激光解吸快速菌种鉴定与不同前处理方法 对常见食源性致病菌菌种的鉴定分析

【目的】比较研究基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)技术与不同样品前处理方法对常见食源性致病菌菌种鉴定的影响。【方法】收集51株常见的食源性致病菌,包括沙门氏菌、葡萄球菌、李斯特菌、弧菌、埃希氏菌及志贺氏菌等,分别研究直接涂抹法、原位甲酸提取法、甲酸乙腈提取法对菌种鉴定结果的影响。【结果】不同样品前处理方法对沙门氏菌、志贺氏菌和大肠杆菌的鉴定结果无明显差异;头状葡萄球菌、科氏葡萄球菌、副溶血弧菌和创伤弧菌,采用直接涂抹法无法获得有效鉴定结果,而原位甲酸提取法和甲酸乙腈提取法则均能获得准确的鉴定结果;采用直接涂抹法和原位甲酸提取法,李斯特菌属中的非单增李斯特菌常被错误鉴定为单增李斯特菌,采用甲酸乙腈提取法能够有效改善李斯特菌属不同种的鉴定准确性。【结论】不同样品前处理方法对常见食源性致病菌菌种的MALDI-TOF MS鉴定结果具有一定影响,对于不同菌种选择合适的样品前处理方法才能获得可靠准确的鉴定结果。     

两种菌体前处理方法对MALDI-TOF MS鉴定临床分离菌效果的影响

目的评价2种不同前处理方法对基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鉴定临床分离菌效果的影响。 方法收集临床菌株43株,划线传代后,分别使用提取法和抹板法对微生物样本进行前处理,然后用MALDI-TOF MS鉴定比较两种处理方法的准确率和蛋白指纹图谱特征。 结果以16S rRNA/ITS RNA测序结果为参考标准,待测菌株经提取法处理后,MALDI-TOF MS鉴定革兰阳性菌、革兰阴性菌和真菌的种水平准确率分别为93.8%、100.0%和30.8%,待测菌株经抹板法处理后,MALDI-TOF MS鉴定革兰阳性菌、革兰阴性菌和真菌的种水平准确率分别为75.0%、100%和7.7%。提取法处理菌株后得到的蛋白指纹图谱中特征峰更多,信噪比更高,蛋白指纹图谱重现性更好。 结论推荐采用提取法为MALDI-TOF MS鉴定的常规前处理方法,其对建立标准的微生物检测流程,提高质谱鉴定的正确率,有重要价值。     

显色培养基对酵母菌 MALDI-TOF MS 鉴定结果的影响评估

目的评估真菌显色培养基及培养时间对假丝酵母菌和新型隐球菌在基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定结果的影响。方法收集医院2017年1月-2018年3月临床分离的酵母菌104株,甲酸萃取法提取菌体核糖体蛋白,MALDI-TOF MS法获得其在真菌显色琼脂平板、血琼脂平板及沙保罗琼脂平板培养24 h、48 h、72 h的鉴定结果,记录质谱分值并分组,应用SPSS 20.0统计软件进行数据处理与分析。结果除光滑假丝酵母在血琼脂平板培养24 h生长欠佳而难以获取质谱分值外,受试菌株在3种培养基无论何种培养时间经MALDI-TOF MS均得到准确鉴定。显色琼脂平板和血琼脂平板上培养24 h、48 h、72 h鉴定分值一致,比较差异无统计学意义(χ~2=0.541,1.857,0.084;P=0.462,0.173,0.772);显色琼脂平板与沙保罗琼脂平板培养经MALDI-TOF MS鉴定,24 h、48 h鉴定分值一致,但在72 h时鉴定分值比较差异有统计学意义(χ~2=12.888,P<0.001),表现为热带假丝酵母和新型隐球菌在显色琼脂平板的鉴定结果优于沙保罗琼脂平板(χ~2=7.000,9.167;P=0.008,0.002)。结论真菌显色培养基上生长菌落对MALDI-TOF MS鉴定结果无影响,适于临床常规应用。     

福建省泉州市水产品中副溶血性弧菌的质谱鉴定和聚类分析

目的 了解福建省泉州市水产品中分离的副溶血性弧菌的毒力基因分布及同源性关系。方法 采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS),对2020年分离自福建省泉州市水产品的59株疑似副溶血性弧菌菌株进行鉴定,利用MALDI-Biotyper数据库软件进行同源性聚类分析;采用荧光PCR法对毒力基因进行检测。结果 59株可疑菌株中只有46株鉴定为副溶血性弧菌,经同源性分析46株菌株之间蛋白组分特征差异比较大,可分为6大类别;经毒力基因鉴定,不耐热溶血素基因(tlh)检出率为100%,耐热性溶血素基因(tdh)和耐热性溶血素相关溶血基因(trh)均未检出。结论 MALDI-TOF MS质谱仪可用于副溶血性弧菌属水平的快速鉴定,福建省泉州市水产品存在一定程度的非致病性副溶血性弧菌污染,菌株同源性较低。     

通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱系统直接快速鉴定阳性血培养北大核心CSCD

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床微生物实验室的应用,为阳性血培养中微生物鉴定提供了革命性的新方法,我们报告一种改良的利用MALDI-TOF质谱直接鉴定阳性血培养的方法。方法 2011年10月-2012年10月共收集312瓶阳性培养物,细菌分别属于12个不同属和32个种,MALDI-TOF质谱鉴定的细菌同时进行了常规生化法鉴定,其中不符合的部分通过序列分型明确。结果 200株革兰阳性菌中,161株(80.5%)准确鉴定到属以上水平,121株(60.5%)准确鉴定到种;112株革兰阴性菌中,101株(90.2%)准确鉴定到属以上水平,81株(72.3%)准确鉴定到种水平;MALDI-TOF质谱鉴定革兰阴性菌,在属以上水平和种水平上,准确率均高于革兰阳性菌。结论通过这种方法能在1h内快速、鉴定阳性血培养中的常见细菌,如果将此项技术常规应用于临床,将显著增加菌血症患者在24h内得到最佳抗菌药物治疗的比例。     

通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱系统直接快速鉴定阳性血培养

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床微生物实验室的应用,为阳性血培养中微生物鉴定提供了革命性的新方法,我们报告一种改良的利用MALDI-TOF质谱直接鉴定阳性血培养的方法。方法 2011年10月-2012年10月共收集312瓶阳性培养物,细菌分别属于12个不同属和32个种,MALDI-TOF质谱鉴定的细菌同时进行了常规生化法鉴定,其中不符合的部分通过序列分型明确。结果 200株革兰阳性菌中,161株(80.5%)准确鉴定到属以上水平,121株(60.5%)准确鉴定到种;112株革兰阴性菌中,101株(90.2%)准确鉴定到属以上水平,81株(72.3%)准确鉴定到种水平;MALDI-TOF质谱鉴定革兰阴性菌,在属以上水平和种水平上,准确率均高于革兰阳性菌。结论通过这种方法能在1h内快速、鉴定阳性血培养中的常见细菌,如果将此项技术常规应用于临床,将显著增加菌血症患者在24h内得到最佳抗菌药物治疗的比例。     

比较MALDI-TOF MS直接涂片法与蛋白提取法鉴定洋葱伯克霍尔德菌群的应用研究

目的比较基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)直接涂片法和蛋白提取法鉴定洋葱伯克霍尔德菌群的差异。方法收集118株临床分离经VITEK全自动细菌仪鉴定为洋葱伯克霍尔德菌群菌株,采用MALDI-TOF MS直接涂片法和蛋白提取法进一步分析基因型,同时比较两种鉴定方法之间的优缺点。结果 118株洋葱伯克霍尔德菌群经MALDI-TOF MS两种方法只是鉴定结果分数有所差异,鉴定结果一致,分别为:93株Burkhoderia cencepacia(基因型Ⅲ型),11株多嗜伯克霍尔德菌(基因型Ⅱ型),10株洋葱伯克霍尔德菌(基因型I型),3株越南伯克霍尔德菌(基因型V型),1株吡咯伯克霍尔德菌(基因型Ⅸ型)。MALDI-TOF MS直接涂片法鉴定分数均值2.126,仅9株(7.62%)鉴定结果不可信(分值1.700),准确鉴定至种(t≥2.300)与准确鉴定至属(t≥1.700)的比例分别为38.98%和92.38%;MALDI-TOF MS蛋白提取法仅2株(1.69%)鉴定结果不可信,准确鉴定至种(t≥2.300)与准确鉴定至属(t≥1.700)的百分比均高于直接涂片法,分别为44.92%和98.31%;但是不同分值分组间准确鉴定至种(分值≥2.300)、鉴定至属(分值≥1.700),两种方法差异均无统计学意义(P0.05)。结论 MALDI-TOF MS可快速准确地鉴定洋葱伯克霍尔德菌群至基因型,临床标本鉴定时首选MALDI-TOF MS直接涂片法,对于鉴定结果不可信的菌株可进一步采用蛋白提取法鉴定。     

评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱对葡萄球菌属的鉴定能力

目的评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床鉴定常见葡萄球菌属的能力。方法采用MALDI-TOF MS对2011-2013年收集的151株葡萄球菌属进行分析比较;对鉴定结果不一致的菌株,用16SrRNA测序方法进行最后鉴定,评价MALDI-TOF MS的鉴定能力。结果 151株葡萄球菌属用MALDI-TOF MS与VITEK-2鉴定结果一致的有135株,符合率为89.4%,两种鉴定方法对39株金黄色葡萄球菌、34株表皮葡萄球菌及1株施氏葡萄球菌的鉴定符合率为100.0%;对16株结果不一致的随即用16SrRNA作进一步分析,其中15株鉴定结果与MALDI-TOF MS结果一致,MALDI-TOF MS与16SrRNA测序法对葡萄球菌属的鉴定能力符合率更高。结论与传统的VITEK-2鉴定方法比较,MALOT-TOF MS具有简便、快速、敏感、准确等优点,可用于葡萄球菌属的鉴定。     

MALDiI Botyper与API20E对克罗诺杆菌(阪崎肠杆菌)的鉴定结果比较

目的:评价MALDI-TOF MS Biotyper鉴定克罗诺杆菌的效果。方法:应用MALDI-TOF MS Biotyper与API20E分别对32株克罗诺杆菌(28株分离株,4株参考菌株)与相近菌株阴沟肠杆菌、产气肠杆菌进行鉴定,并对鉴定结果分析比较。结果:MALDI-TOF MS Biotyper2.0将32株克罗诺杆菌鉴定到种、属水平分别为56.2%和37.5%;API20E为75%、21.9%。3株菌未获得鉴定结果,其余29株菌的鉴定结果相符。结论:MALDI-TOF MS Biotyper作为一种新的细菌鉴定手段,可用于克罗诺杆菌的鉴定。     

尿流式细胞术联合MALDI-TOFMS技术鉴定尿标本病原菌的应用

目的探讨尿流式细胞术联合基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time of Flight Mass Spectrometry,MALDI-TOF MS)直接鉴定尿标本病原菌的应用。方法收集2017年1-10月住院及门诊泌尿系统感染患者送检的清洁中段尿阳性标本234份。所有样本均通过尿流式细胞仪(UF-1000i)进行菌量计数;根据主要病原菌不同浓度的菌量,由MALDI-TOF MS判断分值来判定结果的可靠性。MALDI-TOF MS技术直接鉴定中段尿标本中大肠埃希菌(UF-1000i细菌计数10~5个/ml)与Biotyper数据库中的大肠埃希菌最佳匹配图谱进行比较。MALDI-TOF MS技术鉴定血琼脂平板上与中段尿不同菌量计数的大肠埃希菌的光谱比较。结果 MALDI-TOF MS直接法鉴定大肠埃希菌为可靠鉴定的最低菌量浓度为6×10~4个/ml,铜绿假单胞菌最低菌量浓度为1×10~5个/ml,金黄色葡萄球菌最低菌量浓度为3×10~5个/ml,粪肠球菌最低菌量浓度为5×10~5个/ml。MALDI-TOF MS技术直接鉴定中段尿标本中大肠埃希菌(UF-1000i细菌计数10~5个/ml),鉴定分值为2.245。利用MALDI-TOF MS直接鉴定与Vitek2-Compact全自动细菌鉴定进行对比,鉴定结果一致率为90.39%(207/229);中段尿培养为2种菌时,MALDI-TOF MS直接鉴定法鉴定结果为不可靠。MALDI-TOF MS直接法鉴定结果中鉴定到种水平207例占90.39%(207/229),鉴定到属水平216例94.32%(216/229),5.68%(13/229)MALDI-TOF MS未提供可靠的鉴定结果。结论尿流式细胞术与MALDITOF MS技术联合直接鉴定尿液中病原菌,是一种可靠细菌鉴定的新方法,其快速准确的鉴定,可为临床治疗提供病原学依据,具有一定的临床价值。     

MALDI-TOF MS在儿童血培养阳性病原菌快速鉴定中的应用

目的 建立快速、准确的儿童血培养阳性病原菌鉴定方法,缩短血流感染鉴定时间,评估临床试验可行性.方法 运用分离胶法提取阳性血培养瓶中富集的菌落,利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱分析(MALDI-TOF MS)对经过一系列前处理后的血培养阳性标本进行鉴定,并与病原菌纯培养鉴定后的结果对比,比较MALDI-TOF MS快...     

51起食源性疾病的病原谱分析

目的分析1997～2006年铜陵市51起食源性疾病的病原谱,为控制食源性疾病提供依据。方法根据患者临床表现和标本种类,进行病原微生物分离鉴定。结果共检测各类标本970份,检出各类病原微生物149株（检出率15.36%）,其中致病性弧菌90株（霍乱弧菌9株、麦氏弧菌4株、沙鱼弧菌3株、拟态弧菌6株、副溶血性弧菌43株、溶藻弧菌18株、河弧菌1株、类志贺邻单胞菌5株、温和气单胞菌1株）,占60.40%;肠道致病菌32株（致泻大肠埃希菌4株、志贺菌5株、沙门菌8株、变形杆菌15株）,占21.48%;蜡样芽胞杆菌13株,占8.72%;金黄色葡萄球菌2株,占1.34%;轮状病毒阳性标本（酶联法检测粪便中轮状病毒抗原）12份,占8.05%。结论致病性弧菌在引起食源性疾病的各类病原微生物中占首位,肠道致病菌位居第二。     

象山地产海产品副溶血性弧菌污染状况研究

目的了解象山地产海产品中副溶血性弧菌污染状况及其动态变化,探讨其与食物中毒的相关性,为食品安全预警提供监测数据。方法按不同季节分批从本地水产销售市场采集鱼类、甲壳类、贝类样品,采用MPN法进行副溶血性弧菌的定量检测,并对阳性菌株进行血清学分型及毒力基因检测。结果全年海产品副溶血性弧菌平均检出率为54.2%,最高含量≥24000MPN/100g;检出率及污染量以第3季度为最高;各类海产品中以贝类受污染程度最严重;分离到的副溶血性弧菌血清型分布以O11、O4、O5为主,其中3株携带TDH基因。结论象山地产海产品中副溶血性弧菌污染较严重,具有明显的季节性,与本地食物中毒的发生相一致,是引起食源性疾病的主要危险因素,应予以重视。     

不同培养基在鉴定致病性弧菌中的作用分析

目的探讨不同的增菌液及分离培养基在鉴定副溶血性弧菌及其他致病性弧菌中的作用。方法采用新旧两版(2003和2008年)国家标准中涉及到的增菌液和分离培养基对单一弧菌和混合弧菌进行检验。结果新版国标中3%氯化钠碱性蛋白胨水增菌效果较以往氯化钠结晶紫增菌液显著,新增科玛嘉弧菌显色培养基在鉴别不同类型的弧菌中作用明显。结果新的国家标准中对增菌液的选择进行调整,并新增了选择性培养基的种类,对于快速、准确地检出副溶血性弧菌及相应的弧菌起到了很好的作用。能够提高弧菌的检出率。     

食品中检出致病性弧菌的耐药性分析

[目的]了解温州地区食品中致病性弧菌污染程度和耐药性,为控制致病性弧菌相关的食源性疾病和临床合理使用抗生素提供科学依据。[方法]药敏试验采用Kirby-Bauer纸片扩散法,结果判断按CLSI抗微生物药物敏感性试验执行标准。[结果]8种117株致病性弧菌对大多抗菌药物敏感,耐药率最高的是氨苄西林,为89.7%,利福平次之,为45.3%;多重耐药性菌株33株,占总菌株数的28.2%;各类致病性弧菌对被检测的抗菌药物在耐药程度上存在一定差异,以嗜水、非O1群霍乱弧菌及豚鼠3种致病性弧菌的耐药性较高。[结论]温州地区各类食品中携带致病性弧菌情况较为普遍,药敏试验证实8种致病性弧菌对抗菌药物的耐药现象较为普遍,应引起相关部门的重视。可选择氨基糖甙类、头孢菌素类和氟喹诺酮类等抗菌药物治疗致病性弧菌引起的食源性疾病。     

我国沿海五省市致病性弧菌的分布调查及病原学研究

为了解致病性弧菌在我国沿海地区的分布情况及致病规律 ,对沿海 5省市 10个地区的 51份水样及食品进行了微生物学检测和病原学调查 ,结果共检出致病性弧菌 4 5株 ,以豚鼠气单胞菌( 2 6.7% )、溶藻弧菌 ( 2 2 .2 % )和副溶血弧菌 ( 11.1% )占多数 ,这与从急性感染性腹泻病人粪便中分离的弧菌主要菌种基本相同。东海、南海和黄海致病性弧菌的分离率相近 ,在 67%～ 77%。 2 9份水源水中有 2 7份检出致病性弧菌 ,检出率为 93.1% ,共检出 38株菌 ,主要分布在江水 ( 31.5% )、河水 ( 2 6.3% ) ,其次为海水和塘水 (均为 2 1.1% )。结果表明 ,致病性弧菌在水源水中的分布与其致病性密切相关 ,应加强致病性弧菌的监控、诊断和治疗 ,以降低发病率。     

佛山市外环境水体非O1群霍乱弧菌生物学特性和流行病学研究

目的　了解佛山市外环境水体中非O1群霍乱弧菌的菌型分布及毒素携带情况。方法收集外环境水样 ,用常规的细菌培养方法分离非O1群霍乱弧菌。采用分子生物学PCR技术检测霍乱肠毒素 (CT)基因 ,用ELISA检测耐热肠毒素 (ST)和不耐热肠毒素 (LT)。结果　共检测水样 16 4 4份 ,分离到非O1群霍乱弧菌 4 78株 ,分离率为 2 9 0 7% ;血清学分型显示近年佛山市外环境水体中非O1群霍乱弧菌的主要菌型为VBO7。霍乱肠毒素基因检测阳性率为 1 91% ;耐热肠毒素、不耐热肠毒素的检出率分别为 13 14 %和 12 17%。结论　个别非O1群霍乱弧菌可同时带有多种毒力因子 ,提示佛山市外环境水体中存在的非O1群霍乱弧菌具有潜在的致病性 ,加强监测对做好感染性腹泻的防治工作实属必要。     

淮安市233份畜禽肉及152份淡水龙虾中致病菌分布状况及耐药性分析

目的 了解淮安市生畜禽肉和即食性淡水龙虾中致病菌的污染状况以及相关菌株的耐药性,为食源性疾病预防工作提供依据。方法 依据国家食品微生物检测标准检测233份生畜禽肉和152份即食性淡水龙虾产品中的致病菌,然后测定相关致病菌的耐药性。结果 生畜禽肉中致病菌检出率为21.03%(49/233),即食性淡水龙虾产品中致病菌检出率为3.95%(6/152)。分离到的致病菌包括沙门氏菌(32株)、金黄色葡萄球菌(19株),单增李斯特菌(5株)和副溶血弧菌(4株)。沙门氏菌和金黄色葡萄球菌分离株的耐药情况严重。其中,沙门氏菌分离株主要对氨苄西林和萘啶酸具有耐药性,分别为78.13%和81.25%;金黄色葡萄球菌分离株则对红霉素(94.74%)、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑(84.21%)和克林霉素(63.16%)具有较强的耐药性。结论 淮安市生畜禽肉和即食性淡水龙虾中致病菌污染严重,且沙门氏菌和金黄色葡萄球菌耐药性严重。相关部门应该加强市场监督并建立食品致病菌持续监测机制,预防食源性疾病的暴发。