两种核酸检测方法在猪源与人源戊型肝炎病毒监测中的应用

目的评价两种核酸检测方法在猪源与人源的戊型肝炎病毒(HEV)监测应用的可行性。方法收集江苏地区急性戊肝病例血液标本和屠宰场生猪胆囊标本,采用Real-time RT-PCR法和RT-PCR法进行RNA检测,对阳性检出情况和核酸序列比对结果进行分析。结果两种方法监测急性戊肝病例和猪胆囊标本的结果完全一致,患者血清HEV RNA检出阳性率为38.94%,猪胆汁标本HEV RNA检出阳性率为4.67%。HEV-4型为2014年本省主要人源和猪源毒株,且病毒核苷酸序列同源性为83%~97%。结论Real-time RT-PCR法快捷、简便性和RT-PCR的分型、序列分析作用相结合,可在HEV感染和传染源监测中发挥重要作用。     

猪粪便中戊肝病毒实时荧光RT-PCR定性检测方法的建立及其分子流行病学特征

目的 建立以TaqMan探针为基础的戊肝病毒(HEV)实时荧光RT-PCR检测方法和构建系统发育树,对戊肝病毒进行基因分型,检测中国部分省市猪场的猪粪便样本HEV污染水平。方法 参照GenBank HEV基因型序列,针对HEV保守区设计引物和探针,优化反应体系,建立实时荧光RT-PCR和巢式RT-PCR检测体系。结果 建立的HEV实时荧光RT-PCR检测方法的灵敏度为19.9拷贝/μL,扩增效率92.9%～109.1%,与札如病毒(Sa)、诺如病毒(Nov)、甲肝病毒(HAV)均不发生交叉反应。荧光RT-PCR检测猪粪便样本342份,其中HEV阳性样本210份,阳性率61.4%,育肥前阳性率56.6%,育肥后阳性率66.9%,育肥前后样本阳性率差异具有统计学意义(χ~2=24.8,P<0.05);经基因分型鉴定体系测定阳性毒株基因型均为HEV-4型,且存在4b、4d、4h三种基因亚型。结论 中国部分省市猪场中HEV感染普遍,基因型均为HEV-4型,各省市猪场感染率和基因亚型存在差异。     

江苏省部分地区散发戊型肝炎流行病学及病毒基因型

目的了解江苏省部分地区散发戊型肝炎病例的流行特征及病毒基因型。方法在江苏省部分地区开展为期一年戊型肝炎病例监测,用酶联免疫吸附试验（enzyme-linked immunosor-dent assay,ELISA）对各医疗单位报告的急性肝炎病例进行血清学分型,对其中确诊为急性戊型肝炎病例进行流行病学分析以及戊型肝炎病毒（hepatits E virus,HEV）RNA检测和序列分析。结果男女戊型肝炎病例比例为4.4∶1,84.0%的病例集中在40岁及以上的年龄组,全年均有戊型肝炎病例发生,70.5%的病例集中在上年12月份至次年的4月份间;HEV基因分型检测结果为HEV-1型与HEV-4型,所占比例分别为5.1%、94.9%。结论江苏省戊型肝炎发病比例男性高于女性,多见于40岁以上人群,冬春季节发病较高,戊型肝炎病毒株以HEV-4型为主。     

贵州省2019-2021年人源和猪源戊型肝炎病毒基因特征

目的 分析贵州省部分地区人源和猪源戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)流行株基因特征。方法 2019-2021年在贵州省医疗机构收集急性HEV感染者(抗-HEV IgM阳性)血清标本,在屠宰场收集猪胆汁和血清标本,提取HEV核酸,对HEV ORF2区基因进行扩增和测序,构建系统进化树,分析基因型、基因亚型及其核苷酸和氨基酸同源性。结果 从450例急性HEV感染者标本和196份猪标本中共获得53条人源和2条猪源HEV序列。人源序列的核苷酸和氨基酸同源性分别为81.39%-100%和95.92%-100%,猪源序列分别为87.40%和100%;人源和猪源HEV均与HEV基因4型参考株的核苷酸同源性最高,分别为89.93%和89.83%。55条HEV序列位于系统进化树的3个分支,其中24条与4b亚型、20条与4a亚型、11条与4d亚型参考株处于同一分支,且核苷酸同源性最高,分别为95.54%、93.10%、95.72%。2条人源序列各发生1个位点的氨基酸替换。结论 2019-2021年贵州省部分地区人群和猪群中HEV优势流行株为基因4型,包括4b、4a和4d亚型,氨基酸...     

兰州市猪戊型肝炎血清学及病毒基因型分析

目的 调查甘肃省兰州市猪戊型肝炎病毒(HEV)感染情况以及基因型.方法 收集兰州市部分地区猪血清,用ELISA诊断试剂盒分别检测HEV抗原和抗体;其中抗原阳性的血清,采用HEV ORF2引物进行套式逆转录聚合酶联反应(RT-PCR)扩增,对阳性扩增产物进行克隆和测序,并对序列进行分析,确定其基因型.结果 3月以下猪戊型肝炎病毒抗原、抗体阳性率分别为1.56%和90.27%,3个月以上分别为2.35%和86.99%,抗原、抗体水平在3月龄以上和以下二者中差异无统计学意义,抗原阳性血清共有22份,其中7份为HEV核酸阳性,其核苷酸序列与HEV 4型的同源性为82.2%～99.3%,分别为4a,4d和4f亚型.结论 兰州市猪群存在HEV感染,且为基因4型.     

2013-2015年郴州市手足口病病原谱及柯萨奇病毒A6基因特征分析

目的 了解2013-2015年湖南省郴州市手足口病(hand, foot, and mouth disease,HFMD)病原谱和优势毒株基因特征,为该病的防控提供科学依据。 方法 采集2013-2015年郴州市HFMD临床诊断病例肛拭子或粪便标本,用荧光定量PCR方法检测人肠道病毒71型(human enterovirus 71, HEV71)、柯萨奇病毒A组16型(coxasckievirus A16, CVA16)、CVA6、CVA10和其他肠道病毒(HEV)。除上述型别外无法分型的其他HEV阳性标本再进行RT-PCR扩增,通过基因测序比对,鉴定病原体型别。 结果 郴州市2013-2015年共检测HFMD标本2 343 份,肠道病毒阳性1 325份,阳性检出率为56.55%;HFMD病原谱包括16种肠道病毒,已知型别中前5位分别为CVA6(31.77%),CVA16(16.45%),HEV71(13.74%),CVA10(11.47%),柯萨奇B组5型(CVB5)(0.30%),仍有25.13%的其他HEV未分型;聚集性病例以CVA16和其他HEV为主,重症及死亡病例以HEV71和其他HEV为主,不同年份(χ²=64.90,P<0.001)、不同类型( χ²=56.41,P<0.001)。郴州市的CVA6分离株均分布于同一进化簇, 与长沙市分离株亲缘关系最近。 结论 2013-2015年,CVA6已成为郴州地区引发手足口病的主要病原型别,在手足口病监测中应加强非HEV71和非CVA16型肠道病毒检测。     

2015-2020年江苏省戊型肝炎病毒流行病学特征及分子进化研究

目的 研究近年江苏省人源与猪源戊型肝炎病毒(HEV)流行病学特征和分子进化特征.方法 对2015-2020年江苏省戊型肝炎病例特征进行描述性分析.收集南通如皋县、盐城东台市、淮安清浦区、无锡宜兴市4个监测点报告的戊型肝炎患者标本和当地猪胆汁标本,采用ELISA法进行HEV-IgM抗体检测,采用荧光定量PCR、巢式PCR...     

戊型肝炎疫苗研究进展

戊型肝炎(戊肝)病毒(HEV)经粪-口途径传播,有嗜肝性,发病时表现为急性肝炎.在亚洲及非洲发展中国家均有传播,中国亦有分布.在发达国家,HEV主要影响猪和禽的养殖,密切接触生猪及鲜猪肉的人群中,抗-HEV抗体阳性率较高.虽然在发达国家仅有零星病例,但是普通人群中抗体阳性率比预期要高[1].在中亚和东南亚,HEV是急性临床型肝炎病例最主要的病原体,而在中非、东非和北非,HEV是造成肝病的第二位原因(仅次于HBV)[1].HEV感染的病死率为1%～4%[1],孕妇感染后病死率可高达20%[1,2].HEV分5个基因型,其中1、2型感染人类,3、4型可感染人和猪,5型感染鸟类[1].     

北京市郊区八种动物戊型肝炎病毒抗体流行率调查及病毒基因型研究

目的 调查北京地区与人密切接触的猪、牛、羊、马、驴、犬、鸡、鸭8种动物血清中戊型肝炎病毒(HEV)抗体流行率及该地区猪HEV基因型和亚型.方法 收集8种动物的血清标本及幼猪粪便标本,用双抗原夹心ELISA法检测血清中抗-HEV;用巢式反转录聚合酶链反应法(RT-nPCR)检测HEV RNA;对部分PCR产物进行克隆和测序,并对测序结果进行基因分型.结果 在8种动物中抗-HEV阳性率分别为猪80.43%(481/598),其中成猪(>6月龄)为87.86%(369/420),幼猪(2～3月龄)为62.92%(112/178);牛15.02%(52/346);马14.29%(40/280);驴0(0/26);羊9.88%(33/334);犬0(0/21);鸭3.03%(7/231);鸡2.53%(8/316).RT-nPCR检测3月龄以下猪粪便标本HEVRNA阳性率为66.67%(74/111).HEV RNA阳性的标本测序后可归为6株(分别命名为bjsw1、bjsw2、bjsw3、bjsw4、bjsw5和bjsw6),6株HEV开放读码框2(ORF2)部分核苷酸序列的相似性为94.5%～99.6%,与1、2、3、4型HEV的相似性分别为75.6%～78.6%、75.6%～76.2%、77.1%～80.7%和83.7%～94.5%.6株HEV与人HEV 4d亚型的同源性最高,为90.0%～94.5%.结论 北京市郊区猪、牛、马、羊、鸭、鸡中均存在HEV感染,其中猪抗-HEV流行率最高,驴、犬抗-HEV的流行率最低;6株猪HEV属于基因4型、4d亚型.     

中国部分地区猪胆汁戊型肝炎病毒基因型和中和抗原位点变异研究

目的调查猪胆汁戊型肝炎病毒(HEV)携带率、基因型和中和抗原位点变异。方法在中国4个地区屠宰场采集成年商品猪的胆汁标本,采用real-time RT-PCR检测HEV RNA;采用巢式RT-PCR扩增HEV ORF2区部分基因片段,进行基因分型和中和抗原位点氨基酸序列分析。结果猪胆汁标本HEV RNA总阳性率为8.6%(46/532),4个地区阳性率在3.0%-12.5%之间。19株HEV基因分型成功,均为基因4型,其中11株HEV基因亚型分型成功,均为4a亚型。在该11株HEV的21个中和抗原位点中,2株HEV在ORF2区分别发生第487位氨基酸突变(Ser487Tyr)和第564位氨基酸突变(Thr564Pro)。结论中国部分地区猪胆汁HEV携带率较高,为中国人群中优势流行的基因4型,且部分中和抗原位点发生突变;应加强猪群HEV的持续监测。     

山东省某地屠宰场猪肝内戊型肝炎病毒感染状况研究

目的研究商品猪肝脏内戊型肝炎（戊肝）病毒（HEV）的检出状况及其基因分型。方法采集35份山东省某个人屠宰场和某城镇大型屠宰场内的猪肝，处理后采用逆转录．巢式聚合酶链反应（nested RT·PCR）方法检测HEV RNA。并与GenBank中登录的HEV全长序列进行同源性分析。结果35份猪肝标本中共有3份检出HEVRNA，阳性率为8．57％。同源性分析显示这3株病毒均为Ⅳ型HEV。结论即将上市的商品猪肝脏内存在HEV感染，其基因型与中国大陆HEV流行株相同，均为基因Ⅳ型。     

深圳地区HEV流行基因型及动物宿主带毒状况分析

目的了解深圳地区戊型肝炎病毒(HEV)流行基因型及动物宿主带毒状况。方法通过同源比对HEV四种基因型的戊型肝炎病毒序列,选取其保守序列部分设计两对巢式聚合酶链式反应的简并引物,建立一种可同时扩增戊型肝炎四个基因型病毒RNA的PCR快速检测方法。对深圳市采集的80份猪粪便标本和6份戊型肝炎病人血清,提取病毒RNA,然后进行PCR检测,阳性时对扩增片段进行基因序列测定,并进行基因型分析。结果80份猪粪便标本5份HEV—RNA阳性,6份病人血清样本中4份阳性。序列分析显示全部为HEV基因IV型,5份猪标本中的HEV基因序列与GenBank中人HEV的基因序列最相似,同源性为88%～94%。结论深圳地区HEV流行株为基因IV型,而且猪HEV基因序列与人HEV之间有着高度的相似性,证实猪是HEV的宿主,戊型肝炎是一种人兽共患传染病。     

新疆猪戊型肝炎病毒株CHN-XJ-SW33全基因组序列分析

目的测定从新疆南部地区分离的猪戊型肝炎病毒(HEV)株全基因组序列,并在此基础上分析猪HEV与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物,用逆转录巢式聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增猪HEV株CHN-XJ-SW33的全基因组序列;用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列;对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3′poly(A)尾外,CHN-XJ-SW33基因组全长为7 238 nt,由3个开放读码框(ORF1-3)组成,分别编码1 706、674和114个氨基酸。CHN-XJ-SW33全基因组序列与HEV基因1-3型病毒株同源性仅为72.1%~74.9%,而与HEV基因4型病毒株同源性高达82.8%~95.5%,其中与日本人源中国输入型HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,为95.5%。基因进化分析显示,CHN-XJ-SW33属于HEV4a基因亚型。结论猪HEV与人HEV在全基因组核苷酸序列上高度同源,提示基因4型HEV可能由猪传染给人。     

华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒携带率和基因分型分析

目的 了解华东和华南地区商品猪戊型肝炎病毒(HEV)的携带率和基因分型.方法 2007-2009年收集华东和华南地区5家屠宰场商品猪胆汁600份,应用巢式RT-PCR方法检测HEVRNA,测序后做系统进化分析.结果 600份猪胆汁中有47份(7.83%)分离出HEVRNA.基于HEV ORF2区域内150-nt序列的系统进化分析结果,分离的47份HEV病毒株均属于Ⅳ型,与Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ型参考病毒株的核苷酸同源性分别为75.0%～83.4%、75.0%～84.6%、71.9%～80.7%和88.1%～91.5%,且大部分病毒株按采样地区来源表现出地区聚集性.结论 HEV在华东和华南地区的商品猪中广泛存在,应加强对商品猪食用安全问题的关注.     

中国发现基因3型戊型肝炎病毒

目的通过对中国华东地区分离出的2株基因3型戊型肝炎病毒株进行同源性分析，探讨其分子起源和传播问题。方法收集华东某地区13个养猪场的133份猪粪便标本，利用巢式RT—PCR技术扩增戊肝病毒基因组的开放读码区2（ORF2）和RNA依赖的RNA聚合酶区（RdRp，ORF1），并进行基因同源性分析。结果戊肝病毒RNA检出率为43．61％（58／133）。其中，在同一个养猪场检出的2份阳性标本与23条戊肝病毒基因3型全长序列在ORF2和ORF1区的同源性分别为77．10％～92．64％和77．49％～91．14％，被划分为基因3型。另外12个养猪场的56份阳性标本均为基因4型。同时发现，某些日本分离的基因3型病毒株比其他基因3型株更接近本次分离的病毒株。结论这是在中国大陆地区首次发现基因3型戊肝病毒。同时证明在一个较为局限的群体中基因3型和4型病毒可以共存。     

Genotype analysis of hepatitis E virus from sporadic hepatitis E cases in northern China

Hepatitis E is an important public health problem in many countries. However, there is no definite conclusion about the zoonotic reservoir, transmission patterns and risk factors of hepatitis E in the human population. The aim of this study was to analyze the epidemiological and viral genotype characteristics of hepatitis E cases in northern China. Surveillance was conducted in two hospitals in Liaoning and Hebei province from July 2010 to June 2012. Out of a total of 116 diagnosed patients, 88 (75.9%) were male and 28 (24.1%) were female and most (73%) were in the age group 40–70 years. In both hospitals, cases were diagnosed more frequently in March than in other months. HEV RNA was amplified from 41 patients and characterized by nucleotide sequencing and phylogenetic analysis. Most of the isolates (37 strains, 90.3%) were genotype 4, including subgenotypes 4a, 4b, 4d, 4h, 4i and a new subgenotype. One subgenotype 3a strain was isolated from Baoding, Hebei province. Three genotype 1b strains were found from patients in Jinzhou, Liaoning province. Most of the genotype 4 strains and the genotype 3 strains were phylogenetically related to known swine isolates. In conclusion, the finding that HEV infects mostly middle-aged and elderly men and that the incidence spiked in March may reflect the zoonotic transmission characteristics of HEV infection. Pigs, but not rabbits, were the important reservoirs in this area, because genotype 4 HEV was found to be responsible for the majority hepatitis E cases. However, genotype 1 is still present in northern China. Also, the first isolation of genotype 3 HEV in this area indicates that alternative routes of HEV transmission might exist.