴细胞白血病细胞系MOLT4共培养,RT-PCR方法检测ID4基因在药物作用前后的表达情况.结果 ID4基因具有Ⅱ型启动子,在5'非翻译区的-45 bp处有一个典型的TATA盒.在长度为1300 bp的ID4启动子区,存在多个顺式结构,其中转录因子Spl、c-Myb、环磷腺苷、糖皮质激素受体和雌激素受体可能具有正向调控作用;Wilms瘤基因(WT1)和早期生长反应基因2(EGR2)可能具有负向调控作用.环磷腺苷与ID4基因对人类基因表达谱的调控具有相似性.浓度为0.1 mmol/L的二丁酰环磷腺苷具有诱导MOLT4细胞表达ID4基因的作用.结论 启动子调控序列预测、基因表达谱相似性分析和文献检索相结合的生物信息学分析法有助于寻找调控目的 基因表达的药物.二丁酰环磷腺苷具有诱导IIM基因在白血病细胞中表达的作用.     

重度子痫前期患者胎盘绒毛外滋养细胞VCAM-1、E-selectin的表达及意义

目的探讨子宫胎盘界面绒毛外滋养细胞（EVCT）上血管细胞粘附分子（VCAM-1）及E-选择素（E—selectin）的表达特点以及与妊娠期高血压疾病的关系。方法采用免疫组织化学法观察20例重度子瘸前期胎盘（妊高征组）以及孕周相配的20例正常妊娠胎盘（对照组）子宫胎盘界面蜕膜中绒毛外滋养细胞VCAM-1、E-selectin的表达;光镜下计算EVCT阳性染色强度,并用医学图象分析软件测定EVCT阳性染色的平均光密度值（MOD）。结果与正常对照比较,子瘸前期患者子宫胎盘界面EVCT上VCAM-1、E-selectin的染色强度及MOD值均降低。差异有统计学意义（P〈0．05、P〈0．01）。结论子痫前期子宫胎盘界面EVCT上血管内皮细胞特性的粘附分子VCAM-1、E-selectin的表达减少。可能引起滋养细胞对子宫壁和血管的浸润性降低,导致子宫胎盘血管形成障碍。     

妊高征患者胎盘组织细胞间粘附分子-1的表达

探讨细胞间粘附分子－１（ＩＣＡＭ－１）与妊高征发病的关系。方法：采用免疫组化ＳＰ法测定５０ 例妊高征患者和３０例正常孕妇胎盘组织内ＩＣＡＭ－１的表达。结果：与正常孕妇相比,①妊高征组胎盘血管内皮 ＩＣＡＭ－１的表达率及表达强度明显增高（Ｐ＜０．０１）,且随着病情加重,血管内皮ＩＣＡＭ－１的表达增强（Ｐ＜０．０５）。 ②妊高征组胎盘绒毛合体滋养细胞ＩＣＡＭ－１的表达率及表达强度明显降低（Ｐ＜０．００５）,且随着病情加重,绒毛 合体滋养细胞ＩＣＡＭ－１的表达减少（Ｐ＜０．０５）。结论：胎盘血管内皮及绒毛上皮ＩＣＡＭ－１的表达异常参与了妊 高征血管内皮损伤的病理生理过程,可能是妊高征发生发展过程中的一个重要环节。     

米非司酮对孕7～9周人胎盘绒毛滋养细胞VEGF的影响

目的通过对比观察米非司酮对孕7～9周人胎盘绒毛滋养细胞血管内皮生长因子(VEGF)表达的影响,探讨米非司酮应用于人孕7～9周药物流产时的终孕机理,为临床上合理扩大米非司酮药流应用范围提供理论基础和实验参考依据。方法采用免疫组化法检测VEGF在米非司酮药流组与人流对照组(孕7～9周各12例)胎盘绒毛中表达的差异,了解米非司酮对孕7～9周人胎盘绒毛VEGF表达的影响。结果 VEGF主要表达于绒毛的滋养细胞和血管内皮细胞胞浆中,米非司酮药流组阳性表达较人流对照组弱(P0.01)。结论米非司酮作为孕激素受体拮抗剂,应用于人孕7～9周药物流产时,可通过降低VEGF在人早孕期绒毛滋养细胞中的表达,抑制胎盘血管的发育,进而不利于妊娠的维持。     

基质金属蛋白酶及其组织抑制物在子痫前期患者胎盘中的基因表达

目的研究子痫前期患者胎盘组织中基质金属蛋白酶(MMP-9、MMP-2)及其组织抑制物(TIMP-1、TIMP-2)基因mRNA表达,探讨其与子痫前期发病、进展的关系.方法采用半定量RT-PCR方法对30例正常晚期妊娠和50例子痫前期患者(包括24例轻度和26例重度)胎盘组织中MMP-2、MMP-9、TIMP-1和TIMP-2的mRNA水平进行检测.结果子痫前期组胎盘组织的MMP-9基因表达水平显著下降(P＜0.01),重度子痫前期组MMP-9基因表达水平尤低(0.07±0.05).尽管随病情的加重MMP-2mRNA水平呈现逐渐下降趋势,但没有统计学差异(P＞0.05).子痫前期组胎盘组织中的TIMP-1mRNA水平明显高于正常晚期妊娠者(P＜0.01),重度子痫前期组更高(1.49±0.21).子痫前期组胎盘组织TIMP-2mRNA表达显著降低(1.14±0.36),P＜0.01),并有随病情加重逐渐下降的趋势.结论随子痫前期患者病情的加重,胎盘组织的促浸润基因(MMP-2和MMP-9)表达水平降低,抑侵润基因(TIMP-1)的表达水平升高.子痫前期患者浸润相关基因的表达水平与子痫前期病情密切相关.     

社区糖尿病及糖调节受损人群周围血管病变的患病率调查

目的了解上海社区糖尿病及糖调节受损(IGR)人群周围血管病变(PVD)的患病率及其主要危险因素。方法对2000—2001年间上海市曹杨社区代谢综合征流行病学调查获得的糖尿病及IGR患者(717例)进行5年后的随访,将其中完成随访并具有完整数据者427例纳入本次分析,其中男性210例,女性217例,年龄21~104岁(67·3岁±14·0岁)。PVD采用NicoletVersalabSE双向多普勒血流探测仪检测踝/肱动脉压比值(A/BI)进行诊断,同时采用爱丁堡跛行问卷调查间歇性跛行。对与PVD有关的各影响因素进行Logistic回归分析。结果曹杨社区高血糖人群PVD患病率为12·2%,其中在糖尿病人群中为15·1%,在IGR人群中为7·7%。在ABI≤0·9患者中仅13·5%出现间歇性跛行症状。Logistic回归分析发现,年龄、性别、糖尿病病程及总胆固醇是糖尿病周围血管病变的独立危险因素。结论上海社区高血糖人群中PVD患病率较高,不仅发生于糖尿病阶段,而且在糖尿病前期即已出现。大多数PVD患者无临床症状,因此在糖尿病门诊常规进行多普勒ABI检测有助于PVD的早期诊断、早期干预。