通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱系统直接快速鉴定阳性血培养北大核心CSCD

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床微生物实验室的应用,为阳性血培养中微生物鉴定提供了革命性的新方法,我们报告一种改良的利用MALDI-TOF质谱直接鉴定阳性血培养的方法。方法 2011年10月-2012年10月共收集312瓶阳性培养物,细菌分别属于12个不同属和32个种,MALDI-TOF质谱鉴定的细菌同时进行了常规生化法鉴定,其中不符合的部分通过序列分型明确。结果 200株革兰阳性菌中,161株(80.5%)准确鉴定到属以上水平,121株(60.5%)准确鉴定到种;112株革兰阴性菌中,101株(90.2%)准确鉴定到属以上水平,81株(72.3%)准确鉴定到种水平;MALDI-TOF质谱鉴定革兰阴性菌,在属以上水平和种水平上,准确率均高于革兰阳性菌。结论通过这种方法能在1h内快速、鉴定阳性血培养中的常见细菌,如果将此项技术常规应用于临床,将显著增加菌血症患者在24h内得到最佳抗菌药物治疗的比例。     

通过基质辅助激光解析电离飞行时间质谱系统直接快速鉴定阳性血培养

目的基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在临床微生物实验室的应用,为阳性血培养中微生物鉴定提供了革命性的新方法,我们报告一种改良的利用MALDI-TOF质谱直接鉴定阳性血培养的方法。方法 2011年10月-2012年10月共收集312瓶阳性培养物,细菌分别属于12个不同属和32个种,MALDI-TOF质谱鉴定的细菌同时进行了常规生化法鉴定,其中不符合的部分通过序列分型明确。结果 200株革兰阳性菌中,161株(80.5%)准确鉴定到属以上水平,121株(60.5%)准确鉴定到种;112株革兰阴性菌中,101株(90.2%)准确鉴定到属以上水平,81株(72.3%)准确鉴定到种水平;MALDI-TOF质谱鉴定革兰阴性菌,在属以上水平和种水平上,准确率均高于革兰阳性菌。结论通过这种方法能在1h内快速、鉴定阳性血培养中的常见细菌,如果将此项技术常规应用于临床,将显著增加菌血症患者在24h内得到最佳抗菌药物治疗的比例。     

全自动微生物鉴定药敏分析仪对病原菌的鉴定价值分析

目的:探讨全自动微生物鉴定药敏分析仪对病原菌的鉴定价值。方法:选取临床分离的革兰阴性菌124株、革兰阳性菌120株以及实验室保存的革兰阴性参考菌株80株、革兰阳性参考菌株80株,应用VITEK2-compact自动微生物鉴定药敏分析仪实施鉴定,对鉴定结果与鉴定时间进行分析。结果:全自动微生物鉴定药敏分析仪鉴定革兰阳性菌的准确率为94.50%,全自动微生物鉴定药敏分析仪鉴定阴性菌的准确率为96.08%;革兰阳性菌鉴定时间不足6h的为80.50%,革兰阴性菌鉴定时间不足6h的为87.25%。结论:全自动微生物鉴定药敏分析仪可有效鉴定病原菌种类,且鉴定速度快,可为临床疾病诊断与药敏试验提供参考。     

建立MALDI-TOF MS鉴定的海洋致病性弧菌数据库样本前处理的适宜条件

目的探讨建立基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鉴定海洋致病性弧菌数据库前样本处理的适宜条件,为完善MALDI-TOF MS鉴定该菌入数据库提供参考。 方法将32株海洋致病性弧菌培养至24、48、72 h时,分别用直接转移法、扩展的直接转移法、甲酸提取法得到上机样品,然后用MALDI-TOF MS进行采图鉴定,用SPSS20.0软件进行统计学分析,对样本不同培养时间及3种处理方法的鉴定结果进行比较评价。 结果培养24 h鉴定分数平均值为2.321,属水平鉴定正确率为96.88%,种水平鉴定正确率为90.63%;培养48 h鉴定分数平均值为2.315,属水平鉴定正确率为93.75%,种水平鉴定正确率为90.63%;培养72 h鉴定分数平均值为2.316,属水平鉴定正确率为93.75%,种水平鉴定正确率为87.50%,3种不同培养时间的前处理方法鉴定至属(P=0.129)、鉴定到种(P=0.078),差异均无统计学意义。直接转移法鉴定分数平均值为1.986,属水平鉴定正确率为78.13%,种水平鉴定分数为59.38%;扩展的直接转移法鉴定分数平均值为2.135,属水平鉴定正确率为90.63%,种水平鉴定正确率为78.13%;甲酸提取法鉴定分数平均值为2.306,属水平鉴定正确率为96.88%,种水平鉴定分数为90.63%,3种不同上机前样本处理方法鉴定到属时差异有统计学意义(P=0.006);鉴定到种时差异有统计学意义(χ²=8.691,P=0.013)。 结论建立MALDI-TOF MS海洋致病性弧菌数据库时,选择培养时间24 h的甲酸法提取菌体蛋白的前处理方法较适宜,可得到高质量的蛋白指纹图谱和鉴定正确率。     

比较MALDI-TOF MS直接涂片法与蛋白提取法鉴定洋葱伯克霍尔德菌群的应用研究

目的比较基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)直接涂片法和蛋白提取法鉴定洋葱伯克霍尔德菌群的差异。方法收集118株临床分离经VITEK全自动细菌仪鉴定为洋葱伯克霍尔德菌群菌株,采用MALDI-TOF MS直接涂片法和蛋白提取法进一步分析基因型,同时比较两种鉴定方法之间的优缺点。结果 118株洋葱伯克霍尔德菌群经MALDI-TOF MS两种方法只是鉴定结果分数有所差异,鉴定结果一致,分别为:93株Burkhoderia cencepacia(基因型Ⅲ型),11株多嗜伯克霍尔德菌(基因型Ⅱ型),10株洋葱伯克霍尔德菌(基因型I型),3株越南伯克霍尔德菌(基因型V型),1株吡咯伯克霍尔德菌(基因型Ⅸ型)。MALDI-TOF MS直接涂片法鉴定分数均值2.126,仅9株(7.62%)鉴定结果不可信(分值1.700),准确鉴定至种(t≥2.300)与准确鉴定至属(t≥1.700)的比例分别为38.98%和92.38%;MALDI-TOF MS蛋白提取法仅2株(1.69%)鉴定结果不可信,准确鉴定至种(t≥2.300)与准确鉴定至属(t≥1.700)的百分比均高于直接涂片法,分别为44.92%和98.31%;但是不同分值分组间准确鉴定至种(分值≥2.300)、鉴定至属(分值≥1.700),两种方法差异均无统计学意义(P0.05)。结论 MALDI-TOF MS可快速准确地鉴定洋葱伯克霍尔德菌群至基因型,临床标本鉴定时首选MALDI-TOF MS直接涂片法,对于鉴定结果不可信的菌株可进一步采用蛋白提取法鉴定。     

分析全自动微生物鉴定药敏分析仪的临床应用价值

目的:分析全自动微生物鉴定药敏分析仪的临床应用价值。方法:选取2013年3月~2012年2月间某院多科室患者的排泄物体作为临床标本,标本中分离非重复的革兰阳性菌40株,革兰阴性菌44株,以及实验室保存的标准菌株革兰氏阳性菌35株和革兰氏阴性菌35株。采用Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定药敏分析仪做首选鉴定、低分辨率鉴定及种错鉴定结果。结果:革兰氏阳性菌正确鉴定70株,占比93.33%,革兰氏阴性菌正确鉴定为76株,占比96.20%,两组数据对比差异无统计学意义(P>0.05),但本次研究中革兰氏阴性菌正确鉴定率较高。革兰氏阴性菌鉴定均在6小时内完成,占比100%,革兰氏阳性菌鉴定6小时内完成为72株,占比96.0%。结论:Vitek 2 Compact全自动微生物鉴定药敏分析仪对细菌的鉴别准确率较高,值得临床推广应用。     

MALDI-TOF MS鉴定一株小菌落变异型金黄色葡萄球菌

目的探讨运用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)技术对金黄色葡萄球菌小菌落变异型的特征性蛋白指纹图谱进行深度研究的价值。 方法分别采用传统生化鉴定、16S rRNA测序技术和MALDI-TOF MS技术对1株小菌落变异型金黄色葡萄球菌进行鉴定,通过质谱鉴定系统VITEK MS的质谱科研模式获取金黄色葡萄球菌小菌落突变株(small colony variants, SCV)的质谱图,分析代表金黄色葡萄球菌agr和sigB系统的m/z表达强度,并用SARAMIS软件构建基于质谱峰谱特征的系统发育树。 结果使用MALDI-TOF MS技术鉴定该菌株为金黄色葡萄球菌,与传统生化鉴定、16S rRNA测序技术的鉴定结果一致。其菌落形态符合典型SCV菌株的特征,预示生物膜形成的PSMα3 (m/z 2634.4)、PSMα1(m/z 2286.8)和PSMα4(m/z 2198.6)的表达强度分别为100%、76.1%和32.3%,反映急性早期感染状态的agr调控系统的delta毒素强度只有10%;反映慢性、复发性感染的sigB调控系统的峰谱相对强度均<25%,该菌株和科研菌种库SCV的系统发育树近似度>70%。 结论MALDI-TOF MS技术不仅能够快速准确鉴定不典型金黄色葡萄球菌,且生成的质谱图能够初步提示菌株在宿主体内的感染状态,表明该技术具有极大的应用前景。     

复杂性细菌性尿路感染病原菌分布与耐药性分析

目的探讨复杂性尿路感染病原菌分布及耐药性特点,为抗菌药物合理使用提供参考。方法收集2012年7月-2013年7月在医院治疗的125例复杂性尿路感染患者临床资料,采用法国生物梅里埃公司VITEK-2Compact全自动微生物鉴定仪进行细菌鉴定,采用纸片扩散法(K-B法)进行药敏试验。结果 125例尿路感染患者送检标本培养出311株病原菌,其中革兰阳性菌59株占18.97%、革兰阴性菌213株占68.49%、真菌39株占12.54%;主要革兰阳性菌对多数抗菌药物耐药率均>50.00%,对万古霉素的耐药率0;革兰阴性菌对多数抗菌药物耐药率>50.00%,对头孢类抗菌药物耐药率均高达>90.00%;对美罗培南、呋喃妥因耐药率较低<15.00%;真菌对制霉菌素的耐药率为0。结论复杂性尿路感染的病原菌以革兰阴性菌为主;革兰阳性菌和革兰阴性菌对抗菌药物耐药率较高,真菌对抗菌药物具有较好的敏感性,在进行治疗前,应进行药敏试验,根据试验结果选择敏感性高的抗菌药物。     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术在快速鉴定真菌中的临床应用研究

目的总结基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF MS)应用于临床真菌鉴定的特点,为评估其在真菌快速鉴定方面的重要性及临床应用价值。方法采用VITEK MS鉴定仪对2013年1月-2014年9月临床检出真菌进行鉴定,获取真菌全细胞蛋白(主要是核糖体蛋白)质谱,通过与数据库中已知菌质谱进行比较、分析,获得鉴定结果并对数据进行统计分析。结果共鉴定出真菌1 254株,质谱技术鉴定真菌共1 198株,占95.53%,未鉴定出真菌占4.47%;应用质谱技术鉴定的真菌中以假丝酵母菌属为主,共1 125株占93.91%。结论 MALDI-TOF MS技术鉴定真菌种类多,操作流程简单、快速,而且还具有很好的可重复性和准确性,是传统真菌鉴定方法的有力补充,为真菌鉴定提供了新的选择。     

恶性肿瘤患者下呼吸道感染病原菌分布及耐药性分析

目的探讨恶性肿瘤患者下呼吸道感染病原菌分布及其耐药性,指导临床合理用药。方法选取医院2006年5月-2011年9月收治的605例恶性肿瘤患者进行回顾性分析,使用法国生物梅里埃公司ATB1525Expression全自动细菌鉴定分析仪进行菌株鉴定,使用纸片扩散法探究菌株耐药性。结果共检出病原菌605株,其中革兰阴性菌322株占53.2%,革兰阳性菌113株占18.7%,真菌170株占28.1%,排前5位的病原菌依次为铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌、金黄色葡萄球菌、嗜麦芽寡养单胞菌,分别占15.2%、11.4%、10.6%、8.3%、4.5%;革兰阴性菌对亚胺培南/西司他丁、头孢哌酮/舒巴坦、阿米卡星及环丙沙星耐药率较低;革兰阳性菌对万古霉素耐药率最低,敏感率达100.0%,除万古霉素外,革兰阳性菌对其他抗菌药物耐药性均较高。结论恶性肿瘤患者下呼吸道感染的主要病原菌为革兰阴性菌,革兰阴性菌对亚胺培南/西司他丁耐药率较低,革兰阳性菌对万古霉素耐药率最低,对于出现感染的患者可根据其菌种选择适合的抗菌药物进行治疗。     

Search of streptomycin-resistant bacteria in creek water and application of MALDI-TOF MS to grouping of the isolated bacteria

A search of streptomycin-resistant bacteria was carried out using ten creek water samples collected in Saga prefecture by spreading the sample water on an R2A medium containing 10 microg/ml of streptomycin. It was clarified that such streptomycin-resistant bacteria as Bacillus, Novosphigobium, Sphingopyxis and Oceanobacillus were distributed in the creek water. Further, 60% of the isolates didn't form an inhibitory zone by the application of 700 microg/ml streptomycin solution in the cup method assay. Further, the effectiveness of the MALDI-TOF MS analysis for the grouping of the isolates was examined. The discriminating ability of MALDI-TOF MS analysis was higher than that of RFLP analysis and it was almost equal to that of sequence analysis using 16S rDNA. Considering the high-throughput ability of the MALDI-TOF MS instrument, MALDI-TOF mass spectral identification of bacteria will be a powerful method in the construction of a MALDI-TOF mass spectra database.     

MALDI-TOF MS在儿童血培养阳性病原菌快速鉴定中的应用

目的 建立快速、准确的儿童血培养阳性病原菌鉴定方法,缩短血流感染鉴定时间,评估临床试验可行性.方法 运用分离胶法提取阳性血培养瓶中富集的菌落,利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱分析(MALDI-TOF MS)对经过一系列前处理后的血培养阳性标本进行鉴定,并与病原菌纯培养鉴定后的结果对比,比较MALDI-TOF MS快...     

Identification of Acinetobacter species: Is Bruker biotyper MALDI-TOF mass spectrometry a good alternative to molecular techniques?

Acinetobacter spp. has become a leading cause of nosocomial infection in recent years. Phenotypic similarities between the species in the genus have made it difficult to identify them clearly using routine diagnostic methods. Consequently, more relevant species have been grouped together as Acinetobacter calcoaceticus-Acinetobacter baumannii complex (A. baumannii, A. calcoaceticus, Acinetobacter genospecies 3 and A. genospecies 13TU). However, there are other species that may also have clinical significance. The aims of this study were to establish the usefulness of matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) for the identification of Acinetobacter species by comparison with two molecular techniques, as well as determine the role of species other than A. baumannii play in nosocomial infections.The study sample comprised 109 clinical isolates of Acinetobacter. They were all identified using MALDI-TOF MS. Thirty-one isolates of these were also tested using comparator amplification of bla(OXA51-like) and sequencing of the rpoB gene. Different score values in MALDI-TOF MS revealed 87 A. baumannii, 19 A. genospecies 3, 1 Acinetobacter junii, 1 Acinetobacter baylyi and 1 Acinetobacter tjernbergiae. Amplification of bla(OXA-51)(-like) showed products in 85 isolates. Sequencing of the rpoB gene allowed us to identify all the 31 isolates analyzed: 16 were consistent with the results of spectrometry and 15 were not. This work showed that molecular techniques are still needed to identify the different species of clinical interest within the genus Acinetobacter. Although, MALDI-TOF MS could be useful to identify A. baumannii but not other species in the genus.     

一种新型B群链球菌显色培养基在孕妇产前B群链球菌检测中的应用效果研究

目的通过与CDC推荐THB+BAP及质谱鉴定(MS)相结合的参考方法比对,评估一种新型B群链球菌显色肉汤(GBSB)在孕妇产前B群链球菌(GBS)检测中的应用效果。方法接种不同浓度的GBS标准株测定GBSB检测限,并用87株GBS临床分离株进行验证;接种干扰菌测定GBSB的杂菌抑制性。以THB+BAP+MS为对比方法,分别对702例临床孕妇拭子样本(378例阴道分泌物和324例肛周分泌物)同步进行了2种方法对比检测,分析二者检测结果差异。结果标准菌株ATCC12386测定GBSB的检测限为100 cfu/ml,在该检出限条件下共验证87株GBS临床株,其中85株GBSB检测为阳性,10株常见杂菌即使0.5麦氏单位也不干扰。以对比方法为参比,702例临床孕妇拭子样本GBSB检测的灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值均达到了93%~100%,Kappa分析二者的一致性较好。结论GBSB是一种更简单、方便、高效、低耗的GBS检测方法,具有较好临床推广应用价值。     

MALDI-TOF MS在液体培养分枝杆菌菌种鉴定中的研究

目的研究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对液体培养分枝杆菌菌种鉴定的能力。方法回顾性收集本院2017年10月-2018年10月液体培养分离到的结核分枝杆菌40株,非结核分枝杆菌85株,采用MALDI-TOF MS菌种鉴定,与传统生化鉴定方法和16S r DNA测序结果进行比较,以测序结果为金标准分析MALDITOF MS对分枝杆菌菌种鉴定的准确性,评价其应用价值。结果测序结果46株为结核分枝杆菌,40株符合初筛结果,另有6株初筛非结核菌株鉴定为结核分枝杆菌,78株为非结核分枝杆菌,1株奴卡菌。MALDI-TOF MS从46株结核分枝杆菌中正确鉴定出44株,正确鉴定率为95.65%;78株非结核分枝杆菌中,69株正确鉴定,1株奴卡菌正确鉴定,NTM正确鉴定率为88.46%(69/78);奴卡菌鉴定率为100.00%(1/1),另对常见堪萨斯分枝杆菌、脓肿分枝杆菌等非结核分枝杆菌均能正确鉴定。结论MALDI-TOF MS对液体培养分枝杆菌具有较高鉴定率,是一种快速、简便准确的鉴定方法,在临床应用中具有重要价值。     

MALDI-TOF mass spectrometry-based identification of group A Streptococcus isolated from areas of the 2011 scarlet fever outbreak in china

There was a dramatic increase in scarlet fever cases in China from March to July 2011. Group A Streptococcus (GAS) is the only pathogen known to cause scarlet fever. Matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS) coupled to Biotyper system was used for GAS identification in 2011. A local reference database (LRD) was constructed, evaluated and used to identify GAS isolates. The 75 GAS strains used to evaluate the LRD were all identified correctly. Of the 157 suspected β-hemolytic strains isolated from 298 throat swab samples, 127 (100%) and 120 (94.5%) of the isolates were identified as GAS by the MALDI-TOF MS system and the conventional bacitracin sensitivity test method, respectively. All 202 (100%) isolates were identified at the species level by searching the LRD, while 182 (90.1%) were identified by searching the original reference database (ORD). There were statistically significant differences with a high degree of credibility at species level (χ² = 6.052, P < 0.05 between the LRD and ORD). The test turnaround time was shortened 36–48 h, and the cost of each sample is one-tenth of the cost of conventional methods. Establishing a domestic database is the most effective way to improve the identification efficiency using a MALDI-TOF MS system. MALDI-TOF MS is a viable alternative to conventional methods and may aid in the diagnosis and surveillance of GAS.     

MALDI-TOF MS对临床常见真菌鉴定准确性的Meta分析

目的评价基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)鉴定临床常见真菌的准确性,为临床真菌感染的诊断及治疗提供依据。方法计算机检索各据库,查找MALDI-TOF MS检测真菌准确性的文献,对纳入的文献进行质量评价和数据提取,采用QUADAS-2工具对纳入文献的偏倚风险进行评价,运用Meta-Disc1.4软件进行Meta分析,比较不同菌株来源、菌种、参考方法、使用仪器各亚组的诊断效能。结果共纳入文献26篇,9 708株真菌,基本涵盖了临床常见酵母菌属及丝状真菌属。Meta分析结果显示,MALDI-TOF MS鉴定真菌合并灵敏度[95%置信区间(95%CI)]为0.97(0.97～0.97),合并特异度(95%CI)为0.85(0.81～0.88),合并阳性似然比(95%CI)为5.60(4.55～6.90),合并阴性似然比(95%CI)为0.02(0.01～0.04),诊断比值比(95%CI)为282.40(149.50～533.46),汇总受试者工作特征曲线下面积为0.9078。亚组分析结果显示,MALDI-TOF MS技术对临床酵母菌属及丝状真菌属的鉴定,不受菌株来源、仪器品牌等因素影响,均具有很好的鉴定效果。结论MALDI-TOF MS对临床常见真菌鉴定的准确性高,适合在临床广泛推广应用。     

MALDiI Botyper与API20E对克罗诺杆菌(阪崎肠杆菌)的鉴定结果比较

目的:评价MALDI-TOF MS Biotyper鉴定克罗诺杆菌的效果。方法:应用MALDI-TOF MS Biotyper与API20E分别对32株克罗诺杆菌(28株分离株,4株参考菌株)与相近菌株阴沟肠杆菌、产气肠杆菌进行鉴定,并对鉴定结果分析比较。结果:MALDI-TOF MS Biotyper2.0将32株克罗诺杆菌鉴定到种、属水平分别为56.2%和37.5%;API20E为75%、21.9%。3株菌未获得鉴定结果,其余29株菌的鉴定结果相符。结论:MALDI-TOF MS Biotyper作为一种新的细菌鉴定手段,可用于克罗诺杆菌的鉴定。