肝内胆管癌患者根治性切除术后基于病理指标生存预测模型的构建与评估

目的构建肝内胆管癌(ICC)患者根治性切除术后生存的列线图模型并进行评估。方法回顾分析2014年1月至2017年12月复旦大学附属中山医院首次接受根治性切除手术的ICC患者资料。最终入组167例, 其中男性104例, 女性63例, 年龄(60.3±10.9)岁。收集患者肿瘤组织行免疫组化染色、判读结果。采用单因素及LASSO回归筛选, 多因素Cox回归分析ICC术后生存影响因素, 使用R软件构建ICC预后评估列线图模型并评估和验证。结果多因素Cox回归分析, 肿瘤TNM分期高、肿瘤低分化、切缘阳性、肿瘤黏蛋白5表达阳性、肿瘤P53表达异常的ICC患者根治性切除术后生存预后较差。以上述因素构建ICC预后列线图模型。列线图模型一致性指数为0.821, 对预后具有较高的区分度, 术后3年生存校准曲线图代表实际生存的45°对角线与代表列线图预测生存的分段线贴合较好。列线图预测生存的受试者工作特征曲线下面积高于美国癌症联合委员会(AJCC)TNM分期(0.894比0.803, z=4.10, P<0.001), 列线图模型预测ICC患者术后生存的效能高于AJCC TNM分期。结论肿瘤TNM...     

基于ATS的肝内胆管癌患者根治性切除术后预后预测列线图模型的构建与评估

目的构建基于白蛋白-胆红素评分和肿瘤负荷评分(ATS)分级的肝内胆管癌(ICC)患者根治性切除术后预后预测列线图模型, 并评估列线图模型的预测效果。方法回顾性分析2016年1月至2020年1月在郑州大学人民医院及郑州大学肿瘤医院接受根治性切除的ICC患者临床资料。共入组258例患者, 其中男性140例, 女性118例, 年龄(56.5±9.5)岁。将258例ICC患者按照7∶3随机分为训练集(n=174)和测试集(n=84)。利用训练集进行单因素及多因素Cox回归分析, 分析ICC患者预后影响因素, 然后构建列线图模型。通过一致性指数、校准曲线和风险决策曲线来评估列线图模型的性能。结果在训练集中, 单因素Cox回归分析白蛋白-胆红素评分、肿瘤负荷评分、癌胚抗原、肿瘤分化程度、脉管癌栓、ATS分级等与ICC患者术后生存相关(均P<0.05)。多因素Cox回归分析, ATS分级、癌胚抗原、肿瘤分化程度、脉管癌栓、美国癌症联合委员会肝癌分期N分期是ICC患者根治性切除术后生存的独立影响因素(均P<0.05)。基于多因素Cox回归结果构建预测预后的列线图模型。评估模型, 训练集的一...     

腹腔镜肝切除治疗肝内胆管癌的远期预后因素分析及生存列线图的建立

目的基于肝内胆管癌(ICC)患者腹腔镜肝切除术后的独立预后因素建立生存预测模型。方法回顾性收集2010年8月至2021年5月国内13家医疗中心连续收治的接受腹腔镜根治性肝切除治疗的351例ICC患者的临床和病理学资料, 男性190例, 女性161例, 年龄[M(IQR)]61(14)岁(范围:23～93岁)。将总队列随机分为训练集(264例)和验证集(87例)。通过门诊或电话对患者进行随访, 随访截止时间为2021年10月。基于训练集数据, 利用多因素Cox比例风险回归模型筛选ICC患者腹腔镜肝切除术后的独立预后因素, 构建列线图模型, 绘制受试者工作特征(ROC)曲线, 计算曲线下面积(AUC), 并通过内部和外部验证评估列线图模型的区分度、校准度和临床获益。结果训练集和验证集患者的临床和病理学特征及远期生存结果的差异均无统计学意义(P值均>0.05)。多因素分析结果提示, CA19-9、CA125、腹腔镜术中中转开腹和淋巴结转移状态是训练集ICC患者腹腔镜肝切除术后的独立预后因素(P值均<0.05)。基于上述筛选得到的独立预后因素建立生存列线图。ROC曲线提示, 训练集...     

基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌（ICC）高通量测序数据，寻找其预后相关基因，构建风险模型，并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息，利用edgeR软件包进行基因差异表达分析，通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因，对差异基因绘制生存曲线，筛选出具有临床意义的基因，经多因素Cox回归分析并构建风险模型，通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因（筛选标准为|log2 Fold Change|＞1，P＜0.05），其中高表达组4 094个，低表达组2 523个。通过功能富集发现，这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示，UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析，CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标，为后续临床试验提供数据支持。     

术后辅助化疗对肝内胆管癌预后影响的多中心回顾性研究

目的探讨术后辅助化疗对肝内胆管癌(ICC)患者根治性切除术后生存的影响及辅助化疗的可能获益人群。方法回顾性收集2011年12月至2017年12月中国13家医院654例术后病理学诊断为ICC的患者的临床和病理学资料。根据纳入及排除标准, 共纳入455例患者, 男性278例, 女性177例;年龄[M(IQR)]59(16)岁(范围:23～88岁)。其中接受术后辅助化疗69例(化疗组), 未接受术后辅助化疗386例(未化疗组)。采用倾向性评分匹配(PSM)法对化疗组和未化疗组的组间差异进行均衡, 采用Kaplan-Meier法绘制PSM前后的生存曲线, 并使用Log-rank检验比较组间总体生存(OS)与无复发生存(RFS)的差异。采用Cox单因素分析确定根治性切除术后ICC患者OS的预后因素。然后对P<0.10的预后因素进行多变量Cox比例风险模型分析, 以确定潜在的独立预后因素。根据纳入的研究变量及AJCC分期系统对人群进行分层, 并使用Kaplan-Meier法进行亚组分析, 探讨辅助化疗的可能获益人群。结果经1∶1 PSM后, 两组均得到69例患者, 组间基线资料的差异无统计学...     

血小板源性生长因子B在胃癌组织的表达及其临床意义

目的基于单细胞测序技术解析血小板源性生长因子B(PDGFB)在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法选用3对胃癌及配对的癌旁组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq)。CellTypist对过滤后的单细胞表达数据进行亚群分类, 使用Wilcoxon rank-sum对测序数据进行拟时序分析, 探究不同细胞簇中PDGFB的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)及免疫组织化学技术(IHC)分析PDGFB在胃癌组织中的表达。收集68例胃癌患者临床数据, 采用单因素和多因素Cox比例风险回归模型确定影响胃癌患者预后的独立因素。结果 scRNA-seq分析发现, PDGFB与4种促血管生成因子(FLT4、FLT1、TEK、KDR)在胃癌组织中均显著高表达(PDGFB与4种胃癌组织中的表达显著高于在癌旁组织中的表达, PDGFB在胃癌组织中的相对表达量为2.907, FLT4的相对表达量为2.293, FLT1的相对表达量为2.049, TEK的相对表达量为1.851, KDR的相对表达量为1.843, F=19.399, P<0.01);不同细胞亚群的标记基因分析显示, PDGFB在...     

基于TCGA数据库胆管癌自噬-临床预后模型的构建和评估

目的 探讨自噬相关基因（autophagy-related genes,ATGs）在临床预后方面的价值,并构建自噬基因的预后风险模型,评估胆管癌（cholangiocarcinoma,CCA）患者的生存及预后状况。方法 在癌症基因组图谱数据库（TCGA）中下载CCA的转录组数据和临床数据,从人类自噬数据库（HADb）中提取自噬相关基因,筛选出CCA样本中差异表达的自噬相关基因（DEATGs）;GO富集分析与KEGG通路分析进一步阐明DEATGs在CCA中的作用;通过Cox回归分析构建自噬预后风险评分模型,并运用生存分析、风险曲线、ROC曲线及独立预后分析验证预后模型的准确性。结果 CCA组织样本和非肿瘤组织样本一共筛选出49 个DEATGs（上调的基因48 个,下调的基因1 个）;通过单因素Cox回归分析及多因素Cox回归分析筛选出5个最有预后价值的基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）,并基于这5个基因构建自噬预后风险评分模型,模型公式为：风险值=NRG1表达量×1.1207+BNIP3表达量×1.4002+ATG101表达量×1.3457-PPP1R15A表达量×1.1613-RHEB表达量×1.3279。生存分析表明低风险组的生存率要显著高于高风险组,风险曲线表明患者风险值与生存时间及生存状态显著相关,ROC曲线提示自噬预后模型具有良好的准确性,是一个独立的预后因素（HR 1.427,95%CI 1.161～1.756,P＜0.001）。结论 5个自噬基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）构建的自噬相关预后风险模型,可以有效预测CCA患者的预后情况。     

微管相关蛋白1轻链3β在胃癌组织的表达及其临床意义

目的基于单细胞测序技术解析微管相关蛋白1轻链3β(LC3B)在胃癌中的表达及其与患者预后的关系。方法选用3对胃癌及配对的癌旁组织样本行单细胞转录组测序(scRNA-seq)。CellTypist对过滤后的单细胞表达数据进行亚群分类, 使用Wilcoxon rank-sum对测序数据进行拟时序分析, 探究不同细胞簇中LC3B的差异表达。通过癌症基因组图谱(TCGA)及免疫组织化学技术(IHC)分析LC3B在胃癌组织中的表达。采用单因素和多因素Cox比例风险回归模型确定影响胃癌患者预后的独立因素。实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)技术分析胃癌细胞中LC3B的表达水平, 采用细胞计数试剂盒(CCK-8)、克隆形成、Transwell检测LC3B表达改变后, 胃癌细胞增殖、迁移、侵袭能力的变化。两组间比较采用两独立样本t检验。结果 scRNA-seq分析结果显示, LC3B在胃癌组织中的表达量高于癌旁组织(2.001±2.706比1.010±1.634, t=44.094, P<0.01)且LC3B在内皮细胞、单核细胞中表达量高于其余细胞亚群(3.610±3.294, 3.21...     

基于代谢相关基因的乳腺癌预后预测模型的建立和验证

目的构建基于代谢通路相关基因的乳腺癌预后预测模型并进行验证。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺癌患者的基因表达数据和临床信息, 然后从基因集富集分析(GSEA)网站提取所有代谢通路相关基因进行差异分析, 获得肿瘤和正常组织中的差异表达基因, 再利用单因素Cox和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选出与预后相关的差异代谢基因用于构建预后风险评分。根据风险评分的中位数, 将患者分为高危组和低危组, 利用Kaplan-Meier生存分析、受试者操作特征(ROC)曲线对预后模型进行效能评价, 并将此模型联合其他临床因素构建列线图, 对乳腺癌患者进行生存率预测。最后通过基因表达综合数据库进行验证。结果通过单因素Cox和LASSO回归分析最后共筛选出了6个代谢相关基因(NT5E、PAICS、PFKL、PLA2G2D、QPRT和SHMT2)用于模型构建。在训练集和验证集中, 预后风险评分均是乳腺癌的独立危险因素, Kaplan-Meier生存分析结果提示, 高危组患者的总生存率均显著低于低危组, 差异具有统计学意义(P<0.001)。并且ROC曲线分析结果表明, 该列线...     

基于免疫相关基因标签的原发性肝癌预后评分系统的建立

背景与目的:原发性肝癌(HCC)是最常见的预后较差的恶性肿瘤之一,其病因与发病机制尚未完全明了,因此,寻找HCC患者可靠的预后指标与生存生物标志物具有重要的临床价值。本研究通过生物信息学方法筛选HCC预后免疫相关基因,并构建基于免疫相关基因标签的预后风险评分模型,为HCC患者的预后评估及个体化治疗的临床决策提供依据。方法:从TCGA数据库获取HCC患者的临床信息以及RNA-seq数据(377个HCC样本和50个相邻的非癌组织样本)。在Immport数据库中下载免疫相关基因资料,使用R语言的limma包在HCC组织中筛选出差异表达的免疫相关基因。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型鉴定出与HCC患者(377个HCC患者中临床资料完整的344例)总体生存率(OS)密切相关的免疫相关基因,并以此构建基于基因标签的预后风险评分模型,对HCC患者预后风险进行评分。同时从上述模型样本中随机抽取50%的病例(172例)为验证样本行内部验证。用Kaplan-Meier方法分析高风险分与低风险分患者的生存状态,用ROC曲线以及C-index分析评估该风险评分的准确性。最后,分析该风险评分与HCC临床病理特征的关系,并采用单因素和多因素Cox回归分析,确定该风险评分作为独立预后因素的有效性。结果:在HCC的癌和癌旁组织中鉴定出329个差异表达的免疫相关基因,其中24个与HCC的OS有关(均P<0.001)。使用前向和后向选择算法进行了多变量Cox比例风险回归分析确定PSMD14、S100A11、FABP6、RBP2、LCNL1、FCN2、NDRG1、CSPG5和NR6A1为OS的9个高风险基因。按此9基因标签预后风险评分模型划分,模型样本中高风险分HCC患者OS明显差于低风险分HCC患者(P=1.715E-08),内部验证样本中得到验证结果相同(P=2.222E-05)。模型样本风险评分模型的ROC下曲线面积(AUC)在1、3年时分别为0.790和0.733,内部验证样本分别为0.799和0.743,C-index分析结果显示,模型样本以及验证样本的C-index分别为0.715(95% CI=0.683~0.829)和0.756(95% CI=0.668~0.762)。HCC的肿瘤分级,病理分期,T分期和新肿瘤事件的发生与风险评分明显有关(均P<0.05)。单因素和多因素Cox分析显示,风险评分是HCC的独立预后因素(单因素:HR=1.057,95% CI=1.041~1.074,P<0.001;多因素:HR=1.050,95% CI=1.033~1.067,P<0.001)。结论:通过TCGA数据库挖掘,鉴定出9个与HCC患者预后密切相关的免疫相关基因,且构建了基于9基因标签的预后风险评分系统,该系统有助于临床医生判断HCC患者预后和制定个性化的治疗方案。     

结直肠癌免疫相关基因预后模型的构建与验证

目的通过构建结直肠癌免疫相关基因预后模型用于评估患者预后。方法从基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载基因表达数据和临床信息, 筛选其中差异表达的免疫相关基因。基于单因素和多因素Cox回归分析建立风险模型, 进一步分析该模型对于临床预后评估的应用价值, 并通过外部数据集对模型进行验证。结果共鉴定出85个免疫相关差异表达基因。筛选C-X-C基序趋化因子配体3(CXCL3)、脂联素受体蛋白1(ADIPOQ)、鸟嘌呤核苷酸结合蛋白G(i)亚基α-1(GNAI1)、上皮细胞特异性分子1(ESM1)、锯齿状蛋白2(JAG2)、白血病抑制因子(LIF)、血管活性肠肽(VIP)、盐皮质激素受体(NR3C2)共8个基因建立风险模型。基于该模型获得患者风险评分, 高风险组预后差于低风险组(χ2=22.611, P<0.001), 且该风险评分为结直肠癌患者独立预后因素[风险比(HR)=1.154, 95%可信区间(CI):1.091～1.220, P<0.001)。该模型的受试者工作特征曲线下面积为0.763, 可以较好地区分高低风险的结直肠癌患者。结论本研究成功...     

应用Cox模型多因素分析原发性胆囊癌预后

目的 分析影响胆囊癌预后有关的临床病理因素,探讨提高胆囊癌疗效的措施.方法 回顾性研究分析我院2006年1月至2010年12月收治的96例胆囊癌患者的临床资料,对可能影响预后的因素进行Kaplan-Meier法及log-rank检验,并通过Cox比例风险回归模型对其临床病理因素进行多因素分析.结果 全组共有89例获得随访,患者中位生存期为21.29个月,总的1年、3年、5年生存率分别为71.1%、38.2%、19.6%.经Cox比例风险回归模型分析,术前血总胆红素、手术切除类型、有无神经浸润、病灶浸润深度是影响胆囊癌患者生存时间的独立预后因素.结论 早期发现胆囊癌,并进行根治性切除是改善胆囊癌患者预后的关键因素.     

158例原发性胆囊癌根治性手术临床疗效及预后因素分析

目的 探讨经根治性手术治疗的原发性胆囊癌临床疗效及预后影响因素.方法 回顾性分析2012年1月至2019年9月苏州大学附属第一医院收治的158例原发性胆囊癌患者的临床及病理资料.应用Kaplan-Meier法绘制生存曲线计算生存率,单因素分析采用Log-rank检验,多因素分析采用Cox比例风险回归模型.结果 158例...     

胰腺癌预后相关铁死亡基因筛选及预后预测模型构建

目的 探讨铁死亡相关基因对胰腺癌患者预后预测的价值,并进一步探索其分子机制。方法 从公共数据库中下载胰腺癌患者的基因表达及相应的临床病理数据,采用R软件“limma”包筛选胰腺癌组织中差异表达基因,使用单因素COX回归分析筛选预后相关的铁死亡相关基因,利用LASSO COX回归分析构建预后模型。通过Kaplan-Meier生存分析检验该模型在预测胰腺癌预后中的意义,用ROC曲线评估模型预测胰腺癌预后的准确性。在ICGC验证队列中通过Kaplan-Meier生存分析、ROC曲线评估该模型在外部队列中的预测价值。依照风险值中位数,将TCGA训练队列分为两组,比较其基因表达差异、差异基因富集通路差异,评估免疫细胞浸润丰度。结果 通过单因素COX回归分析,37个铁死亡相关基因被鉴定为预后基因（P<0.05）。利用LASSO COX回归分析,构建了一个基于15个铁死亡相关基因的预后预测模型。根据模型计算将队列中所有患者分为高风险组和低风险组,Kaplan-Meier生存分析表明高风险组的胰腺癌患者较低风险组生存时间短（HR=2.16,P<0.05）。ROC曲线分析证明了预测模型在胰腺...     

基于内质网应激基因膀胱癌预后风险模型的构建

目的构建与膀胱癌预后相关基于内质网应激基因的临床基因模型。方法在分子特征数据库(MSigDB)中筛选到9 165个与内质网应激相关的基因集, 运用生物信息学技术对癌症基因图谱(TCGA)数据库中405个膀胱癌样本和25个正常膀胱组织样本的基因表达序列进行差异基因表达分析得到5 689个膀胱癌差异表达基因, 两者取交集得到1 556个基因, 然后进行WGCNA分析、STRING数据库及Cytoscape软件cytoHubba插件进行蛋白互作网络分析、LASSO回归分析、多因素Cox回归分析获取5个关键基因并构建风险模型预测膀胱癌患者的总生存期。后进行Kaplan-Meier生存分析及ROC分析以研究该模型的预测准确性。结果两者取交集后共得到1 556个与内质网应激相关膀胱癌差异表达基因, WGCNA分析得到158个与膀胱癌预后相关的差异表达基因。Cytoscape软件CytoHubba插件计算每个基因的Degree评分, 提取Top50的差异表达基因并进行LASSO回归分析、多因素Cox回归分析得到5个关键基因:KIF2C、TEAD4、DARS2、VEGFA、CTHRC1, 并构建预后风...     

幽门螺杆菌感染与胃癌预后的相关性研究

目的：观察胃癌患者幽门螺杆菌（Hp）感染率,研究Hp感染与胃癌术后患者预后的相关性。方法选取2009年1月至2010年8月90例来本院就诊的胃癌患者,根据感染Hp与否分为感染组（57例）和非感染组（33例）。比较两组患者的一般资料及3年内生存情况,采用Cox比例风险模型分析胃癌患者预后的独立危险因素。结果感染组的平均生存期为（25.75±4.25）个月高于未感染组的（14.32±3.96）个月（t=12.601,P＜0.05）。不同Lauren分型、淋巴结转移、局部浸润深度、远处转移以及根治性切除方面Hp感染比例差异均具有统计学意义（P均＜0.05）。Cox比例风险模型结果显示,年龄、淋巴结转移及浸润深度为胃癌患者预后的独立影响因素。结论 Hp感染可能通过影响淋巴结转移及浸润深度间接影响胃癌患者的预后,但并非独立影响因素。     

基于生物信息学分析构建铁死亡基因的肝癌预后评估模型

目的探讨铁死亡基因(FRGs)和肝癌预后的关系, 构建FRGs的肝癌预后评估模型。方法从癌症基因组图谱(TCGA)及国际癌症基因组联盟(ICGC)数据库下载肝癌的转录组及临床数据, 应用R和Perl软件对数据进行分析整理。TCGA肝癌数据集中, 采用Wilcoxon检验获取肝癌和正常组织差异表达的FRGs, 单因素Cox回归和最小绝对值收敛和选择算子(Lasso)分析挑选与生存相关的基因并构建肝癌预后模型。根据模型评分将患者分为高低评分两组, Wilcoxon检验获取两组间的差异表达基因(DEGs), 并对DEGs进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)功能富集分析, 同时进行单样本基因集富集分析(ssGSEA)探究预后差异的可能机制。在ICGC肝癌数据集中验证模型的可靠性。生存数据比较采用Kaplan-Meier法和Log-Rank检验, 独立t检验比较高低评分组间的免疫细胞浸润。结果对比肝癌和癌旁组织, 从292个FRGs中, 筛选8个(AURKA、LOX、FOXM1、G6PD、MAPT、SLC7A11、NQO1和STMN1)与肝癌患者总生存时间(OS)显著相关...     

基于TCGA数据库构建肝细胞癌程序性细胞死亡的列线图预后预测模型

目的 筛选与预后有关的程序性细胞死亡(programmed cell death,PCD)相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)并以此构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的预后风险评估列线图。方法 将从癌症基因组图谱中选择的HCC患者按1∶1随机抽样分为训练集和验证集。采用Pearson相关性分析筛选PCD相关lncRNAs，再用单因素Cox比例风险回归(简称“Cox回归”)模型分析筛选与训练集中的总生存时间有关的PCD相关lncRNAs，然后进一步采用多因素Cox回归模型分析影响HCC患者的预后风险因素，并建立判断HCC患者的风险评分函数模型。根据训练集中HCC患者的中位风险评分将各集中的HCC患者分为高风险和低风险，然后采用Kaplan-Meier法绘制总生存曲线并采用log-rank检验比较高风险和低风险HCC患者总生存情况的差异；同时采用时间相关受试者操作特征曲线下面积(area under receiver operating characteristic curve,AUC)评估风险评分函数模型预测...     

肝内胆管细胞癌患者术后的预后影响因素研究

背景与目的:肝内胆管细胞癌(ICC)为常见的肝脏胆道系统肿瘤。临床上40%~50%的ICC患者临床确诊时需要进行手术切除病灶,本研究旨在探讨ICC患者切除术后患者预后的影响因素。方法:选取2016年1月-2017年7月接受根治性手术治疗的67例ICC患者临床资料进行回顾性分析,并进行随访(电话、门诊定期随诊的方式),主要记录患者的死亡、生存情况及患者1、2、3年存活率;统计两组患者的基础资料,分析影响ICC患者生存时间的主要危险因素。随访截止2019年10月30日。结果:全组67例患者,其男41例,女26例;年龄42~75岁,平均年龄(61.4±9.9)岁,肿瘤直径2.9~9.4 cm,平均直径(4.1±2.1)cm,病灶数目(1.2±0.4)个。在36个月的随访中3例患者失访,术后1年40例患者生存(59.70%),术后2年24例患者生存(35.82%),术后3年12例患者生存(17.91%);中位生存时间22.5个月。采用Log-rank秩检验发现:病灶最大径、病灶数目、血管浸润、淋巴结转移、远处转移、分化程度、CA19-9、TNM分期与ICC患者术后的生存时间有关。采用Cox比例回归风险模型分析发现:病灶多发(OR=1.729)、血管浸润(OR=2.085)、淋巴结转移(OR=1.816)、远处转移(OR=1.902)、低分化(OR=1.560)、CA19-9≥37 U/mL(OR=1.719)是影响ICC患者术后远期预后的独立危险因素。结论:ICC患者切除术后总体生存率及中位生存时间不理想,病灶多发、血管浸润、淋巴结转移、远处转移、低分化、CA19-9≥37 U/mL是影响ICC患者远期预后的独立危险因素。对有相关因素的患者应加强随访,必要时可以联合放化疗综合治疗进而改善患者的预后。     

基于生物信息学分析的结肠腺癌预后微小RNA的鉴定与预后预测模型构建

背景与目的 结肠腺癌（COAD）是癌症相关死亡的主要原因之一,准确预测COAD患者预后,评估COAD生存风险因素尤为重要。微小RNA（miRNA）通过靶向下游mRNA广泛参与肿瘤生物学行为调控,已成为具有应用研究前景的标志物。本研究旨在通过生物信息学方法鉴定COAD预后miRNA并构建预后预测模型,为COAD预后判断和制订个体化治疗方案提供参考。方法 从TCGA数据库中下载COAD患者的临床信息以及miRNA-seq数据,获取差异的miRNA。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型获得关键预后miRNA,用多因素Cox回归模型构建风险评分计算公式。利用Kaplan-Meier方法分析高、低风险评分患者的生存状态;ROC曲线评估风险评分的敏感度及特异度,并且从样本中随机抽取50%的病例做内部验证。采用预后风险模型列线图模型确定COAD患者临床病理参数及风险评分。使用Targetscan及miRDB数据库对预后miRNA模型进行靶基因预测以及利用String数据库进行蛋白与蛋白互作网络分析。结果 差异表达分析获得320个miRNA,其中167个上调,153个下调。利用单变量和多变量Cox比例风险回归对差异的miRNA进行分析,发现miR-503-5p、miR-335-3p、miR-185-5p、miR-4436b-5p、miR-125b-2-3p为COAD患者关键预后miRNA。结合风险评分的生存分析结果显示,高风险评分患者预后明显差于低风险评分患者（P=0.005 6）,在随机抽取的内部验证组中也得到验证（P=0.014）。1、3、5年风险评分模型ROC曲线下面积（AUC）分别为0.666、0.724、0.707,内部验证组分别为0.681、0.699、0.703。Cox回归分析显示,建立用于预测COAD患者预后预测列线图的一致系数为0.836。单因素和多因素Cox分析显示,在建模组及内部验证组中风险评分是COAD的独立预后因素（均P<0.01）。miRNA靶基因预测获得87个靶基因。蛋白与蛋白互作网络分析获得10个蛋白质互作的关键基因。结论 所建立COAD预后miRNA模型以及基于年龄、AJCC分期、T分期、放化疗以及风险评分等因素构建的列线图将较准确地预测COAD的风险,对鉴定高或低风险患者、精准预测预后及评估患者生存风险提供理论基础。