独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

甘枣宁治疗非酒精性脂肪性肝病的网络药理学机制

【目的】应用网络药理学探讨甘枣宁治疗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的作用机制。【方法】搜索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)中甘枣宁的主要活性成分及对应靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库等获得NAFLD的相关靶点,将药物预测靶点映射至疾病靶点上,获得交集靶点。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体论(GO)分析、蛋白互相作用(PPI)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.7.1软件构建可视化网络图。【结果】甘枣宁有效活性成分84个,对应353个靶点,映射至921个NAFLD疾病靶点,获得交集靶点73个。PPI分析发现JUN、RELA、HSP90AA1、APP等可能是甘枣宁治疗NAFLD的核心靶点。GO分析显示,甘枣宁治疗NAFLD涉及应对营养物质水平、应对脂多糖,细胞应对有机氮化合物、活性氧代谢等生物学过程;KEGG分析显示甘枣宁治疗NAFLD的影响通路主要有糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)及晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路、白细胞介素-4(IL-4)—白细胞介素-13(IL-13)信号通路、癌症通路、NAFLD信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等。【结论】甘枣宁治疗NAFLD具有多成分、多靶点、多通路的特性,通过挖掘甘枣宁潜在的靶点和相关通路,推测甘枣宁治疗NAFLD可能的作用机制,可为中医复方的现代化发展奠定基础。     

基于网络药理学探讨乌梅治疗湿疹的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨乌梅治疗湿疹的作用机制。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得乌梅中的活性成分及其相应靶标;利用GeenCards、TTD、OMIM数据库获取与湿疹相关的疾病靶标。借助String平台分别构建乌梅及湿疹蛋白互作网络PPI并选取两网络的交集靶标。采用AutoDock Vina软件对乌梅活性成分及关键靶点进行分子对接。利用String、基因本体(GO)进行分子生物功能注释。利用DAVID、Metascape数据库进行信号通路富集分析。结果乌梅中的活性成分有8个,乌梅作用于湿疹的靶点有32个。关键活性成分主要为槲皮素、山奈酚。关键靶标主要包括人肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、干扰素(IFNG)、重组人转化生长因子β1(TGFβ1)等。基因富集分析显示这些基因主要影响细胞因子应答、细胞因子相关通路、有机物分子应答等生物过程。Metascape通路富集分析显示IL-17通路、MAPK通路、JAK-STAT信号通路等基因富集较多。结论基于网络预测乌梅通过多成分、多靶点、多通路协同治疗湿疹的药理作用机制,为乌梅的开发提供新思路及理论参考。     

基于网络药理学结合LC-MS与分子对接探讨黄芪-莪术药对治疗卵巢癌的有效成分及作用机制

目的 采用网络药理学方法、液质联用(LC-MS)及分子对接技术分析黄芪-莪术药对治疗卵巢癌(Ovarian cancer, OC)的有效成分、关键靶点及作用机制。方法 通过TCMSP、SWISS、Drugbank、DisGeNET和GeneCards等数据库及文献研究,合并LC-MS定量分析的黄芪-莪术药对代表性成分信息,获得药对潜在活性成分并筛选其抗OC的主要作用靶点,并借助Metascape数据库对其进行GO功能富集和KEGG通路分析;运用AutoDock Vina对黄芪-莪术核心活性成分与关键作用靶点进行分子对接验证其结合活性。结果 整合网络药理学及LC-MS技术筛选得到黄芪-莪术药对治疗OC核心活性成分主要为黄芪中黄酮类化合物及莪术中姜黄素类化合物;PPI分析发现其潜在关键靶点为TP53、AKT1、VEGFA、MYC、EGFR等;GO、KEGG富集分析结果涉及调节信号通路的蛋白激酶,并与MAPK、HIF-1等信号通路密切相关;分子对接结果显示,黄芪-莪术药对治疗OC的核心成分与关键靶点具有较强的结合活性。结论 采用网络药理学方法联合LC-MS及分子对接技术,可快速分析黄芪-莪术...     

基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病中的作用

目的 基于网络药理学和分子对接研究人参治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法 用TCMSP数据库筛选人参的有效成分和其对应的靶点,并用Cytoscape-v3.8.2软件构建药物-成分-靶点网络。用OMMI数据库和GeneCards数据库筛选DN的疾病靶点,并与人参有效成分对应的靶点取交集靶点。将交集靶点分别输入STRING和DAVID数据库构建PPI网络、GO生物功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后将筛选得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果 筛选得到人参的有效成分22种,对应的靶点116个,其中作用于DN的靶点63个;药物-成分-靶点网络显示,人参的核心成分有山奈酚和β-谷甾醇;PPI网络发现人参治疗DN的核心靶点为PTGS2、IL-1β、TNF-α、AKT1、PPARG、CASP3、NOS3和NFKBIA;GO生物功能富集分析得到生物过程(BP)条目377个,细胞组分(CC)条目42个,分子功能(MF)条目62个;KEGG通路富集分析得到135条通路,主要包括脂质与动脉粥样硬化、弓形虫、癌症信号通路和AGE-RAGE信号通路等。分子对接发现山萘酚与PTGS2、IL-1β、...     

基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点，通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点；借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图；运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个，对应靶点238个；DN相关靶点740个，大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点，拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示，涉及74个生物功能，46个细胞功能，92个分子功能；干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七-骨碎补治疗股骨头坏死的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究“三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对“三七-骨碎补”药对的活性成分及成分靶点进行采集、筛选，通过CNKI、PubMed数据库对其进行补充，并利用UNIPORT数据库对靶点进行转换；通过GeneCards、TTD和OMIM数据库收集股骨头坏死的作用靶点，取得交集靶点后导入STRING数据库，生成PPI网络，并通过Cytoscape 3.9.0软件构建中药-活性成分-靶点网络；通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。结果 共得到“三七-骨碎补”药对的20个活性成分和229个潜在靶点，1386个股骨头坏死的靶点。GO富集分析主要包括炎症反应、凋亡过程、调节血管生成、与雌性激素响应等功能；KEGG富集分析主要包括脂质与动脉硬化、白细胞介素-17信号通路、类风湿性关节炎等信号通路。结论 “三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死具有成分多、靶点广、通路复杂的特点，可能通过IL6、TNF、TP53等靶点以及脂质代谢、白细胞介素-17等信号通路共同发挥治疗股骨头坏死的作用。     

基于网络药理学与分子对接技术分析活血利水方治疗前部缺血性视神经病变急性期的作用机制

目的 运用网络药理学方法,探讨活血利水方治疗前部缺血性视神经病变(Anterior ischemic optic neuropathy, AION)急性期的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索活血利水方有效活性成分和作用靶点,根据文献报道补充未预测到的活性成分的已知靶点;采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化;采用GeneCards数据库、OMIM数据库获取AION急性期靶点;通过STRING数据库构建活血利水方治疗AION急性期PPI网络,并借助Cytoscape软件筛选关键靶点;DAVID数据库进行功能富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2对关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出活血利水方活性成分159个,筛选的关键靶点主要涉及MAPK14、FOS、MYC、ESR1等。KEGG富集分析显示AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等信号通路可能是活血利水方治疗AION急性期的关键信号通路。分子对接结果显示活血利水方的关键活性成分可以对MA...     

Network Pharmacology and Molecular Docking Study of Tongmai Zhuyu Decoction(通逐瘀汤) in Treatment of Atherosclerosis

目的:采用网络药理学与分子对接技术探讨通脉逐瘀汤治疗动脉粥样硬化(AS)的潜在作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)、分子机制的生物信息学(BATMAN)数据库、通用蛋白质资源(Uniprot)数据库获得通脉逐瘀汤的活性成分及其作用靶点;通过在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库、基因卡片(Gene Cards)数据库、基因疾病关联(DisGeNET)数据库和毒性与基因比较(CTD)数据库获取AS的相关靶点并与通脉逐瘀汤作用靶点取交集;基于Cytoscape软件构建通脉逐瘀汤治疗AS的化合物-靶点-疾病网络并进行网络拓扑学分析;通过检索交互基因搜索工具(STRING)数据库构建靶点蛋白质交互作用(PPl)关系网络并进行网络拓扑学分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接模拟;最终利用Bioconductor中的R包Cluster-profile version 3.12.0对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:共筛选到279种活性成分和586个靶点;分子对接模拟发现,川陈皮素、(+)-儿茶素、黄芩素等活性成分与关键靶点的结合活性较好;GO富集分析结果共有1749个GO条目,其中1627个生物过程条目、30个细胞组分条目和92个分子功能条目;KEGG通路富集分析结果共有94条通路,主要有低氧诱导因子-1 (HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、钙离子信号通路等通路.结论:通脉逐瘀汤可通过多成分、多靶点、多通路参与治疗AS.     

基于网络药理学的参桂胶囊治疗2型糖尿病作用机制研究

目的：通过网络药理学研究参桂胶囊（SGC）治疗2型糖尿病（T2DM）的作用机制。方法：使用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索SGC中的主要活性成分及靶点,治疗靶标数据库（TTD）、比较毒性基因组学数据库（CTD）、在线孟德尔遗传（OMIM）、GeneCards数据库获取T2DM靶点,进而筛选出中药和疾病的共同靶点。采用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点”网络图,并通过Metascape对共同靶点进行GO和KEGG富集分析预测SGC主要作用通路。结果：分析显示SGC中的人参皂苷、咖啡酸、油酸、肉桂醛和β-谷甾醇为主要活性成分,核心靶点有胰岛素（INS）、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子（TNF）、过氧化物酶体增殖物激活受体-γ(PPAR-γ)等。主要涉及低氧诱导因子-1(HIF-1)、晚期糖基化终末产物（AGE）-糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、c AMP信号通路等。结论：揭示了SGC可通过“多成分、多靶点、多途径”作用机制对抗T2DM,为今后研究SGC治疗T2DM提供了文献依据。     

六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变网络药理学与分子对接分析

目的 基于网络药理学研究六味地黄丸治疗糖尿病视网膜病变(diabetic retinopathy,DR)的潜在机制并利用分子对接进行验证。方法 通过TCMSP数据库平台筛选六味地黄丸的有效成分以及相关靶点,通过疾病数据库(GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库)获取DR相关靶标并预测六味地黄丸治疗DR的潜在靶点。通过STRING网站和Cytoscape3.7.2软件绘制“复方活性成分-交集靶点”网络结构,同时建立PPI网络模型并找到关键靶点。对六味地黄丸治疗DR的靶标进行基因本体(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后采用AutoDock软件实现分子对接。结果 (1)获得六味地黄丸活性成分69个,有效成分靶点蛋白203个,DR相关基因3326个,交集靶点121个,核心靶标13个。(2)与DR治疗相关的生物学进程(biological process,BP)包括对脂多糖、氧化应激、化学应激的反应等,KEGG富集分析提示关键的通路涵盖AGE-RAGE、PI3K-Akt、HIF-1信号通路等。(3)分子对接显示槲皮素、薯蓣皂苷、山柰酚、β...     

通督活血汤治疗腰椎管狭窄症的网络药理学和分子对接机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接探讨通督活血汤治疗腰椎管狭窄症（LSS）的作用机制。方法通过TCMSP、ETCM数据库及文献筛选出通督活血汤活性成分；利用Swiss Target Prediction和Genecards数据库预测活性成分作用靶点及LSS疾病靶点。通过STRING数据库构建潜在作用靶点的蛋白相互作用（PPI）网络并通过Cytoscape 3.8.0软件筛选潜在靶点。通过DAVID工具进行潜在靶点的GO和KEGG富集分析。利用Discovery Studio 2016软件进行分子对接验证。结果 通督活血汤核心活性成分为熊竹素、（3R）-去-O-甲基毛狄泼老素、12-甲基十四烷酸和苏木查尔酮；治疗LSS的核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、白细胞介素（IL）-6、IL-1β 和AKT1。关键作用通路为TNF信号通路、FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路等。核心活性成分与核心作用靶点具有稳定的结合性能。结论 本研究初步揭示了通督活血汤的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗LSS的作用机制，为通督活血汤的临床开发提供了依据。     

基于网络药理学探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的〓本研究通过网络药理学的方法，探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在作用机制。方法 运用网络药理学对清瘟解热合剂治疗COVID-19的可能作用靶点和通路进行分析，利用中药系统药理学数据库及分析平台（TCMSP）检索相关化学成分和作用靶点。在OMIM和Genecards数据库中查询与COVID-19相关的靶点。将药物靶点和疾病靶点做韦恩图，得到交集靶点。运用DAVID数据库和KOBAS3.0数据库对靶点进行进行基因功能（GO）富集分析和基因通路（KEGG）富集分析。运用Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。结果 网络药理学分析结果表示，本研究共收集到清瘟解热合剂活性成分264个，可作用于510个靶点，关键靶点涉及：白细胞介素（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、趋化因子配体2（CCL2）等。GO功能富集分析得到283个条目，其中生物条目（BP）226条，分子功能（MF）31条，细胞组成（CC）26条。KEGG通路富集分析共得到232条通路，包含IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 通过网路药理学研究，清瘟解热合剂中的有效成分可能通过影响IL-6、TNF、CCL2等靶点的表达，并调控了IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等，发挥治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学分析角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制

目的 采用网络药理学方法探讨角药葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台筛选葛根、鹿衔草、羌活的主要有效活性成分及其作用靶点。采用CTD、GeneCards及OMIM数据库获取颈椎病的相关基因靶点,并将其与角药的有效活性成分作用靶点进行交集,获取共同靶点。针对共同靶点,构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络,以及蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)网络,同时进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 共获得葛根-鹿衔草-羌活的有效活性成分28个及其靶点86个,与12 097个颈椎病相关基因靶点取交集后得到共同靶点72个。根据PPI网络筛选出白细胞介素6(IL-6)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(Caspase3)、雌激素受体1(ESR1)等关键靶点蛋白。GO功能富集分析结果显示,共同靶点主要涉及核受体活性、转录因子活性/直接配体调节的序列特异性、类固醇激素受体活性等生物过程或功能;KEGG通路富集分析结果显示,葛根-鹿衔草-羌活治疗颈椎病的信号通路主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、磷脂酰肌醇...     

基于网络药理学和分子对接探讨裘氏二藤汤治疗慢性盆腔炎的机制

[目的] 基于网络药理学和分子对接方法,探讨二藤汤的有效成分治疗慢性盆腔炎的机制。[方法] 利用TCMSP和TCMID数据库筛选出二藤汤有效成分及其靶点,运用Uniprot数据库获取标准化的靶点名称,同时,利用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。通过GeneCards、OMIM数据库收集慢性盆腔炎靶点,同时,利用Venny 2.1.0获取“药物-疾病”的交集靶点并绘制韦恩图,通过STRING平台构建PPI网络图,并运用Cytoscape 3.7.2软件中CytoNCA插件筛选关键靶点。利用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路的富集分析。最后,利用AutoDock Vina 1.1.2对关键靶点和活性成分进行分子对接。[结果] 通过筛选共获得231个活性成分,211个“药物-疾病”交集靶点;GO分析获得2538个条目,分别为2174个BP,233个MF及131个CC条目。KEGG分析得到209条信号通路;分子对接结果显示关键靶点与核心活性成分具有较好的结合活性。[结论]二藤汤通过多成分、多靶点、多通路治疗慢性盆腔炎。     

基于网络药理学筛选天麻抗心肌缺血的分子机制研究

目的基于网络药理学筛选天麻抗心肌缺血的分子机制研究。方法借助化学专业数据库获取天麻活性成分,基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database)筛选心肌缺血靶点,基于DAVID数据库对靶点进行生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cellular component,CC)以及分子功能(molecular function,MF)分析,借助STRING软件对心肌缺血靶点进行相互作用分析,通过分子对接(SYBYL2.1,Tripos)将天麻活性成分与白细胞介素-6(IL6)、肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子A(VEGFA),白细胞介素1β(IL1B)进行能量匹配。结果天麻活性成分11个,涉及149条(P0.01)通路分析,心血管相关通路24条,包括TNF信号通路、PPAR信号通路、PI3KAkt信号通路、p53信号通路、Ras信号通路等,TNF信号通路为最显著信号通路。通过分子对接发现天麻11个活性成分与TNF,IL1B,VEGFA和IL6有较好的结合。进一步明确天麻是通过多成分作用在同一靶点或单成分调节多个靶点发挥抗心肌缺血的作用。结论从分子层面筛选出天麻抗心肌缺血的活性成分及关键靶点,为临床有效应用天麻提供理论依据。